1646年八月，隆武帝在汀州遇害；九月，消息传到湖广和广东、广西等地，在南明各地官绅中又一次引起极大的震动。皇室继统问题再次提上紧急日程。
在大多数官绅心目中，桂藩朱由榔是最合适的人选。这主要是出于血统亲近的考虑。明末宗室中，同崇祯皇帝朱由检最亲的是他的祖父明神宗的子孙，即福、瑞、惠、桂四藩王。瑞王朱常浩原封陕西汉中，1643年李自成军攻入潼关，常浩逃到四川重庆；次年张献忠军攻克重庆，常浩全家被杀。福王常洵之子由崧即上文所述弘光帝。惠王常润原封荆州，当农民革命风暴席卷湖广时，他经长沙、衡州逃到广西，弘光在位时移住浙江嘉兴。1645年六月清军迫近杭州，监国潞王朱常淓投降，常润和周王、崇王也在清军统帅博洛招诱下降清，被押送到北京，后来同朱由崧、朱常淓等一道处死。这样，到1645年六月以后，神宗子孙剩下的只有桂藩了。
桂王朱常瀛是明神宗第七子，原封湖南衡州，天启七年（1627）九月二十六日就藩（即离京前往封地）。崇祯十六年（1643）八月，张献忠部进军湖南，常瀛逃往广西。由于奔窜慌忙，乱兵乘机抢劫，朱常瀛只带着第三子安仁王由逃到了广西梧州；第四子永明王由榔在永州被大西军俘获。正在性命难保时，受到一个混入大西政权的明朝官员的暗中保护，又恰逢张献忠决定做战略转移，率领大西军入川，义军北上后，明朝广西征蛮将军杨国威和部将焦琏率领四千多名士卒开进湖南永州等地，朱由榔才得以死里逃生，被护送到梧州同其父聚合。1644年十一月初四日，朱常瀛在梧州病死，安仁王由掌府事。次年弘光朝廷覆亡，广西巡抚瞿式耜有意拥戴由继位。但当时南明的政治中心仍在东南，支派甚远的唐王朱聿键在郑芝龙兄弟和黄道周等人的支持下捷足先登，由监国而称帝。瞿式耜的愿望不仅没有实现，自己也因受隆武帝的猜忌而被调职。不久，朱由一病不起，由榔被册封为桂王。
清军占领浙江、福建以后，客观的形势造成了南明残余势力向西南转移。原任广西巡抚瞿式耜等人再次提议拥立朱由榔即位继统。掌握地方实权的两广总督丁魁楚却心怀观望，拖延不决。直到接到隆武朝大学士何吾驺的亲笔信通知隆武帝、后都已蒙难，建议速立桂藩以后，才决定参加拥立行列。
1646年十月初十日，朱由榔经过照例的三疏劝进，就任监国。朱由榔相貌堂堂，据说很像祖父万历皇帝朱翊钧，可是生性懦弱，瞿式耜说他“质地甚好，真是可以为尧、舜，而所苦自幼失学，全未读书”。父、兄的相继去世，使他成为最有“资格”的朱明皇朝继统人，但他对做皇帝的言谈举止却一窍不通。凑巧太监王坤（又名王弘祖）投入他的府中，这人早在崇祯年间就已经受到皇帝的信任，懂得宫中“故事”，指点仪注，使他知道如何摆出皇帝的架势，不至于出丑，王坤因此深受宠信。丁魁楚参与拥戴稍迟，又唯恐当不上首席大学士，于是同王坤串通结纳，得以如愿以偿。王坤的弄权，使永历朝廷一开始就陷入混乱和矛盾之中。按明朝成例，入阁大学士本应由吏部尚书会同其他高级官员会议推举若干名，呈请皇帝点用；大学士的地位又一般是按入阁先后次序排列。丁魁楚时任两广总督是实权人物，因犹豫不决错过了首先拥戴的机会，桂藩继统的局面明朗后，又急于攫取首席大学士的位置，不得不求助于内官王坤，等于把朝廷用人决策大权奉送给了宦官。朱由榔出任监国前夕，丁魁楚玩弄权术，给桂藩上启本，请求辞去首辅，桂藩尚在三推三让之时就批示“不准辞”，这在瞿式耜等人眼中就已经被视为笑柄。至于崇祯时期已入阁的何吾驺、隆武时入阁的陈子壮等人得知这一消息后，都认为举措不公，有违成例，宁可株守家中也不愿来肇庆。在失去广州人望的情况下，永历朝廷粉墨开场了。丁魁楚当上了首席大学士兼兵部尚书，瞿式耜为东阁大学士兼吏部左侍郎管尚书事，同时任命了各部院官员。不久，在湖广的督师何腾蛟、湖广巡抚堵胤锡也上表劝进，朱由榔得到了拥明派官绅多数的支持。
然而，朱由榔遇事毫无主见，用人又不当，实在承担不起中兴重任。监国七天之后，十六日传来了赣州失守（十月初四日）的消息。尽管广东肇庆距离江西赣州还有相当一段路程，却举朝汹汹，监国的喜庆气氛消失得无影无踪。司礼监太监王坤主张立即逃难，首辅丁魁楚随声附和，大学士瞿式耜等力主镇定，也只推迟了四天。十月二十日，小朝廷终于逃往广西梧州。这种惊慌失措的举动，对于维系广东人心自然是非常不利的。其直接恶果是续封唐王朱聿在广州称帝，又一次演出了朱明宗藩同室操戈的闹剧。
