台湾自古以来就是我国的领土。在长达千年以上的历史中，大陆断断续续派出的官员、军队以及出海的商人、渔民同岛上的高山族同胞有过接触，福建沿海的居民移居澎湖、台湾的数量也逐渐增多。元朝和明朝在澎湖设立了巡检司，派驻军队，负责澎、台防务。1604年（万历三十二年）荷兰殖民者一度占据澎湖，被明朝都司沈有容领兵驱走。1622年（天启二年）七月十一日，荷兰殖民者再次占领澎湖，在主岛上建立堡垒作为侵华基地。他们从这里派遣船只骚扰台湾沿岸，劫掠大陆濒海地区，烧毁中国村庄和船只，把俘虏的中国百姓贩卖到巴达维亚（今印度尼西亚雅加达）去充当奴隶。荷兰殖民者的野蛮行径激起了中国当局和百姓的极大愤慨，1623年（天启三年）明福建巡抚南居益亲自视察海域，派副总兵俞咨皋等人带领军队先后在铜山（今福建东山）、厦门海面击败来犯的荷兰海盗船，活捉而论那、高文律等七十人。次年（1624），南居益驻于金门岛，派出三千名将士渡海直捣荷兰殖民者在澎湖擅自建立的堡垒。经过八个月的围攻，荷军“食尽计穷，始悔过乞降，拆城夜遁”，“澎湖信地，仍归版图”。
由于明帝国国势衰微，在取得厦门海战和收复澎湖的胜利以后，没有断然阻止荷兰人在台湾建立据点。荷兰东印度公司利用这一时机在现在的台南市海滨一个沙洲（当时把这个四面环水的小沙洲称为大员）上建立要塞，命名为热兰遮堡（Zeendia Fort），从此开始对附近居民实行殖民统治。从现有材料来看，1624年中国福建当局奉朝廷之命收复澎湖是因为这里设置了管理台、澎军政事务的衙门，“先朝设有两营兵马，堤防甚备”；而允许荷兰人到更远一点的台湾去也仅限于在那里同中国商人做生意，即如疏稿中所说：“况夷求市为名，或天恩之所可宥；及夷据彭以请，则国法之所难容。”荷兰殖民者在澎湖投降后移往台湾大员时，“发现有些中国人定居在这里经营商业”，可见，这里早已是中国领土。然而，他们却莫名其妙地把事情说成是台湾土地“属于中国皇帝。中国皇帝将土地赐予东印度公司，作为我们从澎湖撤退的条件”。这种说法毫无根据。即以荷方引证的天启四年（1624）八月二十日厦门地方长官何某（可能是泉州府海防同知何舜龄）给荷方头目宋克（Maarten Sonk，后来被委为所谓第一任荷兰的台湾长官）的复信而言，措辞是：“本函作为阁下要求事项之答复。据报你们已放弃澎湖城砦，该地已恢复原貌，足见你们已忠实执行协定。因此我们深信你们的友好诚意。现在总督大人已获悉荷兰人远道而来，要求在赤道以南的巴达维亚（Batavia）及我方的福摩萨岛（Formosa）之间与我方贸易。因此，我们决定前往福州报告巡抚及衙门，以便以友好关系与你们相处。现在通商之事既已对阁下有了充分保证，你方船队司令可前往巴达维亚向你方长官报告一切。”这里，台湾被称为福摩萨岛不符合中国习惯，但“我方的福摩萨岛”却是明确无误的。
明政府收复澎湖之后，福建沿海恢复了平静。但这种局面并没有维持多久，具有海盗性质的郑芝龙（原名郑一官，在西方文献中即称他为“一官”）集团的势力逐渐扩展，他们是一股主要从事海外贸易的中国商人，但是为了取得粮食、淡水和其他物资常常对福建沿海地区进行掠夺。1628年（崇祯元年）郑芝龙接受明政府的招抚，他利用官方身份扫除其他“海贼”，既可以向朝廷报功，又增强了自己对海外贸易的垄断地位。史料表明，他同荷兰殖民者在利益上有勾结，也有矛盾。1633年（崇祯六年）在明朝福建当局的坚持下，郑芝龙不得不配合其他明军在福建近海挫败了荷兰殖民者为主的海盗武装，但未暇顾及台湾、澎湖。当时，台湾人口稀少，而大陆战乱频繁，福建居民大批迁入台湾垦荒或经商，同荷兰殖民当局的私人贸易也有很大增长。
在本书叙述的年代里，荷兰殖民者是侵华的急先锋。他们在巴达维亚建立东印度公司，作为“经营”东南亚的总部。企图把先来的葡萄牙人和西班牙人赶走，垄断整个东南亚。郑成功以厦门、金门、南澳一带为基地建立强大的抗清武装之后，荷兰殖民者密切注视着明、清双方战事的发展。他们既担心郑成功的军队收复台湾、澎湖；又得寸进尺，凭借武力把西班牙人从台湾北部的鸡笼（今基隆）、淡水逐走，还计划从葡萄牙殖民者手中夺取澳门，然后进攻金门、厦门、南澳、烈屿，“这样，既增加了公司的利益，也会使国姓爷（郑成功）陷于衰亡，而且，还可以博得鞑靼人（指清朝）的好感和在中国境内贸易的自由，甚至还可以获得其对外贸易的特权。从此，公司不仅将得到进入中国的根据地，而且还可以防止敌人通过台湾海峡”。
荷兰殖民者对台湾的中国人实行野蛮的掠夺和严酷的统治。1625年一月二十日，他们在台湾本岛上向本地居民“以友好方式”买进了“公司所需要的大片土地”，即后来建立普罗文查城堡及其附近地区的赤嵌，所付的代价是十五匹粗棉布。1651年五月十日，东印度公司决定向台湾的中国人征收人头税，每年达二十万荷盾，尽管他们也知道“如果说有什么人有权征收税款的话，那无疑应该是中国人”。这一类的倒行逆施使“岛上中国居民认为受公司压迫过甚，渴望自由”。1652年九月，赤嵌地区的一个村长郭怀一发动反荷起义，附近中国百姓群起响应，参加者多达一万六千人，他们只有很少一些火枪，绝大多数手持梭标、木棍、竹杆，凭借一腔热血同殖民者展开拼死的搏斗。荷兰的台湾长官尼古拉斯·费尔堡派出军队血腥地镇压了这次起义，郭怀一和部下一千八百人遇难，在这以后的半个月里被杀、被俘的中国人在九千人以上。荷兰殖民者认为郭怀一起义是郑成功策动的，无论这种说法有没有根据，参加起义的人数之多证明了台湾的中国人不能忍受荷兰人的殖民统治，他们为光复故土而英勇献身的精神后来为郑成功发扬光大。郭怀一起义被镇压后，荷兰殖民当局在1653年在同大员（热兰遮）一水相望的台湾本岛赤嵌地方修建了另一座较小的城堡，命名为普罗文查（即现在的台南市安平镇赤嵌楼故址），配备火炮二门，常驻士兵十七名，借以加强对台湾本岛上据点的统治，防范当地中国百姓再次反抗。
尽管郑成功将率军收复台湾的流言在荷兰殖民者当中传播了很久，我们也不清楚这个念头在他脑海中何时出现。但有一点可以肯定，郑成功真正酝酿复台是在1658年大举进攻南京遭到失败之后。退回金门、厦门海域时，郑成功仍然拥有相当强大的军事实力，特别是水上舰只损失并不多。凭借海上优势，他击败了达素带领来攻的清军。但是，就全国而言，明、清双方在军事和政治上的形势已经发生很大的变化。西南永历朝廷一蹶不振，郑军有效控制的沿海岛屿无法支持一支庞大军队的后勤供应。为了继续同清廷抗衡，郑成功很自然地把注意的焦点转向了台湾。正如沈光文所说：“金门寸土，不足养兵；厦门丸城，奚堪生聚？”
各种史籍大抵都提到了何斌（何廷斌、何斌官）其人。这人在大员（热兰遮）任荷兰东印度公司台湾评议会的通事长达十几年，深悉当地情形。1657年当郑成功禁止中国帆船驶往台湾时，他曾奉荷兰长官和评议会之命来到厦门，向郑成功讯问禁航原因。郑成功回答道：“欲在台征收关税。”同年八月，何斌回台报告后，荷兰长官揆一让他再次赴厦门转达：“关税如不涉及公司，或不至损害本公司利益，对国姓爷自向中国人课税并无异议。”郑成功对此表示满意，双方贸易重新开放。1659年，何斌被控告勾结郑氏集团，私自征税，被剥夺一切职务，并处以苛重的罚款。他负债累累，难以存身，逃至厦门投向郑成功，建议出兵收复台湾。据说，何斌逃离台湾之前曾经暗中派人测量了进入大员湾的鹿耳门水道，到达厦门以后向郑成功献上了一份秘密地图，标明船舰如何航行才能绕过荷兰炮台在鹿耳门登陆。何斌自告奋勇充当向导，无疑对郑成功率兵复台提供了有利条件。但是，某些史著过分夸张了何斌的作用，似乎没有他出谋划策，郑成功就下不了决心，复台之举也许不会发生。这是由于不了解郑氏集团同台湾的密切关系而产生的一种误解。从郑芝龙开始，郑氏集团就在台湾建立了包括贸易在内的多种联系，其中一种说法是郑芝龙曾经组织了大量移民赴台垦荒。郑成功起兵后，他管辖下的商船经常往来于台湾海峡，他手下的户官郑泰（成功宗兄）还在台湾置有产业。被认为是荷兰末任台湾长官揆一的著作中说得很清楚：“其实许多中国居民对公司的情况同何斌一样熟悉”；“国姓爷已经雇到三百名非常熟悉福摩萨海岸的领航员”。揆一固然有为自己辩护的意思，但大量商船经常往来于双方之间证明他说的是事实。真正促使郑成功下决心收复台湾的因素只有两个，一是他需要一块足以解决几十万兵员的粮饷物资供应的后方基地；二是他根据各种渠道（包括何斌提供的情况）获悉荷方在台湾的兵力部署情况，做到心中有数，战则必胜。箭已经搭在弦上，正如俗语所说：“万事俱备，只欠东风。”郑成功翘首以待，一旦适宜的季节风来临，他的舰队就将破浪前进，向预定的目标驶去。
郑成功为人志大才雄，遇事独断于心，具有极其坚毅的性格。在决策收复台湾问题上又一次显示了他的这种性格特征。
