清朝初年，由于满洲贵族推行的民族压迫和民族征服政策，使民族矛盾在一段时间里上升成为我国社会的主要矛盾。在长达二十年的抗清斗争中，大顺军余部和大西军余部一直是这一斗争的主力。
顺治十八年（1661），南明永历帝被俘，次年李定国病死，部将有的牺牲，有的降清，结束了以大西军为主体的西南抗清斗争。这时，除了经营台湾的郑氏和张煌言部少数兵力驻于浙江沿海岛屿以外，在中国大地上继续坚持武装抗清的只剩下了四川东部和湖北西部以大顺军余部为主的所谓“夔东十三家”。“十三家”这个词并不大准确，它指的是以李来亨、刘体纯、袁宗第、郝摇旗、党守素、塔天宝、马腾云为首的大顺军余部以及以王光兴、贺珍等为首的其他抗清武装。所谓夔东，大致相当于长江三峡地区，这里山高水急，形势险要，从军事上来说，不仅是易守难攻的地方，而且切断了四川同湖北的通道，进可以出击两湖、豫西、陕南和四川，退可以据险自守。然而，由于这个地区基本上是重峦叠嶂，人烟稀少，生产很不发达，要维持一支足够强大的军队无论在人员补充上还是在物资供应上都有很大困难。直到顺治帝在位的中期，清军用兵的主攻方向是西南地区，不可能调集重兵围攻夔东抗清基地。郝摇旗、李来亨等人还有可能进军郧阳、襄阳一带，既打击了清朝的统治，也取得了部分人力、物力的补充。西南抗清斗争的失败，使清廷可以腾出手来集中兵力镇压夔东抗清武装。
康熙元年（1662）七月，清朝四川总督李国英向朝廷建议发动四川、湖广、陕西三省会剿，并请朝廷确定统一进兵的日期。他在密疏中说：
……闯逆余党郝摇旗、李来亨、刘体纯、贺珍、袁宗第、党守素、塔天宝、王光兴等贼窜伏于荆、郧、蜀东之间。在楚则远安、兴山、归州、巴东、施州卫、房、竹等处；在蜀则大宁、大昌、夔州、巫山、建始等处；而逼近陕西之兴安。计其切（窃）据地方横亘数千余里……楚蜀难通，气脉梗阻。向来勾通滇寇李定国等假窃号召，摇惑人心，其肆猖獗而稽天讨盖有年矣。前者台臣两次建议，奉旨会剿；旋又奉旨暂停。庙谟深远，诚非愚臣所能窥测。但诸逆向所倚恃观望，惟在滇南。今大兵远伐，六诏敉宁；而诸寇尚负固弄兵，阻我声教……逼处内地，有同养痈。……且楚、郧、秦、蜀处处设防，旷日持久，息肩无期。……惟祈立奋乾断，敕行进剿，俾屡年逋诛之巨寇速就殄诛……庙堂之上酌定师期，三省士马同于是日进发。……
李国英的建议正中清廷统治者的下怀。这年九月初四日奉旨：“这所奏三路进兵剿除郝摇旗等贼，说的是。著密速议奏，兵部知道。”兵部经过秘密会议后，同意了李国英的建议，提出如下具体方案：由湖广提督董学礼调总兵三员统兵三万，从湖广进剿；陕西提督王一正调总兵二员统兵二万五千，另调河南省的河北镇总兵鲍照统兵五千，凑足三万，从陕西进剿；四川由总督李国英亲自率领，官兵酌量带往。进剿的日期确定为康熙元年十二月二十日逼近抗清基地，同时发动进攻。这个方案在九月十三日得到清廷的批准，下达给川、楚、陕三省。这年年底，三路清军进迫夔东抗清基地，一场旷日持久的激烈战斗从此开始了。
由于夔东地区重峦叠嶂，山势险峻，进兵运粮困难重重，清政府为了尽量减少损失，采取了剿抚齐下的方针。顺治十八年八月初九日，清廷特地发布一道诏书招降刘体纯、郝摇旗等义军首领；诏书中说“兹特开一面，赦其既往之辜，予以功名之径。刘二虎等果能悔罪投诚，真心向化，即赦其前罪，优加升赏”，云云。次年，又颁发了同一精神的谕旨，在康熙元年，陕西总督白如梅《招抚刘体纯等书》《回贺道宁书》内除了传达清廷旨意，还反复说明清兵入缅、永历朝廷被俘，白文选和李定国之子李嗣兴、刘文秀之子刘震部已投降，郑成功也已病死，“天下事无复可望，又何所待乎？”劝他们做“识时务之俊杰”，并且以孙可望封义王，黄梧封海澄公，谭诣、谭弘封慕义、向化侯做典型，多方引诱。值得注意的是，这两件文书中都提到清方派遣招降义军首领的使者几次被郝永忠阻回。尽管清廷的招降政策收到了部分效果，夔东之战仍然是惊心动魄的。
