1647年八九月间泉州战役，郑成功还是以定国公郑鸿逵的助手身份参战的。战败返回安平以后，他加强了自身力量的积聚，广泛招募文武人才。在他的感召下，原浙江巡抚卢若腾、进士叶翼云、举人陈鼎等相继而来。郑成功对他们礼敬有加，待如上宾，每遇重大事情都征求他们的意见，逐渐形成了一个政治上参与决策、联络各地抗清势力和治理地方的文官幕僚班子。同时凭借他在隆武朝廷内的地位和郑芝龙的旧关系，招集兵将，不断扩大自己的军事实力。
郑成功的部将主要来自四个方面：一是跟随他起兵的少数将领，如洪旭等人；二是福建沿海应募而来的有志之士，如海澄人甘辉、漳浦人蓝登等；三是跟随郑芝龙降清，拨归佟养甲、李成栋部下进攻两广，1648年李成栋反正后由粤返闽的将领，如施琅（当时名施郎）、洪习山、黄廷等；四是清方派驻东南沿海的少数仍怀故国之思的将领自拔来归。郑成功对于这些不同出身的将领大体上能做到一视同仁，唯才是举，特别是在军事组织上做了精心的改编，防止了将领拥兵自雄、飞扬跋扈的局面。这是他总结了弘光、隆武以来朝廷姑息养奸教训而采取的坚决措施。正是由于建立了极为严格的军事组织和纪律，郑成功才成为一位真正的统帅，而不是虚有其名的盟主。
郑成功不仅在选拔和驾驭将领上著称于世，而且非常注意练兵。他冷静地估计到己方所长是海战，然而要同优势清军作战，收复失地，必须训练步兵和骑兵。由于东南沿海缺少马匹，郑成功在组建骑兵时受到很大的限制，这是他后来同清兵作战中往往失利的一个重要原因。郑成功的严格训练海上水师是人所共知的，厦门鼓浪屿上的日光岩就因他当年雄立山顶检阅舟师而传颂至今。但是，作为一位雄才大略的统帅，他知道要恢复失地必须凭借陆战，所以他组建了许多以陆战为主要任务的营、镇，“朝夕操练部伍阵法”。
郑成功的军需供应一直是史学界关心的问题。因为他的兵力控制的地区仅限于沿海岛屿和小片滨海地区，靠当地的物力、财力肯定支持不了他的日益扩充的军队（最多时达几十万人），维持一支这样庞大的舟师和陆战部队，还要养活官兵家属，需要巨额的银钱、粮食、木材、铜铁和火药等物资。要同据有全国大部分地方的清廷抗衡，他不能不尽量扩充军队。那么，后勤支援是怎样解决的呢？大致来说，郑成功的军事供应来自三个方面：一是他继承了郑芝龙开创的海外贸易的垄断地位，充分利用自己在海上的优势，把内地的出口物资通过秘密渠道运往海外，取得巨额利润，这大概是他解决军费的主要办法。由于东南各省已被清军占领，这种对外贸易基本上是以秘密走私方式进行，现存清方档案中的片段材料可以证明其规模相当大，却无法窥知其总额和每年利润的确数。二是在攻占地区征收粮饷，从一些史料来考察，田赋额和因用兵而征发的劳役是相当重的，这固然解决了郑军的一部分燃眉之急，也极易失去民心。郑成功攻占的福建、广东沿海地方往往很快沦陷，这不仅是个兵力对比问题，税役的畸重（有时根本不能算赋税，而是赤裸裸的掠夺）使他难以得到当地百姓的支持。三是福建泉州、潭州一带在承平之时就缺少粮食，要从附近省份运销供应，填补不足，其中相当一部分是从广东潮州、惠州地区转贩而来。郑成功通过海上贸易赚到的利润大抵是白银和其他物资，解决不了军民每天必需的粮食供应，因此他几次出兵潮州，目的主要是搜括粮食。
