从顺治七年底到顺治八年初，孙可望基本上完成了对永历朝廷残存武装的收编工作。南明政权及其军队实际上已经形成以原大西军为主的抗清实体。在这以后，永历皇帝只是作为用以号召远近的一面抗清旗帜，复明恢汉运动的领导权却掌握在孙可望等原大西军领导人手中。由于孙可望等人已经遵用永历正朔，在他们指挥下的军队又包括了一些原南明参与“会盟”的各种武装，在下面的叙述中不再使用“大西军”一词，一律改称明军。但是，必须指出，正是由于原大西军的联明抗清，才使业已日薄西山、气息奄奄的永历朝廷增添了活力，汉族和西南少数民族在反对满洲贵族推行的民族征服、压迫政策的斗争中大展雄风，南明历史开始了一个新的阶段。
孙可望在接管了贵州全省后，军事部署是由他自己和李定国东攻湖广，刘文秀等进军四川。
1651年（顺治八年、永历五年）四月，孙可望派冯双礼等率领马兵一万余名、步兵数万、战象十余只，大举由黔入湘：一路由铜仁、麻阳，一路由平溪、便水，一路由大小梭罗，合攻沅州（今湖南芷江）。清沅州守军三营合计只有三千士卒，退入城中，被“围如铁桶”。四月十五日，冯双礼命令明军奋勇攻城，当天就占领了沅州，活捉清将郑一统、知州柴宫桂。冯双礼等攻克沅州后，移兵上攻辰州（府治在沅陵），因清朝辰常总兵徐勇防守甚严，未能得手。清廷委任的挂剿抚湖南将军印续顺公沈永忠领兵二万，竭力支撑，双方在一段时间里呈僵持状态。到1652年（顺治九年、永历六年）四月，李定国率部由贵州进入湖南，会合冯双礼部于五月中旬进攻靖州。清续顺公沈永忠派总兵张国柱领兵八千名往援，在靖州陷入明军重围。经过短暂的交战，清军大败，损失官兵五千一百六十三名（其中满洲兵一百零三名）、战马八百零九匹，几乎全军覆没，张国柱率残部于二十二日“踉跄奔回”。明军趁胜攻克靖州、武冈州。
沈永忠在李定国、冯双礼等部明军的凌厉攻势下，难以招架，派使者前往广西桂林请求定南王孔有德火速派兵来援。孔有德因部下兵马分驻广西各地，又同沈永忠有嫌隙，接到告急信后说“我旧年借支衡、永钱粮，沈公出疏参我。今日地方有事，向我告援，我三镇分驻各府，如何借发？设警逼我境，自有区处”，拒绝出兵相救。
沈永忠求援无望，被迫带着麾下清军自宝庆北遁，六月初二日退至省会长沙，仍然立脚不住，在湘潭接到清廷“不可浪战，移师保守”的密旨，就在八月初六日放弃长沙，一直逃到岳州。清朝在湖南设置的许多道、府、州、县官也随军狼狈北窜，其中有分巡上湖南道张兆罴、分巡下湖南道郭万象、宝庆知府冯桓、永州知府李策鼎、衡州府署印同知赵廷标、长沙知府张弘猷、郴州知州杨士英、道州知州张学仁、茶陵知州萧汉英、署武冈州事赵继登，以及新化、城步、新宁、零陵、祁阳、东安、宁远、永明、江华、衡阳、衡山、常宁、安仁、宜章、桂阳、攸县、长沙、善化、宁乡、益阳、湘乡、桃源、邵阳、浏阳、酃县知县和署印官共三十五名。这样，除岳州、常德尚在清军控制下以外，只剩下徐勇一镇孤零零地据守辰州（府治在沅陵）负隅顽抗。后来，清兵科都给事中魏裔介劾奏“续顺公沈永忠身为大帅，手握重兵，当孙逆攻围辰、永诸郡，一筹莫展，望风宵遁。乞亟赐罢斥，免误封疆”。由此可见，原大西军联明抗清后，初试锋芒就旗开得胜，收复了湖南大部分州县。
李定国挥军入湘，收复大批州县的时候，清湖南文武官员已在续顺公沈永忠率领下逃往岳州。清定南王孔有德部与湖广清军相距甚远，后方已形成严重的威胁。然而，孔有德自视甚高，除了在五月二十七日派部将孙龙、李养性防守全州以外，并没有把分镇南宁、柳州、梧州等地的驻军抽回，继续分兵把口，一心做他的广西王。当时奉使广西的著名文人施闰章描写他在桂林拜谒定南王的情况：孔有德“具言其生平及粤西用兵曲折”，“王顾盼叱咤自豪，言出皆诺，无能后”，骄横之状，跃然纸上。
六月间，李定国率领精锐兵马由武冈、新宁直攻全州，二十八日歼灭全州清军，守将孙龙、李养性被击毙。孔有德闻报大惊，第二天亲自带领桂林留守军队前往兴安县严关，企图扼险拒守，被定国军击败，“浮尸蔽江下”；当日傍晚狼狈奔回桂林，下令紧闭城门。六月三十日午后，明军进抵桂林城郊。孔有德见定国军威甚壮，知道仅凭身边有限兵力难以守住桂林，于七月初二日飞檄镇守南宁的提督缐国安、镇守梧州一带的左翼总兵马雄、镇守柳州一带的右翼总兵全节放弃地方，领兵回援省会。同一天，李定国大军即将桂林包围得水泄不通。明朝降将王允成当时正在孔有德藩下，他过去同马进忠关系良好，人称“王、马”。马进忠随李定国参加桂林战役，在城下喊话要王允成反正。王允成不敢答应，报告了孔有德。有德自知城中兵力单薄，必破无疑，考虑再三，对王允成说：“汝姑出应之，观彼何所云以报我。”王允成即登上城头，同马进忠接洽归顺事宜。据王允成后来说，孔有德实际上有投降的企图，因受部将挟制错过了时机。