公元1644年，在中国干支纪年中为甲申年。这一年的历史上充满了风云突变、波涛迭起的重大事件，阶级搏斗和民族征战都达到高潮，又搅和在一起，在中华大地上演出了一幕幕可歌可泣、惊心动魄的场面。拿纪年来说，在明朝是崇祯十七年，清朝是顺治元年，大顺政权是永昌元年。三种纪年代表着三个互相敌对的政权，从此开始了逐鹿中原的斗争。
甲申三月十九日，大顺军攻克北京，明朝崇祯皇帝朱由检自缢身死，当天大顺皇帝李自成进入北京，标志着明朝的覆亡。在短短的两三个月里，大顺政权凭借兵威和深得民心，迅速地接管了整个黄河流域和部分长江流域的大片疆土，统治区包括了现在的陕西、宁夏、甘肃、青海、山西、河南、河北、北京、天津、山东全境以及湖北、江苏、安徽的部分地方。山海关外的明朝军队在平西伯吴三桂、辽东巡抚黎玉田的带领下撤入关内，并且同山海关总兵高第一道投降了大顺政权；清廷乘机派郑亲王济尔哈朗等收取了关外地区，这样就形成了大顺政权同清政权隔关相峙的局面。以崇祯帝为首的明中央朝廷葬身于农民起义的烈火中，并不意味着明朝统治的全面结束。当时，明朝残余势力盘踞的地方还很大。除了张献忠领导的大西军正处于进军四川途中以外，江淮以南的半壁江山仍然在明朝委任的各级官员统治之下，他们自居正统，继续奉行崇祯年号，从这个意义上说，南明的历史是从北廷的覆灭开始的，至于立君继统则是拥明势力内部的事。换句话说，历来的史籍把弘光朝廷的建立作为南明史的开端并不完全准确。
南明史事示意全图
综观甲申三月至四月中旬的全国形势，可以做以下的概括：大顺政权和大西军是农民起义中形成的新兴势力，他们同明帝国一样是以汉族为主体的；区别是明朝残余势力控制的地区内继续维护着官绅地主的封建统治，而大顺军和大西军的领导人虽然已经有明显的蜕化倾向，但尚未达到质变的程度，他们实行的政策基本上仍然是打击官绅地主、保护农民利益。1644年春天和夏初，大顺军所向无敌，占领了包括北京在内的整个黄河流域，这一广袤地区的百姓欣喜若狂。连官绅地主除了极少数死心塌地效忠朱明王朝，绝大多数都认为明朝气数已尽，转而寄希望于大顺政权。长期以来，人们受“成则为王，败则为寇”的传统观念影响，以为官绅地主与大顺政权一直势不两立，这是不完全正确的。事实上自从1643年十月明陕西三边总督孙传庭部主力被大顺军歼灭以后，明朝官绅眼见大势已去，政治态度发生了根本的转变。他们当中的绝大多数人把明亡顺兴看成是历史上常见的改朝换代，为了自身利益纷纷归附以李自成为首的大顺政权。尽管其中有的人争先投靠，希冀跻身于新兴的大顺朝定鼎功臣之列；有的人虽心怀疑惧，但为形势所迫而随大溜。总之，在大顺军被清军击败以前，汉族官绅中的大批文官武将都以投靠大顺政权为唯一出路，而不可能设想去投靠偏处辽东的一个语言、风俗都有很大差异的满洲贵族为主体的清政权。顾炎武《日知录》中有一段话很值得注意：“有亡国，有亡天下。亡国与亡天下奚辨？曰：易姓改号，谓之亡国；仁义充塞，而至于率兽食人，人将相食，谓之亡天下。……保国者，其君其臣，肉食者谋之；保天下者，匹夫之贱，与有责焉耳矣！”在汉族官绅看来，大顺政权取代明朝只是“易姓改号”，朱明王朝的挣扎图存是宗室、皇亲国戚、世袭勋臣之类“肉食者”的事，同一般官绅士民没有多大关系；而满洲贵族的入主中原则是“被发左衽”（剃头改制），“亡天下”了；天下兴亡，匹夫有责，都应当奋起反抗。这就是甲申之春汉族军民官绅的心理状态。正因如此，大顺军在短短三个月时间里就占领了包括京师在内的整个黄河流域，除了在宁武和保定两地稍遇抵抗以外（在保定城里“代帝亲征”的大学士李建泰也是主张投降的），到处是一派望风归附的景象。如史料所载，“晋民倡乱者皆传贼不杀不淫，所过不征税，于是引领西望”；京师百姓也“幸灾乐祸，俱言李公子至贫人给银五两，往往如望岁焉”。崇祯末年曾在朝廷任职的熊开元记，“癸未（1643）、甲申（1644）间，臣待罪圜扉，闻都人望贼如望岁，不啻三百矛刺心而血欲洒而无从也”。大顺军占领北京时，不仅“百姓欢迎”，明朝廷在京的两三千名官员自尽的只有二十人，其他“衣冠介胄，叛降如云”。国子监生陈方策塘报中说：“我之文武诸僚及士庶人，恬于降附者，谓贼为王者之师，且旦晚一统也。”史可法在奏疏中痛心疾首地说：“在北诸臣死节者寥寥，在南诸臣讨贼者寥寥，此千古以来所未有之耻也！”
北京的明朝官员争先恐后地前往大顺政权吏政府报名请求录用，如少詹事项煜“大言于众曰：大丈夫名节既不全，当立盖世功名如管仲、魏征可也”。给事中时敏声称：“天下将一统矣！”他赶往报名时吏政府大门已关闭，一时情急，敲门大呼：“吾兵科时敏也！”才得以放入。考功司郎中刘廷谏朝见时，丞相牛金星说：“公老矣，须白了。”刘连忙分辩道：“太师用我则须自然变黑，某未老也。”勉强被录用。首席大学士魏藻德被关押在一间小房里，还从窗户中对人说：“如愿用我，不拘如何用便罢了，锁闭作何解？”1644年七月刘泽清致吴三桂信中写道：“三面环观，曾有谁不降贼？”次年八月在清摄政王多尔衮面前的一场争论也反映了当年情况。都给事中龚鼎孳等人指责内院大学士冯铨是明朝阉党；冯铨反唇相讥，说龚鼎孳曾投顺“李贼，竟为北城御史”。多尔衮问此事实否，龚说：“实。岂止鼎孳一人，何人不曾归顺？魏征亦曾归顺唐太宗。”龚鼎孳急不择言，像项煜一样把李自成比为唐太宗，虽受到多尔衮的斥责，却是大顺军入京后绝大多数明朝廷官员的真实写照。
明朝辽东军队和官员奉命撤入关内勤王，由平西伯吴三桂、辽东巡抚黎玉田带领于三月十三日全部进关，驻扎于昌黎、滦州、乐亭、开平一带。当他们得知大顺军已经占领北京，明朝廷覆亡时，就同山海关总兵高第一道接受了李自成的招降，归附大顺政权；黎玉田被委任为大顺政权四川节度使，奉李自成之命与明朝投降总兵马科领军西行收取四川。至此，秦岭、淮河以北的明朝军队已全部收编，地方除辽东外均为大顺政权所接管。
