在历史上，每一个新兴王朝在军事上都有一个由盛转衰的过程，清朝也不例外。只是被清廷统治者视为争夺天下和巩固天下的嫡系军队的由盛转衰过程来得特别迅速。1644年到1647年（顺治元年至四年）满洲八旗兵所向无敌的场面就像昙花一现似的再也没有出现过。由于清朝最后统一了全国，它的统治集团从来忌讳谈自身的弱点，后来的史家也很少注意到这一重要转变，没有看出入关初期清廷的不可一世和后来的色厉内荏，因此，也没有认真探讨清廷在初期以满洲八旗兵为主逐渐转化为以汉制汉的政策变化。
满洲八旗兵实力下降，难以继续担任征服全国的主力是出于以下因素：第一，满洲八旗兵来源于满族成年男子，而满族在当时是一个人口相当少的民族，入关初期清军总兵力十万，其中已包括了汉军和蒙古兵，真正可以披甲出征的满族军士不过几万人。进入中原以后屡经战阵，战死和病死的人数很可能超过人口自然繁殖数；进入汉人居住区后，享受着程度不等的胜利者的优待，逐渐滋长起追求生活安逸的风气，远不像入关前后那样淳朴、勇于用命。概括一句话就是兵员少了，士气低了。第二，清朝入关初期叱咤风云的领兵大将由于染上天花，迷恋女色和内部倾轧，凋谢殆尽。如：豫亲王多铎病死于顺治六年，摄政睿亲王多尔衮病死于顺治七年，肃亲王豪格在顺治五年死于狱中，英亲王阿济格于顺治八年被赐死，巽亲王满达海顺治九年二月病死，衍禧郡王罗洛浑顺治三年病死于军中，顺承郡王勒克德浑病死于顺治九年三月，饶余郡王阿巴泰顺治三年病死，其子端重亲王博洛顺治九年三月病死，多罗谦郡王瓦克达顺治九年八月病死，敬谨亲王尼堪于同年十一月阵亡于衡阳。仅存的郑亲王济尔哈朗自顺治五年最后一次统兵出征湖广以后，到顺治八年就因年高处于半退休状态，至顺治十二年病死。看一下上面列举的名字，清楚地表明到顺治九年，清朝赖以开国的久经战阵、功勋卓著的大将都已不复存在。这些亲、郡王死时的年龄一般都比较年轻，济尔哈朗算是最长寿的，也只活到五十七岁。他们的子弟即便承袭爵位，却少不更事，缺乏战斗经验，无法替代父辈驰骋疆场的角色。亲、郡王以下的贵族、将领虽然还留下了一批，但他们也无复当年英锐气概。明清易代之际的著名诗人方文顺治十五年在北游京师时写了《都下竹枝词》，其中二首是：“自昔旃裘与酪浆，而今啜茗又焚香。雄心尽向蛾眉老，争肯捐躯入战场。”“东戍榆关西渡河，今人不及古人多。风吹草底牛羊见，更有谁能敕勒歌。”说明到1658年满洲将领已经普遍沉浸于温柔乡中，雄心的逐渐消磨自然还要早一些。这种严酷的事实，清廷统治集团内非常清楚，尽管他们讳莫如深，闭口不言，但从对南明各派抗清势力的战略部署和战术安排上都明显地看出他们越来越多地采取以汉制汉的方针。战略上表现在更多地依赖汉族拥清派进行招抚；战术上不到关键时间不动用满洲兵，即使在关键战役中也大抵是让绿营兵和汉军打前阵，满洲兵将处于二线，这样既可减少伤亡，又可起到监视汉军和在最后关头夺取胜利首功的作用。
清廷以汉制汉的策略变化，突出地表现在下面几件事情上：一、顺治十年（1653）起用洪承畴经略西南；二、利用软禁中的郑芝龙招抚东南沿海的郑成功（这两位福建泉州府人的起用，就清廷而言是迫不得已的，在驾驭上颇费心机）；三、顺治十年（1653）八月十九日清廷主持皇室同平西王吴三桂联姻，把公主嫁给三桂之长子吴应熊；四、顺治十一年（1654）二月二十日一度决定把镇守广东的两位汉族藩王之一靖南王耿继茂移镇广西，让他不仅统率原部兵马还兼管原定南王麾下的军队。
顺治九年孔有德在桂林兵败自杀，同年十一月尼堪在衡阳阵亡，打破了清军不可战胜的神话。清廷满洲贵族集团经过一番秘密商议，决定派遣内翰林国史院大学士洪承畴以兼兵部尚书、都察院右副都御史的名义总督军务，经略五省。档案材料表明，决定任命洪承畴为五省经略是在顺治十年五月。开初经略的范围是指湖广（今湖北、湖南二省）、广东、广西、云南、贵州等处地方。顺治十年六月洪承畴就以“钦命经略湖广、广东、广西、云南、贵州等处地方总督军务兼理粮饷、太保兼太子太师、内翰林国史院大学士、兵部尚书兼都察院右副都御史”的官衔题本请“选调堪战将兵以期剿抚奏效”。洪承畴建议抽调的兵将分别由京师、直隶、宣大、陕西（包括固原、宁夏）、山东、河南、江南、江西、浙江、福建各处驻军内挑选。陕西、山西、辽东、河南籍的精锐兵将，“其北直、山东、江浙腹里弱兵不得混入”。“通计边镇、内地选调将兵共一万一千有零”，将领有虾（侍卫）张大元、马豹子（即王辅臣），正黄旗下李本深、刘忠，各饶营总兵刘芳名、高第、胡茂祯，副将王平、高谦、高万里、张鹏程、李荣、张洪德、张国勋、刘应杰、范绍祖等，“镶黄旗下替职闲官白广恩老病，不能领兵，止随臣军前为招抚榜样”。不久，清廷考虑到在广东的尚可喜、耿继茂位居王爵，不便交洪承畴节制，在同年七月二十七日由内三院传旨：“广东贼势溃散，地方渐平，且去湖南辽远，应专任两王（指平南王尚可喜、靖南王耿继茂）及该督抚料理。江西切近湖南，一应用官调兵事宜时有关涉，袁州、吉安一带余贼未清，应抚辑剿御，着经略辅臣洪承畴兼理，敕印即与换给。尔内院传谕该部遵行。”洪承畴在八月十四日行至山东武城县郑家口接到新颁敕谕一道、银方印一颗，即将闰六月初八日原任经略湖广、广东、广西、云南、贵州的敕谕、银印交使者缴回。敕谕中说：“兹以湖南江户地方底定已久，滇黔阻远，声教罕通，不逞之徒，未喻朕心，时复煽惑蠢动，渐及湖南，以致大兵屡出，百姓未获宁息。朕承天爱民，不忍勤兵黩武，困苦赤子，将以文德绥怀，归我乐宇。必得夙望重臣晓畅民情，练达治理者假以便宜，相机抚剿，方可敉宁，遍察廷臣，惟尔克当斯任。前招抚江南，奏有成效，必能肃将朕命，绥靖南方。兹特命卿经略湖广、江西、广西、云南、贵州等处地方，总督军务，兼理粮饷。”敕谕中授予洪承畴相当大的权力：“巡抚、提督、总兵以下悉听节制，兵马粮饷悉听调发，文官五品以下、武官副将以下有违命者听以军法从事。一应抚剿事宜，不从中制，事后具疏报闻。……务使滇黔望风来归，官民怀德恐后，庶称朕诞敷文教至意。功成之日，优加爵赏。候地方既定善后有人，即命还朝，慰朕眷想。”很明显，清廷的再次起用洪承畴是在满洲和亲信辽东将领遭到严重挫折的情况下，为了征服南明而采取的重大措施。这次抽调的兵将大体上是清军入关以后投降的明朝和大顺军旧部，如李本深是高杰的部将，刘忠在大顺政权中曾被封为平南伯。洪承畴在调兵遣将准备就绪后，又以识途老马的姿态上路了。