当清军进入福建的时候，隆武帝的弟弟续封唐王朱聿和其他一些藩王乘船经海路逃到广州，本来不过是为身家性命着想，未必有觊觎大宝之心。朱聿的被拥立为皇帝，同桂王监国政权的举措失宜有密切关系。赣州陷落时，广东全省还在明朝管辖之下，朱由榔领着朝臣逃往广西，在广东士人看来无异于放弃封疆，不顾自己的死活。南明官僚的内部矛盾又因桂监国政权处置不当而激化。原隆武朝大学士苏观生奉命援救赣州，踟蹰不前，从南雄退回广州。他得知桂王朱由榔在肇庆监国时，也想参与拥立之列，依旧做大学士。可是，首辅丁魁楚却唯恐苏观生以原任大学士的身份入阁将影响自己揽权；大学士吕大器又从资历的偏见出发，认为苏观生不是科举出身，不具备入阁资格。因此，对苏观生的附名拥戴置之不理。苏观生自觉扫兴，知道在朱由榔政权中不会受重视。但在桂王监国之初，他仍然不甘寂寞，想出了出奇制胜的策略，一是派兵部职方司主事陈邦彦前往梧州劝进，请朱由榔以临时性的监国正式称帝；二是请移跸广州，使朝廷进入自己的势力范围。十月二十九日，唐王朱聿同邓王、周王、益王、辽王乘船由总兵林察护送到广州。苏观生等人觉得与其乞怜于桂藩，不如干脆另起炉灶，援引兄终弟及之义拥立唐藩。
十一月初二日，苏观生同广东布政使顾元镜、侍郎王应华等奉请朱聿监国，并且抢在朱由榔之前，在同月初五日正式称帝，改明年为绍武元年。尽管朱聿的政权在这年十二月即被清军摧毁，绍武年号从来没有使用过，在南明史上仍习惯称之为绍武政权。
十一月初八日，朱聿在广州即位的消息传到梧州，朱由榔和廷臣丁魁楚等人大吃一惊，连夜召见广州派来的使者陈邦彦。陈匆匆登上监国乘坐的龙舟，灯火辉映下见朱由榔居中端坐，太妃垂帘于后，丁魁楚侍立一旁。朱由榔开门见山地说：“闻四王至广州，甚喜。然孤既监国矣，辅臣观生既具启入朝矣，彼胡为者？”陈邦彦并不知道广州政局的突然变化，回答说可能是民间的讹传。丁魁楚告诉他，广州称帝的事已确凿无疑。朱由榔接口道：“今非战则和，二者安出？”邦彦建议“速返肇庆，正大位以属人心”，让绍武政权“代吾受虏，从而乘其蔽”，不要主动进兵广州。十一日晚，朱由榔又召见陕西道御史连城璧，问道：“先生自肇庆来，知广州事否？”连城璧回答：“臣本月初四日离肇庆，未有所闻。至德庆有传说者，臣亦不信。殿下监国，苏观生有表笺来贺，差监纪推官陈邦彦，殿下加以科衔，特旨召用观生及广州诸旧臣，黄士俊、陈子壮、黄（王）应华、关捷先等皆奉旨敦请，广东布政顾元镜加升户部侍郎。岂有如此大事不关白两院，既从一而悖举之理？”朱由榔说：“事多实，奈何？”城璧对曰：“论天命者必推本人心，殿下为神宗皇帝之慈孙，聪明仁寿，恭俭静深，在潜邸人心悦服已非一日，今臣民爱戴，尊贤亲亲，皆仰承天意，谁得以私觊觎，特殿下幸梧，未正大位，或贪人昧理，亦终不能济。”朱由榔等人自知铸下大错，为了收拾广东民心，在十一月十二日东返肇庆，十八日宣布即皇帝位，祭告天地、社稷、祖宗，改明年为永历元年。同时，追尊其父朱常瀛为端皇帝，兄朱由为桂恭王；嫡母王氏为慈圣皇太后，生母马氏为昭圣皇太后。这样，在广东一省之内，几乎同时建立了两个南明政权，重演了闽、浙相争的闹剧。它再次说明南明统治集团的极端腐朽，绝大部分官僚仍然因袭了过去朝廷上党争故套，一切都以个人和小集团的利害为转移，国家大局被置于脑后。即便有少数正派官僚以民族大义为重，希望共赴国难，挽救危局，他们的努力也在一片纷争当中化作泡影。
绍武政权的建立，在历史上没有任何积极意义。它只能说明朱聿、苏观生在日暮途穷之时，急于过一下皇帝瘾、宰相瘾罢了。史籍记载了苏观生等人迫不及待地争夺帝位的情况：“且谓先发夺人，宜急即位。遂仓卒立事，治宫殿、器御、卤簿，举国奔走，夜中如昼。不旬日而授官数千。即位之际，假冠服于优人而不给。”绍武政权在很大程度上是苏观生趁朱由榔君臣逃往广西的机会拉拢一部分广东官员建立的，社会基础非常狭窄。连本省的一些著名官绅如曾任大学士的何吾驺、陈子壮、兵部侍郎张家玉等人均持反对态度，陈子壮虽因丁魁楚不择手段自任首辅拒绝入阁，当苏观生拥立朱聿时，他却特派使者请桂监国出兵扫灭。因此，苏观生拼凑起来的广州朝廷基本上是一批官场中的投机分子和不得志的士绅武弁。他自己因拥立有功，被朱聿任命为首席大学士，封建明伯；关捷先、曾道唯、顾元镜、王应华等人都入阁为大学士兼任各部尚书，洪朝钟在十天之内升官三次，当上了国子监祭酒。潮州人杨明兢赤手空拳，凭借三寸不烂之舌自称有精兵十万“满潮、惠之间”，居然被委任为潮惠巡抚。兵力上除广东总兵林察所部以外，苏观生还招来了石壁、马玄生、徐贵相、郑廷球四姓海盗，借以增强绍武政权实力。
桂、唐二藩的争立，给南明残疆剩土的地方官也增添了混乱。湖广的何腾蛟、堵胤锡、章旷以及其他文武官员都先后收到了两个朝廷颁发的“喜诏”，虽然他们基本上都站在桂藩朱由榔一边，唐藩使者处处受冷遇，但事实上既给了他们“择君”的机会，朝廷的威望自然相对削弱，在许多问题上处于被动局面。瞿式耜在一封信中写道：“自唐僭号而广之府库尽为所有，广之属邑并邻郡皆为所煽。我监国之诏未达，而彼登极之诏先颁。凡吊钱粮、征兵马，动辄牵碍。光三（丁魁楚字）乃集议，仍请跸肇庆，登大宝，少司马（兵部侍郎）林佳鼎力佐之，在廷亦遂不敢梗议。十一月十八日正位端州（即肇庆），即行颁诏，兼议攻守之事。”
