以孙可望为首的大西军进入云南，具有长远的战略眼光。经营云南是为了有个稳定的后方进行休整，积聚力量，以便重整兵马，同清军再决雌雄。入滇两年，由于政策措施正确得当，社会安定，生产迅速恢复发展，大西军对云南的统治日益稳定，实力已经大大增强。与此形成鲜明对照的是，南明永历朝廷吏治腐败和内部互相倾轧，导致抗清阵营的分崩离析，疆土越来越缩小。大顺军余部从1645年隆武朝廷当政时期就已经开始了联合抗清，以李过（李赤心）、高一功（高必正）统率的“忠贞营”成了抗清的主力。尽管南明统治集团明知“今日朝廷所恃者忠贞营耳”，然而从朝廷以至督、抚重臣何腾蛟、瞿式耜、章旷等人却出于阶级偏见处处排斥、刁难这支忠心耿耿奋力抗清的农民武装，干着亲者痛、仇者快的勾当。他们视为嫡系的各种杂牌官军却只知祸国殃民，一旦形势危急就叛变投敌，甘心充当清廷推行民族征服政策的马前卒。在这种情况下，抗清形势的不断恶化自然不可避免。
孙可望等原大西军领导人正是从全国大局着眼，决定领兵出滇，开赴抗清前线。出兵以前，孙可望同杨畏知、沐天波商议时说道：“年来以云南一隅之地，兵精粮足，欲图大举，以复中原。”他认识到在民族危机日益深重的情况下，以朱明王朝为旗帜可以获得更多的同盟者，有利于抗清事业。另一方面，孙可望决定请求永历朝廷加封，也有借此挟制李定国、刘文秀的意图。孙可望与李定国、刘文秀、艾能奇的地位本来不相上下，入滇以后可望虽被推为盟主，但他毕竟不能同张献忠相比，李定国、刘文秀手握重兵，各以“西府”“南府”老爷自居，并不能唯孙可望之命是从。许多史籍都记载，1648年孙可望借演武场升旗事件，把李定国按在地上打了一顿板子，以确立和提高自己在全军中的领导地位。冯甦记：“可望饶机智，既据有全滇，益自尊大，而其党犹侪视之，李定国尤倔强，每事相阻忤。明年戊子，可望与刘文秀等议，缚定国于演武场，声其罪，杖之百；既复相与抱持而哭，命定国取沙定洲以赎罪。定国心憾之，念相推奉已久，无能与抗也。”这说明孙可望的领袖地位并没有真正形成。他为了名正言顺地节制定国和文秀，想通过永历朝廷加封，使自己的爵位高于二人。深悉其内幕的杨畏知说过：“请封，可望一人意也。其意欲得封爵出刘文秀、李定国上，足以驾驭两雄，使受其节制耳。李定国为人直朴无伪，初遣使请封时，定国不悦曰：‘我自为王，安所用请？’可望再三谕以封爵出自朝廷者为真，今皆假号也。定国曰：‘若是，则便是朝廷官，不更作贼矣，勿反复也。’”正是出于这些考虑，孙可望于1649年（永历三年、顺治六年）派杨畏知和户部龚彝充当使者前往广东肇庆，同永历朝廷联络。随身带了孙可望的一封书信，内容如下：
先秦王荡平中土，扫除贪官污吏。十年以来，未尝忘忠君爱国之心。不谓李自成犯顺，玉步旋移。孤守滇南，恪遵先志。合移知照，王绳父爵，国继先秦。乞敕重臣会观诏书谨封。己丑年正月十五日孙可望拜书。
杨畏知等于二月间从昆明出发，四月初六日到达肇庆，呈上书信并进献南金二十两、琥珀四块，马四匹，以表善意。在当时参与抗清的各种力量之中，孙可望为首的大西军实力最强，他管辖下的云南是抗清营垒中最稳定的地区。从南明处境来看，正处在何腾蛟、姜瓖、金声桓、李成栋连续败亡，险象环生之时；孙可望等人决策同永历朝廷携手抗清，本是这个小朝廷的最佳福音。可是，阶级的偏见和政治上的鼠目寸光，却在永历朝廷内部引起了一场轩然大波。廷臣会议时，赞成封孙可望为王的固不乏人，当政的一批人物却因种种私虑表示坚决反对，如依附李成栋之子李元胤的金堡、袁彭年之流唯恐拥有庞大实力的大西军参加永历朝廷将会削弱自己把持朝政的局面，力持异议。开初，袁彭年、金堡甚至说出“可望贼也，不可以封。劾畏知为贼游说，请收之”。后来见朝臣中赞成封可望借以收大西军余部为己所用的人居多数，又变换策略，“金堡引祖制无异姓封王例，力争不可”，甚至连续七次上疏，拼命反对。镇守贵阳和遵义一带的军阀皮熊、王祥也担心大西军出滇抗清，自己割据的地盘难保，上疏声称：“可望名虽向正，事非革心，朝廷毋为所愚。”大学士严起恒等也顽固地拒绝封孙可望为秦王。杨畏知以明朝旧臣、孙可望使者的双重身份陈明利害：“可望兵强，可借为用，何惜一封号不以收拾人心，反自树敌？”他建议封孙可望为郡王（即二字王），封李定国、刘文秀为公爵。廷臣钱秉镫除赞成杨畏知的意见外，又提出在封爵的同时趁机挑拨大西军各将领之间的关系，建议朝廷一面封可望为郡王，命其居守云南；一面封定国、文秀为公爵，“阴使人语之曰：此可望指也。敕书内极其奖励，许以出滇有功之日即锡王号……两雄本不欲听其驾驭，固利在专征，又出邀上赏，必踊跃奉命”。另由定国、文秀合疏上请封艾能奇的中军冯双礼以五等之爵，造成“德归两雄而离心于可望”的局面。
这场封滇与否的争论持续了几个月，杨畏知见封可望为王的阻力太大，不得已上疏改请封可望为公爵，定国、文秀为侯爵，以便回滇复命。永历朝廷勉强同意了，决定封孙可望为景国公，赐名朝宗。
督师阁部堵胤锡是位比较有眼光的政治家，他曾经亲自出马促成过大顺军余部李锦、高一功等部同南明联合抗清，这次又想努力推进与大西军的联盟。当他听说孙可望请封秦王，朝廷仅封公爵，知道事情必定决裂，就在七星岩盛情款待孙可望派来的使臣随将潘世荣、焦光启，同两人订盟结好，稳住这两位大西军的老部将（正使杨畏知、龚彝都是明朝旧官，孙可望派潘世荣等随同赴广显然有监视和探听朝廷态度之意）；同时连续上疏朝廷请封可望为二字王，经永历帝同意决定封孙可望为平辽王。就堵胤锡的本心而言，完全是从维系明室、共同抗清的大局出发。他深知腐朽已极的永历朝廷不要说恢复中原，就是勉撑危局也只有依靠大顺军和大西军。金堡对堵胤锡的做法深表不满，当面斥责道：“滇与忠贞皆国仇也，厥罪滔天。公大臣，偏欲与此辈交结，何意？”在民族危机极为深重的时候，金堡之流仍然对共赴国难的原农民军切齿痛恨，称之为罪恶滔天的国仇，完全颠倒了敌友关系。不料一波未平，一波又起，南明浔州守将庆国公陈邦傅由于忠贞营驻扎在相邻的宾州、横州，担心自身利益难保，他的中军胡执恭建议结好于孙可望，倚仗大西军的声势同忠贞营相抗。他们利用永历帝颁给的空白敕书，私自填写，又暗中铸造了“秦王之宝”金印，于1649年（永历三年）正月由胡执恭冒充朝廷使臣径自前往云南封孙可望为秦王。在陈邦傅、胡执恭伪撰的敕文中用了许多不伦不类的话，如：“朕率天下臣民以父师事王”，命其“监国”，赐以“九锡”“总理朝纲”“节制天下文武兵马”等等。
孙可望并不知道永历朝廷的腐败纷争以致于此，对胡执恭送来的敕书和“秦王之宝”极为满意。他安排了隆重的仪式，亲自郊迎使者，“肃然就臣礼，先五拜叩头，舞蹈称臣。受秦王封后，率其义兄弟三人并三军士卒各呼万岁后，又秦王升座受义兄弟三人并三军士卒庆贺”。然后把敕书誊黄布告云南各地，欢庆三天。这一连串盛大仪式表明孙可望和义兄弟李定国、刘文秀统辖下的大西军以及他们管理得颇有条理的云南全省已经遵奉南明永历正朔，孙可望本人的领导地位也得到了正式肯定。谁知不久杨畏知等人回到昆明，带来了封孙可望为平辽王的敕印。孙可望大为惊异，说：“我已封秦王矣！”杨畏知问明情况说那是假的；胡执恭争辩说平辽王敕印也是假的，朝廷所封不过是景国公。其实，堵胤锡请封孙可望为平辽王得到了永历帝的核准，并不是假的。鲁可藻记：“御批：胤锡奏朕，已封平辽。朝廷虽小，诏令未可或更。”同年十月又记：“诏仍从堵胤锡原奏，封孙朝宗平辽王，敕令出楚。”次年行在礼部尚书郭之奇在奏疏中说：“滇封之议，创为平辽，已非典则，失名义。矫而为秦，变而为雍，遵何制而定何名，臣俱不得其解。”这些材料都可以证明永历朝廷经过反复周折后授予孙可望的封号是平辽王。胡执恭到昆明时并不知道朝廷采纳了堵胤锡的建议把封号由原议景国公改为平辽王。孙可望既误信了陈邦傅、胡执恭假造的敕印，举行了隆重的受封典礼，弄得云南军民皆知，这时要降格为二字王，处境的尴尬可想而知。他极为愤慨地说：“为帝为王，吾所自致，何借于彼？而屑屑更易，徒为人笑。”下令把杨畏知、胡执恭关进监狱，给朝廷送去启本说：“于某日接敕封臣秦王，于某日接敕封臣平辽王，莫知所从。”除了把先后所接“敕书”抄送外，并且表示接到秦王敕印后已经郑重宣布，大小官员和军民都已祝贺，无法改变，请朝廷定夺。平心而论，问题出在永历滥发空白敕书和陈邦傅以公爵身份矫诏伪封一字王，孙可望不仅不负任何责任，而且在宣布受封秦王、接受拜贺以后也确实难以退步。永历朝廷在既成事实面前竟毫无灵活性，坚持拒绝封孙可望为秦王。号称“虎牙”的金堡在疏中义形于色地说：“可望应否封王，臣为祖宗守法，即使白刃临臣，臣惟执不封之议。”大学士瞿式耜则抓住孙可望来书“启而不奏，名而不臣，书甲子不书正朔”大做文章，说什么“识者为之寒心，举朝莫不色动”。又针对胡执恭所递伪敕中载有“朕率天下臣民以父师事王”，“崇之以监国”，“许之以九锡”，“推之以总理朝纲、节制天下文武兵马”痛切陈词。