最后的一击——收复南八城——英国人再施狡谋——阿古柏余党逃往俄国
西征大军集结在吐鲁番、托克逊一带。吐鲁番是新疆的热点，明代称为“火州”。它的热和巴里坤的冷、安西的风并称为关外三绝。当时正是伏暑，左宗棠决定等秋高气爽再向南八城进军。
南八城是乾隆二十四年平定南路后，建立的八座城池，即：喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和阗、阿克苏、乌什、库车和喀喇沙尔。吐鲁番是南八城门户，官、兵、商、民来往南八城都要通过这里。由吐鲁番往西，经喀喇沙尔、库车、阿克苏、叶尔羌、英吉沙尔，直抵喀什噶尔，计程约四千里，比乌城到伊犁还要远三倍。
南八城是阿古柏入侵后的根据地，现在门户洞开，英国眼看安集延将彻底失败，又出来干扰了。其时安集延正派了一个使节赛尔德来到英国，请求英国代向中国请降。所谓“请降”，实际上是一个花招，它仍要保持一部分中国领土，这正符合英国的意图。英国在前一年曾为阿古柏请降，虽然碰过清政府和左宗棠的钉子，但心仍不死。这次将驻英公使郭嵩焘找去商量，要求清政府让安集延在南疆保持一部分城池，成为英俄之间的缓冲国。
郭嵩焘将英国代请降一事奏陈朝廷，并说：“英国人的意图是害怕俄国侵入，进而侵略印度。护持安集延是为印度增一屏障。西路军务情形，这里一无所知，只听说阿古柏已死，如能乘此席卷扫荡，应不出数月之内，可以收复南疆。但如时间拖延过久，则应及时讲求和议，可省兵力，以为消弭边患之计。”
郭嵩焘与左宗棠是同乡，青年时为莫逆之交；当宗棠受樊燮、官文构陷时，嵩焘曾在咸丰帝面前为他辩白，还极力推荐他，是他的恩人。宗棠对嵩焘心里是感激的，但遇到公事，却公事公办，不受私情干扰。同治初，宗棠任闽浙总督，嵩焘任广东巡抚，宗棠以广东协饷不力和督抚不和等原因，参奏嵩焘下台。嵩焘因而心怀怨怼，在他《日记》中不时流露对宗棠的不满，认为他“忘恩负义”，有时还流于谩骂。
郭嵩焘
这次他再出任驻英公使，自负为西洋通、英国通。他倡议在中国实行议会政治，这在当时具有进步意义。在他为英国人说项之前，曾写信向李鸿章献策，提出要在国内开办采矿业、兴修铁路和邮政电信、禁绝鸦片等，也都具有积极意义。但他对待新疆的形势，却怀着极其暗淡的心理，只看到了西方的强大、中国的暗弱，因而丧失了民族自信心；在向李鸿章的献策中，还提出割地丧权的两条意见：“一曰喀什噶尔之地宜割与雅谷刊（即安集延的阿古柏）。……惟喀什噶尔之地逼近安集延，其势不能筑葱岭为长城以遮遏之。”他的逻辑是，既然抵挡不住侵略者，不如让它占领。他还认为，侵略者“犹慑中国之威，而思托为附庸，去岁威妥玛代为之请，郭嵩焘谓当俯顺其心，与为约誓”。这样，“可保百年无事。若徒将兵力攻之，旷日持久，耗费而已”。所以他赞同威妥玛的请求。他还认为：“经国者务筹久远，主兵者惟取进攻，是以弃地之议，不能出之主帅也。”左宗棠是主兵将帅，不会同意弃地，只有他和李鸿章之流是筹国家久远利益的人，才能提出弃地的主张，真是堂而皇之地放弃领土主权的议论。
另一条意见是：“一曰伊犁一城宜与俄罗斯约，以垂久远。”“英人多拓地以兴利，俄人务袭土以开疆。”他认为俄国人占伊犁，目的是掠夺土地，如果要它交还，势必要用巨款赎回。与其赔巨款，不如做笔交易，将伊犁卖给它。他还举例说：“如日本库页一荒岛，犹欲全据之，必不肯轻易退还伊犁明矣。”“与其含糊悬宕，以生其戎心，莫如明与定约，划疆分界，可保数十年之安。”
郭嵩焘和左宗棠在对待外敌侵略的态度上，是截然不同的。嵩焘主张苟且偷安，割弃国土以求数十年之安。宗棠则认为，“我退寸而寇进尺”，退让决不是善策，只有抵抗才能图存。嵩焘和李鸿章在这方面倒是同声相应，同气相求。左、郭失和的原因，显然不单纯是由于嵩焘曾被宗棠参劾，而且也由于两人在对待国家利益的重大问题上存在原则的分歧。
郭嵩焘在代英国为安集延说项的奏折中，提出“数月之内席卷扫荡”的要求，显然是给西征军出难题，真实目的还在“应及时讲求和议”。左宗棠在复奏中痛快地驳斥了他，说：他在南路用兵，已有周密布置，意在速战速决，“与郭嵩焘片奏‘乘俄古柏冥殛之时席卷扫荡’一语，尚无不合。惟迫于数月之内转战三千里余，窃恐势有难能”。他后来用兵神速，果然在几个月之内将南八城收复了，但他此时却不能贸然许诺，而要揭露嵩焘出的是一道难题。他对英国庇护安集延，如今看到它将垮台，又要求中国割地与它立国，以屏蔽印度，抗拒俄国，驳斥得很干脆，说：