1651—1652年（顺治八至九年、永历五至六年），郑成功在福建沿海地区多次击败清军，成了一股不可忽视的力量。原大西军出滇抗清，占领贵州全省，在广西、湖南、四川战场上大显声威。清廷统治者自进关以来从未受到这样重大的挫折，他们在军事上的弱点暴露得越来越明显。于是，为了继续推行其民族征服政策，不得不把以汉制汉作为主要手段。招降郑成功就是为实现这一谋略的重大步骤。在清廷统治者看来，郑氏家族的首脑郑芝龙是自己手里的一张王牌，利用他出面招降其子郑成功可以不费一兵一卒达到平定东南海域的目的。
早在1652年（顺治九年）清廷一件密奏稿内就提出了招抚郑成功的建议。其中写道：“成功等做贼既久，狼子野心，臣等非敢保其不叛，亦难必其就抚。但今湖南、川、广处处用兵，力不暇及。且湖南之贼，或由江西，或由广东，皆可通闽，万一勾连狂逞，为祸愈大。故姑以招抚一策，先将此贼牢笼，息兵养民，察其动静；苟有反侧，仍即剪除。若责令赴京归旗，料彼不能从命，不必起其疑惧。至于颁敕往谕，未宜轻率。应赐督臣密敕一道，内开招抚成功等语，先遣才干官同郑芝龙家人到彼宣布德意。彼果真心投顺，欲得朝廷敕书，即以督臣密敕宣示，颇为妥便。若执迷不顺，亦不至损威伤重也。”可见，“力不暇及”是清廷采取招抚政策的主要动机。
顺治皇帝显然很欣赏这项建议。为了使招抚工作得以进行，首先给处于软禁状态的郑芝龙恢复名誉，肯定了他在1646年降清的功绩，把郑芝龙被骗到北京后遭到监视的过失推到多尔衮身上，承认了清廷处置失当，对郑芝龙予以安抚。七月间，顺治帝派内大臣遏必隆、鳌拜、哈世屯、大学士范文程等传谕郑芝龙：“朕闻尔子弟在福建为乱。尔投诚有功，毋轻出城行走，恐人借端诬陷。即往坟茔祭扫，亦必奏明乃去。朕嘉尔功，故以此告谕。尔子在京有成立者可送一人入侍。”八月初一日，应郑芝龙请求，将其由正黄旗拨入镶黄旗，授予郑芝龙在京的第二个儿子郑世忠为二等侍卫，同时命兵部给勘合将郑芝龙的部分亲属从福建护送来京团聚。
这年十月，清廷给浙闽总督刘清泰发出一件敕谕，对招抚郑成功做了明确指示：“近日海寇郑成功等屡次骚扰沿海郡县，本应剪除。朕但思昔年大兵下闽，伊父郑芝龙首先归顺，其子弟何忍背弃父兄，独造叛逆？此必地方官不体朕意，行事乖张，成功等虽有心向化，无路上达。又见伊父归顺之后，墨勒根王（即多尔衮）令人看守防范，又不计在籍亲人做何恩养安插，以致成功等疑惧反侧。朕又思郑芝龙既久经归顺，其子弟即我赤子，何必征剿？若成功等来归，即可用之海上，何必赴京？今已令郑芝龙作书，宣布朕之诚意，遣人往谕成功及伊弟郑鸿逵等知悉。如执迷不悟，尔即进剿。如芝龙家人回信到闽，成功、鸿逵等果发良心悔过，尔即一面奏报，一面遣才干官一二员到彼审察归顺的实，许以赦罪授官，仍听驻扎原住地方，不必赴京。凡浙、闽、广东海寇，俱责成防剿。其往来洋船，俱着管理，稽察奸宄，输纳税课。若能擒馘海中伪藩逆渠，不吝爵赏。此朕厚待归诚大臣至意，尔当开诚推心，令彼悦服，仍详筹熟（察），勿堕狡谋。”
为了体现招抚的诚意，清廷还下令追查1651年福建当局攻入中左所（今厦门）掠夺郑成功等人家产一事。1653年（顺治十年）三月把肇事人福建巡抚张学圣、总兵马得功、兴泉道黄澍、巡按王应元革职，押解回京交三法司审讯。这一案件的另一幕后原因是清朝统治集团的内部矛盾，张学圣、马得功、黄澍把从厦门掠得的大批金银财宝隐匿私分，引起了朝廷和有关官员的忌恨。即如新任浙闽总督刘清泰秘封入告所云：“盖厦门一窟，素称逆寇郑成功之老巢，商贾泊洋贩卖货物之薮也。想诸臣之垂涎已非一日。乃不能振旅以犁其庭，而乘成功他出之便，借抚臣巡历之名，道臣黄澍摇尾而进谋，镇臣马得功螳臂而先往，抚臣张学圣继率全军轻身径入。此时一番饱获，自谓无患无争矣。更可异者，马镇搜括数日，竟为所困后恳成功祖母家书，始得释归，丧师辱命。何诸臣智昏于海中之金穴，而竟不顾有朝廷之疆土耶？及成功回，而悉数家珍，非以实抚臣之装者，则已入道、镇之囊。以致借口索偿，弄兵修怨。”刑部、都察院、大理寺三法司会审时，张学圣、马得功、黄澍一口咬定“城内没有财物”，抵赖得干干净净。大概是在暗中用赃物买通了一些官员，三法司在定罪意见（看语）上游移其词，三四其说，最后不了了之。但逮捕巡抚、总兵、道员一举，实际上是对郑成功表示一种和解的政治姿态。
这样，清廷让郑芝龙出面写信，动以父子之情；由浙闽总督刘清泰派人向郑成功转达朝廷招抚密旨，中心意思是只要他剃发归顺，即可保持自己的军队，仍旧镇守福建沿海，不必进京，借以解除郑成功担心重蹈父亲覆辙的疑虑。清廷所做的让步实际上是在兵力不敷分配的情况下企图先稳住东南沿海的郑成功部，集中力量摧毁西南的永历朝廷，然后再迫使郑成功完全就范。郑成功从自身利益出发，既要考虑父亲的安全，又想趁机扩展兵力和势力范围。因此对郑芝龙派家人李德送来的劝降书信迅速做了回答，双方各自怀着自己的打算，开始了“清、郑和谈”。
1653年（顺治十年）四月，清浙闽总督刘清泰依据朝廷密敕精神，写了一封文书派人送到郑成功的祖母黄氏处，托她转给郑成功。文书中强调了两点，一是“宣扬皇上覆载深恩”，二是“陈述父子不应绝情”，以忠孝两全引诱郑成功背明归清。五月初十日，清廷正式颁发敕书，封郑成功为海澄公，郑芝龙为同安侯，郑鸿逵为奉化伯，郑芝豹授左都督，给泉州一府地方供郑成功安插和供养军队。敕谕中首先肯定了郑芝龙“当大兵南下未抵闽中即遣人来顺，移檄撤兵，父子兄弟归心本朝，厥功懋矣”。接着指责“墨勒根王（多尔衮）不体朕心，仅从薄叙，猜疑不释，防范过严；在闽眷属又不行安插恩养，以致阖门惶惧，不能自安。……加以地方抚、镇、道官不能宣扬德意，曲示怀柔，反贪利冒功，妄行启衅，厦门之事，咎在马得功”，并说明“已将有罪官将提解究拟”。然后说清廷遣人赍敕传谕，开导归诚，郑成功、郑鸿逵“果令李德持家书来，并传口语”，“书词虽涉矜诞，口语具见本怀”，“尔等保众自全，亦非悖逆”，故意不提郑成功以反清复明为旗帜，给以下台之阶。除封爵授官之外，特遣芝龙表弟黄征明为使者专程赴闽传达谕旨，以解疑畏。为了表达诚意，敕谕中宣布“满洲大军即行撤回；闽海地方保障事宜，悉以委托”。郑芝龙也派家人李德、周继武等持亲笔信要成功接受清朝招抚。郑成功阅信后说：“清朝亦欲给我乎？将计就计，权借粮饷，以裕兵食也。”他给郑芝龙写了一封模棱两可的回信，摘要如下：
