大顺军的攻克北京和崇祯帝的自尽，标志着明王朝的覆亡。但是，淮河以南绝大部分地区仍然处于明政府管辖之下。当大顺军向北京进军时，南方部分官员知道京师难保，已经做了从海路迎接太子朱慈烺来南京监国的准备。三月二十九日，即在北京失守十天之后，消息就传到了江苏淮安。四月初八日，淮安巡抚路振飞根据塘报向当地官绅宣布了京师失守的重大变故。这里有两点值得注意，一是淮安距留都南京不远，南京六部等高级官员虽然很快得到了北京陷落的消息，却由于崇祯帝和他三个儿子的下落不明，不敢轻举妄动，他们严密封锁消息，“禁讹言”，内心里却焦急不安。“诸大老每集议事堂，惟相向攒眉，竟日无一语。或仰视屋之罘罳，咄嗟而已。间曰：‘事如不可知，将奈何？’竟以靴尖蹴地作叹息声，各各散走，以为常。”另一点是北京失陷的消息传到淮安时，福王朱由崧、潞王朱常淓以及周王、恒王都因逃难泊居于淮安城西湖咀。朱由崧和朱常淓也必然想到这一事件对自己的前途可能发生的影响。
南京在明朝初年是帝国的首都，永乐年间迁都北京以后，南京作为留都一直保留了六部、都察院等一整套与北京相对应的中央机构。这种两京制度的特点是：皇帝和内阁大学士等决策人物都在北京，北京的六部等衙门是名副其实的中央权力机构；南京各衙门多为虚衔，公务清闲，任职官员被称为“吏隐”，但地位一般不低于北京相对应的衙门官员。在留都握有实权的是南京参赞机务兵部尚书、南京守备太监和提督南京军务勋臣。
自从大顺军兵临北京城下之日起，朝廷的一切政令无法发出，南京的高级官员大概在接到崇祯皇帝“命天下兵勤王”的诏书以后就再收不到邸报了。召兵紧急勤王和随之而来的音信不通，使南京各衙门大臣、守备太监、勋臣们越来越感到不安。四月初一日，以南京兵部尚书史可法领衔发布了“号召天下臣民起义勤王捐赀急事”的南都公檄，檄文中提到“南北之耗莫通，河山之险尽失”之类的“宗社危情”，表明他们已经笼罩在一种不祥的预感之中。四月初七日，史可法率兵渡江准备北上“勤王”；几天之后，他误信了一个不可靠的消息，写信给南京詹事府詹事姜曰广说，崇祯帝已乘舟由海道南下，太子也从间道得以逃出，南京的官员们信以为真，一个个喜形于色，奔走相告。谁知第二天就传来了朱由检在三月十九日自尽于煤山的消息，这消息在四月十七日被从北京逃出来的原大学士魏炤乘证实。朝廷既已全部覆亡，作为留都的南京很自然地成了明朝半壁江山的政治中心。这里当政和在籍的大臣如雷轰顶，顿时乱成一团。对于他们来说，当务之急是立君。由于崇祯帝的三个儿子都被大顺军俘获，未能逃出北京，在没有直系皇位继承人的情况下，南京及其附近地方的大臣、勋贵、太监和拥兵自重的将帅就在拥立哪一位藩王的问题上展开了一场钩心斗角的争执。以血统亲近而言，崇祯帝的祖父神宗朱翊钧的子、孙还有福王朱由崧、惠王朱常润、桂王朱常瀛（瑞王朱常浩原封汉中，李自成军入陕他逃至四川重庆，甲申六月被大西军处死）；神宗兄弟的儿子则有潞王朱常淓。按照封建伦序观念，自然应该首先考虑福王、桂王、惠王。而在福、桂、惠三王中朱由崧又处于优先地位，这是因为：第一，三亲藩中福藩（老福王朱常洵）居长；第二，桂、惠二藩比崇祯帝高一辈，不如朱由崧援引“兄终弟及”（实际是弟终兄及）继统更为适宜；第三，桂、惠二王在崇祯十六年（1643）张献忠部进入湖南时逃往广西，距南京较远，福王却近在淮安。福王朱由崧在伦序和地理上占了明显的有利地位。在这里，我们应当特别注意东林—复社中一些骨干人士在继统问题上所起的恶劣作用，他们的一些偏见深入人心，一直沿袭到现在。事实上，当时的有识之士都主张由福王朱由崧继统，如淮抚路振飞“遗书南京兵部尚书史可法，谓伦序当在福王，宜早定社稷主”。刘城《上阁部史公书》中说：“自都门失守，大行皇帝凶问频传，虽所传不一，大略颇同，公率先诸臣奉迎福藩殿下，临莅南京，此中外臣民之愿也。”下文说他见到的诏旨仍用监国名义，“未有御极之意”，他极力主张应该“早上尊号”，理由是“伦序应在福藩，大宝之御无可迟滞之端”。给事中李清、章正宸，进士郑元勋等人也持相同态度。李清记载：“北都变闻，在籍钱宗伯谦益有迎潞王议。扬州郑进士元勋密语予：‘予语里人解少司马学龙曰：福从此始矣，神宗四十八年，德泽犹系人心，岂可舍孙立侄？况应立者不立，则谁不可立？万一左良玉挟楚，郑芝龙挟益，各挟天子以令诸侯，谁禁之者？且潞王既立，置福王于何地？死之耶？抑幽之耶？是动天下之兵也，不可。”接着又说章都谏正宸力主应“以福藩为国本”，“时草野闻立潞，皆不平；及（福）王监国，人心乃定”。然而，江南士绅中的一部分东林党人却从狭隘私利出发，强烈反对由福藩继统，原因是朱由崧的祖母是备受神宗宠爱的郑贵妃，从万历到天启朝廷上围绕着储君问题展开的“妖书”“梃击”“移宫”等轰动一时的案件都同郑贵妃有关，何况正是由于东林党人的力争，神宗和郑贵妃希望立福王朱常洵（朱由崧的父亲）为太子的图谋才化为泡影。因此，他们担心一旦朱由崧登上帝位，重翻旧案，自己在政治上将会失势。在籍礼部侍郎钱谦益当时被视为东林党魁，他两次从原籍常熟赶往南京，以“立贤”为名，到处游说，提议迎立潞王朱常淓。支持钱谦益的有南京兵部侍郎吕大器、南京户部尚书高弘图、右都御史张慎言、詹事府詹事姜曰广等人。一度具有举足轻重地位的首席大臣南京兵部尚书史可法是倾向于东林党的人物，他内心里对拥立福王有所顾忌，但又认为应该按伦序迎立神宗的子孙。
各种南明史籍在迎立问题上记载非常混乱，原因是弘光既立，先前持异议者不免改口，局外人士又难免轻信风闻和自我揣测，弄出种种误解。比较而言，最可靠的记载是直接参与其事的姜曰广所著《过江七事》。按姜氏记载，当时“江南北诸绅”（指钱谦益等热衷于东林门户之见的官绅）“群起拥潞王”。作为实权人物的史可法处于进退两难的境地，他是东林党人左光斗的得意门生，自然对拥戴福藩继统心存疑虑，但又担心舍亲立疏将引起更大的政治风波。经过反复考虑，他暗自决定前往浦口同凤阳总督马士英商量在桂王与福王之中选定一人。史、马密商的结果是“以亲以贤，惟桂乃可”。至于惠王朱常润不在议立之列是因为他迷信佛教，不懂世事。（朱常润次年降清后给清廷的奏疏中说：“臣自髫年皈依释教，性甘淡薄，只知焚祝，毫无外求。”）第二天，史可法亲自写信给南京高级官员说明定策意见：“迎桂者何？以福、惠之有遗议也，乃舍而立桂也。其潞藩则仿古兵马元帅之制暂借统兵马。”南京的官绅对于这个折中方案比较满意，由南京礼部准备乘舆法物前往广西迎接桂王。就在这一关键时刻，马士英由浦口回到凤阳，突然得到报告守备凤阳太监卢九德勾结总兵高杰、黄得功、刘良佐决定拥立福王朱由崧。这里有几点值得注意：一、卢九德在万历末年曾在宫中为老福王朱常洵服役，由他出面联络三镇当出自朱由崧的幕后策划。李清记载：“时王闻，惧不得立，书召南窜总兵高杰与黄得功、刘良佐协谋拥戴。刘泽清素狡，先附立潞议，至是以兵不敌，改计从杰等。”二、高杰、黄得功、刘良佐的积极参与拥立显然是为了攘取“定策之功”增强自己在政治上的地位。三、史可法之所以要亲赴浦口同马士英会商，正是因为士英身为凤阳总督，直接节制着高、黄、刘等总兵，借以取得军队支持。