其实，正如我们所看到的，孙可望原书只要求封秦王，并没有提出伪敕内这些特殊的礼遇和权力。至于启本中不称臣、不奉正朔更是无可非议，因为从历史渊源而言，孙可望、李定国、刘文秀等是张献忠部下的大将，张献忠在世时已经即位称帝，与明政府本处于敌对地位；孙可望主动上书请封时用启本已经是俯心相就，在未得到永历朝廷的封爵前“名而不臣，书甲子不书正朔”，无可指责。只要永历君臣不行事乖张，真伪并出，仅以一纸文书加以笼络，孙可望等人自然会奉永历正朔称臣，实现化敌为友，联合抗清。瞿式耜等人不顾实际情况，妄自尊大，在双方达成协议之前就指责对方不称臣奉正朔，是毫无道理的。至于陈邦傅等所撰伪敕，瞿式耜说：“可望未我降，而我先降之；可望未父师，而我先父师之；可望未纳土请官，而我先纳土请官之。料可望本无此想，今执恭固教之矣！”这些话并没有错，问题是瞿式耜不能从大局出发，在永历君臣自己造成的被动情势下，采取有效的补救措施，比如真封秦王，另颁措辞得体的敕书。他实际上同金堡之流一样对原农民军怀有极深的偏见，反对联合抗清。直到这年七月间，永历幸臣文安侯马吉翔建议封可望为澂江王，可望的使者不敢复命。朝廷又议于秦字上加一字，或兴秦，或定秦，纷争不已。倒是孙可望为打破僵局，派遣御史瞿鸣丰入朝，请求实封秦王，“即用原宝，但求上加敕书一道”。这个折中办法可说是两全其美，维持秦王封号使孙可望在云南军民中可以交代过去；另颁敕书不用伪敕中的“父师事王”“监国”“九锡”“总理朝纲”等不妥措辞，永历朝廷也有个体面的下台机会。可是，大学士严起恒、户部尚书吴贞毓、兵部侍郎杨鼎和等人顽固地拒绝真封秦王，毫无转圜余地。值得注意的是，在大西军提出联合抗清的建议以后，永历朝廷不仅在封爵上多方刁难，还不顾大敌当前，加强了对大西军的防范。“是冬，封黔镇皮熊为匡国公，播镇王祥为忠国公，防滇寇也”。这就充分说明阻碍和破坏抗清联合阵线的罪魁祸首正是永历朝廷中的掌权人物。
孙可望虽然对永历朝廷极不满意，仍不改初衷，决定出滇抗清。他派中书杨惺先前往行在报告出兵事宜，疏中说：“国姓岂敢冒，王封何敢承。臣等唯一意办虏，功成之日，自听公议。”在南明史籍中，指斥孙可望“胁封”的文字多极了，其中不少出自忠于明室的遗民之手。他们似乎从未想过孙可望提出联明抗清时大西军拥有十万左右的兵力和云南一省的地盘，求一个王爵千难万阻；后来孙可望兵败失势，仅带了一百多名官兵向清朝投降，顺治皇帝立即派人赶赴湖南封他为义王，毫不吝惜爵位俸禄。相形之下，多少可以看出清廷为什么能胜利，南明为什么失败。
从1647年起，四川、贵州两省处于军阀割据自雄的局面。大西军在孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇率领下迅速南撤，三月间已经进入云南。清军方面，肃亲王在正月间驻于合川，委任明朝降将王遵坦为四川巡抚。当时南明四川巡抚马乾扼守内江，豪格命王遵坦对他进行招降，马乾回信说：“某为大臣，义无降理。古人有言，封疆之臣应死封疆，此正某毕命之时也。”二月，内江被清军占领，马乾不屈而死。同月内，豪格进至遵义（明代属四川，今贵州遵义市），明督师大学士王应熊逃往赤水卫。明四川总兵贾登联、副将谭得胜降清，豪格以设宴犒军为名，把二将及所统官兵全部杀害。由于四川地区连年战乱，社会生产几乎完全停顿，无法解决粮饷供应，豪格只好就此止步，率领满、汉军经陕西回京，留下王遵坦、李国英（原左良玉部下总兵）等明朝降将驻守四川，兵力非常单薄。奉豪格之命分守各地的将领因粮饷不继，加上南明将领的反攻，根本站不住脚，被迫向川北撤退。如清署叙府总兵马化豹守叙府（今宜宾）八个月，从所属州县征得的粮食只有稻谷四十八石、粗米九石，官兵枵腹难忍，除将骡马宰吃外，“凡捉获贼徒未奉职令正法，三军即争剐相食”。马化豹无可奈何，由叙府经富顺撤回保宁。这年十一月间降清的明朝陕西将领赵荣贵反正，领兵“围困保宁府（四川阆中），各镇俱上保宁解围”。成都总兵李国英原在遂宁、射洪一带同于大海、李占春部明军作战，也率兵退回保宁加强防守。清朝在四川实际上只控制着保宁及其附近一小片地区。顺治四年十一月，清四川巡抚王遵坦病死，由李国英继任。
在大西军和清军主力转移以后，四川、贵州大部分地区实际上处于分裂割据状态。南明自弘光朝廷以来虽然任命了阁部、总督、巡抚之类的高级官员，大抵仅拥虚名，实权分别掌握在盘踞各地的军阀手里，他们当中的许多人只知互相争权夺利，不能组成一支统一的队伍，利用清军势单力薄的机会收复全川。其中主要的人物有：
杨展，四川嘉定（今乐山）人，明崇祯十二年武进士，任职参将。大西军入川后他一度被俘，逃出后在叙州（今宜宾）拼凑了一支军队，1646年进抵嘉定、峨眉一带。在兵荒马乱、哀鸿遍野的情况下，杨展能够注重恢复生产，“遣使告籴黔楚，自绅士以下至弟子生员皆给资，农民予牛种，使择地而耕，愿从戎者补伍，百工杂流各以艺就养，孤贫无告者廪之”。由于措施得力，一年以后成绩斐然，成了当时四川唯一自给有余的地方。南明永历朝廷先后给他加封华阳伯、锦江侯。
王祥，原为明朝参将，大西军占领四川时他收集了部分残兵盘踞于遵义地区。1647年六月，他趁清军北返出兵入川，前锋总兵王命臣一直推进到顺庆府（府治在南充）。为了扩张自己的势力，他不惜竭泽而渔地榨取地方残存黎民。例如在顺庆府，“其始也，每家给免死牌一张，需银若干两；其继也，每牛给牛票一张，需银若干两。未几，而牵其牛，掠其人，掘其粮，焚其室。胥西南之民而兵之，朝而负耒，夕而荷戈矣”。1648年（顺治五年），清廷委任的夔州镇总兵卢光祖、叙南镇总兵马化豹、永宁镇总兵柏永馥占领顺庆，王命臣等逃回，王祥所据地盘自遵义至江津、合州、彭水、黔江一带。
于大海、李占春，原为曾英部将，拜曾英为义父。这时，老营屯于涪州（今涪陵）西平坝，控制着涪州、长寿、垫江三州县。
侯永锡，原明军偏裨，据守永宁（今叙永）。
马应试，原明朝泸州卫指挥佥事，任游击，据守泸州地区，大肆搜杀焚掠，“江安、纳溪、九姓（九姓司在今泸州市）等处俱遭蹂躏”，经常活动于泸州至富顺地区。
谭文、谭诣、谭弘号称“三谭”，原为忠州卫世袭卫官，驻于忠州（今忠县）、万县、夔州（奉节）一带。
摇、黄各部原为农民起义队伍，后来同当地官、匪纠结，变成一种不伦不类的武装，初期活动于四川东北部地区。各部互不统属，号称“摇黄十三家”，首领人物有争天王袁韬、逼反王刘惟明、震天王白蛟龙、行十万呼九思、二哨杨秉胤、黄鹞子景可勤、整齐王张显等。袁韬，陕西沔县人，1647年（顺治四年、永历元年）正月，“率众数万，军于涪。名为降顺（指归顺南明），而劫掠如故，涪人流离。至五月，国朝肃王发贝勒、贝子诸营下取涪州，袁韬大败，渡小河东岸走贵州湄潭县去。八月，李占春混名李鹞子同诸营上复渝城。十一月内以本营袁韬与李占春等争功，自相攻杀，占春不胜，退下涪州”。
贵州有总兵皮熊等。1647年三月孙可望等率领大西军余部离开贵阳前往云南，皮熊即领兵乘虚而入，从平越（今贵州福泉）“收复”贵阳。
以上就是1647年清朝豪格统军回京后川、黔各部活动地区的大致情况。实际上这些军阀为了扩充地盘或者由于驻地缺粮经常移动。
南明朝廷自弘光时已任命原大学士王应熊为督师阁部，樊一蘅为川陕总督，马乾为四川巡抚。1647年王应熊病死，马乾被清军杀害。永历帝任命原偏沅巡抚李乾德为川东北巡抚，不久升任总督；又派宗室朱容藩总督军务，杨乔然、江而文为巡抚。“诸人各自署置，官多于民”。樊一蘅见十羊九牧，事权分散，上疏极论其害。永历朝廷不仅置之不理，反而又提升杨乔然为总督，任命监军道詹天颜为川北巡抚，另一监军道范文光为川南巡抚。原来的川陕总督樊一蘅“无所施节制，但保叙州一郡而已”。与此同时，永历朝廷又听从委任的各总督、巡抚的保荐，给大小军阀加官晋爵。这种一味以官爵收买人心的愚蠢做法，更加剧了四川军阀的割据和倾轧。反观清方，豪格率军返京时只指定一名总兵（先为王遵坦，后为李国英）任四川巡抚，尽管兵力远逊于南明川黔“诸雄”，却因事权统一，始终固守着以保宁为中心的川北地区。
南明川黔各军阀本已割据自雄，朝廷又叠床架屋地委派总督、巡抚等方面大员，随之而来的是互相争权夺利，抗清大业被置之度外，文官武将热衷于大打内战。在1648—1649年（顺治五至六年、永历二至三年）两年间先后发生杨展攻杀马应试又被王祥击败之战；王祥与皮熊之战；袁韬、武大定杀害杨展、攻占嘉定之战；于大海、李占春等攻杀朱容藩之战。现分述如下：