违侍膝下，八年于兹矣。但吾父既不以儿为子，儿亦不敢以子自居。坐是问候阔绝，即一字亦不相通。总由时势殊异，以致骨肉悬隔。盖自古大义灭亲，从治命不从乱命。儿初识字，辄佩服《春秋》之义，自丙戌（1646，顺治三年）冬父驾入京时，儿既筹之熟，而行之决矣。忽承严谕，欲儿移忠作孝；仍传清朝面谕，有原系侯伯，即与加衔等话。夫既失信于吾父，儿又安敢以父言为信耶？当贝勒（指博洛）入关之时，父早已退避在家。彼乃卑辞巧语，迎请之使，车马不啻十往还，甚至啖父以三省王爵。始谓一到省便可还家，既又谓一入京便可出镇。今已数年矣，王爵且勿论，出镇且勿论，即欲一过故里亦不可得。彼言岂可信乎？父在本朝，岂非堂堂一平国公哉！即为清朝，岂在人后哉！夫归之最早者且然，而况于最后者？……虽然，儿于己丑岁（1649，顺治六年）亦已扬帆入粤屯田数载矣。不意乘儿远出，妄启干戈，袭破我中左，蹂躏我疆土，虔刘我士民，掳辱我妇女，掠我黄金九十余万、珠宝数百镒、米粟数十万斛；其余将士之财帛，百姓之钱谷，何可胜计？……夫沿海地方，我所固有者也；东西洋饷，我所自生自殖者也。进战退守，绰绰余裕。其肯以坐享者反而受制于人乎？且以闽粤论之，利害明甚，何清朝莫有识者？盖闽粤海边也，离京师数千里，道途阻远，人马疲敝，兼之水土不谙，死亡殆尽。兵寡必难守，兵多则势必召集，召集则粮食必至于难支，兵食不支则地方必不可守。虚耗钱粮而争必不可守之土，此有害而无利者也。如父在本朝时坐镇闽粤，山海宁宁（谧？），朝廷不费一矢之劳，饷兵之外，尚有解京。朝廷享其利，而百姓受其福，此有利而无害者也。清朝不能效本朝之妙算，而劳师远图，年年空费无益之赀，将何以善其后乎？其或者将以三省之虚名，前啖父者，今转而啖儿；儿非不信父言，而实其难信父言者。刘清泰果能承当，实以三省地方相，则山海无窃发之虞，清朝无南顾之忧，彼诚厚幸。至于饷兵而外，亦当使清朝享其利。不亦愈于劳师远图，空费帑金万万者乎？况时下我兵数十万，势亦难散。散之则各自啸聚，地方不宁；聚之则师旅繁多，日费巨万。若无省会地方钱粮，是真如前者啖父故智也。父既误于前，儿岂复再误于后乎？儿在本朝，亦既赐姓矣，称藩矣，人臣之位已极，岂复有加者乎？况儿功名之念素淡，若复作冯妇，更非本心。此可为智者道耳。不然，悬乌有之空名，蒙已然之实祸，而人心思奋，江南亦难久安也。专禀。
郑成功给父亲的信实际上是对清廷的答复。信中反复表示他不相信清廷的诚意，因为有郑芝龙前车之鉴。但是，他又不愿把和谈的大门关死，暗示清朝若能将1646年勾引郑芝龙时许下的三省（浙江、福建、广东）交给自己管辖，还是可以谈判的。然而，1653年的形势已不同于1646年，福建、浙江两省除某些濒海地区外都已在清朝管辖之下，广东是平南、靖南两藩的驻地，郑成功自己也知道开出这样的价码，无论是清廷还是闽、浙、粤地方当局都无法接受。所以，他对负有清廷联络使命的郑氏家族私人李德谈话的口气要和缓得多，诉说“兵多地少，难于安插；倘若裁减兵戈，一旦出征，何以制胜？”要求再给“三府屯兵，并辖三省沿海地方”；还提出清廷既封自己为海澄公，“公为五等上爵，充总兵官，尚在提督之下”；另外指责清廷一面招抚，一面派固山额真金砺统兵入闽，似为骗局。最后表示清廷应该“用人莫疑，疑人莫用”，只要将“海上之事”“全权托付”，那么“父亲致力于内，儿尽力于外，付托得人，地方安静”。
清廷研究了李德带回的信息，判断郑成功有归降之意，决定做出让步，引诱郑成功入彀。于是，给郑成功颁发敕谕说：一、“朕念尔兵卒众多，一府难以安插，钱粮委难支给，仍益以漳州、潮州、惠州并泉州四府驻扎，即将四府水陆寨游营兵饷拨给尔部下官兵，不足不另补。正课钱粮仍行解部。管民文官俱听部选，尔原辖武官听尔遴选委用，仍将姓名职衔具题造册送部。开洋船只，尔得稽察，收纳税课，送布政司解部”。二、为解决爵、职不相应，特命郑成功“挂靖海将军印”。三、解释派金砺统兵入闽在前，命刘清泰招抚在后，并非骗局；而且告知成功在李德到京反映情况后，清廷当即下令撤回金砺之军。事实上，清廷统治者急于招降郑成功，以便集中力量对付孙可望、李定国等西南抗清势力，表现出相当热心，在郑成功尚未正式受抚以前，就下诏金砺撤兵，“原以示信”。金砺奉旨后六月从泉州起程，八月内撤入浙江境内。
郑成功并不打算投降清朝，他趁和谈的机会，派兵前往福建、广东沿海地区招兵买马、征取粮饷。从这年八月起，郑成功派出的部将官员领兵往福建漳州、泉州、龙岩、惠安、仙游等府、县征粮征饷，“大县十万，小县五万”，使清朝地方当局处于被动状态。据阮旻锡记载，到1654年（顺治十一年、永历八年）二月，郑军在福州、兴化、漳州、泉州四府措饷，“派富户追纳，诸差官俱至各府、县城外屯扎，但不入城耳。计所追凡四百余万”。
1654年正月十三日，清内院侍读学士郑库纳、扎齐讷等赍捧封郑成功为海澄公的敕印到达福州。福建巡抚佟国器依据闽浙总督刘清泰的咨文，派李德往郑军中通知成功。二月初三日，郑成功差中军常寿宁同李德等到福州迎接诏使。十六日清使郑库纳等到达泉州，十九日至安海公馆驻扎。二十日，郑成功设香案拜受敕印，清使坚持要他先剃发然后开读诏书；郑成功则以“具疏自行奏请”为托词拒绝剃头。双方相持不下，无法开读诏书。二十五日，郑库纳等离开安海回福州。和谈陷于僵局，清朝福建地方官既无权宣布招抚决裂，对郑军的征粮征饷又穷于应付。佟国器在奏疏中诉苦道：“今各属郡县详称，诏到之后，群贼索饷愈炽，兴（化府）、泉一带在在告急……有司莫知攸措，剿抚两无适从，将来事不可知。”
大约在顺治十一年（1654）三月间，郑成功给清廷写了一封回信。由于信件内容重要，又比较罕见，全文引述如下：
去岁（顺治十年，1653）又六月（即闰六月）内章京邵斯、户部黄征明差员李德、周继武等赍到敕谕并海澄公印；本年正月十四日内院郑库纳、兵部贾勒纳复赍敕谕并挂靖海将军印，且益以漳、泉、潮、惠四府驻札。宠命再至，敢不祗承，遂设香案于二月二十日行礼祗承敕命，以遵简命之隆；尚未敢开印着实行事者，其情其势，敬祗诚直陈之朝廷。计安山海是以信用豪杰，豪杰卓有表见总在安攘山海。故用人必视其才，小才而大用之，则不胜任；大才而小用之，则不展舒。信人必本其心。心相猜，近在同堂而能为难；心相许，远在万里而益相亲。自古交孚相得之世，未有用人而不竟其用，亦未有不外度其情，内度其能，而苟且为人用者也。敕谕四府寨游营兵饷不过二十万，计算散给足养万人，而现在精兵数十万，相随多年，诸皆狼野猛戾，无妻子以羁其心，无田宅以果其肠，一旦瓦解，啸聚千万，祸不可测，此地方之忧也。且此全闽地方寇贼充斥，而镇守北兵，地险不平，甲马徒劳，寇至则登陴自守，寂不闻声；寇去则掩袭干戈，赤地千里，朝廷之抚有全闽也可谓有其名而无其实矣。故自入闽以来，马步无暇日，钱粮无粒解，地方无宁刻。若以全闽委畀镇守，就此现在精兵分布周密，给其饷以用其长，既溪洞薮窟之周知，又什伍保甲之列定，人地相宜，将士效命，则镇闽马步可别调，而兵有实用矣。