历史曾经给予李自成为首的大顺政权统一全国的机会。1644年春天，大顺军以秋风扫落叶之势迅速接管了包括山海关在内的黄河流域全部疆土，推翻了以朱由检为代表的明朝二百七十七年的统治。摆在李自成面前的任务是怎样才能站稳脚跟，实现一匡天下的目的。这一任务实际上取决于两点：一是他应当认识到辽东兴起的满洲贵族建立的清政权是同大顺政权争夺天下的主要对手，加强针对辽东的防务是新生的大顺政权存亡的关键。二是在汉族文官武将大批倒向自己的情况下，大顺政权必须在政策上做出重大调整，尽量缩小打击面，由打击官绅地主改为保护他们的利益。这二者是互相关联的。崇祯朝廷的覆亡除了它的腐败以外，主要原因是战略上两线作战，陷于左支右绌的窘境，造成两大对手力量不断地膨胀。大顺政权既然继承了明王朝的“遗产”，为避免重蹈崇祯朝廷的覆辙，理应在最大限度上争取汉族各阶层的支持。自明中期以后，缙绅势力已经成为社会上举足轻重的力量，能不能争取到他们的支持直接关系到大顺政权在管辖区内的稳定和遏制并随后解决辽东的民族对抗。
从当时形势分析，大顺政权的领导人如果能够高瞻远瞩，对全国形势有清醒的认识，完全可以采取正确的对策。首先，李自成必须放弃对官绅地主实行的追赃助饷政策，代之以轻徭薄赋、整顿吏治。就财政而言，李自成1643年以前，为维护贫苦农民利益实行三年免赋，以没收明朝藩王家产和对官绅追赃助饷来解决数量日增的军队和政权经费的需要，有其历史的必要性。占领北京以后，接收了明朝皇帝的内帑，没收同朱明王朝关系密切的宗室、国戚、勋贵（指明朝开国、靖难以来所封世袭公、侯、伯爵）、太监的全部家产，可以解决军队和政权的经费，即便需要向官绅士民征派部分赋役，为数也相当有限。只要采取这一措施，就足以赢得绝大多数汉族官绅的支持，结成共同对付满洲贵族的阵线。在这种情况下，清方面临的不是原先腐朽没落的明王朝，而是一个新兴的、充满活力的以汉族为主的政权，双方的力量对比将发生很大的变化，特别是随着时间的推移，大顺政权日益巩固，清方在人口（兵源数量）、物资方面的劣势肯定会越来越明显。
然而，以李自成为首的大顺军领导人并没有依据形势的变化在政策上做出必要的调整。他们仍然以农民利益的维护者自居，在管辖区内继续实行打击官绅地主的追赃助饷政策。学术界有一种流行的观点，认为农民起义中建立的政权都是封建政权。李自成起义军从1642年（明崇祯十五年）下半年开始在河南一些府县建立地方政权，1643年在襄阳建立中央政权，次年正月在西安正式立国建号。按照这种观点，甲申三月明王朝的灭亡不是被农民起义推翻，而是为一个新兴的封建政权所代替。可是，持上述观点的人却缺乏把自己的逻辑贯彻到底的勇气，因而陷于自相矛盾的境地。也有的史学工作者认为以李自成为首的农民政权推行的“免赋”政策并不是免征而是减免，这是不正确的。大量史实表明，大顺政权（包括其前身）在1644年六月兵败退回西安以前，在广袤的地区内都是以追赃助饷代替按田亩计征的赋税。各地文献都表明大顺政权委派的官员到任后几乎毫无例外地拘拿明朝官绅追赃助饷。如甲申三月，刘芳亮部占领大名府，“布州县伪官，毒掠缙绅”。进占广平府之“次日，拷掠乡绅，以官职大小定银数之多寡，惨不可言”。高阳县令王瑞图到任后，“奉贼令逼索乡绅，名曰助饷”。灵寿县“伪令郭廉持符至灵寿，勒乡绅捐饷，恣为横暴”。肥县县令石传声下车伊始即“置乡绅于狱，比饷银”。临城县令段献珠履任后，“索饷银，毁坊扁，免荒税”。派往山东的大顺军将领郭升“以精贼数万略行齐鲁，张官置吏，四出赴任，旬日间遍于海岱。……奉其敕追掠缙绅，桁杨接踵，相望于道”。济南府“有户政府从事张琚者，谓之催饷司，拷掠宦家子，俾助饷。其被掠者以万历来科目为断，计三十余家。刑具夹桚外，有铁梨花、吕公绦、红绣鞋之名”。阳信县“夏四月，逆闯伪令搜罗邑绅子弟蠲赀助饷，各五百金，勒限追比”。邹平县令王世传上任后“阳言蠲赀租，刑逼乡官，渐及富户，谓之追饷”。北京聚集着明朝廷大批中央机构的官员，从三月下旬开始，未被大顺政权选用的官员大抵发往各营追赃助饷，“言卿相所有，非盗上则剥下，皆赃也”。四月初八日，李自成发现这一举动在政治上已经造成不利影响，下令停止，被押官僚无论完赃与否一律释放，但各地的追赃活动一直延续到大顺军战败西撤为止。与此同时，我们却没有见到大顺政权在甲申五月以前有征收赋税的记载。某些文献由于文字含混给人以大顺政权在退回西安以前就曾征收赋税的印象，如果仔细研究一下其内容，不难发现所“征”得的银、粮一般都是整数，稍有常识的人都知道按亩计征的赋税不可能是整数，只有追赃才会出现这种情况；另一种是征发制造军需物品的翎毛（制箭用）、钢铁等，也不能说是正规的赋税制度。这些都说明大顺政权在北京的鼎盛时期没有制定赋税政策，仍然停留在追赃助饷的阶段。
