长期以来，英国君主以贵族作为自己统治的基础，而贵族则把国王视为他们的代言人，等级君主制的格局形成于13世纪初期，一直维系到15世纪末。由于旧的军事领地贵族在红白玫瑰战争中被消灭殆尽，因此都铎王朝得以从社会中间等级中提拔出一批新的贵族，让他们成为新建立的官僚机制的中坚力量，这些人作为英国历史上所谓的新贵族，构成了都铎专制统治重要的阶级基础。无论都铎之前还是都铎之后，议会传统一直是不可背离的：等级君主制时期，议会是贵族们抗衡国王的场所；都铎君主专制时期，议会被看作是民族的象征、“公议”的代表，专制君主利用议会，议会在专制统治的框架内逐渐成熟，慢慢地以为自己就是人民的代言人。斯图亚特入主英格兰之后，继任国王开始破坏都铎传统，挑战议会在英格兰根深蒂固的权利，从内部撕裂了统治集团。期间，议会成为反对国王的中心，贵族则一分两半，整个国家濒临内战的边缘，最后只有诉诸内战或革命来解决宪法危机。
在1640年4-5月召开的短期议会上，查理一世由于没有得到他想要的军费，便轻率地解散了议会，这一粗暴行径却使他在随后出现的宪政危机中彻底丧失了获取议会支持的希望。此时，苏格兰军队已越过苏英边界，击败英军，轻而易举地攻占了英格兰北部的诺森伯兰郡（Northumberl and）、德拉姆郡（ty Durham）等，在毫无抵抗的情况下长驱直入，直抵港口城市纽卡斯尔（Newcastle）。查理在“贵族大议事会”（Great cil of Peers）的敦促下与苏格兰人签订《里彭条约》（Treaty of Ripon），承诺英王政府向苏格兰支付两笔战争赔款，一是苏格兰军队占领诺森伯兰、德拉姆和纽卡斯尔的开支，每天850镑，直到在伦敦召开新一届议会最终批准该条约为止；二是在苏军撤出英格兰之前，向他们支付作战费用。为了筹集战争赔款，同时也是为了缓解来自各方的压力，查理不得不下令召集新的议会。由于选举是在群情激愤的情况下进行的，王党候选人几乎在所有地方都落选了，而原参加短期议会的439名议员中有294名再次当选，其中包括皮姆、汉普顿等反对派领袖。1640年11月，新议会召开了。由于这届议会会期漫长，一直延续到1653年，遂成为英国历史上有名的“长期议会”（Long Parliament）。
长期议会召开后，通过了一系列不利于斯图亚特王朝统治的决议：首先，它否决了查理征收军费的诏令，宣布造船税、强制封爵、恢复古代森林法的行为均属非法。其次，它一方面通过《三年法》（Triennial Act），规定每三年必须召开一次议会，会期至少50天；另一方面，又规定本届议会若不经过该议会自身的同意，永远不得解散。这些规定当然是自相矛盾的，但从法律上阻止了查理任意解散议会、实行无议会统治的可能性。再次，它取消了象征着君主暴政的国王特权法庭，如星室法庭、上诉法庭（Court of Appeal）、北方事务委员会、威尔士边区事务委员会等，确认了1628年《权利请愿书》中提出的未经法庭判决任何人不得被任意逮捕的权利，并释放了被查理逮捕的人，包括激进派领导人约翰·李尔本、威廉·普林等。最后，它迫使查理逮捕那些曾经积极帮助他推行个人统治的人，如劳德大主教、斯特拉福伯爵、掌玺大臣约翰·芬奇爵士、国务大臣弗朗西斯·温德班克爵士（Sir Francis Windebank），以及六个主教、几名神学家，还有六个法官。后来，这些人都受到了应有的惩罚，劳德和斯特拉福先后被处死。
弹劾斯特拉福的议案是由皮姆提议、下院立案、上院受理的。下院以一项在英国法制史上前所未有的罪名“累积叛国罪”（Cumutive Treason）起诉，斯特拉福则以“没有法律就无所谓犯罪”为辩词，反驳来自下院的指控。他说：“议员先生们……如果你们的敌人出来作证，如果敌人不是根据法律而是根据事情的后果和罗织的罪名把你们的言论、意图和所处的环境定为叛国的罪状，那么你们本人、你们的财产和后代就会处于极大的危险之中。请先生们考虑一下，这些危险的做法会引起什么样的后果呢？”由于弹劾缺乏足够的证据，而且没有适当的法律可以援引，由80位上院贵族充当法官的案件审理无法作出人们期待的裁决。值此之际，成千上万的伦敦市民竟然一连两天包围议会，他们高声喊叫，表示支持议会，并强烈要求处死斯特拉福。