大致可以说，郑成功从1646年底开始组建自己的军队，到1648年才形成一支对清朝颇具威胁的力量。
1648年（顺治五年、永历二年）四月初十日，郑成功率领部将洪习山、甘辉等进攻福建同安县。清军副将廉彪、游击折光秋引兵出城迎敌，被击败退入城中。十八日，郑军直抵城下，清朝知县张效龄和廉彪、折光秋带着残兵败卒弃城而逃。郑成功入城后出令安民，委任叶翼云为同安知县，陈鼎为教谕，号召诸生起义勤王，劝谕百姓缴纳粮饷。正在这时，原先奉唐王朱聿入广州建立绍武政权的总兵林察从广东逃回，报告了广西、湖广等地拥立永历帝的消息。郑成功举手加额说：“吾有君矣！”排设香案望南而拜，从此遥奉永历正朔。他派隆武朝中书舍人江于灿、黄志高携带表文乘船由海道前往广东，向永历朝廷报告自己在福建沿海抗清的情况，表示愿意在永历朝廷领导下东西配合，共谋复兴。
李成栋反正以后，永历帝由南宁迁回广东肇庆，整个广东都在南明统治之下。按理说，驻于福建铜山一带的郑成功既由虚戴隆武年号改尊永历朝廷，地理位置又非常接近，似乎可以在统一部署下联兵北讨。实际情况并不如此。当时永历朝廷正处于“中兴”时期，留下的记载比较多，却极少提到郑成功。原因在于李成栋系统的将领同随成栋入粤的福建将领之间存在很深的隔阂。成栋反正以前，对郑芝龙的旧部施福、施郎、洪习山、黄廷等人既利用他们冲锋陷阵，又在给清廷的奏疏里把他们贬得一文不值。反正以后，李成栋意气发舒，把广东看成自己的势力范围，奏请永历帝核准把施福等福建兵将遣送回籍。八月，永历朝廷改封武毅伯施福为延平伯，“敕仍回闽恢剿”。闽系将领跟随李成栋反正，不仅没有像成栋嫡系那样因反正有功加官晋爵，反而在遣回福建途中遭到李部将领暗算，企图加以火并收编。如施郎所部“自南雄抵潮郡。适潮将郝尚久者，粤师将也。阳犒师牛酒，而包藏祸心，召诸部阴为图公（指施郎）。公侦知其事，急拔众走饶平，踞守阅月突围出，且战且行，连日夜间关险阻，从弟肇琏、肇序皆随殁军中”，勉强拖到粤闽交界的黄冈镇才得以脱身，投入郑成功部下。永历朝廷内实权人物对郑氏家族旧将既如此蛮横无理，以施福为首的福建将领给郑成功带回的讯息就不言而喻了。
七月，清靖南将军陈泰、浙闽总督陈锦和福建提督赵国祚派军进攻同安。守将邱缙、林壮猷、金作裕与知县叶翼云、教谕陈鼎协力坚守。至八月十六日城破，邱、林、金阵亡，叶、陈被俘，不屈被杀。清兵屠城，“血满沟渠”。郑成功在铜山接到同安告急文书，亲统大队舟师来援，因北风正厉，船行受阻，五天后才到达金门，同安失守的消息传来，他为死难者痛哭遥祭，怅怅然回师铜山。这年福建濒海地区闹大灾荒，一斗米价格近千钱，约为平年的十倍。郑成功和郑彩组织大批船只前往广东高州（今广东茂名）明思恩侯陈邦傅辖地购买粮食，在军事上没有什么作为。直到次年（1649，顺治六年、永历三年）九月，清云霄营副将张国柱御下刻薄寡恩，部下千总王起俸带领几名亲信乘船来铜山向郑成功投降，表示愿意充当攻取云霄的向导。