郑芝龙既已决定投降清朝，首先撤回防守仙霞岭的军队，使清军得以顺利进入福建；接着又谎称“海寇”侵扰他的故乡安平，在八月间率部返回泉州。九月十九日，清军未遇任何抵抗就占领了福州。郑芝龙的引狼入室是为了向清方表示自己归降的诚意，即如他在给清廷的题本中所说：“臣闻皇上入主中原，挥戈南下，夙怀归顺之心。惟山川阻隔，又得知大兵已到，臣即先撤各地驻兵，又晓谕各府、州积贮草秣，以迎大军。”但他还摸不清楚清朝将给他多大的官职和爵位，因此把兵力集中于安平一带，作为向清廷讨价还价的资本。清军统帅博洛将计就计，一面派固山额真富拉克塔等统兵直逼南安，显耀清朝兵威；一面让泉州乡绅郭必昌（曾任明朝兵部尚书，福建晋江人，同郑芝龙关系密切）写信招降。郑芝龙很不高兴地说：“我惧以立王为罪耳。既招我，何相逼也！”博洛装模作样地“切责”了富拉克塔，下令把军队后撤三十里，另外派遣内院学士额色黑等二人持书信到安平面见芝龙，信中说：“吾所以重将军者，以将军能立唐藩也。人臣事主，苟有可为必竭其力；力尽不胜天，则投明而事，乘时建功，此豪杰事也。若将军不辅主，吾何用将军哉！且两粤未平，今铸闽粤总督印以相待。吾欲见将军者，商地方故也。”郑芝龙阅信后决定前往福州，成功对父亲的所作所为颇不以为然，在这关键时刻更是极力劝阻。《台湾外纪》中有这样一段记载：
其子成功劝曰：“吾父总握重权，未可轻为转念。以儿细度，闽粤之地，不比北方得任意驰驱。若凭高恃险，设伏以御，虽有百万，恐一旦亦难飞过。收拾人心，以固其本；大开海道，兴贩各港，以足其饷。然后选将练兵，号召天下，进取不难矣。”
龙曰：“稚子妄谈，不知天时时势。夫以天堑之隔，四镇雄兵且不能拒敌，何况偏安一隅。倘画虎不成，岂不类狗乎？”
成功曰：“吾父所见者大概，未曾细料机宜，天时地利，有不同耳。清朝兵马虽盛，亦不能长驱而进。我朝委系无人，文臣弄权，一旦冰裂瓦解，酿成煤山之惨。故得其天时，排闼直入，剪除凶丑，以承大统。迨至南都，非长江失恃，细察其故，君实非戡乱之君，臣又多庸碌之臣，遂使天下英雄饮恨，天堑难凭也。吾父若借其崎岖，扼其险要，则地利尚存，人心可收也。”
龙曰：“识时务为俊杰。今招我重我，就之必礼我。苟与争锋，一旦失利，摇尾乞怜，那时追悔莫及。竖子渺视，慎毋多谈。”
成功见龙不从，牵其衣跪哭曰：“夫虎不可离山，鱼不可脱渊；离山则失其威，脱渊则登时困杀。吾父当三思而行。”
龙见成功语繁，厌听，拂袖而起。
这段对话不仅反映了郑芝龙、郑成功父子在政治上的分道扬镳，也体现了郑成功的战略眼光。郑成功和郑鸿逵既然无法改变郑芝龙投降清朝的决定，特别提醒他亲自前往清军大营所在的福州风险太大，不可轻率行事。然而，郑芝龙自以为在福建、广东海域拥有强大的水师，满洲贵族的军队擅长骑射，缺乏水上作战能力，势必像明朝皇帝一样借重于自己；何况，二十年来通过垄断海上贸易积聚的巨额财富更使他驽马恋栈。他不听劝告，带了五百名士卒在1646年（顺治三年）十一月十五日到达福州，谒见贝勒博洛。见面之后，博洛伪装出一副仰慕已久的样子，对他大加赞赏，还折箭为誓，许以重用。欢饮三天之后，博洛忽然在半夜传令拔营回京，命郑芝龙随军北上。芝龙心知中计，但已经轻入虎穴，随身所带士卒被安置于别营，自己孤身一人只好听凭博洛摆布了。一位目睹其事的人记载道，当时福建各地应聘而来的明朝官绅齐集于福州，忽然接到清朝巡抚的请柬通知于次日在洪塘聚会，去了之后，“则胡笳四起，毳幕参差，兔网弥天，雉罗遍野。聚立而嗫嚅者几及百人。内院、抚军席地而坐，执册指名，首朱胤冈（朱继祚字），次黄跨千（黄鸣俊字），又次余公诚，余系南中流寓在闽，亦被罗织。拊其背而徘徊，谓：‘此三人者非尚书、阁老乎？可随我去。’