1663年（康熙二年）正月初一日，李国英趁新春佳节之际，带领重夔镇总兵程廷俊、抚剿署总兵梁加琦两部官兵从夔州（奉节县）出发，顺长江北岸“沿岸前进”，于初三日渡过大宁河，占领了大昌县（今大昌镇）。驻守在这里的明军袁宗第部战败，被迫将城内房屋粮草放火烧毁，撤往茶园坪。据守大昌北面大宁的是岐侯贺珍，这时已经病死，由其子贺道宁以富平伯名义统率部众。贺道宁见袁宗第败走，清兵迫近营垒，吓得失魂丧魄，于正月十八日向李国英投降。李国英即于是月下旬分兵两路夹攻茶园坪，同时派出部分军队堵截郝摇旗、刘体纯来援之路。袁宗第虽然据险拼杀，终因寡不敌众，将士阵亡和跳崖跌死的多达二千五六百人，被俘三百余名，部下新化伯冯启凤缴印投降。袁宗第带着残兵败卒乘夜跳崖脱走，同郝摇旗部合营。四川清军也因为粮草不继，暂时停止了追击。
与此同时，湖广清军在提督董学礼率领下攻占了香溪口，这里是李来亨部据守的兴山县进入长江的重要通道。正月上旬，陕西提督王一正带领陕西、河南兵也由白土关进入湖北，攻占了竹山和竹溪二县。二月十五日，郝摇旗率部同清军交战于房县赤土坡，郝部被击败。清军三十六营驻扎于房县西面的茅坪，接着又在邓川峪再次击败明军。郝摇旗因兵力不敌，在房县境内无法立足，于六月二十日带领部下士卒和家口放弃该县山中营寨，取道上龛，在七月初十日到达川鄂交界处的吴家垣子，同刘体纯部会合。郝摇旗经营了十二年的房县据点从此落入清军之手。
在清军步步进逼、形势逐渐恶化的情况下，郝摇旗同刘体纯商议采取以攻为守的战术，联合以兴山县为基地的李来亨部对清军实行反击，借以变被动为主动，打破清政府的围剿计划。这个提议得到了李来亨的积极赞同，决定首先合力迎击湖广清军。出战之前，李来亨命人杀猪备酒犒赏了刘、郝两部将士，鼓舞斗志。七月二十三日，李来亨、刘体纯、郝摇旗三部联合对湖广清军大举反击。明军英勇作战，清“楚师全军失利”，董学礼指挥的三万官兵被杀得抱头鼠窜，“带伤、死者甚多”，“除杀伤外，挤窜于南阳河（在兴山县境内），水为不流”。湖广清军一直逃回彝陵（今湖北宜昌市），喘息方定。
取得东线重大胜利以后，李来亨、刘体纯、郝摇旗又联合袁宗第、党守素、塔天宝、马腾云共计七部约五万明军（均为原大顺军）乘胜西上，准备一举击破四川清军。当时，清四川总督李国英统率的官兵已进抵巫山县城。部下除提督郑蛟麟和重夔、建昌、遵义、永宁等镇陆师以外，还有不久前降清、熟悉三峡形势的明向化侯谭诣、慕义侯谭弘部水师，兵力相当雄厚。
八月二十四日，刘体纯，李来亨等七部数万之众乘船直抵巫山城下。次日凌晨，开始强行攻城。巫山县地处长江三峡之中，县城面江背山。清人李调元《巫山县》诗云：“小小巫山县，云峰密似麻。天宽才一线，地仄控三巴。……瞿塘天下险，莫更说褒斜。”这一地形特点既决定了它易守难攻，而一旦攻克，守敌势必全军覆没，逃跑的可能性很小。李国英意识到生死成败决于此战，除了两次向清廷告急请速派援兵以外（就巫山战役而言这几乎没有任何实际意义），致力于加强防守。他对部下将领说：“巫地势低凹，难驰骤。贼众若远来，利速战；我坚壁以待，彼不能久持。乘其懈，可击而歼也。”李国英“躬先士卒缮完城垣，北城下锭梅花木桩，桩下挑品字深坑；西城外之高唐观地高峻，可瞰城中，立敌楼炮台；东城外一阜峻阔，筑土寨焉”。他责成部将分汛把守，自己坐镇城内最高处调度指挥。为了鼓舞士气，他一面“大书赏罚之格，悬示城头”，一面“以小刀自随，指其地以告将士曰：‘此本部院报国之所，不令诸君独冒锋刃也。’”明军从八月二十五日起昼夜轮番进攻，志在必克。他们建造了土囤、挨牌、云梯等攻城设施，还开挖地道准备用爆破式透入城内的方法夺取县城。