应当承认大顺政权追赃助饷政策的革命性，它证明李自成虽然已经即位称帝，大将们受封侯、伯等爵，他们并没有忘记自己的穷苦兄弟，没有放弃维护农民利益的基本宗旨。但这也表明处于十字路口的大顺政权在关键时刻跟不上形势，陷于茫然失措的境地。李自成一方面采取了部分办法招徕官绅，一方面又大范围地以追赃助饷打击这个阶层。在追赃过程中官绅们巧取豪夺所得的家资难以保住，而且往往遭到刑拷，官绅体面扫地以尽，这对于大批归附大顺政权的官绅地主来说确实是始料未及的。官绅地主归附大顺政权，正是为了保护自身利益不惜在政治上变节，把过去痛骂的“闯贼”李自成当作新的靠山。然而，他们当中的绝大多数失望了，明朝廷中央官员被录用的占少数，地方官员由于大顺政权选用的原则是以未曾出仕的举人为重点，吸收的明朝官员所占比例很小，就整个官绅地主而言基本上处于被打击的地位。他们在饱尝铁拳之后，不胜愤慨地说：“是岂兴朝之新政哉，依然流贼而已矣。”当大顺军所向无敌时，官绅们慑于大顺政权的兵威，一般不敢公开反抗，但已经暗中“人人饮恨，未及发也”。有一种记载说庶吉士周钟因有文名受到丞相牛金星的重视，他积极参加大顺政权的活动，常说“江南不难平也”。一些明朝官员私下对他说：“闯残杀太甚，万难成事。”周钟回答道：“太祖（指朱元璋）初起亦然。”其实，朱元璋在天下未定之时是“礼贤下士”的，对官员的大批屠戮和谪戍是在坐稳了皇帝的宝座以后。周钟的比拟并不适当，只是反映了被大顺政权录用的少数官员的一种希望。总之，李自成等大顺军领导人未能依据客观形势的变化及时调整政策，在接管区内大搞追赃助饷，把业已倒向自己的官绅地主推回到敌对地位，是极不明智的。当人们津津乐道“闯王进京”后如何如何腐化变质终于导致“群众”不满，归于失败的时候，本书作者却认为正是由于以李自成为首的大顺政权没有完成封建化的质变，才被汉族官绅勾结满洲贵族所扼杀。
在军事部署上，也突出地反映了李自成等大顺军领导人缺乏战略眼光。从万历末年起辽东的满洲贵族军事力量日益崛起，成为明朝廷棘手的课题，而明末农民战争的全过程又是同明清之战交织进行的。为了抵御满洲贵族的进犯，明朝廷多次从陕西三边抽调兵将。按情理说，李自成在西安决策大举东征，以推翻明王朝为目标时，就应当对下一步迎战清军做到胸有成竹。事实却完全相反，他几乎没有意识到清军将是同自己争夺天下的主要对手。这首先表现在他在北京地区集结的军队不足以抵御清军大规模的进犯。大批主力部队分布在西北、湖广襄阳等四府、河南等地；进占山西、畿辅、山东以后，兵力进一步分散。这种部署对于稳定大顺政权统治区的局势虽然有积极作用，但是分兵驻防的结果势必造成在京师和京东地区缺乏足够的兵力。例如，李自成在湖广荆襄地区部署了以大将白旺为首的七万兵马，当大顺军向北京推进时，明军左良玉部乘机进攻湖广承天、德安；河南刘洪起等地主武装也同左良玉相呼应，颠覆当地的大顺政权。白旺上书请援，李自成当即决定派绵侯袁宗第带领一支相当庞大的军队由陕西奔赴湖广先击败左良玉部，随即北上河南平定了叛乱，直到大顺军在山海关战败，袁宗第和白旺的军队仍滞留于河南与湖广。这种局部的胜利只是导致了全局的失败。白旺七万之众完全可以牵制住左良玉部，不在于一城一地的得失，袁宗第所统右营为大顺军攻城野战的五大主力之一，本应调到北京地区，等到稳定辽东局势以后再回头收拾左良玉等手下败将，是易如翻掌的。李自成计不出此，说明他对用兵的轻重缓急缺乏战略头脑。
占领北京以后，李自成的麻痹轻敌思想进一步暴露出来。当时他身边的军队总数大约有十万人，受封侯爵的大将有刘宗敏、李过、刘芳亮、张鼐、谷英，加上明朝投降过来的军队，兵力也还可观。然而奇怪的是，李自成在大同留下了大将张天琳镇守，在真定委任了大将马重僖为节度使，唯独在京东山海关一带没有派遣“老本”嫡系大将去镇守。他的着眼点仅限于招降撤入关内的吴三桂、黎玉田和关门总兵高第，对关外虎视眈眈的清军却置之度外。开初，李自成对吴三桂、黎玉田率领的辽东官兵和山海关总兵高第的招降进行得很顺利，吴三桂在大顺政权“许以父子封侯”的条件下同黎玉田、高第一道归附大顺政权，吴三桂奉李自成之命率部由永平府前往北京“朝见新主”；黎玉田被委任为大顺政权四川节度使。李自成在招降了辽东和关门明朝官军后，似乎认为京东的问题已经解决，对清廷出兵干涉的危险毫无认识。他在山海关地区的军事部署只是派了几天以前在居庸关投降的明朝总兵唐通率领原部八千兵马接管山海关防务，而没有派大顺军嫡系大将出镇该地区。从他下令吴三桂率部进京和派原驻畿辅地区的明朝投降总兵马科率原部一万兵马同黎玉田一道远征四川来看，他根本没有料到清廷对明朝覆亡必然有分羹之心。似乎在他看来清兵在辽东的用兵和三次深入内地都是明朝的事，大顺政权从未同清军交锋，彼此无冤无仇，可以相安无事。也许是出于这种天真的考虑，他既不派大顺军主力前往山海关一带布防，又把同清军作战最有经验和实力的吴三桂部调来北京（召吴三桂本人入见是一回事，命其率部赴京又是一回事。联系到李自成命马科率部前往四川，很可能是想让吴三桂率部执行南下之类的任务），充分说明李自成对清军即将参加逐鹿中原的严峻形势毫无认识。即使不发生吴三桂叛变，仅凭唐通八千兵马也绝对抵挡不住清军的进犯。何况，李自成进京后，如果对吴三桂安抚得当，并立即派遣大顺军高级将领率主力协同吴军镇守山海关一带，吴三桂叛变的可能性很小，京东的局势也将比较稳定。
许多人轻信了封建史籍对大顺军的污蔑之词，断言李自成进京后领导集团腐化变质，丧失民心，终归失败。这种观点完全不符合事实。且不说不少亲历甲申燕京之变的人士记载大顺军在京期间纪律严明；就以时间而言，三月十九日大顺军进京，四月初十日左右得知吴三桂率部叛变回军攻占山海关，十三日晨李自成、刘宗敏亲率大军离京平叛，其间最大时限为二十三天。中国历史上许多王朝肇建伊始欣欣向荣，若干年之后壮志消磨，出现文恬武嬉的局面；却没有听说过在二十天左右就腐化得丧失战斗力的。再说，大顺军失败撤离北京后，清军入京立即将北京中、东、西三城居民全部逐出，下令剃头，总不会更得民心吧，为什么没有失败呢？可见，大顺政权之所以站不住脚，不是因为领导层变质，失去贫苦群众的支持；恰恰相反，由于它尚未完成质变，继续执行打击官绅地主的政策，引起缙绅们的强烈不满，因而不可能稳定自己的统治区，把汉族各阶层人士结成抗清的一致势力。军事上部署的失误又导致满洲贵族得以勾结汉族官绅，构成对大顺军压倒性的优势。说李自成等大顺军领导人因骄致败，是指他们目光短浅，骄傲轻敌；而绝不能解释为他们骄奢淫逸。明清之际，中国向何处去？这是历史上的一个重大问题，正确地总结这段历史，才能吸取经验教训，有效地利用我国丰富的社会、政治、军事遗产。
