鲁监国进驻舟山以后，摆脱了郑彩的控制，战略上也由恢复福建改为经营浙江。当时，张名振、阮进、王朝先等部驻于舟山；闽安伯周瑞、平虏伯周鹤芝屯于温州的三盘；宁波府四明山寨的王翊、王江、冯京第等义师同舟山相呼应。以鲁监国为首的兵力还相当强盛，特别是舟山群岛地理位置十分重要，对清廷在江浙地区的统治构成重大威胁。
清摄政王多尔衮眼见在江西、广东、山西、陕西等地的大规模反清复明运动之后，满洲八旗兵被拖得疲惫已极，加上清军不熟悉海上作战，因而对鲁监国政权采取了政治上招降瓦解、军事上利用汉军进攻的对策。1649年（顺治六年、鲁监国四年）正月，江南江西河南总督马国柱报告：“舟山伪佥都严我公率知府许珖等投诚，并献进剿机宜，愿充向导。”多尔衮如获至宝，立即让马国柱把严我公送到北京，亲自两次召见，授予都察院右副都御史招抚沙埕舟山等处招抚使，携带敕书前往浙江招降明方文武官员。严我公即以清朝钦差大臣的身份派遣使者进入四明山寨和舟山群岛到处游说。在他的策动下，这年三月鲁监国所封开远侯吴凯降清，九月清廷封吴凯为沙埕侯，总统沙埕、舟山、大岚、东白海岛军务总兵官。接着，鲁监国下义安伯顾奇勋降清，被封为舟山伯、舟山总兵。随同降清的明开平将军姜君献被任为归义将军，安远将军王用升为怀义将军，翼义将军陈龙为慕义将军，总兵陈德芝为招抚（即严我公）标下右营总兵，雷虎彪为后营总兵，杨子龙为前营总兵，明副使吕一成为沙埕监军副使，高树勋为舟山监军副使，“俱赐敕印并貂帽蟒袍等物”。次年（1650）正月和四月，严我公又疏报招得定远侯石仲芳、昭武将军田得坤、忠勇将军沈乘龙、虎贲将军胡茂芳、定一将军陆鸣时等多人。顺治六年二月初三日，清“皇父摄政王”多尔衮还发出了“与大兰山吴大将军谕旨”，其中说：“将军果投诚归顺，予必使将军富贵无极，子子孙孙世世不绝，山河带砺，与国同休。”这些事实都表明清廷因自身兵力不足，不得不采取高悬爵禄的方式，连鲁监国滥发敕印授予的官爵只要来降就保留其原官原爵。清廷通过严我公的活动，仅发出一批空头敕印就招来了鲁监国下一批不稳定分子，对于掌握浙东抗清势力的虚实、动摇人心起了不小作用。但光靠这一手解决不了问题。一是鲁监国的主要将领张名振、阮进等人坚贞不移，四明山寨的主帅王翊也把严我公派来的使者付之汤火，严我公对多尔衮夸下的海口无从兑现。另一方面，招来的一批“高官显爵”既没有多大实力又没有粮饷，引起了清朝地方当局的不满，他们心怀妒意，又难于安插。顺治七年四月，清浙闽总督陈锦上疏说：“我公等见行事宜，不便有八。”兵部称赞为“诚为确论”。甚至严我公也承认“天恩过厚”，“缘系招抚镇臣太多”。这场招抚闹剧才草率收场。
除了清方进行的策反活动以外，鲁监国政权内部还存在一些不稳定因素。1650年（顺治七年、鲁监国五年），周瑞和周鹤芝在三盘闹矛盾，鲁监国派巡按吴明中去调解。不料，吴明中“原为清官，为贼所获”，是个潜伏在义师内部的奸细。他到达三盘后，乘机火上加油，大肆挑拨，二将互不相容，周瑞引兵南下福建投靠郑彩，后来成为郑成功的部将；周鹤芝则带领所部兵船北依阮进。
不久，在舟山又爆发了张名振同王朝先的冲突。王朝先原来在舟山受到肃虏侯黄斌卿的压制，内心深为不满，才同张名振、阮进策划了刺杀黄斌卿的行动。鲁监国对张名振非常信任，委以节制诸军大权，王朝先又感到不公平，声称要公开宣传袭杀黄斌卿的主谋是张名振。由于在舟山黄斌卿的旧部尚多，张名振唯恐导致内变，就同阮进密商，先发制人，在1651年二月乙卯日早晨由阮进派健卒冲入王朝先帐中。“朝先未衣，奋夺刀，杀进数人，势不敌，走阁部张肯堂邸，肯堂请避入内室。朝先顾身裸不肯入，反与进对仗庭中”，结果被追卒杀害。事后，张名振即将谋害黄斌卿的责任推到王朝先身上，说他“擅杀斌卿，忘谊不赦”。但是，事情并未因此了结，王朝先的部将张济明、吕廷纪愤恨不平，逾墙缒城，夺得船只驶往宁波向清总兵张杰投降，告以舟山虚实，愿意充当向导。