永历朝廷迁回肇庆以后，派兵科给事中彭耀、兵部职方司郎中陈嘉谟前往广州，劝说朱聿取消帝号，退位归藩。彭耀到达广州后声泪俱下地对苏观生说：“今上神宗嫡胤，奕然灵光，大统已定，谁敢复争？且闽、虔既陷，强敌日逼，势已剥肤。公不协心勠力，为社稷卫，而同室操戈，此袁谭兄弟卒并于曹瞒也。公受国家厚恩，乃贪一时之利，不顾大计，天下万世，将以公为何如人也？”苏观生大怒，悍然下令把彭耀、陈嘉谟拖出处斩，随即派陈际泰为督师，调动军队向肇庆进攻。永历政权见调解无望，也调兵遣将，以广东学道林佳鼎为兵部右侍郎总督军务，夏四敷任监军，会同从韶州调来的武靖伯李明忠带领一万多名士卒迎击。十一月二十九日，内战正式爆发，双方在广东三水县城西交战，绍武政权的军队大败，陈际泰临阵脱逃。林佳鼎初战告捷，踌躇满志，命令士卒昼夜行军，直奔广州，企图一举扫灭绍武政权。绍武方面的总兵林察利用与林佳鼎同族和过去共事关系，采取伪降诱兵深入之计，指使四姓海盗“乞降于佳鼎，察因书请举广州以附”。林佳鼎轻信寡谋，依约率部乘船前往三山，突然遭到四姓兵的攻击。林佳鼎部所乘内河小船无法同四姓海上大船作战，被迫登陆迎敌。又因地理不熟，陷入了三尺多深的泥淖，结果一败涂地，林佳鼎和夏四敷溺死水中，李明忠单骑逃出，部下兵员几乎全军覆没。败讯传到肇庆，永历朝廷又陷入一片惊慌失措之中，大学士瞿式耜自告奋勇，督领招募的义兵前往迎敌。没过几天就传来了清军占领广州、绍武政权覆亡的消息。十二月二十六日朱由榔又再次登舟离开肇庆，经广西逃往湖南。
正如古语所说：“螳螂捕蝉，黄雀在后。”当绍武政权在同永历朝廷交战中取得胜利的时候，清军在佟养甲、李成栋统率下正由福建经潮州、惠州向广州急速推进，一路上几乎没有遇到任何抵抗。李成栋等人利用绍武政权的注意力完全集中于同西面的永历朝廷打内战的机会，以迅雷不及掩耳之势从东面直扑广州，进军途中每到一地立即扫除传递军情的塘兵，封锁消息，用缴获的南明地方官印发出太平无事的塘报。十二月十五日，清军前锋以帕包头，伪装成明朝军队，出其不意地闯入广州。朱聿和他的大臣们仍在梦中，预定是日“幸武学，百官咸集”，忽然有人报告清军来袭，苏观生还以妄言惑众把报信人处斩。转眼之间，清军登上城墙，随即去掉伪装，露出辫子，乱箭下射，城中顿时鼎沸起来。苏观生急令关闭城门，调兵作战。可是，精兵都派往肇庆方面去对付永历朝廷，一时调不回来。广州重镇就这样糊里糊涂地被清军占领。绍武帝朱聿见大势已去，拖了一条被子混在乞丐当中，被清军查出，关在东察院。李成栋派人送饮食，朱聿说：“吾若饮汝一勺水，何以见先帝于地下。”自缢而死，总算有点骨气。苏观生在墙壁上写了“大明忠臣，义固当死”八个大字，然后悬梁自尽，从各地逃至广州的明朝亲王、郡王共十六人，大抵被清方处斩。大学士顾元镜、曾道唯等都屈膝投降。顾元镜还替清方起草劝降檄文，其中说：“既不能为首阳之饿夫，即当为识时之俊杰。”
绍武政权从建立到覆亡不过一个多月，它的“业绩”就是打了一场争夺帝位的内战和导致广东一省的陷没。其后果是十分严重的，因为南明残山剩水本已不多，广东又是财赋充溢、人才密集的地方，一旦易手，南明朝廷回旋余地大为缩小，财源和人力更加捉襟见肘。
佟养甲、李成栋占领广州以后，于顺治四年正月十六日向肇庆进发。在这以前，永历朝廷又故技重演，于1646年（顺治三年）十二月二十六日离开肇庆逃入广西。永历元年正月初一日，朱由榔到达梧州，仍恐不安全，又经平乐府逃到桂林。李成栋部于顺治四年正月十九日由三水进至高明，留守肇庆的明两广总督朱治涧不战而逃，李成栋即命部将罗成耀（又作罗承耀）留镇肇庆，自己领主力进攻梧州。梧州是广西东面重镇，为明广西巡抚驻节地。清军向广西推进时，明将陈邦傅在二十八日夜间弃城而逃，一时风声鹤唳，人无固志。苍梧知县万思夔用木头制作了一个大乌龟，命人拖着沿街大喊：“降敌者似此！”二十九日，李成栋兵接近梧州，明广西巡抚曹烨迎降道旁，口称：“烨不知天命，不早事君。使君怀怒以及下邑，烨之罪也。若以罪不赦俘诸军，惟命；若惠邀天之幸苟保首领，使得自新，君之惠也。”“涕泣不敢仰视。李成栋笑而释之。”清军兵不血刃地占领了梧州，万思夔在木龟上大书“曹烨”二字，自行逃去。清署两广总督佟养甲札委广东布政使耿献忠为广西巡抚，以总兵徐国栋镇守该地。永历朝廷首席大学士丁魁楚见形势危急，在逃离梧州的时候就脱离永历帝，带着家眷和多年搜刮得来的大批金银财宝，笼络一支为数不多的军队做护卫，私自乘船避往岑溪。为了保护身家财产，丁魁楚暗中派人前往李成栋军中接洽投降，成栋将计就计，许以两广总督的职位。丁魁楚大喜过望，在二月间由岑溪出降，清副将杜永和把他押回广东，半路上杀死，其家产和眷属全部落入清将之手，据说仅白银一项就多达八十余万两。后来有人见到丁魁楚的一个年幼孙子为李成栋部将罗成耀收养，问他姓什么，若回答姓丁，立即遭到一顿毒打。