不料变生意外，马士英眼看手下大将全部自行投向福藩，如果再遵守同史可法达成的协议，自己只会被驾空、被淘汰，权力的欲望使他顾不上什么信义，抓住时机向福王朱由崧表示效忠。史可法还蒙在鼓里，继续写信给马士英申说朱由崧“贪、淫、酗酒、不孝、虐下、不读书、干预有司”七不可立的理由。马士英既已改变初衷，参加拥立福王的行列，史可法的来信等于直接指斥行将即位的皇帝，把权力的剑柄交到了马士英手里。马士英立即以凤阳总督和三镇名义正式致书南京守备太监韩赞周宣布拥立福王朱由崧。当南京各大臣被韩赞周邀请到家中传阅马士英的书信时，虽然不少人感到震惊，但是他们既无兵权，立桂、立潞的方案又已胎死腹中，失去了凭借，只好违心地表示同意。拥立潞王朱常淓的主要策划人物钱谦益的表现就颇为典型：“钱谦益侍郎触暑步至胶东（指高弘图）第中，汗渴，解衣，连沃豆汤（指解暑之绿豆汤）三四瓯。问所立？胶东曰：‘福藩。’色不怿，即告别。胶东留之曰：‘天子毋容抗也。’钱悟，仍坐定，遽令仆市乌帽，谓：‘我虽削籍，尝经赦矣，候驾龙江关。’”东林党魁的态度如此，其他原先追随拥潞的人也可想而知了。山东总兵刘泽清一度支持东林骨干拥立潞王，当他得知高杰、黄得功、刘良佐三镇的动向后，自知兵力不敌，立即随风转舵加入了拥立福王的行列。四月末，福王继统已成定局。
由于拥立定策问题对弘光一朝政局的影响极大，有必要做一点分析。前面说过，当时江南东林党人在朝、在野的势力很大，他们中间的骨干分子以“立贤”为名主张舍弃神宗嫡系子孙而拥立穆宗之孙潞王朱常淓，后来的事实证明朱常淓并不“贤”，他们的真正用意是排除福王以确保崇祯时期东林—复社党人在政治上的操纵权，特别是如果潞王以较远的宗支而被迎立，钱谦益等人有“定策”之功肯定可以飞黄腾达。一度处于权力中心的史可法优柔寡断，设想出拥立桂王的折中方案，以为桂、福二藩都是神宗嫡支，以桂抗福可以满足东林党人反对立福藩的愿望，又带着这个方案亲赴浦口同掌握实际兵权的凤阳总督马士英商量，自以为事出万全。结果风云突变，无论他主张拥立的是不是神宗嫡系，在朱由崧眼中他始终是反对自己黄袍加身的重要人物。就当时情况来说，帝位候选人桂、惠二亲藩离南京较远，福、潞二藩近在淮安，史可法既然主张按照伦序迎立，就应该当机立断，把颠沛潦倒之中的福王朱由崧接来南京继统。这样，朱由崧必将对他刮目相看，马士英和四镇也没有可乘之机。当初私下酝酿立君人选时，史可法曾经对姜曰广说：“以齐桓之伯也，听管仲则治，听易牙、开方则乱。今吾辈之所立者，岂其不惟是听，而又何患焉？”这表明史可法知道落魄之中的福王只要爬上皇帝的宝座，享尽人间富贵就心满意足，在这样一个同“察察为明”的崇祯帝截然相反的庸主下，朝廷大政必然落在自己这帮“君子”手里，事情可以办得很顺当。可是，史可法的这句话一传出去，“拥潞者闻之大哗。以询诸绅，又颇于福推恶。可法于是引避不言矣”。
古语说：“当断不断，反受其乱。”史可法多少有点门户之见固然是原因之一，但他的致命弱点是缺乏雄才大略，总想处处应付，八方妥帖，最后落得个事与愿违。张怡有一段话说得很有意思：“弘光皇帝以播迁之余，丁大乱之后，九庙之焰未息，万姓之席未贴，虽卧薪枕鼓，不足示其殷忧；布衣帛冠，不足表其恭俭。而圣质等于肉糜，皇衷习于市肆，卧深宫而枕宦者，爱比顽童；开后庭以待丽华，惟湛旨酒。李煜、孟昶合为一人，归命、东昏将与同传矣。然而治乱不关其意，故上每任人而不疑；贤才各极其材，故下亦任事而不忌。向使李纲、寇准之流为之相，韩、岳、宗泽之俦为之将。将相同心，不忧中制，中外一德，可弥外忧，即发兵诛不道，远逊萧王（指东汉光武帝刘秀），岂敷天同左袒，至出赵构下哉！”这话是颇有见地的。
在随机应变上，史可法显然不是马士英的对手。当史可法在南京被拥潞、拥嫡各派人士弄得左右为难时，特约马士英会商于浦口，推心置腹地谈了各方面的纷争和自己的折中意见，马士英认为这是自己参与定策的重要机会，正如他后来所说：“立桂，史意也。予曰：亦佳，但须速耳。”他甚至在同史可法达成协议后曾经邀请南京各衙门官员赴浦口当面宣布这一决定，借以显示自己是参与定策迎立桂王的第二号人物。谁知南京六部等大臣认为凤阳总督不过是地方高级官僚，无权召集朝廷大臣开会。自感扫兴的马士英回到凤阳，得知太监卢九德同高杰、黄得功、刘良佐已决定拥立福王，开始是大吃一惊，然而他毕竟屡经宦海浮沉，老于世故，看准了朱由崧要当皇帝已难阻止，有将帅统兵为后盾，有太监在旁翊赞，不足之处正是缺少一员大臣。马士英立即转向，同高杰、黄得功、刘良佐、卢九德等人在凤阳皇陵前立誓拥戴福王，成了定策第一文臣。为了取得在即将建立的南明朝廷首席大学士职位，他抓住史可法为拥立桂王而列举福王七不可立的来信作为把柄，又针对南京等地东林党人拥潞之声甚嚣尘上，带领兵马护送朱由崧直抵浦口，并且在立福已成定局的情况下发出表文声称：“闻南中有臣尚持异议，臣谨勒兵五万，驻扎江干，以备非常，志危险也。”这一着棋实在厉害，南京最高文臣史可法知道自己上了大当，攻击福王的书信落在马士英手里，白纸黑字，有口难言，他除了满腹悔恨地默默跟随福王朱由崧由浦口乘船前往南京就任监国以外，别无其他选择了。弘光一朝党争的激化、武将的跋扈，最后导致覆亡，关键都是从这里蔓延开来的。李清写道：“使诸臣果以序迎，则上何至书召四镇，士英与杰又何得居功？非钱谦益、吕大器误之而何？”钱谦益、吕大器固然是拥立潞王的主谋人物，但是真正一度拥有决策大权的是史可法，他在这样的重大问题上态度游移，没有断然决定拥立福王，致使朱由崧求助于镇将，从此大权旁落，应当负主要责任。
四月二十九日，福王朱由崧在史可法陪同下，乘舟抵达南京城外燕子矶，南京官绅均往朝见。五月初一日，朱由崧登岸，先拜谒孝陵然后从朝阳门进城，驻于内守备府。谈迁记载了他目睹朱由崧进入南京的情况：“初，迁闻王谒陵，出朝阳门外，万众伏候。见王乘辇，角巾半污旧，手摇白竹扇，有陇亩风。窃心幸之。不料淫佚败度，为怀愍之续也。”文武百官朝见后商议立福王为主究竟应当立即登极为帝还是暂用监国名义，这里的区别是登极后就没有改变的余地，监国则尚有退步。有的大臣考虑到崇祯三子下落不明，而他们之中任何一人都是较各藩王更符合继承帝位的人选，因此主张再等待一段时间。初三日，朱由崧在南京就任监国，用黄金铸造监国宝，颁谕天下说：
……孤避乱江淮，惊闻凶讣，既痛社稷之墟，益激父母之仇。矢不俱生，志图必报。然度德量力，徘徊未堪。乃兹臣庶，敬尔来迎，谓倡义不可无主，神器不可久虚，因序谬推，连章劝进，固辞未获，勉循舆情，于崇祯十七年五月初三日暂受监国之号，朝见臣民于南都，孤夙夜竞竞，惟思迅扫妖氛，廓清大难。德凉任重，如坠谷渊，同仇是助，犹赖尔臣民。其与天下更始，可大赦天下。