鲁监国扼守舟山联络内地复明武装开展抗清运动，既对江浙清朝统治构成威胁，又牵制了清军主力不得进入福建，为郑成功的扩充力量创造了条件。清朝当局对此甚感头痛，经过一番策划以后，决定在进攻舟山之前，先对四明山寨抗清义师展开大规模的扫荡，以免大军出海，内地蜂拥而起。1650年（顺治七年、永历四年、鲁监国五年）九月，清将固山额真金砺、提督田雄等调集兵马分别由奉化、余姚进入四明山区搜剿，鲁监国委任的兵部右侍郎冯京第被擒遇难。经略直、浙兵部左侍郎兼左副都御史王翊见清军势大难敌，航海往舟山，准备趁清军主力聚集于大兰山之机，会合王朝先率舟师攻杭州。他到达舟山时，王朝先已被张名振、阮进击杀。1651年，王翊回到四明山中，这时山中诸义师有的被清军剿灭，有的被严我公招降。七月二十四日，王翊被清政府团练兵俘获，八月十二日在定海就义。
清军在大体上平定了四明山区的抗清武装以后，就着手部署大举进攻舟山，摧毁鲁监国政权。1651年（顺治八年、永历五年）清浙闽总督陈锦、平南将军固山额真金砺、固山额真刘之源、提督田雄、浙江巡抚萧起元会商进攻舟山机宜。经清廷核准后，公议由提督田雄先于六月十二日从杭州带领兵马前往定关，同定海总兵张杰会合，一面继续搜剿大岚（即四明大兰山区）的抗清义师，一面料理船只，做好渡海准备。七月十三日，固山额真金砺、刘之源统师由杭州经绍兴、宁波往定关；同月十九日总督陈锦率军由衢州出发，经台州、宁波至定关。除了上述军队担任进攻舟山的主力以外，陈锦等还命金华总兵马进宝为总统，带领水陆兵由台州乘船北上；并经清廷批准檄调吴淞水师总兵王燝率部南下，预定八月二十日三路会攻舟山，企图一举歼灭明鲁监国全军。八月中旬，清军云集定关，舟山战役即将开始。
在这“山雨欲来风满楼”之际，鲁监国召集文武群臣会议，商讨堵御对策。决定留荡胡侯阮进带领水师扼守定关海域，安洋将军刘世勋、都督张名扬、中镇总兵马泰等领兵三营防守舟山城；鲁监国和兵部侍郎张煌言、定西侯张名振分别率领军队乘船南北出击，企图使清军陷于顾此失彼的困境。具体部署是：“张名振督张晋爵、叶有成、马龙、阮美、阮骥、方简等遏南师；张煌言、阮骏率顾忠、罗蕴章、鲍国祥、阮骍、郑麟、李英杰、符文焕等断北洋。”
朱以海和他的高级将领做出这种部署，显然是出于以下考虑：他们估计清军水上作战能力很差，大将阮进精于海战，可以在海面击败来犯之清军，确保舟山无虞；而乘江苏、浙江清军主力齐集定海，进军长江口，将使清军陷入进退两难的处境。这正如《海东逸史》所记：“王以蛟关未能猝渡，亲帅舟师捣吴淞，以牵其势，荡胡伯阮进居守。”现收入《张苍水集》内的鲁监国《祭海神文》（张煌言代草）正是朱以海亲自率军北攻吴淞时的一篇重要文献，文中说：“予起义于浙东，与薪胆俱者七载，而两载泊于此。……今义旅如林，中原响应，且当率文武将吏，誓师扬帆，共图大事。洁诚备物，致告行期。启行之后，日月朗曜，星辰烂陈，风雨靡薄，水波不惊。黄龙蜿蜒，紫气氤氲，棹楫协力，左右同心，功成事定，崇封表灵。……”张煌言后来写的《滃洲行》里也详细描述了当年舟山失守的情况，其中几句是：“斯时帝子在行间，吴淞渡口凯歌还。谁知胜败无常势，明朝闻已破岩关。又闻巷战戈旋倒，阖城草草涂肝脑。忠臣尽痤伯夷山，义士悉刭田横岛。”