初四日中午，明军攻破武胜门，一拥而进，清军抵敌不住，孔有德怅然失色，悲叹道：“已矣！”在王府（即明靖江王府）内自杀，死前命随从将其所居后殿以及掠得的珍宝付之一炬。其妻白氏自缢前把儿子孔庭训托付给侍卫白云龙，嘱咐道：“苟得免，度为沙弥。勿效乃父做贼一生，下场有今日耳。”孔庭训被明军查获，几年后由李定国下令处斩；他的妹妹孔四贞乘乱逃出。桂林城里的明朝降臣原庆国公陈邦傅、其子文水伯陈曾禹、清广西巡按王荃可、署布政使张星光都被活捉。接着，明军南下平乐，杀清府江道周令绪，擒平乐知府尹明廷等；收复柳州，俘清右江道金汉蕙。在一段时间里，李定国亲自坐镇桂林，派出军队收复广西各府县，他委任总兵徐天佑为广西巡抚，并且设置了“布、按、有司”各官。
八月初二日，李定国派人把“伪庆国公陈邦傅父子二人”和清广西巡按王荃可、署布政使张星光解赴贵阳。九月初二日，秦王孙可望下令把陈邦傅父子押赴市曹剥皮，王荃可、张星光处斩。然后将剥皮揎草的陈邦傅尸体送往安龙等地示众，“大书于牌曰：逆犯陈邦傅先经肆劫皇杠，摽掠宫人，罪已漏网。不思建功赎罪，辄行背主反叛。今已拿获，解赴军前，立将邦傅父子剥皮，传示滇、黔，云云”。这种处理方式在安龙的永历朝廷内引发了一件流传颇广的逸事：御史李如月上疏劾奏秦王“擅杀勋爵，僭窃之奸同于莽、操，请除国患；兼敕邦傅罪状，加以恶谥，用惩奸凶”。永历帝既畏惧孙可望的专横，也觉得李如月的奏疏是非不明，便以小臣妄言为名廷杖四十，奏疏留中不发，用意是加以保全。不料李如月性格倔强，偏要太岁头上动土，自己把奏疏另抄一份，封面上写“大明山东道御史揭帖”，递交孙可望派驻安龙的总提塘张应科。孙可望得报后，立即派人到安龙请命将李如月按处置陈邦傅例剥皮揎草。李如月临刑时大骂不屈。这件事后来被一些封建文人大加渲染，把李如月吹捧为忠臣义士。就事情本身而言，陈邦傅在南明时位居庆国公，跋扈殃民；降清时劫驾未成，又诱杀宣国公焦琏，是个典型的乱臣贼子，人人得而诛之。孙可望将他处死，无可非议。李如月把早已降清的陈邦傅仍称为“勋臣”，这不仅是昏庸，而是同他以及南明许多官僚一直把原大顺、大西军视之为“贼”，而对降清的明朝旧官藕断丝连的阶级偏见一脉相承。不过，孙可望命人把这样一个迂腐冥顽小官处以极刑，手段又如此残酷，难免授人以口实。
李定国占领桂林以后，清定南王藩下提督缐国安、总兵马雄、全节带领府、州、县官先后窜往同广东接境的梧州。其中以右翼总兵全节最为狼狈，他本人于七月十六日逃到梧州，“其兵马尽行哗散”，左营副将何九成在途中受伤而毙；右营副将郑元勋和中军游击蔡斌带领兵马往桂林投诚；后营副将沈邦清被击毙。八月，李定国乘胜挥军进攻梧州，缐国安、马雄、全节不敢迎战，逃入广东乞怜于平南王尚可喜。这月十五日，明军收复梧州，广西全省均告平定。清朝镇守广东的平南、靖南二藩得到孔有德城陷自尽的消息，极为恐慌，急忙命令同广西接境的“州县文武官员如贼果薄城，即便相机护印入肇（庆），以固根本”。广东德庆州属开建县（在今封开县东北）协守副将谢继元当即率领部下弃城逃到肇庆。这说明广东清朝当局已成惊弓之鸟，有意放弃肇庆以西的州县。由于李定国很快率领主力北上湖南，不仅未能乘胜进军广东，连广西的局势也远没有稳固。这年九月间，清军重新占领梧州；十月，派官进驻开建。
李定国收复广西全省，功绩巨大，在南明史上堪称空前。它同1648年江西、广东反正来归大不一样，是力歼强敌大获全胜的辉煌战果。以前广西虽曾处于永历朝廷管辖之下，瞿式耜、陈邦傅以及忠贞营等却各自为政，不可能把广西经营成坚固的抗清基地。李定国军以雷霆万钧之势，一举攻克桂林，使广西、广东清军闻风丧胆，本来可以先行稳定广西，相机收取广东部分地方，扩大南明控制区。可是，孙可望得知清敬谨亲王尼堪军即将进入湖南，竟下令调李定国部由桂入湘迎战。这一决策固然成就了李定国衡阳大捷，但从战略上看，孙可望本应留下一部分军队牵制辰州守敌徐勇，自己同白文选、冯双礼等大将率领主力入湘迎战尼堪。即使需要李定国出兵会战，梧州重镇也应留下足够的兵力防守。联系到下文所述清廷诫谕尚可喜、耿继茂等切勿轻易出兵广西，可以看出孙可望在军事部署上的失算。
十月三十日，李定国亲自统领兵马进抵衡阳。定国主力北上后，留在广西的兵力非常单薄，清平南王尚可喜趁机令缐国安、马雄、全节挑选甲兵会同广东水师副将强世爵等从广东封川出发，水、陆并进，于九月初五日重占梧州，由马雄镇守该地。十一月二十八日，徐天佑率部撤往柳州，桂林仅有明朝宗室安西将军朱喜三留守。清军乘虚而进，十二月二十三日在平乐击败明义宁伯龙韬、总兵廖凤部，占领该城。次年（1653）正月十五日清军占领阳朔，朱喜三部下只有一千多杂牌军队，抵挡不住清朝正规军。十九日，清军重占桂林，缐国安、全节和新任广西巡抚陈维新盘踞该地。四月间，明将胡一青曾率军来攻桂林，被缐国安等击退。七月二十一日，李定国虽曾再次进攻桂林，却未能奏捷。