在进攻南京战役失败以后，郑成功把目光转向了台湾。1659年（顺治十六年、永历十三年）十二月，“议遣前提督黄廷、户官郑泰督率援剿前镇（戴捷）、仁武镇（康邦彦）往平台湾，安顿将领官兵家眷”。次年正月，达素统领清军入闽，郑成功为集中兵力迎战，不得不暂时推迟这次军事行动。击败达素调集的各路清军之后，郑成功加紧了复台的准备工作。1660年冬，他派出大批军队到广东潮州沿海地区筹集粮食。次年正月，他在厦门传令大修船只，听令出征。召集诸将举行秘密会议，训话道：“天未厌乱，闰位犹在，使我南都之势，顿成瓦解之形。去年虽胜达虏（指达素军）一阵，伪朝（指清朝）未必遽肯悔战，则我之南北征驰，眷属未免劳顿。前年何廷斌所进台湾一图，田园万顷，沃野千里，饷税数十万。造船制器，吾民鳞集，所优为者。近为红夷占据，城中夷伙不上千人，攻之可垂手得者。我欲平克台湾，以为根本之地，安顿将领家眷，然后东征西讨，无内顾之忧，并可生聚教训也。”这是郑成功正式提出收复台湾为根本的战略计划。参加会议的多数将领对于收取台湾安顿家眷心存疑虑，一个个面有难色。宣毅后镇吴豪说自己曾经几次到过台湾，那里荷兰人的“炮台利害，水路险恶”，“风水不可，水土多病”，不赞成出兵台湾。大将黄廷说：“台湾地方闻甚广阔，实未曾到，不知情形。如吴豪所陈红毛炮火，果有其名，况船大又无别路可达，若必由炮台前而进，此所谓以兵与敌也。”建威伯马信发言道：“藩主所虑者，诸岛难以久拒清朝，欲先固其根本，而后壮其枝叶，此乃终始万全至计。信，北人也，委实不知。但以人事而论，蜀有高山峻岭，尚可攀藤而上，卷毡而下；吴有铁缆横江，尚可用火烧断。红毛虽桀黠，布置周密，岂无别计可破？今乘将士闲暇，不如统一旅前往探路，倘可进取，则并力而攻；如果利害，再作商量，亦未为晚。此信之管见也。”郑成功听后赞扬道：“此乃因时制宜，见机而动之论。”吴豪再次发言反对，各将领“议论不一”。参军陈永华发言：“凡事必先尽之人，而后听之天。宣毅后镇所言，是身经其地，细陈利害，乃守经之见，亦爱主也，未可为不是。如建威之论，大兴舟师前去，审势度时，乘虚觑便，此乃行权将略也。试行之以尽人力，悉在藩主裁之。”接着，协理五军戎政杨朝栋发言支持郑成功，认为恢台之举可行。郑成功非常高兴，称赞“朝栋之言，可破千古疑惑”，当即拍板决定兴师复台。这次军事会议的显著特点是：郑成功部下将领和兵员多是经济比较发达的福建沿海州县人，而当时台湾尚处于初期开发阶段，吴豪的意见自然有一定的代表性。马信是北方来归将领，陈永华是文官，他们虽支持复台，不足以扭转会议倾向。杨朝栋是郑鸿逵旧将，他表态之后，郑成功立即抓住时机，断然做出决策，体现了他的领导艺术。兴师驱荷，是中国近三百多年来在台湾问题上一个极其重要的决策，对台湾这块自古以来中国的领土的发展前途影响至为深远，出兵前这次军事会议在史册上是重要的一页，多数闽籍将领的留恋乡土，胸无远志，正好衬托了郑成功的目光远大。
郑成功的复台计划，经过周密的准备。除了修理战船，备办粮饷、器械以外，他在军事上的部署值得特别注意。郑成功的基本意图是取台湾为复明基地，而不是撤往该地。所以，他必须考虑既能从荷兰殖民者手中夺回台湾，又不能失去厦门、金门、南澳一带近海岛屿。因此，他决定亲自统率主力出征台湾，这支主力又分为首批和二批；在金门、厦门、南澳一带留下了相当兵力：命忠勇侯陈霸防守南澳，警惕清广东军阀苏利、许龙乘虚而入；派郭义、蔡禄二镇前往铜山（今东山）会同原镇该地的忠匡伯张进守御该岛，必要时策应守南澳的陈霸部；留户官郑泰和参军蔡协吉守金门；洪天祐、杨富、杨来嘉、何义、陈辉守南日、围头、湄洲一带，连接金门，以防北面来犯之敌；由世子郑经守厦门，辅以洪旭、黄廷、王秀奇、林习山、杜辉、林顺、萧泗、郑擎柱、邓会、薛联桂、陈永华、叶亨、柯平，与洪旭之子洪磊、冯澄世之子冯锡范、陈永华之侄陈绳武三人调度各岛防守事宜。
跟随郑成功收复台湾的将领和官员有马信、周全斌、萧拱宸、陈蟒、黄昭、林明、张志、朱尧、罗蕴章、陈泽、杨祥、薛进思、陈瑞、戴捷、黄昌、刘国轩、洪暄、陈广、林福、张在、何祐、吴豪、蔡鸣雷、杨英、谢贤、李胤、李袭。1661年（顺治十八年）誓师，参加誓师礼的有原兵部尚书唐显悦、兵部侍郎王忠孝、浙江巡抚卢若腾、吏科给事中辜朝荐、右副都御史沈全期等，此外还有明宁靖王朱术桂、鲁王世子朱桓、泸溪王、巴东王和留守文官武将。从参加饯行宴会的人来看，基本上包括了当时在金、厦地区的全部明朝头面人物，也许其中一些人并不赞成郑军主力开赴台湾，公开反对的是兵部侍郎张煌言。张煌言认为台湾距大陆较远，郑成功以主力复台即便如愿以偿，却离抗清前线远了，这同他的急切兴复明朝的主张是相左的。张煌言在《上延平王书》中毫不客气地说：
窃闻举大事者，先在人和；立大业者，尤在地利。……即如殿下东都（指台南，一本作东宁，误。郑成功改赤嵌为东都，至郑经时改东都为东宁）之役，岂诚谓外岛足以创业开基，不过欲安插文武将吏家室，使无内顾之忧，庶得专意恢剿。但自古未闻以辎重眷属置之外夷，而后经营中原者。所以识者危之。……故当兴师之始，兵情将意，先多疑畏。兹历暑徂寒，弹丸之域，攻围未下（可见煌言此书写于荷兰台湾殖民者投降前夕）。是无他，人和乖而地利失宜也。语云：与众同欲者罔不兴，与众异欲者罔不败。诚哉是言也。是虏酋短折，孤雏新立（指清帝福临病死，玄烨幼年继位），所云主少国疑者，此其时矣。满党分权，离衅叠告，所云将骄兵懦者，又其时矣。且灾异非常，征科繁急，所云天怒人怨者，又其时矣。兼之虏势已居强弩之末，畏海如虎，不得已而迁徙沿海，为坚壁清野之计，致万姓弃田园，焚庐舍，宵啼露处，蠢蠢思动，望王师何异饥渴。我若稍为激发，此并起亡秦之候也。惜乎殿下东征，各汛守兵，力绵难持，然且东避西移，不从伪令，则民情亦大可见矣。殿下诚能因将士之思归，乘士民之思乱，回旗北指，百万雄师可得，百十名城可下矣。又何必与红夷较雌雄于海外哉！况大明之倚重殿下者，以殿下之能雪耻复仇也。区区台湾，何预于神州赤县，而暴师半载，使壮士涂肝脑于火轮，宿将碎肢体于沙迹，生既非智，死亦非忠，亦大可惜矣。况普天之下，止思明州（厦门）一块干净土，四海所属望，万代所瞻仰者，何啻桐江一丝，系汉九鼎。故虏之虎视，匪朝伊夕，而今守御单弱，兼闻红夷搆虏乞师，万一乘虚窥伺，胜败未可知也。夫思明者，根柢也；台湾者，枝叶也。无思明，是无根柢矣，安能有枝叶乎？此时进退失据，噬脐何及。古人云：宁进一寸死，毋退一尺生。使殿下奄有台湾，亦不免为退步，敦若早返思明，别图所以进步哉！昔年长江之役，虽败犹荣，已足流芳百世，若卷土重来，岂直汾阳、临淮不足专美，即钱镠、窦融亦不足并驾矣。倘寻徐福之行踪，思卢敖之故迹，纵偷安一时，必贻讥千古。即观史载陈宜中、张世杰两人褒贬，可为明鉴。九仞一篑，殿下宁不自爱乎？夫虬髯一剧，祗是传奇滥说，岂真有扶余王乎？若箕子之居朝鲜，又非可以语今日也。某倡义破家以来，恨才力谫薄，不能灭胡恢明，所仗殿下发愤为雄，俾日月幽而复明，山河毁而复完。某得全发归故里，于愿足矣。乃殿下挟有为之资，值可为之势，而所为若是，则其将何所依倚。故不敢缄口结舌，坐观胜败。然词多激切，触冒威严，罔知忌讳，罪实难逭矣。惟愿殿下俯垂鉴纳，有利于国，某虽死亦无所恨。谨启。
很明显，张煌言对郑成功的决策复台是不赞成的，信中处处流露出对郑成功的失望，认为复台的目的是脱离抗清前线，仅从郑氏一家私利考虑取远离大陆的台湾为安身立命之所，是无意复明的表现。这表明张煌言和郑成功两人的着眼点有很大的差异。张煌言是在儒家学说熏陶下成长的仁人志士，具有鞠躬尽瘁、死而后已的精神，缺点是眼界狭窄。他在信中说的清顺治帝去世，主少国疑，实行迁海政策等给复明势力提供了有利时机，虽有一定道理，但从全局来看，清廷已经比较牢固地稳定了在大陆的统治，张煌言的立论未免过于乐观。相形之下，郑成功比他现实得多。郑氏家族本是海上起家的，这种家族历史背景使他视野开阔，台湾、澎湖沃野数千里当然包括在赤县神州之内，为解决数十万兵员和其他人士的粮食、物资供应，光靠金门、厦门、南澳等弹丸之地是绝对支持不下去的。清廷实行沿海迁界政策，郑成功了解的情况绝不亚于张煌言。这一政策并不意味着清朝把沿海约三十里的广袤土地让给郑军，任其屯田扼守；而是一种短视的封锁政策，旨在切断郑军从内地取得物资的通道。如果郑军登陆，清政府将凭借陆战的优势驱逐其下海。郑成功正是有见及此，不顾张煌言和部下多数将领的反对，毅然决定进军复台。何况，张煌言写这封信时正是荷兰殖民当局即将投降之时，如果郑成功采纳了他的意见，就将功亏一篑，台湾的历史走向很可能完全不同，郑氏集团的抗清事业也必然更早失败。这再一次证明分析各种人物在历史上的作用是非常复杂的，即便像张煌言这样出类拔萃的人物也不免在个别重大问题上做出错误的判断。
1661年（顺治十八年）二月初三日中午，郑成功率领首批军队乘船出料罗湾，次日过午到达澎湖。初六日，他亲祭海岳，巡视附近岛屿，对随行诸将说：“台湾若得，则此为门户保障。”随即留下陈广、杨祖、林福、张在四将带兵镇守澎湖。初七日，下令曰：“本藩矢志恢复，念切中兴。前者出师北讨，恨尺土之未得，既而舳舻南还，恐孤岛之难居，故冒波涛，欲辟不服之区，暂寄军旅，养晦待时。非为贪恋海外，苟延安乐。自当竭诚祷告皇天，并达列祖，假我潮水，行我舟师。尔从征诸提、镇、营将，勿以红毛火炮为疑畏，当遥观本藩鹢首所向，衔尾而进。”第二天，郑成功在自己的座船上竖起帅旗，发炮三声，金鼓震天，直航台湾。未刻，已抵鹿耳门。成功命何斌坐于斗头引导船队绕过荷兰炮台，强行登陆。在岛上几千名中国人的协助下，不到两个小时已有数千名战士踏上了台湾的土地。大批战舰和船只也驶抵热兰遮和普罗文查（即赤嵌城）之间的海湾。