很明显，鲁监国和张名振等率师亲征吴淞是针对清军齐集定海而采取的围魏救赵之计。黄宗羲在记载这一战役时含糊其词地说：“虏会浙、直之兵寇行朝……行朝闻之，定西侯张名振、英义将军阮骏扈上出舟山，登舟泊道头（道头即在舟山群岛）。”给读者以避战先逃的印象。据当时正在行间的太常寺卿任廷贵记载：“八月，戒严甚。二十日王携世子欲登舟，名振谏曰：臣母耄年，不敢轻去，恐寒将士心。主上督率六师，躬环甲胄，是为有辞，世子岂可遽去？将为民望耶？遂不果行。”从鲁监国出征时宫眷和大学士张肯堂以下的朝廷官员都留驻舟山、张名振的亲属五十余口也留在舟山，可以判断黄宗羲的说法带有很大的偏见。
八月二十日，陈锦、金砺、刘之源、田雄和定海总兵张杰率军登上战船。次日晨大雾弥漫，清军乘潮蜂拥渡海。舟山群岛明军立即于各山头传烽告警，集合战船，由荡胡侯阮进统领迎敌。双方相遇于横水洋（指舟山岛与岑港即册子山、沥港即金塘山二岛之间的海峡），炮火交加，战况极为激烈。阮进身先士卒，指挥所乘战船直攻清军统帅金砺的座船。他把火球扔向金船，不料火球撞在金船的桅杆上反弹回来落入自己的战船上，顿时引起大火。阮进被火烧伤，弃船跳入海中，被清军擒获，第二天，因伤重而死。海战既以明军失利告终，清军就在当天下午进抵舟山，分一半兵员登陆攻城，一半兵员留在战船上做拦截回援明军和机动之用。在强弱异形的情况下，舟山城中的明军将领如安洋将军刘世勋、都督张名扬仍然奋不顾身，率领营兵五百名、义勇数千人背城力战，给予清军很大杀伤。当时，明、清双方主帅都认识到舟山城的得失是至关重要的。从八月二十二日激战至九月初一日，明总兵金允彦（张名振麾下中军）见城中火药已尽，缒城出降；巡城主事邱元吉也接着降清。城中守军在危急关头志不稍减，把邱元吉的儿子斩首传示四门，激励众心。鲁监国和张名振、张煌言统率的主力虽然取得了在海上阻击浙江台州清军和江苏吴淞清朝水师的胜利，“南北应敌师皆幸胜”，忽然接到阮进阵亡、舟山危急的报告，火速回援，但在舟山海域遭到清方留船军队的顽强阻击。清浙江福建总督陈锦在一份奏疏里描述了当时的战况：清军抵舟山道头后，“其城下水寨贼船见我兵奋勇，即出外洋守口；城中贼党闭门抗拒，叠次招抚，怙恶不从。职会同固山额真金砺、刘之源等随发兵一半登岸围城，一半存船御敌。逆魁张名振等拥护伪鲁在船，终日乘潮救应。存船官兵竭力堵御，旬日之内，昼夜不懈。……”九月初二日，围城清军采取挖城竖梯战术，从舟山城西面突破明军防御，蜂拥入城。刘世勋、张名扬、马泰率领部下将士英勇巷战，力尽阵亡，舟山城遂告失守。明鲁监国正妃陈氏等投井而死，西宫妃荣氏和世子留哥被清军俘获；大学士张肯堂、礼部尚书吴钟峦、兵部尚书李向中、工部尚书朱永祐、通政使郑遵俭、兵科给事中董志宁、兵部职方司郎中朱养时等都自杀殉国，在南明史上写下了壮烈的一页。此外，也有一些文官武将为形势所迫归顺了清朝。据陈锦向清廷报告，清军占领舟山以后明鲁监国下“伪总督部院李长祥、伪伯及伪将军章云飞、尹文举、蔡应选、涂登华等；伪总兵金允彦等，伪礼部丘元吉、伪户部孙延龄、倪三益等；伪太仆寺李师密，伪兵部中军周士礼，伪副、参、都、守周名臣、郑国化、王培元等”先后降清，“俱分发内地善行安插矣”。