李定国等部明军连续攻克湖南大批州县的消息传到北京，顺治皇帝大为震惊。七月十八日他派敬谨亲王尼堪为定远大将军，统八旗精兵南下，二十日离开北京，原定计划是经湖南进入贵州，同吴三桂、李国翰所统四川清军合攻贵阳。孔有德兵败身死的噩耗传来，清廷于八月初五日急令尼堪改变进军方向，先占湖南宝庆府（府治在今湖南邵阳市），然后进军广西。清定南、平南、靖南三藩中孔有德兵力最强，桂林失守后，定藩兵马逃入广东，顺治帝唯恐广东有失，特发专敕告诫平南王尚可喜、靖南王耿继茂：“切毋愤恨，轻赴广西；倘贼犯广东，尔等宜图万全为上计。”等候定远大将军尼堪军至广西后，两藩兵力听从尼堪指挥。
十一月十九日，尼堪军至湘潭县；明将马进忠引部众退往宝庆。二十一日，尼堪自湘潭启程，次日进至距离衡州府（今衡阳市）三十余里处。李定国派出部将领兵一千八百名佯抵一阵，随即后撤。尼堪骄心自用，以为明军不堪一击，即于二十二日夜“兼程前进”，次日天色未明到达衡州府，与李定国大军相遇。定国见尼堪轻进寡谋，决定以计取胜，事先埋伏重兵，命令前线将士对阵时稍一接触即装出兵力不敌的样子，主动后撤。尼堪“乘胜”追击二十余里，陷入埋伏。定国一声令下，全军出击，杀声震天，势如潮涌；清军仓皇失措，迅速被明军击败，主帅尼堪也在混战中当场毙命。同时被明军击杀的还有一等伯程尼和尼堪随身护卫多人。定国军士割取尼堪首级献功，“东珠璀璨嵌兜鍪，千金竟购大王头”，全军欢声雷动。清军不敢再战，在多罗贝勒屯齐（或译作吞齐）的率领下垂头丧气退往长沙。
李定国在不到半年的时间里，指挥攻城、野战都取得了辉煌的战绩。他用兵机动灵活，英勇果断，显示出卓越的军事才华。时人张怡根据李定国委任的桂林知县李楚章的话说，“公用兵如神，有小诸葛之称。纪律严明，秋毫无犯，所至人争归之。军中室家老弱各为一营，皆有职事，凡士伍破衣敝絮，皆送入后营，纫织为衬甲、快鞋之用，无弃遗者”。陈聂恒也记载，“定国智勇冠其曹，且严纪律，民皆安之。或传定国兵当以夜至，比晓则已过尽矣。故所至有功”。清军统帅定南王孔有德、敬谨亲王尼堪的相继败亡，对于明清双方都是震动朝野的大事。就其影响而言，桂林、衡阳大捷远远超过了战役本身。攻克桂林之后，李定国趁势收复广西全省，清朝官员“号天大恸；自国家开创以来，未有如今日之挫辱者也”。尼堪贵为亲王，统率满洲八旗精锐出征，竟然兵败身死，更是出乎清廷意料，连顺治皇帝也悲叹：“我朝用兵，从无此失。”跟随尼堪出征的贝勒吞齐（即屯齐）、巴思汉，贝子扎喀纳、穆尔佑，固山额真韩岱、伊尔德、阿喇善等高级将领后来都受到革爵、革职等严厉处分。
自从明朝末年以来，文官武将一提到清军无不谈虎色变，依附清廷的汉族官僚每遇军情紧急往往请求朝廷派遣“真正满洲”参战，如顺治六年湖广辰常总兵徐勇在题本中说：“总之，逆贼畏满兵，而不怯南兵，南兵如云，何如满旗一旅也。”满洲贵族也自视为天之骄子，所向无敌。李定国挥军转战千里，连杀清朝二王，特别是击毙了贵为亲王的满洲劲旅主帅尼堪，打破了清军不可战胜的神话。其心理上的作用不可低估。就清方而言，兵力上的损失可能还在其次，更重要的是神情沮丧。清广西巡抚王一品因患病回京，幸免于桂林之厄。顺治十一年他已痊愈，吏部仍推荐他复任广西巡抚，王一品如临深渊，规避不前，行贿托人题免，发觉之后被清廷处以绞刑。谈迁也记载，顺治十年有三个人赴吏部谒选，探筹（即抽签决定补用何地何官缺）得广西，“悸惧却不能手”。另一方面，忠于明室的官绅百姓却为之精神振奋，重新燃烧起复兴的希望。人们常常引用黄宗羲的一段话：“逮夫李定国桂林、衡州之捷，两蹶名王，天下震动，此万历以来全盛之天下所不能有，功垂成而物败之，可望之肉其足食乎！屈原所以呵笔而问天也！”他写这段话是在事过境迁之后发出的无限感慨，但我们不难想象他和一大批志同道合的人在听到桂林、衡州大捷时那种欣喜欲狂、奔走相告的情景。当时在长江下游从事秘密复明事业的顾炎武闻讯之后赋诗云：“廿载吴桥贼（崇祯四年孔有德等在吴桥县叛变，故称吴桥贼），于今伏斧砧。国威方一震，兵势已遥临。张楚三军令，尊周四海心。书生筹往略，不觉泪痕深。”又云：“传闻西极马，新已下湘东。……不有真王礼，谁收一战功。”顾炎武不仅为原大西军联明抗清取得辉煌胜利感动得泣下满襟，还明确地批判了永历朝廷部分官员反对封孙可望为秦王。张怡则对孙、李矛盾激化，导致大局逆转，深表惋惜，写道：“使无此内衅，大功成矣。”
