随着战争硝烟的消散和查理一世被处死，残缺议会在独立派的主导下行使权力。根据下院的决议，人民是上帝之下一切权力的源泉，由人民选举产生并代表人民的下院，拥有国家的最高权力。这个决议是独立派对平等派让步的结果。然而最具讽刺意味的是，此时下院的代表性最无法令人信服：1640年11月长期议会召开时，共有490名议员；普莱德清洗后，剩下的议员总数不到90人。尽管形式上已经不具合法性，这个残缺议会还是于1649年2月通过决议，取消了只剩下16名贵族的上院，同时废除了徒有虚名的君主制。5月19日，它正式宣布建立“英吉利共和国”（oh of Engnd），称其为一个“联邦和自由的国家”（oh and Free State），自称议会代表人民掌握最高权力，统治这个国家，并以人民的名义，指定和组成隶属于自己的军政长官。它把国家行政权交给一个由41人组成的国务会议（cil of State），大部分成员为独立派领袖人物，其中10人同时也是议会成员，包括克伦威尔在内。这样，英国改变了它自身的外在形式，由王国变成了共和国，英国革命也由此达到了顶点。
英吉利共和国，有学者认为属于英国的宪政实验。这个时期可以划分为共和国（1649-1653）和护国政治（1653-1660）前后两个阶段。但无论在哪个阶段，军队都是真正的掌权者，因为军队战胜了国王，议会遭到了清洗，长老派已被驱逐，独立派掌握着革命的领导权，而以军队为基础的独立派是用枪杆子进行统治的。人们从英国内战或革命中看到，革命就是使用暴力，革命的成功必须有赖于战争的胜利，既然军队在战场上打了胜仗，自然也就取得了革命的领导权。由于军队作为“枪杆子”，是一种工具，是一种政治斗争的工具，它要让自己走上政治的前台来进行合法的统治，这对于素有议会传统或宪政传统的英国来说，显然是困难重重的。于是就发生了有趣的一幕：军队并不喜欢议会，却又离不开议会，因为议会的存在可以使军队的统治合法化，而不管这种议会本身是否合法。无论是处死查理还是撤销上院，抑或是废除君主制，还有取消安立甘宗教的国教地位，这些非同寻常的政治实践都需要借助议会这种所谓的“合法”形式来进行。在理论上，残缺议会在伸张人民主权的同时，将立法、行政、执法三项权力都置于自己的控制下，它第一次公开宣布了议会的最高权力，并将其诉诸文字，从而对后来西方的宪政发展产生了巨大影响。但从实质上看，英吉利共和国是军人统治的共和国，这种政体形式后来在世界其他许多地方都出现过，发生革命的国家似乎都要出现军人政权，这好像成了铁律，而英国是其中的第一个。英吉利共和国成立后，克伦威尔一手拿宝剑，一手拿圣经，与残缺议会共同构建了一个军人统治的清教共和国。其中，剑是统治的物质武器，圣经是统治的精神工具。
英吉利共和国自建立之日起就面临着许多危险，受到国内外敌人的围剿。这些危险既有王党叛乱，又有长老派和平等派的反抗，还有与查理一世有亲戚关系的欧洲各宫廷的敌视。在国内，王党已被击垮，正处于极端惶恐的状态之中，但仍有不少王党分子甘愿冒险，准备与共和国再作一搏。同时，长老派和平等派不满独立派对政府的操纵，他们与王党分子一起，构成了反对共和政府的力量。“作为一个集团，英国的长老派几乎没有明确的政治理论。他们的观点主要是主张贵族政治，因而是保守的，也肯定是保王派的……他们主要希望在议会里推行长老会教义，一般来说，他们希望通过国王而不是反对国王来实现这一点。”虽说长老派与独立派在战争时期走向联合，并共同推翻了君主制，但共和制度作为革命的成果，仅仅体现了独立派的政治诉求，与长老派的主张无涉，因而长老派试图与王党联合起来反对新政府。当然，长老派和王党的分歧也十分明显。王党分子主张恢复在革命前就已存在的君主制，长老派则无法接受这一点，所以双方合作的可能性就相当有限。平等派与长老派联合的可能性也不大，平等派比长老派更激进，他们要求通过改革来实现绝对的民主，比如成年男子普选权、每年召开一次议会、实行宗教自由等。因此，虽然共和国面临的困境极其巨大，但由于独立派不仅掌握着一支4.4万人的军队，还控制着所有的政府部门，加上反对他们的力量并不团结，他们就能以充沛的精力与高昂的斗志去应对各种危险，保卫革命成果。