当时，荷兰在台湾的兵力只有一千多名，长官揆一和评议会率八百多名驻于沙洲上建立的热兰遮城堡，海面有以赫克托号为主的四条战舰，在隔湾（当时称大员湾）相对的台湾本岛上的普罗文查堡有四百名兵员防守。此外，在鸡笼（今基隆）、淡水有微不足道的一点兵力，后来都集中到热兰遮。郑军顺利登陆后，骄横的荷兰殖民者企图在海上和陆地同时发起进攻，一举击败立脚未稳的郑军。他们以最大的赫克托号带领三艘战舰凭借火炮等装备的优势首先向郑军舰船开炮。郑军派出了各装两门火炮的六十艘舰船迎战。战况非常激烈，发射炮弹的硝烟弥漫，以致在稍远的地方无法辨认双方船只。中国的战舰在制造和装备的火炮上虽稍逊于敌舰，但他们英勇奋战，利用自己在数量上的优势四面围攻荷舰。突然，中国战舰的大炮射中了赫克托号的弹药仓，引起强烈爆炸，赫克托号连同所载士卒葬身海底。另一艘荷舰斯·格拉弗兰号也被郑军火船引燃，仓皇逃离。海战以荷方惨败告终。陆上的战斗情况也差不多。荷方派贝德尔上尉（中方文献写作拔鬼仔）率领二百四十名精兵出击。贝德尔对中国军队怀有西方殖民者特有的偏见，他认为中国人都胆小如鼠，“只要放一阵排枪，打中其中几个人，他们便会吓得四散逃跑，全部瓦解”，“据荷兰人估计，二十五个中国人合在一起还抵不上一个荷兰兵。他们对整个中华民族都是这样看法：不分农民和士兵，只要是中国人，没有一个不是胆小而不耐久战的，这已经成为我方战士不可推翻的结论。……他们认为，国姓爷士兵只不过同可怜的鞑靼人（指清军）交过锋，还没有同荷兰人较量过；一旦和荷兰人交战，他们便会被打得落花流水，把笑脸变成哭脸”。战斗在郑军登陆的一个名为水线尾的沙洲上展开。郑成功派黄昭带领五百名铳手携连环熕二百门在正面列阵阻击，杨祥率藤牌手五百名绕到敌之左翼侧攻，萧拱宸率领二十艘大船摇旗呐喊，做进攻热兰遮状。贝德尔的军队同黄昭部接战时，以十二人为一排，连放三排枪，出乎他们意料的是郑军并没有一听枪声就失魂落魄地四散奔窜，而是沉着应战，像一座铁壁一样阻挡着荷军前进；杨祥部从旁夹击，“箭如骤雨”，这些自命不凡的荷兰官兵的“勇气”“完全为恐惧所代替，许多人甚至还没向敌人开火便把枪丢掉了。他们抱头鼠窜，落荒而逃”。郑军乘势全线出击，“直到上尉及其部下一百十八人全部战死”，剩下八十名见机行事的士兵涉过水深及颈的海面逃到船上返回热兰遮向他们的长官报告这场出击的经过。
郑军在海上、陆上初战告捷，荷兰人已失去了出击的信心，躲在城堡里等待救兵。郑军“切断了海陆交通，包围了普罗文查要塞，切断了它同热兰遮的联络，使各自陷于孤立。他们也完全控制了乡村，禁止福摩萨人同被包围的军民有任何接触，使他们不能帮助遭到攻击的荷兰人（按，此处福摩萨人指高山族同胞，但是高山族百姓绝不会支持以掠夺为目的的荷兰殖民者）。上述行动由于得到中国居民中二万五千名壮丁的帮助，在三四小时内就完成了。那些惊慌绝望的福摩萨人也被迫向敌人屈服，同所有中国居民一样，被利用来危害我方”。
完成对荷兰两座城堡的包围之后，郑成功决定先攻台湾本岛上的普罗文查堡（赤嵌城）。初十月，他命令士卒每人持草一束，堆置城下，派通事向荷军守将描难实叮发出最后通牒，如果再不投降就点火焚城。描难实叮向热兰遮求救无援，被迫投降。《被忽视的福摩萨》记载，五月四日，“司令官献出了普罗文查要塞以及一切军用物资，他本人及所有士兵都成了战俘”。这样，荷兰殖民者在整个台湾地区的据点只剩下近海沙洲上孤零零的一座热兰遮城堡。即如荷方记载，“大员（热兰遮城所在沙洲）只是一块荒漠的沙洲，寸草不生，四面环海，不能跨出一步。他们也没有足够的人力或其他方法打击敌人。唯一的希望是守住热兰遮城堡，等待从巴达维亚得到有力的援助”。
郑成功军在台湾基本站稳脚跟后，于三月下旬（公历五月一日）致信荷兰殖民当局，要求热兰遮投降，荷兰人可以携带全部财物乘船离开台湾。信的全文如下：
大明招封大将军国姓致书于大员长官费烈德瑞克·揆一阁下：澎湖地近漳州诸岛，乃该州所属之地。大员紧依澎湖，故此地亦必归中国同一政府之管辖；事实证明隔海两边地区之居民皆系中国人，其处田产自古以来即为彼等所有并垦殖。先时，荷兰船只前来要求通商，其人于此处并无尺寸之地，余父一官出于友善指出该地，仅允借给。
余父之时及后来余本人均试图一本友好之念与该公司相处，为此目的余等每遇荷兰人犯即行释放，遣之回乡，遐方诸国尤以贵公司当已洞悉，贵公司定能历述余之深恩厚意。阁下居于此地已历多年，亦必尽知此情，而余之英名阁下谅必早铭于心。
现今余已亲统大军临于此地，意在不仅利用此地区，并将建立容纳众多人口之城池。
你应该知道，继续占领他人之土地（此地属于余等之祖先，现传授于余）是不正当的。阁下与诸议员（若足够明智）定当明于此义，因此，如果你即来谒见余，并通过友好之谈判将城堡转交予我，那么，我将不仅对你加官晋爵，赦免你等及妇孺之生命，并将允许你们保有原有财物，如果你们愿意还可以在余统治下仍居于此地。
但是，如果与此相反，你们不听余言，故持异议，敌视于我，当深思任何人将不获生存，全遭屠戮；假如你们企图暗中离开尔等之城堡，逃入船中，开往巴达维亚，尔国严格之法律有禁于此，亦将处以死刑；在此情况下尔等亦无生路。你们无须在是否投降于我之问题上争论不休，也无须过多地考虑此举是福是祸，因为迁延时日只会错过机会，那时你们将后悔无及，望及早做出决定。
最后，我已派出十二船官兵进入尔等之城，以防止一切抢掠与混乱，这样居住于那里的人——中国人以及荷兰人——都将保有其财物，无人受害，如此一切人均将安全有保，任何人无须害怕余之官兵。
书于永历十五年三月二十九日，钤国姓爷印。
当天，荷兰殖民者在台湾设立的评议会讨论是否接受郑成功所提条件。与会者知道热兰遮市区已被郑军收复，城堡成了孤注，守军只有五百人，形势极为不利，正如这次会上荷兰人表述的：“他们的力量很强大，他们的中国臣民遍布全境，完全能够切断我们的粮食供应。”但是，与会者非常明白一旦投降，荷兰东印度“公司就几乎不可能再回到这个岛屿来”。经过一番紧张的商议后，评议会决定第二天派议员樊·伊伯伦和检察长勒奥纳·德·勒奥纳杜斯为全权代表去同郑成功谈判，他们“婉转地对其率领大军前来表示不满”，要求保留热兰遮炮台及其通往航道的入口和位于赤嵌的普罗文查堡，郑军则可以“不受阻碍地进入全岛的其余部分”。这实际上是一种缓兵之计，其意图是在兵力不足的情况下迷惑郑成功，先行保住在台的两个重要军事据点，等待荷占巴达维亚东印度公司的援军，再重整旗鼓，霸占台湾、澎湖。
郑成功洞察殖民者的阴谋，坚持荷兰人必须全部撤出台湾。他对使者义正词严地说：“该岛一向是属于中国的。在中国人不需要时，可以允许荷兰人暂时借居；现在中国人需要这块土地，来自远方的荷兰客人，自应把它归还原主，这是理所当然的事。”“两使者狼狈而归”。在揆一领导下的荷军固守热兰遮待援。
五月，郑成功的第二批军队黄安、刘俊、陈瑞、胡靖、颜望忠、陈璋六镇乘船二十艘到达台湾，军事力量进一步增强了。郑成功即着手建立在台湾的行政机构，把赤嵌改名为承天府，任命杨朝栋为府尹，府下设天兴、万年二县，以庄文烈、祝敬分任知县。这时大军初至台湾，地方尚待开拓，军心未定，所用粮饷、军械仍须由金、厦运送。世子郑经派兵部都事杨荣押送补给物资时，报告守铜山（东山）的蔡禄、郭义二将暗中勾结叛将黄梧，密谋降清。郑成功唯恐后方不稳，命杨荣回厦门向洪旭传达密谕，叫他转令蔡、郭二将立即率部来台，如果二人拖延观望即证明确有异图，授权洪旭当机立断，处死二将。洪旭奉谕派人往铜山传达郑成功的调兵命令。蔡禄、郭义既同黄梧有勾结，接到率部渡海赴台的命令，自知阴谋败露，于是狗急跳墙，决定立即发动叛乱。铜山主要守将忠匡伯张进是忠于复明事业的，蔡禄、郭义为了把铜山献给清朝，企图胁迫他一道降清。他们谎称广东许龙兵到，调兵分据四门。张进得知二将谋反，携印从后门逃出，被叛将追及。张进无奈，只好假装表示愿意同蔡禄、郭义归清；暗中却同部将吕簇商议对策，吕簇建议派人急往厦门向世子郑经请援。张进知道叛军已控制全岛，使者无法通过，决定在自己的卧室内密置火药数十桶，邀请蔡、郭二人前来议事，待二人到后点燃火药，同归于尽。这样，逆首既除，吕簇可以乘机请郑经急派兵将收拾局面。定计后，即由吕簇通知蔡禄、郭义，说张进有机密事相商，因身体不适，请二人前来议事。不料，二人怀疑其中有诈，拒不入内。张进见计不行，叹息道：“计不成矣，天也。吾尽吾心而已。”他命吕簇和随从避出，自己点燃火药，轰然一声，壮烈捐躯。
留守厦门等岛屿的郑经在处理铜山谋叛事件上优柔寡断。五月间既已获悉蔡禄、郭义有异谋，却没有及时派兵前往防范。六月初三日接到蔡、郭二人公开叛变后才实施戒严，准备船只。初九日得知张进被迫自焚时才由厦门派黄廷、杜辉、黄元、翁天祐、何义、黄昌、杨来嘉等统军乘船南下铜山平叛，镇守南澳的陈霸（即陈豹）也率领舟师前来铜山会剿。蔡禄、郭义直到十九日才纠众把铜山抢掠一空后，在清黄梧、福建右路总兵王进忠、诏安副将刘进忠接应下由八尺门渡至大陆向清方投降。黄廷、陈霸等在铜山登岸已为时过晚，只好派兵防守炮台，安抚遗民，向郑经报告善后情形。郑经命翁天祐、黄元留守该地，黄廷等回厦门，陈霸仍守南澳。