李国英则严厉督率部下官兵负隅顽抗。双方拼死搏斗了几天以后，李国英发现了明军给攻城部队运粮的饷道，就派出几百名精兵用白布包头伪装成明军，潜伏在明军运粮路旁。见有运粮士兵经过，就从暗中猝然击杀，然后把尸体和粮食拖到林木荒草间。他还下令把明军为运粮和兵员往来而铺设的浮桥砍断，使攻城明军得不到食品等物资和兵员的补给，陷于饥疲交困之中。九月初七日，李国英认为时机已到，在黎明时分突然开城出战。明军虽然奋勇迎敌，但已成强弩之末，被清军击败，阵亡将士多达七千人。刘体纯、李来亨等被迫于次日撤退。
1663年（康熙二年）七月至九月的东、西两线反击战，是原大顺军改编成的明军在夔东地区为了打破清军围剿而展开的两次规模较大的战役。结果是一胜一负，虽然打击了清军的嚣张气焰，自己却并没有摆脱战略上的被动局面。在这以后，随着清军兵力的不断增强，夔东基地逐渐缩小，抗清义师基本上处于被动挨打的地位。
这年秋天，清廷接到湖广清军严重失利的报告，四川当局又一再求援，决定增派满洲八旗兵参战。命西安将军傅喀禅、副都统杜敏带领驻防西安满兵由陕入川，从水路抵巫山；另调京师八旗禁旅一万名，以都统穆里玛为靖西将军、都统图海为定西将军率领前往湖广，加强东路清军实力。十一月二十九日，傅喀禅、杜敏带领的西安满洲兵到达巫山。由于途经汉中入川，“栈道崎岖，马匹困惫”，李国英奴颜卑膝地下令把自己所统四川绿营兵的马匹让给满兵骑乘，“鼓励汉兵荷戈步走”。十二月，穆里玛、图海带领的八旗禁旅也进至房县，从北面向兴山推进。清政府重兵的集结，标志着一场大战即将开始。明军内部一些意志薄弱者既震慑于清军的浩大声势，又忍受不了穷山僻水的艰苦生活，不断发生叛变事件。十一月间，郝摇旗部下的挂印总兵罗茂同向清军投降。十二月上旬，又有郝部挂印总兵马进玉、王之炳、张大盛、武自强，袁宗第部下的挂印总兵邓秉志、杨洵、赵云等带领部众集体哗变，叛投清朝。郝摇旗、袁宗第无可奈何，带着为数不多的士卒前往巴东投靠刘体纯。可是，这时刘体纯部的处境也已经相当困难。从四川方面推进的满汉清兵在十二月二十三日逼近了刘体纯的营垒陈家坡，大举进攻。刘体纯部抵敌不住，退到天池寨，部下总兵锁彦龙、吴之奇、王加玉、李之翠、刘应昌、胡君贵、田守一、王之礼等先后降清。清军乘势攻占了刘部重要据点老木崆。刘体纯见大势已去，同家属一道自缢而死。据文献记载，刘体纯“骁勇有方略，御众严明”，“颇知爱民”。他壮烈牺牲的消息传开后，当地百姓都为之伤心落泪。清四川总督李国英为收买民心，下令以礼安葬。二十六日，清军追至黄草坪，郝摇旗、袁宗第两人带领兵丁拼死抵抗，终因敌势过大，郝摇旗、袁宗第和永历帝所委派的部院洪育鳌被俘，长期依附于郝摇旗的明东安王朱盛蒗也被清军擒获，永历帝派出的监军太监潘应龙自缢身死。郝摇旗、袁宗第、洪育鳌、朱盛蒗被押解到巫山县城，后奉清廷旨意于1664年（康熙三年）十月十二日在该地杀害。
在讲述夔东地区的抗清活动时，有一个重要的问题需要澄清。清朝初年查继佐撰写的《罪惟录》中依据不可靠的传闻在南明诸主间添了一位所谓年号“定武”的“韩主”，对后世研究南明史事造成了很大的混乱，其文云：
韩王本铉，系太祖十九子宪王松之后，世封平凉。崇祯十六年，李贼自成陷陕，王被执，间脱。适献贼陷楚，其部将郝永忠者枭悍，军中望永忠摇旗辄奋，遂以郝摇旗著名，敌遇之震。及献贼死，摇旗内款，独奉韩王为主。自闽事坏（指隆武帝遇难），韩便称尊，改元定武。尝移书桂主（指永历帝），叙长幼，不称臣。……癸卯（1663，康熙二年）定武十七年，来亨被困，弃七连，保谭家寨。永忠与二虎（指刘体纯）合力，从来亨北御，大战四昼夜，北协湖广之师大挫。已而，巫山不能守，先败。房山旋败，韩主不终。