吴三桂，辽东中后所人（今辽宁省绥中县），出身辽东军阀世家。他的父亲吴襄、舅父祖大寿都曾任明朝总兵，同当地的将领官绅有着盘根错节的关系。由于祖大寿和三桂之兄吴三凤等明朝将领先后降清，吴三桂和他的部属又与清方营垒增添了一层暧昧关系。1644年三月，他被崇祯帝加封为平西伯，率部进关勤王，由于放弃关外土地，官绅家属和相当一部分辽东百姓跟随进关，安插未定，明朝就覆亡了。摆在吴三桂面前的形势是严峻的，他同山海关总兵（又称关门总兵）高第一共只有五万之众，在明末盛行的“家丁”制度下，其中真正能征敢战、装备较佳的兵马只占少数。他们局促于关内永平府一隅之地，处于清、顺两大新兴势力之间，继续效忠明室是不现实的，因为以朱由检为首的明廷已经不存在，弘光朝廷还没有建立，他们同淮河以南的残明势力相距太远、音信不通，可走的道路就只有在降顺、降清之间做出选择。
清廷对吴三桂进行招降是比较早的，1642年（明崇祯十五年、清崇德七年）四月，清军攻克松山、锦州后，皇太极就致书吴三桂告以其舅氏祖大乐、祖大寿等“因系将军之戚”俱获保全，劝他“翻然悔悟，决计归顺”。又命三桂之兄吴三凤及祖可法、张存仁、裴国珍、胡弘先、姜新、陈邦选等以亲属、旧谊的关系写信晓以利害，竭力劝说其降清。十月，皇太极再次致书吴三桂：“大清国皇帝敕谕宁远城吴大将军：今者明祚衰微，将军已洞悉矣。将军与朕，素无仇隙，而将军之亲戚，俱在朕处。惟将军相时度势，早为之计可也。”同时，又命祖大寿写信给吴三桂道：
宁锦间隔，不相通问者岁余矣。春时松山、锦州相继失陷，以为老身必死无疑。不期大清皇帝天纵仁圣，不但不加诛戮，反蒙加恩厚养。我祖氏一门以及亲戚属员，皆沾渥泽。而洪总督、朱粮厅辈亦叨遇优隆。自至沈阳以来，解衣推食，仆从田庐，无所不备，我已得其所矣，奉贤甥勿以为虑，但未知故乡光景何如耳。以愚意度之，各镇集兵来援辽左，未一月而四城失陷，全军覆没，人事如此，天意可知。贤甥当世豪杰，岂智不及此耶？再观大清规模形势，将来必成大事。际此延揽之会，正豪杰择主之时，若率城来归，定有分茅裂土之封，功名富贵，不待言也。念系骨肉至亲，故尔披肝沥胆，非为大清之说客耳。惟贤甥熟思之。虎骨靶小刀一柄，是贤甥素常见者，故寄以取信。
次年正月，吴三桂给祖大寿的回信“犹豫未决”。皇太极再次致书劝他“急图归顺，勉立功名”。然而，在一年多时间里，吴三桂自觉回旋余地尚大，并没有接受清廷的招降。
到1644年三月明亡之时，吴三桂等撤入关内的辽东官员却很快决定接受大顺政权的招降。做出这一抉择首先是因为吴三桂等人获悉大批明朝文官武将都归附了大顺，其中不少人（如唐通、白广恩）在过去辽东战事中曾同吴三桂共事，大顺政权已是众望所归，颇有统一天下之势；其次，大顺政权同明王朝一样是以汉族为主体的政权，吴三桂等辽东官绅军民更易于接受；第三，吴三桂所部辽东官兵一直处于同清军对峙的地位，而同大顺军并没有多大恩怨，即如史籍所说：“以清兵仇杀多次，不欲返颜，乃修表谋归李贼。”第四，就个人前途着想，吴三桂虽有一部分亲属降清，但他的父母等直系亲属居住在北京已处于大顺政权控制之下，归降或敌视大顺政权必将直接影响到他们的命运。何况，曾在辽东共事的总兵白广恩、姜瓖、马科、唐通等人都已跻身于大顺朝新贵之列，唐通兵力远逊于其，三月间才投向大顺就受封为定西伯，由他出面劝降，“盛夸自成礼贤，啖以父子封侯”，对吴三桂有很大的吸引力。正是由于以上原因，吴三桂、黎玉田、高第迅速决定投靠大顺政权。山海关防务由李自成派来的唐通接管。
三月二十二日，吴三桂在永平府（府治在今河北省卢龙县）张贴告示，有“本镇率所部朝见新主，所过秋毫无犯，尔民不必惊恐”等语，证明他已率领部下兵马前往北京准备接受李自成的新命了。三月二十六日左右，吴军行至河北玉田县，离北京已经不远了，吴三桂突然改变主意，由投降大顺转持敌对态度。产生这一急剧变化的原因在史籍中有三种说法：一是吴三桂听说他的父亲吴襄被大顺政权拘捕追赃，一是误信从京中私自逃出的奴仆谎报吴襄全家被大顺军抄没，第三种被人们津津乐道的说法是吴三桂留在北京的爱妾陈圆圆（又名陈沅）为大顺军将领所掠，于是“冲冠一怒为红颜”。真实情况已难考定。吴三桂投降大顺，本意是维护和扩张自身利益，从北京传来的消息使他疑窦顿生，猜测李自成的召见很可能是一种骗局，将对自己采取不利行动。于是，他骤然变卦，带领部下兵马直奔山海关，从背后对镇守关门的唐通部发起突然袭击。唐通的兵力大约只是吴三桂部的五分之一，加以变生意外，猝不及防，山海关遂被吴三桂占领。唐通率残部撤往离山海关不远名叫一片石的地方，大顺政权委任的其他官员也纷纷逃回。
吴三桂的叛变，使山海关地区顿时彤云密布，笼罩着一片紧张的战争气氛。当地人士佘一元《述旧事诗》云“吴帅旋关日，文武尽辞行。士女争骇窜，农商互震惊”，真切地反映了百姓们的惶惧不安。跟吴三桂采取同一立场的只有原山海关总兵高第和卫城（清代的临榆县）一小撮缙绅地主。关、辽两镇兵力合计不过五万，山海关一隅之地又难以筹措粮饷，“维时内无军需，外无援旅，人心汹汹，不保朝夕”。吴三桂当然明白凭借这么一点军事和经济实力根本不足以同大顺政权抗衡，更谈不上在顺、清夹缝中求生存。他决定回师夺取山海关实际上意味着他在同大顺政权决裂之时已经把投靠清廷作为出路。为了给自己增添一些本钱，他不是率部出关以丧家之犬的形象向清方投降，而是玩弄手腕，一面“遣人东乞王师”，以京东要塞山海关城为见面礼；一面“遣人绐贼缓师”，“以待本朝大兵”。