永历君臣的争相逃窜，给清军以可乘之机。二月间，李成栋占领梧州后，曾经派出一小股清军跟踪追至平乐府，进逼桂林。永历帝依然故我，在二月十五日逃离桂林，准备进入湖南投靠兵力较多的军阀刘承胤。大学士瞿式耜坚决反对，他指出朝廷不组织抵抗，只是一味避敌先逃，“今移跸者再四，每移一次，则人心涣散一次。人心涣而事尚可为乎？”朱由榔根本听不进去，在司礼监太监王坤、锦衣卫马吉翔的怂恿下，向全州逃难。瞿式耜只好请求自己留守桂林，会同思恩侯陈邦傅稳定广西局势，并且推荐礼部尚书吴炳入阁任大学士司票拟之职。永历皇帝勉强同意了他的建议，得旨：“准卿以兵部尚书特进太子太傅，留镇西土。”瞿式耜出于稳定人心的考虑，要求朱由榔无论如何不要离开广西，哪怕暂驻于靠近湖南的全州也好。不料永历帝畏清若虎，在四月间还是逃到了武冈。
三月间，一股广东清军经平乐推进，陈邦傅“竟拔营而去”，逃往柳州。清军趁势直犯桂林，十一日前锋数百人突然冲入城中，幸亏明军焦琏部前一天赶到了桂林，把清军击退，桂林才转危为安。五月二十五日，又有一股清军再次经平乐、阳朔突袭桂林，瞿式耜指挥焦琏、白贵等将领分守各城门，并在城头用司礼监太监庞天寿主持铸造的西洋大炮轰击来犯清军。清军见城中有备，被迫撤退。瞿式耜在风声鹤唳之时，能够镇静处之，防止了桂林地区的瓦解，值得充分肯定。但当时清广东提督李成栋带领的主力在进到梧州后即奉两广总督佟养甲的檄文回救广东，顺治四年春夏间进犯桂林的清军都只是李成栋留在广西的小股武装。瞿式耜多少沾染了明末官场夸张习气，得一小捷则大肆铺张，就实际情况而言保卫桂林的战役规模是很小的。
佟养甲、李成栋部清军偷袭广州得手以后，永历君臣仓皇逃窜，势同瓦解。佟养甲等人趁势收取广东其他府县。顺治三年十二月二十二日，佟养甲派副将张道瀛、阎可义同新委南雄副将李仰臣、董方策、张友德，韶州总兵叶成恩、副将杨友贤、王庆甫等领兵由广州北上，同月二十九日在英德县击败明将陈课、童以振二部，随即占领韶州。次年正月初七日，叶成恩部进抵南雄，当地官员不战而降。明高雷廉琼巡抚洪天擢退守琼州府（今海南省），四月初一日清副将阎可义领兵渡海，洪天擢兵力不敌，乘舟逃走，琼州遂为清军占领。这样，广东十府之地全部沦入清方之手。就兵力而言，佟养甲、李成栋本部兵马只有四千一百余名，从福建带来的原郑芝龙旧部施福、施郎、洪习山、黄廷等部也不过几千人，实力相当有限。1647年正月，李成栋率主力进攻广西，广东清军留守兵员更形单薄。
然而，腐朽无能的永历朝廷不知清军虚实，非降即逃，近于自行瓦解。镇守柳州、南宁一带的明庆远伯陈邦傅也被清军声威吓倒，私自派人同佟养甲、李成栋联络，准备投降清朝。在这种危急关头，广东的一批仁人志士奋然而起，凭借自己在地方上的影响和熟悉山川险要，组织义军展开反清活动。广东各地义师的兴起，使坐镇广州的清两广总督佟养甲穷于应付，不得不急檄进入广西梧州的李成栋部回援。正是由于他们的斗争，才使永历朝廷免遭灭顶之灾，重新稳定了广西的局势。广东素称忠义之乡，在明末清初的历史上出现了一批英雄人物，其中最负盛名的是南明“三忠”：陈邦彦、张家玉、陈子壮。
陈邦彦在绍武争立时，支持永历朝廷。朱由榔派他回广州劝说苏观生改弦更张，正值林察等击败林佳鼎，绍武君臣趾高气扬，陈邦彦知道无法完成使命，藏入高明山中。不久，佟养甲、李成栋部清军偷袭广州，绍武政权覆亡。李成栋军乘胜追入广西，永历朝廷岌岌可危。邦彦“出自山中，临西江之口，望敌旌旗，叹曰：莫救也！夫若乘其未定，得奇兵径袭广州，此孙膑所以解赵也”。他亲自前往甘竹滩联络余龙等部义军，得众数万人，奋起抗清。二月初十日，义军在江中击败清军水师，降清总兵陈虎被击毙，焚毁清方船只一百余艘；十一日，进攻广州。清两广总督佟养甲关闭城门，派使者檄令李成栋火速回援。义军攻城不下，清方又扬言李成栋将回师先捣甘竹滩，被迫撤退。陈邦彦聚兵于高明，派门生马应房以舟师攻顺德。
张家玉在隆武朝廷中曾任建国公郑彩监军，督兵援赣；后升任礼、兵二部左侍郎，清军入闽时，他正奉命回广东招募义勇。陈邦彦起兵反清时给他写信说：“成不成，天也；敌不敌，势也。方今乘舆播迁，桂林危如累卵。得牵制毋西，浔、平之间庶可完葺，是我致力于此，而收功于彼也。”张家玉非常赞同他的意见，于1647年三月间在东莞县到窖寨起兵抗清，十四日攻克东莞县城，活捉清知县郑鋈。这时李成栋已率师回粤，会同施福（隆武朝封武毅伯，降清后仍用此衔）部合攻东莞。张军击杀施福部副将成升，终因义师缺乏作战经验，被清军击败。张家玉树起抗清义旗，得到了许多地方的响应。东莞有总兵张安国、陈镇国等；新安有总兵陈文豹等；南海、顺德、增城有总兵邝日晋、湛壮等；龙门有参将刘龙、李启新、冯家禄等；潮州府属镇平、平远有兵部主事赖其肖、总兵谢志良等。清副将文贵金往剿，“伏兵四起”，文贵金被击毙。此外，韶州有陈慎、简信等；惠州有苏成等；各称拥众数万，一时声势颇众。到和东莞县城被李成栋军攻破后，张家玉的家属被杀三十余口。但他义无反顾，同总兵陈文豹攻克新安县，不久又被清军击败，陈文豹战死。张家玉志不稍馁，委派陈镇国、冯家禄领兵会合刘龙、李启新部于四月十九日收复龙门。接着，他自己亲率各部义军在七月初十日攻克博罗、连平、长宁、乳源、归善、河源等县。十月初二日进攻增城。初十日，清李成栋部主力赶到，令副将阎可义、梁得胜、张道瀛、马宝、吴之蕃等堵截通往龙门之路；副将杜永和、李汉贵等从南面进攻，参将王定国从中路进攻，总兵施郎、黄廷、副将洪习山等接应，与增城守兵内外夹击。义军虽奋勇作战，终因众寡不敌，被清军击败。张家玉中箭负伤后投水自尽，他的侄儿张胤隆等被俘。