这段史料中的错误不胜枚举，如：一、郝摇旗原是大顺军李自成部下偏裨，误作大西军张献忠麾下之枭悍。二、永忠乃郝摇旗联明抗清后隆武帝所“赐”之名，误作本名。三、郝摇旗长期追随永历朝廷，不仅同何腾蛟、瞿式耜交往甚多，还曾在桂林亲自护卫永历帝出逃（见上文），误为自隆武帝遇难后即拥戴韩王本铉称尊，改元定武。四、即便有明初所封韩王后裔在大动荡中流落他乡自称或被推为“韩王”，也不可能名为“朱本铉”，因为按朱元璋亲自反复修改酌定后颁布的《皇明祖训》之《礼仪》篇规定了诸藩命名世系的二十字，“本”字为封于山东兖州的鲁王位下第十九世，明朝灭亡时鲁藩才传到第九世“以”字辈，如袭封鲁王朱以派、朱以海（即鲁监国）兄弟，根本不可能出现“本”字辈；韩王位下没有“本”字辈，所谓“韩王朱本铉”完全是空穴来风。查继佐曾经在鲁监国政权中任职，所著《罪惟录》中也记载“自帝系成祖下，预派二十字，世以辅名，名旁按五行取相生义。……而亲王亦各派二十字，载玉牒”，可见疏于查考。查氏立志著史，但常有失误。如他在《鲁春秋》一书中开头就说：“乙酉夏五月，南都不守，……杭诸绅奉皇太后命敦请潞王朱翊镠监国。”把朱常淓误记为其父老潞王。记鲁王监国事又云：朱以海“甲申（1644），甫袭封四日而东师入兖州，王南奔浙江”，显然是把1642年清军攻破兖州与1644年大顺军接管山东两件事混为一谈。记绍武政权则说：“唐王朱聿镇据广州自立”，把朱聿的名字误写作聿镇。查继佐在清初搜罗史料不易，辨别不清，误信讹传本不足怪。
辛亥革命后，孟森先生依据查氏所记，不厌其烦地抄录最常见史籍，撰成《后明韩主》一文，尽管他连东安王朱盛蒗、韩王朱本铉是一人还是两人都说不明白，仍然武断地写道：“是年（1643，崇祯十六年）献忠（？）陷平凉，韩王被执而脱走入楚，遂为郝摇旗所得而奉之。摇旗等盖已先降，其奉韩王，自为明延统之意矣。以后摇旗等久不见于史，从《罪惟录》观之，则正于山僻中缔造一韩主之明国时也。韩主立国，在丙戌（1646）九月闽败之后，已当清顺治三年。而十三家之帅，遂以郝永忠、李来亨等著。……”在南明诸将领当中，郝摇旗的记载是比较多比较有系统的，孟森先生说“摇旗等久不见于史”，只能说明他自己所见史料甚少。柳亚子先生撰《南明史纲·史料》一书中有《韩王本铉传》，他察觉了查氏所记有些不可靠，如韩藩排行没有“本”字辈，郝永忠不可能在隆武二年拥立本铉之类，也不列入正“编”（相当本纪）之中，然而在传文中仍然写道：“隆武二年丙戌八月，汀州不守，绍宗襄皇帝殉国。本铉方拥众保郧西乱山中之房县，遂建号自立，改元定武。然局蹐一隅，不能有所展布也。”柳亚子文中根据的除查继佐《罪惟录》外，多次提及全祖望、赵之谦撰写的《张苍水年谱》做旁证。其实，张煌言本人的诗文集中从来没有提到“韩王”“定武”，他写的《送吴佩远职方南行访行在兼会师郧阳》诗，意在寻访昆明破后流离失所的永历帝并且同夔东十三家军建立联系。全祖望、赵之谦撰年谱为此诗作注时即误信查继佐《罪惟录》窜入了“奉韩主本铉为主，改元定武”的情节，既歪曲了张煌言的原意，更无助于证实“韩主定武”。我们无意于对前辈学者吹毛求疵，但是，在南明史上凭空增加一个立国建号十七年的朝廷事关重大，不容不辨。即如孟森所言，“治明史者，不能忽为细事”。既然不是“细事”，又何必在未加详考的情况下做出极大胆的论断？只要对南明众多史料和清初档案加以排比考证，就可以知道根本没有什么年号定武的韩主。