杨展南攻泸州卫与永宁之战。据时人欧阳直记载，“王祥驻遵，部分三十六挂印总兵官，颇自骄倨。凡过往缙绅若不得其欢心，则每有劫掠之虞。以故士大夫不满于祥，互相唆构御史钱邦芑移书杨展云：有密旨联络勋爵图祥。展得书，信之，以奉讨为名，遣子璟新率兵南下至泸卫，谓马应试作梗，遽杀之，夺其兵。至永宁，为侯天锡合遵兵所败而还”。《泸州志》所记稍异：“杨展自嘉定袭永宁，诡结盟好，假道泸卫，应试开门出犒。忽望城坡上鼓声震天，则展兵已露刃直逼城下。应试故着红裤，不及甲马，徒步奔山。谍者知之，遂就擒。今卫城东丫口有杀人坳，相传应试斩首处也。展至永宁，战不利，还屠泸卫而去。”
王祥、皮熊之战。这场内战从1648年七月一直打到年底。先是遵义总兵王祥领兵攻贵州总兵皮熊，包围了贵阳。八月，贵州将领武邦贤、杨光谦引兵击败王军，贵阳解围。十月，皮熊又出兵攻王祥，在乌江被王祥击败，几乎全军覆没。十二月，双方才言归于好。
袁韬、武大定谋杀杨展。武大定原为明朝陕西裨将。清军入陕后，他曾同孙守法等一道抗清，奉明朝宗藩秦王之子为秦王，以资号召。1648年十月他被清军击败，带领部下劲卒三千人突围入川。由通江西走广元，收服利州卫世袭指挥同知张颠部众一千五百人，“与龙安（府治在平武）赵荣贵、松潘朱化龙、茂州詹天颜等相为掎角，剽掠绵（州）、梓（潼）诸邑”。1649年（顺治六年、永历三年）五月，赵荣贵派人来迎请秦王，武大定早已觊觎赵军兵力，设计让秦王应邀赴赵营，然后趁接回秦王的机会把赵荣贵骗入自己营中加以捕杀。不料这位秦藩宗室是个明白事理的人，见赵荣贵及其部下官兵真心实意抗清复明，就把武大定设下的圈套和盘托出。过了两天，武大定遣使“迎王回营，并邀荣贵面筹大事”，遭到二人婉言拒绝。武大定知道奸计被识破，连夜取道彰明（在今四川江油县与绵阳市之间）南窜。由于成都平原屡经战乱，破坏得十分厉害，几乎荒无人烟，武大定部众饥疲不堪，奔到富顺投靠袁韬。当时，川北巡抚李乾德正在袁韬营中，还有另一支摇黄队伍呼九思部也来会合，“俱绝粮，饿死者甚众”。李乾德是个无耻政客，派到四川以后既没有兵将，也没有地盘，他急于抓权，竟私自铸造了“兵部之印”大方银印，自称兵部尚书，行文各镇。又利用摇黄十三家之一的袁韬归明后没有官衔的机会，另铸定西将军银印送给袁韬，博得袁韬的欢心。不料他钤盖私铸兵部印的文书被杨展的幕客识破，当面质问他朝廷常规“印不离部”，你的“兵部之印”从何而来？李乾德无言以对，不敢再用假印招摇撞骗。李乾德一计不成，又生一计，想以巡抚的身份接管州县，把地方的钱粮抓到手，而让杨展单纯主持军事。可是，嘉定地区的耕地主要是杨展组织军民开垦出来的，李乾德的要求遭到断然拒绝。当时重庆一带城空地荒，杨展建议李乾德率领袁韬等部军队往守重庆，由自己负责粮饷供应，这对南明来说本是个不错的主意。李乾德既对嘉定地区的富庶垂涎三尺，又怕出守重庆将冒清军南下的风险，与其为朝廷收一块危地，不如心黑手狠算计自家人，于是在李乾德导演下终于演出了一场川南火并。他利用袁韬、武大定、呼九思乏粮之机，建议“惟求救于杨展，展若从即无饥乏患矣”，三人都表示赞同，请李乾德立即前往嘉定。“乾德赴嘉定说展曰：‘大定与韬愿归将军帐下。’展不可，曰：‘风土既异，心性必殊，嫌隙所由生也。今部下数万众皆吾梓里，甘苦共之，赴汤蹈火，皆无异志。若增袁、武，恐滋他患。吾意已决矣，幸勿复言。’乾德复说曰：‘从来举大事者不辞众，将军士卒虽精，苦无外援。涪州有余（于）、李，万县有三谭，相为掎角，何分南北哉！二将望风而奔，慕将军之威德也。不劳一卒，不发一矢，收万余人于麾下，不大有利于将军邪？机不可失，时不再来，将军其图之。’展沉吟久，乃许给粮饷，资韬、大定于犍为。”乾德见初步目的已经达到，返回富顺告知袁韬、武大定、呼九思。三人大喜，编造兵员花名册送交杨展。杨展拒绝接受，却按月运粮接济。袁韬、武大定、呼九思亲赴嘉定拜会杨展。不久，呼九思病死，“杨展与武大定、袁韬钻刀歃血，三人誓结生死交。杨为长，袁次之，武又次之。展恩视二人如亲弟，恣其所欲，悉应给。令袁韬移营驻犍为，武大定驻青神”。袁、武二人在杨展资助下渡过了难关，却暗中觊觎嘉定的繁盛。李乾德乘机进行挑唆，对袁韬说：“地方钱粮供朝廷之公物也。岂展所私而以布惠于僚友？且展据有西南，终当尾大不掉。公等皆人杰，仰畀于若人耶。”袁韬欣然听从，与武大定密谋定计，以七月二十六日袁韬生日为名邀请杨展赴犍为庆贺。杨展的家属和部将怀疑其中有诈，劝他不要去；杨展自以为对袁韬、武大定有恩，只带了三百名士卒前往犍为赴宴。在筵席上被袁、武擒杀，随从军士也在被灌醉后死于非命。二人随即发兵突袭嘉定。袁韬、武大定背信弃义谋杀杨展的消息传开后，引起南明许多文武官员的愤慨，川陕总督樊一蘅写信责备策划其事的李乾德：“嘉陵、峨眉间二三遗民不与献贼之难者，杨将军力也。且背施忘好而取人杯酒之间，天下其谓我何？”李乾德阅信后付之一笑，“以为救时大计非竖儒所能知”。涪州李占春曾经得到过杨展的粮饷资助，“闻变拍案曰：贪利，杀我义士，岂大丈夫耶？”领兵来援嘉定，被袁、武击败。十二月二十四日，袁、武军队经过四个月的围城，攻入嘉定，杨展长子杨璟新带领残兵五十余人经峨眉、新津、灌县逃往保宁，于1650年（顺治七年）正月十六日向清朝四川巡抚李国英投降。袁韬、武大定瓜分了杨展的部众、地盘和库藏，“初意江口所获金银如山积，及搜展府内不满所愿，吊拷夫人并烧毙经事之人，都无窖藏之物。二人大失所望”。李乾德计杀杨展后，又重温旧梦，自称尚书经略，妄图主管地方粮饷，节制袁、武二部兵马，结果嘉定被袁、武二人瓜分，“乾德虽亦分数州县，仍空名而已”。
朱容藩是明朝楚藩通城王的后裔，在宗室内地位很低。当明末社会大动荡之际，他漂泊各地，周旋于各种势力之间，可谓见多识广。永历帝在肇庆即位时，他参与拥戴，被授予掌宗人府事。他不满足于这个虚有其名的官职，想抓点实权。从兵科给事中程源口中听说四川兵将颇多，统御无人，认为机会来了，就奏请入川联络诸部，永历朝廷给以兵部右侍郎兼右佥都御史的官衔总督川东兵马。朱容藩即取道湘西到达湖北施州卫，进入王光兴的兵营；接着又联络驻守四川涪州的李占春（混名李鹞子）、于大海部。1647年（顺治四年、永历元年）夏，清涪州总兵卢光祖部携带大批掳掠来的辎重子女由重庆水陆并进，顺江而下，企图一举打通川鄂交通水道。朱容藩当即命令李占春、于大海率领舟师阻击。七月十一日，两军相遇于忠州（今重庆忠县）。清军辎重既多，又不习水战，被李、于二部击败。明军烧毁清船一千余艘，夺回大批被俘人口和财物。卢光祖带领残兵败卒从达州小路逃回川北保宁（今四川阆中）。
朱容藩初战告捷，又联络忠州卫世袭武将谭文、谭诣、谭弘和摇黄呼九思、景可勤、陈某等部同川南、川西明军会合，于九月间收复重庆。这时，由陕西南下川北的定陇侯赵荣贵正集中兵力进攻保宁。由于清初成都一带凋敝特甚，几乎荒无人烟，清朝设置的四川巡抚、巡按都驻于保宁，这里实际上是清方的四川省会，清朝所委任的四川各镇总兵全部回救保宁。朱容藩和四川、贵州明军几乎收复了保宁以外的四川全境。后来清四川总督李国英回顾道：“只因四年（1647）六月王师凯旋（指肃亲王豪格率部回京），留兵单弱，以致群盗蜂起。臣与各镇间关百战，始达保宁。一城之外，尽为贼有。”聚集于保宁的清军名义上有五镇：成都总兵（原为李国英，四川巡抚王遵坦病死后由李接任，改由惠应诏任成都总兵）、叙马总兵马化豹、涪州总兵卢光祖、永宁总兵柏永馥、龙安总兵左勷，实际上兵力极其单薄。四川巡抚李国英1648年（顺治五年）向清廷报告：上年肃亲王豪格拨给四川巡抚标兵一千三百九十名，病死、饿死和逃亡者多达一千三百三十三名，只剩下三百一十名；其他各镇情况也大致相仿，“饿、病死者十去七八”，“每镇不过数百饥病之兵”。南明朝廷本来应该趁此机会，集中兵力攻克保宁，全歼入川清军，然后精兵简政，汰弱留强，招抚流民，垦荒屯田，把四川这块自古以来被称为天府之国的地方经营成抗清基地。然而，各派军阀不仅不愿意减少自己的兵员，而且钩心斗角，互有吞并之心。永历朝廷又叠床架屋地委派阁部、经略、总督、巡抚等高级官僚，这些人为了争权夺利分别笼络某几个军阀，导致事权分散，以致自相火并。
朱容藩是个小有才具的野心家。他倚仗永历朝廷的名义组织川东等地武装恢复了四川大部分地区的时候，正值永历皇帝由武冈逃往南宁。朱容藩妄图利用四川诸将同朝廷失去联系的机会，拥戴自己爬上皇帝的宝座。会师重庆时，他就示意原偏沅巡抚李乾德联络川南一带文武官员劝进，遭到李乾德等人的拒绝。他怀恨于心，派李占春领兵偷袭李乾德和袁韬的兵营，被袁兵击退。1649年（顺治六年）二月，朱容藩回到涪州（今涪陵）、夔州地区，即自称楚王世子监国（《客滇录》说他自称楚王世子，后称楚王，又改称吴王），铸造了“天下兵马副元帅”金印，改忠州为大定府，府门为承运门；夔州临江有天字城，形势颇为险要，朱容藩改其名为天子城，作为自己的行宫。为了收揽人心，他擅自铸印封王光兴、李占春、于大海、杨朝柱、谭文、谭诣、谭弘、杨展、马应试等人为侯爵、伯爵，授刘惟明、杨秉胤、白蛟龙等人为挂印总兵，任命张京为兵部尚书、程正典为四川总督、朱运久为湖广巡抚，此外还任命了祭酒、科道、鸿胪寺等官员，俨然以朝廷自居。朱容藩的胡作非为引起了川西和川南永历朝廷委派的官员极大不满。四川巡按钱邦芑以“为奸宗谋逆，请正天讨事”上疏揭发其罪行，疏中说：