郑成功统率主力部队围困热兰遮城堡，在相当一段时间里没有发动攻击，意图是等待固守堡内的荷军弹尽粮绝，不战自降。当时，郑军的粮食供应也相当困难，士卒甚至靠采集李子等果实充饥。郑成功在台湾百姓（汉族和高山族）的支持下，派出部卒实行屯田和征税，在经营台湾的道路上迈出了重要的一步。据守热兰遮的荷军在长官揆一领导下仍固守待援。八月十二日，荷兰东印度公司从巴达维亚派遣以雅科布·考乌（Jacob?Caeuw）为司令的救援舰队到达热兰遮海域，揆一等堡内荷军欣喜异常，以为可以内外配合击退郑军。不料天公不作美，海上飓风突起，考乌带领的荷舰被迫离港，远泊海外达二十八日之久。在风平浪静之后，考乌的舰队也没有再回到热兰遮来，这位司令找了个借口自行返回巴达维亚了。真正的原因是考乌带的援军兵力有限（荷方记载只有七百名士兵），他亲眼看到了郑军的雄姿，断定援救台湾已无济于事了。
援军的溜走，使困在热兰遮堡中的荷军“空喜欢了一场”。何况，“他们知道舰队只载来七百名援军，这不会使他们的处境比战争开始时更好”。时间的推移，使城堡内的荷军精疲力竭，患病的人数增加，绝望的情绪蔓延开来。十二月十六日（公历），一批荷兰守兵在军曹拉迪斯（Hans?Jurgen?Radis）带领下出城向郑军投降。他们不仅讲述了热兰遮城内的详细情况，还提出了两条建议，一条是“充分利用围城内普遍存在的惊慌情绪和疲弱状态，不仅要用封锁，而且要用连续攻击，来彻底疲惫敌人，使其完全绝望。这样做既不费事，又不需要很长时间，因为城堡建筑得很坏，经不起大炮猛轰两个整天”。另一条建议是先攻占热兰遮堡旁边小山头上的乌特利支圆堡，取得制高点。郑成功欣然接受了这些建议，立即调集军队，配备了二十八门巨炮，开始攻坚战役。公历1662年1月25日，郑军攻占乌特利支圆堡，荷兰殖民者知道他们统治台湾的末日已经来临。揆一同评议会的成员经过五六天的会议反复权衡利弊之后，终于决定“趁早把城堡交与敌人，争取优惠条件，是为上策”。在评议会一致同意下，揆一派出使者向郑成功接洽投降事宜。2月1日双方达成协议。投降协议书开头说：“本条约经双方订定，并经双方同意，一方为自1661年5月1日至1662年2月1日包围福摩萨岛热兰遮城堡的大明招讨大将军国姓殿下，另一方为代表荷兰政府的热兰遮城堡长官费烈德瑞克·揆一及其评议会，本条约包括下列十八款。”第一款：“双方停止一切敌对行动，从此不记前仇。”第二款最重要：“荷方应将热兰遮城堡、外堡、大炮、剩余的军用物资、商品、现金以及其他属于公司的财产全部交与国姓殿下。”第六款：“经检查后，荷兰士兵得以在长官指挥下，扬旗、鸣炮、荷枪、击鼓、列队上船。”此外，允许荷兰人携带私人钱财和航行往巴达维亚途中所需的各种生活用品；殖民当局的档案可以运走；双方交换俘虏。据揆一记载：“当这一投降条约由双方按照手续签了字，条约上的各项条件一一履行，一切弹药、储藏物资（指条约允许部分——引者）都运到船上之后，我方战士便全副武装，举着旗帜列队从城堡走出，把城堡交给国姓爷的军队，他们立即进入城堡，完全占领该地。”一般学者认为双方签字的日期就是条约中所写的1662年2月1日，荷兰殖民当局及其士兵全部撤走的日期大约是2月10日。时人沈光文正在台湾，对郑成功率领的中国军队光复台湾兴奋不已，赋诗云：“郑王忠勇义旗兴，水陆雄师震海瀛。炮垒巍峨横夕照，东溟夷丑寂无声。”
当16世纪到17世纪西欧殖民者侵入美洲、非洲、东南亚，把大片土著居民世代居住的土地变成自己的殖民地的时候，却在中国被碰得头破血出，举着降旗灰溜溜地离开。究其原因固然同下面两点有关：一、中国当时在科学技术和军事、经济实力上同西方国家差距不大；二、在当时的交通条件下，西欧殖民者到中国近海地区作战必然面临兵员、装备、粮食等后方补给的困难。但是，郑成功个人的作用是不能低估的。他不仅是当时中国人中能够正视世界的佼佼者，又拥有实现自己的理想所必需的力量。在需要为民族的尊严和国家的利益而战斗的时候，郑成功和他的将士无所畏惧，懂得如何利用自己的优势弥补自己的劣势，从而夺取胜利。郑成功在驱逐荷兰殖民者的斗争中表现得大智大勇，为维护祖国神圣的领土做出的贡献，将永远光照史册。
收复台湾以后，郑成功改台湾城为东都，开始了把台、澎经营为抗清基地的紧张活动。他亲自带领何斌、马信、杨祥、萧拱宸等人巡视新港、目加溜湾、萧垄、麻豆、大目降、大武垅、他里雾、半线等地。“见其土地平坦膏沃”，适合屯田养兵。当时台湾地广人稀，高山族同胞“计口而种，不贪盈余”，土地利用率很低，便于移民垦荒。在视察过程中，各处高山族同胞列队欢迎，更使他感到民风淳朴。他对高山族同胞“赐以烟、布，慰以好言”，严禁部卒侵犯他们的利益。视察归来以后，郑成功立即召集各提督、镇将和参军议事，在会上说：“大凡治家治国，以食为先。苟家无食，虽亲如父子夫妇，亦难以和其家；苟国无食，虽有忠君爱国之士，亦难以治其国。今上托皇天重庇，下赖诸君之力，得有此土。然计食之者众，作之者寡，倘饷一告匮，而师不宿饱，其欲兴邦固国恐亦难矣。故昨日躬身踏勘，揆审情形，细观土地，甚是膏腴。当效寓兵于农之法，庶可饷无匮，兵多粮足，然后静观衅隙而进取。”接着提出具体部署：“留勇卫、侍卫二旅以守安平镇、承天二处。其余诸镇，按镇分地，按地开荒。日以什一者瞭望，相连接应，轮流造更。是无闲丁，亦无逸民。插竹为社，斩茅为屋。围生牛教之以犁，使野无旷土，而军有余粮。其火兵则无贴田，如正丁出伍，贴田补入可也。其乡仍曰‘社’，不必易；其亩亦曰‘甲’，以便耕。一甲三十一戈二尺五寸，一戈东西南北四至长一丈二尺五寸。今归版图，亦以此为则，照三年开垦，然后定其上、中、下则，以立赋税。但此三年内，收成者借十分之三，以供正用。农隙，则训以武事；有警，则荷戈以战；无警，则负耒以耕。寓兵于农之意如此。”在台各镇当即遵命领兵前往指定地方开荒屯种。郑成功还“首崇文庙，次葺祠宫。岁修禋祀，时奉坛壝”，加强文化建设。
为了促进开发，加固根本，郑成功命令把将士和官员的家属送来台湾。这本来是一件好事，郑成功未免操之过急。在击败达素等统率进犯金、厦的清军以后，大陆沿海岛屿的局势比较稳定，收复台湾以后完全可以随着垦荒、建屋等开发过程的进展，鼓励将士和文官把家属逐步迁来台湾。开辟阶段，条件艰苦，对将士也应予以更多的关怀。郑成功急于求成，立令过严，“犯者虽亲信无赦”。大将马信建议“立国之初，宜用宽典”。郑成功却坚持己见，回答道：“立国之初，法贵于严，庶不至流弊。俾后之守者，自易治耳。”应当承认，郑成功面临紧迫的粮饷问题，不得不严加督责，但在许多方面一意孤行，造成严重恶果。史料记载：“以各社田土分水陆诸提镇，令各搬其家眷至东都居住，兵士俱令屯垦。初至，水土不服，瘴疠大作，病者十之七八，死者甚众。加以用法严峻，果于诛杀；府尹杨朝栋以其用小斗散粮，杀其一家；又杀万年县祝敬，家属发配。于是人心惶惶，诸将解体。”“正月，赐姓严谕搬眷，郑泰、洪旭、黄旭等皆不欲行。于是，不发一船至台湾；而差船来吊监纪洪初辟等十人分管番社，皆留住不遣。海上信息隔绝。”杨朝栋、祝敬用小斗散粮未必是私克入己，很可能是存粮不足，即便罪有应得，也不该牵及家小。至于强令驻守大陆沿海岛屿将士把家属送到台湾，则带有人质性质，意在防止诸将士叛投清方。这同明太祖朱元璋留诸将家属于京师、清廷命文武大员以子弟入宫为侍卫相似，是企图以亲属的安危来维系下级的忠贞，本不足取。何况，台湾那时的荒凉景况还难以同明初南京、清初北京相比。硬行推行这一措施，势必在一部分将士（特别是镇守金门、厦门、南澳等大陆沿海岛屿的将士）中引起抵触。人心不平，讹言也随之兴起。有人流传镇守南澳的忠勇侯陈豹（即陈霸）因不愿送家眷入台，已同清朝建藩于广东的平南王尚可喜通款投降。郑成功没有弄清真相，就轻率地下手谕给郑经和洪旭，令周全斌、杜辉、黄昌等带领舟师去南澳平叛。陈豹无以自明，率部卒乘船往虎门向清方投降。
1661年（顺治十八年）十月初三日，清廷见郑成功毫无受抚之意，把拘禁中的郑芝龙和他的儿子郑世恩、郑世荫等全家十一口“照谋叛律族诛”。消息传到台湾，郑成功深感悲痛，尽管他对此早有思想准备，父亲和无辜的弟弟、侄儿满门抄斩毕竟不能无动于衷。
1662年四月，林英从云南逃回，报告了永历帝在缅甸被清军俘虏，西南抗清武装只剩下李定国率领的残部退往边境地区的消息。这意味着东、西遥相呼应的局势已告结束，清廷将集中力量对付郑军。郑成功弄巧成拙，内心的悔恨可想而知。他的实力既不足以公开以隆武帝的继承人同清廷逐鹿中原，只好继续挂着没有永历帝的永历招牌，僻处一隅。不少史籍把郑成功说成是明朝的纯臣，对他和他的继承人存明朝“正朔”三十余年津津乐道。这种见解是比较肤浅的。对复明志士而言，永历朝廷覆亡即已心灰意懒，极少数随郑成功赴台的官绅、宗藩不过借此保住先世衣冠，几乎没有人把仍奉永历年号的郑氏集团作为复兴明朝的希望。郑成功一贯的思想是“东南之事我为政”，不奉近在咫尺的鲁监国而遥奉永历，并不是由于朱由榔在血统上近于帝室，而是欣赏“天高皇帝远”，江日升《台湾外纪》记载郑“经承父例，总兵以下皆自委任，如公、侯、伯及提督，必修表请封，然后出印谕”（二二一页）。所谓“修表请封，然后出印谕”不过是一种形式，等于左手写报告，右手批准，恩威自操，何等愉快。自然，郑成功除了尊帝虚礼以外，也真心实意地希望永历朝廷能够存在下去，这样既可以借朝廷名义吸引东南复明势力的支持，又可以利用永历朝廷支撑于西南牵制清军相当一部分主力。郑成功一厢情愿的如意算盘打得太精，结果事与愿违，使自己陷于进退失据的尴尬局面。饮下自己酿造的苦汁，无疑是导致郑成功晚年心理失去平衡、举动乖张的重要原因之一。