指出称尊建号的“韩主”纯属讹传，并不是说明清易代之际没有一位“韩王”曾在郝摇旗营中参与复明运动。明崇祯朝廷覆亡前后，诸藩有的被擒杀，有的轻信清廷给以“恩养”的谎言自投罗网，有的流离失所。南明自弘光以后，除了对身份明确者予以安置外，已经不能依据谱牒确定袭封人选。朱明宗室人数既多，谱系亦紊，有的自称或被推为一字王（亲王）、二字王（郡王）以资号召，并不足怪。在现存档案、野史等文献中无论是在清统治区还是在南明管辖区都有很多谱系袭封情况不清楚的明朝藩王。郝摇旗营中确实曾经有过几位藩王，一位是东安王朱盛蒗，一位是通山王朱蕴釨，另一位是韩王朱璟溧。朱璟溧是明太祖之子韩宪王朱松的九世孙，顺治五年山西反清运动风起云涌时，他被虞胤、韩昭宣推举为“韩王”，作为复明运动的号召。山西兵败以后，朱璟溧逃到湖广南明控制区，不迟于1651年（顺治八年）进入设于湖北房县山区的郝永忠营里。他虽然很可能不是韩藩世袭近支，但是由于在山西等地复明志士中有一定影响，又受到夔东抗清义师郝摇旗等人的郑重接待，永历朝廷在宗藩凋零、谱系紊乱的情况下，出于策略考虑承认了他的韩王封号。从现有档案等文献看，韩王朱璟溧的任务主要是代表永历朝廷联络北方的复明势力。清初档案内有一件报告“逆王”朱存梧在河南洛阳地区秘密联络反清人士，准备在1656年（顺治十三年）元宵节起事，夺取洛阳的案件。朱存梧被清政府捕获后供述他在1651年（顺治八年）到过郝摇旗部据守的湖北房县山中，“住半年，与韩伪王相处，他是一字王”。朱存梧的供词明确说这位寄居于郝摇旗营中的韩王只是“一字王”，并没有说他建号称尊。何况朱存梧还供称在这以前（1649，顺治六年），他还“潜身至贵州省下投见永历，说要中兴，领受有龙边伪票一张，无龙边伪札四张，又空头伪札二张，结连会兵”，显然同郝摇旗等人一样是尊奉永历朝廷的。另一件清方档案为湖广总督祖泽远在顺治十三年的奏疏，其中说：山西人李企晟“先在韩城一带与虞胤同韩昭宣结草作乱，私立伪韩王，行伪永历事。企晟自加伪总督职衔，于顺治十二年十一月内自华山出营”，后来取道潼关，河南邓州、淅川，到达湖北均州，“郝永忠将企晟接入营盘安住。……至十三年二月十一日引企晟出山。比企晟遂于贼营内携带镀金印一颗、伪银印五颗、铜关防十八颗，伪永历敕札一道、伪历日一本，伪韩王龙札三十二张、伪龙票一十八张、伪国公札付五十张、伪咨揭帖三件、伪告示一十七张、伪书札五十件”，本拟“往陕西一路给散”，为南明招兵买马，不料进入清辖区不久就被清军捉获。李企晟在供词中说，他“于十二年间自华山来到邓州淅川县，至十一月十五日到均州黄家湾过河，十六日进山，十一月二十四日到房县郝永忠贼营住两月半，见韩王并郝永忠商议联络内外兵马，会同兴山、巴东各家头目，随领出敕印关防共二十四颗并龙告示书札，仍往山西一带散给众党陕西虞胤、太行山牛光天、五台山高鼎等”。值得注意的是，在同一文件中还提到李企晟派随行人员李得福到郝永忠营后“差赴云贵通信未回”。沈佳记：丙申十年（1656，顺治十三年）五月初一日，永历帝由李定国扈卫到昆明不久，就批准了韩王璟溧的请求，加封虞胤为莱国公，仍以文渊阁大学士兼兵部尚书总督军务的头衔联络山西、陕西清统治区内的复明势力进行斗争。从上面引用的文献来分析，韩藩宗室朱璟溧是在山西姜瓖等人于顺治五年反清时被虞胤、韩昭宣等拥立的，以“韩王”名义“行伪永历事”，权宜委任参加起义的文武官职。晋、陕大规模反清运动失败以后，朱璟溧辗转逃入湖北房县一带的郝摇旗营中，同永历朝廷的关系肯定比在山西时要密切一些；郝摇旗以至永历朝廷也希望借助他在晋、陕一带的旧有影响和关系联络北方清统治区内的复明力量。尽管我们掌握的只限于几件片断的可信材料，这些材料却毫无例外地证明韩王朱璟溧只是作为永历朝廷的代表人物进行过活动。从1656年（顺治十三年）到1662年（康熙元年）清军对夔东明军根据地展开三省会剿，时间已过六年，没有见到文献中再提及韩王朱璟溧，大约是已死。同郝摇旗、袁宗第等人一道被俘的只有东安王朱盛蒗，毫无“定武十七年，韩主不终”的任何迹象。如果清军擒杀了一位纪号称尊的南明皇帝，当事文官武将必然在奏捷疏中大肆吹嘘一番，怎么可能一字不提呢？至于夔东十三家武装尊奉永历朝廷，十三家首领人物和部将接受永历朝廷颁授的官爵，作为朝廷的象征和负责联络各部的“督师”“阁部”“部院”和太监都由永历帝委任，有大量材料证明。为了维护历史的真相，必须剔除所谓以“韩主”为首的“定武”朝廷的谬说，以免以讹传讹，贻误后人。