臣察得逆宗朱容藩自元年正月在广西得罪，皇上欲置之死，幸蒙天恩赦宥，还其原官，命料理湖南一带。彼时寇逼湖南，容藩即由施州卫走入川东。五、六月间，寇陷涪州，臣方至彭水界上。川东夔府一带与朝廷消息不通，文武无主，容藩假朝廷之威灵，收拾兵将。至八、九月间，川中各镇如王祥、侯天锡、李占春、余（于）大海、赵荣贵、曹勋、马应试、袁韬等，各出兵剿寇，四路捷报。维时皇上幸广西，川中不知圣驾所在，容藩即自为吏、兵两尚书，铸刻印信，选授文武，笼络军民，隐有称王之意。今岁六月，臣巡川南，忽军中传来朱容藩刊《谕建置文武榜文》，其自称则曰：“予一人”“予小子”，如此而欲其终守臣节，其可得乎？今皇上远在百粤，四川僻在极西，沿途兵寇阻道，凡诏谕敕旨，经岁余后通，其浮沉不达者尚多。且西川之地，四围皆蛮夷土司，易生反复。又迭经寇祸，三年之间，四易年号，人情惶惑，莫知适从。故容藩欲乘此摇动人心，谋为变乱。自去岁秋冬，川地渐复，臣不惮艰苦，往来深山大箐，荒城破垒之中，驱除豺虎，翦披荆棘，招集残黎，抚慰土司，宣达皇上威德，西川之地始知正统所属。今声教渐著，法纪方行，而容藩包藏祸心，谋窃神器，阳尊朝廷，阴行僭伪，假皇上之威福，布党乱之爪牙。其意待羽翼既成，便欲盘踞西川以为公孙子阳、王建、孟知祥之事。臣已早窥其隐，先致书告以大义，随即传檄楚督何腾蛟、堵胤锡，川督杨乔然、李乾德及各大镇，俾共尊朝廷，毋为叛臣所惑。
钱邦芑考虑到文书往返动经岁月，就把疏稿誊抄遍送川楚各大臣。督师辅臣堵胤锡当时同马进忠驻于施州卫，收到文书后乘船来到夔州，当面质问朱容藩。朱容藩掩饰道：“圣驾播迁，川中不知顺逆，联假名号弹压之耳。”堵胤锡驳斥道：“公身自为逆，何能服叛逆之心乎？钱代巡有檄会兵，若再不悛，钱公率兵下，吾截其后，川将皆朝廷臣子，谁为公作贼者？”朱容藩无言以对。川东诸将这才知道朱容藩自署的名号都是假冒的，李占春、于大海等人不再听从他的号令。1649年（顺治六年、永历三年）正月，朱容藩移驻万县天字城，以摇黄白蛟龙、杨秉胤二部为护卫，联络谭文等人割据自雄。七月（明大统历八月），永历朝廷大学士吕大器到达涪州，李占春迎见，正好收到朱容藩发来的会师牌札，上列楚王世子、监国、天下兵马副元帅的头衔。大器笑曰：“副元帅非亲王、太子不敢称，且天子在上，何国可监？此人反叛明矣。”朱容藩为了豢养军队，率领被蒙骗的将领进攻石柱土司，石柱土司求救于李占春、于大海。李、于二将已经弄明白朱容藩是个冒牌货，派出精兵乘船五十艘来援。1649年（顺治六年、永历三年）七月二十五日，两军交锋，朱容藩大败，白蛟龙被活捉，同李占春歃血结盟，保证不再听从朱容藩的指挥，才被释放回到杨秉胤营中。谭文逃回天字城。朱容藩众叛亲离，成了真正的孤家寡人。他落荒而逃，在云阳被擒杀。
南明四川当局的自相残杀，给清方提供了可乘之机。顺治六年十一月初十日清四川巡抚李国英奏疏中说：“窃照蜀中负固诸逆，恃在僻险，观望逾年，臣曾仰体诏赦皇仁，屡持平西王、墨固山令谕差官分头前去招抚（按，当时吴三桂、墨勒根侍卫李国翰的军队驻于陕西汉中，并未入川），如达州刘惟明、剑梓李廷明、唐运会，江油严希赐等悔过投诚，臣已另疏具题外。至如伪朱经略假窃伪号，联络江上李鹞子（李占春）、余（于）大海、三谭、杨（秉胤）、白（蛟龙）等煽乱夔东；而伪阁部吕大器与李鹞子另为一党，驻扎涪州；伪伯杨展招纳武大定、袁韬、曹勋等巢穴嘉、眉、黎、雅，窃据成都一带，而伪总督李乾德与袁韬另为一党往来叙、泸；伪国公王祥等屯聚遵义，出没綦（江）、重（庆）之间；而伪总督杨乔然另扎长寿县，屡谕不悟，蹂躏实深。自王师剿杀伪秦王、赵荣贵之后，兵威震慑，各逆互相疑忌，彼此阴谋残杀，于本年九月初二日据达州知州彭振翮塘报内据达州屯镇刘惟明报称，朱经略同谭伪镇于七月二十五日由万县渡河北岸，被余（于）、李二贼发精兵船五十号追杀大败，谭大单骑逃天字城，朱经略阵亡是实。其朱逆下伪镇白蛟龙与李鹞子歃血钻刀，仍放蛟龙回杨秉胤营内，于八月初六日同在天字城起身，欲来东乡县寨子驻扎等情。随发谕移刘惟明并达州知州彭振翮相机往招。”下文又报告了七月二十七日袁韬等杀害杨展，接着说：“乃今天厌其恶，使彼自相仇杀，朱逆受刃，杨展继亡，……其后数家贼逆互相践踏”，“惟候平西王、墨固山振旆之川，又不难直扫逆穴，以成破竹之势”，“而收复全川之机会于在此矣”。
大西军的由云南开赴抗清前线，一般史籍都记载为1650年（永历四年、顺治七年），这是就同清军交锋而言的。由于云南和清方占领区之间还有一批南明军阀控制着四川、贵州等地，大西军不仅必须突破他们的阻挠才能到达抗清前线；为了消除内讧，稳定后方，统一军令也需要对南明残留武装实行改编。孙可望部署出兵之际，曾经派中书舍人杨惺先赴行在疏报出师，奉旨：“览奏整旅东征，为朝廷剿除逆虏，朕心嘉悦。今恭顺（原注：谓孔有德）入犯武汉，盘踞长、岳，卿率锐出楚，建瓴直下，廓扫中原，以奏光复。该部知道。”孙可望还利用胡执恭送来的伪敕中的“监国”“节制天下文武兵马”字样，以永历年号“驰金龙牌，抄敕册文遍调土、汉官军皆为之下”，“自称监国秦王臣，布告云、贵、楚、粤诸勋镇”，要求贵州、四川、湖广等地的南明军队会盟，听从节制。
早在1649年，孙可望就派白文选率领先头部队进入了贵州。康熙《贵州通志》记：“己丑（即1649）八月，孙可望遣白文选取安顺府，遂入贵阳。”并加小字注云：“以通好为辞，旋撤去。”1650年四月，白文选部再次进入贵阳，接着李定国也来到贵阳，同南明匡国公皮熊、贵州巡抚范鑛结盟。同年八月，孙可望亲自统领大军进入贵阳。皮熊自知兵力不敌，派遣使者李之华来“通好称盟”，意在阻止大西军入黔。孙可望回信道：
贵爵坐拥貔貅，战则可以摧坚，守则足资保障。独是不肖有司罔知国本，征派日烦，民生日蹙。黔中多敌兵出入之途，宁无救灾恤邻之念？而疑不穀为假道长发之举。若黔若滇，总属朝廷封疆；留守留兵，无非绸缪粮糗。惟欲与行在声息相通，何有一毫私意于其间。若止以一盟了局，为燕雀处堂之计，非不穀所望于君侯也。
南明忠国公王祥也“遣官请盟”。大西军将领冯双礼向孙可望请示是否应该推迟进兵。由于皮熊、王祥之流只知盘踞地方，殃民自肥，既不积极对清方作战，又堵住了大西军出黔抗清的通道，因此，孙可望决定不理睬皮、王“请盟”的虚礼，下令以武力强行改编。于是，冯双礼、王自奇统兵从间道攻平越，活捉皮熊。九月，刘文秀、白文选北上遵义、永宁。明永宁总兵侯天锡归附；“王祥乌合六七万，分为三十六镇，与滇兵一战于乌江河而大溃，祥避死真州，遂下遵义”。皮熊、王祥阻挡大西军出黔抗清的图谋被粉碎以后，孙可望下令把他们部下的兵将收编，“不得逃避，一体入营关粮”。这样既扩充了兵员，又防止了散兵游勇生活无着，为害地方。到1650年（永历四年、顺治七年）十二月，孙可望已进至贵州东部的铜仁，贵州全省都处于原大西军管辖之下。
四川的情况也与此相仿。《宜宾县志》载：“庚寅岁（1650）贼首孙可望在滇假翊戴之名，怀窥窃之志，监国贵阳，凡楚、蜀、滇、黔勋爵悉归节制。乃致书樊公（指南明川陕总督樊一蘅），语多矜肆。”樊一蘅派中军都督佥事彭明扬、筠连县知县魏鸣玉充使者前往贵阳，“可望盛陈仪卫召见便殿，于时一二大臣在座，皆东林旧人也。可望卒然问曰：‘樊某为国大臣，经略秦蜀，所办何事？’先生（指彭明扬）翘首曰：‘老臣尽瘁同于武侯，乃心王室同于郗鉴。但兵势有强弱，故成功有迟早耳。殿下若肯相容，大事尚可济也。若必加兵，诚恐来归之人皆解体矣。不几负率土之望乎？’望怒乃解，赐锦币而还”。次年，樊一蘅病卒，所部均为孙可望改编。当时正在武大定幕中的欧阳直记载孙可望招抚武大定、袁韬的情况颇详：“孙可望差官至嘉定，称奉旨联络，内有‘会猎岷峨’等语。”盘踞于嘉定、青神一带的军阀武大定、袁韬犹豫不决。明四川巡抚李乾德说：“此矫诏也，其心未可测。令武（大定）复书，略曰：‘自入蚕丛，荆棘塞道，万里烟绝，一望凄凉，茂草荒林，惟有马迹，狐游虎逐，罕见人踪。间有一二遗黎，又皆五官残废，割耳截鼻，刖足剁手，如游异域，忽睹罗刹，形不类人，喘延余息。备询厥故，始知令先君（指张献忠）之造福于川，盖功德若此其惨毒也。乃曾不旋踵，君之先君身首异处，尸饱馋鸦，可见天之所报，人之所为，已足昭鉴。公等碌碌，犹尚不悛，欲挟令以欺天，逞前奸之故智，词多悖谬，意实险深。窃揣中藏，岂以皮（熊）、王（祥）视我也。倘修邻好，奉教有期；如云会猎岷峨，则水路可通舟楫，陆路可容车马，弟惟有叉手瞠目而听之矣。’”显然，李乾德授意下写的回信对原大西军充满了敌意，断然拒绝孙可望提议的会盟。1651年（永历五年、顺治八年）孙可望派抚南将军刘文秀总统兵马，分两路入川。刘文秀率部渡金沙江，取道建昌；将军王自奇从毕节取道永宁，大举进攻。武大定亲率全营赴雅州（今雅安），抽调精锐士卒交部将张林秀带往荥经堵截大西军。袁韬和李乾德坐镇嘉定（今乐山市），分兵一支守州（今宜宾市）。这年八月，刘文秀指挥的军队在荥经县鹿角坝全歼武大定精锐，张林秀也被击毙。武大定大惊失色，连夜逃回嘉定；袁韬、李乾德眼看大势已去，三人抱头痛哭，随即下令放火烧毁嘉定城内房舍，次日早晨弃城逃走。由于家口牵累，走了七天才到达井研、仁寿。刘文秀进抵嘉定，派轻骑日夜兼程追击，一天之内就赶到仁寿县。袁韬、李乾德被活捉，押回嘉定。武大定连妻子家属也顾不上，带领十余骑落荒而逃。文秀命大定之子武国治、侄儿武国用招回武大定，以礼相待。免袁韬死罪，发往部下听用；李乾德和他的弟弟李升德押往贵阳治罪，走到犍为县时，二人投水而死。