每人一卒守之。中有紫衣胡服者为郑飞黄（郑芝龙字），亦与焉。彷徨有顷，名次及吴旧抚矣。军门持册手麾曰：‘余俱赴京听用。’于是诸人哄然而退，不啻鸟出笼、鱼入海也。时见兵即刻拔营起，四公竟载与俱行”。“神龙失埶，与蚯蚓同”，不管郑芝龙是多么大的一条巨鲸，一旦离开了战舰精兵，就成了失水之鱼。郑芝龙只好委婉地向博洛求情，表示就他个人而言既然已经投降清朝，进京“面圣”正是自己的愿望；不过，留在福建沿海的长子和兄弟拥有相当兵力，自己一旦进京，呼应不灵，恐怕海上从此多事。博洛的估计同他正好相反，以为掌握了郑芝龙，郑氏家族群龙无首，又不能不为芝龙的安全着想，必然唯清朝之命是听。因此，他让芝龙当面写了几封信，借以招抚郑氏子弟和部将，并且对芝龙说：“此与尔无与，亦非吾所虑也。”这样，郑芝龙在清军严密监护下被送到了北京。1648年（顺治五年），清廷食言自肥，仅授予他一等精奇尼哈番的空头官衔，拨入旗下，实际上遭到软禁。这段情节后来在郑成功致父书中有一段描写：“当贝勒入关之时，父早已退避在家。彼乃卑词巧语，迎请之使，车马不啻十往还，甚至啖父以三省王爵。始谓一到省，便可还家；既又谓一入京便可出镇。今已数年矣，王爵且勿论，出镇且勿论，即欲一返故里亦不可得。彼言岂可信乎？”
博洛回京之前，确实利用了郑芝龙的声望招降其旧部，奉芝龙之命降清的有武毅伯施福、澄济伯郑芝豹和部下总兵十员，兵将十一万三千名。当李成栋由吴淞总兵奉调由浙江、福建入广东时，清方不仅利用了郑芝龙“平国公”的牌札招抚了白沙、甲子等广东东部沿海地带，而且原属郑芝龙部下的总兵施郎、梁立、黄廷、成升、洪习山还由武毅伯施福带领，率兵马五千名跟随佟养甲、李成栋进军广东，在扑灭顺德县“海寇”和镇压东莞、增城地区的张家玉抗清义师中起了不小的作用。直到顺治五年（永历二年）三月“□（虏）镇抚施福、耿献忠大小船数百号上梧州”，即在李成栋指挥下一直攻入广西东部，对南明的危害是相当严重的。由于李成栋对南方兵将存在歧视心理，在奏疏中说从福建带来的施郎等官兵“脆弱不堪，无资战守”，甚至伺机剪灭和解散。施福、施郎、黄廷、洪习山等人过着寄人篱下的生活，忍气吞声，大有怀才不遇、有功不赏之感。顺治五年李成栋反清复明，他们收到郑成功从鼓浪屿（今属福建省厦门市）发来的邀请，决定摆脱李成栋部将潮州总兵郝尚久的控制，率部乘舟投奔郑成功。
郑成功是郑芝龙的长子，母亲是日本女子田川氏，中国文献称为翁氏。1624年（天启四年）七月十四日郑成功生于日本长崎县平户川内町千里滨，七岁以前随母居住日本。1630年（崇祯三年），郑芝龙派人把他接回福建安平，给他取名森，字明俨，号大木。一些史籍记载1644年郑成功曾经入南京国子监，拜读于钱谦益门下，大木即为钱氏所赐字，如黄宗羲《赐姓始末》记：“朱成功者，郑芝龙之子也，母为夷女，初名森，弘光时入南京太学，闻钱谦益名，贽为弟子，谦益字之曰大木。”郑成功入南京国子监就读以及同钱谦益之间的关系尚有待研究。明朝末年武将跋扈的情况虽然已经司空见惯，但武官重视子嗣文化教育的风气并没有改变。因此，郑芝龙延请了饱学之士给郑森讲解经史，终于使这个异国归来的儿子在崇祯十一年五月通过了考试，成为泉州府南安县学的一名生员。他少年时读书的朋友有惠安县生员张若、晋江县人杨于两。“郑成功为诸生时，每自南安来惠（安），主若濠濮斋，论文赋诗，风雨联床，不稍间也。”杨于两是成功妻家董飏先的表侄，刘献廷曾听杨于两亲口说过“于两与赐姓（成功）幼同笔研”。1642年（崇祯十五年）郑森十八周岁，曾往省会福州参加乡试。当时他父亲郑芝龙已加官都督，“富拟王者，远交朝贵，近慑抚按，炙手可热”。郑森也完全是一副贵公子的派头，“自泉入福，邮传馆舍皆有司备设。及入棘闱（即考场），监临交遣小吏诣号舍致寒温，预选同舍生代为起草。珍果佳肴，络绎传送。森竟日饮啖而已。漏下便已出闱，传呼归馆舍，共赫奕如此”。福建提学副使郭之奇看得不顺眼，不让他中举。次年（1643）二月岁考，尽管文章写得颇通畅，仍被郭之奇评定为二等，不得食饩为廪生。