鲁监国、张名振、张煌言、阮美、阮骏等人痛惜舟山失守，但已无可奈何，被迫移舟南下温州海域的三盘，这里原是周鹤芝部的驻地，“有房可居，有险可恃”。由于缺乏粮食，张名振等派兵船到温州府属的黄华、龙湾一带搜括。陈锦乘机命金衢总兵马进宝统兵攻克三盘，焚毁岛上的房屋棚厂。朱以海、张名振等又南下沙埕；“沙埕而南即是闽洋海道，非浙中水师所能熟识”，清浙闽总督陈锦命令福建兵将在闽安一带堵剿，同浙江金衢总兵马进宝合击。鲁监国和他的部将在舟山失守后，士气大为低落，尽管他们的兵力还相当可观，但是基地的丧失带来了粮饷、住房的困难；亲属的被俘杀又在心理上造成难以言喻的隐痛。在海上漂泊无定的生活导致了部分将领对前途失望，都督静洋将军张英，都督挂印总兵阮述、阮玉，新袭荡胡侯阮美（即阮进之弟），都督总兵阮捷、魏宾等先后赴福建闽安向清方投降。张名振带领其他兵将保护鲁监国乘船来到海坛岛，这里已属于郑成功据守的范围。郑成功原是尊奉隆武帝，后来遥奉永历帝，一直不承认鲁监国的正统地位。朱以海和拥戴他的定西侯张名振、平夷侯周鹤芝、英义伯阮骏等在浙江沿海站不住脚、没有自己的地盘的情况下，进入郑成功的势力范围是迫不得已的。
1652年（顺治九年、鲁监国七年、永历六年）正月，郑成功同意鲁监国朱以海和部众进驻厦门，随行的有定西侯张名振、大学士沈宸荃、“兵部右侍郎张煌言、曹从龙，太常寺卿任廷贵，太仆卿沈光文，副使马星、俞图南，少司马兼大理寺卿蔡应昌、任颖眉，兵部主事傅启芳、钱肃遴、陈荩卿、张斌卿、叶时茂、林泌，侍读崔相，中书丘子章，赐蟒玉侍郎张冲符，行人张吉生、张伯玉，总兵张之先等，锦衣卫杨灿，内官陈进忠、刘玉、张晋、李国辅、刘文俊数人而已”。由于郑成功不承认鲁监国政权，见面礼节成了问题。郑成功同幕僚人士冯澄世、潘庚钟等商议后，决定自己以隆武帝曾授予的宗人府宗正的身份出面接待。这意味着把朱以海当作明朝宗藩，只保护他的人身安全和在生活上给予优遇，不让他作为恢复明朝的正统象征。不久，朱以海被移往金门居住。
鲁监国和他的文武官员、随从军队南下福建厦门、金门地区之后，同郑成功的关系是南明史上一个比较复杂而微妙的问题。文献的记载由于有的出自亲郑文人笔下，有的出自拥鲁官员的描写，在口径上往往出现很大的差异。就实际情况而言，鲁监国和郑成功都是自成系统的抗清复明势力，谈不上谁管辖谁。舟山失守后，鲁监国为首的官员和军队没有立足之地，借居于郑成功的控制区，本是一种渡过难关的权宜之计。张名振在这年年底给朱之瑜的信中说：“别后狡虏窥关（指定关，即定海），三路并至，不意荡胡以轻敌阵亡，虏骑遂得飞渡。不佞直指吴淞，幸获全捷，而孤城（指舟山城）援绝，死守十日，竟为所破。不佞阖门自焚，而全城被僇矣！奈败军之余，尚思卷土，但虑势力单弱，遂扬帆南下。正月已抵厦门，国姓公眷顾殷殷。近在整顿军营，明春三、四月，必去舟山矣。”张名振是鲁监国政权的主要将领，他的这封书信不仅对舟山失利做了准确的叙述，更重要的是表达了借居金、厦以后，他和同事们正在“整顿军营”，准备卷土重来，将于次年三四月间收复舟山群岛。但是，郑成功另有考虑，他采取的措施是把鲁监国及其文臣变成自己的“寓公”“宾客”，对鲁监国的军队则采取容纳和逐步改编的方针。张煌言和曹从龙都是鲁监国政权的兵部侍郎，后来煌言在《曹云霖中丞从龙诗集序》中回忆道：“岁在壬辰（1652年，顺治九年），予避地鹭左（即厦门），云霖俨然在焉，欢然道故。予时栾栾棘人耳，不敢轻有赠答；而云霖囊中草多感时悲逝，亦不肯轻以示人。”这恍如复明志士在清统治区内的境遇，国姓爷对鲁监国诸臣监视之严可想而知。对于鲁监国的将领，郑成功一方面保留他们原来的爵位，另一方面又把他们纳入自己的军事编制，如派张名振管水师前军，周鹤芝管水师后军，阮骏任水师前镇。亲郑史籍如阮旻锡《海上见闻录》根本不提鲁监国，在永历五年（1651）十二月下直书：“定西侯张名振、平夷侯周鹤芝、英毅伯阮骏等自舟山来归，俱授水师镇。”不少史学论著受这种影响，误以为鲁监国的兵将南下金、厦之后，都变成了郑成功的部下。实际情况并非如此。应当说有一部分兵将转入了郑成功藩下，而以张名振为首的大多数鲁监国兵将仍然保持自己的系统。在大敌当前的形势下，双方都承认偏处西南的永历皇帝为正统，大体上维持着相互依存的同盟关系。