闽省正供可解京，而饷有实济矣。此所谓名实两全者也。朝廷果推诚置腹，无分彼此，无较新旧，又岂有受人委托而反复不信，无借则敛戢，有借则飞扬也哉。此所以矢志誓肌，下解苍生侧悬之苦，上抒朝廷南顾之忧，自惠、潮以至全闽，则野无弄兵者矣。至于海上防剿，成于宁谧，尤未易言，盖大江以南莫非海也。寇东下则在交广，南上则在吴越，而舟山等处尤盗贼之咽喉，窃以为不扼舟山，海不可得而靖也。今在舟山镇将非兵不利、甲不善也，而北人多不谙水战，以致鲸鲵鼓浪，莫之如何，异日酝酿势成，乘风南北，不惟闽粤之害，实江南之忧。故将平靖海氛，必用闽兵屯扎舟山，然后可以弹压海寇；而屯兵尤先议饷，不得不就近支给温、台、宁、绍等处钱粮，以养扎舟山之兵。夫舟山乃海中一孤岛耳，其地不过弹丸，而闽浙隔绝，水汛不常，倘两浙之海有警欲调闽兵，既有鞭长不及之患，欲挽闽饷更苦神鬼转运之劳。旧例镇守福建总兵兼管全温地方，齿牙相错，良有深意。倘以温、台、宁、绍、处五府委任屯扎，调度接应舟山，使寇无窃处，地方宁静，此又可以解苍生倒悬之苦，而抒朝廷南顾之忧也。自两浙以至闽、粤则海无扬波者矣。诚如是也，克奏肤功，计日而得，海内咸知朝廷委任得人，岂不休哉！然则今日非不祗承，慎其事乃所以委其任也。而其宜慎者有三：敕书四府驻扎，而府（指泉州府）镇守尚皆北来兵将，未奉明旨撤回，不独粤平、靖二王未敢擅命，便则泉、漳镇将谁敢交代，一也；前敕旨云镇守泉州等处，今只挂靖海空衔，不言镇守事，则欲行事而文移不便，尤恐行事而画饼竟成，二也；又敕印再加文听部选、武听遴选委用，今泉州总镇刘仲金见在刻日赴任，即一府尚属虚悬，而三府安能取信，三也。是以俯拜对扬之际，实尔挈瓶负薪之恩，除将敕印祗委，奉安平公署，专委官斋盥看守以须后命，隆重付予而后即安焉。总之粮少则兵必散，则地方必危，朝廷欲安地方，当勿吝地方。今日之请非是利地，乃欲靖地方。见今数十万之众嗷嗷待给，区处经画，安插繁杂，伏惟英明决断而施行焉。
郑成功对清廷的招抚正如他自己所说不过是“将计就计，权借粮饷”，虚与委蛇而已。他表面上盛接来使，郑重其事地“三跪九叩头”领受清朝所封海澄公敕印，却拒绝剃发，仍然使用明朝永历年号；同时又借口已受清廷封爵，堂而皇之地派人到闽、粤沿海地区征收粮饷，甚至在清廷允许驻兵的四府以外又提出新的土地要求。从上面引述的郑成功信中可以看出他要求把福建全省，广东惠州、潮州二府，浙江温州、台州、宁波、绍兴、处州五府都交给他屯兵筹粮，只有这样才算是“朝廷委用得人”，实现“海无扬波”“地方宁静”；否则就是“大才小用”，“海寇”四起，“祸不可测”。清政府的许多官员都看出郑成功并无归顺诚意，福建巡抚佟国器、两广总督李率泰先后上疏朝廷希望不要为郑成功所愚弄。连原来主张招抚并充当“保人”的浙闽总督刘清泰也在密奏中说“抚局之变，不可不防，则剿局之备，不可不早”，要求清廷派“固山额真一人统领满洲大兵移镇闽浙之间”。都察院左都御史王永吉在疏中直截了当地说：“郑成功如果实心就抚，但当解甲投戈，遵守国法，上报圣恩。其地方兵马机宜，悉听督抚调度。何得妄以闽、粤为己任？又何得冀望朝廷委以保全浙海？气傲志高，心雄胆大，明明要挟。虽然归顺，实怀二心。以职愚见断之，将来为东南大患者，必郑成功也。从前漂泊海岛，脚根不定。今得盘踞于漳、泉、惠、潮之间，用我土地，养彼人民；用我钱粮，练彼精锐，养成气候，越显神通。”因此，他力主应当“厉兵秣马以应变”。
在一片讨伐声中，身居虎穴的郑芝龙慌了神，他深知自己的生死荣辱取决于能否招抚郑成功。六月间，他上疏清廷一面斥责郑成功“索求不止，致使诏使往来频繁，其罪并非不深”，一面又婉转代为解释，列举成功对清使如何恭敬，有“亲亲敬主之心，则终非叛臣逆子”。谈到郑成功拒绝剃头这一关键问题时，他先引述“差官黄征明、李德、周继武等言，当劝郑成功剃头时，郑成功言，凡为臣者，以礼事君，不在些微细事”等语，借此证明郑成功是“不懂我朝法令，且其五六名亲信下官，不愿剃头，从中梗阻挑唆，以致稽迟”。接着表示自己鞭长莫及，“恨不能亲揪郑成功之头剃发”，一显老爸尊严。最后说他经过昼夜苦思，终于想出了一个妙策，建议清廷准许派他的儿子郑世忠同钦使一道赴闽，“臣次子郑世忠，现为侍卫，每日侍从皇上……伊与郑成功情如手足，朝夕相处。若上传皇恩，下述父言，婉言开导，则郑成功势必心悦诚服。倘若众官内有一二人阻挠归顺，郑世忠则以君父之命，将其立斩，以遏恣意妄为者。如此，郑世忠全可速报奉命剃头一事”。郑芝龙的建议经王、大臣会议后，清廷同意做最后一次努力。顺治十一年（1654）六月二十八日，清帝再次颁发敕谕给郑成功，其中除重申封海澄公、挂靖海将军印，给泉、漳、惠、湖四府驻扎军队外，对郑成功的其他要求断然拒绝，“今据尔奏疏，虽受敕印，尚未剃头，冀望委畀全闽，又谬称用兵屯扎舟山，就近支给温（州）、台（州）、宁（波）、绍（兴）等处钱粮。词语多乖，要求无厌。……尔若怀疑犹豫，原无归顺之心，当明白陈说。顺逆两端，一言可决。今如遵照所颁敕印剃头归顺则已；如不归顺，尔其熟思审图，毋贻后悔”。
八月十三日，清廷派遣的内院学士叶成格、理事官阿山（或译作刑部郎中阿尔善）同郑成功二弟郑世忠以及郑氏家族亲旧黄征明、李德、周继武等携带敕书到达福州，先命李德、周继武去厦门向郑成功讲述清廷和郑芝龙的意图。二十四日叶成格、阿山在福建清军护送下进抵泉州，又派郑世忠、黄征明（成功表叔）往厦门晓以利害。郑成功不为所动，依然以敷衍拖延为上策。他让郑世忠回泉州约请叶成格、阿山于九月十七日到安平镇见面。届期，郑成功调集甘辉、王秀奇、陈尧策、万礼、黄廷等二十余名部将统领水陆各镇“列营数十里，旗帜飞扬，盔甲鲜明”，把安平镇布置得“好似铁桶”，自己才同众参军一道前往安平准备同清使会面。叶成格、阿山在清军步骑护卫下来到安平，一看郑军摆下的阵势已感到气氛不对，连郑方安排的迎宾馆舍报恩寺也不敢住，宁可住在清军临时搭盖的帐篷里，双方都处于高度戒备状态。尽管郑成功大设供帐，馈送厚礼，竭力向清使表示友好，在原则上却坚持“一云先要四府地方，前诏只有水路游寨，未言陆路；二则不奉东西调遣；三则不受部、抚节制；恐如姜襄（瓖）、金声桓等俱以剃发后激变，且未与张明振（张名振）议妥，又比高丽不剃发等语”。叶成格、阿山只奉有监视其剃发受敕的严旨，并无谈判的权力，面对郑成功提出的条件知道使命难以完成，于是以“不接诏，不剃发”为理由拒绝成功的隆重礼遇，于二十日返回泉州。