平定四川南部地方以后，刘文秀领兵顺流而下，派使者带着孙可望“秦王、监国”名义的文书联络川东各支抗清武装，“假首会盟”。夔东“伪爵贺珍、王光兴、张光翠等一十四家各拥重兵，阴附孙逆”。盘踞涪州（今涪陵）、忠州地区的明定川侯李占春、靖南侯于大海因义父曾英于1647年初在重庆被南撤的大西军击杀，坚决拒绝会盟。刘文秀派部将卢明臣（又作卢名臣）领兵进攻，占春、大海大败，七月间带领马步士卒三万余名和家属乘船逃往湖北向清方投降。途中遭到参与会盟的夔东抗清武装的拦击，十月十一日才进入湖北清方管辖区。清荆州总兵郑四维安置李、于二部于松滋县百里洲，由于未给粮饷，李占春于十四日夜间抛弃妻子部众，入山当了一段时间和尚，后来又在清朝招徕下出任过安陆副将、黄州总兵等职。此外，据守万县一带的谭文、谭诣、谭弘，夔东一带的王光兴、王友进、刘体纯、塔天宝等都“扼险自守，差人申好”。这样，刘文秀的出兵四川基本上达到了预期目的，割据自雄的大小军阀被消灭或收编，同以大顺军余部为主体的夔东抗清武装建立了联系，把四川大部分地区经营成了比较稳定的抗清基地。时人杨鸿基对大西军入川有一段概括性的叙述：
适至孙可望自滇据黔，辛卯（1651，顺治八年、永历五年）遣兵逼遵（义）；刘文秀自建南出黎雅，杨景星（按，当作杨璟新，杨展之子）奔投保宁；下兵犍为，擒袁韬而降武大定；再合遵、渝之兵东下，余大海（当作于大海）、李占春放舟而奔楚；他如三谭、（侯）天锡之辈或降或遁。自此三川之阻兵者皆尽。虽杀运犹未尽，民难犹未弭，而回视向之日月捋虎、霜雪衣裘、倾耳戴目、东窜西奔，以赊须臾之死者，已不啻水火衽席之不侔矣。
可见，大西军的再度入川给当地残存百姓带来了生机，让他们有可能重整家园，逐步恢复社会生产，过上安定的生活。
孙可望部署的出兵川、黔，凭借武力收编永历朝廷残存的地方割据武装，是完全正义的。不把这些祸国殃民的军阀势力扫掉，大西军就不可能进入抗清前线，南明的残疆剩土也不可能真正成为抗清基地。孙可望接管贵州和四川南部地区以后，采取了果断措施加以整顿，在很短时间内就把黔、川治理得井井有条。他派白文选镇守贵州，收编当地的散兵游勇。对永历朝廷滥发的文、武官员札付全部收缴，裁革了一大批鱼肉人民的冗官，如派员“会勘平越各官，戮奸蠹民者”，可望令蒋克远会冯双礼安抚人民，招徕商贾。又“令所属文武呈缴滥札，武职加授总制、参游，文官加授监军、督饷、部卿、佥宪，概行裁革。各官作奸蠹民者戮之。令督学刘鸣凤考试贡生，分别伪滥”，从而荡涤了永历朝廷留下的污泥浊水，改善了吏治。同时，致力于恢复农业生产，保护商业流通。有的史籍记载，孙可望收取遵义、石阡、平溪等地以后，“安抚遗黎，大兴屯田，远近多归之”。在四川綦江县也“差官丈田……变牛种为粮数”，并委任贵州拔贡张师素为知县，张到任时见城内“荆榛满目”，乃“招抚遗黎，殷勤保爱”。后来又“发难民千余安插于杜石沙坪一带，多垫江人”。为了活跃经济，互通有无，孙可望下令“招徕商贾，令征虏将军（冯双礼）招通平越商贾，失货物者量偿之”。从一些史料来看，孙可望在贵州征收的赋税相当重，如在施秉“临田征租，劫去取十之七”。“庚寅（1650，顺治七年）九月，秦王遣张扈卫复招士民……条银变输谷米共计二石有余，又有皇草、皇柴折价至黔中上纳；所征调银十两，帮补义兵一名器械银五十余两，不敢不从。一切五谷六畜丝麻之类，无隙可逃”。这类材料除了反映当时用兵之际军需孔亟，不得不多征派赋税以外，也表明贵州等地的农业生产已经有所恢复。经过孙可望大刀阔斧的整顿，贵州的面貌为之一新，史载：
孙可望在黔，凡官员犯法，重则斩首、剥皮，轻者捆打数十，仍令复任管事。除去革降罚俸等罪，兵民亦如之，无流徒笞杖之法。盖事尚苟简，文案不繁。官绝贪污馈送之弊，民无盗贼攘夺之端。一时反以为便。
为了保证军事行动畅通无阻和百姓安居乐业，孙可望非常注意修筑道路，“凡街衢桥道，务令修葺端整，令民家家植树于门，冬夏常蔚葱可观”。同时，实行路引制度，防止清方间谍混入云贵。原大西军领导人把治理云南的经验推广到贵州全省和四川部分地区，从而扩大了抗清基地，增强了经济和军事实力，为此后在抗清事业中取得辉煌战果奠定了基础。
李自成牺牲以后，大顺军余部始终没有形成一个自己的领导核心。史籍记载，在1645年东、西二路大顺军（由李自成、刘宗敏亲自率领由西安经商洛、豫西、湖北襄阳、武昌一线撤退的大顺军主力为东路；李过、高一功所统陕北及甘肃等地驻军经汉中、四川顺江而下至湖北荆州地区的大顺军为西路）在荆州一带会师后，曾有意拥立李自成的三弟为号召。不久，进攻荆州之役被来自南京的清贝勒勒克德浑部援军击败，自成之弟和田见秀、张鼐、吴汝义等降清被杀，大顺军各部的离心倾向更加有所发展。原随李自成东下的右营将领刘体纯在1645年冬至1646年带领部众经河南西部再度攻入陕西，同武大定等人会合，围攻省会西安，一时声势颇盛。后来被清军击败，转入川东鄂西（即夔东）坚持抗清斗争。袁宗第原是大顺军右营制将军，是刘体纯的上级，但在李自成牺牲后，他显然已经失去了对右营诸将的领导地位，只拥有为数不多的军队同牛万才等部在湖南西部与明朝制辅堵胤锡一道继续抗清。李过（即李锦、李赤心）、高一功（即高必正）同堵胤锡也保持较好的关系，但在1646年初荆州战役后，李过、高一功等部退入巴东、建始一带休整，袁宗第、牛万才等人并没有采取一致行动，留在湘西山区；后来忠贞营奉调入湘，经常德进攻长沙等地，遭到明督师何腾蛟的破坏后，接着是清郑亲王济尔哈朗统兵南下湖南，李过、高一功等率部经湘东、广东撤入广西南宁地区，袁宗第也没有随同前往。湖南被清军占领后，牛万才于顺治八年在溆浦投降清朝，袁宗第已带领部众进入夔东，同刘体纯等部联营。郝摇旗（郝永忠）自1645年以后长期追随南明督师大学士何腾蛟，先后转战于湖南、广西兴安、桂林一带。1648年他奉何腾蛟之命由广西北上击败反正来归的陈友龙部后，在永历朝廷中备受指责。次年（1649）何腾蛟被清军俘杀，他举目无亲，率部北上夔东，同刘体纯、袁宗第，以及王光兴、贺珍等部会合，主要活动于湖北房县、均县一带。
下面着重谈谈南明史上著名的“忠贞营”。“忠贞营”的主体是李过、高一功等率领由陕北南下的西路大顺军，1645年在荆州草坪地区同南明巡抚堵胤锡达成联合抗清协议，由堵胤锡上疏隆武帝，赐名“忠贞营”。这支军队保持大顺军的传统似乎比郝永忠等部要多一点，李自成的妻子高氏自荆州合营后一直随忠贞营行动，该营主将李过是自成的侄儿，高一功是高氏的兄弟，营中称自成为“先帝”，称高氏为“太后”，仿佛另成体系，但实际上并没有建立一个有效的领导核心。从现存文献资料来分析，作为大顺朝皇后的高氏，其性格是比较温顺软弱的，她从未利用自己原来的地位为李自成确立一位继承人。这势必导致两个引人注意的现象，其一是原大顺军并不能都归入忠贞营建制；其二是忠贞营内部没有形成名实相符的领导人，李过（李赤心）曾被视为忠贞营的首领，但无论在名义上还是在实际上他更像一位盟主，而不是一位能发号施令的领袖。这表现在李过在大顺政权中受封亳侯，隆武时期封为兴国侯，永历时期他沿用兴国侯，而忠贞营内刘国昌仍用大顺政权所封淮侯，刘世俊沿用大顺政权所封岳侯，永历二年十一月李赤心的塘报一再用“本爵同各爵”会议字样。这些迹象表明原大顺军缺乏一个坚强的领导核心，在抗清斗争中更多地依附于南明重臣，以致未能相对独立地开创局面。永历三年冬，忠贞营到达广西南宁、横州一带，大将有李过、高一功、党守素、马重禧（改名马腾云）、张能、田虎、刘国昌、刘世俊等。不久，李过、张能、田虎等先后病死，高一功成了忠贞营的主要领导人。当时，忠贞营的处境相当艰难，在广西永历朝廷统治区内，他们既遭到留守桂林大学士瞿式耜的歧视，又遭到镇守南宁、庆远一带的庆国公陈邦傅的猜忌。只是由于忠贞营兵力还比较强大，南明广西当局才对他们无可奈何。1650年，清孔有德、尚可喜、耿继茂三藩兵进攻广东和湘桂时，高一功和党守素曾率领精锐五千兵马到行在朝见永历帝，提出两项重要建议，一是改变勋镇割据的局面，财政收入和官员任命都应该由朝廷统一安排，以便集中有限的财力、兵力救亡图存；一是以忠贞营为主力东救广州。他们的主张得到一部分比较正直的永历朝臣支持，然而，南明诸帝大抵都是托身于军阀，连掌握了部分兵权的大臣如何腾蛟、瞿式耜也沾染“勋镇习气”，一味拥兵据地自重，以邻为壑，从来没有全局打算。尽管当时形势已经相当危急，无论是“东勋”（李成栋养子李元胤及杜永和等）还是“西勋”（庆国公陈邦傅以及瞿式耜节制的将领）都唯恐忠贞营地位上升，使自己失去原有的权势，于是想尽办法加以反对和破坏。