在形势急剧恶化的情况下，原来坚持抗清的一些领导人丧失了信心，先后率部向清朝投降。其中最著名的如据守长江南岸施州卫（今湖北恩施）一带的荆国公王光兴的降清。当清军开始围剿夔东义师时，他还拒绝清方招降，回信说：“当日郧阳一举，至今泪滴九原”，“不佞首阳饿夫耳，老此地云云”，表示鉴于其兄王光恩无辜被杀，同清廷势不两立。康熙二年（1663）十月，他却和永历朝廷任命的巡抚蒋尚膺一道带领部下兵丁七千余名向清朝湖广当局投降。康熙三年（1664），永历朝廷委派联络夔东各支义师的最高官员总督部院毛寿登也屈膝降清。甚至原大顺军旧部高级将领马腾云、党守素、塔天宝也觉得大势已去，在这年二月间带领部众向清军投降。
这样，到康熙三年春天，原来的夔东十三家只剩下李来亨（永历朝廷封临国公）部仍然坚持于湖北兴山县境内的茅麓山区，以大无畏的气概抗击着三省清军和增援的满洲八旗兵共达十万之强敌。清靖西将军穆里玛统兵到达茅麓山下后，自以为兵精将勇，为了收取全功贸然下令向山寨发起进攻。李来亨指挥部众凭借山险予以迎头痛击，满洲兵坠崖落涧，伤亡惨重，镶红旗副都统贺布索、一等阿达哈哈番桑图、穆里玛的第三个儿子苏尔马都被击毙。穆里玛追悔莫及，改由汉族军队打前阵，满洲兵督战，实行长期围困。满洲八旗兵在茅麓山区吃尽了苦头，直到凯旋京师以后仍然心有余悸。嘉庆年间，礼亲王昭梿在书中写道：“康熙初，命图文襄公海为督师，同川督李公国英、护军统领穆公里玛率三省兵会剿。诸将皆于层岩陡壁间，草衣卉服，攀援荆葛而进，逾年始荡平其巢穴。故今京师中谚语有其事险难者，则曰：‘又上茅麓山耶！’则当日之形势可知矣。”
二月初，四川总督李国英、提督郑蛟麟接到穆里玛咨文，领兵进抵茅麓山南面的黄龙山参加围剿。李国英同穆里玛、图海等观察了地势，“见逆寨高险异常，周围一百五十余里”，强攻难以取胜，但当地山岚陡峭，地瘠民稀，粮食等物资不能自给，因此他们决定采取长期围困的战术，由三省官兵会同满洲八旗兵分汛连营扼守。为了达到困死明军的目的，清军构筑木城，挑挖堑沟，竖立排桩，切断明军同外界的一切联系。木城是为清军驻守而设立的，城外挖掘阔深各八尺的壕沟；壕外埋设一道五尺宽的排桩，名为梅花桩。其形制是用长五尺、围一尺的原木一半埋入地中，地面桩高二尺五寸，各根木桩之间相距仅五寸，参差排列，状如梅花。这项耗费巨大人力、物力的工事完成以后，给李来亨部明军的行动和军需供应造成了极大的困难。
双方相持了几个月，李来亨部贮积的粮草消耗得差不多了，求战不得，被迫拼死突围。六月十五日深夜，李来亨亲自率领总兵五名、精兵数千名分路进攻清军防线，另派三名总兵带领士卒旁攻，牵制他部清军赴援。明军抬着云梯、盾牌，手持钩镰大斧，砍断木桩，填平沟堑，“炮矢如雨，蜂拥攻打”。由于清军防御严密，突围未能成功。闰六月初九日夜晚，李来亨再次率领数千名士卒向清军阵地发起猛攻，“枪炮齐发，势如风雨骤至”。明军战士“莫不奋臂争呼，拼死力战”。因双方兵力对比悬殊，明军虽“连攻五阵”，结果仍被清军击退。两次突围的失败，使李来亨深知打破清军重兵包围的希望已化作泡影，但他仍然大义凛然地决心与阵地共存亡。他把清方派来招降的叛徒李有实处斩，表达了宁死不屈的高风亮节。清军见劝降无效，进一步挑深壕堑，加固工事，以求不战而胜。