隆武帝即位之后，郑芝龙已成为定策元勋，郑森才在父亲的带领下拜见朱聿键。隆武帝见他风度翩翩、一表人才、对答如流，非常赏识，深憾自己没有女儿嫁给他，就赐他姓朱，改名成功，“以驸马体统行事”。这一殊荣自然也具有笼络郑芝龙的意图。郑森自称和被称为朱成功、赐姓、赐姓成功、国姓成功、国姓爷、郑成功都是由此而来。
这里，有必要谈谈郑成功在隆武年间的军事活动。托名黄宗羲撰《郑成功传》里不仅说他“意气状貌，犹书生也”，而且说郑成功在整个隆武时期“虽遇主列爵，实未尝一日典兵柄”，并不正确。郑成功在1644年以前只是一介书生，如果没有在隆武年间（1645—1646）的亲身军事经历，到朱聿键被俘、郑芝龙降清后他即便有志恢复，也很难仅凭世家子弟的身份在短期内组织起一支有效的抗清武装。据《思文大纪》的记载，郑成功至迟在隆武二年初春就已弃文就武，开始了他的军事生涯：
隆武二年（1646）正月，奉命“领兵出大定关”。（卷四）
三月，郑彩因逗留不进，被革去永胜伯、征虏大将军职务，“敕国姓成功招致郑彩逃兵，毋得令其惊扰地方百姓”。同月，“催国姓成功、辅臣傅冠速出分水关，以复江省”。（卷五）
四月，在给军师蔡鼎的敕谕中说：“朕原速期幸虔（江西赣州府），以迎兵未至，故调国姓成功、辅臣冠，护驾前往。今于华玉兵已至；又虔中迎疏叠来，则国姓、辅臣正可用力湖东，不必调到湖西。东西并举，朕亲节制于虔，江省之复可必。著国姓、辅臣速约各镇鼓锐前进，铅山告警，必行兼顾，以巩崇关。”同月，敕谕御营内阁：“国姓成功巡关回来，迎驾暂至邵武，相机出关。”“新抚永安、沙县山寇头目一万一十三名隶陈国祚标下，听国姓成功节制。”“国姓成功请给新到官兵月饷。上令于邵武近处另给，该部行文去。”“谕国姓成功曰：兵、饷、器三事，今日又有手敕，确托卿父子。兹览卿奏，言言硕画，朕读之感动，其总理中兴恢御兵、饷、器甲，统惟卿父子是赖。银关防准造，即以此为文，造完颁赐，以便行事。”“敕行在兵部：‘国姓速令郭焘守住永定，调陈秀、周麟、洪正、黄山速速往救赣州，杀退清兵，保安赣州。有功重叙，有失重罚。’”（卷六）
五月，“敕国姓成功兼顾大安关，仍益兵防扼，恐有清骑突入。铣器火药，即令二部给发”。（卷七）
六月，“命国姓成功亲到漳、泉，精募兵将，立助恢复，期限二十日即来复命”。同月，“给国姓成功五月兵饷”。（卷八）江日升《台湾外纪》卷二记载，郑成功在1646年三月要求回安平看望久别的母亲，隆武帝准假一月，从三月起到郑芝龙决意降清都未述及郑成功在军中的活动，似乎他这段时间都留在家乡。实际上，江日升的记载可能有不少遗漏。郑成功因母亲翁氏于上年秋天从日本接回福建南安，他思母心切，又听说翁氏患病，请求给假一个月回安平镇探亲。隆武帝为照顾其母子团聚，在六月间同意了他的请求，但这个月初清军已经大举攻入浙东，形势骤然紧张，因此限以时日，并且让他顺便在漳州、泉州二府招募兵将，赶回行在延平。郑成功探望母亲以后，虽然未必招募了多少兵将，但他本人确实返回了抗清前线。据王忠孝的记载：他应隆武之命，“八月抵福京，晤诸公，商榷时艰。望后（十五日以后）登舟溯流而上。距行在（指延平）仅二程，清骑已乘虚而入。赐姓公（郑成功）交锋不利，率师南下，遇余于舟次，语余曰：‘上已先四日行，剑南皆北骑，公将安之？’因拉余旋福京，订举事”。