南明史籍中叙述到淮侯刘国昌、岳侯刘世俊领兵会同李元胤、马宝、陈邦傅等东救广州一事均含糊其词，常见的说法是永历三年十一月“忠贞营刘国昌复下梧州，走怀集、阳山。因李赤心等各占地方，国昌无善地。堵胤锡出楚，欲随之”。“总督天下兵马大学士堵胤锡病，卒浔州。胤锡往督忠贞出楚，不从，大拂其意，拟即下梧州，调楚粤各勋。至浔抱病，乃李赤心又以刘国昌之下为胤锡使，遂不赴”。或云：“是时，李元胤守肇。忠贞裨将淮侯刘国昌与高、李相失，溃入肇界。元胤堵御之，受约束，乃去，肇赖以全。”特别使人疑窦丛生的是说刘国昌引部进至广东三水、四会时突然被宣布为“谋反”，遭到援东诸将李元胤、马宝、陈邦傅等部的合击。鲁可藻记：庚寅（1650，永历四年、顺治七年）六月，“刘国昌反。自肇庆夜半开舟，执峡口守将斫其右手足，走攻四会，围四阅月。总兵叶标固守以待，各勋兵到，会赖以全”。又说：“国昌抄掳不必言，拿人辄斫手，剐眼，割鼻。会罗承耀出，马吉翔约共图之。国昌觉，遂反。后虏陷东省，国昌仍驻阳山山间，时出掳掠境上。”只要认真研究一下这类记载，不难发现其中矛盾百出。比如说刘国昌应堵胤锡之调是因为其所部“无善地”“与高、李相失”，其实当时忠贞营诸将都是寄居他人篱下，高、李等部又何尝有“善地”？高一功面见永历帝时“请身为诸将倡：以兵归兵部，赋归户部，简汰疲弱，分泛战守，较勘功罪，则事尚可为；如因仍离析，兵虽众，将虽尊，皇上求一卒之用亦不可得，有主臣皆陷而已”。可见，忠贞营主要将领对广西勋镇的据地自雄深恶痛绝。其次，刘国昌、刘世俊的领兵东出，正是在高一功、党守素到梧州朝见永历帝的时候，据某些史料记载岳侯刘世俊即病死于梧州。鲁可藻记：永历四年（1650）五月，“忠贞营高必正、党守素奉召援东，见朝。久之，复还南宁”。六月，“加高必正、党守素总统御营兵马，各佩大将军印，援东”。王夫之也记载，五月“高必正、党守素（自南宁至梧州）入见。……谕高必正、党守素援广东。必正请括兵马归兵部，钱粮归户部，铨选归吏部；进止一听朝廷，诸帅不得以便宜专行，奉上亲征。廷议不能从。必正、守素归南宁”。高必正、党守素领兵到达梧州时，永历廷臣“郊迎三十里”，永历帝表面上也言听计从，所谓“谕高必正、党守素援广东”，显然是高、党二人的主动建议，下文说“必正请……奉上亲征”在逻辑上才能衔接起来。依据这一判断，刘国昌的率兵由梧州入广东当系高一功等派出的先遣部队。然而，六月间即传来了救援广州诸将报告“刘国昌反”的消息。七月，“高必正、党守素拔营回南宁”。很明显，这是广东、广西勋镇为防止忠贞营入粤策划的阴谋。当时，尚可喜、耿继茂带领的清军进攻广州并不顺利，永历朝廷由广西和广东肇庆派出的各路援军兵力相当雄厚，如果能齐心合力会同广州城内的杜永和部内外合击，战胜的把握很大。可是，南明军阀内部矛盾重重，所谓“东勋”李元胤与杜永和等人之间争权夺利，他们与“西勋”陈邦傅等人又钩心斗角，只有在打击和排挤原大顺军上才能携手合作。南明官员说“刘国昌反”，却始终拿不出证据，既没有列出刘国昌反对永历朝廷的任何罪状，又不能不承认刘国昌部在遭到暗算后仍然在广东阳山、英德一带抗清。究其实质，不过是种预谋，先以朝廷名义调忠贞营东援，粮饷却一毫不与，待到忠贞营军队就地筹饷时立即以“劫掠”为名大做文章，聚而歼之。正因为其中黑幕重重，当事人的记载总是吞吞吐吐，欲语还休。例如钱秉镫当时正在永历朝廷中任职，赋诗云：“端州兵不下，返旆御淮侯（自注：忠贞营裨将刘国昌兵散入端州各属）。莫问粤东急，须防内地忧。督师真失策，酿祸至今留。受诏虚糜饷，何时厌尔求（自注：初，督师宜兴堵公招此兵出，至今为患）？”钱秉镫是个门户观念比较重的人，他明知集中于肇庆（端州）的明军不顾广州危急，返旆打内战的实情，却别有用心地把参与援救广州的刘国昌部说成督师堵胤锡招来的祸水。沈佳《存信编》记：“郧国公高必正将兵二万自楚至行在赴援，人马器甲壮甚，西北百战之余也。必正自请击敌。或言请敕必正出怀集、四会，度清远，以断清人后。廷议以永和故不敢用，处之浔、横之间。尝有敕至必正营，必正出迎十里外，步导至营，行礼甚恭，谓敕使曰：‘仆起草野，受国厚恩，欲率众自效，而朝廷不使处于内地，兵之所居，岂得无扰，外忌压境之仇，内残所恃之地，殊非计也。’敕使言之时宰，朱天麟、李用楫颇然之，众莫有听者。”由此可见，忠贞营将领一直以抗清复明为己任，主动请缨，永历朝廷却视之为异己力量，一味加以防范，更谈不上发挥他们的作用了。
到1650年（永历四年、顺治七年）下半年，忠贞营在永历朝廷控制区内已经很难立足，被迫先后转移。刘国昌部在遭到广东、广西军阀的袭击后，同忠贞营主将失去联系，长期在广东北部阳山、英德、乳源一带抗清。鲁可藻记载，这年九月，“马吉翔、马宝、陈邦傅、马应龙等于四会讨伐刘国昌，败之。降其三分之一，国昌遁去，后仍在连（州）、阳山间”。《英德县志》载：“顺治九年壬辰，贼首吴接踪等踞巢鲤鱼塘，焚劫乡村，韶、英合兵进剿，斩获不计。尔时复有刘国昌绰号白毛毡拥众数万蹂躏属地，四营群寇大王飞等绰号红头贼亦不下万人盘踞浛界，不时剽劫。官兵进剿，六月破四营于流寨，七月败国昌于蕉冈，追至乳源又大破之，西乡一隅颇得安息，迨十一年甲午、十二年乙未又有红头贼、白头贼屯札于红群塘、白水磜等处，日则伏山冲抢，夜则持梯破围，其害较之哨满等不少减焉。”顺治八年十一月清广东巡抚李栖凤揭帖中说到这年七月间“逆寇白毛毡即伪淮侯刘国昌”驻营于距乳源县七十余里的龙溪，“势欲侵犯乳地”，清南雄、韶州驻军先发制人，趁夜翻山度岭进攻龙溪，刘国昌部被击败，阵亡数百名，包括刘国昌的妻子在内约一千余名家属被俘，刘国昌率残兵退入长溪山内凭险拒敌。这些材料都说明在顺治七年清军攻占广州、桂林以后，永历朝廷形同瓦解，大将陈邦傅、杜永和等先后降清，方以智、鲁可藻、钱秉镫、王夫之等人转入清方统治区以遗民自命，而被他们诬陷打击的刘国昌部却一直在粤北山区坚持斗争，其条件之艰苦可想而知。关于刘国昌部还有两点值得说一下，一是所谓“绰号白毛毡”的问题，王夫之记1649年（永历三年）忠贞营撤入广西后，“刘希尧、刘芳亮与（李）赤心不协，率其军自梧州而北，转掠贺县、广宁、四会至宜章，所至剽杀，粤、楚间人尤苦之，呼为白毛毡贼，通粤将杨大甫，欲叛降□（虏）。朝廷执大甫诛之，希尧、芳亮恇慑失据，而彭嵩年、向文明屯郴南，阻其北降路，日渐溃散。清兵遂至，不及纳款，遂皆败死”。蒙正发记：“制抚堵胤锡同忠贞营由茶陵、攸县、安仁、永兴以至江华、永明一带山悬僻谷中，直达广东之星子、连州，所过杀掳，白骨满山野，民呼为白毛毡。”可见，白毛毡并不是刘国昌的绰号，而是大顺军余部的共称，其原因是将士头戴白毡帽，民间遂以此呼之。蒙正发出于政治偏见，诬蔑为杀人白骨蔽野致有“白毛毡”之名。王夫之在永历朝廷中仅任行人司行人，地位极低，当其处境困难时，郧国公高一功曾伸出援助之手，但他同瞿式耜之流一样心存畛域，拒绝与忠贞营将士往来，因此，尽管他在所著《永历实录》中为高必正、李赤心、李来亨等人做了传记，却往往根据传闻，人名和情节常有错误。
1650年（顺治七年、永历四年）十二月，忠贞营的主力开始由南宁北上，主要原因是他们同原大西军领导人孙可望之间存在隔阂。当孙可望请求永历朝廷加封秦王的时候，忠贞营将领表示不满，高一功、党守素曾经亲自出面训斥孙可望的使者，大意是原大顺军和原大西军地位相类似，大顺军余部联明抗清后，将领最高只封公爵，孙可望却坚持要朝廷封他为一字王，有欠公允，甚至说出了“两家兵马，彼此所知，鞭弭橐鞬，足以相当也”的威胁性语言。就当时情况来说，大顺军余部兵力既远不如大西军余部强盛，又不像孙可望、李定国、刘文秀等拥有云南全省这样一块后方基地，高一功、党守素卷入永历朝廷同大西军联合的纠葛中是不明智的。自然，孙可望借用陈邦傅和造假敕要求节制天下文武，高一功等人不愿接受孙可望的指挥也是一个重要因素。高一功等人的行动得到永历朝臣中反对封秦的顽固派的赞许，在某种程度上还成了这些人拒绝封秦的武力后盾。然而，原大西军联明抗清毕竟是大势所趋，孙可望凭借实力也足以封王。双方的关系在李自成、张献忠生前已经因为争夺四川兵戎相见，封秦之争又加深了裂痕。到孙可望出兵贵州、四川，清军侵入广西时，高一功等忠贞营将士既打不过清定南王孔有德部，又不愿依附于孙可望，剩下的道路就是领兵北上夔东，同刘体纯、袁宗第、郝摇旗等大顺军旧部靠拢。