十月，郑成功领军直入云霄港，初十日从白塔登岸，分兵三路：左先锋施郎、援剿左镇黄廷、前冲镇阮引、正兵营卢爵由左而进；右先锋杨才、援剿右镇黄山、后冲镇周瑞、左冲镇林义、右冲镇洪习山由右而进；郑成功自己带领戎旗中军康明、中冲镇柯宸枢、亲丁镇张进由中路推进。清云霄守将张国柱命中军旗鼓姚国泰守城，自己领兵出城五里迎战。初十日午时两军相遇，张国柱被郑军左先锋施郎部下副将施显砍伤，落水而死，兵员溃散，郑军乘势攻克云霄，俘姚国泰。
云霄之战以后，郑成功发兵扼守盘陀岭，自己领军围攻与广东接境的诏安县。清漳州总兵王邦俊乘郑军西下，进攻盘陀岭。二十八日晨大雾弥漫，清军大举突击；郑军抵敌不住，中冲镇柯宸枢阵亡。败讯传来，郑成功被迫放弃围攻诏安的计划。这次战役双方都损兵折将，控制区也没有什么变化。但郑军得到了王起俸、姚国泰两员擅长骑射的将领，成功任命王起俸为铁骑镇（不久改为正兵镇）“教以学射，教以骑马”，开始组建陆战的骑兵，这对郑军后来的发展起了一定积极作用。
1649年（顺治六年、永历三年）前后，郑鸿逵、郑成功军同广东郝尚久部争夺潮州之战，是南明史上的一次内讧。郝尚久是李成栋的部将，入广后奉命镇守潮州。1648年李成栋反清归明，郝尚久也随之反正，永历朝廷封为新泰伯。按理说，潮州紧接郑氏家族占领的铜山、厦门一带，本应共赴国难，联军恢复福建。可是，南明的派系矛盾使这一前景归于幻灭。江日升记载，李成栋反正后曾经上疏建议“速当发诏通成功，连兵恢复”，永历帝也曾为此颁发诏书。郑成功叔侄却垂涎于广东潮州一带产粮区，早在1648年（顺治五年、永历二年）四月，郑鸿逵就率领舟师三千余名来到潮州府属的揭阳县征粮收饷。这正是李成栋反清复明的时候，双方的摩擦日益加深。郑成功曾经派杨乾生为使者致信潮州总兵郝尚久，遭到断然拒绝。郑成功信中究竟提出了什么要求，未见明确记载，估计是以“连兵”为由要求入驻该府。郑氏集团觊觎潮、惠由来已久，定国公郑鸿逵和郑成功急于解决粮饷来源问题，原先随李成栋入广的郑芝龙部将施福（又名施天福）等人又因长期受到李成栋等“北人”的歧视，一直耿耿于怀，纷纷怂恿郑成功夺取潮州，以泄私愤。杨英的一段记载透露了其中委曲：
时武毅伯施天福同黄海如来见，藩（指郑成功）令天福典兵柄；辞以老，从之。谓海如曰：“我举义以来，屡得屡失，乃天未厌乱。今大师至此，欲择一处，以头（？）练兵措饷之地，必何而可？”海如曰：“潮属鱼米之地，素称饶沃，近为各处土豪山义所据，赋税多不入官，藩主策而收服之，藉其兵□而食其饷，训练恢复，可预期也。”藩曰：“我亦思之，但潮邑属明，未忍为也。”时参军藩□□言曰：“宜先事入告，然后号召其出师从王，顺者抚之，逆者讨之。”……