就任监国之后，朱由崧依照廷臣会推，任命原南京兵部尚书史可法为东阁大学士兼礼部尚书，入阁办事；马士英加东阁大学士、兵部尚书、右副都御史衔，仍任凤阳总督。不久又以原詹事府詹事姜曰广为礼部左侍郎，与原礼部尚书王铎，二人兼东阁大学士入阁办事。以张慎言为吏部尚书，召刘宗周为都察院左都御史，其他衙门官员也先后做了安排。按照史可法、高弘图、张慎言等人的意向是尽量让“正人”占据要津，使朝廷建立之始有一番新气象。开初在安排朝廷重臣上，他们得以如愿以偿。然而，这种局面很快就改变了。争夺朝廷权力的较量先从首辅开始。按明代制度，南京兵部尚书位居留都百官之首，弘光朝廷初立，史可法就成为当然的首席大学士。在定策问题上史可法既被马士英出卖，得不到朱由崧的信任，包括勋臣在内的一些小人立即随风转舵。姜曰广记载，魏国公徐弘基等原先顶奉史可法不啻天人，“权寄稍移，下石随起”，竟然倡言可法“勤王无功”“可杀”。马士英拥立福王本意就在攫取权力，他绝不会满足于加几个空衔而官居原职。于是，他先利用诚意帮刘孔昭争入内阁，当遭到其他官员以“我朝从无勋臣入阁之例”为理由坚决反对时，刘孔昭立即回答说：“即我不可，马瑶草（士英字）何不可？”朱由崧与马士英早有默契，当即决定召士英入阁辅政。史可法明知自己指斥福王的把柄落在马士英手里，现在马士英既以“定策”首功备受朱由崧青睐，被召入阁辅政，江北不能没有重臣督师，因此，他“自请督师淮扬”。五月十二日朱由崧批准史可法出任督师。
五月十五日，朱由崧正式即位为皇帝，改明年为弘光元年。第二天，马士英入阁主持政务兼任兵部尚书。史可法于十八日陛辞。二十日渡江往淮阳督师。尽管在整个弘光时期，史可法的加衔都略高于马士英，但在朱由崧监国仅半个月之后即被排挤出外，足以说明他的失势。黄宗羲有以下一段议论：“士英之所以挟可法，与可法之所以受挟于士英者，皆为定策之异议也。当是时，可法不妨明言：始之所以异议者，社稷为重、君为轻之义；委质已定，君臣分明，何嫌何疑而交构其间乎？城府洞开，小人亦失其所秘，奈何有讳言之心，授士英以引而不发之矢乎？”他接着写道：“臣尝与刘宗周言之，宗周以为然。语之可法，不能用也。”这未免是书生之见。因为关键在于史可法在议迎立时列举了福王“七不可”的理由，对朱由崧的人品做了全面的攻击；弘光既立，作为人臣的史可法不可能无“讳言之心”，何况以“社稷为重”做解释等于说朱由崧不适合肩任宗社之重担。李清记马士英曾密疏言：“上之得位，由臣及四镇力，其余诸臣皆意戴潞藩；今日弹臣去，明日且拥立潞藩矣。上信其言，为雨泣久之。以后一切朝事，俱委士英。”史出马入，在许多史籍中认为是弘光朝廷夭折的一个重大关键。诚然，史可法远较马士英清廉正直，但如果认为他留在朝廷秉政，就可以保障江左，进而恢复中原，那就未免对史可法的政治眼光和魄力估计太高了，也不了解南明酝酿立国之时史可法受东林党骨干分子的牵制业已铸下大错。他本人不可能得到新天子的信任还在其次，真正的关键在于按伦序应继承帝位的朱由崧眼看将被东林诸公排斥，为了登上大宝不得不求助于武将，这样才造成了本来无功可录的武将一个个以定策元勋自居。马士英的政治投机虽然保证了他个人地位的上升，但是导致弘光一朝武将跋扈局面的并不是他，而是史可法。一度掌握着拥立大权的史可法未能抓住这个稍纵即逝决定社稷安危大计的机会，定策之功落入军阀之手，弘光既立，无论他在朝辅政，还是在外督师，都改变不了武将胁制朝廷、无意进取的局面。史可法自食苦果，被迫让出首辅之位过江督师，只是证明他决策错误，事机已失，无可挽回。一批倾向东林党的士大夫大喊大嚷“秦桧在内，李纲在外”，国将不国，其实为时已晚。后来的史学家没有弄清事情的因果关系，重复旧说，无助于总结历史的经验教训。在历史上，当权人物可以犯这样、那样的错误，但在关键时刻的关键问题上一步错则步步错，史可法的悲剧正是从这里展开，弘光一朝的毫无作为以至于土崩瓦解主要原因也在这里。有关南明的大量史籍众说纷纭，大抵都没有说到点子上，本书特三致意焉。
任何一个国家政权要想有所作为，必须首先保持内部稳定。内部稳定又在很大程度上取决于朝廷威望和文武官员的齐心合力。纵观明代史事，文臣、武将势力虽有消长，朝廷的威信却是至高无上的。大致来说，明初重武轻文，公侯多为开国、靖难元勋。然而，太祖朱元璋、成祖朱棣都是雄才大略的御将之材，勋臣地位虽高，仍不足以对朝廷构成威胁。明中期以后，承平既久，重文轻武之风积重难返，即以用兵而言，出任统帅者均为文臣，直至崇祯年间沿袭未改，武将拥兵自重虽已显露端倪，但迄于明朝北廷覆亡，除了崇祯帝有意包庇的左良玉以外，将领们还不敢违抗朝廷的调遣和朝廷所派重臣的节制，更谈不上操纵朝廷军国重务了。南明几个朝廷最大的特点和致命的弱点正在于依附武将。武将既视皇帝为傀儡，朝廷徒拥虚名，文武交讧，将领纷争，内耗既烈，无暇他顾，根本谈不上恢复进取。南明之不振种因于此，这种局面的始作俑者正是史可法。
史可法在定策问题上犹豫不决，导致朱由崧乞援于武将。弘光既立，高杰、黄得功、刘良佐、刘泽清以败军之将坐收“定策”之功，军阀操纵朝廷的局面业已形成。史可法自知铸下大错，还想竭力挽回。五月初八日他呈上“敬陈第一紧急枢务事”的启本中说：
从来守江南者，必于江北。即六朝之弱，犹争雄于徐、泗、颍、寿之间，其不宜画江而守明矣。但此时贼锋正锐，我兵气靡，备分则力单，顾远则遗近，不得不择可守之地，立定根基，然后鼓锐而前，再图进取。臣以为当酌地利，急设四藩。四藩者：其一淮、徐；其一扬、滁；其一凤、泗；其一庐、六。以淮、扬、泗、庐自守，而以徐、滁、凤、六为进取之基。凡各属之兵马钱粮，皆听其自行征取。如恢一城、夺一邑，即属其分界之内。……而四藩即用靖南伯黄得功、总镇高杰、刘泽清、刘良佐，优以礼数，为我藩屏，听督臣（指马士英）察酌，应驻地方，相机固守。江北之兵声既振，则江南之人情自安。黄得功已封伯，似应进侯；杰、泽清、良佐似应封伯。左良玉恢复楚疆，应照黄得功进侯。马士英合诸镇之功，爵赏似难异同。卢九德事同一体，听司礼监察叙。
姜曰广记：“弘光御极，群臣上言：‘皇上龙飞应运，实惟总兵官，至高杰、黄得功、刘良佐、刘泽清早决大计，拥立圣躬，功在社稷，宜锡五等爵，剖符延世。’诏曰：‘可。’”这说明史可法、姜曰广等人急于弥补自己在拥立问题上的失误，尽量笼络四镇换取朱由崧和支持他上台的人的好感，实际上是步马士英的后尘。然而，马士英已占先者，五月初九日到达南京。次日，朱由崧召见史可法、高弘图、姜曰广、马士英四人，让他们迅速议定用人、守江、设兵、理饷的事宜。十一日，史可法再次上启本除了重申设立四镇外还谈到了督师问题，他说：“有四镇，不可无督师，应驻扬州，适中调遣。”弘光朝廷决定封高杰为兴平伯，镇守徐州、泗州地区；刘良佐封广昌伯，镇守凤阳、寿州地区；刘泽清封东平伯，镇守淮安、扬州地区；靖南伯黄得功加封侯爵，镇守滁州、和州一带。史可法提出的四镇驻地和所谓进取之基都在南直隶境内，督师驻地更近在江北咫尺之地扬州。当时的一些人士都看出了史可法的毫无远图，意在保住江南。李清在采录了这两篇启本后感慨地写道：“然于青、兖、开、汝（指山东、河南一带），似置之不讲矣。”张岱说：“以史阁部之设四镇，不设于山东、河南，乃设于南畿数百里之内，此则阁部之第一失著。”曾任商丘知县的梁以樟上书史可法说：“守江非策也。公今以河南、山东为江南屏蔽，仿唐、宋节度、招讨使之制，于山东设一大藩，经理全省，以图北直；于河南设一大藩，经理全省，以固山、陕，择大臣才兼文武者任之，厚集兵饷，假以便宜。于济宁、归德设行在，以备巡幸，示天下不忘中原，如此克服可期。若弃二省而守江北，则形势已屈，即欲偏安，不可得矣！又四镇咸跋扈，宜使分不宜使合，务别其忠顺强梗之情以懋劝之，而阁部大树兵以自强，乃可制也。”“可法心然其言，然卒不能用。”