忠贞营由广西南宁一带北上的时间在各种史籍中记载不一致。《南宁府全志》记，顺治七年“十二月，高、李二家走古坭”。《柳州府志》记，顺治七年“三月，高必正、李来亨由庆远至大榕江过水，从（江）、怀（远）民避兵无宁日”。据顺治八年七月清广西巡抚王一品的报告，这年五月高、李等部仍在怀远、大榕江一带，《柳州府志》可能误记提前了一年。
忠贞营的北上是一次艰难的军事转移。高一功、李来亨等人为了把士卒家属、辎重安全地护送到夔东，不得不取道小路，跋山涉水，经过明清统治力量较弱的少数民族聚居区。1651年（永历五年、顺治八年）忠贞营途经湖南西部保靖时，遭到已经投降清朝的当地土司彭朝柱组织的袭击，高一功不幸中毒箭身死。在李来亨等率领下，忠贞营终于突破了重重险阻，到达了夔东。康熙《巫山县志》在顺治八年下记载：“是冬，袁宗第、刘体纯、马重禧、塔天宝、李来亨、董守泰（党守素之误）、郝永忠等营由南渡江，分据兴山、巴东、巫山、大昌等处。”沈佳《存信编》卷三记，永历四年（顺治七年）十二月，“加大学士文安之太子太保、吏、兵两部尚书、督师经略川秦楚豫，赐尚方剑，便宜行事。封王光兴荆国公、郝永忠益国公、刘体纯皖国公、袁宗第靖国公、李来亨临国公、王友进宁国公、塔天宝宜都侯、马翔云阳城侯、郝珍（贺珍之误）岐侯、李复荣渭源侯、谭弘新津侯、谭诣仁寿侯、谭文涪侯、党守素兴平侯，从文安之之请也”。同书同卷又记，永历五年（顺治八年）夏四月，“文安之奉命督师至都匀，孙可望邀止之，迫夺王光兴等敕印，拘留数月，乃听安之回楚，各勋镇敕印俱匿留不发”。从上面叙述的忠贞营诸将李来亨、党守素、塔天宝、马重禧等到达夔东在顺治八年，《存信编》写的封爵时间可能有误，记早了一年。
忠贞营诸将到达夔东后，原大顺军系统的各支队伍基本上会合了。他们同集结在这里的其他拥明抗清武装如在郧、襄反清的王光兴，在陕西反清的贺珍，忠县以谭文、谭弘、谭诣为首的地方武装，摇黄的部分武装互相呼应，被称为夔东十三家，忠贞营的名字不再使用了。在谈到“夔东十三家”这个名词的时候，有两点应当注意：一是明末以来称各部义军常用“十三家”以形容其多，如崇祯年间的所谓“十三家七十二营”，明末清初的“摇黄十三家”，都是一种习惯说法，没有必要也不可能确指十三家的具体领导人和所辖部队。真正值得重视的倒是所谓“夔东十三家”是以原大顺军为主体，他们在作战时互相支持、配合行动比较多。王光兴（某些史籍中沿用“王二、王三”，即王光兴、王昌，似乎是兄弟二营，实际王昌病死后所部均归王光兴领导，何况顺治四年起兵反清时王氏兄弟并未分营）、贺珍、三谭和摇黄余部则带有较多的地方割据色彩。另一点是聚集于夔东的各支抗清武装就实力而言是相当强盛的，不仅兵马不少，而且多数是身经百战，有的擅长陆战，有的擅长水战，战斗力非常可观。然而，他们的弱点是各自为政，没有形成强有力的领导核心，各部首领互不相下固然是原因之一，但永历朝廷故意在封爵上一视同仁，封了一大批地位相当的公侯，更加强了分立倾向。文安之和他的继任大臣注意联络夔东抗清武装是正确的，但他们总希望维持诸将的“平等”地位，便于自己节制。考虑到永历朝廷大臣几乎没有真正懂得军事的人才，派设的督师阁部也不过虚有其名为永历朝廷象征而已。换句话说，夔东地区的明军既然控制着长江三峡两岸易守难攻的高山大川地区，若推举或任命一位才德兼备的主帅，只需留下少数兵力维持地方，集中主力攻下物产丰盈、人口较多的地区，必将在抗清复明事业中发挥重大作用。正是由于上述原因，加上孙可望掌握了永历朝廷实权后也未能消除双方的隔阂，夔东明军兵力虽强，所据地理位置又是腹心之处，却始终株守穷山僻隅，打不开局面。
1649年（永历四年、顺治七年）正当孙可望部署原大西军由云南入贵州，开赴四川、湖南抗清前线时，清军向永历朝廷管辖下的两广地区展开了大规模的进攻。十一月初四日，清朝平、靖二藩尚可喜、耿继茂部攻占广州；次日，清定南王孔有德部占领桂林，两广地盘土崩瓦解。永历朝廷的文官武将除了少数慷慨就义以外，叛变投降的比比皆是；稍有民族气节的如方以智、钱秉镫等人或是避入深山少数民族居住区，或是披缁为僧，演出了一幕大散场的悲剧。
驻于梧州的永历帝一天之内接到东西两省省会失陷的消息，惊恐万状。在大学士文安之、严起恒等拥簇下于十一月初十日逃往浔州。浔州守将庆国公陈邦傅眼看大厦将倾，决意降清，阴谋劫持永历帝献给清方做贽见礼。朱由榔得到密报，不顾倾盆大雨，仓皇窜往南宁，皇帝的卤簿和随驾官员都被陈邦傅叛军搜劫一空。陈邦傅没有抓到永历帝，竟把宣国公焦琏杀害，向孔有德投降。
十二月初三日，朱由榔在南宁见情况紧急，无兵无将，辖地全失，已经走投无路了，才不得不把希望寄托于原大西军和原大顺军。这月二十一日首席大学士文安之自请往四川督师，以太子太保兼吏、兵二部尚书，赐尚方剑节制以原大顺军为主体的川中诸将。同时派编修刘为使者封孙可望为冀王，让他派兵入卫。按明朝制度，一字王为亲王，二字王为郡王，永历帝到危难关头决定破格封孙可望为一字王，却不同意真封秦王，原因是明初朱元璋的次子朱樉受封秦王，位居诸藩之首，传世二百多年，需要避免重复，也有恩自上出的意思。孙可望却因为用秦王名义发号施令已久，不愿拆穿早已誊黄公布的“伪敕”，拒不接受。杨畏知劝他接受冀王封号，说“假王何如真王”，孙可望置之不理。
1651年（永历五年、顺治八年）二月，清军由柳州南下，南宁岌岌可危，永历朝廷覆亡在即。孙可望急忙派遣贺九义（也作贺九仪）、张明志领劲兵五千赶赴南宁护卫永历皇帝，同时也借此机会逼迫朝廷承认伪敕封秦的合法性。贺九义、张明志到达南宁后，杀兵部尚书杨鼎和，逼死阻挠封秦的首席大学士严起恒。许多南明史籍都说严起恒是被孙可望部将击毙或推入水中淹死，实际上是他负气自杀。据钱秉镫记载：“庚寅冬，车驾南幸，明年至南宁。其护卫张明志领铁骑五千迎驾，径登公舟，问封滇是秦邪，非秦邪？公正色曰：‘汝以迎驾来功甚大，朝廷自有重酬，固不惜大国封。今为此语，是挟封也。岂有天朝封爵而可挟者乎？’明志语不逊。公出舟大骂，跃水而死。可望兵大哗。从官后至者，土人言公死状如此。”三月，朱由榔被迫正式承认了陈邦傅、胡执恭矫封孙可望为秦王的敕书和金印。孙可望也上疏谢恩说：
秦王臣朝宗望阙奏谢。臣自入滇以来，纪年而不纪号，称帅而不称王，正欲留此大宝以待陛下之中兴。此耿耿孤忠，矢之天日者也。
封秦的争议总算是解决了，但双方的矛盾并没有因此缓和。就孙可望来说，他既需要朱明皇帝这面旗帜，把永历帝掌握在自己手中，借以挟天子以令诸侯；又明知朱由榔和忠于明室的朝臣是在山穷水尽的情况下才违心地同意真封秦王。于是，他采取敬鬼神而远之的策略，名义上尊奉永历年号，正式自称秦国“国主”，在贵阳建立行营六部，以范鑛、马兆羲、任僎、万年策等为吏、户、礼、兵部尚书，从而实际上接管了永历朝廷的权力。永历帝及其为数不多的廷臣仍想威福自操，对于孙可望的日无朝廷、任意格杀、逼死大臣，难免心怀疑惧。接着，又在杨畏知的问题上进一步激化了双方的矛盾。杨畏知是忠于明室的，他是陕西宝鸡人，和孙可望、李定国、刘文秀等同乡，又较早和原大西军合作共事，如果安排得当本可以从中斡旋，减少双方隔阂。当杨畏知奉孙可望之命来到南宁时，认为贺九义等逼死首席大学士严起恒有伤大体，上疏劾奏二将。永历帝决定破格授予杨畏知礼部侍郎兼东阁大学士的官衔入朝辅政。这一措施本来是为了加强朝廷同原大西军将领之间联络的纽带。不料，孙可望得知后大为不满，命令贺九义把杨畏知押回贵阳，责问他为什么擅自接受永历朝廷大学士职务。杨畏知回答道，既然你已经接受朝廷的秦王封爵，我为什么不可以接受朝廷的大学士职务。孙可望认定他心向永历帝，不忠于己，下令把他拖出斩首。这件事在《滇缅录》内记载得比较详细：
八年（辛未，永历五年）从朱天锡（朱天麟）请改封可望为冀王，以编修刘为封使。未至，可望遣其将贺九仪及总兵张胜、张明志、杨威等率兵万人，由广宁驰南宁护跸，且胁改秦封。内阁严启（起）恒、杨鼎和，科臣刘尧珍、吴霖、张载述抗论不允。九仪盗杀鼎和于昆仑关，又击杀起恒水中……，并杀尧珍等。数日，胡执恭自泗城至，泣对曰：曩日之事，诸臣死之，臣膏斧余生，何敢再置一喙。但自封议诪张以来，可望愤然用兵，外并诸镇，内杀重臣，其心已不可问，然我地日蹙，兵日益散，万一势迫长驱，舍西南一块土更无捉足之地，不得不仍申封秦之典，开一线滇黔以备缓急。三月，可望上疏言，臣秦人也，不愿封冀。永历乃缮玺书命执恭往黔慰谕可望，更封秦王。畏知再至，深自恨，痛哭入见。永历留之入阁办事。畏知抗疏劾贺九仪贼杀大臣之罪，九仪报可望。可望怒，使指挥郑国执畏知至黔。畏知入见，即大骂逆贼，终不可与有为，取头上帻击其面。可望怒，杀之。此辛卯五月六日事也。定国、文秀皆与畏知善，益恨可望。