1652年（顺治九年、永历六年、鲁监国七年）三月，朱以海决定放弃监国名义，派使者上表给永历朝廷。这就是张煌言所说：“适滇黔之拥戴，是用归藩。”在共戴永历的旗帜下，唐、鲁之争基本上化解了，代之而起的是郑成功同永历朝廷的若即若离。鲁监国政权留下的文官武将如张名振、张煌言、徐孚远等人在内心里比郑成功更效忠于永历帝，只是由于关山阻隔，自身力量又比较单薄，处境相当困难。这表现在一方面他们希望同郑成功保持良好关系，共赴国难；另一方面又得防止郑成功把自己有限的兵力悉数吞并，甚至撇开永历朝廷同清朝媾和。总之，鲁监国朱以海和忠于他的文官武将在南下金、厦之后，同郑成功维系着一种带有依附色彩的同盟关系，他们从来不承认自己是郑成功的部属。1658年（顺治十五年、永历十二年）徐孚远偕永历朝廷兵部职方司黄事忠、都督张自新航海取道安南赴昆明朝见，途中为安南国所阻，徐孚远给安南国王的信中就说：“同赐姓藩大集勋爵，结盟连义于闽岛，与赐姓藩为寮友。”这种同盟关系在张煌言诗文集中也可以得到许多印证。
1652年（顺治九年、永历六年）正月初三日，郑成功率领船舰两千余号，直航漳州府海澄港口。清守城参将赫文兴、署海澄县知县甘体垣开城投降，郑成功授赫文兴为前锋镇。初十日，分兵切断由泉州通往漳州的要道江东桥，清漳州总兵王邦俊据守漳州府城（今漳州市）。十二日，郑军占领平和县，漳州“乡民树旗响应，四面皆敌，孤城单危，势在急迫，万难支吾”。二月初二日，郑军奋勇攻城，清军负隅顽抗，游兵营吴世珍中炮牺牲，强攻未能得手。郑成功下令火器营何明带领士兵挖掘坑道，准备掘进至城墙底下时填塞火药，用放崩法轰塌城墙，乘势突进府城。三月初七日，点燃引线，火药爆发，才发现因测量距离不准，坑道尚未挖到城墙底下，爆破计划失败。郑成功志在必克，改而采取围困战术，“聚集二十七万之悍贼，砌筑八十七座之木寨，环树二层栅木，外挖两重沟濠，棋布星列，浑如铁桶”。
清浙闽总督陈锦见漳州危急，火速抽调两省兵力来援。三月初十日进至马蹄山，与郑军相距五里；十三日两军合战，陈锦部大败，兵员器械损失很多。陈锦退到同安城外扎营。五月，他派浙江金华总兵马进宝统兵援救漳州；郑成功知道城内粮食不多，清援军入城势必增加困难，于是下令对马进宝军不加阻击，任其长驱直入城中，随即发兵切断其后路，继续围困。马进宝军入城后，曾同漳州总兵王邦俊一道开东门出战，被郑军击败，从此闭门固守。
陈锦和福建提督杨名高、右路总兵马得功扎营于同安城外，在马进宝直抵漳州城下时以为已经解围，高兴了一阵子，不久就发现中了郑成功“粮尽自降”的计谋，王、马二部被围在漳州城内，自己手上的兵力又不足以进战解围。陈锦除了向朝廷告急，请派援兵外，弄得一筹莫展。他担心清廷所遣援兵到达之前，漳州可能失守，而漳州一旦失守，郑军乘胜进攻闽浙各地，自己将无力招架。由于心中烦闷，陈锦经常暴躁如雷，对身边服侍人员稍不如意便发怒打骂。他的家奴李进忠、李忠、卢丕昌、陈恩等怀恨在心，暗中商议把陈锦杀了，带上总督印信逃往郑成功处献功，求个一官半职。七月初七日晚上，由李忠下手把陈锦刺杀于同安灌口帐篷中，慌乱当中除李进忠逃至郑军请赏外，李忠等人都被擒获。清廷得报漳州形势危急，总督又遇刺身亡，决定派固山额真金砺为平南将军统兵火速入闽。