可见，至少从隆武二年正月起，郑成功一直亲履戎行，参与了许多军事指挥活动。这为他后来独树一帜，领导东南沿海声势浩大的抗清活动奠定了基础。
据史籍记载，郑芝龙从安平前往福州时曾经派人叫郑成功同行。成功拒不应命，回信说：“从来父教子以忠，未闻教子以贰。今吾父不听儿言，后倘有不测，儿只有缟素而已。”他在叔父郑鸿逵支持下，带了一支数量不多的军队前往金门。郑芝龙自投罗网以后，清军立即背信弃义地攻入安平镇，大肆抢劫淫掠，成功的母亲翁氏也被奸污，愤而自缢，其时为十一月三十日。郑成功闻讯，痛不欲生，更坚定了武装抗清的信念。清兵饱掠而归后，他回到安平，料理了母亲的丧事，用黄金铸造了一尊翁氏坐像，饰以珠宝，朝夕上供。从此开始了他独当一面的长期抗清斗争。有的文献记载了这样一个故事：成功“携所着衣巾，焚于南安文庙，仰天唏嘘，曰：‘昔为孺子，今为孤臣，谨谢儒服，惟先师昭鉴！’再拜而去。与所善陈辉、洪旭等九十余人，收兵南澳，得数千人”。
阮旻锡《海上见闻录》（定本）记：1647年“时赐姓谋举义，而兵将战舰百无一备，往南澳招募。闻永历即位粤西，遥奉年号，称‘招封大将军罪臣’，有众三百人，于厦门之鼓浪屿训练，委黄恺于安平镇措饷。识者知大可与有为，平国旧将咸归心焉”。“八月，以洪政、陈辉为左右先锋，杨才、张进为亲丁镇，郭泰、余宽为左右镇，林习山为楼船镇。进兵攻海澄，扎祖山头。数日，援兵至，洪政中流矢，与监军杨期潢俱死之，遂退兵。会定国公进攻泉州，列营桃花山。清提督赵国祚率数百骑冲营，张进、杨才迎战；定国遣林顺等夹攻，大破之。另遣水兵破溜石炮城，斩参将解应龙，军声大振。泉绅郭必昌之子显欲内应，国祚杀之，灭其家；并系故相黄景昉等。国祚酷虐，泉民不敢喘息。九月，漳州副将王进率兵来援，围解。”这一战役在清福建提督赵国祚（时驻于泉州）顺治五年八月初六日揭帖中也说道：“至六月间，建宁失守，汀、漳梗阻，延、邵悬绝，福、兴警报鲜闻。而泉州又有投诚郑芝龙胞弟郑鸿逵伪称定国公、郑芝豹伪称澄济伯，其子郑成功伪称朱姓，兼郑氏亲戚各称贼首文武等衔，俱不思天命久归真主，妄冀恢复。……”八月，郑鸿逵等乘船而至，“联络山寇”进攻泉州。九月初三日攻克溜石，防守参将解应龙等官兵溃亡。二十一日，赵国祚密调漳州副将王进抵泉州，内外夹击，郑军失利，二十八日收兵乘船入海。
郑成功和叔父郑鸿逵等人坚持抗清，同郑芝龙选择了截然相反的道路。初期，他们的力量并不大，经过同清方的反复较量，把东南沿海地区的抗清势力汇合成一支劲旅。郑成功也逐步崭露头角，成长为明清之际杰出的统帅。
清军占领浙东、福建，郑芝龙降清以后，原先唐、鲁对立的局势随着发生了很大的变化。隆武朝廷既然已经不复存在，一些不愿投降清朝的文官改奉鲁监国。清政府以为把郑氏集团的头子郑芝龙控制在自己手里就可以使福建诸将听命于己，这个目的也只部分地达到，如施福、洪习山、黄廷、施郎等人归附了清朝。郑氏集团内反对降清的势力也大有人在，郑芝龙被诓骗挟往北京更使他们心怀疑惧。在群龙无首的情况下，郑系将领一时分崩离析，自寻出路。郑芝龙的老部将林察在福州即将失守时率兵保护续封唐王朱聿乘船逃往广州，成为绍武政权的主要军事支柱。郑芝龙的弟弟郑鸿逵、长子郑成功当时实力和地盘都很小，却志不稍减，致力于招兵置船，恢复海上雄风，他们打的旗号是业已被清军俘杀的隆武帝。郑芝龙的旁系势力郑彩、郑联、杨耿等人则转而改奉鲁监国。