陈邦彦与义师余龙部一度攻克顺德。李成栋率军来攻，余龙战死。邦彦移师江门，会同霍师连等部攻克清远、三水等县，兵锋直逼省会广州。清两广总督佟养甲见形势危急，檄李成栋火速来援。当成栋部向清远推进时，霍师连率舟师堵截，被清军用火攻击败，师连战死。九月十七日成栋部将杨大甫兵抵清远；十九日成栋亲自带领副将杜永和、张月、马宝猛攻清远。城陷，陈邦彦身中三刃被俘，与总兵曹天琦等六人被押解到广州。九月二十八日，佟养甲下令把他们“寸磔于市”。史载，“邦彦自起兵来，日一食，夜假寐不就枕，与士卒同劳苦。故其下人人感动，即小衄无思叛者”。
陈子壮，字集生，号秋涛，广东番禺人。万历四十七年探花，崇祯朝仕至礼部侍郎，弘光时以礼部尚书召，隆武时以东阁大学士召，均未到职。桂藩朱由榔在肇庆立国，仍授大学士。陈子壮虽因丁魁楚窃取首辅，不愿入阁受事，但他是支持永历朝廷的。当绍武政权据广州自立时，他拒不承认，写信给永历朝廷表示拥戴。不久，清军入广，家乡沦陷，陈子壮奋起抗清。他和朱实莲等官绅组织义兵以南海县九江村为基地，联络各地义军展开敌后斗争。当时，李成栋统兵在外，广州城里的清军很少，陈邦彦同陈子壮密谋攻取省城。他们同广州城内的原明朝广州卫指挥使杨可观、杨景晔秘密联系，“暗用桂字印票，号召多人”为内应，又指示“花山盗”三千人向佟养甲伪降，分守广州东门。约定七月初七日夜三鼓里应外合，一举攻克广州，救出“披缁为僧”的明赵王朱由棪以资号召。这个计划本来制订得相当周全，不料，陈子壮带领的义师数万人在预定日期前两天的七月初五日即进抵广州城下，张贴檄文的家僮被清军捕获。佟养甲审出密谋后，自知城中清军不过二百，“又有内应，城守万分危急”，他立即采取行动，捕杀杨可观、杨景晔，以犒赏为名诛杀花山义师三千人，并勒令赵王朱由棪“引缳自尽”。钱秉镫《所知录》卷二记：“七月，大学士陈子壮起兵九江村，与陈邦彦共攻广州。初，邦彦约城内诸降将为内应，期以是月之七日三鼓内外并起。子壮先期以五日舟师薄城，谋泄。北抚佟养甲捕诸内应者，悉斩之；发巨炮击舟，舟毁，兵退。北风大作，养甲乘风追之，子壮大败于白鹅潭。成栋亦自新安至。子壮退保九江，又弃九江入高明，与监军道麦而炫、知县朱实莲婴城固守。”十月二十五日，李成栋率本部兵马和武毅伯施福部大举进攻陈子壮扼守的高明县。直到二十九日才用“大炮火药轰倒城墙”，冲入城内，朱实莲阵亡，陈子壮和兵部区怀炅、知州区宇宁、户部程玄等被活捉。受审讯时，陈子壮除要求赦免幼子陈上图外，表示“愿膏斧锧”，视死如归。佟养甲、李成栋等会商后决定将陈子壮“寸磔于教场”。
陈邦彦、张家玉、陈子壮领导的广东义师虽然先后被优势清军所镇压，但是，死难者的鲜血并没有白流。正是由于他们在广东各地掀起势如潮涌的武装抗清运动，迫使清两广当局匆忙调回进攻广西的主力，永历朝廷在广西的统治才赖以维持下来。而且，清朝主将李成栋在镇压义师的过程中，亲眼看到了人心所向，这对于他次年的反清归明无疑是一个重要的因素。
永历帝由桂林逃到全州后，这里已是军阀刘承胤的势力范围。刘承胤原是一介武夫，常使用一根铁棍，人称“刘铁棍”。明朝末年任黎靖参将，崇祯十六年武冈袁有志等起义攻杀岷王。他奉巡抚王聚奎之命带兵镇压了这次起义，救出岷世子，升任副总兵。弘光初，沅抚李乾德题授总兵官，镇守武冈。1646年七月，隆武帝封他为定蛮伯，他从此拥兵自重。当1647年初永历帝由梧州逃至桂林，惊魂不定时，他上疏迎驾，表面上是保护朝廷安全，实际上是挟天子以自重。这年（永历元年）四月十五日，朱由榔在刘承胤唆使下，迁入武冈州，以岷王府为行宫，刘承胤迎驾有功进封武冈侯。随永历帝迁入武冈的大臣有东阁大学士吴炳、吏部尚书李若星（原贵州总督）、兵部左侍郎管部事傅作霖（原任御史）、户部右侍郎管湖广布政司事严起恒（原为衡永副使）、太常寺卿仍管吏部文选司事吴贞毓等。五月，改武冈州为奉天府，晋封刘承胤为安国公，“政事皆决于承胤矣”。朱由榔既然以为刘承胤兵强可倚，刘承胤也借此挟制朝廷。在移跸武冈之后，刘承胤即威福自操，骄横跋扈。“一日，承胤索饷于上，率兵清宫。王皇太后女中尧舜也，曰：‘国公知老身贫乎？’尽宫中簪珥之资简以与之，不上五百金”。有的史籍还记载，刘承胤曾企图废除永历帝，另立他的女婿岷王。“上苦承允（胤）专横，亲书密诏除刘救驾，天语极为悲切”。太监杨守春“又述上谕：内廷俱系刘党”。刘承胤营建私邸，“画阁丹梯，隐房曲间，备极俨雅”。