1652年李定国在湘、桂战场上的胜利，对当地和附近具有复明情绪的绅民是一个极大的鼓舞。许多退入山区的明朝残兵败将和隐居乡间的官绅都闻风云集，共襄盛举。如安定伯马宝顺治八年仍在广东坚持抗清，李定国大军收复广西后，他立即出兵配合，攻克阳山、连州、连山等州县，活捉清连阳副将茅生蕙、游击马泗汗、守备白守富。后奉李定国之命率部入湖南，茅生蕙等人均于九年十月二十二日在衡州处斩，“首级悬挂南门”。此外，如胡一青、赵印选、陈邦傅旧部彰武将军袁来朝、曹志建部总兵欧正福等都曾“依附李定国、恃险狂逞”。当时在桂林的瞿昌文记载，广西“八郡中节义大臣，避腥膻于深箐穷谷间，转徙困顿，全发以待时，始终不改其守者，皆府君（指瞿式耜）素所荐拔之士，至是咸幸更生，而山薮野泽之哀鸿，亦莫不相庆复见汉官威仪也”。永历朝廷兵部尚书刘远生、中书舍人管嗣裘、兵部主事朱昌时等人都从瑶族山区出来参见李定国，共商机务，协守桂林。原广西巡按吴德操也应定国之命出任于梧州，“坐门楼，稽出入”，广西全省都安官设吏。湖南的明朝乡绅也纷纷出见，就连自弘光时期已经杜门不出的大臣周堪赓（崇祯时任工部侍郎，弘光初立授以户部尚书，未到任）、郭都贤（崇祯时任江西巡抚，永历帝授以兵部尚书，未就职）等一大批官绅都认为中兴有望，应邀到衡山谒见李定国。郭都贤在《自叙》中写道：“壬辰（顺治九年）恢复湖南，微有赞襄之力。”只是由于不久形势逆转，参与反清复明的官绅为了保全身家性命，不仅销毁有关文书，在自己后来的著作中也竭力加以掩盖，给后人研究这段时期的绅民动向造成了困难。
李定国在衡州大捷前后，活动于湘、赣边境罗霄山脉一带以刘京、李文斌为首的抗清武装备受鼓舞，他们一面高举复明的旗帜号召当地百姓收复失地；一面同李定国联系，请求派兵支援。定国当时正同清军主力周旋于湖南，只派了为数不多的军队配合刘京等部进攻江西吉安府属州县。据《衡州府志》记载，“定国旋自粤入永，次衡，驻兵四月余。遣其将张胜攻湘阴，高必贵掠江西之永新”。十一月初一日，高文贵部攻克永新，接着在刘京等地方义师引导下收复安福、永宁（今江西井冈山市）、龙泉（今江西遂川县）三县。清驻防安福游击张曾显“全军被围，尽为贼执去”，张曾显被押解到衡州，李定国下令将其斩首。清江西巡抚蔡士英在题本中说：“该臣看得，逆贼乘犯湖南之势，驱其象马，大股而来，其志意颇为不小。又兼土寇刘京历年为江省巨害，潜相勾引，习熟路径。……是以狡贼先设疑兵于袁州插岭关，势欲进窥；而阴以大队突犯吉安，以致永新、安福、永宁、龙泉等处相继沦陷，县令、防将两被执去，更眈眈于吉安府城，思图并力极攻。”正当刘京等围攻吉安府城（今吉安市）时，清江西巡抚蔡士英向江南总督马国柱告急，抽调援兵入赣会同江西提督刘光弼、南赣总兵胡有升所部兵马火速赶赴吉安。由于李定国部主力未能入赣，刘京等部抵敌不住清朝优势兵力，十一月初一日李文斌兵败被擒。定国为集中兵力迎战尼堪，无暇东顾，永新等县驻军“起营退转湖南”，十一月二十三日最后一批精兵撤离永新开往湖南。清军于二十五日进入永新，安福、永宁、龙泉也先后被清军夺回。到1653年（顺治十年）七月二十七日，刘京在同清军交战中被俘，赣西的抗清运动被镇压下去。
到1651年（顺治八年、永历五年），孙可望部署的南明军队已经控制了贵州全省，前锋进入湖南西部和四川南部。针对这一形势，清廷除了加强湖广的防务外，派遣平西王吴三桂、定西将军固山额真李国翰带领所部兵马由陕西汉中入川。1652年二月初七日吴、李二部到达保宁（今四川阆中）。十二日南下，二十二日推进到成都。奉孙可望之命守卫成都的总兵林时泰不战而降。由于林时泰曾经投降过清朝，后来又在潼川反清归明，吴三桂认为他是反复无常、奉有明旨缉捕的“钦犯”，下令把他斩首示众。占领成都以后，吴三桂坐镇该城，由李国翰统兵于二十四日收取眉州，二十五日占领嘉定（今四川乐山市），活捉明总兵龙名扬（倮?族，原为云南临安府石屏州宣慰司土官）。三月，吴三桂、李国翰调集梅勒章京葛朝忠、白含真、佟师圣，夔州总兵卢光祖，左路总兵陈德，永宁总兵柏永馥等往攻重庆，初五日占领合州，分水陆二路进逼重庆。明军守将卢明臣因兵力单薄，于十四日放弃重庆。四月下旬，吴三桂等派遣另一支由甲喇章京杨正泰、郭云龙、右路总兵南一魁、叙州总兵马化豹带领的清军进攻叙州，明守将王复臣、白文选主动撤退到永宁（今叙永）。至此，清军除了原先控制的保宁地区外，已夺得成都、重庆、叙州、马湖、邛州、雅州、嘉定、眉州等府县，清政府认为“全蜀渐次底定”，应当讲求“善后”之策了。