1646年（顺治三年、鲁监国元年）六月，鲁监国朱以海在张名振等保护下乘船渡海到达舟山。驻守在这里的肃虏侯黄斌卿借口自己是隆武朝廷所封，不承认鲁监国的合法性，拒绝朱以海进城。鲁监国在舟山群岛上借住了两三个月，大学士孙嘉绩就病死在这里。九月间，据守金门、厦门一带的永胜伯郑彩、定波将军周瑞带领舟师四百艘来到舟山，见朱以海处境困难，决定把他迎往福建。十月二十五日从舟山出发，十一月二十四日到达厦门。这时，郑芝龙已经由安海赴福州博洛军前投降，派人通知郑彩献出鲁监国向清廷请赏。郑彩不愿降清，他担心鲁监国的安全，就把朱以海藏起来，另找一个相貌类似的人充当替身，叮嘱部将如果郑芝龙命人来抓鲁监国，就把这冒充的人缢死，蒙混过去。幸好，郑芝龙到福州后很快就被清军胁迫北上，顾不上捉拿鲁监国，朱以海才得以在郑彩军驻地安顿下来。
从1647年（顺治四年、永历元年、鲁监国二年）开始，尽管东南沿海抗清武装中还有郑鸿逵、郑成功、黄斌卿等人以尊奉业已不存在的隆武朝廷为名，拒不接受鲁监国的领导，但大多数文官武将和浙江、福建绅民都以鲁监国作为抗清复明的旗帜。当时，清军满洲主力博洛已率部返回北京，东南兵力薄弱；抗清运动在鲁监国领导下风起云涌，取得了一系列胜利。这年正月，鲁监国在长垣誓师，“提督杨耿、总兵郑联皆以兵来会。进郑彩为建国公、张名振为定西侯，封杨耿为同安伯、郑联为定远伯、周瑞为闽安伯、周鹤芝为平夷伯、阮进为荡胡伯”；“加东阁大学士熊汝霖太子太傅，司票拟”。朝政军伍初步就绪后，即着手收复失地。正月内，周鹤芝部收复海口，派参谋林龠舞、总兵赵牧防守。二月初一日攻克海澄，次日攻漳平，失利；初三日清方援兵来到海澄，明军退至海上。初五日，攻克漳浦县，任命洪有文为知县；五天后，清兵来攻，漳浦失守，洪有文死难。四月，清兵攻陷海口，林龠舞、赵牧战死，周鹤芝引兵退保火烧岙。六月，明军攻漳州，再度失利。
七月，鲁监国亲征，号召各地绅民起义，一时远近响应，义军飙发。七月初四日郧西王朱常湖、王祁、李长蛟等人带领义军攻克建宁府，击毙清朝总兵李应宗、副将曹胤吉，擒杀清知府高简等人。这支义军连克建阳、崇安、松溪、政和、寿宁等县。清浙江福建总督张存仁接到建宁失守的消息，向朝廷报告福建“遍海满山，在在皆贼”，他唯恐闽浙路断，于七月下旬带领马步官兵一千名星夜兼程赶赴扼据浙闽咽喉的浦城。八月初九日明军进攻浦城，被张存仁部击败，义军首领李长蛟和兵部右侍郎杨东晟，总兵谢君聘、王印海、张明等阵亡。
但是，福建各地反清复明的烈火仍在不断蔓延。八月，明军攻克连江；十月，收复长乐、永福、闽清、罗源、宁德等县。隆武朝大学士刘中藻也在原籍福安县起兵，攻克县城。十月十三日，另一支义军首领王祁“受伪鲁王伪职，称监国鲁三年号，纠集乡兵”与“伪太师冯生舜”以及陈文达、朱锋等部围攻福宁州，“四面环绕，阅九个月米盐不通”。清分巡福宁道潘映娄见城中粮尽，“士民饿殍过半”，被迫在1648年（顺治五年、鲁监国三年、永历二年）二月初五日出城“讲和”。“有伪巡按吴明中资鲁王敕印入城，升涂登华为振威伯，潘映娄为太仆寺少卿，章云飞为桓武军门，宋若苏为兵部员外，在各官衙门开读。王公哲疑各官受职，随遣伪标官陈功、赖天成带贼三百余人进城探听，本夜被涂登华、章云飞召至察院前假言犒赏，一时尽杀。西路贼首陈文达等见王公哲贼众被杀，遂往福安请刘中藻主盟。中藻与生舜俱至江边地方扎营，称隆武四年号。城内各官分守四门。章云飞出城打仗，云飞兵败，在松山地方下船，张时任被刘中藻获剐，方国庆被杀。四月初五日，涂登华兵寡粮尽，开南门走至南屏地方为中藻追获，收在衙门内；潘映娄亦从南门出城，兵阻复回，至太平台被西路贼首卢守谱兵捆获，解到冯生舜营，亦收入衙内。……”明军遂占领福宁州。