二十一日，郑成功遣人致书备礼挽留清使，二使臣回信表示“即使相晤间，不过宣传皇上浩荡德意，与公剃发后上谢恩本，将贵部官做何安插，及四府设防数目修入而已。他复何言哉！似公又不宜以旁语及也。弟以一介微躯而膺朝命，钦限在十月内回京，何敢稽迟，以身试法？伏祈早决一言，俾得星驰复命”。退还所赠礼物，并限二十五日为最后答复时间。二十四日晚上，郑世忠、周继武、李德、黄征明等往见成功，声泪俱下地哀告：“二使此番失意而回，大事难矣。我等复命，必无生理，并太师老爷（指郑芝龙）亦难！”郑世忠说：“若剃发归顺，可全老父阖家。”成功答道：“吾不剃发即可保全父命，剃发则父命休矣。”世忠“复哭劝其回心转意。成功于李德身旁手执银盅，高声恫喝：剃发乃身份大事，本藩自会定夺，谁人敢劝，哪个敢言！世忠未敢再开口”。周继武说他也同郑世忠一起“哭劝成功剃发归顺。成功起誓，先撤官兵，再议剃发之事。佞官沈全期曰：藩主剃发为令尊大人，我等剃头又为谁人。况且同在海上数年矣”。二十六日，郑成功又派旗鼓史谠、郑奇逢往泉州请清使来安平再议。叶成格、阿山认为没有什么好谈的，把二人赶回。二十九日，叶、阿派人催促郑世忠、李德、周继武、黄征明回京复命。当天，清廷使臣和随行人员离开泉州，“从间道回延平”，和局至此完全破裂。离别之际，黄征明要求郑成功写一回信给郑芝龙，成功依言写了一封长信说明整个事件经过并表明自己的态度。主要内容是，“和议非本心也”，“不意海澄公之命突至，儿不得已，按兵以示信。继而四府之命又至，儿不得已接诏以示信。至于请益地方，原为安插数十万兵将，固图善后至计；何以曰‘词语多乖，征求无厌’？又不意地方无加增，而四府竟为画饼，欲效前赚吾父故智，不出儿平日所料。遽然剃发，三军为之冲冠！……在清朝总以剃发为是，在儿总以不削发为是。……大丈夫做事，磊磊落落，毫无暧昧。清朝若能信儿言，则为清人，屈于吾父为孝；若不能信儿言，则为明臣，尽于吾君为忠”。二使“在泉月余，目睹脱巾情形，未曾与儿商榷，徒以剃发二字相逼挟。儿一剃发，即令诺将剃发乎？即令数十万兵皆剃发乎？即令千百万百姓俱剃发乎？一旦突然尽落其形，能保其不激变乎？叶、阿二位不为始终之图，代国家虚心相商，而徒躁气相加。……使臣如此行动，朝廷可知也，能令人无危乎？能令人无惧乎？况儿名闻四海，若使苟且做事，不特不见重于清朝，亦贻笑于天下后世矣。大抵清朝外以礼貌待吾父，内实以奇货居吾父。此番之敕书与叶、阿之举动，明明欲借父以挟子。一挟则无所不挟，儿岂可挟之人乎？且吾父往见贝勒之时，已入彀中。其得全至今者，大幸也。万一父一不幸，天也！命也！儿只有缟素复仇，以结忠孝之局耳！”在给二弟郑世忠的信中他把自己的志向说得更清楚：“兄弟隔别数载，聚首几日，忽然被挟而去，天也！命也！弟之多方劝谏，继以痛哭，可谓无所不至矣。而兄之坚贞自持，不特利害不能以动其心，即斧刃加吾颈，亦不能移吾志。何则？决之已早而筹之已熟矣。今兄之心绪，尽在父亲复禀中，弟闻之亦可以了然矣。大抵清朝若信兄言，则为清人；若不信兄言，则为明臣而已。他何言哉！……夫虎豹生于深山，百物惧焉；一入槛阱之中，摇尾而乞怜者，自知其不足以制之也。夫凤凰翱翔于千仞之上，悠悠乎宇宙之间，任其纵横而所之者，超超然脱乎世俗之外者也。兄名闻华夷久矣，用兵老矣，岂有舍凤凰而就虎豹者哉？惟吾弟善事父母，厥尽孝道，从此之后，勿以兄为念。噫，汉有子瑜而有孔明，楚有伍尚而有子胥，兄弟之间，各行其志，各尽其职焉。”
郑成功在和谈中表现的态度似乎是诡异的，在致父书中引用了清帝敕谕指责他“词语多乖，征求无厌”的话，证明尽管未正式开读，他已完全清楚清廷的底牌。既然没有谈判的余地，郑成功为什么又一再挽留清使，做出种种无益的举动呢？这只能说按郑成功的本意是不愿归降清朝，对于父亲的安全虽说置之度外，毕竟不能不有所顾忌，反映在行动上就未免进退失据，措辞更难得体。例如清两广总督李率泰给郑成功的信中就批评说：“所云‘不知有父久矣’，此言一出，不但伤天性之恩，且贻后世之刺。尊公身为明季重臣，国亡而择主，非背国而事仇也。足下前无顾命，今无共主，何得灭不可易之亲，而从不必然之议也？古之求忠臣于孝子者，几无据矣！至今犹屡执此‘三省相畀’之说，胡为乎来哉！今天下中外，帖然十载。而足下身羁海甸，犹欲招徕之，以大一统之势。谁敢取臣服之版图、惟正之资赋而轻议畀乎？且从来无此庙算，无此边筹也。即如足下所云，亦可笑矣。无三省，则舍我而忠于彼；将有三省，即弃彼而忠于我。此皆拂情影借之言，知非足下之心也。”从忠于一姓王朝而言，李率泰的批评是一针见血的，问题是郑成功从来就不是朱明王朝的“纯臣”，也不是郑芝龙的孝子，由于他首先着眼的是维护以自己为首的郑氏家族和东南沿海部分汉族绅、民的利益，当清朝的“大一统”危及这一集团利益时，他只有站在比较软弱的明朝一边，借明朝的名义展开反清斗争。
清廷的招抚郑成功因双方各自坚持自己的条件终告失败。然而，实际上是各有所得。郑成功利用和谈使清方释放了1653年四月遭飓风漂入兴化港的辅明侯林察；在福建、广东某些地区扩军征饷，增强了实力。清廷通过招降也牵制了郑成功在顺治十年、十一年两次的可能出兵广东配合李定国作战。固然，郑成功本不积极于同李定国会师，这点下文还要谈到；但清廷凭借郑芝龙这张王牌进行招抚，无疑助长了郑成功对永历朝廷的离心力，即他给父亲信中所说“按兵以示信”。所以，就全局而言清廷所得远大于所失。
和谈既已失败，清廷改而用兵。1654年（顺治十一年）十一月，“议政王、贝勒、大臣会议，郑成功屡经宽宥，遣官招抚，并无剃发投诚之意。且寄伊父芝龙家书语词悖妄，肆无忌惮，不降之心已决。请敕该督、抚、镇整顿军营，固守汛界，勿令逆众登岸，骚扰生民，遇有乘间上岸者，即时发兵扑剿。从之”。十二月十六日，清廷任命郑亲王（济尔哈朗）世子济度为定远大将军，同多罗贝勒巴尔处浑（二十天后，巴尔处浑即于次年正月初五日病死，肯定未随军入闽）、固山贝子吴达海、固山额真噶达浑等领兵由北京赴福建征剿郑成功。郑芝龙失去了利用价值，清廷官员一再上疏要求严加惩办，他们指出郑芝龙和郑成功利用和谈的机会派出使者多方联络，郑芝龙不仅在给郑氏集团亲属旧部的信中流露了不满情绪，而且必然以口信方式泄露清方军事部署等秘密。从清方截获的几次郑芝龙的私人信件里，确实可以看出他内心的彷徨。在给林忠的谕帖中说：“本爵美景日近，定不忘尔旧人。”给林瑞骥谕帖中说：“本爵得意日近，定不忘尔。”这里所说的“美景日近”“得意日近”究竟是指什么颇难揣度，他这批信件是在顺治十一年十一月间带出北京的，次年正月在清廷任职的福建人杨国永疏中说：“郑芝龙或欲亲往（福建），或欲讹封为王以合其意。”