六月间，督师大学士何腾蛟至武冈朝见永历帝，对刘承胤的威福自操非常不满，就同部分大臣疏请永历帝回驻桂林。疏中说：“使武冈果有山川之险，兵甲之雄，粟米之富，粗号偏安。然未有处一隅而能图四海之大者，况堂堂天子，各镇皆欲争奉之以成其大，汉、唐、宋以来未之前闻。今日移跸大事，听皇上自择自行，督师一人护驾，敢有议迎、议留者、议送者，当与众共殛之。”刘承胤原是何腾蛟的部将，受过何腾蛟的栽培，这时却唯恐何腾蛟来到武冈危及自己的权势。对于何腾蛟等人建议永历帝离开武冈更是不满，于是，他上疏要求改任何腾蛟为户部尚书专理粮饷，解除其督师职权。永历帝拒绝了他的要求，他仍不死心，面见何腾蛟索取督师敕印，大言不惭地说：“今督师非我莫人能为也。”何腾蛟断然回答督师敕印不能私相授受，需要皇帝的旨意才可以办理交接手续。同时，也不客气地告诉刘承胤，自己统率的军队中张先璧部比较弱，你连张部都制伏不了，要想让马进忠、郝永忠等部听从命令根本不可能。刘承胤自知实力有限，不再逼迫何腾蛟交出敕印，却企图在何腾蛟辞朝以后，于路途中加以谋害。何腾蛟早有防备，离开武冈之前疏请把赵印选、胡一青带领的云南军队拨给自己作为督师亲军，得到永历帝的同意。于是，他先假称患病，借住在武冈城外一所荒庙里；过了几天，突然带领赵印选、胡一青两营兵夜间出发。第二天，刘承胤得到消息，已经无可奈何了。接着，张先璧从江西败回，带兵数万人来到武冈朝见永历。刘承胤唯恐张部进入武冈，迫使永历帝下诏制止。张先璧大怒，顿兵于武冈城下，指责刘承胤“劫驾”，承胤则反斥先璧为“犯阙”。双方剑拔弩张，互不相下。永历帝命兵部官员龙之沫前往张先璧营中宣谕和解，张部才转往沅州驻扎。
1646年（顺治三年）八月，清廷以恭顺王孔有德为平南大将军，偕怀顺王耿仲明、智顺王尚可喜、续顺公沈志祥、固山额真金砺、梅勒章京屯泰领兵往征湖广、两广。次年（1647）三月，孔有德率领的清军由岳州进兵长沙，明督师何腾蛟、恢抚章旷与总兵王进才等闻风而逃，浏阳总兵董英以城投降。清军占领长沙后南下衡州，明总兵黄朝宣投降；孔有德等以其蹂躏地方，民怨甚深，下令解除其部下的武器，“召朝宣入，历数残暴之罪，支解之，以快人心”。何腾蛟、章旷等人一味奔窜，势同瓦解，永州府（府治零陵）城也一度为清方所派知府接管。明副将周金汤察知城中并无清军，率领二百名士卒乘夜鼓噪登城，清知府纪某逃回衡州。何腾蛟、章旷等人才在永州府境东安县白牙市一带苟延残喘。这时已入盛暑，清兵不耐炎热，在长沙、衡州一带休息。八月初八日，章旷病死于永州。同月，清军乘秋高气爽进攻武冈、永州。当孔有德部向武冈进逼时，刘承胤部将陈友龙等迎战，“蒋虎、孙华、聂鸣鹤、张承明、张大胜等于斗溪铺俱战死”。“承允（胤）驰令禁友龙不得战，又不发救兵，友龙败还。恭顺离武冈山三十里下营，承允轻骑出降”。他向孔有德表示愿意献上永历皇帝做觐见礼。孔有德怀疑其中有诈，没有立即答应。刘承胤为了表示自己真心投降，一面下令将武冈城门严密看管，防止永历帝出逃；一面自己剃头再次前往清军营中接洽投降。武冈城中的永历帝和他的一小批亲信见清军迫近，刘承胤行踪诡秘，感到情况不妙，请出刘承胤的母亲和兄弟刘承永，要求移跸靖州。在刘母出面干预下，城门才开，永历帝和少数朝臣带着宫眷匆忙出城逃难，象征皇帝威严的仪仗乘舆等都来不及收拾，全部丢弃在武冈。出城二十里，朱由榔想到靖州是刘承胤军队的控制区，立刻吩咐：“靖州不可往，当从间道走广西。”于是，另寻小路直奔广西。到达广西古泥时，有总兵侯性接驾，朱由榔才放了心，在侯性护送下到达柳州。侯性因护驾有功，晋封商丘伯。由武冈出逃时，朱由榔鉴于情况紧急，命大学士吴炳护送皇太子取道城步县入广西，结果为清军截获，太子和吴炳都被押至衡州。
刘承胤降清后，清兵随即占领武冈。孔有德发现永历帝已经逃走，立即派护军统领缐国安带领一千名骑兵追往靖州。缐国安部攻克靖州，生擒了明总兵萧旷等，却没有抓到永历帝。吴炳被俘后自缢；吏部尚书李若星、兵部尚书傅作霖不屈被杀；偏沅巡抚傅上瑞等投降。
孔有德等部清军这次进兵湖南，除了郝摇旗在桂阳、张先璧在沅州稍事抵抗外，南明将领非降即逃。据清方奏报，投降的不仅有明安国公刘承胤，还有封为伯爵的王允成、刘承永、董英、周思仲、高清浩、郑应昌，总兵四十七员，副、参、游等官员两千余名，马步兵六万八千有奇。这充分地反映了永历朝廷的腐败和何腾蛟、章旷、傅上瑞等人的无能。当时，除了制抚堵胤锡率马进忠等部退入湘西九溪卫坚持抗清，曹志建领兵扼守湘桂交界的镇峡关（曹志建将关名改为龙虎关）外，湖南各地都被清军占领。
九月，孔有德派刘承胤部将陈友龙攻入贵州黎平府，俘获明督师何腾蛟的继母孙氏、妻徐氏等家属一百余口。孔有德让何腾蛟的亲戚将自己的手书和腾蛟的家信带往广西兴安，信中备述清方对腾蛟的母亲和其他眷属奉养甚厚，借以招降何腾蛟。何腾蛟不为所动，坚决拒绝了清方的招降。