从表面看，这些议论都很正确。但考察一下当时的各种因素，史可法有不得已的苦衷。甲申五、六月间，南方诸臣只知道大顺军已占领整个黄河流域，前锋直逼淮上，高杰、刘泽清率部南逃，在这种形势下史可法为防止大顺军饮马长江，做出守淮、守江的部署有其特定的背景。六月中旬以后，大顺军兵败西撤，畿南、山东、河南等地官绅反叛大顺政权，陷于一片混乱当中。就弘光朝廷而言，趁清军尚未南下之时，出军北上，会合这些地方的官绅武装，扩大自己的管辖区，自然不失为一着高棋。史可法未必看不到这一点。问题是，高杰、黄得功、刘良佐、刘泽清已因“定策”有功，备受弘光帝和马士英的宠信，志骄气盈，一心追求的是在江北争夺繁华之地，既可过太平日子，又可就近要挟朝廷。史可法出任督师时已是“失势悯墨”之人，他根本指挥不了“四镇”，只好奔走调停于四镇之间，如奉骄子，一筹莫展。
下面对四镇的来历做一简单介绍。
黄得功，字虎山，开原卫人，出身行伍。崇祯年间长期在南直隶的江北地区、河南一带同张献忠、革左五营等部义军作战，升至庐州总兵。明亡前夕随马士英平定河南永城叛将刘超，论功封为靖南伯。
刘良佐，字明辅，北直隶人，因常骑一匹杂色马，人称花马刘。崇祯年间统兵在宿松、庐州、六安一带同义军作战，升任总兵官。北都覆亡时他带的军队驻在河南正阳地区，甲申四月应凤阳总督马士英邀请率部进入南直隶，“沿途淫劫，临淮民闻其将至，严兵固守。良佐怒，攻之，不下”。马士英让他移驻寿县一带。关于刘良佐有一点需要特别注意，他的弟弟刘良臣早在1631年（明崇祯四年）大凌河之役时任游击，就已随总兵祖大寿投降清廷。后来清军南下时，他不战而降当与此有关。
高杰，字英吾，陕西米脂人，原为李自成部将，绰号翻山鹞，投降明政府后多次参加对农民军的追剿，升任总兵。甲申初大顺军渡河东征，明朝武将大批归附，高杰因为同李自成有宿怨，不敢投降，率部由陕西经山西、河南怀庆一直逃到山东。高部进入山东时，见地方百姓对明朝廷已失去信心，盼望大顺军早日到来。为了顺利通过各州县并取得粮饷，高部将领竟然冒充为大顺军。康熙年间金乡知县沈渊记载了当地的一件掌故：“犹忆闻之老者，谓当崇祯甲申三月（当为二月，见注）有号翻天鹞子者，高杰麾下将也。挟逃兵数千人假名‘闯王安民’，兵薄金乡城。方是时，寇贼充斥，金乡官民守城，城门昼夜闭，而见贼言如此，喜其安民，方谋牛酒迎劳，且遥问安民何如？贼且作宣诏状，有‘禁掳、禁杀，敢违者斩无赦’诸语，彼军士则狂走如骛，汹汹不可遏，守者方疑之。”高杰在夺路狂奔之际，派使者到寿州同凤阳总督马士英联系。士英得知他部下有兵三万、马骡九千，立即回信让高杰部屯驻徐州，听从自己节制。高杰赴寿州谒见马士英后回镇徐州，不久就凭借太监卢九德的穿针引线，成了“定策”元勋。
刘泽清，字鹤洲，山东曹县人，出身行伍，崇祯末年升至山东总兵。大顺军迫近北京时，崇祯帝命他率部火速入卫京师，他谎称坠马受伤，拒不奉诏。不久大顺军进入山东，他带领主力向南逃至淮安。在南京诸臣商议立君的问题上，他起初迎合东林党人钱谦益、吕大器等主张拥立潞王朱常淓，后来得知黄得功、高杰、刘良佐和马士英已经决策拥立福王朱由崧，他自知兵力不敌，立即摇身一变，加入了拥福的行列。四镇中高杰、黄得功兵力较强。高杰、刘泽清是望风而逃的败将，本应受到朝廷的惩罚；黄得功、刘良佐在甲申年间也无“功”可录，只是由于他们以兵力做后盾使朱由崧得以如愿以偿登上皇帝的宝座，都成了定策功臣。五月十七日，黄得功进封为靖南侯、高杰为兴平伯、刘泽清为东平伯、刘良佐为广昌伯；世守武昌的左良玉虽然没有参加定策，但他兵多将广，也进封为宁南侯。四镇的形成本不是因为为明室收复“失地”中做出过什么贡献，而是因为在策立上对朱由崧个人有功。就弘光、马士英而言，需要凭借他们的兵力慑服江南士绅；四镇也自恃有功，“天子乃我辈所立”，从此骄悍跋扈，一味麇集于南直隶江北地区争夺“善地”以自肥，进而挟制朝廷。
关于四镇封爵的问题，种根于迎立新君上的分歧。具体情节各书记载不完全相同。应延吉记甲申十一月史可法对他说：“天下事已不可为。先帝变日，予待罪南枢，分固应死，转念天下国家之重，庶几主器得人，希绍一成一旅之烈，不意决裂至此！揆厥所由，职由四镇尾大不掉。为今之计，惟斩四臣头悬之国门，以为任事不忠之戒，或其有济。昔之建议而封四镇者，高弘图也；从中主张赞成其事者，姜曰广、马士英也；依违其间，无所救正者，余也。”黄宗羲的说法是：“马士英既借四镇以迎立，四镇遂为士英所结。史可法亦恐四镇之不悦己也，急封爵以慰之。君子知其无能为矣。”姜曰广记：“先是，封事起仓卒，诸将条上事宜，上许焉。一切诛戮、署置、盐课、商税以及正供之赋，俱得便宜从事，俨然藩镇矣。”姜曰广和北大司寇（刑部尚书）解学龙等上言若不改变，“深酿地方忧”。马士英回答道：“史送之，令吾夺之，不能！”弘光帝即位不久，江西总督袁继咸朝见时面奏：“封爵以劝有功。无功而伯，则有功者不劝；跋扈而伯，则跋扈者愈多。”朱由崧表面上赞成袁继咸的意见，叹气说：“事已成，奈何？”实际上正如六月二十日国子监典籍李模疏中所言：“今日拥立之事，皇上不以得位为利，诸臣何敢以定策为名？甚至定策之名加之镇将。镇将事先帝，未闻效桑榆之收；事皇上，未闻彰汗马之绩。案其实亦在戴罪之科。予之定策，其何敢安？”这话说到了问题的实质。南明的几个朝廷都是由武将拥立和操纵，但从来驾驭不了武将。武将既不以是否为国出力受赏罚，而是靠挟制朝廷加官晋爵，一旦形势不利，倒戈相向，保全富贵，自在意料当中。总而言之，南明立国之初，底子就没有打好，作为关键人物的史可法没有断然决策迎立福王朱由崧，利用皇权稳住大局，收拾残疆，是重大的失策；朱由崧眼看有当不上皇帝的危险，急忙派人召镇将拥立，授以“定策”之名。从此太阿倒持，军人专政，国已不国。军阀之间又矛盾重重，勇于私斗，怯于公战；文臣或依附某一军阀为靠山，或束手无策，放言高论者有之，引避远遁者有之，坐看江河日下，国土沦丧。南明之未能比拟于东晋、南宋，其源全出于此。后来在赣州殉难的隆武朝大学士杨廷麟曾赋诗寄慨云“帝京何日复，请将近承恩”，“王室犹多难，书生且论功”，对弘光至隆武朝事做了简要的概括。
四镇既以定策功封爵，“人人有门生天子心”，桀骜不驯。督师大学士史可法在讲话时常引用“圣旨”，高杰大不以为然，当面顶撞道：“旨、旨，何旨也！尔曾见皇极殿中有人走马耶！”黄得功有一次跪着听使者宣读诏书，觉得不合自己的意思，不待读完就爬起来，“攘袂掀案，大詈曰：去！速去！吾不知是何诏也！”在极其重视君臣之分的中国封建社会里，这种场面是很罕见的。他们对廷臣有所不满时，就上疏云“乞付军前正法”。刘泽清在陛见弘光帝时大言无忌地说：“祖宗天下，为白面书生坏尽，此曹宜束之高阁。俟臣杀贼后，取而拂拭用之，以听其受享可也！今请罢制科勿设便。”史可法在军中写信给大学士高弘图，“盛言‘镇锋恶，盍谨避之！’”四镇的气焰如此嚣张，皇帝和廷臣也无可奈何，马士英虽然投机附和镇将得以位居首辅，但他同样受制于四镇和左良玉，毫无作为。