当时，欧洲大陆对不列颠岛上的事态深感震惊，不论是新教国家，如荷兰、瑞典、丹麦等，还是天主教国家，如法国等，都与英国的关系迅速恶化了，这就使新生的英吉利共和国在外交上处于孤立无援的境地。这倒给了爱尔兰人创造了机会，他们一方面试图摆脱英国的控制，另一方面又打起维护天主教的旗帜，公开对抗英吉利共和国。这样，爱尔兰和英格兰的民族矛盾，就与天主教和新教的宗教冲突纠缠到一起，爱尔兰人宣布无条件拥立查理一世的儿子小查理为新国王，称其为“查理二世”（CharlesⅡof Engnd），他们支持斯图亚特王室的统治，不承认共和国。为了消除来自爱尔兰的威胁，残缺议会任命克伦威尔出任爱尔兰远征军总司令，并由他率领一支由万余人组成的精锐部队，于1649年8月踏上了爱尔兰的土地。
这场战争打得非常残酷，爱尔兰人在很多地方进行激烈抵抗，英国军队则残暴地屠杀当地人，德罗赫达（Drogheda）屠城行动就是典型例子：英军破城之后，克伦威尔下令处死城内所有男子，甚至连教士和修士也不能幸免。1652年5月，当新模范军击败爱尔兰天主教徒和王党分子，实现对爱尔兰的重新征服时，英国开始全面实施爱尔兰殖民计划。议会颁布法令，对5种人，计8万多人，处以死刑或没收财产，其他参与反抗的人三分之二的失去土地，剩下三分之一者必须到离家乡很远的地方去才能得到补偿。1653年，爱尔兰已变成英格兰的一块殖民地，许多跟随克伦威尔去爱尔兰打仗的士兵，在当地获得土地，成了爱尔兰的地主。有学者评论说，克伦威尔在爱尔兰的滥杀行为亵渎了上帝，他个人的军事才华也因此失去了应有的光辉。英国前首相丘吉尔（Sir Winston Churchill,1874-1965）这样评论说：“克伦威尔在爱尔兰拥有压倒一切的力量，他以卑鄙的手段残忍地运用这些力量，践踏了人类的行为准则，有意对人类的历程投下阴影。”
当爱尔兰尚未完全被征服时，苏格兰问题又被提上日程。虽然苏格兰人也反对查理一世的专制统治，但他们却不能接受英格兰人处死国王，就在查理死后的第六天，苏格兰议会便宣布他的儿子为新国王。1650年英苏战争爆发，查理二世从荷兰来到苏格兰，不久就亲自指挥苏格兰军队。当然，苏格兰人拥立查理二世并不是无条件的，他们就曾向查理一世提出过这些条件，即不但要改宗长老派，而且无论在英格兰还是在苏格兰，都要奉行圣约派和长老派的制度。虽说圣约派是查理一世的敌人，也是查理二世的敌人，但为了恢复两个王国的王位，查理二世便接受了圣约派条件，这样英苏对抗就变得不可调和了。
1650年6月克伦威尔奉英国议会之命率军平定苏格兰。他曾公开指责苏格兰圣约派支持斯图亚特君主，现在则希望他们“虔诚信服上帝”。7月底，他率领1.05万名步兵、5500名骑兵向苏格兰进军。当时，苏军占有数量上的优势，步兵和骑兵分别达到1.8万人和8000人；苏军统帅纽瓦克勋爵大卫·莱斯利（David Leslie,Lord Newark）采取坚壁清野战略，不与英军直接对阵。由于粮食匮乏和疾病流行，到了秋天，英军已减少了约5000人。尽管如此，克伦威尔还是凭借多年的战争经验，利用苏军的战术错误，以1.1万名士兵迎战2.1万人之敌，在距离爱丁堡45公里的邓巴（Dunbar）大败苏军，杀敌3000人、俘虏1万人，取得了英苏战争的决定性胜利。邓巴战役之后，克伦威尔又巧妙地利用苏格兰内部政治和宗教上的分歧，持续用兵，最终占领爱丁堡，以及苏格兰低地的整个东部地区。