在这种情况下，下院以《剥夺公权法》（Bill of Atainder）取代“累积叛国罪”提出诉告；一位经验丰富的莱斯特郡（Leicestershire）议员亚瑟·哈斯勒利格爵士（Sir Arthur Haselrig）提议：议会可以用决议的形式判定被告有罪，因为在他身上体现出专制暴政的意图。此后，形势果然发生逆转，下院以204票对59票的绝对优势通过该案，判处斯特拉福死刑；但上院却质疑下院滥用立法权，指责承审官不依法办事。可是大众的政治热情已被激发出来，如同冲出闸门的洪水不可阻挡。在各方的压力下，上院最终以26票对19票的表决结果，通过禠夺斯特拉福公权案。曾经在约翰·汉普顿拒绝交纳船税案中担任辩护律师的奥利弗·圣约翰爵士（Sir Oliver St.John），从法律与革命的关系的角度提出议会判决的正当性。他说：议会的唯一出发点是人民的利益；作为从国王到乞丐的所有英国人的代表，议会可以不受现有法律的束缚，有权根据形势的需要制定新法律。他还生动地比喻说：“打碎狐狸和狼的脑袋从来就不算是残忍或者不合理的行为，因为它们是猛兽。”查理虽然有心拯救自己的宠臣，但他的一切努力都徒劳无益，最终不得不在议会法案上签字。
随后，下院激进议员把关注点从世俗领域转移到宗教领域，他们希望通过废除主教制，进一步限制王权，并扩大议会权力。在皮姆的鼓动和指使下，由15000名伦敦市民签名的《根枝请愿书》（Root and Branch Petition）送达议会，它构成了《根枝法案》（Root and Branch Bill）的基础。1641年5月，由奥利弗·圣约翰起草的《根枝法案》被引入议会，其中提出将主教制度“连根带枝”地予以废除。可是议会在讨论该议案时却发生了意见分歧，虽然很少有人捍卫主教制度，但是很多人愿意保留礼拜仪式。议会中出现了以卢修斯·卡里（Lucius Cary）和爱德华·海德（Edward Hyde）为首的王党。王党又称“骑士党”（Cavaliers），因他们仿效中世纪骑士戴假发、佩长剑的式样而得名。他们的对手议会党被称为“圆颅党”（Roundheads），这个名称与一些清教徒把自己的头发剪得很短有关。激进的议会派（Parliamentarians）谴责主教制堕落，企图回归罗马的统辖；他们强烈要求彻底改革英国教会，“连根带枝”地拔除主教、主牧、教士大会等天主教色彩浓厚的制度。经过激烈的辩论，《主教排除法》（Bishops Exclusion Act）于12月获通过，并于次年2月生效，主教因此被逐出议会上院。几年以后，即1646年10月，议会又通过条例废除英格兰和威尔士的大主教和主教，并将他们的土地和财产转归革命中形成的新政权使用，从而达到了《根枝法案》的主要目标。
1641年8-11月，在皮姆的提议下，议会草拟204条《大抗议书》（Grand Remonstrance），其中列举了查理统治以来国家遭受的一切灾难，涉及外交、财政、法律与宗教等各个方面，但它并没有把种种诟病都归咎于查理，而是强调了主教、天主教徒、王党、廷臣和顾问们所起的消极作用。尽管如此，抗议书还是浸透着反教权主义、反专制主义的精神，如要求政府对议会负责，国王只能从议会所信任的人中选择官员；废除封建特权，自由发展工商业；废除主教制，改革礼拜仪式，建立长老会制等。值得注意的是，它第一次提出了君主立宪的主张，以取代现有的君主制。由于议会派和王党严重对立，到11月22日夜，下院才以11票的微弱多数（159:148）通过《大抗议书》。对此，奥利弗·克伦威尔（Oliver well）豪情激扬地说：“如果大抗议书被否决的话，我将把我所有的一切都变卖掉，并永远不再见到英国。”