1647年七月，明同安伯杨耿领兵一度收复平海卫。清朝援军赶到后，杨耿兵主动撤退，平海卫的老百姓惨遭屠杀。与此同时，兴化府（府治在莆田县）绅民王继忠、王时华、吴永宁、林孟、林淑德、游慎行、梁鼎钟、林兰友、周霑等纷纷起兵抗清。八月，围攻府城莆田。十一月，清福宁道彭遇引兵来救，义师大败，周霑、梁鼎钟、游慎行、林淑德战死。彭遇打算乘胜搜山追剿，福建巡按御史周世科因为省会福州也遭到义师袭击，撤回大部兵力。义师趁机再次围攻莆田，双方相持到1648年（顺治五年）春天，彭遇和兴化总兵张应元多次派兵出城作战，都被义师击败。城中原有居民二十七万，因长期受困大批死于饥饿和杀掠，只剩下三分之一。正在这时，原隆武朝大学士朱继祚从北京回到原籍福建兴化（朱继祚在顺治三年冬同郑芝龙一道被博洛挟送北京，郑芝龙一直被扣留，朱继祚被准许回籍），义师首领前来探听消息。朱继祚心不忘明，为了洗刷自己曾向清朝屈膝的羞耻，当即表示支持复明义师，给他们鼓舞打气道：“北方方乱，何能及我，且仙霞之路已绝，诸君何患？”他还派人秘密进城劝说彭遇反正。彭遇受困数月，业已束手无策，就同朱继祚约定在闰四月十七日夜间举兵内应。届时，彭遇指挥手下亲信马兵三十名、步兵数百名突然袭击兴化总兵张应元部，张应元被打得措手不及，带着残兵败卒乘夜逃往仙游县；次日晨，朱继祚带领义师进城。
到1648年（顺治五年、永历二年、鲁监国三年）上半年，以鲁监国为首的明朝义师已经收复了闽东北三府一州二十七县，省会福州几乎成了孤注。监国朱以海亲临福州城外的闽安镇指挥攻城。南明君主之中，朱以海是比较勇敢的，监国绍兴时敢于到钱塘江前线犒劳军队；这次在福州未克的情况下能够驻跸于闽安镇；后来在清军三路进攻舟山时又能亲领舰队出海迎战，比起隆武帝朱聿键“亲征”而踌躇不前，永历帝的望风逃窜，确实值得称赞。史载在鲁监国亲征的鼓舞下，福建“义师起，八郡同日发”；福州城里的清朝官员由于“四方俱起，城中坐困。兵马日出于掠，家甲戒严，不时查点。不在者便为通贼，多一人即为奸细。其令十家连坐，人人重足”；城内饿死“十之八九”，“城外皆义师营头千种，皆禀监国鲁王令。农夫渔翁俱任都督，衣穿袄袯，腰系印绶。至村妇、化僧亦受职衔掌兵。城中饿夫逃出者，悉隶其籍。若无引证，即以为奸细，杀之。或带有防身余物，即时掠尽”。清朝浙江福建总督陈锦在一份奏疏中诉苦道：“我国家定鼎以来，干旄所指，无不披靡，未有如建宁之贼死守难攻者。类而推之，可知闽省之贼非懦弱而易剿者。今建府一城之贼虽除，其余属县以及延平府属漫山遍野，无处非贼。若福州以上各府尚梗阻无耗，见在侦剿，大约处处皆然也。……况漳、泉逼临大海，犹贼类出没之乡；江西见在叛逆，更贼党通联之处。……故闽省虽云已入版图，较之未入版图之地，尤难料理。”
由于各地义师自行署衔，造成官职紊乱，礼部尚书兼通政司吴钟峦不得不上疏给鲁监国要求申明职掌，加以整顿。疏中说：“远近章奏，武臣则自称将军、都督，文臣则称都御史、侍郎，三品以下不计。江湖游手之徒，则又假造符玺，贩鬻官爵。偃卧邱园，而云‘联师齐楚’；保守妻子，而云‘聚兵数万’。请加严核，募兵起义者，则当问其册籍花名；原任职官者，则当辨其敕书札付。”这固然反映了当时龙蛇混杂的状况，更重要的是说明了福建各地抗清运动的汹涌澎湃。
浙江的情况也很类似。查继佐记载：鲁监国“建旄海表，戊己（1648—1649）之间，内地持仗倡山谷者，咸使人间道浮海报职事。王又时时驰敕书潜通山谷诸部，而宁（波）、绍（兴）一带义奋尤烈。凡城以内皆清兵也，负郭二三里外无不奉鲁朔者，旌旗相望，舳舻袤接，富者贡粻粮，贫者效筋力，城中不敢问。乡之人有以其实微告清，则立碎之。间敦请素行廉干者使佐事，虽谨畏不敢不听。远近数百里顶帻缝掖如故，清但固扃关门静而待之。而浙以西则自天目诸山无下数千部”。