郑成功心中郁积的忧闷终于因为一件极小的事情像火山一样爆发了。世子郑经留镇厦门，同四弟的奶妈陈氏通奸生了一个儿子，这类事情在豪门大家中并不罕见。开初，郑经向父亲报告侍妾生了个儿子，郑成功因添孙高兴，赏了一点银物。不料，郑经的妻子是原兵部尚书唐显悦的孙女，虽“端庄静正，而不相得”。唐显悦为孙女鸣不平，写信给郑成功大加非难，内有“三父八母，乳母亦居其一。令郎狎而生子，不闻饬责，反加赏赉。此治家不正，安能治国乎？”郑成功正因复国无望积愤于心，唐显悦只顾泄私愤危言耸听，使成功“登时气塞胸膛。立差都事黄毓持令箭并画龙桶三、漆红头桶一，过金门与兄泰，同到厦门斩其妻董氏治家不严之罪，并其子经与其所生孙、乳母陈氏”。黄廷、洪旭、陈辉、王秀奇等守金、厦诸将接令后大为震惊，力图大事化小，和郑泰、黄毓商议，采取折中办法，杀陈氏与所生婴儿，诸将联名上启代董夫人及郑经请罪。取得董氏和郑经同意后，即按此办理，由黄毓回台复命。郑成功坚持必须杀掉董夫人和郑经，解下自己的佩剑让黄毓到金门交郑泰执行。郑泰无奈，只好把黄毓送到厦门向郑经说明事处两难。郑经立即把黄毓拘禁起来，和金、厦文武官员商议对策。正在这时，蔡鸣雷从台湾来搬家眷，郑经等向他探问消息，蔡鸣雷因为在台湾有过失，怕受成功处罚，故意夸大其词，说藩主发誓要除掉董夫人和郑经，如果金、厦诸官拒不遵命就全部处斩，而且已有密谕给往南澳征陈豹的周全斌命他相机行事。金、厦文官武将一个个面面相觑，不知如何是好。洪旭说：“世子，子也，不可以拒父；请将，臣也，不可以拒君。惟泰是兄，兄可以拒弟。凡取粮饷诸物，自当应付，若欲加兵，势必御之。”郑泰同意后，即趁周全斌征南澳回厦门之机，将其拘捕，交援剿左镇黄昌监守。同时给郑成功送去诸将公启，启本中有“报恩有日，候阙无期”的话，明确地表达了金、厦诸将联合拒命的意思。郑成功阅信后，心中愤闷已极。五月初一日，他已感不适，仍每天登将台手持望远镜眺望澎湖方向有没有船来。直到初八日，完全绝望，气噎而死，享年三十八岁。
从1662年四月到六月，永历帝（朱由榔）及其太子、郑成功、李定国相继离开人世，标志着南明复兴最后一线希望的彻底幻灭。在这以后，郑经和坚持于夔东的抗清武装虽然仍以永历纪年，却没有多大号召力了。郑经继承父业为经营台湾做出了重大贡献，尽管他一直以复明相标榜，但他的功业显然不适合纳入南明史的范畴。
1659年（顺治十六年），郑成功、张煌言率领舟师展开的长江战役虽然在南京城下遭到了重大挫折，但这次战役的政治影响却不可低估。此次战役显示了郑成功、张煌言为首的东南沿海义师还拥有雄厚实力，特别是大江两岸缙绅百姓的群起响应，使清朝统治者不寒而栗，他们感到当务之急是不惜代价切断义师同各地居民的联系。1661年（顺治十八年）清廷断然决定实行大规模的强制迁徙濒海居民的政策，史称“迁海”。
迁海令经过了一个酝酿过程。1655年（顺治十二年）六月，清廷就曾下令“严禁沿海省份，无许片帆入海，违者置重典”。但是，这一禁令收效并不大。顺治十六年福建漳州府海防同知蔡行馨在《敬陈管见三事》一文中写道：
至于沿海一带每有倚冒势焰，故立墟场，有如鳞次。但知抽税肥家，不顾通海犯逆。或遇一六、二七、三八等墟期，则米、谷、麻、蔑、柴、油等物无不毕集，有发无发，浑迹贸易，扬帆而去。此接济之尤者，而有司不敢问，官兵不敢动也。
同年，户科给事中王启祚提出了坚壁清野的建议。他说：
逆郑虽生踞波涛，势不能不聚粮于平地。臣以为宜效坚壁清野之计，除高山峻岭不可攀缘处所外，凡平原旷野多筑坚厚墙垣，迂回其道，相地广狭，间筑城堡，可贮粮石，扎营寨兵，可守望亦可设伏。地如民产，令民自筑，免其徭粮，如系闲旷，当督守汛兵丁修筑。使彼来无所掠，去不能归，此坐而窘之一道也。
在全面迁界以前，少数地方已经采取了把海滨居民赶入内地的措施。例如，顺治十七年福建总督李率泰以海氛未靖为理由，建议“迁同安之排头、海澄之方田沿海居民入十八堡及海澄内地”。九月，得旨允行。
大规模迁海政策的提出，史籍中有不同说法。其一是说出自黄梧的建议：
海澄公黄梧一本，内密陈灭贼五策：一、金、厦两岛弹丸之区，得延至今日而抗拒者，实由沿海人民走险，粮饷油铁桅船之物，靡不接济。若从山东、江、浙、闽、粤沿海居民，尽徙入内地，设立边界，布置防守，不攻自灭也。……
另一种说法是清廷采纳了旗下汉人房星焕的献策。清初王沄写道：
呜呼，倡为迁海之说者谁与？辛丑（顺治十八年），予从蔡襄敏公（蔡士英）在淮南。执政者遣尚书苏纳海等分诣江浙粤闽迁濒海之民于内地。蔡公曰：“此北平人方星焕所献策也。”公曰：“星焕者，北平酒家子也。其兄星华，少时被虏出关。……从入关，始与其弟星焕相聚。星华官至漳南太守，星焕从之官。海上兵至，漳城陷，兄弟皆被掠入海，旋纵之归。其主问海外情形，星焕乘间进曰：“海舶所用钉、铁、麻、油，神器（指火炮）所用焰硝，以及粟、帛之属，岛上所少。皆我濒海之民阑出贸易，交通接济。今若尽迁其民入内地，斥为空壤，画地为界，仍厉其禁，犯者坐死；彼岛上穷寇内援既断，来无所掠，如婴儿绝乳，立可饿毙矣。其主深然之，今执政新其说得行也。”盖蔡公之言如此。……呜呼，不仁哉！执政者方忻然以为得计也，骤迁星焕官至山左监司……
阮旻锡《海上见闻录》持同样说法，只是方星华写作房星烨，方星焕写作房星曜。“原任漳州知府房星烨者，为索国舅门馆客，遂逃入京，使其弟候补通判房星曜上言，以为海兵皆从海边取饷，使空其土，而徙其人，寸版不许下海，则彼无食，而兵自散矣。升房星曜为道员，病死无嗣。至是，上自辽东，下至广东，皆迁徙，筑短墙，立界碑，拨兵戍守，出界者死，百姓失业流离死亡者以亿万计。”康熙《漳州府志》的记载也大抵相同。又，该书卷十《秩官志》记知府有“房星烨，正黄旗人，贡生，（顺治）九年任，十一年郡城破，降贼，既而逃归”。另据康熙《山东通志》记载本省任职官员名单中按察副使项下有“房星焕，北直永平人，廪生，康熙四年任分巡武德道”。
参考各种记载，可以大致确定：先后提出过类似建议的并不限于一个人，但直接引起清廷重视导致发布全面迁海令的却是房星烨、房星焕兄弟。
查考迁海令的策动者究竟是谁，目的在于探讨清初统治集团中不同力量的动向。清廷中占主导地位的是满洲贵族，他们统率的八旗子弟弓马娴熟，是陆战的好手，海上交锋却固非所习，决策迁海可谓是扬长避短。依附清廷的汉族官员或是由于传统观念，或是由于本身利害攸关，大抵都不赞成迁海。迁海诏书发布不久，湖广道御史李芝芳就“冒死条陈”八不可，其中说：“未闻堂堂天朝，迁民避贼者也。……今诏欲徙五省沿海边民，何以垂训后世？”后来，广东巡抚王来任病危，不用再担心“功令之所甚严，诸臣之所忌讲”了，直言不讳地反对迁界：“臣思设兵以卫封疆而资战守，今避海寇侵掠，虑百姓之赍盗粮，不见安攘上策，乃缩地迁民，弃其门户而守堂奥，臣未之前闻也。”康熙七年四月，福建水师提督施琅也奏称：“伏思天下一统，胡为一郑经残孽盘踞绝岛，而折五省边海地方画为界外以避其患？自古帝王致治得一土则守一土，安可以既得之封疆而复割弃？况东南膏腴田园及所产渔盐最为财赋之薮，可资中国之润，不可以西北长城塞外风土为比……”前引漕运总督蔡士英（蔡祖籍为江苏宿迁）的私下非议也透露了个中消息。从另一方面看，清廷推行迁海政策时派往东南沿海各省的巡视大员却毫无例外地全是满洲贵胄。两相对照，多少可以触及这一重大决策的内幕：满洲贵族们怯于海战，决心牺牲一部分汉人的利益。作为满洲家奴的房星焕正是摸准了主子的心理，一言即合，得到越级提拔。
沿海迁界令发布以后，清廷于1661年（顺治十八年）八月派出官员前往各省巡视“立界移民”。从这年九月起就随着钦差大臣的来到，各地雷厉风行地把濒海居民驱赶进内地。迁界的范围原则上包括了沿海各省。福建总督姚启圣在一份奏疏中说：“在当日原因福建海贼猖獗而议迁界，又因贼势蔓延止迁福建一省之界不足困贼，故并迁及广东、浙江、江南、山东、北直五省之界，是迁五省之界者其祸实始于福建之郑贼也。”按照这个记载，当时奉诏迁海的共有直隶、山东、江苏、浙江、福建、广东六省（按现在的分省还包括了广西、海南二省沿海地区）。不过，由于郑成功义师的主要据点在福建，对清政府威胁最大因而迁界令执行得也最严格的是福建和同福建相邻的广东、浙江三省。自江苏以北，迁海政策相对而言执行得稍宽一些。清初上海人叶梦珠谈到迁海情况时说：“于是尽徙山东、闽、浙以及江北、江南滨海之地，严禁不许人迹至海澨，片板不容入海洋。……吾乡独从南汇所守备刘效忠议，以为松属沙滩，素号铁板，船不得近，不在迁弃之列。”山东距离福建和台湾较远，迁界的规模和时间都比较有限。1663年（康熙二年），山东总督祖泽溥疏言：“宁海州之黄岛等二十岛及蓬莱县之海洋岛，皆远居海中，游氛未靖，奸宄可虞，请暂移其民于内地”，得到清廷的批准。到三年六月祖泽溥的疏中又说：“登、青、莱三府属海岛居民已归内地，其岛内地粮应豁免”，看来山东省所迁的只是海岛居民。四年三月，清廷谕兵部：“山东青、登、莱等处沿海居民，向赖捕鱼为生，因禁海多有失业。前山东巡抚周有德亦曾将民人无以资生具奏。今应照该抚所请，令其捕鱼，以资生民。”所以，当时人认为清政府推行迁海政策“江浙稍宽，闽为严，粤尤甚”。