1651年7月，查理二世亲自率领一支1.6万人的军队向英格兰发起进攻。他特别希望英格兰的王党分子能闻风而动，投奔他来；但王党分子由于受到共和政府的打击，不是心有余悸就是噤若寒蝉，响应者寥寥无几。9月3日，查理与克伦威尔正面交锋，克伦威尔利用英军数量上的优势，将2.8万名英军分兵两路，夹击查理所在的伍斯特（Worcester），结果彻底击溃苏军。战斗结束后，查理冒险逃出陈尸遍野的战场，经过六个星期的颠沛流离，化妆成难民，才最终逃到法国，此后就一直流亡在欧洲大陆。对苏格兰而言，伍斯特战役（Battle of Worcester）的失利意味着苏格兰独立的停止，1654年它被强行并入英国，议会也被取消，虽然“苏格兰人是反对这种联合的……就像一只可怜的小鸟落入老鹰之口而被吞食一样。”
苏格兰战争结束后，军队与议会之间的矛盾开始尖锐化。革命时期，双方曾协同合作，完成了推翻王权的任务。但是，独立派和长老派之间的矛盾致使1648年普莱德清洗的发生，此后只剩下一个“残缺议会”。尽管其中都是军队所中意的人，军队还是嫌它碍手碍脚，不让议员们放开手脚做事。说实话，此时的残缺议会，已经变成一个利益集团，坐在其中的大约90名议员，有些是极端的共和派（Republis），他们坚守共和国理想，倡导信仰自由，而实际上，他们也知道多数英国人并不赞成共和制度，如果举行议会选举，他们会被赶出议会。所以这些共和派议员宁愿维持议会的残缺局面，使自己可以永久坐在里面。不过，这就违背了他们所倡导的“自由”原则。另一部分人则是纯粹的投机派，他们希望永远坐在议会中，舒舒服服地吃一辈子议会饭，因而最不愿意看到重新选举，也就最希望残缺议会永远存在。但一个议会永远地存在，就违背了议会的本意，如此一来，残缺议会越来越不得人心。另一方面，军队也变成为利益集团，它在爱尔兰战争中变了质，军队烧杀掳掠，抢夺战利品，许多士兵得到了土地，政治理想逐渐淡漠，职业利益日益增强。垄断政治权力成为军队维护自身职业利益的重要保障，而残缺议会的存在，又使它感到束手束脚。军队需要解散议会，残缺议会也失去了人民的支持。
1653年4月20日克伦威尔带一队士兵进入议会大厦，命令议员离开会议大厅：“你们不再是议会，我说了，你们不再是议会，我要停止你们的会议。把他们叫进来，把他们叫进来。”士兵们应声走进大厅，将议员们逐出会场。这是世界近代史上的第一次军事政变，军队用武力驱散了所谓的人民代表。克伦威尔说话的语气，仿佛他就是一个国王，不免让人联想起当年的查理一世。虽然政变没有引发政治风波，人民已对残缺议会不抱好感，但是，由军队和议会共同拱卫起来的共和体制却遭到了无情的嘲弄。后来很多国家都发生过类似事件，当革命遭遇到通过正常途径无法克服的政治危机时，它经常会使用军事政变的手段来解决问题。钱乘旦教授深刻地指出：“自此后，英国革命就迷失了方向：革命是以维护议会的自由权利开始的，反抗国王的专制统治；但现在国王被处死了，议会却也失去了权利，起而代之的是一个强制的力量，它完全以武力为后盾。革命背离了出发点，相反却走向了反面。这以后革命就走下坡路了，一直走到它的失败。”
残缺议会被解散后，一部分军官主张将权力交给一个由十多人组成的委员会，该委员会得到了由选举产生的议会的协助，这两者的权限均须一部成文宪法予以规定；另一部分军官则受第五王国派的影响，主张将权力交给一个由70人组成的委员会，在这个方案中却没有议会的地位。克伦威尔采纳折中的办法，他规定经由军官委员会（cil of Officers）从各地独立派教团提出的建议名单中选出140名“忠于上帝事业的人”，由这些人组成一个“小议会”（Little Parliament），其中包括英格兰议员129人、苏格兰议员5人、爱尔兰议员6人。克伦威尔作为军队总司令，向每位议员颁发了经他签署的委任状。由这个方案产生的新制度，已经出现克伦威尔个人独裁的端倪。