武冈失守以后，永历帝由小路逃往广西，驻于湖南西部的一些明朝官员同朝廷失去联络，以为刘承胤降清时必定把朱由榔当作觐见礼。因此，以制辅堵胤锡为首的部分文官武将一度商议拥立荣王朱由桢为帝。这件事在熊开元（隆武朝大学士）的著作中有明确记载，他在《答熊石儿直指书》中说：“私以今日所急在讨贼，不在立君。何也？讨贼正立君之本，立君乃致寇之媒。征诸前事，靡不然者。况乘舆所向未卜，万一或有参差，鲁与唐近辙曷可再寻。”“千钧之势，争此一发。事不堪再误，愿老公祖转白荣殿下及堵、傅、杨诸公祖并各勋镇，千万珍重，千万密急。”在《答堵牧游总制书》中又再次劝说道：“侧闻荣殿下诚明简毅，备诸福德，高皇帝之业将在于斯。又得老公祖领袖群贤，共相推戴，而复仇不即位尤合春秋之义。……惟老公祖断于乃心，迅图一举。”堵胤锡为人敢作敢当，在永历帝下落不明时有意拥立荣王朱由桢即位作为明室尚存的象征，颇符合他的性格。他的主张既遭到熊开元等人的劝阻，不久又得到永历帝安全到达柳州、象州、桂林的消息，立即改弦易辙，避免了可能导致南明内部再度分裂的错误。
郝永忠在1646年秋奉何腾蛟之命领兵援赣，迎接隆武帝。由于何腾蛟私下叮嘱不可假戏真做，郝永忠在九月初二日到达郴州后一直观望不前，在该地驻扎了几个月。就时间而言，郝部到达郴州时，隆武帝已经遇难，杨廷麟、万元吉等部明军尚在赣州苦撑。何腾蛟控制着除岳州以外的湖南全部疆土，兵力多达十三镇，却只知据地自雄，毫无恤邻之念。十月初四日，赣州失守，援赣已经没有意义了。1647年春，清孔有德等部入湘，何腾蛟、章旷等节制无能，一溃千里，长沙、衡州、常德先后失守。何腾蛟、章旷带着残兵败卒逃到永州白牙桥。郝永忠兵单势孤，由郴州撤至桂阳州，在这里同清军交战后退到永州。七月，又撤至道州同保昌伯曹志建分汛据守。清军占领武冈、永州后，何腾蛟逃至广西兴安，郝永忠也率部由湘入桂，这本来是无可非议的。不料，留守桂林大学士瞿式耜和两广总督于元烨等人认定郝永忠原为“闯贼”部将，对他怀有极深的敌意，开初想阻止郝部进入广西，后来得报郝军已过兴安、灵川，又如临大敌地关闭桂林城门，拒绝郝部入城。于元烨等还妄想“闭门歼除”，派兵剿杀郝部，只是由于督镇标将马之骥仅有兵员数百，不敢接受“剿除”任务，才未致动武。郝永忠的先头部队在桂林城下吃了闭门羹，过了两天，永忠派营中收留的通山王朱蕴釬、东安王朱盛蒗、督饷佥都御史萧琦（后改名萧如韩）、司礼太监王坤进入桂林，在太监庞天寿家中同于元烨、广西巡按鲁可藻接洽。于元烨顽固地拒绝郝部入城，鲁可藻私下对他说：“既不请新兴（指新兴伯焦琏）来，又不及预止，且不能止矣。宜亟图之，毋为牛后也。”元烨终执前说。第二天，郝永忠率大队兵马同宜章伯卢鼎来到桂林城下。萧琦竭力劝说守辅瞿式耜出城相见，于元烨坚决反对。鲁可藻感到这样僵持下去将危及桂林地区的安全，拉着瞿式耜一道出城晤见。于元烨坐在自己衙门里不动，还为瞿、鲁冒险入“贼”营捏一把汗。瞿式耜、鲁可藻出城后，见郝营“官头下马避道，共知出晤为是矣”。郝永忠以礼相待，“但谓不应逐客”。瞿式耜婉转解释，“答应千言，不激不随，极为得体”。第二天早晨，郝永忠进城回拜，“欲无礼于元煜（烨）”，卢鼎从中调解，才在瞿式耜举行的宴会上“一笑而叙阔别”。这只是在兵力不敌的情况下，采取的官场手腕。瞿式耜等人对原大顺军、大西军所持敌对态度始终没有改变，他们是南明政权中目光短浅的一批死硬分子，对原农民军极尽打击排斥之能事。明军与农民军联合抗清中波涛迭起，都是这些掌握着南明朝廷和地方大权的官僚从中作梗，终致局势日趋恶化。何腾蛟、章旷、傅上瑞等人在湖南排挤刘体纯、袁宗第、田见秀、张鼐等大顺军旧部已开其端；瞿式耜在广西排斥郝永忠部是这样，次年阻击由湖南退入广西的李过、高一功统率的忠贞营是这样，在联合原大西军的问题上也是这样，可谓“吾道一以贯之”。
当时，包括由湖南退入广西的各部明军之中，郝永忠的军队实力最强。瞿式耜等人出于偏见，故意扣发粮饷。郝永忠为解决部下兵马的粮草和添补器械，被迫在桂林一带打粮索饷。广西巡按鲁可藻记，永历元年（1647）十月“郝永忠索饷于桂林。司、道、府各官各千、万不等，其饷抚萧琦为之聚敛。初，永忠扎营教场，日取乡民，弦绞其腿，讯诸司贤否贫富，阅十百人，乃于各名下画圈，以多寡分饷高下，按而索之”。瞿式耜等人还指使桂林乡村居民立团聚保，阻止郝兵需索薪菜；郝永忠大为愤慨，派出军队剿灭乡团。这些事情又成为南明官绅污蔑郝永忠的口实。