四镇的驻地为：黄得功驻真州（今江苏省仪征市）、刘良佐驻寿州、刘泽清驻淮安，高杰原受命安顿家口于扬州城外然后统兵北征。可是，高杰贪图扬州富庶，要求将家口安置于城内。扬州的百姓见高杰部下士卒在附近村庄到处抢掠焚杀，“烟火蔽日”“僵尸遍野”，纷纷罢市登陴，不让高军入城。高杰恼羞成怒，于六月初七日下令攻城。扬州进士郑元勋从中调停，同高杰面议只让官兵家眷安置城内，不在城内驻军。不料扬州百姓群情激愤，当场击杀郑元勋。督师大学士史可法亲自来到扬州城外的高杰军营里，婉转劝说，一味姑息牵就，“阁部之行也，以川兵三百自随，杰疑之，可法即分与二百人，然杰疑如故。……杰防可法甚严，一切出入文移必呈杰始达可法。……可法留杰营月余，不得要领”。经过反复磋商，最后决定把扬州附近的瓜洲作为高军安顿之地。
江北四镇是这样跋扈自雄，世镇武昌的宁南侯左良玉在崇祯年间就已尾大不掉，自行其是。弘光监国和即位的诏书颁到武昌，他一度拒绝开读，在湖广巡抚何腾蛟、部下监纪副总兵卢鼎等人的劝说下，才勉强开读成礼。南明其他将领如郑芝龙、方国安等人见大将如此，也各自盘算自身利益，不以国事为念。
明后期的党争是统治集团内部矛盾激化的表现，它贯串于万历以后整个的生活中，一直延续到南明。崇祯在位的十七年间党争基本上限于在朝、在野的官绅当中；弘光以后军阀势力介入，朝中文臣往往以武将为靠山，使党争变得更加复杂尖锐。在一定意义上可以说，党争是导致明朝灭亡的一个重要原因。
南明第一个朝廷——南京政权从酝酿建立开始，就发生立福、立潞的争议，所谓“立贤”“立亲”不过是表面文章，实质上是不同利益集团为争夺新政权垄断地位的一场争斗。弘光即位的时候，全国已处于四分五裂的状态，清朝、大顺以至张献忠的大西政权都面临一个争取人才为己所用的问题，弘光政权也不例外。在争取人才方面，史可法是比较清醒的，当五月初起草监国诏书时，原稿起用废臣一款内有“除封疆（指任职期间所管地方失守）、逆案、计典、赃私不准起用”一语，他认为“国事之败坏非常，人才之汇征宜广，未可仍执往时之例”，把这句话删去。一两天后正式发布时，连史可法也不知道是怎么回事，仍照原本发出。后来史可法上言又引马士英奏曰：“监国诏书，据阁臣史可法疏谓，逆案等事俱抹去，而吕大器添入之。是以戎臣而增减诏书也。”总之，集中于南京附近江浙人文荟萃之地的一批官僚（他们大多是东林—复社人士）有一个如意盘算，一方面趁北都陷没，朝臣除极少数“死节”以外几乎都投降了大顺政权成为“从贼伪官”；一方面又以不准起用“逆案”等旧例为理由阻挡另一批在野官绅入仕，这样可以为自己控制从中央到地方的全部要津铺平道路。由于历史的原因，他们担心福王朱由崧即位可能掀翻逆案，使自己在政治上失势。朱由崧不得不凭借四镇武将的支持登上帝位，由此形成武将无功封爵、跋扈自雄的局面。四镇的遥控朝政，使东林—复社党人垄断朝政的图谋遭到重大挫折，这本来是他们自己种下的苦果。然而，一贯以清流自命的东林—复社骨干从来不肯承认自己私心自用，而是集中火力攻击投机取巧的马士英和他援引的阮大铖，似乎事情全坏在马阮乱政，掀翻逆案，正人君子联袂而去，众小人翩翩入朝，终于导致南京弘光政权的覆亡。这种观点由黄宗羲创立的浙东史派发扬光大，流传三百多年，至今尚未廓清。
弘光初立的时候，大臣多是东林—复社人士心目中的正人君子。这种局面没有维持多久，姜曰广、高弘图、张慎言、刘宗周等人相继被排挤出朝。然而，这并不是掀翻逆案的结果，直到弘光朝廷覆亡，列名魏忠贤逆案中的人物极少起用。何况，弘光朝廷面对的是大顺和清方，起用不起用逆案官绅无关大局。清兵进入北京后留用大批降闯官员、礼聘逆案首魁冯铨，是其成功之策，而不是失败之着。弘光朝廷内部矛盾酝酿和激化始终是围绕“定策”问题展开的。就东林—复社骨干人士而言，本意是从帮派利益出发反对迎立福王，福王既立，“天位已定”，东林—复社骨干人士希望破产。四镇和及时转舵的马士英以定策之功自诩，扬扬得意。东林—复社人士妒意倍增，他们不敢把矛头指向“当今皇帝”，只好把马士英作为攻击的靶子。
马士英固然不是救时之相，但把他打入另册，列入《明史》奸臣传是毫无道理的。至于把他同阮大铖挂在一起称之为“阉祸”更是无中生有。马士英热衷于权势，这在明末官场上是一种极为普遍的现象。在政治态度上，他原来倾向于东林—复社，陈子龙自撰年谱云：“贵阳（指马士英），先君同籍也，遇予亦厚。其人傥荡不羁，久历封疆。于门户之学，非素所深研也。”杜登春《社事始末》说：“南中建国，贵阳马士英为娄东（指复社首领张溥）好友，一时拥戴窃柄，甚引重东林，起用钱（谦益）、徐（汧）、陈（子龙）、夏（允彝）诸君子。……复社中失节者（指在北京投降大顺政权）贵阳阳加叹恨，阴为矜怜，悉欲置末减。及福藩恣用私人，搜罗珰孽，而阮大铖辈尽起而谋国是，外则附贵阳以招权纳贿，内则实为珰人翻局之计。”东林—复社人士抨击马士英最激烈的是他起用阮大铖。由于阮大铖名列崇祯初魏忠贤逆案，于是把掀翻逆案作为马士英的一条主要罪状，全线出击。然而，这条罪名能否成立很值得研究。
第一，阮大铖为人小有才，本非志节之士，这是一回事；他的列名魏忠贤逆案是否恰当又是一回事。归庄写道：“怀宁阮大铖，初本清流（东林）……阮在垣中（六科给事中）资既深，佥都御史左浮邱（光斗）其同乡也，因欲其掌科，而高邑冢宰、无锡都宪疑其人，以为不可；嘉善魏廓园（大中）初还朝，即转吏科都给事中。阮谓资应属己，而魏夺之，遂激而入邪人之党。……激成阮入彼党，未始非失计。盖阮实有可用之才，惜诸君子无使贪使诈之作用也。”当魏忠贤声势煊赫之时，阮大铖并没有明显的劣迹，在朝时间也极短。他之所以列入“钦定逆案”原因是崇祯帝继位，魏忠贤刚刚垮台，朝廷上两派势力的争斗尚未明朗化，阮大铖急于入朝做官，草拟了两份内容不同的奏疏，一是专攻魏党，一是所谓“合并共算”，也就是既攻魏党又攻东林。他派人把疏稿送往北京请友人杨维垣相机行事。不料，杨维垣取己所需，把后一疏封进。这件两面开弓的奏疏通过邸报流传后，东林人士为之大哗。阮大铖因此以“阴行赞导”的罪名列入逆案第三等，永不叙用。平心而论，东林—复社人士门户之见极深，他们把阮大铖打成逆案很难自圆其说，比如说他谒见魏忠贤后随即行贿给魏的门子赎出名刺，就是莫须有的罪状；说他在魏忠贤得势之时即辞职还家是早已看出魏忠贤必定垮台，更站不住脚。阮大铖在魏忠贤垮台之后还看不清政局的走向，怎么能说他在天启年间就预知朱由校会短命、崇祯帝将即位？总之，“阴行赞导”的罪名难以成立。阮大铖触霉头是在崇祯初出于投机得罪了东林党人。王思任说他“时命偶谬，丁遇人疴，触忌招愆，渭泾倒置，遂放意归田，白眼寄傲，只于桃花扇影之下，顾曲辩挝”。阮大铖政治上失意，借寓南京编演新戏，交结朋友，声歌自娱，这在当时的留都也是极平常的事。不料，顾杲、吴应箕、陈贞慧这批公子哥儿看得老大不顺眼，心想秦淮歌伎、莺歌燕舞乃我辈专利，阮胡子来凑什么热闹。崇祯十一年（1638）八月，他们写了一篇《留都防乱公揭》广泛征集签名，对阮大铖鸣鼓而攻之，文中充满了危言耸听的不实之词。阮大铖挂名“钦定逆案”，有口难辩，一败涂地；陈贞慧等人自以为痛打落水狗，功德无量。