这段记叙反映了郑成功出兵广东时的矛盾心理，既“思”夺取这块“素称饶沃”之地，又因该处已“属明”不“忍”下手。那位参军建议“先事入告”（即报告永历皇帝），然后“名正言顺”地取之。这在实际上根本行不通，无非是为打内战找一个自欺欺人的借口。永历皇帝当时在很大程度上是依附于反正过来的李成栋等“东勋”，不论郑成功以什么理由上疏朝廷要求把成栋部将控制下的潮州转交给自己，永历朝廷绝不会同意。尽管如此，郑鸿逵和郑成功在1649年到1650年多次出兵广东，除击败盘踞潮州沿海达濠埔等处的许龙、张礼等“不清不明”的地方武装外，主要目的是同郝尚久争夺潮州府。1649年（顺治六年、永历三年）八月，郑鸿逵舟师与郝尚久军交战于揭阳，互有胜负。“十二月十七日，郑成功亲率林胜、杨才、黄山、施信、杨勇、洪进、阮引、康明、甘辉、黄凯、史朝纲、潘加钟、林期昌、林翰、颜尚通、萧武、戴彰、翁文贤等共二十四镇至揭，每镇五百人，大举入潮”，与郑鸿逵会师。郑成功明知郝尚久镇守下的潮州府已属南明永历朝廷，“彼尚借明号，岂可自矛盾”，却故意制造事端，擅自派遣军队到处搜刮粮饷，遇有“不服输将”者就“声罪致讨”，攻城破寨，俘掠百姓。郝尚久见郑军在自己的管辖区内如此胡作非为，愤而出兵阻拦。郑成功就乘机宣布“郝虏助逆，加兵擒而灭之，师出有名矣”，肆无忌惮地大打内战，先后占领了潮州府属的海阳、揭阳、潮阳、惠来、普宁等县，并在1650年（顺治七年、永历四年）六月间包围了潮州府城。
永历朝廷对郑成功的挑起内衅显然是不赞成的，但又无可奈何。鲁可藻在记载永历四年（1650）八月朝廷给“东勋”（李成栋部将）杜永和、张月、李元胤、张道瀛、郝尚久、李建捷、罗成耀、马宝晋封侯爵一事时，对郝尚久评论道：“尚久则未尝有事，虽朱成功围困潮城，乃穴中之斗，难以言功。”九月，朝廷派中书舍人陆漾波以监军给事中名义“捧敕回潮州，谕解朱成功、郝尚久之争”。
就在郑军争夺潮州府的时候，清尚可喜、耿继茂军由江西南下，于1650年二月进抵广州城下。三月，镇守惠州府的明奉化伯黄应杰、惠潮道李士琏剃发降清。尚可喜等派尚奇功、白万举二将往惠州“协守”。郝尚久镇守的潮州西面已归附清朝，与永历朝廷隔绝；东面又遭到“遥奉永历”的郑成功军的进攻，他一怒之下同潮惠巡道沈时决定叛明降清。六月二十五日派戎旗游击刘清正等赴福建漳州请清兵来援，同时向清平、靖二藩递上降表请援。尚可喜和耿继茂当时正顿军于广州坚城之下，无兵可派，转檄福建漳州总兵王邦俊出兵援潮。王邦俊当即率师入潮，会同郝尚久击败郑成功，迫使郑军退回福建铜山。
就事实而言，郑成功、郑鸿逵进攻潮州是极失策略的，它加速了清军侵占广东全省的过程。郑氏集团鼠目寸光，只知从自身利益出发，想夺取已属于南明永历朝廷的潮州府，借以解决粮饷问题。结果是鹬蚌相争，渔翁得利，迫使郝尚久把这块富饶之地献给了清方。郑成功以铜山、南澳一带为基地，背靠永历朝廷管辖区，如果以大局为重，西连两广，北连舟山，南明各派抗清武装气脉相通，可以有一个全盘的复兴计划。至于粮饷困难，郑成功本可上疏请求永历朝廷拨给或经正当途径到潮、惠等地采购。郑氏志不在此，一心想在南明政权内部扩张自己的领地，终于导致大局逆转。某些史著把郑成功1649—1650年潮州之役归入抗清范畴，显然不正确。