这年八月，漳州被围已达半年，城中粮食极为紧缺，守军挨家挨户搜括民间粮食，一碗稀粥索价白银四两，接着完全断粜。居民以老鼠、麻雀、树根、树叶、水萍、纸张和皮革等物为食，饿死者不计其数，最后是“城中人自相食，百姓十死其八，兵马尽皆枵腹”。福建巡按王应元后来在题本中说：
八年五月发难之初，属县无恙，军需能应。自十二月后，漳浦、海澄破而东南去矣。至扼江东之桥，断朝天之岭，长泰、南靖失而东北咽喉俱塞矣。城堡村寨尽为贼掠，一城孤注，四顾无援，迁延七月犹搜括仓储，派借绅民以支吾。迨浙闽援兵继进，兵马盈万，刍粮倍前，储蓄告匮，民力罄竭。八、九两月，每石米价贵至五百五十两，草根木叶鼠雀牛马搜索食尽，继之人肉。父子相食，爨不烟火者月余，病死、饿死、投水投缳而死，兵丁威取强夺棰楚而死，日以千百计。尸骨山积，秽闻数里。嗟此残民靡有孑遗矣。虎狼士卒晓夜鼎沸，金帛珠玉，腰缠索满，犹有醉酒酣歌以娱其主将者。前无战气，后无守心，使大兵稍迟数日，则城社不为丘墟，文官不为齑粉者鲜矣。
就在漳州清军已经陷入绝境的时候，平南将军固山额真金砺率领的援兵于九月十九日赶到泉州，二十一日会同福建提督杨名高的军队向漳州推进，由长泰县扎篾过河，九月二十八日进至漳州城外。郑成功被迫解围，把兵力部署在城南东山凤巢山。十月初三日，金砺派骑兵向郑军发起猛攻，郑军以铳炮还击。当时正值西北风，炮火烟尘弥漫于郑军阵地，能见度很低，清军骑兵趁势冲入，郑军大乱，后提督黄山、礼武镇陈俸、右先锋镇廖敬、亲丁镇郭廷、护卫右镇洪承宠都在激战中阵亡。郑成功见败局已定，带领余众退守海澄县。清军趁胜收复南靖、漳浦、平和、诏安四县。
围攻漳州失利后，郑成功命部将镇守海澄，自己在1653年（顺治十年、永历七年）回到厦门。定西侯张名振建议，乘金砺所统南下清军主力集中于福建，浙江、江苏兵力单薄的机会，由他带领原鲁监国舟师北上直入长江，“捣其心腹”，使清方处于进退失据的困境。郑成功同意了这一建议，可能提供了一些船只、粮食和装备，这年秋天张名振、张煌言等带领水师北上江浙。
四月，金砺调集水陆官兵，准备进攻海澄县和中左所（厦门）。郑成功为了保卫漳州府沿海基地海澄，先派左军辅明侯林察、左军闽安侯周瑞、后军周鹤芝、前镇阮骏、援剿前镇黄大振等统率官兵乘船阻截清方水师。途中遇上飓风，林察的座船漂入兴化港，被清军擒获。二十八日，金砺指挥的清军扎营于祖山头，摆开了进攻海澄的阵势。五月初一日，郑成功亲统大军到达海澄。他派正中军张英负责组织守城的民夫和器械，北镇陈六御领义武营、仁武营、智武营防守海澄县城；援剿左镇林胜守南门外桥头，左先锋守东门外岳庙，护卫左镇沈明守中权关，正兵镇、奇兵镇守土城、九都城；前锋镇赫文兴、戎旗镇王秀奇、护卫前镇陈尧策守镇远寨，前冲镇万礼守镇远寨外；前提督黄廷、中提督甘辉守关帝庙前木栅，和镇远寨阵地相接。他自己驻于天妃宫督战。初四日，金砺调集铳炮数百号集中火力轰击郑军阵地，郑军据守的籧篨、木栅多被击坏。第二天，后劲镇陈魁、后冲镇叶章见被动挨打不是办法，要求主动出击；郑成功同意了他们的意见，从各镇抽选了精壮勇士数百名由陈、叶二将率领冲锋。清军见郑兵出营，立即以密集铳炮迎击。叶章当即阵亡，陈魁右腿负伤，被迫退回。成功命收兵固守。清军继续用铳炮轰击，镇远寨边新筑的籧篨等防御工事被夷为平地；郑军将士失去了屏障，官兵惊惶不安。郑成功下令挖掘地窝藏身，同时为鼓舞士气，派传宣官持“招讨大将军印”遍谕军中，说：“朝廷以此畀我，我惟有效死勿去而已。诸将中有能率众得功者，愿以此题让。”诸将纷纷来到成功大营中请战。