这种推测有一定根据，因为郑芝龙在十一月间一面把郑成功寄来的部分书信上交清廷，指斥“逆子”“请地益饷，抗不剃发，寄臣书信语多违悖，妄诞无忌”；一面派家人回原籍收取田租，还表示打算具题本请求清廷同意让他的第三个儿子郑世恩离开京师回泉州管理田产等事务。如果郑芝龙做的是这种乐观估计，他肯定是失算了。另一种解释则是郑芝龙预感到噩运降临，用的是反语。尽管人们可以做种种解释，郑芝龙的处境显然恶化了。1655年（顺治十二年）正月二十八日吏部员外郎彭长庚疏请“先废郑芝龙以除内奸”；同月三十日正白旗下云骑尉杨国永在题本中说：“灭郑成功易，除郑芝龙难。郑芝龙一日不除，郑成功一日难灭。……伏乞皇上速灭郑芝龙家族。”同日，兵部尚书张秉贞等密题“请将郑芝龙本人及其妻孥一同迁居，另行禁锢。将其家人及财物一并监管原处，视其郑成功系降系拒，再行酌处”。清帝批示：“郑芝龙之案事关重大，着议政王、贝勒、大臣等核实密议具奏。”大约可以判定，郑芝龙及其在京家属于顺治十二年二月间被囚禁。
清、郑和谈由于双方坚持自己的条件，终归破裂。郑成功为加强实力，做好迎战准备，采取了一系列措施。
1654年（顺治十一年、永历八年）冬，清漳州府城守门千总刘国轩、守备魏标派人来同郑军接洽，表示愿意充当内应，献城投降。郑成功派忠振伯洪旭、中提督甘辉等带领军队于十二月初一日夜间进抵城下；刘国轩在城头接应，一举夺得漳州。清新任漳州总兵张世耀、知府房星烨见大势已去，只好跟着投降。郑成功在初四日亲自来到漳州，对刘国轩反正来归，深表嘉许，提升他为护卫后镇。接着在同月内派甘辉、前锋镇赫文兴、援剿左镇林胜、北镇陈六御等先后攻克同安、南安、惠安、安溪、永春、德化各县。随即移师，于1655年（顺治十二年）正月初五日攻克仙游县。至此，泉州府城已经处于郑军四面包围之中。郑成功出兵收复漳、泉两府之地，本来意味着和谈完全破裂，然而他似乎出于策略考虑写信给清福建巡抚佟国器和泉州守将韩尚亮、知府申伟抱，以和谈时清廷曾许给漳、泉、潮、惠四府作为自己用兵的理由。这种立论难免游移其词，连他自己也说不清楚是主和还是主战，是为清还是为明。如给泉州官员的信中几乎是说你们先投降我，我再带你们投降清朝。这种信件当然起不了任何作用，难怪佟国器回信中斥之为“侈口而谈，骄蹇满纸，殊堪喷饭”。
1655年（顺治十二年、永历九年）二月，郑成功借口“和议不就，必东征西讨，事务繁多，议设六官并司务，及察言、承宣、审理等宜，分隶庶事，令各官会举而行”。这种做法同孙可望相当类似，实际上是另立以自己为核心的小朝廷，只是他的兵力和地盘远不如孙可望，把所设官职名分上定得低一点罢了。原鲁监国重臣张名振“条陈不宜僭设司务”，郑成功“遂改司务为都事”，表面敷衍一下，实则我行我素。三月，又设置六察官，“俾其敷陈庶事，讥察利弊”。同月，“六察官周素、叶茂时等条陈：中左兴王之地，不宜因循旧址，顾名思义，请改中左（中左所即厦门）为思明州，亦如新丰故事也。藩从而改之”。亲郑文人著作中常说郑成功六官等职是“承制”，即取得永历皇帝的授权。其实，永历朝廷自处艰难，鞭长莫及，装聋作哑容或有之。温睿临《南疆逸史》中说：“先是，隆武之以总统命成功也，许立武职至一品，文职至六品。至是地大兵众，乃设六官，分理庶事。”夏琳《闽海纪要》则云：“永历九年二月，延平王成功承制设六官。初，成功以明主行在遥隔，军前所委文武职衔，一时不及奏闻；明主许其便宜委用，武职许至一品，文衔许设六部主事。成功复疏请，以六部主事衔卑，难以弹压。明主乃赐诏，许其军前所设六部主事秩比行在侍郎，都事秩比郎中，都吏秩比员外。”这类记载未必可信。承制便宜设官本意为在军前收复地方等情况下，来不及请示暂行委任武将和地方文官，以统辖兵丁或料理地方，这和设立与朝廷相仿的衙门官员大相径庭。所谓许设六品以下官盖指委任地方知县及军中监纪之类官员，而不是朝廷官员。从目前所见有限的永历朝廷文书和与郑成功同处东南滨海的原鲁监国旧臣的文献中几乎见不到郑成功自用官员职务。张煌言《北征录》内讲到南京战役时曾致书郑成功自设的“五军中军”张英，特地加上一句“即所号为五军者”，其不承认成功私署官职，微意存焉。本书指出郑成功的仿设朝官，并非“承制”，毫无站在永历朝廷立场上斥责其僭妄之意，而是着眼于分析明清之际战局的整个走向；郑成功的另搞一套和他在战略上坚决避免同李定国、孙可望会师都是他割据自雄思想的表现。
清廷在抚局完全破裂后，决定再次动武，派郑亲王世子济度统满、汉军南下福建。面对清方主力的迫近，郑成功采取的对策是扬长避短，主动放弃业已恢复的漳州、泉州两府属县，把兵力集中到海上。为了避免清军凭城固守和加强己方防务，郑成功下令诸将于征饷后拆毁漳、泉二府属邑的城墙和房屋，所得砖石木料用于建造和加固金门、厦门、洲诸岛和滨海的海澄县城垣及营房。郑军收复漳、泉二府属县不到一年，漳州府属派饷银多达一百零八万两，泉州属县也达七十五万两，撤退时又夷为平地，这在军事上有其紧迫性，但后果势必失去民心，使自己立足之地越来越小。
郑成功放弃漳州、泉州大部分地区并不是单纯防御，而是在加强金、厦等岛屿防务的同时，分别派遣部将带领舟师北上浙江、南下广东，使入闽清军主力陷入进战无能、后顾有忧的困境。六月，他派前提督黄廷、后提督万礼统领十三镇兵员南下广东潮州府攻城征饷；七月，又派中提督甘辉、右提督王秀奇等率领陆战兵乘船北上会同定西侯张名振、忠靖伯陈辉部伺机进攻浙江、江苏。
北征的战役取得了相当大的成果。1655年（顺治十二年、永历九年）十月二十二日，甘辉、王秀奇部郑军进抵舟山，次日围城；张名振部也从崇明一带沙洲南下参加会攻舟山战役。清浙江巡抚秦世祯向朝廷报告：“自王师（指济度所统清兵）大进，兵力全注于闽中，而郑逆豕奔，贼众亦全注于海上。”“闽、浙逆众联合（指北上的甘辉部和南下的张名振部），有排山倒海之势”，“南北贼艘逾千，贼兵数万，围困舟山，声息不通”。二十六日，据守舟山城的清军副将把成功（按，把成功是蒙古族人，姓氏译音，《海上见闻录》写作巴成功，亦可）反正来归。明军收复了舟山群岛这一战略要地。清定关守将张洪德也率部归明。十一月，郑成功考虑到留守金、厦的兵力不足，左提督祥符伯赫文兴又病死，决定调甘辉等率主力回守根本，由总制陈六御“督定西侯张名振、英义伯阮骏等镇守舟山”。不久，张名振去世，死因众说不一。张名振在临终前把自己的旧部托付给监军兵部右侍郎张煌言，郑成功却下令由陈六御接管。次年清军再度占领舟山，陈六御阵亡，张煌言成了原鲁监国系统军队的主要领导人，继续同郑成功联合作战。