1650年（顺治七年、永历四年、鲁监国五年）七月，郑成功从广东败回，没有实现以潮州为基地的愿望。在兵力上，他已经在郑氏集团中崭露头角，拥有的地盘却小得可怜。郑成功暗自决心首先要像他的父亲郑芝龙一样成为郑氏集团公认的霸主。这年八月，他带领舟师向厦门（当时的名称是中左所）进发，趁建国公郑彩引兵外出、厦门只有郑彩之弟定远侯郑联据守的机会，袭取该岛。他采纳施琅的建议，以亲亲通好为名，先给郑联送去稻米一千石，要求郑联让自己的军队登岸。郑联正因为缺粮发愁，又认为成功毕竟是自家人，爽快地答应了。八月十五日，郑成功军全部到达厦门，突然将郑联部士卒缴械，随即捕杀郑联。郑联的部将陈俸、蓝衍、吴豪等人都被收编。郑彩部下将领杨朝栋、王胜、杨权、蔡新等人也在郑成功的招徕下，渐次来归。郑彩失去了兵权，归老于家。
郑成功吞并了郑彩、郑联兄弟的兵将、船只，又取得厦门一带具有战略意义的岛屿，实力大大增强，从而改变了郑芝龙降清后原郑氏集团各自为政的局面。由于兵员激增，粮饷的来源成了他面临的首要问题。正在这时，郑成功得到广东传来的消息，惠来县失守，“潮阳山贼复起，不服追征”。他的叔父定国公郑鸿逵在潮州地区筹集粮饷由于赋额太重，引起百姓的反抗，又受到优势清军的压力，已经陷入困境。这年（1650）十月，郑成功决定亲自带领主力前往潮州，留堂叔郑芝莞率领阮引、何德部水师、蓝登部陆师守御厦门。
1651年（顺治八年、永历五年）正月，郑成功军到达广东南澳，郑鸿逵引兵来会。两人商议后决定鸿逵回厦门，部众交成功统一指挥攻取潮、惠。当时，清平南王尚可喜、靖南王耿继茂藩下的军队已经基本上控制了广东的局势，郑成功的舟师可以称雄于海上，但陆战较弱，征取粮饷必须占领较大的地方，而且需要较长的时间才能实现。左先锋施琅认为厦门初定，主力远征清方兵力较强的地方，有可能变生意外。他知道郑成功性格刚强，不敢直说郑军同闽、粤两省清军相比兵力处于劣势，更不便以疏间亲地说郑成功的叔父未必能保住厦门，于是，他面见成功时假托自己头天夜间做了一个梦，预示出师前景不利，请郑成功慎重考虑。郑成功并没有听出施琅弦外之音，认为他白日说梦，心存胆怯，阻碍自己的战略部署。当即下令把施琅的左先锋印和部下兵将移交副将苏茂掌管，让施琅随定国公郑鸿逵一道回厦门。
三月初十日，郑成功舟师进至大星所（今广东平海海口），伙兵上岸砍柴，被清兵和当地百姓赶走。成功大怒，传令扎营，进攻大星所城。部将万礼奉命阻击惠州来援的清军，在龙盘岭伏击得胜，全歼惠州来援之敌。十五日，郑军攻克大星所，缴获了城中囤积的一些米谷。
就在郑成功大军由海上进攻广东的时候，清朝福建巡抚张学圣、巡道黄澍、福建右路总兵马得功获悉郑成功主力已经南下，厦门守兵单薄，他们对于郑氏家族垄断对外贸易积累下的巨额财富早就垂涎三尺。三人密议后，于闰二月二十七日调集军队乘坐小船渡海偷袭厦门。守将前冲镇阮引、后冲镇何德被击败，率领舟师撤至金门（浯洲），郑芝莞惊慌失措，乘船逃跑。三月初一日，清军攻入中左所城内，仓促之间成功的妻子董氏带着郑经怀抱祖宗牌位乘小舟逃至郑芝莞船上。寄居厦门的大学士曾樱自杀。清军占领中左所后，把郑氏家族的金银财宝掠夺一空，出征将领的家属也深受其害。除了兵丁抢得少数财物以外，大部分金钱落入了张学圣、黄澍、马得功的腰包。