李自成获悉吴三桂叛变占领山海关的消息后，经过紧张的商议，决定一面安抚吴襄，以吴襄的名义写信规劝吴三桂，希望借父子之情使他幡然变计；一面做好武力解决的准备，出兵平叛。四月十三日晨，李自成、刘宗敏亲自统率大军向山海关进发。随行的有明朝太子朱慈烺、永王、定王、晋王、秦王和吴襄等人，这说明李自成仍希望通过君、亲之义招降吴三桂。然而，由于吴三桂同清方勾结已成定局，招降的可能性不复存在了。
同李自成的麻痹大意相反，清廷统治者并不满足于占领辽东，随着明王朝的急剧衰微，他们趁火打劫的野心迅速膨胀起来，初期是想同农民军瓜分明帝国。皇太极去世前不久，对天下大势已做出了相当准确的判断，他说：“以朕度之，明有必亡之兆。何以言之？彼流寇内讧，土贼蜂起，或百万，或三四十万，攻城略地，莫可止遏。明所恃者惟祖大寿之兵，并锦州、松山之兵，及洪承畴所领各省援兵耳，今皆败亡已尽，即有召募新兵，亦仅可充数，安能拒战？明之将卒，岂但不能敌我，反自行剽掠，自残人民，行赂朝臣，诈为己功；朝臣专尚奸谗，蔽主耳目，私纳贿赂，罚及无罪，赏及无功。以此观之，明之必亡昭然矣。”在这以前，他命多罗饶余贝勒阿巴泰为奉命大将军统兵伐明时就曾指示：“如遇流寇，宜云尔等见明政紊乱，激而成变。我国来征，亦正为此。以善言抚谕之。申戒士卒，勿误杀彼一二人，致与交恶。”由此可以窥知清廷早已处心积虑利用汉族内部阶级拼斗谋取渔翁之利。1643年八月皇太极病死，幼子福临即位，清廷实权落入摄政王多尔衮手中。次年正月，蒙古鄂尔多斯部落来告大顺军已经占领陕西，多尔衮等立即在正月二十七日派使者往陕北同大顺军联络，信中说：“大清国皇帝致书于西据明地之诸帅：……兹者致书，欲与诸公协谋同力，并取中原，倘混一区宇，富贵共之矣。不知尊意何如耳。惟速驰书使，倾怀以告，是诚至愿也。”大顺军榆林守将王良智收到来信时，李自成已亲统大军向北京推进。王良智虽将清廷来信一事报告了李自成，但大顺军领导人对清廷统治者急切于分享胜利果实的企图并没有给以重视。
联络大顺军共同灭明的图谋既未达成，多尔衮等清廷统治者也绝不肯放过扩张自身利益的良机。这年三月，清廷决定大举伐明。出师之前，范文程上书摄政诸王，指出明朝灭亡的大势已定，“窃惟成大业以垂休万世者此时，失机会而贻悔将来者亦此时”。“盖以为明劲敌者我国也，抑则流寇也。正如秦失其鹿，楚、汉逐之。虽与明争天下，实与流寇角也。”这就为多尔衮等人用兵提供了总体战略方针。四月初，传来了大顺军攻克北京、明廷覆亡的消息。多尔衮决定趁大顺军立脚未稳，迅速出兵。当时在清都沈阳的朝鲜使者向本国报告说：“顷日九王（指多尔衮）闻中国本坐空虚，数日之内，急聚兵马而行。男丁七十以下，十岁以上，无不从军。成败之判，在此一举。”四月初九日，清摄政睿亲王多尔衮“统领满洲、蒙古兵三之二及汉军恭顺等三王、续顺公兵，声炮起行”。动员兵力之多连清方人士也说“前后兴师，未有如今日之大举”。清廷这次出兵同崇祯年间三次入口大不一样，战略目的已由掠夺财物子女变为进取中原。因此，多尔衮接受范文程、洪承畴的建议，严格约束军纪，规定“有抗拒者必加诛戮，不屠人民，不焚庐舍，不掠财物……军民秋毫无犯”。进军路线则采纳了洪承畴的意见，准备由蓟州、密云破边墙而入，避免顿兵山海关坚城之下。
四月十五日，清军行至翁后，意外地遇上了吴三桂的使者副将杨珅、游击郭云龙，携带求援书信，内云：“三桂受国厚恩，悯斯民之罹难，拒守边门，欲兴师问罪，以慰人心。奈京东地小，兵力未集，特泣血求助。……王以盖世英雄，值此摧枯拉朽之会，诚难再得之时也。乞念亡国孤臣忠义之言，速选精兵，直入中协、西协；三桂自率所部，合兵以抵都门，灭流寇于宫廷，示大义于中国。则我朝之报北朝岂惟财帛，将裂地以酬，不敢食言。”多尔衮当即决定改变进军路线，直趋山海关。他在回信中说：“伯虽向守辽东，与我为敌，今亦勿因前故尚复怀疑。……今伯若率众来归，必封以故土，晋为藩王，一则国仇得报，一则身家可保，世世子孙长享富贵，如山河之永也。”很明显，吴三桂的信在措辞上经过斟酌，以明朝孤臣的名义请求清方合兵共讨农民军，尽管当时明朝廷并不存在，“裂地以酬”也不是他所能决定的，无非是为自己投靠清朝蒙上一层遮羞布而已。多尔衮洞察其心，直截了当地以晋封藩王为诱饵，招降吴三桂。到吴三桂得知李自成亲统大顺军主力迫近山海关，再次派郭云龙催促清军火速来援时，就请求多尔衮“速整虎旅，直入山海”。四月二十日，多尔衮接信知道形势紧迫，为了防止大顺军占领山海关，下令兼程前进。次日，清军以一天二百里的速度急行军，于当晚到达距关城十里的地方驻营。这时，大顺军与吴三桂、高第部关、辽兵正在激战之中。
为了明白山海关战役的胜负，分析一下参战各方兵力情况是必要的。大顺军开赴山海关时留下了老弱兵员一万守北京，随李自成、刘宗敏前往平叛的兵马为十万名；吴三桂、高第的关、辽兵合计约为五万；而清军当时的全部兵力为十万，除了摄政郑亲王济尔哈朗率领满、蒙八旗军队三分之一留守沈阳一带外，多尔衮所统满、蒙、汉军队为七八万人。自然，在三支军队中清军战斗力最强；吴三桂部是原明朝官军中的精锐；大顺军是自1641年（崇祯十四年）迅速扩展起来的队伍，大部分兵员素质不如清方，但是，他们是一股新兴势力，纪律严明，富于朝气，不像明朝官军那样腐败。由此可见，集结在北京地区的大顺军击破吴三桂、高第部原明朝关、辽兵是绰有余裕的；很可能李自成入京之时调集的兵力也仅满足于此。而介于顺、清之间的吴三桂部则具有举足轻重之势：降顺则李自成的兵力约为来犯之清兵两倍，而且山海关要隘不致拱手让敌，即便在同清军作战中局部失利，大顺政权可征调的增援兵力较清方要大得多；吴三桂叛投清方，双方兵力对比和态势就颠倒过来，清、吴联军在数量上也占了优势。大顺政权在政治、军事上的失策，导致了山海关战役的失败和北京、畿辅、山东等地的易手。