十二月十三日，甘辉、王秀奇等率部回到厦门。郑成功对把成功起义来归非常欣赏，改其名为把臣兴，授骁骑将军印管镇事。清台州副将马信在郑军北上时曾经派使者李国宝至军中接洽反正事宜。到1656年（顺治十三年）正月十二日，郑成功派忠振伯洪旭率战船三百余艘进至台州港，是日夜间马信借口“海贼临城，请议堵剿”，待文武官员到齐后，马信喝令把兵巡道傅梦吁、知府刘应科、通判李一盛、临海知县徐钰等逮捕。次日，开狱政囚，除将尚未建成的战舰烧毁外，带领部下兵马四百余名、家眷和府、县库存钱粮、兵器弃城乘船来归。郑成功大喜，授予马信挂征虏将军印管中权镇事。郑成功对把成功、马信和后来李必、王戎的来附特别优遇，原因是这些北方将领带来一批擅长骑射、惯于陆战的军队，正可弥补自身军队的不足。这和清廷的致力争取擅长海战的施琅、黄梧、苏利、许龙等人是同一个道理。
南下广东的郑军却不那么顺利。1655年（顺治十二年）八月初五日，黄廷、万礼统领苏茂、林胜等二十余镇将、兵丁六七万包围广东潮州府属揭阳县城，“黄廷围东门，万礼围北门，苏茂围西门，皆树栅开堑为久驻计”，林胜札营于人家头乡阻击潮州府来援清军。同时，分遣兵将到各乡寨去征米征银。这月十三日，郑军击败由广州来援的清将郭登贤、张祥部，歼敌三百余人；二十五日又在狮抛球击败清饶平镇总兵吴六奇部，杀敌八百余名，清军伤亡逾千，狼狈而窜。到九月初七日，揭阳被围已一个多月，守将游击杨伦、知县段有黻等见内无粮草、外无救兵，请求郑军网开一面，以交出揭阳为条件，放他们逃出该县。经黄廷等同意后，清方官兵撤出揭阳，郑军入城委派了知县等官员，“设糜粥以济饥民”。明军乘胜于初九日克普宁县，十三日克澄海县。清广东当局大为震惊，他们探得李定国当时正在广西横州，其部下“靳、雷、高、李、吴、王”六将都已进至与广东接境的容县，平南王尚可喜、靖南王耿继茂、两广总督李率泰会商后，唯恐郑成功军趁势直下潮、惠，李定国军再入罗定、肇庆，就将陷入两面受敌，前途不堪设想。于是，他们决定趁李定国军尚在广西，首先出兵迎战郑军，抽调平藩下左翼总兵许尔显、靖藩下左翼总兵徐成功部与总督标下兵马共一万余名，会合潮州总兵刘伯禄、饶平总兵吴六奇等部七千余人，大举来援。十二月二十四日，清军在揭阳附近的琅山筑四大营盘，待机而动。清潮州知府“黄廷献令乡寨供粮草，当夫役，百里内竹木祠宇俱毁伐无存；老幼被拘者索取财贿取赎，使令稍不如意，即殴扑至死。又造事诬扳惨毒，无异闽寇”。
双方相持到1656年（顺治十三年）二月，黄廷召集诸将商议作战机宜，左先锋苏茂积极主张进兵决战，自告奋勇打前阵。金武营将郭遂第（即华栋）提出进攻时大军须过钓鳌桥，桥面狭窄，如果作战不利被迫后撤时将会遇到很大困难，因此他主张持重。经过一番争议，黄廷决定采纳苏茂建议，出城决战，由苏茂任前锋，前冲镇黄梧、护卫左镇杜辉继进，殿兵镇林文灿、援剿右镇黄胜为后援；黄廷亲自率领后劲镇杨正等抄出敌后夹击。不料，清方早有部署，先派出小股游骑佯抵一阵，等待郑军大部过桥后突然前后合击，把郑军截为两段。混战当中，苏茂身中两矢一铳，带伤突围而出，郑军阵势大乱，后撤时因桥面过窄，黄胜、林文灿二将和许多士兵被挤入河中淹死，兵员损失多达四五千人。二月二十五日，郑军再次同清军交战于东村渡，又被击败。郑成功接到揭阳战败的消息后，下令放弃该地，命黄廷率师登舟在广东海域探听永历朝廷消息后返航。三月十三日，黄廷领南征将士放弃揭阳、普宁、澄海三县，于揭阳港登舟出海。回到厦门后向郑成功报告舟师航行到大星所（约为今广东省惠东县南地名港口），探得“行在驻跸高、琼（今广东湛江地区和海南省），声援难通”，当时高州、琼州都在清方控制之下，黄廷连基本情况都没有弄清楚就扬帆东返，带回在潮州地区征得的饷银十万两、米十万石。
南征舟师回到厦门，郑成功立即召集文武官员会议处理揭阳丧师之罪。他提出苏茂轻敌致败，黄梧、杜辉不及时应援反而临阵退却都应该处斩，由于众将跪告求情，才仅斩苏茂一人，杜辉捆打六十棍，黄梧寄责，各戴罪图赎。郑成功御将之道以严著称，这在明末军纪涣散的情况下确有必要，但他的性格过于刚强，往往失之偏激。苏茂在揭阳战役中虽轻敌寡谋，但勇于进战，负伤突围，本应薄责示警，以观后效。郑成功把他处斩，首级传示军中，显然过于苛刻。据江日升记载，郑成功是因为获悉苏茂曾经掩护施琅，使他得以叛逃清方，怀恨于心，必欲杀之，这次借揭阳战败为由将其处斩。诸将不明底细，“咸有微言，曰：论茂揭阳之败，无非天意，岂战之罪？虽不从郭遂第之言，其气可以吞敌，何至于死？况茂战功难以枚举，非他人所可比，藩主如此施行，岂不令人寒心！郑成功见诸将不服，乃厚加殓葬，养其妻孥，自作祭文：‘马谡非无功于蜀，然违三军之令，虽武侯不能为之改’云云”。这显然是在玩弄权术。然而，郑成功更大的错误是在处死苏茂之后立即派黄梧和苏明（苏茂族弟）镇守海澄县。这里“阻山临海，两城对峙，夙称天险”，郑成功动员大量人力修建了坚固的城墙，囤积大量军械、粮食，使之成为进可以战、退可以守的大陆前进基地，同金门、厦门组成掎角之势。黄梧既牵连受责，心怀二意，就同“痛兄苏茂被戮”的后冲镇副将苏明密谋降清。1656年（顺治十三年）六月二十四日夜间，黄梧、苏明带领部下官八十余员，兵丁一千七百余名叛变，把海澄县献给清方。驻守海澄县五都土城的副将林明火速报告郑成功，成功大惊，派大将甘辉统诸将驾快哨船连夜开赴海澄，天亮时清兵已入城据守，甘辉等无可奈何，只能掩护林明部把土城内军械粮食搬运下船，返回厦门。海澄之失，对郑成功是一个重大打击，他叹息道：“吾意海澄城为关中、河内，故诸凡尽积之。岂料黄梧、王元士（知县）如此悖负，后将何如用人也！”清廷得报黄梧、苏明以海澄县来归，欣喜不已，于八月十七日决定封黄梧为海澄公（这本是清郑和谈时准备授予郑成功的爵位），授苏明为都督佥事，不久加衔为右都督。黄梧叛明投清，受封公爵，大有平步青云之感。可是好景不长，他不久就发现这是清廷玩弄的政治权术。1657年（顺治十四年），黄梧部下的兵丁被清朝浙江福建总督李率泰调走，无权倒也罢了，可气的是位高而金不多。1659年（顺治十六年）他不得不向清廷诉苦，说自己投顺“已逾两载，而常禄未沾。前岁蒙大将军世子王月命有司暂给爵俸银三十两，而禄米概未有及”，他全家二百余口，不够吃饭，遑论其他。