正在这时，孙可望从全局着眼，唯恐清军在四川站稳脚跟后，南犯贵州，遂派抚南王刘文秀统领援兵四五万人三路入川，由建昌、叙永、彭水展开全面反攻。八月初九日，明军攻克叙府，据守该城的清兵“全军覆没，南总兵（南一魁）不知下落，马总兵（马化豹）只身逃回，甲喇、牛录死难者数十余人”。与此同时，明军大将白文选也率部反攻重庆。吴三桂、李国翰见明军势大，于八月十九日在夹江县同四川巡抚李国英紧急会商，决定全师“北撤，以保万全”。驻守重庆的清军将领梅勒章京葛朝忠、佟师圣、白含真、镶红旗章京尹得才，总兵柏永馥、陈德、卢光祖于八月二十四日接到吴三桂的撤退命令，二十五日渡江北还。同一天，明军收复重庆，随即派兵尾追清军，在距离重庆一百二十里的停溪将清军包围，用火器四面围攻。二十八日，清军大败，梅勒章京白含真被活捉，永宁总兵柏永馥带着残兵败卒逃到保宁时，部下“兵支离削弱，才得百人”。
九月十一日，吴三桂等退至绵州，接着又退到广元。清朝在四川的临时省会保宁只有巡按御史郝浴和总兵严自明部下一百多名士卒。吴三桂、李国翰和随军南下的四川巡抚李国英在兵败如山倒的形势下，已有放弃四川，退入陕西汉中的打算。由于郝浴的坚持，李国英、吴三桂、李国翰终于决定回守保宁，在十九日统兵进入该城。清军在撤退过程中，遭到抚南王刘文秀、讨虏将军王复臣的追击，损失颇大。史载：“刘文秀之入蜀也，善抚恤军士。蜀人闻大军至，多响应。于是，重庆、叙州诸府县次第皆复。吴三桂迎战辄败，敛军以奔，趋保保宁。”
保宁战役关系到清廷能否在整个西南地区保留一个立足点，战役过后，清朝三方面的负责人都竞相争功。不少史籍都归因于四川巡按郝浴，如《清史稿·郝浴传》记：“九年，平西王吴三桂与固山额真李国翰分兵复成都、嘉定、叙州、重庆。已而，两路兵俱败，三桂退驻绵州。浴在保宁监临乡试，可望将数万人薄城，浴飞檄邀三桂，激以大义，谓‘不死于贼，必死于法’。逾月，三桂乃赴援，可望等引去。”刘献廷也说：“平西同墨勒根虾取四川，兵至叙州府。蜀王刘文秀兵多而锐不可当。平西兵不战而走。至保宁，墨勒根虾已决意去蜀矣。时郝雪海巡按四川，驻陕西境，上疏劾平西不能取蜀，更引敌兵入秦境。平西计无所出，固山杨珅力持进兵议，曰：‘王威名震天下，今退走，则一旦扫地矣。今日之计，有进无退。’墨勒根虾惧敌众难之。珅曰：‘固山若却，请自退。吾王独进，与敌不两立矣。’遂进兵。……大捷，平西即上疏曰：‘臣之退走，所以引敌出险以歼之也。兵家之计，不可先传。按臣书生，不知兵事，妄言摇惑众心，几败大计。’上谴谪雪海于辽东”。郝浴自己在奏疏中说：“九月十九日，平西王、固山额真墨勒根虾、抚臣李国英一昼夜接臣七次移会，迫之以‘不死于贼，必死于法’之言，已统大兵回札保宁。”又说：“臣在保监临，两路利失，方望我兵从中路回保，乃竟舍川北，历险西行梓、剑矣。重庆北来又有从通、巴入汉一路在。土寇逃卒然城外，以为两路兵各自便道归秦；在两路兵颇亦疑保宁府已早为贼吞矣。”为了请求吴三桂等回师扼守保宁，他和总兵严自明派人前往梓（潼）、剑（州）地区邀请，联名启文中说：“川北为汉中门户，有川北后得有汉中；无川北不第无汉中矣。至保宁一隅屯聚朝廷粮饷，又兼设文武，原倚以为全川、收云贵之大镇。王受西南重寄，岂得弃而不顾，等情。臣复独移抚臣，内有朝廷一块土是贵部院一重责任。今秦兵四散，蜀寇蜂拥，贵部院向来所提调之兵马、所管辖之将官不见一人，并贵部院亦竟不知在于何所，则保宁一片封疆将来作何销缴，等情。时虑寇深路阻，以上两项文书自未至丑历七时，照样七次踵发，务要其必归。坐是两路兵俱知各司、道、府死守保宁，因翻然云集。”
李国英的儿子李雯则持另一种说法：
雯闻是年叙府失陷，重庆不守，吴三桂遁还。未至保宁三十里地名圆山子，有路通秦。三桂欲拉先公从此路径还汉中。先公曰：“王乃客兵，可以还汉；巡抚乃守土之臣，当与保宁共存亡。王自回汉，巡抚当星夜回保料理守具。”遂辞三桂及固山额真拔营回保。奈固山额真语三桂曰：“我等统领大兵恢川不得，若弃了保宁，丢了巡抚，我朝法度王所素知，复将何辞以对朝廷耶？”三桂乃悟，飞使追回先公，语之曰：“我欲去守保宁，巡抚可有粮么？”先公曰：“保宁粮虽无多，尚够兵马五个月支用。”三桂乃率师同先公于九月十九日至保宁。……
吴三桂初欲遁还汉中，继乃不得已而守保宁。虽一鼓灭贼，所谓置之死地人自为战者，真乃朝廷洪福。其实三桂中情畏怯之甚也。……至按臣郝浴身经围城，目睹战阵，书生从未见兵，痛定尤复思痛，遂谓保宁兵单难守，请今文武各官尽同王师回汉，此则明明弃蜀矣。不知蜀虽荒残，若贼得之，守其要隘，耕其旷土，济以奸诈，招致群丑，不惟数万之师难以进克，即秦中、汉南恐亦岁无宁日矣。