12月1日《大抗议书》送交国王，查理采取拖延的办法不予回应。一个多月后，他接受宠臣乔治·迪格比（Gee Digby）的建议，于1642年元月4日率领亲兵卫士等三四百人，去议会所在地抓捕皮姆、汉普顿等五名反对派议员。这个做法是前所未有的，且被认为非法。五名议员得到报信，便事先逃脱，躲进了伦敦商业区。几天以后，他们在民团的护送下像英雄一般回到威斯敏斯特宫（Pace of Westminster）。这件事使查理的威望受到严重打击，他失去了政治上的公信力。对于议会的步步紧逼，查理根本无力抗拒，皮姆等清教领袖则以胜利者的姿态、以国王的名义发号施令。查理感到既无权、又无势，甚至他和他的家人以及随从的安全都失去了保障，于是准备离开伦敦，去组织一支军队，用武力镇压不听话的议会派。元月10日查理退出伦敦，然后慢慢朝北方退去。随他而去的是议会中将近一半的议员，他们组成王党中的中坚力量。8月22日，查理在诺丁汉城堡岩石（Castle Rock）上举起皇家的旗帜，宣布议会叛乱，正式向人民宣战。就这样，英王亲手引发了英国现代史上的暴力革命——英国内战或革命。
英国革命的核心问题是争夺国家最高主权——主权属于国王，还是属于议会？这是一场由政治对立引发的内战，也是自玫瑰战争以来持续时间最长的一场武力冲突。战争爆发时，议会和王党的地域分界和宗教分野都非常清楚。从地理上看，王党力量主要分布在北部、西部地区，议会力量则主要分布在东部和南部地区。一般来说，东部和南部地区经济更加发达，农业生产条件比较好，商业、手工业也更加集中；而北部和西部地区则恰好相反。但这种情况并不绝对，北部、西部也有很富裕的工商业市镇，南部、东部也有贫穷的农村。一个地区究竟归附议会还是追随国王，往往取决于当地士绅（gentry）的政治倾向。当时，贵族和乡绅对地方社会有很大的影响力，他们的意愿决定一个地方的政治态度。进而，有些地方既不支持议会也不支持国王，对双方的争斗持中立态度，这也取决于当地士绅的选择。从宗教上看，凡支持国教的人都站在国王及王党一边，不从国教的清教徒则站在议会反对派一边。这种信仰上的划分，使英国革命形成一个显著的特点，即宗教热情与各自的政治主张紧密结合在一起，因此有人把这场革命说成是“清教革命”（Puritan Revolution）。但议会阵营其实又有不同的宗教态度，长老会派在教义和组织结构方面都接近大陆的加尔文派，他们要求废除主教制，主张由选举出来的“长老”（Presbyter）来管理教会；在政治上，他们比较倾向于寡头治国，精英政治更符合他们的政治理想。
“独立派”无论在宗教倾向还是在政治倾向方面都更加激进，他们认为各地的教众都可以自由组成独立的宗教团体，不承认全国性的宗教权威，由此而被称为独立派。相应地，在政治制度上，他们倾向于主张废除君主制，甚至不承认贵族统治的合理性。在宗教上，由于提倡各自独立的组织形式和礼拜活动，所以独立派内部分成很多宗派，有些派别相对温和，比如浸礼派（Baptists）、公理派（gregationalists）、教友派（Quakers）等，他们有相对安静、理性的宗教仪式；有些派别则异常激进，比如“第五王国派”（Fifth Monarchists）和“震颤派”（Shakers），这些派别相信上帝将派遣救世主来拯救每一个人，世界也将在毁灭中得到再生。他们在政治上也很激烈，希望彻底摧毁现有的制度，建立人人平等的新秩序。这样又出现一个比独立派更加激进的派别“平等派”（Levellers），他们的理想是建立民主政治，人人都参加国家的治理。事实上，政治理想和宗教倾向相对应的特点看起来很奇特，有点令人费解，不过这种现象其实又不难理解，因为在英国革命中，宗教倾向对各政治派别而言扮演了意识形态的角色。
这种情况又造成英国革命的另一个特点，即政治分裂并不显示阶级的分野，两个阵营在社会结构方面没有太大区别，即双方队伍中都有贵族，有乡绅，也有富商和小商人，还有小土地所有者和手工工匠，又有佃农。进而，各社会集团在两个阵营中所占的比例也大体相当，并且与整个英国的社会结构基本吻合，这种情况使内战中阶级的分野十分模糊，很难用阶级的概念来判断双方的属性。有一种说法认为17世纪英国革命一场是“资产阶级革命”，英国史学界曾就这个问题展开过长期的讨论。这种看法的最大缺点就在于，根本说不出谁是真正的资产阶级，如果不存在资产阶级，那么“资产阶级革命”一说又如何成立呢？现在一般认为，资产阶级在当时还没有出现，因此资产阶级革命说当然就受到了挑战。