福建、浙江各地百姓的纷纷起来抗清，主要原因是清朝统治者以征服者自居，推行一系列暴政。顺治五年四月浙闽总督陈锦在一份奏疏中说：“切闽浙士民质本脆弱，亦易治而易安者。故王师所到，率土皆宾，兵不血刃，而地方大定。今反侧时见，处处弄戈，其乱萌不过各地方一二戎首纠集亡命，威逼愚民，顺之则亲如手足，逆之则焚其庐舍，毁其室家，使民无所归，此戎首逼民为贼也。更有地方民牧抚绥无法，而朘削横加，差徭繁重，而敲朴不已，民不安生，遂铤而走险，此官吏逼民为贼也。又防剿官兵以守土为名，暴虐过甚，居其室而掠其野，少不遂欲，鞭挞滥施，至经过之处，任意摧残，民若畏避，即拆屋舍，毁器具，靡所不至，斯民无地可安，不得不行从贼，此官兵逼民为贼也。害民之事有三，而利民之事全无，贼用是滋蔓矣。”陈锦身为清朝总督，自然把地方不靖的原因首先归咎于明方，但他不能不承认清方接管浙江、福建以后“利民之事全无”，文官武将巧取豪夺，无恶不作，以致官逼民反，兵逼民反。这以后，清政府采取了一些安抚措施，情况才有所好转，即所谓“是后，清招抚之令下，解散十六七矣”。
事实表明，闽浙各地百姓迫于清朝暴虐统治，如火如荼地掀起反抗斗争，鲁监国朱以海不失时宜地组织抗清，颇有一番作为。特别是1648年江西、广东相继反正，整个南方的抗清运动一度进入高潮，南明复兴的形势相当可观。
然而，复明各派势力之间的钩心斗角，互相倾轧，终致坐失良机，使清廷得以凭借有限的兵力各个击破。郑彩拥戴鲁监国，实际上是重演郑芝龙操纵隆武帝于股掌之上的故伎。1648年（顺治五年、鲁监国三年）正月十七日，他悍然击杀大学士熊汝霖。义兴侯郑遵谦愤慨不平，郑彩又命部将吴辉诱擒遵谦，迫使他投海而死。鲁监国对郑彩的跋扈自雄、擅杀大臣极为不满，史籍记载他得知熊汝霖、郑遵谦遇害后，“大怒曰：杀忠臣以断股肱，生何益耶？欲跳水死。左右与彩力劝止，遂究首谋十余人磔之”。这不过是表面文章，对朱以海略事安抚而已。查继佐记载郑彩擅自杀害大学士熊汝霖之后，“阁部钱肃乐等请罢朝谕祭，监国畏彩，不果行”。郑遵谦被逼投海而死后，“监国闻之为泣下，辍朝五日，不敢问”。总之，鲁监国受制于郑彩无疑是事实。他任命兵部尚书钱肃乐接任大学士，负责朝政票拟。事情并没有了结。郑彩对大学士刘中藻收复福宁心怀妒意，不仅不予支持，反而出兵“掠其地”。钱肃乐在给刘中藻的信中对郑彩的行径多有指责，被郑彩侦知，故意向肃乐引述其信中之话，肃乐大惊，于1648年五月呕血而死。
当鲁监国为首的浙江、福建各地抗清运动处于高潮时，清廷于1647年（顺治四年）十一月派遣礼部侍郎陈泰为靖南将军，率领梅勒章京董阿赖（东阿来）、刑部侍郎李延龄以及李率泰、济席哈、祖泽远诸将统兵南下福建，配合浙闽总督陈锦的军队大举反攻。鲁监国政权内部既因郑彩排斥异己不能团结对敌，在泉州、漳州一带活动的郑鸿逵、郑成功军固然牵制了一部分福建清军，却以拥戴不复存在的隆武朝廷为名拒绝同鲁监国合作。1648年三月下旬，清军进攻建宁，城中粮食不足，郧国公王祁“丐粟于国姓成功，允而不发”。“国姓成功以奉桂朔专，不赞鲁一矢，亦二其从弟建国彩，兵不逾洛阳桥之北”。清陈泰、陈锦等部满汉军队于三月二十九日包围了建宁，凭借优势兵力发起猛烈攻击，到四月初四日占领该城，明郧西王朱常湖、国师王祁等死于乱军之中。同月，清援闽主力进入省会福州。明大学士刘中藻领导的义师一度声势颇盛，曾经先后攻克福建的福安、罗源、宁德、政安和浙江处州府属的景宁、庆元、云和、松阳等县，也被优势清军击败，刘中藻自杀殉国，所复州县重新落入清军之手。
鲁监国在形势恶化的情况下，于1649年正月移驻闽、浙交界的沙埕。六月，定西侯张名振攻克健跳所；七月，鲁监国移居该地。一度威福自操的建国公郑彩因为郑成功袭击其弟郑联，占领厦门，向鲁监国上表求救。忠于朱以海的诸将深恶其人，乘机击破郑彩余军。郑彩从此一蹶不振，后来请郑芝龙的母亲黄氏代为疏通，郑成功才让他返回厦门闲住，终老于该地。