杨畏知之死，充分暴露了孙可望的野心，他要的只是永历朝廷这块招牌，一切生杀荣辱的大权都揽归自己。这不仅加深了永历君臣的畏惧，也引起原大西军主将李定国、刘文秀等人的不满。这年十一月，清军逼近南宁，永历帝召集廷臣会议何去何从。有的人建议逃往两广海滨依靠李元胤的残兵败卒；有的主张迁入安南避难；也有的提议航海往福建投奔郑成功；掌锦衣卫事文安侯马吉翔和太监庞天寿极力主张前往云南依赖原大西军，首辅吴贞毓由于自己曾经反对封孙可望为秦王，这时顾虑重重，不敢决策。特别是永历帝本身就“不欲就可望”。孙可望派来的护卫将领贺九义见朝廷议论纷纷，多不愿依靠近在咫尺的原大西军，他愤愤不平地入朝对廷臣说：“昔秦王为请移跸滇黔，特命我扈驾。今诸臣既各疑贰，我岂能担此重任乎？”随即拔营而去。十二月初十日，清军缐国安部占领南宁。永历君臣经新宁州（今广西扶绥）乘船溯左江逃至濑湍（在今广西崇左县东），由于上游水浅，“尽焚龙舟重器”，派禁兵抬辇由陆路逃难，经龙英（今广西大新西）、归顺（今广西靖西）、镇安（今广西德保）窜至桂滇交界处，遇上原大西军狄三品、高文贵、黑邦俊部才转危为安。南宁失守后，永历朝廷基本上已经没有自己的管辖区了，从此一直驻于原大西军接管的地区内。
1652年（永历六年、顺治九年）正月初一，永历帝和他手下为数不多的臣子、眷属在云南省最东边一个名叫皈朝的村子里度过了传统的节日。半个月后移到了广南府（今云南省广南）。孙可望接到报告后，经过再三斟酌决定把朱由榔及其随行人员迎往贵州安隆千户所城居住，派副总兵王爱秀带兵护送，呈上的奏疏中写道：
臣以行在孤处僻粤，再次迎请，未奉允行。今正月初三日接外后营总兵狄三品等塘报，云皇上驾抵皈朝，欲移幸广南，臣不胜欣喜。臣前预虑圣驾必有移幸之日，所以先遣各营兵马肃清夷氛，道路无碍。广南虽云内地，界邻交趾，尚恐敌情叵测。臣再思维，惟安隆所乃滇黔粤三省会区，城廓完坚，行宫修葺，巩固无虞。且以皇上屡历艰危，当思长策，岂可再触惊忧。今若竟抵安隆，暂劳永逸，一切御用粮储朝发夕至，较广南逼近交夷，安危又大不同矣。特遣副总臣王爱秀前来奉迎。若异日中原大拓，东南移都，亦无艰难纡折之苦。临奏不胜激切。
永历朝廷在走投无路的情况下，勉强接受孙可望的安排，在王爱秀护送下搬到了安隆千户所，为了使名字好听一些，改为安龙府。据江之春记载，“壬辰（1652，永历六年、顺治九年）二月初六日，上自广西南宁府移跸贵州安龙府，……时廷臣扈随者，文武止五十余人”，加上少数兵丁、随从人员和家属眷口也不过两千九百余人。《残明纪事》中说：“王自入黔，无尺土一民。”其实，更正确的说法应当是：帝无尺土一民，方始入黔。永历帝和他寥寥可数的廷臣迁入原大西军余部的控制区，标志着这位南明皇帝被迫把自己和小朝廷的命运完全托付给原大西军。
这种新情况的出现，如果能够有效地利用本来是可以把全国的抗清斗争推上一个新阶段。因为，自从清兵南下之后，满洲贵族加紧推行民族征服和民族压迫政策，激起了汉族士民的激烈反抗，导致民族矛盾上升为全国的主要矛盾。然而，尽管各地的抗清斗争风起云涌，却大多以失败告终。失败的根本原因在于南明朝廷自身的腐败，内部纷争离析，名义上从属朝廷的各种抗清力量之间，以至于某一个抗清团体的内部，总是矛盾重重，相当大一部分可以用于抗清的力量在内部冲突中被消耗了。改变这种局面，需要两个条件：一是利用汉族绅民长期存在的正统思想，以朱明皇帝作为号召和团结各种抗清势力的旗帜；一是要有一支拥有相当实力又忠于抗清事业的力量作为核心。具体来说，永历皇帝就是当时唯一适合的旗帜，而孙可望为首的原大西军经过改编和养精蓄锐之后，正是支撑、团结各种抗清势力的核心。道理很明显，只有以永历朝廷为正统，以复明为号召，孙可望等的西南抗清力量才能同东南沿海的郑成功抗清义师团结起来；各地汉族官绅士民的反清派是以恢复明朝为宗旨的，他们中间的许多人对原属农民军的孙可望、李定国、高一功、李来亨等怀有很深的偏见，在这种情况下，抛开永历朝廷就不可能达到号召远近的目的；甚至为了使原属大西、大顺这两支农民军的武装（还有曾属农民军的混十万马进忠等人）在抗清斗争中实现有效的联盟，也必须借重永历朝廷。从另一方面说，永历朝廷毕竟是腐朽没落的明王朝的延续，对人民的敌视、内部的腐败和钩心斗角已经成为深入骨髓的痼疾。当它还拥有直属自己的地盘和兵力的时候，无论是对大顺军还是对大西军都采取暗中防范、明加排斥的方针，双方的关系往往陷入僵局，导致丧师失地。在清军追击下，永历朝廷有限的实力和地盘丧失一空，被迫投奔原大西军，实际上是来了一次大换血。这样，推进抗清斗争所必要的两大要素才有可能真正结合起来。
然而，可能性并不一定能够成为现实。当永历帝已经被安置于笼中以后，孙可望作为主角登场了，事实证明他没有演好，他不懂舞台上的主角并不一定是剧情中地位最高的人。对于孙可望的秉政，我们应该有个全面的认识。一方面，他在明清之际的政治风云中确实是出类拔萃的人物，治理军国大政表现了非凡的才能；另一方面，他对权力和地位的欲壑难填使他利令智昏，无法做到高瞻远瞩，正确地驾驭全局。就治军治国的才能而言，他在顺治三年冬（1647年1月）张献忠遇难后接过元气大损的大西军领导权，开疆辟土，把久历战乱的云南治理得相当不错。在接管贵州后，也在短期内就把这个贫瘠的省份治理得井井有条，生产迅速恢复。自然，治理云贵地区不能全部归功于孙可望一个人，但他作为最高决策人所起的作用则不容低估；同样，李定国在顺治九年以后取得的辉煌战果同在云南的休整和后勤支援也是分不开的。
孙可望决策联明抗清是完全正确的，在联络永历朝廷的初期备受朱由榔及其廷臣的欺骗与刁难也是事实。从他不失时机地派兵救出永历皇帝，安置于自己的管辖区来看，表明他对永历皇帝的号召作用是有所认识的。然而，在如何正确利用永历这面旗帜上，孙可望却犯了极大的错误。他光知道暂时需要利用永历朝廷，却不能安置得当，注意维护朝廷的表面尊严。
当时，原大西军管辖区内有两个政治中心，一个是云南省会昆明，另一个是贵州省会贵阳。前者是原大西军四将军长期活动的中心，后者是孙可望以“国主”身份发号施令的场所，这里建立了属于孙可望的六部等中央机构，相当于封建时代皇帝的行在。永历帝迁入原大西军管辖区后，本来应该驻跸于昆明或贵阳，以原大西军建立的政权为基础逐步改造南明朝廷。孙可望却没有这样做，他完全从个人的利害出发，唯恐把永历帝迎至昆明后可能受李定国和刘文秀等的影响，自己不便操纵；如果迎来贵阳，不仅自己得定期朝见称臣，而且重大军国重务总应在形式上取得皇帝的认可。这对于野心勃勃的孙可望都是难以容忍的。因此，他把永历帝及其为数不多的廷臣、随从迁往自己的嫡系军队控制下的安隆，这里原先只是明代的一个千户所城，地方僻小，居民不过百家。永历皇帝居住的千户所公署虽称行宫，其简陋程度可想而知。而王应龙在昆明为孙可望“营造王府，用黄瓦，拆呈贡县城砖石为墙，脚宽六尺。大门外设通政司，立下马牌，制天子仪仗，殿悬五龙，设螭陛，选有声音者为鸿胪寺赞礼。显然有僭称天子之形”。在贵阳也“大兴土木，建立宫殿、楼观甚美伟。又作行宫十余所于滇、黔孔道，以备巡幸”。清朝初年在湖南、贵州任职的彭而述依据亲身经历写道，自宝庆（今湖南邵阳）城外三十里的长烟司直至贵州、云南，每一舍设孙可望行宫一所，如清平卫宫邸“熳烂魁杰，台八九层，榴花亭子布置俨雅，与靖州署同”。这些行宫虽不一定都是新建的，至少也经过维修铺设。国难当头，民力凋敝，孙可望的追求享受，讲究排场，实在令人吃惊。这同他拨给永历帝居住的安龙相比，形成鲜明的对照。
宸居既是如此简陋，供应也极为菲薄。孙可望任命亲信范应旭为安隆府知府，张应科为总理提塘官。每年给银八千两、米六百石供永历君臣、随从支用，“帝以不足用为言，不答”。范应旭、张应科“造册，开皇帝一员、皇后一口，月支银米若干”。他们还奉命对永历朝廷的动静严密监视，随时飞报可望。永历皇帝实际上处于软禁之中。连原大西军领导人物李定国、刘文秀未经孙可望许可都不得直接同永历帝往来。例如，朱由榔刚迁到安龙的时候，“李定国、刘文秀自称孙可望之弟，恭候万安，并进银币，食物值可万计。可望闻而益恶之”。又如，李定国攻克桂林，“报捷于安龙行在。帝以玺书劳慰，极其称奖。孙可望知之，以为捷不报己而报帝，深恨之”。定国桂林之捷不仅向孙可望做了报告，献俘也是解往贵阳，不能说是“不报己而报帝”，但定国派使者赴安龙向永历帝奏捷大概确有其事。孙可望却认为所有军国重事都应由自己一手握定，视永历帝与大将之间文书往来为大忌，足见其心胸偏窄。