这些记载在某些具体情节上存在分歧，但郝浴上疏的时候，吴三桂贵为藩王，李国翰是清廷亲信重臣，李国英是现任四川巡抚，他疏中说曾经七次行文请求三人领兵回守保宁，当属事实。不过，郝浴“不死于贼，必死于法”一语显然是给李国英信中的话，李国英作为巡抚有守土之责，而吴三桂、李国翰是“客兵”，可进可退，他们原来的意图是带着李国英部一道退入汉中。郝浴既以封疆之责要求李国英回兵保守，自然也请求吴三桂、李国翰统率大军协守。李国英既迫于郝浴的责难拒绝随吴三桂、李国翰撤入汉中，吴、李受道义上的牵制（三桂、国翰部若撤回陕西，保宁必破无疑，即如李国翰所说“弃了保宁，丢了巡抚”，在清廷面前不好交代），才勉强决定回守保宁。《清史稿·郝浴传》把“不死于贼，必死于法”一语直接挂到吴三桂头上，同吴三桂后来发动三藩之乱，成为清朝的逆臣有关。事实上当时清廷以保存实力为原则，有意让吴三桂、李国翰退守汉中。1652年（顺治九年）十月，清廷先派固山额真库鲁克达尔汉阿赖率官属兵丁驻防西安，又调原定往征广东的护军统领阿尔津为安西将军，同固山额真马喇希镇守汉中，敕谕中写道：“今逆贼侵犯四川，黎元惶忧，深厪朕怀，用以尔阿尔津为安西将军，同马喇希总统将士，前赴平西王吴三桂、定西将军墨尔根侍卫李国翰处，驻札汉中，保固地方，整顿兵马。贼若入犯，会同平西王、墨尔根侍卫相机剿除。其进征四川事宜，着候明旨。”可见，清廷已经以确保陕西为目标，四川被置之度外了。
刘文秀在攻克叙州，追败清重庆守敌之后，一路上所向无敌，产生了骄傲轻敌思想。他只看到吴三桂等望风逃窜这一动向，却没有看到入川清军主力基本完整，仍有相当的战斗力。进抵保宁城郊后，刘文秀缺乏大将应有的持重态度，在没有充分把握的情况下，决定强行全面攻城，这在策略上是犯了重大错误的。因为清军所占只是保宁一座孤城，四川全境已大抵收复。保宁城三面环水，西、南二面临嘉陵江，东面为东河，江河对岸是连绵不断的山脉。明军占领了城外各山头，凭借“长技在鸟铳，铳之胜势在高山，延山放铳，据险凭城，不谓不张”。刘文秀本应利用地利派重兵扼守保宁东、南、西三面，随时提防清军出城渡河反击；另派少数兵力渡河进至保宁城北骚扰该城与陕西汉中的交通供应线。在完成这一军事部署的同时，把经营四川提上议事日程。为了说明问题，先谈一下四川各地的情况。自从明末战乱以来，四川大部分地区凋敝荒凉，特别是自然条件最好的成都平原几乎没有人烟，只要经营得法，完全可以建设成南明重要的复兴基地。郝浴在这年给清廷的奏疏中就说过：“成都地大且要，灌口（指都江堰）一泻，襟带三十州县，开耕一年定抵秦运三年。锦城之外，竹木成林，结茅为庐，千百间可立就。锦江之鱼，岸上求之，蕃于鸡豚，收川资本卷在此中矣。”“嘉定（今乐山）据叙（今宜宾）、重（庆）上游，民较三川差多，见饶盐茶。”这些地方都已由刘文秀所统大军收复。清军据守的保宁，人口和耕地却很少。郝浴自顺治八年十一月到任经过调查，次年奏报说：保（宁）、顺（庆）、潼（川）、龙（安）四府州“所垦熟田止二百三十五顷，不及别省中县十分之一”；“三府一州二十九县，共得九千三百五十余口，数不及别省半县，而满、汉官兵数倍之。”驻于保宁的清四川“司、道、府、州等官员”连薪俸也拿不到，“惟各令丁奴垦荒自赡”。清军退守保宁时，顺庆、潼川、绵州等地均为明军所收复，清方控制的耕地、人口更是少得可怜。保宁城中储积的一些军粮几乎全是由陕西汉中历尽艰辛转运来的，势必不能持久。顺治十二年五月清朝一件奏疏中还说：“夫沃野千里原指成都而言，其东南俱财赋所出。今归我版图者止山多田瘠、出产寡薄之川北一隅，而东南有食可以养兵之地皆为贼所盘踞”，颇能说明当时四川的经济情况有利于明，不利于清。
刘文秀既然已经把清军堵扼于保宁一隅之地，收复了四川绝大部分地区，军声大振；心怀去志的吴三桂等能守住保宁即已自庆，发动反攻的可能性极小。在这种情形下，刘文秀完全可以暂缓直攻保宁，而在加强对该城清军戒备的同时，采取有力措施经营四川，设官安民，招集流亡，联络土司，加紧屯田，渐兴文教，使自己立于不败之地。就军事而言，收复重庆之后刘文秀同夔东十三家抗清武装已经连成一片，可以动用的兵力大大增加，在适当时机会同作战，不仅收复保宁易如反掌，继续北上陕西汉中或东下湖北，前景必甚可观。总之，刘文秀并没有认识到他的主力直逼保宁城郊之时，恢复四川的战役已经取得辉煌战果，因为稳定了四川局势，经营得法，社会生产逐渐恢复，就可以大大加强南明政权人力、物力和战略上的有利地位，贵州、云南已远离前线，长期局促于川东鄂西贫瘠山区的夔东抗清武装只要刘文秀以大局为重，加意联络，也必将大有作为。
然而，刘文秀计不出此。他的意图不仅要乘胜收复保宁，而且要把四川境内的清军杀得片甲不留。十月初二日他率领大将王复臣、王自奇、李本高、祁三升、关友才、张光璧等五万余兵马迫近保宁。刘文秀下令搭造浮桥济师，主力部署在保宁城北面。攻城以前，他甚至抽调一部分军队“北塞葭萌关，东塞梁山关”，防止攻克保宁后清军突围窜入陕西。时人韩国相记载：“是时有南府刘文秀者统兵四万余，追清兵来屯保宁梁山关，声势大振。自以为战必胜，攻必克关。而清兵心胆堕地，主走剑阁出七盘，而已置四川于不问。”这就是说，刘文秀志在全歼吴三桂、李国翰、李国英所部清军，改变了三面据险、俯扼清军的态势，使自己的主力置于保宁城北敌守重镇，东、西背水的危境，在兵法上违背了“围师必缺”的原则。吴三桂等眼看已经没有退路，唯有困兽犹斗、背城一战才可绝处逢生。灭虏将军王复臣对这种部署深为忧虑，向刘文秀建议集中兵力攻打保宁城的薄弱部，破城以后吴三桂等部清军虽不能全歼，但必然逃往陕西，四川全省可以平定；而包围全城，分兵把口势必暴露出己方弱点，给清军以可乘之机。这一正确意见遭到刘文秀断然拒绝，从而导致了保宁战役的惨败。