“小议会”是一个清教徒的寡头集团，由清一色的清教徒构成。其中有一个皮革商，名叫“赞美上帝·拜尔朋”（Praise-God Barbon）；这是个革命的姓名，这届议会也因此被称为“拜尔朋议会”（Barebone''s Parliament).7月4日，小议会在伦敦开幕，议员们不断提出激进的变革主张，涉及政教分离、取消教会什一税、撤销大法官法庭、通过公证结婚、废止庇护制等，极端者甚至要求以犹太先知摩西（Mose）的法律取代英国习惯法，这些都背离了克伦威尔提出的实行温和统治的劝告。此外，小议会在给养问题上损害军队利益，引起了军队的极端不满。于是，在温和派议员和军队将领的导演下，这个既没有威信又缺乏能力的小议会，在维持了五个多月后，不得不以“自动退职”的形式，于12月12日宣告解散。同一天，克伦威尔从军队手中接受了英国史上绝无仅有的成文宪法《政府约法》（Instrument of Gover），这份文件是由军官委员会起草的，源于1647年独立派高级军官制定的《建议要点》。该文件提出建立护国主制（Protectorate），规定由克伦威尔出任护国主，由选举产生的议会行使立法权；护国主被赋予行政权，他通过国务会议进行统治；议会可以驳回护国主否决的法案，使某项法律生效，除非该法案与宪法相抵触。它还承诺宗教宽容（religious tolerance），但罗马天主教不在被宽容之列，这反映了独立派的宗教主张。为防止议会或护国主独裁，国务会议委员实行终身制，其权力比1649年的国务会议大得多，其中包括选择护国主的继承人。通过这种安排，可以使护国主、议会和国务会议三者之间达到权力平衡。
12月16日克伦威尔就任护国主，这是一个终身职务。随着护国政治的建立，英吉利共和国事实上已寿终正寝。1654年9月，选举产生了第一届护国制议会（Protectorate Parliament），尽管军队操纵了选举，但议会召开后，立即暴露出更加强硬的共和派倾向。大约有100名议员不肯宣誓效忠克伦威尔政府，并且以咄咄逼人的姿态攻击《政府约法》和宗教宽容，攻击庞大的常备军。军队感到非常震惊，于是当议会正忙于起草一部新宪法试图取代《政府约法》时，克伦威尔于1655年1月解散了它。紧接着，他陆续镇压了一些王党分子的叛乱，遣散了1000-1200名新模范军士兵，还减少了军饷。约翰·兰伯特（John Lambert）和约翰·德斯巴勒（John Desbh）等将领建议，将整个英国划分成11个区，每区派一名陆军少将进行管理。少将既有军权又有民权，既有宗教权又有司法权。这样，从指挥民兵、维持治安、逮人判案，到整肃市镇、摊派征税，再到推行宗教宽容，监督社会道德，禁止斗鸡、赛马，一切事务都由少将决定。在军事管制下，军政府对地方上的一切进行监管，包括道德生活、文化生活、宗教生活。他们还对教士的活动严加管束，其目的并不是“为了建立某种形式的宗教统一”，而是为纯洁教会、提高神职人员的传教水平，以防止谋反的发生。少将们要求严格执行清规戒律，沿街巡逻的士兵个个都是荷枪实弹，令人望而生畏。
赤裸裸的军事独裁激起了民众的反感，也遭到第二届护国制议会的反弹。虽然议员仍旧是在军队控制下产生的，但他们一旦开会，就不服从将军们的意愿，抗拒政府，像第一届护国制议会一样要求修改宪法。在此背景下，前伦敦市长克里斯托弗·帕克爵士（Sir Christopher Packe）代表一些共和派议员草拟了一份《谦恭请愿与建议》（Humble Petition and Advice），于1657年2月发布，其中劝谏克伦威尔接受国王称号，建立世袭君主制。其他条款则提议设立议会“另一院”（''Other House''of Parliament）即上院、每三年召开一次议会、征税权归议会、设置国王咨询委员会、削减军队规模等。究其实质，这份文件并不是要加强克伦威尔的权力，而是想通过建立君主制来限制护国主。这是颇具讽刺意味的。在英国人看来，君主的权力是有限的，护国主则是人们所不知道的东西，人们宁要一个可以受约束的君主，也不要一个在军队支持下不受约束的军事独裁者。由于克伦威尔必须依靠军队才能进行统治，他在犹豫了两个多月后，明确拒绝了王冠的诱惑，然而却得到了护国主职务可以世袭的保证。到1658年夏，这种制度达到登峰造极的地步。伏尔泰评论说：在克伦威尔统治时期，“他虽然不称国王，但比任何一位国王享有更大的权力和更多的荣华富贵”。在护国主身上，人们看到了詹姆士一世和查理一世的影子，正是在这个意义上，英国革命从反抗君主的个人统治开始，转了一圈之后，又以护国主的个人统治结束。这样，历史似乎又回到了原点。