内战爆发不久，议会就集结了大量武装力量，包括5000名骑兵和25000名步兵，并控制了海军、重要港口和贸易航线。议会军由埃塞克斯伯爵罗伯特·德弗罗将军出任总司令，他曾参加三十年战争中保卫巴拉丁的英军远征行动。查理在对议会宣战时，只有800名骑兵和300名步兵，但到1642年9月底，已分别增加到2000人和6000人，再过几星期，其数量又激增一倍多。1643-1645年间，英格兰十分之一的成年男性参加了军队。
1642年10月23日两军在沃里克郡（Warwickshire）南部边山（Edge Hill）附近发生第一场激战，虽然不分胜负，但双方共有约5000名士兵战死沙场。边山战役后，查理进入泰晤士河谷地区的主要城市牛津（Oxford），从此这里就成为他的大本营。11月，王军解除议会军对约克的威胁，并占领英格兰北部五郡。1643年5月，王军又在康沃尔郡（wall）的斯特拉顿（Stratton,wall）战斗中击败议会军，并向威尔士进军。到秋天，拉尔夫·霍普顿爵士（Sir Ralph Hopton）从西部、卡文迪什（William dish）从北部、查理本人从牛津三个不同的方向全面进军伦敦，造成议会控制下的东南部形势趋紧。幸亏首都市民奋起抵抗，议会军的险恶处境才得以缓和。这时，王军已控制了英格兰的大部分，国王眼看成功在即。而议会虽坐拥许多有利条件，却在战争初期遭到一连串败绩，其原因主要有二：一方面，战争是由查理挑起的，议会仓促应战，拼凑起来的队伍战斗力不强，整体实力不如王军。虽说议会军在数量上占有优势，装备方面也比王军强得多，但他们缺乏训练，没有作战经验。王军的主要优势在骑兵，骑兵指挥官是查理的外甥、莱茵选侯之子鲁珀特亲王（Prince Rupert of the Rhine）。这是一位具有丰富实战经验的将军，他曾参加大陆反西班牙的尼德兰战争和反哈布斯堡家族的三十年战争。另一方面，议会军内部混乱，战略目标模糊，没有统一的指挥中心。相反，查理作为一国之君，拥有天然的统帅权。君主的至上地位是议会军强大的心理障碍，他们对拿起武器对抗国王的正当性心存怀疑，以至于东部联军指挥官曼彻斯特伯爵爱德华·蒙塔古（Edward Montagu,Earl of Maer）就这样说过：如果我们打败国王99次，他仍然是国王，他的后代也都是国王；但如果国王只打败我们一次，那么我们就统统都要被绞死。在这种心理障碍的影响下，议会军放不开手脚，也不敢打败国王。
为扭转战场上的不利局面，议会尝试与苏格兰结盟反对查理。其实，英国革命是以苏格兰反抗为导火线的，现在他们与苏格兰结盟也符合逻辑。1643年8月双方签订了长老会色彩十分浓厚的《神圣同盟与誓约》（Solemn League and ant），据此，苏格兰人答应出兵英格兰，以武力帮助英国议会；英方则承诺向苏方提供每月3万镑军费，并在苏格兰、英格兰与爱尔兰组建统一的教会——长老会。为了执行盟约，双方建立“两王国委员会”，以便在战争中协同行动。对于这个同盟，英苏各有所需，正如苏格兰牧师罗伯特·贝利（Robert Baillie）所说：“英格兰人追求的是建立一个世俗的同盟，我们的目的却是建立一个宗教同盟。”当议会与苏格兰结盟时，查理则把目光投向了爱尔兰的天主教。当时天主教徒发动叛乱，尽管性质是反对英国统治的，但由于查理的阿米尼乌式国教高教派理念与天主教之间存在着某种互通关系，这就给双方的结盟提供了基础。9月15日，爱尔兰总督奥蒙德伯爵（Earl of Ormonde）奉查理之命与爱尔兰天主教联盟（Catholifederation）签署协定，双方实行停火。由此，查理从爱尔兰前线抽回10个团的兵力投入战斗，“不仅原来在爱尔兰服役的许多英国兵为他效劳，而且大批爱尔兰人也参加了他的军队。”
尽管如此，王军却逐渐失去战场上的主动权。1644年初，苏格兰2.1万名士兵渡过特威德河（Tweed）赴英参战，有效地牵制了英格兰北方的王党军队。7月2日，英苏联军与王军之间展开马斯顿荒原战役（Battle of Marston Moor），这是内战爆发以来规模最大、最残酷的一场战争，也是第一次内战的转折点。从晚上7点到10点，在约克郡西部广阔无垠的马斯顿荒野上，双方经过三个小时的鏖战，联军战胜了由鲁珀特王子和纽卡斯尔侯爵（Marquess of Newcastle）指挥的王军，缴获16尊大炮、100面旗帜、6000支毛瑟枪，歼敌3000人，俘获1600人。此后，议会控制了战争的走向。