四月十三日晨，大顺军由北京向山海关进发。行至三河县遇到了吴三桂派来的使者，谎称吴三桂仍愿意投诚，请求缓师。在这关键时刻，李自成又一次受骗了，他派明朝降官密云巡抚王则尧以兵政府尚书的官衔去山海关同吴三桂谈判，随即放慢了进军速度。从北京到山海关大约五天可达，大顺军却在八天之后即四月二十日才进抵关西。这时，才知道王则尧已被拘押，吴三桂和高第的军队在关内沿石河一线做好了作战准备，除了武力解决，没有招降余地了。四月二十一日上午辰时（约为八时），山海关战役开始。李自成为了全歼关辽兵，防止吴三桂部被击败后引残部出关降清，做出用兵部署：把主力放在石河西，另外派遣部分军队包抄至关内外，进攻山海关的东罗城、西罗城、北翼城。双方激战一昼夜，到二十二日上午吴三桂军已有不支之势，据守北翼城的一支吴军向大顺军投降。
吴三桂见情况危急，亲自带领部分兵马和当地乡绅冲出关门，请清军立即参战。多尔衮统率的清军二十一日晚驻营距关城十里，二十二日晨进至离关城仅二里的威远台（在名叫欢喜岭的小丘陵上，今名威远城，实误）观战。经过几天的使者往返和亲身考察，多尔衮对吴三桂的处境和降清诚意已洞然于心。吴三桂到后当即“赐坐赐茶，面谕关门为第一功”。他对吴三桂等官绅说道：“汝等愿为故主复仇，大义可嘉。予领兵来成全其美。先帝时事，在今日不必言，亦不忍言。但昔为敌国，今为一家。我兵进关，若动人一株草、一颗粒，定以军法处死。汝等分谕大小居民勿得惊慌。”接着又吩咐吴三桂：“尔回，可令尔兵以白布系肩为号。不然，同系汉人，以何为辨？恐致误杀。”说完，让吴三桂立即回关准备接应，同时下令清军从南水门、北水门、关中门三路进关。
清兵进关后，见大顺军从北山至海边排列成一字长蛇阵，多尔衮即令清军沿近海处鳞次布列，吴三桂军排列于清军的右边，采取重点突破战术。这时正值大风扬尘，能见度很低，清军得以从容布阵。少顷，风止，多尔衮一声令下，清军呼啸出击，万马奔腾，飞矢如蝗。大顺军虽拼死抵抗，但强弱易形，兵员同吴三桂军已鏖战一昼夜，面对以逸待劳的清军很快就被击败，阵容大乱，大将刘宗敏也负了伤。李自成立马小岗阜上见败局已定，下令急速撤退。行至永平府范家店时，李自成决定将吴襄处斩。二十六日，回到北京，又杀吴三桂家属三十四口，可见李自成对吴三桂的勾引清兵、叛变欺诈极为痛恨。而吴三桂却在山海关战役刚刚结束就率领关辽军民剃发降清，由多尔衮承制封为平西王。
山海关战役是明清之际直接影响全国局势发展的一场关键性战役，对于推翻明朝后究竟是大顺朝廷还是清朝廷统治全国关系重大。战役的结果是清胜顺败，根本原因在于李自成等大顺军领导人目光短浅，政策和战略上犯了一系列重大错误。山海关战役的意义标志着：一、大顺军的历史使命从此由推翻明王朝转变为抗清斗争；二、清廷统治者梦寐以求的入主中原迈出了关键的一步；三、以吴三桂为倡首在汉族官绅中迅速形成了一股不可忽视的拥清派。
1644—1645年清军与大顺军作战图
大顺军败回北京以后，李自成曾经考虑过据守北京，二十七、二十八两日采取了备战措施，责令军民火速拆除城外羊马墙及护城河旁房屋。但是，经过斟酌，大顺军领导人终于决定放弃北京，主动西撤。这是因为大顺军在北京地区不可能集中一支足以固守待援的兵力，跟踪而来的清军一旦围城，大顺政权的领导人物和败回兵将就可能成为瓮中之鳖；加上城内居民亲眼看到大顺军败阵而回的狼狈情况，讹言四起，潜在的敌对势力也待衅而动。在这种形势下，李自成断然决定二十九日在北京举行即位典礼后，立即率部西撤。离京前“分付阖城人民，俱各出城避难”，同时下令放火焚毁明代宫殿和各门城楼。大顺军撤退时，“城中扶老携幼西奔者络绎不绝”，一些明朝降官如龚鼎孳、涂必泓等人也自动随军西行。这说明大顺政权在当时仍有相当威望，城中官民对此后局势的变化尚难逆料。
清军在山海关地区做了短暂的休整，即向北京进发。四月三十日晚上，多尔衮在蓟州获悉大顺军已经撤离北京，命令多铎、阿济格和吴三桂等带领精兵火速追击，目的是进一步重创大顺军，尽量截留被大顺军运走的金银财物。他自己率领部分兵力于五月初二日由朝阳门进入北京。当时北京城里的官绅士民并不清楚吴三桂已经投降清朝等情况，纷纷传说吴军杀败大顺军，夺回明太子朱慈烺，即将送回北京即位，因此准备了皇帝的卤簿法驾出城迎接。没想到昂然而来的是清摄政王多尔衮，许多人大吃一惊偷偷溜走，少数官僚则将错就错地把多尔衮迎入劫后仅存的武英殿，拜倒在爱新觉罗皇室脚下。
五月初八日，清军在庆都（今河北省望都县）城东追上大顺军。李自成命蕲侯谷英率兵阻击，被清军击败，谷英阵亡。接着，清军又在真定（今河北省正定县）再次获胜。大顺军在畿辅已无法立足，经井陉退入山西，留精兵扼守固关。追击的清军于五月十二日返回北京。