崇祯十四年（1641），东林—复社人士以不光彩的手段，重贿司礼监太监，使周延儒再次出任首辅。阮大铖为了东山再起，一面参与拼凑贿金，一面向“东林诸君子”苦苦哀求：“所不改心以相事者，有如兹水。”一些东林人士表示谅解，又遭到周镳等人的坚决反对。周延儒既然得到阮大铖的资助，又碍于东林骨干的要挟，采取折中办法，接受阮大铖的推荐，起用其同年好友、革职遣戍的原宣府巡抚马士英为凤阳总督。马士英自然对阮大铖有怀恩必报之念。他出任弘光朝廷首席大学士以后，就以定策和边才为名竭力推荐阮大铖，上疏说：“臣至浦口，与诸臣面商定策。大铖从山中致书于臣及操臣刘孔昭，戒以力扫邪谋，坚持伦序。臣甚韪之。但本官天启年间曾任吏科都，同官魏大中争缺，本官虽近让，与当时诸臣嫌隙遂开，因牵入魏忠贤逆案。其实本官既未建祠，未称功诵德，径坐以阴行赞导。夫谓之赞导，已无实迹，且曰阴行，宁有确据？故臣谓其才可用，罪可宥也。”马士英的上疏立即遭到东林—复社人士的强烈反对。他不顾其他阁臣异议，亲自票拟，六月间取得弘光帝同意：“召逆案为民阮大铖冠带来京陛见。”阮大铖出仕已成定局；八月，弘光帝又依从安远侯柳祚昌的提议，不经朝臣会议，直接任命阮大铖为兵部添设右侍郎。
第二，马士英建议起用阮大铖原意只是报知遇之恩，并没有掀翻“逆案”的意思，比起史可法开“逆案”之禁要保守得多。这点从他在奏疏中为阮大铖开脱“阴行赞导”的逆迹可以得到证明。陈子龙记载他曾劝告马士英不要“犯天下之怒”起用逆案人物阮大铖，马士英回答说：“逆案本不可翻也，止以怀宁一人才，不可废耳。”马士英本是倾向东林的人物，他没有很深的门户之见，爬上首席大学士之后，颇想联络各方面人士，特别是东林—复社的头面人物，造成众望所归、和衷共济的局面。阮大铖被废置多年，不甘寂寞，安排适当官职，任才器使，对弘光政权并不会造成多少损害。相形之下，东林骨干的迂腐褊狭令人惊异。他们当中的许多人出仕以来从来没有什么实际业绩，而是以讲学结社，放言高论，犯颜敢谏，“直声名震天下”，然后就自封为治世之良臣，似乎只要他们在位，即可立见太平。实际上根本不是这么回事。甲申夏初，明朝南方官绅处于国难当头之时，东林—复社的主要人物关心的焦点不是如何共赴国难，而是在残存的半壁江山内争夺最高统治权力。排除福王继统的阴谋破产后，他们又出于防微杜渐的考虑唯恐阮大铖被起用导致整个“逆案”掀翻。于是，抓住马士英推荐阮大铖一事大闹朝堂。名望甚高的刘宗周九月初三日上疏说：“大铖进退，关江左兴衰。”人们议论明末以来的党争时，往往受东林骨干人士的影响，偏颇特甚。黄宗羲起的作用最为恶劣。他因为反清义士夏允彝的遗著《幸存录》持论比较公允，竟然大动肝火，专门写了一篇《汰存录》痛加驳斥，指责夏允彝“是非倒置”，所著《幸存录》是“不幸存录”。黄宗羲的基本论点只是一句话，东林人士是“君子”，与东林异调者为“小人”。夏允彝书中说：“东林之持论高，而于筹边制寇，卒无实着。”黄宗羲真不愧是刘宗周的弟子，反驳道：“夫筹边制寇之实着，在亲君子远小人而已。”这无异是说，东林—复社人士孜孜以求的正是一派掌权，达不到目的就破口大骂。被东林—复社人士奉为圭臬的刘宗周就是抱着这种态度行事的，他的儿子刘汋记载：“有朝绅为马士英解于先生曰：枢辅甚向慕先生；先生不吝一见，无有不归命者。所贵大君子以其能化小人为君子，今日国事为重，不宜拒绝太深。先生不答。后士英所亲再四言之，先生亦不答。”
李清等人记载：“马辅士英初亦有意为君子，实廷臣激之走险。当其出刘入阮时，赋诗曰：‘苏蕙才名千古绝，阳台歌舞世无多。若使同房不相妒，也应快杀窦连波。’盖以若兰喻刘、阳台喻阮也。”可见，马士英并没有排挤东林—复社人士的意思。直到弘光元年二月，诚意伯刘孔昭上言：“珰案昭雪，专为阴行赞导原无实迹者言之耳，若献媚有据，岂应翻案？”弘光朝廷接受了这一意见，下令“逆案无得滥雪”。这又说明，整个弘光在位时期，并没有“掀翻逆案”。东林—复社人士的记载中常见一种说法：马士英、阮大铖针锋相对地提出：“彼攻逆案，吾作顺案相对耳。”实际上大量材料证明，朝野人士中对在北京投降大顺政权的官员大加挞伐和主持分等定案的主要是以气节自命的东林—复社人士。马士英曾经上疏要求惩办从“贼”诸臣，其中一段云：“更有大逆之尤如庶吉士周钟劝进未已，上书于贼，劝其早定江南。昨日病中，东镇刘泽清来见，诵其劝进表一联云：‘比尧舜而多武功，迈汤武而无惭德。’臣闻之不胜发指。其伯父周应秋、周维持皆为魏忠贤走狗，本犯复为闯贼之臣，枭狡萃于一门，宜加赤族。而其胞兄周铨，尚厕衣冠之列；其亲堂弟周镳，俨然寅清之署，均当从坐，以清逆党。”这份奏疏斥责周应秋等“为魏忠贤走狗”，显然没有掀翻逆案的意思。弘光一朝诛杀“从贼伪官”仅光时亨、周钟、武愫三人，周镳的被牵连勒令自杀，另有原因，这里不再细说。
总之，把弘光一朝的党争说成是马、阮阉党同东林—复社“正人君子”的较量并不正确。核心问题始终是围绕着“定策”而展开的。李清记载了八月间在弘光帝面前的一场争论：“时阁臣士英与曰广同诋上前，曰广曰：皇上以亲以序合立，何功？士英厉声曰：臣无功，以尔辈欲立疏藩，绝意奉迎，故成臣功耳。”阮大铖的起用虽出于马士英的推荐，但他的受到重用，由削职为民被任为兵部侍郎、兵部尚书巡视江防，原因是他力主拥立福王，从而得到朱由崧的信任。弘光即位之后，原先主张立潞王朱常淓或持保留态度的大臣内心明白自己已经失势，朝廷大权实际上落入了“定策”武臣和迎合四镇的马士英等人手中，而这种局面又是他们一手造成的。他们像哑子吃黄连一样有苦难言，一部分人借攻阮大铖、攻四镇，想稳定自己的地位，结果败下阵来，自行引退，如兵部侍郎吕大器，大学士高弘图、姜曰广，吏部尚书张慎言；另一部分人则委曲求全，如史可法被迫交出首席大学士的职务，“自请督师”。弘光元年（1645）三月史可法在一篇奏疏中痛切陈词：“臣草疏甫毕，哀痛不胜，溯流穷源，因致追恨诸臣误国之事非一，而门户二字实为祸首。从门户生畛域，从畛域生恩怨，从恩怨生攻击。所以《春秋》之始，首严朋党之诛。而门户之名，竟结燕都之局！”可见，他也意识到自己深受“门户”牵制之害。另一位东林钜子钱谦益的表现更具特色。他在南京立国前竭力鼓吹立潞；马士英、阮大铖得势后，又摇身一变，为马、阮唱赞歌。在奏疏中说：“臣观三十年来，文臣出镇，克奏肤功者，孙承宗后马士英一人耳。”又说：“先帝钦定逆案，一时握笔之臣，未免轻重有心，故出故入。……逆案之故入者，阮大铖当周宗建攻逆阉时实赞其议，安有引人攻阉而身反赞导者？”由于他转变得快，由礼部侍郎升任尚书。