在马斯顿荒原大战中奥利弗·克伦威尔脱颖而出。克伦威尔是亨廷顿郡（Huntingdonshire）一个新教乡绅，亨利八世的重臣托马斯·克伦威尔是他的舅太公。按奥利弗自己的说法，他“是个绅士，虽生活并不格外好，但也不是卑微之辈。"18岁那年进入剑桥大学，他在清教思想影响下成为坚定的清教徒。1628年他开始进入下院，先后参加过“短期议会”和“长期议会”。战争爆发后，他回家乡组建了一支80人的骑兵队，这些人都是宗教信仰虔诚的普通农民，后来竟成为赫赫有名的“铁骑军”（Ironsides）的核心。克伦威尔具有非常清晰的军事理念，他曾说过：宁愿要一个有坚定宗教信仰、懂得为上帝而战的普通人担任军官，也不要没有信仰、不懂为谁而战的贵族来指挥军队。他治军极严，要求士兵在战斗中英勇顽强，不怕牺牲，为上帝的事业献出自己的生命。不仅清教是他的意识形态基础，而且他的军队也有极高的思想觉悟，都自觉地为“自由”的事业冲锋陷阵，由此凝聚了极强的战斗力。在与王军的交战中，克伦威尔“显露出在那些勇敢的骑士和‘跃马扬威前进’的乡绅中极为罕见的指挥骑兵队的本领”。后来，王军统帅鲁珀特送给他一个“老铁骑”（Old Ironsides）的绰号，“铁骑军”的名称也由此而来。1644年1月，他被任命为东部联军的副帅。
马斯顿战役后，议会军未能乘胜追击，致使王军摆脱了覆没的危险。同时，议会军自身也暴露出不少问题，如指挥不力、协同无方等。为把这支其实是地方民团性质的武装，改造成一支有统一领导、服从共同指挥的正规军，议会采纳克伦威尔的建议，组建“新模范军”（New Model Army）。这包括两方面内容：其一，发布《自抑法》（Self-denying Ordinance），规定两院议员在战争中再不担任军职。该法案旨在排除在军队中担任高级军官的贵族，他们作战不力，不愿与国王彻底决裂。1645年4月《自抑法》获通过，其后40天内两院议员退出军队，包括埃塞克斯伯爵、曼彻斯特伯爵等军队前领导人。其二，授权克伦威尔组建新军，以“铁骑军”为模板建设正规军，司令官由第二代费尔法克斯男爵斐迪南多·费尔法克斯（Ferdin ando Fairfax,Baron of Fairfax）出任，步兵由菲利普·斯基朋（Philip Skippon）少将指挥；克伦威尔以中将军衔统领骑兵并任全军副司令，地位仅次于费尔法克斯。《自抑法》通过前，克伦威尔正在战场上追击敌人，此后又战事不断。由于他战功卓著、指挥出色，深得下院信赖，所以尽管他也是议员，照理应该退出军队，但他的指挥权却一再获得延长，并在事实上控制了议会军的统帅权。这样，克伦威尔成为议会阵营中唯一一个既担任议员、又指挥军队的人，集军政大权于一身，为他成为真正的革命领袖创造了条件。
“新模范军”由11个骑兵团（每团600人）、12个步兵团（每团1200人）、1000名龙骑兵（Dragoon）和一小队炮兵组成，总共约2.2万人。步兵中约有一半是现有军人，另一半则由各郡行政长官强行征召；骑兵的一半是从原来的东部联军中抽调来的，克伦威尔原来的团也被一分为二。这是英国历史上的第一支常备军，也是英国创建现代陆军的起点。士兵都是职业军人，不是以往那种兼职民团，他们主要来源于自耕农和手工业者。军官也是专业军官，依战功而不是出身或地位获得擢升。按照克伦威尔的军事理念改造的新军，摆脱了地区性、非专业性和派系性的缺点，军人多是虔诚、严肃的清教徒，“不是为了钱，而是把公共幸福当作他们的目标，他们在作战中表现得更为勇敢。”这样，克伦威尔就“实现了他对汉普顿许下的诺言，即征召绝对不在敌人面前后退的人入伍，培养他们遵守纪律，使他们成为不论在营地还是在战场上的楷模。”