保宁战役的经过是：十月初八日明军主力齐集保宁城北，刘文秀登上东北山头指挥攻城。吴三桂通过侦察得知攻城明军中张先璧部战斗力最弱，决定集中兵力先打张军。李国英为迷惑明军，命部下绿营兵改打八旗正兵旗。十月十一日黎明，刘文秀麾军攻城，兵马“蔽山而下，炮声震天”，“南自江岸，北至沙沟子，横列十五里，前列战象，次用火炮、鸟铳、挨牌、扁刀、弓箭、长枪，层叠里许，蜂拥攻城”。辰时，吴三桂率部开门出城，直攻张先璧军。张部抵敌不住，纷纷逃窜，败兵把王复臣等部的军队冲得乱成一团。清军趁势鼓勇奋击，明军阵势已乱，立脚不住，这天中午即已全面崩溃。撤退时由于浮桥被砍断，致使大批将士无法过江，被清军追杀或落水而死。明灭虏将军王复臣，总兵姚之贞、张先轸、王继业、杨春普等被清军擒杀，损失士卒大半、战象三只、马骡两千三百余匹，刘文秀的抚南王金印也被清军缴获。
吴三桂于险胜之余，叹息道：“生平未尝见如此劲敌，特欠一着耳。”这年十一月，清廷收到吴三桂、李国翰等人的捷报，才松了一口气，除下诏颁赏外，于十二月将阿尔津由定西将军改为定南将军，同固山额真马喇希统率将士“往征湖广”。
刘文秀率领残兵败卒返回贵州，孙可望深为不满，下令解除他的兵权，发回昆明闲住；张先璧被乱棍打死。
当李定国驻军衡阳的时候，孙可望在1652年（顺治九年、永历六年）十一月初一日亲自由贵州来到湖南沅州（今芷江）。他派大将白文选统领马、步兵五万余名进攻辰州。二十一日，明军分水、陆二路进抵辰州城下，把该城四面包围。清辰常总兵徐勇命副将张鹏星领兵出战，被明军炮火击毙。徐勇仍然妄图据城顽抗。次日，白文选以大象为前驱，突破东门，大队兵马冲入城内，徐勇在混战中被乱刀砍死，清分守辰常道刘升祚、辰州知府王任杞等文武官员也被俘处斩。孙可望决定“改沅州为黔兴府，以州治兴沅县附郭，领一州九县：曰靖州、曰兴沅、曰黔阳、曰麻阳、曰通道、曰平溪”，并把该府改隶贵州省。
就当时明、清双方在湖南的态势而言，十一月二十二日孙可望亲自指挥的军队攻克了辰州，次日李定国军在衡阳击毙清军统帅尼堪，应当是孙、李会师全歼入湘清八旗兵进而扩大战果的大好时机。时人丁大任说：
壬辰（1652，顺治九年），可望略湖南，自晏衡州府城楼观兵。清朝损兵以万计，王公、文、武无不奔窜，而敬谨王不免焉。而辰州府，武冈、沅、靖三州并十县尚为所据。其行兵有五要：一不杀人，二不放火，三不奸淫，四不宰耕牛，五不抢财货。有一于此，军法无赦。有象阵，马见之惊逸。用罗罗，能跣战，不畏矢，执标枪大刀，常以少胜众。……楚人曰：孙、李二将有五伯之假仁假义、王莽之谦恭下士。而永历之为君，远过乎刘禅，近胜于弘光，奄有云、贵并广西、四川、湖广各半省，五府六部三衙门，春秋两榜，隐成一小朝廷。
在清军接连遭受重大挫折，主帅阵亡，士气沮丧之际，孙可望作为南明的最高实权人物不仅没有抓住战机，部署决战，反而嫉贤妒能，导致内部矛盾激化。探讨南明的历史，有一个基本论点是可以通过大量事实证明的，这就是在力量对比上，南明的兵力和潜在力量（包括清统治区内的复明势力）并不逊于清方。其所以屡战屡败，丧师失地，根本原因在于各种抗清势力之间矛盾重重，互相拆台，甚至自相火并，使兵力相当有限的满洲贵族坐收渔翁之利。1650年到1651年，孙可望凭借在云南休整之后建立起来的精锐之师为核心，通过“会盟”等形式把南明割据自雄的残存兵力加以改编，同时在实际上掌握了永历朝廷的大权，这对于消除内部腐败纷争，建立一支足以同清方抗衡的军事力量和后方基地是一个重大贡献。然而，孙可望器小易盈，缺乏统筹全局、妥善处理内部关系的胸襟。1651年（永历五年、顺治八年）二月，他自称“国主”，不仅在实际上，而且在名义上把军国大权集中于一身。在他看来，可能危及自己“国主”权威的人有三个，即永历帝朱由榔和原在大西军中地位相仿的安西王李定国、抚南王刘文秀。而他最忌讳的就是手握重兵并在原大西军中享有崇高威望的李定国、刘文秀同仍保有皇帝虚名的朱由榔之间建立比较密切的关系。据史书记载，李定国攻克桂林以后，尽管在献俘等事宜上都尊重他这位身居贵阳的“国主”，但孙可望仅因李定国对在安龙的永历朝廷送去了一份报捷奏疏，就大为不满。保宁战役之后，孙可望乘机解除了刘文秀的兵权，发往云南闲住。这一举措已经表现了孙可望的私心自用，正确的做法本应抽调兵将补充刘文秀部，让他继续经营四川。刘文秀被撤职，不仅他本人心灰意懒，在原大西军部分将领中也引起愤慨不平。