从各种史料来看，这批财物的数量相当惊人，郑成功致父书中说：“掠我黄金九十余万，珠宝数百镒，米粟数十万斛，其余将士之财帛、百姓之钱谷何可胜计。”郑鸿逵在致其兄郑芝龙信中也说：清军“侵掠中左，男女遭惨，不可胜数，宝物黄金，计近百万”。顺治九年（1652）冬，清廷有意招降郑成功，得到报告说郑成功因厦门财产被抢，“借口索债，兴兵结怨”，对抚、道、镇臣瓜分财宝隐匿不奏大为愤慨，把张学圣、黄澍、马得功和巡按御史王应元革职，扭解京师，由刑部、都察院、大理寺三法司会审。张学圣、黄澍、马得功拼死不招，一口咬定城中并无财宝，若有私分情形，“甘愿凌迟处死”。这笔庞大的财富估计当事人用了相当一部分贿赂承审官员，结果三法司议罪时“三四其说”（题本后朱批语），游移不定，最后草率了事。
厦门的失守也反映了郑氏集团同清方的微妙关系。除了这个集团的首领郑芝龙被软禁在北京以外，郑芝龙的母亲黄氏和五弟郑芝豹居住在安海（即安平）老家，处于清方控制区内。张学圣等决定偷袭厦门时，搜集了七十条船，其中郑芝豹提供了八艘。马得功之所以能轻易地攻占厦门自然同郑芝豹有关。三月十二日，张学圣、黄澍到厦门做短暂停留（估计是去同马得功分赃）后，马得功仍留在岛上。这时，郑鸿逵带领从广东返回的部分军队到达厦门，“复将城围住”。马得功向张学圣求援，张派漳州参将冯君瑞领兵六百往援，遭到郑军阻击，不能进城。马得功被困在中左所城内，无法脱身，又估计到郑成功主力回师后必遭灭顶之灾。于是，他派人去安海向郑芝龙的母亲求情，请黄氏写信给郑鸿逵让他网开一面，放清军返回大陆。郑鸿逵碍于母命，除了归还缴获的郑芝豹提供的八艘船外，另派三十艘兵船将马得功及其部众送回大陆。郑鸿逵后来写给郑芝龙的信中谈到这件事说：“泉镇马得功贪恋无厌，尚留岛上，被各舟师重围，三战三北，援绝势孤，乃乞命于弟。弟怜海百万生灵纷纷逃窜，不得安生乐业，姑许其请，遂纵舟全渡人马，使得功生还泉郡，弟之力也。”下文说“大侄”郑成功回师后得知马得功被他放走，非常不满，从此“相见尤罕”。
当使者带来厦门失守的消息时，郑成功大为震惊，部下将士担心亲属安全，“哭声遍闻”，一致主张回师厦门。这里涉及郑成功统军入粤究竟是出于什么目的？跟随他出征的户官杨英特别强调郑成功对永历朝廷的忠心。他在书中记载郑成功对部下将领说：“奉旨勤王，今中左既破，顾之何益？且咫尺天颜，岂可半途而废？国难未报，遑顾家为？”由于“诸镇亦来劝驾回棹，谓三军各怀家属，脱巾亦是可虞。藩无奈，姑南向拜曰：‘臣冒涉波涛，冀近天颜，以佐恢复，不意中左失守，将士思归，脱巾难禁。非臣不忠，势使然也。’挥泪痛哭，三军哀恸。入谕诸将曰：‘班回杀虏，须足粮食，先就近处取粮满载，俟风开驾，何如？’请将曰：‘可。’”后世学者不少人都相信杨英的说法，朱希祖在《从征实录》（即《先王实录》）序中盛赞该书记载郑成功“勤王”事迹之详，“实为成功大增光彩”。其实，杨英对“藩主”事迹的记载有许多溢美掩饰之词，不能轻易相信。顺治八年（1651）春广东省处于清平、靖二藩占领之下，广西的大部分地区也已被定南王孔有德占领，永历帝局促于南宁，朝不保夕，孙可望的军队主要集中于贵州省，郑成功的海师距离永历朝廷的行在相当远，完全不像杨英代郑成功立言所说的“咫尺天颜”。