为了适应战场形势，王军也进行相应的整编，包括在布里斯托尔（Bristol）和牛津分别设立独立的统帅部。1644年11月，鲁珀特出任王军总司令，这样却造成了他与查理的顾问们之间的紧张关系。次年年初，查理的多数谋臣建议向西进攻尚处在整编中的新模范军，鲁珀特则倾向于朝北行进，收复英格兰北部，与蒙特罗斯侯爵（Marquess of Montrose）领导的苏格兰王军会师。查理将部队一分为二，虽然弥合了王军内部分歧，却分散了兵力。同时，整编后的新模范军放弃救援萨默塞特郡的汤顿（Taunton,Somersetshire）小镇，转而围困王军的指挥中心牛津。在这种情况下，查理一世不得不离开大本营向东突围，途中又与追击而来的新模范军发生遭遇。6月14日，王军与议会军在纳斯比（Naseby）附近发生激战。这是一次决定性战役，王军由国王和鲁珀特王子亲自率领，投入约7500人；议会军由费尔法克斯和克伦威尔指挥，其人数达到1.35万人，几乎是王军的两倍。也可以说，新军的建立对这次战役产生了决定性影响，战斗结束时王军伤亡惨重，有5000人被俘，几乎是全军覆灭。溃败之后，查理由两三千名骑兵作护卫，几乎是马不停蹄地逃跑，最后在8月29日退回牛津。
1646年春议会军已胜利在望，王军则完全失去了反击的能力。查理走投无路，于4月27日午夜经过一番化装后，带着几个近臣逃出受困的牛津城。在极度绝望中，他于5月5日进入英格兰中部纽瓦克镇（Newark）苏格兰军营，寻求苏格兰人庇护。6月24日，牛津投降，第一次内战结束。
接下来，苏格兰人、英国议会与国王三方进行谈判，时间过去几个月。苏格兰人曾向英国议会提供帮助，共同打败了国王，但这些帮助都是有条件的，他们除了要求将长老会立为英国的国教外，还要求补偿战争经费。为了战胜国王，英国议会接受苏格兰人的条件，承认苏格兰的《神圣同盟与誓约》，据此苏格兰的长老会就成了英国国教。苏格兰人控制查理后，也希望从他那里得到同样的承诺，毕竟查理仍旧是苏格兰国王，并且斯图亚特家族起源于苏格兰。于是，苏格兰人向查理提出赴苏格兰避难的条件：接受苏格兰的长老会盟约，并答应在英国推行长老制。但是，查理并没有兴趣，他只想在苏格兰人那里找个临时落脚点而已。事实上，他不但与法国人暗中往来，还寄希望于爱尔兰人能向他提供军事援助。正因为这样，苏格兰人在与他进行了长达八个月的谈判后便决心放弃他，1647年2月9日，在一个骑兵队的监护下，查理被转交给英国议会。于是，议会又与国王进行谈判。
内战刚刚结束时，议会曾答应恢复查理的王权，但必须满足《纽卡斯尔建议》（Newcastle Propositions）所开列的条件：第一，废除主教制，建立长老会；第二，议会掌握军事力量，包括海军、陆军和民团；第三，由议会任命国家的主要行政官员和法官；第四，向爱尔兰开战，由议会控制指挥权；第五，惩罚内战中的王党分子；第六，严格实施反天主教法。查理无法接受这些条件，因而就尽可能地拖延答复，而且还希望利用长老派和独立派的矛盾，谋取利益。
查理在逃出牛津的前几天，就表达过这样的想法：“我要诱致长老会派和独立派与我联合，以借此叫两派互相消灭，我是决不放弃这样干的机会的，那样一来，不久我又是国王了。”自内战爆发以来，议会阵营中的长老派和独立派既有斗争又有合作，前者的源头主要是苏格兰长老会，后者的信仰则来自于逃亡到荷兰的清教徒。后者反对长老制，就如同反对主教制一样，其立场十分坚定。他们认为真正的教会应当是信徒们的自愿组合，因而反对长老派组建全国性教会的主张。相应地，在政治上，他们既反对国王专制，也反对贵族擅权，更希望看到在各地乡绅主导下的地方自治。当查理向议会宣战、宣布议会叛乱时，英国议会是被迫应战的，虽然独立派和长老派的政治态度相左，宗教信仰不一，但他们只能通过联合的行动来迫使国王就范，否则就意味着在英国已经存在了近四百年的议会传统的完全中断。
但问题在于，长老派和独立派的合作并非出于长久的考虑，只是一种权宜之计。当胜利的曙光初现时，双方在对待国王以及苏格兰人的问题上发生了分歧。独立派特别担心长老派与国王结盟，也害怕苏格兰与英格兰的长老派真的联起手来，他们深知英格兰议会中的长老派与国王、与苏格兰人之间的共性，远大于彼此间的分歧，甚至完全可能相互妥协。如果长老派与国王以及苏格兰人最终达成一致，那么，独立派在战场上的一切努力就都化为乌有——不可忘记，议会军实行重组后，军队事实上控制在独立派手里。由于战争主要是由独立派打赢的，他们当然要维护胜利的成果。相反，《自抑法》通过后一度失势的长老派却重新得势，还占据了下院多数，于是独立派和长老派的斗争就表现为军队和议会的斗争，双方在新模范军的去留问题上矛盾十分尖锐。许多议员提出：战争既然结束，军队就失去了存在的理由。1647年3月议会通过一项决定，规定除向爱尔兰派出一支军队并保留部分军队维持治安外，其余军队全部解散。关于军饷问题，下院表示可以支付6周欠款，但步兵已经18周、骑兵已经43周没有领取军饷了。