弘光立国仅仅一年时间，大臣联袂而去，给人们一种印象似乎是马、阮奸臣当道，驱逐群贤。实际上是因为参与定策者多为大臣，在定策中持异议者自必不安其位。另一个原因是那些致仕回家的大臣并没有料到清兵南下，弘光政权迅速瓦解，他们原以为可以雍容有度地在家乡或借寓之地（如张慎言）过乡绅日子，等待朝廷局面改观时东山再起。自然，他们又一次失算了。事实证明，弘光一朝的大臣当中没有一个安邦定国之材。
朝廷大臣矛盾激化，旷日持久的唇枪舌剑，置国事于不顾。一些有识之士也感到国难当头，应当捐弃门户之见。七月，户科给事中熊汝霖上言：“臣观目前大势，无论恢复未能，即偏安尚未稳。孜孜讨究，止应有兵饷战守四字，今改为异同恩怨四字。”“徐谕德汧里居，感愤时事，贻同事书曰：今日贤邪之辨，不可不明，而异同之见，不可不化。以君民为心，则和一之至，不必合党同群，而自无不同。以职掌为务，则猷念各分，不必破党涣群，而自无不异。用人者执此为衡，其忠君爱民，精白乃心者为君子，否则小人；修职就业，竭节在公者为君子，否则小人。”可是，弘光政权一直是在大臣和军阀的钩心斗角中苟且偷安，在内讧中粉墨登场，在内讧中分崩离析。
1644年五月，大顺军西撤以后，山东、河北等地的大顺地方政权被明朝官绅颠覆；清军占领了北京附近地区，由于强制推行剃头等政策，京师附近的居民惶惧不宁，许多地方揭竿而起反对清朝的统治。三河、昌平、良乡、宛平、大兴、霸州、东安、武清、漷县、天津等地“盗贼”“千百成群”，以至“辇毂近地，几同化外”，连京师所用的西山煤炭也因为道路阻隔无法运入城内。京师内外百姓流言四起，盛传清军将有屠民之举。多尔衮等清廷统治者一再辟谣，安定民心，同时派兵遣将进行扫荡，“辇毂之下，盗贼窃发，及至捕获，少长尽置于法”，连“老稚不能弯弓操刃者”也滥加屠戮。在这种情况下，清廷需要一段稳定自己在京畿地区的统治和养兵蓄锐的时间。何况大顺军尚扼守山西，清廷有所顾忌，不敢轻易以主力南下。因此，畿南、山东和豫东地区在两三个月里处于近似权力真空的局面。
弘光朝廷的按兵不动，给清廷以可乘之机。早在五月十二日，清都察院参政祖可法、张存仁就上言：“山东乃粮运之道，山西乃商贾之途，急宜招抚。若二省兵民归我版图，则财赋有出，国用不匮矣。”同月二十五日，清廷派明降臣方大猷为监军副使招抚山东。六月初四日，又派明降臣王鳌永以户、工二部侍郎名义招抚山东、河南。同月初十日，多尔衮派固山额真觉罗巴哈纳、石廷柱统兵收取山东，十四日派固山额真叶臣领兵收取山西。觉罗巴哈纳、石廷柱先声夺人发出檄文说：“奉摄政王令旨，各调兵马前往山东等处。所过地方官民出郭迎接，违者以抗师治罪。”同时又以平西王吴三桂名义大张文告，云为安抚残黎事称“摄政王简选虎贲数十万南下，牌仰山东等处速速投降”。二十一日，巴哈纳等带领的清军进抵德州。朱帅和参与反叛大顺政权的明朝官绅“仍欲拒命”，不愿归附清朝。只是由于“济王”部下都是些乌合之众，又得不到龟缩于江淮一带南明阁部史可法等人的支援，德州知州张有芳唯恐贻祸地方，到处游说，朱帅等被迫解散部众，拜表归顺清廷。畿南、山东大批州县就这样拱手让给了清朝。
值得注意的是，奉命收取山东的清军不仅兵力有限，而且由于清廷也看出自己真正的对手是大顺军，所以二十九日觉罗巴哈纳、石廷柱报告已平定了霸州、沧州、德州、临清之后，多尔衮并没有叫他们继续南下，而是在七月初三日下令将觉罗巴哈纳、石廷柱部调往山西，会同叶臣部合攻太原等地的大顺军。这两部清军调走以后，王鳌永、方大猷临时拼凑了一些散兵游勇，不仅战斗力单薄，数额也只有几千人。顺治元年七月初三日清兵部右侍郎金之俊报告：“山东全区，并无一贼”，“但目下虽幸无贼，独苦无官”。奉朱批：“□（东）省并无一贼，抚臣亟当推用。这事情吏、兵二部确议速复。”弘光君臣一味偏安江左，毫无进取之意，王鳌永、方大猷仅凭清朝的声威到处接管山东未附各州县。七月十二日王鳌永启本中说：“臣于六月二十九日在德州拜疏后，七月初一日行至平原，值恩县土贼猖獗，恩、平两县相距二十余里，臣因留驻平原二日，遣官安抚。旋以省城（济南）土贼告急，人心汹汹，历城县知县朱廷翰络绎遣人催臣入省。臣随于初四日至禹城，初五日至济南，土贼闻臣至，各望风解散。臣亦分头遣官宣布圣朝德意。即有一二顽梗，地方官自足制之，可以不烦大兵。”下文说第二天（初六日）明权德府事泰安王朱由率领明德藩各郡王宗室具表归降，山东掌印都司苏邦政、济南府推官钟性朴等文武官员、乡绅也纷纷投顺。随后明朝署东昌道事工部主事于连跃以东昌府、临清州归附，青州府通判李懋学、推官彭钦以青州府城归附，而当时“省城营兵尽汰，中原全无，文武佐贰亦缺，无官可遣”。直到八月间山东许多地方仍不愿归附清朝，例如距省会济南并不太远的新泰县在大顺政权委派的县令周祚鼎坚持下，六次拒绝王鳌永、方大猷的招降。在这前后山东各地百姓的反清义举此伏彼起，都是一种自发的斗争，从来没有得到南明弘光朝廷的支持。
自从明末以来，山东一省地方性的农民起义连绵不断，明朝廷的统治已经很不稳固。大顺政权接管该省后，由于实行免赋政策，派遣的官员奉公守法，吏治严明，受到当地贫苦百姓的拥护。原先所谓的“土贼”有的自行解散归农，有的改编为大顺政权的地方武装，一度出现了多年未见的平静局面。大顺军主力西撤后，明朝官绅乘机颠覆大顺地方政权，实行反攻倒算，许多地方的农民又自发地组织武装同官绅势力作对。如靠近北直隶的冠县在大顺县令逃跑后，有“土贼裴守政、马瑞恒、刘桐相等蜂起”，两年后才被清政府镇压下去。胶东地区随着大顺政权的瓦解也陷入一片混乱之中，许多地方在当地义军控制之下，原明朝设置在登州的防抚曾化龙也掌握部分兵力，盘踞地方。五月间，灵山卫义军张大雅、张千出、韩继本，高密县义军单之赏、张宇等部围攻胶州。六月初六日，曾化龙派登州守将滕胤玉等统兵击退义军，解胶州之围。昌邑县土豪李好贤率众向曾化龙投降，张大雅、张千出被擒杀。可是，曾化龙得知清军占领京畿以后，却丢下防守地区，同胶州知州郭文祥一道航海南逃。胶东地区处于无政府状态。清廷在这年秋天任命柯永盛为胶镇总兵，轻而易举地接管了该地。这一地区的义军胶州韩继本，高密单之赏、张宇，即墨黄宗贤、周六、丘尚佐、王尔玺，平度搭毛、翟五和尚、张广等部先后被柯永盛部清军扫灭。《即墨县志》载：“无赖贼郭尔标倡众为乱，诸孽附之。贼之在姑密胶东者亦相与为响应，众十余万，号十四营，环围即墨。”当地绅衿先向明朝官员请援，毫无所得，改向清胶州总兵柯永盛求救，才将义军击溃。其时声势特别浩大的是兖州府、济宁州、曹州以至沂州府属蒙阴县一带的农民起义。嘉祥满家洞有宫文彩“僭称擎天王，拥贼二万有奇”，傅家楼等地还有马应试（大顺政权授掌旅之职）、李文盛、宋二烟、杨鸿升、杨之华、阎清宇等领导的武装，为众不下数万。在大顺军西撤后，他们仍然“坚事逆闯”，“安心附逆，旗帜之上大书闯贼年号”。顺治元年九月，清山东巡抚方大猷在“为塘报事”揭帖中写道：“嘉祥地方满家洞土寇聚众数万攻破冯家等堡二十余处，杀人不计其数，捕官率领乡兵俱被杀伤，势甚紧急，恐该县被陷……”