更严重的是，在李定国连歼清朝二王，复地千里，军威大振之时，孙可望嫉妒之心有增无减。李定国攻克桂林之后送到贵阳的缴获物品只有清廷赐给孔有德的定南王金印、金册和人参数捆，没有多少金银财宝。孙可望听信小人之言认定李定国不是私自藏匿就是分赏将士示恩于下。到李定国军在衡阳战役击毙尼堪的消息传来，竟有功高震主之嫌，孙可望已经容不下他了。不少南明史籍记载，当李定国部署衡阳战役的时候，原议由马进忠、冯双礼移军白杲市，定国主力驻于衡州，等待尼堪大军过衡山县，马、冯二部抄至敌后，同定国部南北合击，一举全歼尼堪所统清军。孙可望得知这一部署，唯恐定国大功告成，密令冯双礼退师宝庆，马进忠也随之而走。由于孙可望的拆台，李定国虽击毙了清军主帅尼堪，却因兵单势孤，在十二月间放弃了衡州。衡州战役以后，孙可望又密谋定计以召开军事会议为名，只待定国到来即行拘捕，至于定国所统军队则转交冯双礼指挥。如果说孙可望解除刘文秀的兵权还多少体现了赏功罚败的原则，谋害战功卓越的李定国肯定极不得人心。因此，一些知道内幕的人赶往定国军中告密，劝他绝勿前来赴会。由于这件事在原大西军中属于领导层的核心机密，史籍中关于开会地点和具体情节难免有出入。王夫之记载：
可望驰召定国返武冈会议，三昼夜书七至。定国不得已西行，将见可望。至紫阳渡，刘文秀之子密遣人走报定国，言可望俟其至即收杀之。定国大惊，遽引兵东走，缚筏为桥，渡湘水，渡已，桥绝。可望追兵趋永州，遂自永明走平乐……
计六奇记载：
可望封定国为西宁王，冯双礼兴国侯，差杨惺先往封。至衡州，李定国曰：“封赏出自天子，今以王封王，可乎？”遂不受封。可望虑定国功大权重难制，楚粤人心归之，因为书召之。不至。十月，可望出兵至沅江，命张虎督兵复辰州，连书催定国至靖州相会，意欲图之。定国心腹人龚彝至沅州，见可望，探知其意，密书报定国，令勿来，来必不免。癸巳（1653）正月，定国行至武冈州，见书，叹曰：“本欲共图恢复，今忌刻如此，安能成大功乎？”因率所部走广西。
李定国本希望孙可望率部由辰州东进，同己部合击湖南清军（尼堪被击毙后，入湘八旗兵由贝勒屯齐统领），若能全歼该军，势必使满洲八旗实力大损，远近闻风丧胆；然后会合夔东十三家兵力北取湖北，东攻江西，很可能形成势如破竹的局面。当他得知孙可望置大局于不顾，蓄意谋害自己的时候，不胜愤慨，对部下将领说：“不幸少陷军中，备尝险艰，思立尺寸功，匡扶王室，垂名不朽。今甫得斩名王、奏大捷，而猜忌四起。且我与抚南弟（指刘文秀）同起云南，一旦生误，辄遭废弃。忌我，当必尤甚。我妻子俱在云南，我岂得已而奔哉！”1653年（永历七年、顺治十年）二月下旬，李定国率领所部四五万兵马放弃永州，经永明越龙虎关撤入广西，从此避免同孙可望见面。二十年左右情同手足的兄弟情谊被孙可望一笔勾销了，原大西军领导集团之间的裂痕使联明抗清以来前所未有的复兴良机变成昙花一现。
古语说：师克在和。孙可望逼走李定国很快就自食恶果。当时孙可望正亲统大军由靖州经武冈进至宝庆（今湖南邵阳），部下有大将白文选、冯双礼等，总兵力据清方记载为十万。三月初六日，清定远大将军屯齐带领满汉主力由永州北上宝庆，十五日驻于岔路口，距明军白文选、冯双礼、马进忠营地周家铺三十里。次日，清军进至周家铺，由于明军营于山顶，地势险要，又遇上天雨，双方列阵相峙。这天晚上孙可望率亲军由宝庆府来增援。十七日，明军下山向清军发起全面进攻，清军分路迎击，双方展开激战。结果孙可望所统明军战败，伤亡颇众，被清军缴获马七百余匹，象一头，清军乘胜占领宝庆府。但是，清军在这次战役中也付出了很大代价，正黄旗两名蒙古梅勒章京韦征、武京都在激战中阵亡。
1652—1653年（顺治九年至十年）春，以原大西军为主力的抗清运动很值得总结，正如吴三桂、李国翰在保宁击败刘文秀后没有力量乘胜南下一样，屯齐部清军在宝庆战役获胜后也未能占领整个湖南，而是同明军长期相持于靖州、武冈一线。这就证明：一、满洲八旗和它的附庸军并不占绝对优势，战争的胜负同双方的内部团结和组织指挥有密切关系；二、以孙可望为首的原大西军首领人物通过治理云、贵，接管永历朝廷的实际权力，避免了这个朝廷内部无休止的纷争，创造了一致对清的局面，是战役前期取得重大成果的主要原因；三、战局的恶化部分同刘文秀指挥失误有关，保宁战役受挫固然造成较大损失，还不致影响全局。真正断送复明运动良机的是孙可望个人野心恶性膨胀，举动乖张，先误于调令李定国全军入湘，以致退入广东的清军乘虚而入，重占梧州、桂林，使刚刚收复的广西未能稳定；接着又逼走李定国，导致复湘之举功败垂成。