然而，军队不能接受议会的决定，它自己建立了一个委员会，由高级军官和每团两个军官、两名士兵组成，负责与议会谈判。该委员会向议会呈交请愿书，要求补足军队的欠饷。议会不仅宣布军队的请愿为非法，甚至打算派人去苏格兰，请查理率领一支苏格兰军队入侵英格兰。这样，军队被激怒了。6月3日，在克伦威尔授意下，四百名铁骑军将查理从霍尔登比城堡（Holdenby House）押解到纽马克特（New market），置于军队的控制下。8月，新模范军开进伦敦，武力占领议会大厦，力量的天平开始向军队倾斜。但是此刻，军队内部独立派和平等派的矛盾却凸显出来。在内战中，平等派作为一个政治派别，深受陆军中校约翰·李尔本的影响。李尔本拒不承认《神圣同盟与誓约》，坚持宗教自由，主张扩大选举权，人人享有充分的政治平等，因而获得了“生而自由的约翰”（Freeborn John）之称。他的政治宣传赢得普通百姓和士兵的支持，却遭到对手的攻击，屡次被捕。他认为自己是为“生而自由的权利”（freebhts）而呐喊。平等派与独立派的矛盾发生后，李尔本成为平等派的旗手。
查理被押解回王宫后，却受到了不一般的礼遇。克伦威尔和高级军官们对他寄予希望，他们公布了一份与国王谈判的《建议要点》（Heads of Proposals），其基本精神是建立有限君主制，实现军队、议会和国王三者对国家政治权力的分享。在宗教方面，它主张对所有新教派别实行宽容，国教和清教都能够合法存在，不得强制公祷书，不得强迫参加长老会的祈祷活动。它还主张可以保留国教会的主教制度，但必须限制主教的权威。在议会制度方面，它要求解散长期议会，重新划分选区，扩大选举权，两年召开一次议会，会期限定在120-240天之间；议会控制国家官吏和高级军官的任命权，为期十年。查理不接受《建议要点》中关于限制王权的条款，他指望继续利用议会与军队的分歧；但高级军官的态度激化了军队内部独立派和平等派之间的矛盾，平等派指责独立派向国王妥协。为缓解分歧，1647年秋，军队在伦敦西南部的普特尼（Putney）召开全军会议，围绕战后重建尤其是国家政治体制问题展开激烈的辩论。独立派坚持《建议要点》，主张保留君主制和上院，平等派则提出激进的政治纲领《人民公约》（An Agreement of the People），提出废除君主制和上院、建立一院制议会的要求。辩论的焦点集中在选举权问题上，高级军官认为选举资格只能给予有财产的人，只有财产才能保证对国家的忠诚，才能创造负责任的选民。平等派则反驳说：生活在英国土地上的所有居民，包括最穷的人和最富的人，都应当享有与生俱来的天赋权利，应该实行成年男子普选权。他们甚至提出：即便最穷的人也有他的财产，那就是他的劳动。辩论从10月28日持续到11月中旬，最终未能达成妥协。克伦威尔认为继续辩论会非常危险，便决定强行终止辩论。11月15日，他命令全军在鲁易斯利普荒野（Ruislip Heath）、金斯顿（Kingston）和魏尔（Ware）三个地点接受检阅，并签署声明效忠最高司令官和军队委员会（Army cil）。平等派的三个团擅自前往魏尔，不仅赶走了大部分军官，还在自己的军帽上别上《人民公约》，上面写着“英吉利的自由，士兵们的权利”（Engnd''s Freedom,Soldiers''Rights）。克伦威尔亲自去魏尔压阵，逮捕那些同情平等派的中下级军官和士兵，还当众枪决了带头滋事的二等兵理查德·阿诺德（Richard Arnold）。平等派被压制下去了，高级军官控制了全军。