顺治十八年十二月十八日，清廷再次发布《严禁通海敕谕》，其中说：“郑成功盘踞海徼有年，以波涛为巢穴，无田土物力可以资生，一切需用粮米、铁、木、物料皆系陆地所产，若无奸民交通商贩，潜为资助，则逆贼坐困可待。”下文说“今滨海居民已经内迁，防御稽察亦属甚易”，自康熙元年起如仍有“通贼兴贩者，即行擒拿照通贼叛逆律从重治罪”。这里说的从重治罪的人似乎只是“通贼兴贩者”，实际上掩盖了越界一律处斩的真相。
在立界的距离上，史籍中有说濒海三十里的，有说四十里、五十里以至二三百里的。康熙三年（1664）四月洪若皋《遵谕陈言疏》中有，“顺治十八年奉旨沿海迁移三十里”，又说，“迁界原奉旨三十里”。洪若皋当时任职福建福宁道，他在疏中自称“沿海七百余里，悉臣管辖”，由此可以断定清廷发布的迁海诏书中规定了以距海三十里为界。实际上由于地势不同和奉行官员的任意专断，各地所立的边界距海里数并不一样。洪若皋的疏中就说道，“闽以路为界，遂有不及三十里、远过三十里及四十里者有之”。下面这段记叙多少反映了当时划界的情况：
于是朝使至，偕督、抚大吏往相地焉。有司惧供亿之烦扰也，则采山之最高者设帷幕以俟。至则立马高冈，望见海波，扬鞭指画定徙界，往往山下纡折去海辄百余里云。
从康熙二十二年奉命巡视广东、福建两省展界事宜的工部尚书杜臻报告的情况来看，即使在同一个县内各处迁界的里数也不一致。例如，广东的钦州边，“边界以外距海四十里者为织篱围村、鱼洪村；三十里者为黄屋屯、孔明村、大值村；二十五里者瓦灶村、鸡窝村；二十里者根竹村、墟埠村、旧关村、胎暮村、洞晚村；十里者长山村、埠头村、那畔村、料连村；及近海六七里以下至一二里若岭脚村等，皆移并，三年续迁，共豁田地四百七十一顷有奇”。又如福建的福清边，“边界以外斗入海八十里万安所，七十里牛头寨，五十里泽朗寨，四十里松下，十里镇东卫，附海五里海口桥、上迳镇，二里硋灶俱移，共豁田地四千六百三十四顷有奇”。可见，那种认为各地迁界是一律后迁若干里的说法不够准确。
有的地方所立边界屡经后移，离海越来越远。例如，广东迁徙沿海居民在康熙元年二月，清廷派科尔坤、介山二大臣巡视海疆，“令滨海民悉徙内地五十里，以绝接济台湾之患。于是麾兵折界，期三日尽夷其地，空其人民”。康熙二年“华大人来巡边界，再迁其民”。“甲寅（康熙十三年）春月，续迁番禺、顺德、新会、东莞、香山五县沿海之民”。“初立界犹以为近也，再远之，又再远之，凡三迁而界始定”。又如福建省长乐县在顺治十八年十月“命沿海居民迁内地，北从雁山抵金峰，南至大屿转壶井，直至三溪为界，络绎设八寨”。次年，“复命八寨居民内迁，北至鹤岭，南至六都井门为界”。
清政府总是把迁海说成是一项关心民瘼的德政。开始迁海时，清廷在顺治十八年闰七月上谕中说：“前因江南、浙江、福建、广东濒海地方，逼近贼巢，海逆不时侵犯，以致生民不获宁宇，故尽令迁移内地，实为保全民生。”康熙二十三年全面展界，经办大臣在刊示晓谕百姓时又说：“先因海寇陆梁，游出没，不时抄掠尔等。皇上为尔等身家计，权移内地以避贼锋。”这完全是一派谎言。迁海自始至终都是以极其野蛮的方式摧残沿海居民的一场骇人听闻的暴行。清政府画地为牢确定所谓的“边界”以后，就以极其蛮横的手段驱赶界外的居民进入内地。迁徙的时间规定得非常短促，一般是三天，过期派官兵驱赶。为了断绝迁民后顾之心，界外的房屋全部焚毁一空。当时人留下的记载说：
以予所见言之，方海患昌被（猖披）时，当事议主坐困，迁濒海数千里内居民入内地，以绝其交通之路。朝命甫下，奉者过于严峻，勒期仅三日，远者未及知，近者知而未信。逾二日，逐骑即至，一时跄踉，富人尽弃其赀，贫人夫荷釜，妻襁儿，携斗米，挟束稿，望门依栖。起江浙，抵闽粤，数千里沃壤捐作蓬蒿，土著尽流移。
檄下民尽徙。稍后，军骑驰射，火箭焚其庐室，民皇皇鸟兽散，火累月不熄。而水军之战舰数千艘亦同时焚，曰：“无资寇用。”
初，（广东香山县）黄梁都民奉迁时，民多恋土。都地山深谷邃，藏匿者众。平藩（平南王尚可喜）左翼总兵班际盛计诱之曰点阅，报大府即许复业。愚民信其然。际盛乃勒兵长连埔，按名令民自前营入，后营出。入即杀，无一人幸脱者。复界后，枯骨遍地，土民丛葬一阜，树碣曰木龙岁冢。木龙者，甲辰隐语也。
令下即日，挈妻负子载道路，处其居室，放火焚烧，片石不留。民死过半，枕藉道涂。即一二能至内地者，俱无儋石之粮，饿殍已在目前。……火焚二个月，惨不可言。兴（化）、泉（州）、漳（州）三府尤甚。
当播迁之后，大起民夫，以将官统之出界，毁屋撤墙，民有压死者。至是一望荒芜矣。又下砍树之令，致多年轮囷豫章、数千株成林果树、无数合抱松柏荡然以尽。……三月间，令巡界兵割青，使寸草不留于地上。
先画一界，而以绳直之。其间有一宅而半弃者，有一室而中断者。浚以深沟，别为内外。稍逾跬步，死即随之。
昔者清野令下，迁边民于内地。民之载子女、辇家具入者如归于虚，其不能举者则委而弃之。于是，废丹青，毁神像，凡里社颂祷之神，春秋报赛之祀，皆撤而不举。甚者游食无赖之民刮碧折木瓦以裒衣食。鬼怨神恫，山愁谷怒。
居民被驱赶入界以后，有敢出界者杀无赦。先看福建省的情况：在福宁州，“州地以大路为界，南路以州前岭为界，松山、后港、赤岸、石坝近城亦在界外。道旁木栅，牛马不许出入。每处悬一牌，曰：敢出界者斩！”“越界数步，即行枭首。”在莆田县，“着附海居民搬入离城二十里内居住，二十里外筑土墙为界，寸板不许下海，界外不许闲行，出界以违旨立杀。武兵不时巡界。间有越界，一遇巡兵，登时斩首”。这个县的黄石千总张安“每出界巡哨只带刀，逢人必杀。……截界十余年，杀人以千计”。上引洪若皋疏中说：“闽以边路为界，路下近海者为界外，路上近山者为界内。当日迁移时，凡路下之民居尽毁，而路上不毁。既迁之后，凡路上之民越出路下即为越禁。……孰不知以路为界，民之住于路上而近路边者，檐溜之前即为界外。夫细民势不能不畜鸡豚，鸡豚势不能识界禁，一旦越出路下，人或从而追之，塘兵远了，即加以越界之罪。况道路不无歧口旁径之分，行旅之人未谙路径，跬步失足，防兵群系累之，以越界论，致于有司，即或得辨释放，而行橐衣资已罄掠矣。”福建沿边居民当时处于怎样一种如临深渊、如履薄冰的境地，也就可以想见了。
再看广东省的情况，“东起大虎门，西迄防城，地方三千余里，以为大界。民有阑出咫尺者执而诛戮。而民之以误出墙外死者又不知几何万矣。自有粤东以来，生灵之祸莫惨于此”。“向所谓界者，掘地为沟，广不盈丈，插竹引绳以表之，或遇山则绕山址为沟，曰此界外山也。亦有去城不里许为界者。民间畏同陷阱，侧足不前。而愚懵无知，往往误入其中。是时所司尚有以出界坐辟爰书请者，皆贫嫠村竖往拾蚌蛤之属，为吏所掩获者”。
各省所设立的界线也不一致。浙江“当迁遣时，即将拆毁民房木料，照界造作木城，高三丈余，至海口要路复加一层二层，缜密如城隍。防兵于木城内或三里，或五里搭盖茅厂看守”。福建和广东的情况差不多，开初以插旗、木栅、篱笆为界；后来就越来越严格，或是“浚以深沟”，或是“筑土墙为界”；再后来干脆征发民夫大兴土木，把土墙改筑为界墙，并且沿界建立寨、墩，派设官兵扼守。
（康熙七年）正月奉文，着南北洋百姓砌筑界墙，从江口至枫亭。墙阔四尺，高六尺，每户计筑二丈一尺。界口起瞭望楼一座，遇海另筑界堤。
关于沿边设兵戍守的堡塞，福建称之为寨、墩，广东称之为台、墩。大致情况是：“界畛既截，虑出入者之无禁也，于是就沿边扼塞建寨四，墩十数，置兵守之。城外乡民按户征银，照丁往役。……一寨之成，费至三四千金，一墩半之。拷掠鞭捶，死于奔命者不知凡几矣。”“寨周阔百六十丈，墩周阔十丈不等。”“五里一墩，十里一台，墩置五兵，台置六兵，禁民外出。”
看了上面列举的事实，不难明白清廷所谓迁海是为了“保全民生”究竟是怎么一回事了。时人卢若腾在《虏迁沿海居民诗》中说：“天寒日又西，男妇相扶携。去去将安适？掩面道旁啼。胡骑严驱遣，克日不容稽。务使濒海土，鞠为茂草萋。富者忽焉贫，贫者谁提撕？欲渔无深渊，欲耕无广畦。内地忧人满，妇姑应勃谿。聚众易生乱，矧为饥所挤。闻将凿长堑，置戍列鼓鼙。防海如防边，劳苦及旄倪。既丧乐生心，溃决谁能堤。”
沿海迁界政策的推行，不仅使大批滨海居民在违旨“透越”的罪名下惨死于清政府屠刀之下，对于我国社会经济的恢复和发展也是个严重的阻碍，主要表现为以下几个方面：
一、界外弃为灌莽。