面对各地风起云涌的反清运动，清朝委派的官员束手无策，七月间巡抚方大猷在启本中说：“今则无百姓、无官、无兵，而总因无饷。虽奉令旨准免三分之一，部臣王鳌永复推广德意请免新、练二饷。臣又除去荒地，止就成熟者姑征一分。然究竟民无以应也。久已抛弃农业，渐有从贼巢中观望来归，而一旦闻有开征之示，掉臂而返，有以相率从贼为得计者。此开征两字求之一百四州县中不过十数处耳。”方大猷的启本说明了山东百姓留恋大顺政权的免征赋税，才以永昌年号为旗帜奋起抗清，这和当地明朝官绅的动向正好相反。它还清楚地反映了清廷虽然在名义上接管了山东，统治力量却非常单薄。
这年九月二十九日发生了青州之变。事情的经过是，原属大顺政权的一支军队同主力失去了联络，在旗鼓赵应元和投降了大顺政权的明朝官员杨王休率领下来到青州。九月二十九日晨以入城拜会为名，乘机夺门而入。当时清廷委任的招抚山东、河南户、工二部侍郎王鳌永正在城内，赵应元派步兵上城头摆垛，自己带着骑兵直入王鳌永的部堂辕门。王鳌永以为赵应元是率部前来归降，突然看到兵将持刀露刃蜂拥而进，仓皇躲避到上房。后来听见人声鼎沸，“城内震地”，又翻过院墙藏到姓房的乡绅家中。赵应元下令搜捕，“扬言拿获部堂者赏金五十两，拿获部堂下官一员者赏银十两”。王鳌永被军士搜获，赵应元下令把他处斩。
赵应元收复青州，并不是为了重建大顺地方政权。据文献记载，他自己声称：“我也不愿做皇帝，只是扶立明朝一人。”清山东巡抚方大猷的题本中说他以“拥立衡藩为号召计”，定于十月初八日“扶衡王坐殿”。这位衡王却是个脓包，他在七月间已在王鳌永招诱下向清廷献上降书，唯恐赵应元拥戴复明将招来杀身之祸，只知“涕哭，眼肿如桃”。赵应元为了增强抗清力量，“四门竖旗招兵：有马给银四两八钱，骡兵给银三两八钱，步兵一两八钱，外加一钱”。山东昌乐、寿光等县的抗清武装首领赵慎宽、秦尚行、郭把牌、翟五和尚都派人来青州会商合作事宜。
青州事件发生后，在省会济南的清山东巡抚方大猷惶惶不安，他手头只有兵马六百多人，防守省城还不够，只好请求清廷发“真满洲官兵一万，星夜南驰”。清廷得报知道事态严重，派梅勒章京和托、李率泰领兵赶赴山东。十月初六日，和托、李率泰部到达济南，初八日前往青州。早已降清的明青州守备李士元献计智取，他同清廷委任的青州道韩昭宣等官绅暗中勾结，进入青州城内充当说客。李士元对赵应元威胁利诱，劝他转投清方，由巡抚上疏清廷解释青州之变“只以总督虐民诛之，其余不戮一人，今复以全城归命天子，则通侯之赏可立至矣”。赵应元果然受骗，带了甲士数百名出城同清将和托等会面，双方钻刀歃血对天起誓。当天晚上，赵应元在府城北门的瞻辰楼设筵，大张酒乐。清军按李士元等约定的计划，伏兵城外。席间炮声突发，李士元、韩昭宣和随从当场击杀赵应元、杨王休，赵军大乱。清军拥入城中，格杀招降余党，青州的反清事件遂告失败。
1644年夏季以后，河南的局势也很复杂。大顺政权原已遍设官员的这块中原地区，已经由于主力西撤而四分五裂。大顺军只控制着豫西等部分地区，其他地方一部分为死灰复燃的明朝官绅所窃据，一部分被所谓“土寨豪杰”的地头蛇盘踞；清方也乘虚而入，攫取了河南省黄河以北的怀庆、彰德、卫辉三府。现简述如下：
五月间，明归德府知府桑开第得到大顺军战败放弃北京的消息，立即勾结原崇祯朝督师丁启睿的弟弟丁启光（任明朝参将）发动叛乱，逮捕大顺政权归德府管河同知、商丘、柘城、鹿邑、宁陵、考城、夏邑县令，于六月间解送南京向弘光朝廷献俘邀赏。明河南援剿总兵许定国也纠集一批散兵游勇窃据睢州一带。原明朝兵部尚书张缙彦在北京投降了大顺，这时逃回新乡招集官绅、土寇，同许定国相勾结，与大顺政权为敌。
河南各地的土贼也乘势拥起，如刘洪起据汝宁，韩甲第据许州，李际遇据登封，李好据裕州，刘铉据襄城，“分辖各数百里，拥众各十余万”。这些人的来历一般是明末地方性的反叛武装，后来同当地乡绅勾结，蜕变成一种封建割据势力。其中刘洪起兵力较强，他接受明朝的招抚，1644年春夏在河南发动叛乱，擒杀大顺政权委派的地方官员，被大顺政权绵侯袁宗第击败，率领残部逃入湖北，托庇于明将左良玉麾下。其他土贼由于实力有限，在崇祯末期往往在明朝廷和李自成农民军之间摇摆，哪方得势就倒向哪方。大顺军西撤后，他们当中不少人立即起来反叛，“愤张旗帜直书‘杀贼报仇’四字”。仅韩甲第就“擒伪官十有余人”，颠覆了许州一带的大顺政权，但河南大顺军随即发起反击，在九月间将韩甲第剿杀。刘洪起也卷土重来，领兵直至永宁、杞县一带，与开封府推官陈潜夫一道为明朝收复“失地”，并在柳园（开封城北）击败大顺军陈德部（陈德乃陈永福之子，原为明将，后来又投降清朝）。弘光朝廷得报后，委任陈潜夫为巡按御史，刘洪起为总兵官。不久，又任命张缙彦为河南总督，越其杰为河南巡抚（越其杰是马士英的姻亲）。
清廷方面也在稳固对畿辅地区统治的同时，把势力扩展到河南北部。七月，任命杨方兴为河道总督，苏弘祖为分巡河北道，申朝纪为分守河北道（按，明、清的河北道管辖范围是河南省黄河以北的彰德府、卫辉府、怀庆府，同现在的河北省无关），罗绣锦为河南巡抚；八月又任命祖可法为河南卫辉总兵官，金玉和为河南怀庆副将（不久提升为怀庆总兵）。八九月间，清廷委任的文官武将先后到任，基本上控制了河南省黄河以北地区。
可见，在1644年夏秋，河南省成为明、清、顺三方争夺的焦点之一。这年九月十八日，清山东分巡东昌道李栖凤报告他探听到的河南情况是：“河南舞阳以东汝宁一带地方俱属总兵刘洪启（起）将官分据……河北（即指上述河南省黄河以北三府）一带地方俱属营头张天乙管，河南睢州一带地方俱属总兵许定国管。八月十二日定国率领兵马将归德府城池残破，蹂躏不堪。金陵口南至许州、舞阳、西平、遂平、临颍、郾城、扶沟、鄢陵、汝宁迤南等处地方俱属总兵刘洪启（起）管。流寇改禹州为均平府，襄县、南阳、襄阳、河南府（洛阳府）以西流寇牛头目领兵一支在各处镇守，以西俱流寇官，而郾城委知县二员，一属弘光，一属西寇。河南各处非兵即寇，各占一方，无处宁静。”李栖凤的描述大致反映了当时河南三方对峙的情势，清方虽然已经在黄河以北三府设官，但当地的“土贼”营头势力还很大，统治并不稳固。
上面扼要介绍了1644年夏秋山东、河南两省的情况，不难看出清廷自五月至十月主力没有南下，以多尔衮为首的领兵诸王都群集在北京（郑亲王济尔哈朗原留守沈阳，九月才护送顺治帝来京）休息，只派了固山额真叶臣等人统兵进入山西同大顺军作战。大顺军西撤后，山东、河南的大顺政权基本瓦解，随即出现归属问题。除了豫西仍在大顺政权控制下，其他一些农民起义色彩较浓的地方武装依然心向大顺以外，绝大多数地区的明朝官绅和土杰豪强在擒杀大顺政权委派的官员以后，是以复明为旗号的。弘光政权由于“定策”引发的纷争以及武将以“拥立”之功蒙受上赏，于是文恬武嬉，坐失良机，主力部队如镇守武昌的左良玉部和建藩开府于南直隶境内的江北四镇都按兵不动。督师大学士史可法虽然在口头上也谈要恢复鲁、豫，乃至燕京，然而形格势禁，一筹莫展。李清记：“初四镇垂涎扬郡，可法不得已，许有警时各安顿家眷，谓彼此有分，可免独踞。且谓之有警，则无警不得驻耳。然以调停故，坐羁北伐，识者恨之。”