恰在此时，国内形势发生了剧变。11月11日查理逃离汉普顿宫，逃往距汉普郡（Hampshire）南部海岸几英里之外的怀特岛（Isle of Wight）。在那里，他仍然与各派周旋，试图挑拨议会与军队的矛盾。但他的出逃，却使议会和军队都失去对他的信任，并促成军队独立派与平等派的重新联合。议会也以最后通牒的形式向他提出四项条件，包括由议会控制陆、海军事力量20年，及自行决定休会时间和开会地点等。对于这样的苛严条件，查理予以拒绝，并很快转向苏格兰人，于12月26日与之签订《密约》（E），承诺将在三年内强行推广长老会教派，镇压独立派和其他异端团体。苏格兰人则同意派遣一支军队帮助他与英军作战，并恢复他的王权。
1648年1月，内战再起。王党在多地发动暴乱，包括南威尔士、北威尔士、北安普顿郡（Northamptonshire）、诺丁汉郡（Nottinghamshire）、肯特郡（Kent）、诺森伯兰郡、埃塞克斯郡（Essex）、坎伯兰郡（Cumbernd）等。议会军中有叛变，海军也有舰船参加。参与暴乱的力量很庞杂，包括议员、地主、商人、伦敦市民和乡民、主教和长老派，以及苏格兰人、威尔士人，这是第一次内战时不曾有的情形。面对严峻的形势，军中独立派和平等派迅速恢复团结，克伦威尔向平等派作出让步，表示愿意考虑他们的要求，在战争结束后取消上院、审判国王、释放魏尔事件中被捕的军官。平等派接受了克伦威尔的让步，双方重新合作，并很快平息了各地的暴乱。8月17-19日，克伦威尔率8600人的议会军，在兰开郡普雷斯顿（Preston,Lancashire）附近与苏格兰——查理联军进行决战，尽管联军有2万人，数量上远远超出议会军，但议会军纪律严明，指挥统一，装备先进，作战英勇，最终消灭联军2000人，俘获9000人，他们自己仅仅损失约100人，可谓大获全胜。至此，第二次内战基本结束。
在战争中议会长老派与苏格兰人及王党暗中勾结，军队和议会之间的裂痕进一步扩大。战争结束后，为阻止议会同查理往来，军队再次开进首都，并将司令部设在王室的白厅宫（Pace of Whitehall）内的国王官邸；同时，将查理从怀特岛押解到英格兰南部海岸一个荒凉海角，囚禁在一间黑屋里。军队要求议会停止与查理谈判，并将他作为一切灾难的罪魁祸首交付审判。但议会继续与国王来往，于是就发生了著名的“普赖德清洗”（Pride''s Purge）事件。12月6-7日，奉军队委员会之命，托马斯·普莱德（Thomas Pride）上校率军占领威斯敏斯特宫，将140名长老派议员驱逐出议会。至此，英国议会原有的近500名议员中，已经有一半在内战爆发时加入王党，剩下的一半现在又有二分之一被清洗，余下者受独立派主导，于是就获得了“残缺议会”（Rump Parliament）的称呼。军队对议会的清洗，反映了在权力斗争的天平上，暴力更有力量。在凡是发生革命的地方，出现这种情况相当正常，因为革命就是暴力的权威，服从暴力则是革命的逻辑。
几天以后，查理被转移到伦敦附近的温莎堡（Windsor Castle），准备接受审判。为此，下院设立一个特别法庭，由3名法官和150名陪审员组成。本来，叛逆罪是指臣民危害国王的人身安全及其统治权的行为，但残缺议会现在宣称国王犯了叛逆罪，因为他“发动战争反对议会和英格兰王国”。准确地说，由于查理的行为构成了对国家安全的威胁，因此犯了叛国罪。上院否决了下院设立特别法庭的决议，理由是国王是英国法院的最高长官，不可能对他进行审判。于是下院就成立一个仅以下院名义设立的法庭，其成员减少到135名。1649年1月20日审判开始，由法官约翰·布雷德肖（John Bradshaw）主持。查理认为法庭非法因而拒绝辩护，但法庭仍然判他有罪。1月30日，查理被处决，罪名是“暴君、叛徒、杀人犯及国家的敌人”。
查理的悲剧在于，他自始至终都坚信君权神授，而不明白他的权力的终极来源是英吉利民族。英国议会正是以英吉利民族的代表自居，举起了反抗专制王权的大旗。议会相信自己是人民的代言人，在1649年1月彻底战胜国王之时，它通过决议说：“在上帝之下，人民是一切正当权力的来源；在议会里集会的英国下议院是人民选出并代表人民的，在本国有最高的权力……”。尽管查理的死，后来引起许多同情，但他逆历史潮流而动，无法不被历史所抛弃。这是历史的辩证法，这是历史的必然性。