八月初四日，寨内粮食全部吃完了，军心不稳，少数官兵私自逃出向清方投降。李来亨知道已经到了最后关头，他先把妻子杀死，放火烧毁房屋，然后自缢而死。我们对李来亨的情况至今了解得并不多，只知道他是李自成的侄儿李过（李赤心）的养子，在大顺军联明抗清后才崭露头角，他带领的军队估计就是李过在南宁地区病死后留下的部众为骨干转战到夔东地区以后扩充起来的。鄂尔泰主编的《八旗通志》《穆理玛传》记载茅麓山战役时，说“来亨子率四千余贼筑城垛，排列枪炮挨牌拒敌”。李来亨有儿子能领兵作战，没有见到其他史籍记载。虽然我们对李来亨的生年和早期情况都不清楚，甚至连他的儿子的名字也难以查考，李自成祖孙四代在明清之际为反抗明朝和清朝统治者的暴政而英勇献身的精神确实令人钦佩不已。李来亨父子牺牲后，部下士卒除少数投降外，都在混战中壮烈捐躯。清朝将领唯恐有明军将士潜藏逃出，派了大批兵丁“四山搜剿”，穷凶极恶地实行斩草除根，用他们自己的话说是“扫穴无遗类”。至此，以原大顺军余部为主体的夔东抗清斗争坚持了二十年之久，以失败告终，大陆上公开以恢复明朝为旗帜的武装抗清运动结束了。
清政府为摧毁茅麓山这一弹丸之地，付出的代价是极其大的。投入的兵力多达十万以上，据李国英的描述，四川清军和驻防西安八旗兵由南面和西面，湖广清军由东面，陕西清军由北面，把茅麓山区一百五十余里的地方团团围住，清军主帅靖西将军穆里玛，定西将军图海驻于茅麓山南面的黄龙山督战，相持在半年以上。附近各省为运送军粮、物资、服其他劳役而征发的民夫更是不计其数，使百姓们承受了难以忍受的负担。王夫之记载：“而□（虏）兵督挽运，丁夫死者积崖谷，益峻法驱里民，三千里外诸军负挽，披蓑笠，缘绝巘峭壁蚁行，延绵弥望不绝。”李国英之子李雯也写道：“先是楚运自西瀼、渣溪起旱（即由船运改为人挑肩负的旱运），用夫背运至茅麓山。道里险远，往返不下半月，运既无多，夫多饥毙。”康熙二年（1663）湖南宁乡人陶汝鼐作《西山行》诗云：
西山旧将久不服，高据巉岩最深谷。绝缴孤悬楚蜀间，中原已一无秦鹿。何妨弃置守其疆，以逸待劳俟穷蹙。一旦张皇大用兵，仰攻四面如缘木。转输骤檄百万人，风雨雷霆驱比屋。正是萧莆寒食时，长沙一路从军哭。抛田应募五千余，顷刻民间空杼柚。大吏轰轰小吏愁，奸胥更喜剜民肉。纷纷鬻子叹仳离，我亦沾襟遣童仆。此去死生那得知，更番且喜还家速。仆夫垂泪向我言，人力如今贱如犊。西山上天下及泉，负挽步步石磨腹。烈日炙顶渴欲僵，百钱买浆才一掬。摇足便堕万丈崖，死者还遭勾摄牍。泣谈未了催檄来，增夫更饷巴东陆。巫山三峡又崎岖，魂魄初收岂堪复？吁嗟再遣诚万难，髓竭膏枯惨心目。谓天盖高胡不闻，六月炎炎书此竹。
康熙初年任浏阳知县的侯朴也在一首叙事诗中写道：
……加之西山役，繁重不可当。夫草数千万，长驱解荆襄。卖牛卖儿女，赔绝赔逃荒。无计能活口，移徙走他邦。所以五十都，都都鲜全庄。于中逃最多，东乡与坊厢。伶俜几孑遗，鹄面而羸尪。我闻父老语，泪下沾衣裳。愿言勤抚字，拯救此一方。
这真可谓长歌当哭，道出了民间几多辛酸。在地方志里更留下了这方面的许多记载，如湖北《安陆府志》记：“康熙二年……民役西山，起运夫于各州县，往来死伤甚众。”《松滋县志》记“顾觅运夫”云：“锋镝余生，闻征鼓则返走，见旌旗则魂消。一听派取粮石、人夫运米随征，男儿嚎于道，妇子泣于室。视入山一路不啻刀山剑树矣。”“二十三里（这是指里甲的里）携妻挚子担囊负耒逃匿数百里外者踵相接也。”“况当事者复迫于军情重务，或差舍严催，或亲临督比，数十万呼庚呼癸之众，嗷嗷待哺，能为我凋残之松民宽乎。”《当阳县志》记载：“康熙元年壬寅，李来亨等盘踞竹、房、兴、巴一带，凭险不下，奉旨三省会剿，秦军上庸，蜀军巫山，楚军当阳，转输络绎往返，兵夫不下数百万。”《枝江县志》载：“康熙元年壬寅冬，王师征剿西山，民苦夫役”，“三年中枝民流离转徙日以百户计。”