我国是世界上海岸线最长的国家之一，人民群众世世代代为开发濒海地区进行了艰辛的劳动。这里有良田沃土，有可资富国的渔业和盐业，有同海外贸易交往的口岸。迁海一声令下，濒海地区遭到清政府官兵的尽情破坏和蹂躏，转瞬之间化成了一片废墟。康熙八年一度展界之后，有人看到界外的情况是：
以予所睹，界外所弃，若县若卫所，城郭故址，断垣遗础，髑髅枯骨，隐现草间。粤俗乡村曰墟，惟存瓦砾；盐场曰漏，化为沮洳。水绝桥梁，深厉浅揭，行者病之。其山皆丛莽黑菁，豺虎伏焉。田多膏腴，沟塍久废，一望汗莱，良可惜也。
以荒废的耕地而言，据康熙二十三年奉命巡视粤闽开界事宜的工部尚书杜臻列举的数字，广东一省“广州、惠州、潮州、肇庆、高州、雷州、廉州等七府所属二十七州县、二十卫所沿边迁界并海岛港洲田地共三万一千六百九十二顷”；福建一省“福州、兴化、泉州、漳州等四府、福宁一州，所属十九州县，原迁界外田地共二万五千九百四顷零”。两省合计折合亩数为五百七十五万九千六百余亩。又如浙江省温州府属原额田、园、地二万四千六百一十三顷零，经过康熙八年展界部分复业之后实存田地数也只有一万六千四百九十九顷零。其中平阳一县七千七百五十一顷零田地园在顺治十八年迁界时竟全部“弃置”，康熙九年以后部分展界，招民复业，直到康熙二十年编审时各则田地园还只有三千二百六十三顷零。台州府属的临海县顺治“十八年奉文迁界，弃田一十九万九千二百九十三亩零”；宁海县也弃去民田一千一百五十顷六十六亩零，另有民涂田二百一十二顷三十三亩零，也在“顺治十八年全迁”。可见，由于迁海而荒芜的田地数字是非常惊人的。
问题还不仅是耕地，沿海地区历来是捕鱼和煮盐的重要场所。厉行片板不许下海的禁令和迁界之后，“万顷沧波舟楫绝，何人更有羡鱼心？”渔业几乎完全陷入绝境。“渔者靠采捕为生，前此禁网严密，有于界边拾一蛤一蟹者杀无赦。咫尺之地网阱恢张，渔者卖妻鬻子，究竟无处求食，自身难免，饿死者不知其几”。海盐的生产也差不多完全停顿。广东的盐场原有二十九个，康熙“元年迁界，诸场多在界外”。“闽中盐场有七，在福州者曰海口场、曰牛田场，在泉州者曰惠安场、曰浔美场、曰洲场、曰浯洲场，在兴化者曰上里场，初迁多在界外”。浙江省温州府属的乐清县长林盐场、瑞安县双穗盐场也在顺治十八年迁海时弃之界外。台州府属“渔盐之利较他郡为胜，但只临海、黄岩、宁海三县有场”。然而，临海县的杜渎场、黄岩县的黄岩场、宁海县的长亭场这三个主要产盐地都成了迁海政策的牺牲品，直到康熙九年局部展界以后才逐渐地恢复起来。正是由于盐场多在界外，使关系民生甚大的食盐生产受到严重影响。福建的老百姓往往“淡食”。广西南宁、太平、思恩三府原来食用广东廉州产盐，郁林州等处食用高州产盐，“路近价贱，有便于民”；迁海之后，高、廉二府的“盐田尽迁”，不得不改销价高的梧州引盐。
二、迁民的颠沛流离。
受迁海之害最深的自然是被迁的所谓界外居民。他们好比生机勃勃的草木突然被拔离故土，忍受烈日的炙烤。广东的情况是：
先是，人民被迁者以为不久即归，尚不忍舍离骨肉。至是飘零日久，养生无计。于是父子夫妻相弃，痛哭分携。斗粟一儿，百钱一女。豪民大贾致有不损锱铢、不烦粒米而得人全室以归者。其丁壮者去为兵，老弱者辗转沟壑。或合家饮毒，或尽帑投河。有司视如蝼蚁，无安插之恩；亲戚视如泥沙，无周全之谊。于是八郡之民死者又以数十万计。
福建的情况也并不好一些：
海滨迁民，初时带有银米及锱重，变卖尚可支持。日久囊空，既苦糊口无资，又苦栖身无处，流离困迫……谋生无策，丐食无门，卖身无所。辗转待毙，惨不忍言。
康熙元年十一月，也就是福建迁海之后的第一年，礼科给事中胡悉宁上言：“据福建抚臣许世昌疏报，海上新迁之民，死亡者八千五百余人。”胡悉宁还说，此外“未经册报者又不知凡几”。康熙四年，李率泰在遗疏中也说：“臣先在粤，民尚有资生，近因迁移渐死，十不存八九。”可见徙民受难的深重。
迁民们既然被视若蝼蚁、泥沙，任人践踏，软弱者成了牺牲品，强悍者则铤而走险。一部分迁民参加了郑氏义师，或在当地揭竿而起，由清朝子民被逼成了反清战士。还有一部分迁民在内地无法谋生又不甘心坐以待毙，就砍人树木，伐人坟墓，掠人妻女，无所不为。甚至“夜间什伍为群，剜壁抉门，善入强出，人不敢撄。……又或百十为群，各执枪刀，强劫乡间富室”。内地居民因之惶惶不安，政府官员也穷于应付。
三、清政府赋税收入的减少和百姓的摊赔。
界外土地全部抛荒，自然无法从这些地方征收赋税，清政府的财政收入因而减少。康熙十二年福建总督范承谟的奏疏中写道：“自迁界以来，民田废弃二万余顷，亏减正供约计有二十余万之多，以致赋税日缺，国用不足。”康熙十九年福建总督姚启圣又说：“照得边海地方播迁，百姓抛产弃业，流离失所者二十年矣，朝廷正供以徙界缺额者四百余万两。”根据复界时工部尚书杜臻的报告，福建省由于迁海废弃的田地为二万五千九百余顷，同范承谟所说“民田废弃二万余顷”相合，可知亏减正课二十余万两是福建省一年的数字，缺额四百余万两是福建一省从顺治十八年到康熙十九年二十年间的累计数字。广东由于迁界损失的赋税还要更多些，据康熙七年广东巡抚王来任的遗疏说，该省“每年抛弃地丁钱粮三十余万两”。如果考虑到盐课、渔课、商税等方面的减额，再加上浙江、江南、山东各省的数字，清政府在赋税方面的损失肯定是相当大的。
当时，清朝廷因为连年用兵，财政入不敷出。顺治十二年工科给事中王命岳在疏中就说过：“今国家所最急者，财也。岁入千八百一十四万有奇，岁出二千二百六十一万有奇，出浮于入者四百四十七万。国用所以不足，皆由养兵。”顺治十八年还食言自肥，恢复了明朝剿饷，加赋五百多万两。在这种情况下，清政府采取了责令界内居民摊赔的办法来弥补部分缺额。“其（界外）四十里之岁课，同邑共偿之。至有所偿过于其土著者。……自江南达东粤数千里，盐场在界内者勿论，其界外缺额商赔之。”“惟以浙、闽、山东等处因迁而缺之课额均摊于苏、松不迁之地，曰摊派，而盐课之额极重矣。”
四、对外贸易停顿。
我国海上对外贸易在明代已经发展到相当水平。明末崇祯年间由于“通番获利十倍，人舍死趋之”，出现了“穷洋竟同闹市”的兴旺局面。清初实行禁海特别是迁海政策以后，不仅私人海上贸易被阻塞，连封建官府直接控制的市舶贸易也一度完全停顿。杜臻在奉派巡视广东、福建两省展界事宜时说过，“是役也，有当行之事四焉”，其中之一是“故事：直隶天津卫、山东登州府、江南云台山、浙江宁波府、福建漳州府、广东澳门各通市舶，行贾外洋，以禁海暂阻，应酌其可行与否”。他在巡视途中经过澳门，又谈道，“禁海时番舶暂阻，澳人贫困。康熙二十年贡一狮子，求通商，以济远旅。许之。由是番舶复通”。由澳门进口的货物允许经陆路运到香山，朝廷派官员董其事。可见，在迁海政策的直接影响下，从康熙元年到二十年，我国大陆的海上对外贸易中断了二十年。清初慕天颜（曾在福建任知府，后任江宁巡抚、漕运总督等职）说：“本朝顺治六、七年间，海禁未设，见市井贸易多以外国银钱，各省流行，所在多有。自一禁海之后，绝迹不见，是塞财源之明验也。”复界之后，禁海政策仍然延续了下来，至多不过是在一段时间里放宽一点出海的限制。这种作茧自缚式的闭关政策严重地阻碍了我国社会的发展。
迁海政策加重了我国社会的闭塞性，人民的活动领域和地区都受到限制。以海南岛为例，清代在这里设琼州府，下辖三州十县。由于岛的内陆五指山区是黎族同胞居住的地方，“州县反环其外，惟定安居中，余皆滨海，势不可迁”。但是，清政府仍然在全岛“边周环立界二千七百里，惟海口所津渡往来如故，自余鱼盐小径俱禁断不行”。可以想象，在这种禁令下海南人民的活动范围是多么狭窄，给他们带来的困苦又是多么严重了。
清政府为了防微杜渐，对入海的河流一律发兵把断，河中钉立木桩，防止舟船透越。如福建省，“其入海之水曰潘渡河、曰铜镜河、曰廉村河、曰洋尾河、曰大梅河、曰赤头河、曰云霄河、曰开溪河，皆断而守之”。苏北兴化县白驹场原来建造了闸口四座，按照旱涝情况调节淮扬一带的河水入海。尽管“白驹场离海甚远，并非沿边地方”，清政府也悍然下令填塞，“以致水无所出，淹没田亩”，使水利变成了水害。
清廷颁布迁海令，原来的目的是断绝郑成功义师的物资供应，以收不攻自破之效。这样的目的达到了没有呢？清政府作为政策的制定者自然是声称效果显著，说什么此策既行，“贼势果绌，降者接踵”。就康熙二十三年台湾回归大陆，实现了全国统一来看，似乎证明迁海政策不无效果。实际上并不是这么回事。