如果郑成功此举目的在“勤王”，就必须同清平南、靖南、定南三藩进行大规模的陆上战斗，郑成功未必有这样大的决心和兵力。1653年（顺治十年）郑成功给郑芝龙的信中说：“儿于己丑岁（1649）亦已扬帆入粤屯田数载矣。不意乘儿远出，妄启干戈，袭破我中左。”郑鸿逵给郑芝龙的复信中也说：“辛卯春（1651，顺治八年），本省抚、镇、道觑大侄屯田于粤，侵掠中左。”可见，郑军的几次进攻广东，包括1649年进攻臣属永历朝廷的郝尚久所据潮州府都是为了“屯田”，即搜括粮饷。1651年的广东之役固然是抗清运动的组成部分，但像杨英那样描绘得栩栩如生志在勤王，根本不符合当时的形势。
三月二十五日，郑成功率舟师从大星所一带返航；四月初一日到达厦门，清军马得功部已逃回大陆。他了解了事情的来龙去脉后，极为愤怒：“引刀自断其发，誓必杀虏。又传令不许芝莞及定国（郑鸿逵）与诸亲相见。曰：‘渡虏来者澄济叔（郑芝豹），渡虏去者定国叔，弃城与虏者芝莞功叔，家门为难，与虏何干？’”郑鸿逵写信请他回中左所城，他派人回答道：“定国公与虏通好，请我似无好意。回报定国，谓不杀虏，无相见期也。”郑鸿逵自知铸下大错，回信说：“马虏之归，盖以吾兄（郑芝龙）身在于清，重以母命故耳。不然，我亦何意何心也？侄有疑吾之言，不亦惜乎？”随即交出全部军队，不再参与成功军事，只留下部分船舶从事对外贸易，自己搬往白沙居住。四月十五日，郑成功扎营于厦门澳仔（据陈碧笙先生考证为今厦门大学校址），召集诸将追查厦门失守的责任。郑芝莞应召而来，成功责备道：“吾南下时，未敢以地方城池付汝，是汝自请水陆拨镇付汝提调，有失依军令。今有何说？”芝莞归罪于阮引未能阻止清军登陆。成功说：“水师未败，而汝先搬物，身已在船矣。”下令推出处斩，诸将跪请从宽处理，成功不听，将郑芝莞斩首传示军中。阮引也被处斩；何德革职，捆责一百二十棍；蓝登免罪。
施琅在清军登上厦门岛形势极为严峻的时候，曾经率领部卒数十人奋力作战；郑成功回到厦门论功行赏，奖给白银二百两。表面上是赏罚分明，可是，郑成功对施琅的傲慢跋扈却怀有戒心。作为一军统帅，郑成功的弱点在于不能充分任人器使，不能容忍下级对他的不尊重。施琅在明清之际确实是一位出类拔萃的将才，但是他在军旅生涯的前期始终没有受到重视。跟随黄道周率军援赣时所提建议被拒不听用；降清后随李成栋入粤又备受压抑；广东反正后转入郑成功部下本想大显身手，却仍受到部分将领的排挤，郑成功也未能发挥其所长。尽管郑成功肯定了他在厦门迎战清军的功绩，却不肯归还他的兵权。施琅在广东时曾经委婉地提请郑成功注意主力西进后后方兵力单薄的危险，郑成功听不得不同意见，解除了他的兵权。在施琅看来，自己在总的用兵策略上提的建议已经被事实证明是正确的，遣回厦门以后又不顾个人安危，奋勇同清兵作战，满心以为郑成功班师归来将恢复自己的左先锋职务。不料，郑成功回到厦门以后，并不让他官复原职，左先锋仍由苏茂担任，而且提升施琅的副将万礼为镇将（即总兵），施琅依旧落职闲住。施琅大为不满，向成功报告自己心灰意懒，想去当和尚，借以探测成功对他的态度。成功不为所动，叫他另行募兵组建前锋镇。施琅见难以挽回，一气之下剃光头发，不再参见郑成功。这时，施琅的弟弟施显任援剿左镇，也对成功的处置不满，双方的矛盾日益激化。
