一、这部书以学术价值为前提。不满足于“言必有据”“无一字无出处”，而是力求在史实上考订准确。有些问题难以下结论，只好暂时存疑，同时在正文或注解中指出疑点所在。
二、引用材料尽可能保持原文，不改译成现代汉语——尽管这样做对某些读者不方便，但史学工作者和有一定文化素养的文史爱好者大抵是喜欢看到史籍原文的。凡属本书作者认为是后人托名伪造的文献一概摒弃不用，如明末遗民刘彬的《晋王李定国列传》之类。
三、南明史事头绪纷杂，本书既不能写成通鉴体，又不能写成纪事本末体，为方便计大致按照时间顺序就问题分章节叙述，章节间尽量互相照应。
四、在时间上年份一般注明相应的公历，月日一律用旧历，以便于查对引用书目。
五、对南明以来包括“正史”、野史、“遗民”作品直至近人影响较大的著作中存在的谬误或偏见，在适当地方依据准确史料予以澄清，以免以讹传讹。
六、本书引用史料大多数是作者在各图书馆和档案馆时抄录的笔记，虽在摘录时经过核对，力求准确，但也不敢说绝对没有笔误。如果有人未见原书而从本书中转引史料，请注明引自本书。这不仅是著作权问题，更重要的是对读者负责和学术上的良心体现。
七、在史学著作中附上插图和地图，有助于增加读者的兴趣并提供方便。本书在撰写过程中也颇有此意，收集了一些图片。然而，南明史牵涉面太广，选用插图和绘制地图成了一个难题。何况，南明是失败的一方，保留下来的实物绝大多数不是最有代表性的。如果要照顾到方方面面，势必出现能找到什么就拿出什么，未必能取得较佳效果。南明实物图片在相关著作中制版印出者业已不少，如台湾出版之《郑成功全传》书首图片即多达五十一页，永历“敕命之宝”已在数种书籍中刊出图片，南明一些重要人物的文籍也往往附有作者画像、手迹照片，各政权发行的货币见之于多种图集。本书若大批选入既缺乏新鲜感，又必然加重读者负担。犹豫再三，暂付阙如。如有再版机会再视情况而定。