“假如克伦威尔满足于别人对他的政策的默认和政治上的最低限度的顺从的话，他可能已建立一个稳定而持久的政权。但是他信仰强烈，充满激情，渴望建立一个更能领悟上帝事业、更愿服从上帝旨意的国家。”作为一个虔诚的清教徒，他为了上帝的事业殚精竭虑，不懈奋斗了一生。但是，他只是从形式上“把自己与建立在过去基础上的政治权威的正当性决裂开来”，并将宗教上的激进主义同政治上的保守主义结合在一起。这样看来，克伦威尔是一个十足的矛盾体，他既反对个人专制，又实行个人集权，既追求变革，又崇尚传统。当他认可《政府约法》，并在威斯敏斯特接受“护国主”称号时，另一种形式的个人统治——护国政治似乎获得了合法性。但是如此回归原点，也许这正是英国革命的必然逻辑：克伦威尔的经历并不是他一个人的故事，而是一个民族的历程。当英国人用革命的暴力来推翻君主专制时，军队接管政权就已经确定：军队推翻了君主，接管政权的当然应该是军队。
1658年1月，议会在半年休会后复会，克伦威尔把他的亲信塞进了“另一院”。但下院的共和主义者拒不承认“另一院”，对他们来说，“另一院”等于否定他们在内战中所做的一切，包括他们自己和他们所坚持的人民主权。激烈的争论立即开始了。2月4日，克伦威尔解散了这个喋喋不休的议会，他说：“我认为这是结束你们的会议的最好时刻，我宣布解散这个议会。让上帝在你们和我之间作出裁决。”他原本准备再召开新的议会，但9月3日却因患热症去世。随后，他的儿子理查德（Richard well）继任护国主。
新护国主一开始就面对两个难题：一是他既涉世不多又无战功资历，军队将领都是他的长辈，根本不买他的账。二是政府财政拮据，到1659年春已累积175万镑的债务，超过政府一年的可支配经费。为了摆脱财政危机，枢密院决定召开新的议会，即第三届护国制议会，它由温和的长老派、秘密的王党分子和少量的共和派组成。1659年4月18日，议会投票通过决议，规定军官委员会开会必须经过护国主和议会的同意，所有军官必须宣誓不得以武力解散议会。但五天以后，军官们便迫使理查德解散了议会；又过一个月，他们就把理查德·克伦威尔赶下台。这样，存在了五年多的护国政治寿终正寝。
处死国王查理一世后，英国已尝试过多种政治制度，包括共和国、护国政治、议会政治、军事管制等等，但无一成功。至此，一切政治实验都走投无路了。英国革命出现的问题，是它没有能建立一种新的制度取代被推翻的君主专制制度，所以尽管革命本身是胜利的，因为国王已被处死，但革命却因为不能创造新的政治制度而走进了死胡同。克伦威尔凭借自己的威望控制住局面，可是他的统治只是君主个人统治的翻版，传统的惯性并未使英国跳出旧的运行轨道；相反，英国只是在革命的狂风巨浪中转了一个圈，又回到了原点。
接下来就是军官们的天下了。为了掩饰军人专政的本色，他们恢复了残缺议会，但残缺议会不仅没有表现出顺从的意愿，反而试图夺权，以煽动请愿为借口，解除约翰·兰伯特和其他几位军官的职务。于是，兰伯特就在10月干脆解散了议会。军官之间开始争权，谁都想顶替克伦威尔的空缺。兰伯特和军队总司令、理查德·克伦威尔的妹夫查尔斯·弗利特伍德（Charles Fleetwood）尖锐对立，而苏格兰驻军司令乔治·蒙克（Gee Monck）则以保卫残缺议会为借口，率领6000名军人南下，在未遇到任何真正抵抗的情况下进入伦敦。蒙克感到没有足够的力量去控制局面，于是就召回了1648年普莱德清洗中被驱逐的长老会派议员，恢复了长期议会。接着，他又让长期议会自行解散，并通过召开“非常议会”（vention Parliament）的决议。一个英国代表团被派往荷兰，与流亡的查理二世进行谈判，就斯图亚特复辟问题达成了妥协。特别有趣的是，率领代表团的正是当年新模范军的主帅费尔法克斯。这样，在当年的革命军队的力主之下，斯图亚特王朝名正言顺地复辟了。