中提督甘辉慷慨陈词：“人生自古谁无死，留此丹心照汗青。此番竭力以守，倘有不测，亦死得其所！”王秀奇等齐声赞同。成功为了进一步增强将士的决心，亲自冒着密集的铳炮登上高耸的敌台观察敌军阵势。他判断清军在持续两日施放铳炮之后，即将发起全面进攻。当天夜里，他派神器镇何明、洪善等把大量火药埋在两军相持的河沟边，准备好引线，待机而发。入夜以后，清军铳炮不绝。初七日五鼓，金砺下令以空炮掩护，派绿营兵打头阵，随后是满洲兵，填河攀栅蜂拥而来，直抵城下，箭如雨下，企图一举登城。城上的郑军手持大斧奋勇砍杀，后续清军踩着被砍杀的尸体继续攀城，战况极为激烈。天亮以后，郑成功望见满兵大半过河，当即下令何明等点燃引线，沿河埋设的火药同时爆发，烟焰蔽天，刚过河的清兵大部烧死。甘辉乘机挥军扫荡，残存清军狼狈而窜。金砺见败局已定，急忙督令士兵强迫民夫抬运火炮连夜逃回漳州。郑成功海澄战役的胜利，沉重地打击了金砺部清军，恢复了因漳州失利造成的士气不振。这次战役，双方都是以铳炮火药作为主战武器，在军事史上也是值得注意的。
海澄战役以后，金砺被清廷召回京师。清、郑双方再次处于相持局面。郑成功回到厦门论功行赏，并且利用清军无力发动新的攻势的机会，决心把海澄建设成为大陆上的前进基地。他委任中提督甘辉镇守，派工官冯澄世担任监工，征发民夫重修和加固海澄城防，把原来的土城用石灰、砖石建成两丈多高的城墙，上面再沿外侧筑短墙一道，安置大小铳三千余号；城外挖浚深阔的河港，形成“巨浸茫茫，外通舟楫”的要塞。城中囤积大量米谷、军械，使扼据漳州府出海咽喉的海澄县同厦门、金门相为表里，形成一个进可以攻、退可以守，固若金汤的军事体系。
早在1645年金声桓、王得仁等部清军入据江西的时候，江西许多地方就掀起了抗清斗争。其中比较著名的有永宁王朱由德会合阎罗总义兵收复建昌、抚州；临川（抚州）乡绅揭重熙、傅鼎铨也召募乡兵起而响应。王得仁等率军前来扫荡，永宁王败灭，抚州失守。揭重熙、傅鼎铨到福建朝见隆武帝。1646年五月明江西巡抚刘广胤在援救赣州的战役中被俘，隆武朝廷任命揭重熙接任巡抚。他曾经组织义勇进攻抚州，被清军击败，退入山区坚持了下来。
吉水人王宠，排行第八，人称王来八，自1645年起义兵，“出入吉、赣、临、抚间，骤发倏散，踪若风云，数百里地，敌骑阻绝，士民得安定，服明服者，皆来八力也”。1646年他兵败被俘，设计伪降，盛筵款待清军，用酒灌醉，夜间召集旧部全歼看守之敌，随即换上清军器械旗帜乘船进抵新淦、峡江，清朝知县出迎，都被擒杀，连克二城。清军主力来攻，王宠兵力不敌，战败后随机应变，在旗帜上大书“追剿王来八”，在乱军中大呼“杀贼”，乘清军错愕之际溜之大吉。1647年十月，清江西巡按董学成檄调各府县兵围剿，王来八战败，死于乱军之中。
1648年金声桓、王得仁反正后，又有张自盛、潘永禧、潘自友、洪国玉、杨起龙、魏汝庆、王三岩等人纷纷举兵反清。揭重熙以明朝旧抚的身份联络各部并同阎罗总四营头、九龙营、福建省的宁文龙、陈德容等互通声气。金声桓建议他们向福建方面发展，借以扩大声势，牵制清军。这年春夏之交，揭重熙率领各部义师进攻福建邵武，城内拥明势力已准备开门接应。清方奏报：“今岁四月内，揭（重熙）、洪（国玉）、张（自盛）、曹（大镐）等贼纠合五六万突入邵武界内，列营数十里，其锋甚炽。”由于揭重熙的军队组织松散，纪律不严，清福建左路总兵王之纲带领的援兵一到竟不战而溃，城中起而响应的绅民惨遭屠戮。时人钱秉镫作《哀邵武》诗云：“豫章兵亦锐，主将亦有名（原注：领兵者为揭中丞万年）。今春大出师，曾一近郡城。是时义声震，志在开门迎。城外忽奔北，势溃无枝撑。可怜内附者，锋刃骈首婴。攻城既失利，攻野肆榜掠。居积既以尽，搜括罄瓶罂。此岂主将过，或未纪律明，嗟哉乌合众，约法安能行。”