这年（1656）八月二十二日，清宁海大将军宜尔德、提督田雄指挥满汉兵再次进攻舟山。明将阮骏等率领舟师迎战。到二十六日，清军全力来攻；阮骏伤重而死，总制陈六御、总兵张洪德、张晋爵、李廷选、阮凯、姜英等阵亡，残余明军乘船逃往外洋。次日，清军在舟山登陆，占领了这个群岛。由于当时清朝水战兵力和经验都还不足，为了避免1651年攻占舟山留军戍守结果被郑成功大批海师包围，守将孤立无援、被迫投降的情况再度发生，又为了防止明军重来以舟山为基地，清方文武官员商议后决定把该岛城郭房屋全部拆毁，居民统统赶回大陆。时任浙江巡按的王元曦在奏疏中说：“查舟山经岁之入钱粮不过四千四百余两，粮米不过七百九十余石，悉其所供仅亦锱铢，量其所费，当得巨万。……更有虑者，舟山民物渐集之后，贼以釜底游魂保无窥伺？是有舟山而有居有食，反起贼垂涎之心；无舟山而无居无食，反制贼必死之命。臣区区之愚，窃以舟山原系海外之地，或应暂置海外，无烦议兵增守，以示朝廷不勤远略之意。至于百姓，料亦无多，或于班师之日听其择便，愿为兵者编入卒伍，使之随行报效；愿归业者安插宁波一带，使之耕凿得所。”这一建议得到清廷批准，后来浙江巡抚佟国器在奏疏中谈道：“顺治十三年十一月间议弃舟山，业经奉文遵行讫。……惟是弃舟山之时，毁城迁民，焚毁房屋，当日虑为贼资，是以唯恐不尽。职查舟山旧城周围五里，仅存泥基，砖石抛弃海中。”顺治十五年（1658）郑成功、张煌言领军北伐，再次来到舟山，建造草棚作为屯军临时处所。直到顺治十六年十二月，郑成功因为厦门吃紧，三次发出令箭调回舟山驻军，马信、陈辉部明军才在顺治十七年正月初八日放火烧毁草棚，乘坐大小船只三百余艘南下金、厦。从这时起到康熙二十二年（1683），舟山群岛基本上成了一片废墟。
自从海澄县易手以后，郑成功的兵力虽然还相当强盛，但控制的地盘差不多仅限于金门、厦门、南澳等沿海岛屿。为了解决兵饷来源和扩大影响，郑成功除了通过各种渠道开展海外贸易，还亲自统率军队进攻福建省会福州。1656年（顺治十三年）七月，郑军攻克闽安镇，沿鼓山一线进军福州，被守城清军击败；郑军固守闽安镇长达一年之久，至次年（1657）九月才为清军收复。郑成功在九月间亲自视察了闽安镇一带的地形，认为这里是福州的门户，令工官冯澄调集民夫增筑土堡城寨，为长久之计，在罗星塔、萧家渡也拨兵戍守，由后提督万礼坐镇闽安，总督水陆防守。这一部署是在福州外围设置重兵，牵制福建清军主力。十二月，郑成功统舟师在福州以北的梅溪登陆，经飞鸾、白鹤岭攻罗源、宁德。清郑亲王世子济度派梅勒章京阿克善等将率军来援。郑成功采取诱敌深入的战术，大败来援的清军，阿克善也被击毙。罗源、宁德二县守城清军闭门不出，郑成功的作战意图本不在于占领该地，他分遣官兵到二县乡村搜括粮食，大约积足三个月之用后就主动撤退了。此后，他还曾多次派出军队到浙江、福建沿海地方筹集粮食。
1657年（顺治十四年）九月，清浙江福建总督李率泰利用郑成功主力进攻浙江台州，福州闽安镇守御力量单薄的机会，决定乘机攻克该镇，以解除福建省会的威胁。他同固山额真图赖、郎赛商议后，抽调满汉大批军队水陆三路进攻闽安镇。九月初七日先派水师出闽江口切断海上来援的郑军，初八日开始陆路分兵二支，一支由鼓山出发，一支由南台西路出发，大举进攻。参加进攻的军队除图赖、郎赛两固山额真统率的满军外，还有总督李率泰标下、巡抚刘汉祚标下军队，精奇尼哈番沈永忠部与提督马得功，总兵王之刚、苏明等部，兵力相当强大。而郑成功北上进攻浙江省台州时，抽调了后提督万礼部主力随行，在闽安镇只留下了五军戎政王秀奇节制护卫前镇陈斌、神器镇卢谦、前提督下右镇余程留守闽安镇，兵员不过数千人。双方自初八日开始激战，清军用红衣大炮猛轰闽安寨城，郑军兵单势薄，难以招架，十四日清军攻克闽安镇，驻守顶寨的右镇余程和部下战士全部阵亡。清军转攻罗星塔寨，据守该处的陈斌、卢谦兵力不敌，向郑成功紧急请援。因双方距离过远，救援不及。十五日，陈斌、卢谦在施琅的招徕下带领官兵一千三百人向清方投降，罗星塔要塞失守。清总督李率泰借口事先招降未顺，直至“已断粮饷，又无援兵”的困境下才被迫投降，决定以“犒赏”为名把陈斌、卢谦及部下官兵全部处斩。此外来降的尚有官弁一百二十一名、兵丁二千六百四十八人。闽安战役以清军获胜告终，不仅解除了省会福州的威胁，而且歼灭郑军五六千人。
关于郑成功的封爵，是南明史上比较费解的问题之一。导致后来史学家困惑的原因来自两个方面，其一是郑成功的幕僚人物在追记郑成功事迹时往往用后来更高的爵位叙述他早期的活动（这种情况现代也屡见不鲜）；另一原因是永历朝廷偏处云贵，郑成功等局促于东南沿海地区，中间为清统治区，朝廷决定加封官爵、铸造印章、撰写诰敕需要一段时间，而使者转辗于道，迂回陆路海上，动辄数月，殊非易事。因此从朝廷决定加封到使者开读诏书、颁发敕印，在时间上必有一个相当长的间隔，部分史籍记载上的差异即由此而来。
郑成功在隆武时期已封忠孝伯，但他自己极少用这一爵位发布文告，原因是隆武朝廷和鲁监国封了一批公、侯、伯爵，郑成功看不上眼，他宁可用赐姓、招讨大将军名义显示自己的独特地位。《小腆纪年》记永历二年（1648）十月永历朝廷加封郑成功为威远侯，永历三年（1649）七月封广平公。威远侯事不大清楚，封广平公的记载肯定是错误的。因为同书记载永历七年（1653）六月，封郑成功为漳国公。自1648年到1653年，郑成功的势力有很大发展，连李定国第一次进攻广东（1653）时也对郑氏寄予厚望，永历朝廷不可能仅仅在同等爵位上改封。永历七年晋封漳国公有可靠文献证实，在陈乃乾、陈洙纂《明徐闇公先生孚远年谱》内收有永历八年颁发给徐孚远的诏书，其中就明确称郑成功为“漳国勋臣”，证实了在这以前永历朝廷曾封郑成功为漳国公。郑成功大约由于上述原因，似乎从未用过这个头衔。直到永历十一年九月，朱由榔已迁入云南昆明之后，才决定进封郑成功为延平王，制作印敕完备后，派漳平伯周金汤等为使者取道广西、广东，航海至厦门，行册封礼。周金汤等到达厦门已经是永历十二年（1658，戊戌，顺治十五年）。现将《敕封延平王诰》转录于下：
克叙彝伦，首重君臣之义。有功世道，在严夷夏之防。盖天地之常经，实邦家之良翰。尔漳国公赐姓忠猷恺掣，壮略沉雄。方闽浙之飞尘，痛长汀之鸣镝，登舟洒泣，联袍泽以同仇，啮臂盟心，谢辰（晨）昏于异域。而乃戈船浪泊，转战十年，蜡表兴元，间行万里，绝燕山之伪款，覆虎穴之名酋，作砥柱于东南，繁遗民以弁冕，弘勋有奕，苦节弥贞，惟移忠以作孝，斯为大孝，盖忘家而许国，乃克承家铭。具金石之诚，式重河山之誓。是用锡以册封为延平王，其矢志股肱，砥修茅戟，丕建犁庭之业，永承胙土之庥。尚敬之哉！
在这以后，郑成功和他的儿子郑经、孙子郑克塽一直以延平王的身份，奉明朝永历正朔，在东南沿海独树一帜。