京师的再次易手，在明朝官绅中又一次造成重大的影响。大顺军进京时绝大部分明朝官绅都报名请用，清兵占领北京后相当一批汉族官绅出于民族隔阂不愿出仕清朝，纷纷南下。杨士聪在一封信中就说：“弟联?南来缙绅不下百余人”；“昨闻泛海诸臣，漂没者七十余艘。乐哉诸臣，幸得免于一留再留”，其他先后南窜的官员为数当更多。顺治元年七月清吏部左侍郎沈惟炳在奏疏中写道：“大清入来，规模宏大，安民和众，恩已着矣。而京官南去不返，似怀避地之心；高人决志林藏，似多避世之举。见在列署落落晨星，何以集事而襄泰运哉。”他建议“急行征聘，先收人望”，“此兴朝第一急务也”。在争取汉族缙绅势力上，清廷显然技高一筹。大顺政权的追赃助饷，随后建立的南明弘光政权又以从逆的罪名追究南逃官绅曾经投降“闯贼”而大兴“顺案”，都使相当一部分官绅大失所望，另寻出路。多尔衮进京初期比较谨慎，遇事多听从范文程、洪承畴等汉族官僚的建议。为了取得汉族官绅地主的支持，他以为明帝复仇讨贼相标榜，进京后的第三天就下令：“官民人等为崇祯帝服丧三日，以展舆情。著礼部、太常寺备帝礼具葬。”鉴于明朝后期党争激烈，在京的明朝官僚绝大多数又投降过大顺政权，多尔衮不失时机地广为招徕，入京之初就“大张榜示，与诸朝绅荡涤前秽”。“令在京内阁、六部、都察院等衙门官员，俱以原官同满官一体办事”。不久又进一步明确宣布：“凡文武官员军民人等，不论原属流贼，或为流贼逼勒投降者，若能归服我朝，仍准录用。”这就是说不管是东林—复社党人还是魏忠贤阉党，是明朝官员还是大顺政权官员，只要归附清朝就官复原职，甚至加官晋级。其中突出的例子如涿州人冯铨在天启年间依附魏忠贤，爬到大学士，崇祯初革职为民，多尔衮入京后即以书征至，委任为内院大学士，而且因为他熟悉朝廷典故排名第一，位列范文程、刚林、祁充格、宁完我之前。冯铨受宠若惊，请求将名次移后，多尔衮说：“国家尊贤敬客，卿其勿让。”陈名夏在大顺军进京后曾报名任职，清军入关他逃回南方，却被南明弘光朝廷视为“从贼逆臣”，要捉拿归案，他走投无路被迫重返北京投靠清廷，历任显官，一直做到大学士。顺治初年，清吏部向朝廷请示：周伯达在明朝任陕西关西道，在大顺政权中任甘肃节度使；刘达原为明朝临汾知县，大顺时期任巡按河南直指使，究竟应按明朝官级还是按大顺官级授职？清廷决定按大顺所授较高官职录用。陈之龙在明朝为监军道，大顺政权委任为宁夏节度使，降清后仍任巡抚。黄尔性在崇祯末年任明朝汉中府通判，大顺政权授职“道员”（防御使），降清后被英亲王阿济格委任为宁夏巡抚；富平县举人赵兆麟归附大顺政权后，仕至神木道（神木防御使），降清后也由阿济格委任为郧阳抚院。顺治三年正月，清廷吏部建议把他们降为道级官员，摄政王多尔衮裁决仍以“都堂”（巡抚）任用。多尔衮还经常命降清的汉族官员荐举人才，形成门生旧友相率入朝的局面。自从明朝中叶以来，缙绅势力迅速膨胀，成为各地举足轻重的社会力量。多尔衮采取大包大揽、求“贤”若渴的方针，就奠定清朝统治而言是最成功的一着。1645年（清顺治二年、明弘光元年）正月，吏科都给事中朱徽在一份奏疏中说：“去岁五、六月间，人心粗定，引避者多，寮署一空，班行落寞。及摄政殿下宽仁好善之意，播于远迩，暨圣主膺篆御图以后（指上年十月清帝爱新觉罗·福临在北京即位），瑞叶天人，然后东西响应，多士云集，乃有今日，岂易易哉。”这段话颇能说明清廷为争取汉族官绅的支持确实煞费功夫，效果也是很明显的。
在经济上，清廷也实行维护官绅地主利益的政策，宣布凡被起义农民夺去的田产一律“归还本主”。甚至连“前朝勋戚赐田、己业，俱备照旧”。同时规定各地征收田赋一律按万历年间册籍，停征崇祯时期加征的辽饷、剿饷和练饷。对于明朝世代受匠籍制度束缚的手工业工人也全部放免，取消他们对封建官府的人身依附关系。1645年（顺治二年）五月下诏：“免山东章邱、济阳二县京班匠价。并令各省俱除匠籍为民。”对明朝早已失去军事职能的卫所制度也着手改革，把卫所军士改为屯丁，遇有缺额“永不勾补”。这些措施反映了清廷统治者鉴于明朝不顾人民死活横征暴敛终于导致自身覆亡，有意于减轻百姓负担的愿望。尽管清初社会生产大面积破坏，加以频繁用兵，军需孔急，朝廷颁布的“恩诏”很大程度上口惠而实不至。如时人谈迁记载：“都人谣曰：恩诏纷纷下，差官滚滚来。朝廷无一事，黄纸骗人财。”说明顺治年间和康熙初期的宣布减免赋税并没有多大实际意义，甚至由于奉差官员的敲诈勒索反而加重了人民的困苦。但是，这些政策具有长期性质，对于稳定人心，使流离失所的人口同抛荒的土地逐步重新结合起来，无疑有积极作用，为尔后社会生产的恢复和发展创造了比较有利的条件。
多尔衮刚进关时曾经严令沿途军民一律剃发结辫，遵从满俗。入京后又命令京师官民为崇祯帝吊孝三日后即剃发改制。这一举措立即引起汉族各阶层居民的强烈反感。当时在北京的朝鲜使臣回国后评论道：“入关之初，严禁杀掠，故中原人士无不悦服。及有剃头之举，民皆愤怒。或见我人泣而言曰：‘我以何罪独为此剃头乎’；如此等事，虽似决断，非收拾人心之道也。”由于清廷立脚未稳，朝廷内新归附的汉官非议甚多，在野的更惊畏不至，多尔衮不得不暂时收敛，五月二十四日谕兵部道：“予前因归顺之民无所分别，故令其剃发以别顺逆。今闻甚拂民愿，反非予以文教定民之本心矣。自兹以后，天下臣民照旧束发，悉从其便。”同年七月，又规定“近简用各官，姑依明式速制本品冠服，以便莅事”。
清廷占领北京初期采取的措施，在相当程度上改变了汉族居民记忆犹新的清军三次深入内地屠杀掳掠的残暴形象，特别是对汉族文武官绅招徕有方，不仅使自己迅速在畿辅以及附近地区站稳了脚跟，也为此后征服全国奠定了基础。
大顺军在山海关战役中失败的消息传开以后，原大顺政权管辖区内的明朝官绅认为时机已到，迅速纠集兵力发动叛乱，推翻当地的大顺政权。这些发动和参与叛乱的官绅绝大部分是以明朝为正统的，他们对山海关战役和清军入京的情况并不大了解，有的只知道大顺军被吴三桂部杀败；有的虽然知道清军入关，也以为只是吴三桂借用清方兵力。因此，他们打的旗帜大抵是“擒贼复明”。