十一月，清怀顺王耿仲明等大举进攻广西全州。明督师何腾蛟驻兴安指挥，南安侯郝永忠“亲统大兵出灌恢道，于兴安闻警，一面发兵扼守灌阳，一面统兵星驰援全。本月十三日辰时，同卢（鼎）、焦（琏）、滇（赵印选、胡一青）三营至脚山，离全二十里。三营由大路往全，本爵（郝永忠自称）由小路午时抵全，至北关。虏于北门扎营，势甚猖獗。本爵身先士卒，率标镇马骑直冲虏营。虏交锋大败，奔溃北走。我兵直赶三十里，杀虏千余级，生擒二名，夺大西马三百余匹，小马无算，火炮、弓箭、衣甲、器械不计其数”。全州之战，各“勋镇共以首功归永忠”，连瞿式耜在同月十六日奏捷疏中也不能不说：“南安侯郝永忠、宜章伯卢鼎、新兴伯焦琏与滇镇赵印选、胡一青，诚不愧标名麟阁。”永历帝则称赞“全阳奇捷，真中兴战功第一”。正是由于郝永忠等在全州狠狠打击了入犯广西的清军，永历帝才在这年（1647）十二月初五日应瞿式耜等人之请移跸桂林。
1647年（顺治四年、永历元年）九月，朱由榔到达柳州以后，瞿式耜坚持请他移跸省会桂林。他指出“桂林为西省上游，形胜嵯峨，城郭坚固，确然兴王根本之地。北规楚，东恢粤，惟此地为适中”。南面有思恩侯陈邦傅扼险于梧州，新兴伯焦琏镇守阳朔、平乐；北面有督师大学士何腾蛟、南安侯郝永忠堵敌于全州、兴安一带，万无一失。朱由榔认为驻于广西内地比较安全，没有立即采纳他的建议。直到十一月十三日何腾蛟节制的郝永忠、赵印选、胡一青、焦琏、卢鼎四营（按，赵、胡所领兵马合称滇营）在全州击败来犯的耿仲明部清军后，朱由榔才在十二月初五日再次来到桂林。
然而，事有意外。广东清军提督李成栋在镇压了陈子壮、张家玉、陈邦彦等人组织的抗清活动之后，稳定了广东局势，又出兵西上，思恩侯陈邦傅不战而遁，十一月间清军重新占领梧州。陈邦傅军撤退的消息传到全州，郝永忠唯恐己部留在桂林的老营（家眷和辎重等）将被陈军抢掠，急忙率兵从全州驰还桂林；督师何腾蛟带着卢鼎部也跟着南撤。全州本是焦琏的汛地，他听说郝、何率部回桂林，不知道是怎么一回事，只留下部将唐文曜同全永总兵王有臣守全州，自己也带领主力奔往大墟（今桂林东南大圩）。唐文曜、王有臣眼看各营主力纷纷撤回桂林，又得到梧州失守的消息，判断在清军东、北二路夹击下广西难保，就同全永道马鸣銮合谋于十二月十二日派使者往湖南永州（零陵）向清方接洽投降。清怀顺王耿仲明不久前进军受挫，对他们的主动请降心怀疑虑，拒绝接受。明全州监军周震坚决反对降清，对唐、王、马的变节行径痛加斥责。三人恼羞成怒，当即把周震拖出衙门杀害，然后派人带着周震的头和敕印往永州纳降。耿仲明大喜，派两千骑于十七日到达全州接管该地，“全州遂拱手送人矣”。
全州降清以后，广西门户洞开。1648年（永历二年、顺治五年）正月，督师何腾蛟驻守兴安，发出檄文命令各将领抽调兵马赴该地堵截清军由全州南下。郝永忠派部下罗中军带领一千名骑兵前往兴安。二月初一日，清孔有德、耿仲明、尚可喜三王兵由湖南经广西全州向桂林推进。明督师何腾蛟惊慌失措，竟然在滇将胡一青等保护下临阵脱逃，郝永忠派出的骑兵在兴安陷入重围，城破后全部战死。郝永忠接到报告后大为愤慨，坚决拒绝同守辅瞿式耜一道保卫桂林，主张奉永历帝向后方转移。二月二十一日深夜，得报清军已经进入严关，瞿式耜赶往行在（原靖江王府），见郝永忠、卢鼎、马吉翔、兵部尚书萧琦都聚集在司礼太监处商议，他叙述所见情况道：“臣聆永忠议论，则以人马挫折，意懒心灰，竟欲即刻整旅西行，绝无意于省城者。臣既以好语慰之，复以正言规之，而内凿不入。”接着，瞿式耜面见永历帝，“则暂避永福之圣意已定，臣竟无从插齿，只争起驾之时刻耳”。式耜力主镇定，指出即使清军已经到达兴安，督师何腾蛟应该有告急塘报，在没有接到准确消息以前不宜轻易移跸。“若以走为上策，桂愈危，柳又不危乎？今日可到桂，明日独不可到南、太乎？”朱由榔回答道：“卿不过欲朕死社稷耳。”后来瞿式耜在奏疏中也追叙了当时的情景：“皇上声色俱厉，谓今日事势，远过武、攸。尔等必欲留朕，两宫太后即烦尔等照管。”式耜不敢再说，随众退出。次日五鼓他又面见永历帝，奏言“圣驾即欲行，宜少从容，盖乱兵乘驾发之后，必有一番抢攘。圣驾稍停，一可以救满城百姓，二可以救满朝百官”，朱由榔置之不理。瞿式耜出朝途中接到赵印选的奏疏和何腾蛟的书信，知道进入广西的清方兵力并不多，又再次入朝，以何腾蛟的书信为证，劝永历帝暂缓移跸。可是，朱由榔已如惊弓之鸟，吩咐左右立即准备撤离桂林。“随驾诸臣车马匆匆，有行色矣。”式耜的意见遭到永历帝的断然拒绝，“时天颜愈厉，天语愈严”，式耜只有叩头请死，含泪而出。二十二日上午，朱由榔和宫眷、随驾官员离开桂林。郝永忠等部明军士卒立即乘势抢夺官私财物，瞿式耜由于主张坚守桂林，拒不随驾，在一片混乱当中，他的家产也未能幸免。从他的奏疏看，郝永忠曾经派了两名官头到瞿家禁止抢劫，但是主力既已转移，禁令也难以贯彻，乱兵以索取犒赏为名，连瞿式耜本人也受了一番折磨。撤离桂林时出现的混乱和抢劫，无疑是事实；不过瞿式耜和南明其他一些官僚的记载颇多夸大其词。有的南明史籍更是添油加醋，穷极形象，如说郝永忠于二月二十三日“抢入大内，劫帝于寝被中，舁出城外”；“留守（即瞿式耜）裸体坐署中”。这类谣言显然不可信。