就在清政府雷厉风行地强迫驱赶沿海百姓迁往内地的时候，郑成功亲统大军渡海作战，从荷兰殖民主义者手中收复了我国神圣疆土台湾。郑成功对清廷的决策迁海深为不满，同部下将领谈及此事时叹息道：“吾欲留此数茎发，累及桑梓人民，且以数千里膏腴鱼盐之地、百万亿众生灵，一旦委而弃之，将以为得计乎？徒殃民而已。吾若不决志东征，苟徇诸将意，株守各岛，岂不笑吾英雄为其束缚？今当驰令各处，收沿海之残民，移我东土，开辟草莱，相助耕种，养精蓄锐，俟有衅隙，整甲而西，恢复迎驾，未为晚也。”郑经还接受忠振伯洪旭的建议派遣屯兵入山伐木，修造船舶战舰，“又别遣商船前往各港，多价购船料，载到台湾，兴造洋艘鸟船，装白鹿皮等物，上通日本，制造铜熕、倭刀、盔甲，并铸永历钱；下贩暹罗、交趾、东京各处以富国。从此台湾日盛，田畴市肆，不让内地”。由于布帛等物来源阻隔，价值昂贵，郑经又从参军陈永华之请，派江胜驻扎厦门，“斩茅为市，禁止掳掠，平价交易。凡沿海内地穷民乘夜窃负货物入界，虽儿童无欺。……其达濠货物聚而流通台湾，因此而物价平，洋贩愈兴”。郑氏父子“课耕积谷，务生聚，招徕远人”，凭借着军民的勤奋劳动和优越的自然条件，终于把台湾经营成了“田庐辟，亩浍治，树畜饶”，“人居稠密，户口繁息，农工商贾，各遂其生”的宝岛。到康熙二十三年清军收取台湾时，统军大将施琅所见到的情况是：“臣奉旨征讨，亲历其地。备见野沃土膏，物产利溥，耕桑并耦，渔盐滋生，满山皆属茂树，遍处俱植修竹。硫磺、水藤、糖蔗、鹿皮以及一切日用之需，无所不有。向之所少者布帛耳，兹则木棉盛出，经织不乏；且舟帆四达，丝缕踵至，饬禁虽严，终难杜绝。实肥饶之区，险阻之域。”杜臻也说：郑成功入台之后，“规度便近地，给兵屯种，而收赋于诸社以自给，又多种桐树及枲麻为治船之需”。这就表明，清廷的迁海政策不仅没有达到从经济上困死郑成功义师的目的，相反地，迫使他们走自力更生之路，在开发台湾的宏伟事业中做出了巨大贡献。
其次，清政府沿着人为的标界挖沟立墙，设兵戍守，固然增加了濒海居民同郑成功义师联络的困难，但并没有能够割断他们之间的来往。清初一位福建人士依据耳闻目睹写了下面一段话：
当是时，大吏以界外为大荒，人迹阻绝，寇指日穷饿死。而寇窃笑于岛屿曰：“是畀我以田园矣，予我以薮泽矣。”于是，群浮游于其间，架阁瓯脱，渐通奸民，为越贩之利，物之竹木，食之五谷，器用之油铁，以及布帛麻枲之属，昼伏宵行，络绎成市。……予尝游清漳，过蒜岭，望江阴废城，烟火迷漫，而缠头之寇（指不剃发的郑成功义师）且观剧其市。惊避之，肆主人曰：“无伤也，是征米者。”亦异矣。
这委实是一种滑稽的场面。在距厦门不远的一些地方，清方守边将士为求得安静宁谧，也私下放宽禁令，“虽汛地谨防，而透越不时可通，有佩鞍穿甲追赶者，明是护送；即巡哨屡行，有耀武扬威才出者，明使回避。故台湾货物船料，不乏于用”。一位当时的福建乡绅在诗中不无讽刺地说：“闽海昔迁徙，流离我黔首。高栋灰咸阳，寒烟昏白昼。四郡美田园，割弃资逋寇。拒门撤藩篱，阶除议战守。群盗方揶揄，佃渔恣奔走。流亡死内地，穷蹙遑相救？”沿海居民不顾禁令，冒着生命危险给郑氏义师提供粮食，在清政府官方文书中也有反映。康熙十七年福建总督姚启圣曾发布文告说：“近闻界内不法居民每每鸠输米谷于贼，公然赍为盗粮。……其中必有为首之人，代贼科敛。”
这些材料令人信服地表明，迁海政策只是给沿海居民造成了极大的灾难，给清政府自身带来了重重困难，对郑成功父子领导的义师并没有起到多大的威胁作用。康熙二十三年台湾的回归大陆是当时的大势所趋，无论在直接意义上还是在间接意义上都不是迁海政策的结果。如果清廷抱住迁海政策不放的话，台湾问题不仅不能解决，分离的局面还将继续拖延下去。值得注意的是，在清朝大臣中主张进取台湾的人（如福建水师提督施琅、福建总督姚启圣）都是迁海政策的反对者。清朝统治者对于自己的文治武功历来是不厌其烦地张扬备至。唯独对于沿海迁界这个涉及东南各省，持续时间长达二十年的重大政策却很少记叙，连清实录当中也只是寥寥数语，一笔带过。这种现象多少可以说明清廷事后终于明白自己的失策。依赖当时承办官员的文书、地方志和私家记载才多少保存了事情的真相，使我们从一个侧面看到清初推行的政策是怎样阻碍了我国社会经济的恢复和发展。
鲁王朱以海在1645年（顺治二年）七月出任监国以后，在东南沿海的抗清事业中做出了相当大的贡献。1651年（顺治八年）清军攻陷舟山，鲁监国在张名振等的军队扈卫下移居金门、厦门，由于郑成功不承认监国政权，而在西南建立的永历朝廷基本上得到了包括郑成功在内的南明各方势力的一致拥护，1653年三月，朱以海也承认了永历帝的正统地位，派使者上疏提出退位归藩。永历帝为了维护朱明王朝对东南地区的影响，仍然让他保留监国的名义。但这并没有多大实际意义，福建沿海的抗清实力基本上控制在郑成功手里，朱以海只是作为“寓公”过着寄人篱下的生活。
1661年（顺治十八年）永历帝及其太子被清军俘获，明统告绝。东南沿海的一些忠于明室的文官武将又重新酝酿拥戴朱以海出面组织朝廷。但是，掌握实权的郑成功父子对此毫不热心。次年（康熙元年）五月，郑成功突然得病去世。张煌言等一心以恢复明朝为己任的官绅志士立即提出由鲁监国继统。《海东逸史》卷二载：“五月初八日，延平王郑成功卒。海上诸臣议复奉王监国。”这一记载并不准确。“海上诸臣”商议的并不是“奉王监国”，而是拥立朱以海为皇帝。张煌言在这年七月《上鲁监国启》中说：“为国难已极，天命宜还。伏乞早定大计，以存正统，以图中兴事。春来阅邸抄，知去年十一月，缅夷内变，导虏入缅，致我永历皇帝蒙尘，一时扈从宗室官员无一得免。……但中华正统岂可久虚。只今胡亦以诸夏无君，遍张伪檄，荧惑视听。四顾敷天，止海上尚留左袒。臣以为延平藩（郑成功）必当速定大计，以申大义，亟誓大师，以报大仇。而至今寂寂，道路谣传又有子弄父兵难信之事（指郑经在众将领支持下违抗成功之命）。……计惟在闽诸勋镇，正在危疑之际，不若急用收罗之术，以为拥卫之资。然后速正大号，使天下晓然知本朝尚有真主，中国自有正朔。……臣今拟上诏书一道，伏祈主上密与宁靖王及诸缙绅谋之，发愤为雄，以慰遐迩。”当时他在浙江濒海军中，还不知道郑成功病逝。八月间，张煌言得到郑成功在台湾去世的消息，又曾两次启奏鲁国主，其中讲道：“去冬缅甸之变，君亡臣死，天下已无明室矣。止海上犹存一线，而主上尚在龙潜，真乃天留硕果。自当誓师讨贼，以维系人心，以嗣续正统。昔莽移汉鼎，光武中兴；丕废山阳，昭烈践祚；怀愍北狩，晋元称制；徽钦蒙尘，宋高继立。以视今日，谁曰不然。”张煌言明确地表达了他认为在永历朝廷覆灭以后，当务之急是拥立朱以海为帝，借以存有明之正统，号召远近，致力于复兴事业。然而，郑经对鲁监国态度的冷淡却较其父有过之而无不及。如张煌言启本中就提道：“八月八日，御史臣陈修捧纶音至臣营。臣焚香开读，知主上薪胆忧危，较昔倍甚。臣南望仓皇，罔知所措。”另一件启本中说“顾岛上勋贵，罔识春秋大义”，批评了郑经之流不能从大局着眼。更令人惊奇的是在张煌言《答闽南缙绅公书》中竟然出现这样的句子：“日来浙直老稚，喧传鹭左勋镇绅衿，复奉鲁王监国。正在疑信间。及接老先生公函，谆谆以鲁国主玉食为商。”“今不幸延平殿下薨逝，大丧未毕，繁费难支，即军储尚恐不给，何暇言及宗禄。旁观者岂不谅当事苦心？”“然我辈所为何事，而致亲藩流离琐尾，饥饿于我土地，非特诸勋贵之责，亦诸老先生之羞也。若新府（指郑经）肯敬承先志，敦厚天潢，哀王孙而进食。又何烦不肖之片芹寸曝哉。”透过张煌言的启本和书信，不难看出郑经掌权以后，鲁监国的“宗禄”被停发，日常生活都不能保证，还谈什么即位做皇帝。张煌言当时只有少数兵船驻泊于浙江沿海僻岛，用他自己的话来说：“臣以孤军，孑处荒壤，夷艘星列，五倍于臣，而臣又无蚁子之援。臣日夜枕戈，与死为邻，亦以死自誓。若轻为移跸（指从金门迎出鲁监国），则风鹤频惊，臣罪谁倭？倘仍栖浯岛（即金门），窃恐号召既远，复与臣呼应不灵。”处于焦虑两难之中，张煌言仍抱一线希望，“犹幸旧主之在”，拥明诸绅衿将领“或能旋乾转坤”，“首为拥戴”。可是，这个希望很快就化作泡影。朱以海当时正值中年，但身体状况却不佳，长期患有哮喘病，这年十一月十三日“中痰”去世，享年四十五岁。
张煌言在鲁王病死后，对前途感到完全绝望。他始终是一位抗清志士，而不是一个独善其身的人。何况他对郑氏父子的所作所为常有异议，所以没有像其他一些官绅那样跟随郑氏移居台湾，满足于保住先人衣冠头发。复明运动的旗帜既已不复存在，继续同清军作战也就失去了意义。1664年（康熙三年）六月，他下令解散自己部下的军队，只留下几个亲信居住于人迹罕至的悬山花岙，这是个距离舟山不远的孤岛。由于岛中不产粮食，日常所需不得不以寺庙和尚的名义前往舟山购买。清浙江提督张杰从降将处探知张煌言藏身于附近海岛，就派遣兵丁潜伏于舟山的普陀、朱家尖一带，不久果然截获了张煌言的购粮船，当即利用所获船只连夜赶往花岙。七月十七日天色未明时分，清兵出其不意地突然闯入煌言居室，煌言及随从被活捉，搜出永历帝颁发的“视师兵部”银印和九枚关防。张煌言被俘以后，断然拒绝了清政府的招降，在押解到宁波、杭州直至就义之前，写下了许多壮丽诗篇。如《被执过故里》诗云：“知者哀其辱，愚者笑其颠。或有贤达士，谓此胜锦旋。人生七尺躯，百岁宁复延。所贵一寸丹，可逾金石坚。求仁而得仁，抑又何怨焉？”《甲辰八月辞故里》诗更是脍炙人口：“国亡家破欲何之，西子湖头有我师。日月双悬于氏墓，乾坤半壁岳家祠。惭将赤手分三席，敢为丹心借一枝。他日素车东浙路，怒涛岂必属鸱夷。”九月初七日，张煌言在杭州遇害。在南明为数众多的人物中，张煌言的地位并不显赫，然而在长达二十年的抗清斗争中，他历尽了艰难险阻，处处以大局为重，几乎是一位无可挑剔的完人。黄宗羲为他撰墓志铭说：“今公已为千载人物，比之文山，人皆信之。余屈身养母，戋戋自附于晋之处士，未知后之人其许我否也。”可谓定评。