连远在湖北东隅的广济县，康熙二年“西山之役，济一岁索夫三千一百七十焉”。湖南《安福县志》记：“康熙二年……民役西山，死者十之五。”甚至有的地方还因为夫役负担过重发生哗变，如湖北大冶县，“康熙三年春正月，运夫哗。西山用师，县派民夫运粮，轮至第三批三百余人，中路逃归，拥聚北关外，左公铉等倡首，要索公县，抢掳后衙与猾胥之家。县官屏匿数日始去。而公铉自称左将军。上檄招安，至县，鼓吹迎之。公铉益恣”。这些零星史料透露清政府围剿夔东抗清武装给湖北、湖南、四川等省百姓造成了极大的灾难，大致与此同时，为对付郑成功而采取的沿海迁界（史称“迁海”），同样使东南沿海百姓流离失所，陷入水深火热之中。据说，“历史是胜利者的历史”，而“胜利者是不受审判的”，当胜利者踌躇满志的时候，被征服被奴役者自然只有忍气吞声，不可能去审判他们。然而，历史是公正的，即便过了几个世纪，云霾散尽，昔日的统治者随时都有押上被告席的可能。
本书作者认为，1664年夔东抗清基地的被摧毁，应当视为南明史的结束。理由是，永历帝虽然在两年以前被俘杀，以明朝为正朔的夔东抗清复明运动仍在继续，他们有永历朝廷委派的全权代表，有相当可观的旗帜鲜明的军队，有地方政权，维护和行使明朝的制度。至于台湾、厦门一带的郑经、郑克塽虽然遵奉永历正朔，一直到康熙二十二年（1683）施琅率军攻克澎湖，刘国轩等劝郑克轩降清为止，从这一角度来看，明朔尚存，衣冠未改，似乎也可以列入南明史内。但是，我们不应忘记康熙十二年（1673）发生了三藩之变，郑经同耿精忠有一段联合与分裂的历史。把三藩之变扯进南明史显然不大合适。自然，南明史的下限学术界同好有不同意见，如主张以永历帝1659年入缅做结束，主张以永历帝被俘、杀做结束，主张以李定国病死、部卒降清做结束，等等。本书以康熙三年（1664）八月夔东抗清基地彻底覆灭作为南明结束的标志，实际上还考虑到了同年六月间在东海沿海活动的张煌言因为复兴无望，主动解散军队，不久被清军俘杀的因素在内。这只是一种看法和叙述体例，无妨与其他说法并存。
纵观南明长达二十年的曲折历程，不能不承认原来的大顺军和大西军始终发挥了举足轻重的作用。如果把视界放宽一点，郑成功之所以能在明清之际扮演抗清主角之一，同他继承了海盗出身的郑芝龙的部众和资业有密切关系。换句话说，腐败透顶的明王朝自甲申（1644）以后，实际上已经没有自立的能力，同气焰方张的清朝周旋了二十年，主要是靠曾被视作“大逆不道”的“流寇”和“海贼”。没有这种大换血，朱明朝廷早就灰飞烟灭了。弘光在位一年期间奉行“联虏平寇”方针，结果导致了自身的土崩瓦解，何况正是由于大顺军在山西、河南、陕西的抗清，拖住了清军主力，弘光朝廷才得以坐山观虎斗，偏安江左达一年之久。隆武朝廷肇建以后，由于民族矛盾上升改变了“联虏平寇”政策，转而联合农民军余部共同抗清，但当国大臣对原农民军怀有极深的偏见，处处加以歧视和排斥，难以扭转日益深重的民族危机。到永历后期，南明朝廷的“嫡系”杂牌“官军”死、降殆尽，原大西军余部肩负起抗清拥明的重任，取得了一系列彪炳史册的辉煌战果。永历朝廷凭借原大西军的支持才苟延残喘了若干年。1661年永历帝的被俘实际上是中国社会中拥明势力衰微的结果，否则，朱由榔不致落入清军之手。即便朱由榔父子由于其他原因夭折，拥明势力如果还拥有同清方较量的实力，完全可以另选其他朱明宗室作为复兴的号召，就像帝系远裔隆武帝、鲁监国开创的先例一样。当复明运动已经走到山穷水尽的时候，原大西军将领李定国，原大顺军将领刘体纯、李来亨、袁宗第、郝摇旗仍然没有放下武器，在极端穷困的地区面对占绝对优势的清军做顽强的拼搏，用鲜血和生命谱写了一曲曲可歌可泣的壮烈史诗。曲终人散，南明悲剧至此落下帷幕，留下无数功罪听凭后人思索评说。