导致郑、施公开决裂的是曾德事件。曾德原先是郑彩部下的将领，隆武年间随郑彩、张家玉入赣，兵败后改守仙霞岭。隆武二年六月因巡按御史尹民兴劾奏他“淫纵多端”，一度解职回京（福京，即福州），以都督杨耿接替。不久，应郑芝龙的请求仍派曾德回守仙霞岭。郑芝龙降清后，曾德似乎不大得志，在郑成功军中受施琅节制。施琅既被削去兵权，曾德为求出头之日，利用过去在郑氏家族军队中的关系投入成功营中充当亲随，即所谓“恃郑氏亲昵，逃于郑所”。施琅听到消息后，大为愤慨，派人把曾德捉回斩首。郑成功“驰令勿杀”，施琅却悍然不顾，“促令杀之”。许多史籍记载郑、施交恶常把曾德说成施琅的“亲丁”“标兵”“标弁”或“从将”“逃将”，并且说他是犯了法逃往郑成功处。这看来是不了解曾德原在郑氏军中地位较高，虽一度隶属于施琅部下，无论犯法与否，也无论施琅是否已经解除兵权，施琅都无权擅自将他处斩。正是因为诸书作者未查明曾德的背景，误以为他只是个一般兵弁，才对郑成功的勃然大怒感到不可理解，似乎是意气用事。郑成功见施琅违令擅杀郑氏旧将，断定他是反形已露，就在五月二十日密令援剿右镇黄山以商量出军机宜为名逮捕施琅之弟施显，同时命右先锋黄廷带领兵丁包围施琅住宅，将施琅和他的父亲施大宣拘捕。施琅被捕后，在一些亲信部将和当地居民的掩护和帮助下，竟然奇迹般地逃到大陆。郑成功获悉施琅已经逃入清方管辖区后，怒不可遏，在七月间把施大宣、施显处斩。施琅得知父亲和弟弟被杀的消息，对郑成功恨之入骨，死心塌地投靠清朝，一意同郑氏为敌。史学论著里对施、郑交恶叙述颇多，这是因为他们是明清双方争夺福建沿海地区和台湾起了决定性作用的两个人物。个人的恩怨有时会改变历史的局部面貌。本书无意于纠缠一些细节问题，只想就大的方面分析一下这两位先后叱咤风云的人物分道扬镳的关键。施琅的一生证明他不愧是一位智勇双全的将领，虽不能说他缺乏政治主见，但他忽明忽清表明他总是以个人的立功扬名置于一姓王朝利益之上，也许可以说“士为知己者用”是他信奉的行为准则。恃才傲物是他性格上的弱点，无论在明朝还是在清朝他都表现出得意时踌躇满志，失意时口吐不满。然而，却从来没有看到他有非分之想的政治野心。对于这样一个人物，完全在于驾驭得当，用其所长，制其所短。熟悉清史的人都知道，后来康熙皇帝对施琅就是恩威并用，深得御将之道。郑成功一直坚持抗清，这同施琅在政治上的反复无常有很大的区别。但他少年得志，性格刚毅，遇事容易冲动，往往凭一时的好恶不计后果地处理问题，缺乏作为统帅人物必需的全局观念。施琅叛逃之后，又株连到他的父亲和兄弟，很难说是明智之举。郑氏家族靠的是海上活动起家，清军不习海战，这是郑军能够长期活跃于东南沿海的重要原因。郑成功处置失当，导致施琅这样一位杰出的海军将领投入清方怀抱，使清廷能够建立一支足以同郑军相抗衡的水师，这对后来局势的发展确实是关系匪浅的。