四月二十七日，山东德州乡绅明朝御史卢世淮、赵继鼎、主事程先贞、大学士谢陞之弟生员谢陛发动叛乱，推举逃难到该地的明宗室庆藩奉国中尉、香河知县朱帅为盟主，假称济王，号召远近。山东和北直隶的许多地方官绅群起响应，不到一个月就占领了山东省德州、省会济南府、东昌府、青州府、临清州、武定州、高唐州、滨州、海丰、蒲台、沾化、莱芜、陵县、乐陵、利津、济阳、商河、齐东、乐安、朝城、恩县、平原、德平、临邑、禹城、阳信、武城、宁津；北直隶的河间府（包括河间、任丘、肃宁、兴济、阜城等八州县）、大名府、景州、冀州、沧州、吴桥、故城、武邑、交河、献县、武强、东光、饶阳、衡水、清河、曲周等，共四十多个地区。朱帅在明朝宗室内的地位很低，只是由于原封在山东境内的鲁王、德王、衡王不是南逃就是被大顺军俘获，找不到合适人选，竟被推为“济王”作为复明的号召。朱帅发布的檄文中说：“不佞派居天裔，义切君亲，适税驾于德城，快凶流之正罪，谬当推戴，统众专征。……闻吾君犹存六尺之孤，况寰宇不止一成之藉。史司马（指明南京兵部尚书史可法）整旅江南，旌旆夹舳舻并进；吴总戎（指吴三桂）扬旍塞北，清兵挟汉将齐驱，屡有捷音，多方响应。知匡复之不远，识中兴之有期。……於戏，新市、平林究扫除于汉祖，思明、庆绪畴摇夺夫唐基，繇来滔天之恶必亡，伊我列祖之灵未坠。共成义举，早睹昌时。”可见山东和河北南部的汉族官绅反叛大顺，是以“中兴”明朝为宗旨的。尽管以朱帅为代表的山东、畿南官绅对大顺政权极为仇视，他们的意图是要恢复明朝，在明室“天位未定”之际权宜设官置吏，以待“匡复”。清朝官员后来说他“假济王聚众，欲称尊号”，“遍授乡绅以侍郎、卿、寺之名”；指责朱帅想自称尊号是他入清以后的政敌诬罔之词，但他确实曾经以“济王”的名义任命了一批不伦不类的官员，现存第一档案馆就有“山东济王府兵部主事臣张吕韬”于七月十三日给清廷的奏本。朱帅檄文里明说“闻吾君犹存六尺之孤”，又特别提到“史司马整旅江南”，他自己只是“统众专征”，并没有用监国以上的名义，这些都说明朱帅和他的拥戴者仅限于为即将继统的明朝新君从大顺政权手中“收复失地”而已。
大顺军撤入山西以后，清军停止了追击，返回北京休息整顿，大约有一个月时间没有采取军事行动，所占地方不过是京师附近一带。李自成又一次犯了战略性的重大错误。他不是坐镇太原，火速从陕西等地调集军队入晋，加强山西防务；相反，却同刘宗敏等高级文官武将率领主力继续西撤，于六月初渡过黄河，返回西安。尽管他在固关留下了大将马重禧；在大同、阳和留下了制将军张天琳；在晋东南长治地区留下了大将刘忠；路过省会太原时留下明朝降将陈永福守御，“且授以坚壁清野之计”；在晋西北保德地区留下了降将唐通；晋南临汾地区又有绵侯袁宗第统兵万人屯于挂甲庄。兵力似乎颇为可观，但这些留守山西的军队各守汛地，缺乏一员威信卓著的将领统一指挥。由于大顺政权覆败后档案材料毁灭殆尽，我们无法得知李自成为什么要那么匆促地返回西安，为什么连长期担任前线总指挥的刘宗敏也没有留镇山西。清军占领畿辅地区后，山西就成了大顺政权同清方对峙的前线，李自成部署之不当又一次证明了他缺乏战略眼光。
五月初十日，一度投降大顺政权的明大同总兵姜瓖发动叛乱，“阳和军民约与镇城军民内应，于是杀（张）天琳及伪中军张黑脸，恢复大同”。姜瓖占据大同地区后，初期也是以复明为号召，他拥戴“境内枣强王朱鼎续先帝之祀”，“委以国政”。按时间推算，这时李自成正在太原地区，却没有对这一雁北重镇发生的重大变故采取任何措施，而是继续西撤。姜瓖随即在清方拉拢下，很快归附了清廷。六月十六日，他接到清兵部信牌传达多尔衮的令旨：“大同总兵官姜瓖忠诚为国，擒杀伪将，平定大同、阳和等功，予甚嘉悦。但立枣强摄理国事，以延先祀等语，甚觉不宜，其枣强王可照旧守其本等爵级。……”姜瓖立即遵令用顺治年号“大张榜示，通行布告军民人等”。这样，大同的复明变成了归清。
明恭顺侯吴惟英之弟吴惟华在多尔衮进京时拜迎马首，自告奋勇前往山西替清朝招安地方。多尔衮欣然同意。六月，吴惟华离京赴晋，在两三个月里联络一些明朝文官武将先后招降了代州、繁峙、崞县、五台，攻克静乐、定襄等州县，从而使清朝控制区扩大到太原以北。
姜瓖在大同叛变投清以后，又发生了唐通在晋、陕交界地区的叛乱。顺治元年八月初六日，清廷以摄政王多尔衮名义写信招降唐通。唐通和姜瓖、吴三桂等人一样都擅长于见风转舵。大顺军兵败撤出畿辅后，他奉李自成之命镇守同陕西相邻的军事要地保德州、偏关地区。由于姜瓖的叛变，大同地区落入清方之手，唐通估计大顺政权难以同清廷抗衡，就在八月下旬以保德州为据点发动叛乱，文告改用明崇祯年号，西渡黄河袭击陕西府谷县，同大顺政权镇守陕北的亳侯李过激战达半月之久。由于变生意外，李过部损失较大。唐通占领了山西保德州、岢岚州、永宁州（今山西省吕梁市）、河曲县、兴县、岚县、临县和陕西府谷县、葭州（今佳县）一带。清朝委任的山西总兵高勋和唐通有一面之交，于九月初三日派人往保德招降唐通，初七日唐通回信表示愿意归附清朝。十月十一日，他正式拜表投降清廷，改用顺治年号。清廷于十一月将唐通由定西伯加封为定西侯。唐通的叛变，不仅使山西北部全部沦入清方之手，而且由于唐军占领了府谷、黄甫川、清水营和葭州一带，在黄河西岸的陕西境内也建立了据点，对大顺政权的陕北防务构成了威胁。李自成深为愤慨，下令把唐通的母亲和儿子处死。
历史证明，大顺政权在驾驭明朝降将上犯了一系列错误。从1644年到1645年，归附大顺的明朝旧将几乎毫无例外地叛变投敌，对于整个局势的逆转影响极为巨大。李自成的嫡系部队既不如清朝满洲八旗兵强劲，对于来附的明朝将领本应授予高官显爵，改编其军队；即便要任人器使，也应以嫡系大将统精兵为主，降将为辅。李自成宽厚有余，警惕不足，往往任用刚刚投降过来的明朝将领率领原部兵马独当一面。结果风向一转，叛乱四起，终致土崩瓦解，教训是非常深刻的。