鲁监国收复福建的战略意图既已失败，几乎没有立足之地。当时，黄斌卿据守着舟山群岛，有割据自雄之意。史籍中说他“怯于大敌，而勇于害其同类”。对于因兵败移驻舟山的鲁监国文官武将不仅无恤怜之义，反而乘人之危，派兵攻杀，掳掠其财物，收编其军队。如巡抚荆本彻、户部尚书朱常淁、总兵贺君尧等都惨遭毒手；兴国公王之仁携家属辎重来避难，遭到他的偷袭后极为愤慨，自行赴清方请死。由于他遵奉隆武帝，朱聿键对他多少有点纵容，《思文大纪》记，“上闻威虏伯黄斌卿杀□□荆本彻，曰：本彻虽非贼寇，乃尔骚扰地方，民恨实甚，杀了便罢；所招降将士，善为约束，勿令流毒，致重民怨”。黄斌卿自以为得计，更把舟山群岛看作自己的禁脔，对忠于鲁监国的定西侯张名振、荡胡伯阮进、平西伯王朝先等部多方排挤，引起诸将的公愤。当时，鲁监国驻于健跳所，这里只是浙江临海县濒海的一个小地方，很难立足。鲁监国及其随从实际上经常住在船上，以防不测。即如黄宗羲所说“以海水为金汤，舟楫为宫殿”，“御舟稍大，名河船，其顶即为朝房，诸臣议事在焉。落日狂涛，君臣相对，乱礁穷岛，衣冠聚谈”，景象是相当可怜的。1649年（顺治六年、鲁监国四年）九月，张名振、阮进、王朝先合谋决定以舟师护送鲁监国移驻舟山。对于鲁监国的到来，黄斌卿自然是极不情愿。他借口自己是隆武帝封的官爵，不便接待鲁监国；又“以地窄粮寡为辞”表示难于供养鲁监国属下官兵和他们的家属。在这种情况下，只有诉诸武力了。黄宗羲记：“朝先遂与名振、阮进合谋，上疏监国。有旨进讨。斌卿遣将陆玮、朱玖御之，数战数败，求救于安昌王恭榥、大学士张肯堂，上章待罪：‘所不改心以事君者，有如水。’又议和于诸营曰：‘彼此皆王臣也，兵至无妄动，候处分。’九月二十四日，胥会于海上。初皆安堵，已而陆玮、朱玖背约出洋，阮进等疑斌卿之逃也，纵兵大掠，斫伤斌卿，沉之水中，二女从之死。”任光复的记载是：“己丑秋，王朝先取粮温、台，斌卿标将黄大振得罪逃，诳朝先曰：‘将军家口及标属尽被本爵（指黄斌卿）所抄没，以将军久假不归，有怀二心故也。某以苦谏获戾故出亡耳。’朝先蓄恨已非一日，遂厉兵誓师揭奏斌卿逆恶罪状。王命朝先、阮进水陆并进。名振泣谏曰：‘臣与斌卿联姻，路人所共知，今以朝先一言而加兵问罪，臣日待罪左右，其如物议何？’俯伏不已。王因手敕和解之。朝先得敕，先致温旨以缓其备。仲冬（十一月）二十一日，朝先兵逼斌卿舟。斌卿备香烛，著冠服，手捧来旨大言曰：‘圣上有旨，谁敢？谁敢？’时安昌王恭榥、义阳王朝??、锦衣李向荣俱环坐。顷之，旗鼓尹明以诈禀投见，挥刃斩斌卿，沉之舟侧。其弟孝卿及家属尚在，匍匐江滩。任颖眉差兵救之，令舁入名振府第。寻迎鲁王至舟山，以参将府作行在。”这里列举的只是两种有代表性的记载，在其他史籍中具体情节常有出入。就当时形势推断，张名振是这一事件的主谋大概是没有问题的。在袭杀黄斌卿之后，黄部兵将一度出现混乱，张名振宣布“监国之来，代唐恢复，肃鲁（虏）原部自应协力”。接着，又以监国的名义以礼祭葬黄斌卿，优养其家属，对黄斌卿旧部加以安抚，将校一体升赏，无分彼此。这样，终于稳定了舟山局势，使鲁监国政权有一片存身之地。查继佐写道：“是役也，名振实忠诚，苦欲安监国，为此密计。”这一论断比较公允。
鲁监国在舟山站住了脚，重新整顿朝政。他派出使者敦请原隆武朝吏部尚书张肯堂为大学士，吴钟峦继续担任礼部尚书，孙延龄为户部尚书，朱永佑为吏部左侍郎主管文官铨选，李长祥、张煌言为兵部右侍郎，徐孚远为国子监祭酒，任廷贵为太常寺卿，其他官职也做了安排。从这时起到1651年（顺治八年、鲁监国六年），舟山群岛成为鲁监国领导下浙东抗清武装活动的中心，牵制了东南地区大量清军，为郑成功部在福建沿海的扩展创造了有利条件。