邵武之役既以失败告终，清军谭泰、何洛会部又包围了省会南昌，江西的形势迅速逆转。揭重熙亲赴广东肇庆请求永历帝速派救兵。他痛哭陈情道：“臣足万里不踬，愿驰内地乱清，而李将军（指李成栋）以正兵东徂，吾蠹虫或补万一，愿得尺一之诏，奋诸敝惰。”永历朝廷接受他的建议，授予兵部尚书、太子太保的官衔组织义师回赣，配合李成栋挽救江西危局。可是，李成栋却把恢复江西视为禁脔，不允许他人插手，他得知揭重熙率义师入赣时，竟派出部将截杀，揭重熙在阎罗总兵保护下冲破拦截到达建昌、抚州一带。不久，金声桓、李成栋先后兵败身死，揭重熙同张自盛、曹大镐、洪国玉等聚集的义兵，活动于赣东、闽西地区。邵武之役后，义军屯于福建建宁县的楚上、楚下地方。清福建提督杨名高会同左路总兵王之纲进剿，义军退回江西所城地方（见顺治七年十一月陈锦揭帖）。到1650年（顺治七年、永历四年）已是“连营百里，动曰数十万”。这年八月，清南赣总兵胡有升向清廷报告：“如渠逆张自盛、洪国玉、揭重熙、金简臣等结连罗、宋、阎、黄、郭诸逆，拥众十余万，出掠于广昌、新城、南丰一带，以及抚（州）属之宜黄、崇（仁）、乐（安）等处。石城、宁都虽经恢复，而诸逆尚在，眈眈虎视，此又心腹之患。”揭重熙、曹大镐、张自盛、洪国玉被清政府称之为“四大寇”。江西、福建两省清朝驻防官军顾此失彼，应接不暇，清廷遂下令江西、福建、南赣三地抽调精兵会剿。拥明义师声势虽盛，但多数是激于民族义愤起来反抗的绅衿百姓，缺乏作战经验和严密的组织，难以同大股正规清军作战。1650年（顺治七年）十月初二日，洪国玉率部与福建清兵交战于江西省新城县（今黎川县）老山岭，兵败后在南丰县境被俘；张自盛、傅鼎铨等带领败众转入江西广信府境江浒山镇，同揭重熙、曹大镐会合，据险设垒，安营扎寨，备带耕牛、种子进行屯田，作持久之计。而阎罗总的四营头、九龙营宁文龙等则活动于福建建宁、泰宁，江西广昌、南丰一带。1651年（顺治八年）五月在优势清军追击下，揭重熙在黄柏村被福建清军活捉，曹大镐也在江西铅山县北都积被江西清军俘获。1651年（顺治八年）二月，阎罗总四营头部在清南赣总兵胡有升所遣副将杨遇明、刘伯禄、贾熊兵马的追击下，转战于大庾县云山，后在广东保昌县境林溪被击败，提调总统四营头的明五军都督罗荣被俘，闰二月在赣州遇害。清政府兴奋不已，宣称“得此渠魁，胜杀数十万名”。1652年（顺治九年）正月，张自盛率众万余人屯驻于江西大觉岩（地近福建光泽县）。五月十八日，江西清军攻破该寨；张自盛率领残部一千多人逃往十三都小源，二十九日清军追至小源，张自盛战败被俘。揭重熙、曹大镐、洪国玉、张自盛先后为清政府杀害。
清军的三省会剿，到处烧杀抢掠，给江西百姓造成了极大的灾难。时人张岱以亲身见闻记载道：“癸巳（1653，顺治十年）八月，余上三衢，入广信，所过州县，一城之中，但茅屋数间，余皆蓬蒿荆棘，见之堕泪。讯问遗老，具言兵燹之后，反复再三。江西士大夫，响应金、王，株连殆尽，言之可悯。及至信州，见立寨死守者尚有数十余处，而乡村百姓强半戴发，缙绅先生间有存者，皆隐匿山林，不见当道，文士有知名者不出应试。鼎革已十载，雒邑顽民，犹有故主之思，舍此以往，天下所无也。总之，千古节义，多出江西庐陵、广信。”温睿临也说：金声桓遗党张自盛、洪国玉、曹大镐、李安民“四营既破，所俘献者多有文秀严毅，顾盼伟然，至死不自言姓氏者”。