“安集延侵我回部，谄附英人。英人阴庇之十余年，明知为国家必讨之贼，从无一语及之。上年官军克复北路，乃为居间请许其降，而于缴回各城缚献叛逆贼目，一字不及。……
“英俄均我与国，英人护安集延以拒俄，我不必预闻也。……至保护立国，虽是西洋通法，然安集延非无立足之处，何待英人别为立国？即别为立国，则割英地与之，或即割印度与之可也，何为索我腴地以市恩？兹虽奉中国以建制小国之权，实则侵占中国为蚕食之计。……我愈示弱，彼愈逞强，势将伊于胡底？”
英国如果真的要维护安集延，可以把自己的领土印度割让给它好了，何以倒要中国割地给它呢？明明是欺诈，倒有中国政府大员愿听从它，说是应“俯顺其心”，岂非咄咄怪事！左宗棠将英国人的阴谋驳斥得体无完肤，清廷再次接受了他的意见。于是，在新疆的最后一场战斗打响了。
光绪三年秋天，军粮到齐，天气也凉爽了。左宗棠派刘锦棠军为先锋，所部32营于八月西进；张曜军为后续部队，于九月初旬继进；徐占彪军回防巴里坤至古城一线，总兵易开俊率马步七营增防吐鲁番。八月初一日，刘锦棠命汤仁和、董福祥、张俊、张春发率部分别由苏巴什、阿哈布拉、伊拉湖进兵曲惠，初十日大军在曲惠会集，他们的第一个目标是托克逊西南的库尔勒。
刘锦棠是位名将，惯于也善于使用两路兵，一路是大军正面进攻，另一路是奇兵，从背侧绕来，出奇制胜。八月三十日，他亲率各军沿大道经过和硕向开都河前进，向库尔勒正面进攻；另外，早在三天前他已派余虎恩和黄万鹏率一支奇兵，取道乌沙（什）塔拉，沿博斯腾湖南岸向西潜行，包抄库尔勒之背，出其不意，攻其无备，准备一举歼灭据守库尔勒的守军。
开都河发源于天山南麓，由南向东流经库尔勒、喀喇沙尔，注入博斯腾湖。守军听到清军已经追来，赶紧又向西逃走。渡过开都河后，命其部队掘开河堤，企图利用洪水阻挡清军前进。顷刻，洪水漫流百余里，淹没了库尔勒和喀喇沙尔两城和附近的村落、房舍、人畜、庄稼。当地的维吾尔族同胞纷纷逃往山中，来不及逃走的老弱妇孺，被淹死无数。
刘锦棠军队在向开都河进军途中，遇到一片汪洋大水，水深处可灭顶，浅处也淹及马背，阻挡了去路。大军只得绕道而行，通过120里碱地，才达到开都河东岸。士兵们赶紧架设浮桥，修筑车道，将上流堵塞，继续前进。九月初一日进入喀喇沙尔，只剩一座空城。城中水深数尺，城内外官舍民房都被烧毁了，老百姓都跑光了。还有几百名蒙古族和维吾尔族同胞，躲藏在附近山中，听到清军收复喀喇沙尔，都纷纷回来，他们帮助清军找到水浅可渡的地方，大军轻骑减装，渡过了开都河。初三日，进抵哈尔哈阿满沟时，正遇到一小股敌骑往西逃走，追捕到二人，据供守军已胁裹维吾尔族同胞逃往库车，当天余虎恩和黄万鹏的奇兵也从小路赶到，与大军会合后，一同进入库尔勒，也只剩一座空城。
两支部队一连赶了几天路，疲劳已极，加上军粮已吃光了，大部分粮食在渡河时都留在东岸，人马又困乏，又饥饿。原以为进了库尔勒，可以筹划到粮食，不想城内阒无人烟。刘锦棠急命部队四处寻找粮食。城中还有少数百姓没有逃走，他们知道清军缺粮后，热心主动地来帮助找粮。西北气候干燥，当地人民习惯将粮食藏在地窖中，由于维吾尔族同胞的引导，士兵们掘到了藏粮数十万斤，解救了燃眉之急。
三天后，后路粮食源源运到。派出的侦察兵回来报告，敌人正在策达雅尔和洋萨尔，强迫当地维吾尔族同胞西行。刘锦棠当即挑选了精壮骑兵2500名，乘夜疾进，搭救维吾尔族难胞，不让敌人有喘息的机会，第二天抵达策达雅尔，得悉敌人已由洋萨尔胁裹大批维民往西逃走。刘锦棠命部队赶紧追去，傍晚时分，到达布告尔，遇上了千余敌骑，部将黄万鹏、谭拔萃率军奔入敌阵，敌人稍一接战，立即逃走，被歼百余人。黄万鹏、谭拔萃二军一路且战且追，一直追到第二日天明。
晨曦微露，远远望见前面黑压压一片，似有数万敌骑，正在向西缓缓移动。用望远镜观察，武装匪徒只有千余人，其余都是扶老携幼、赶着车牵着牛的维吾尔族难胞。刘锦棠下令部队急追上去，只许追杀武装叛匪，对维吾尔族难胞要悉心保护，不许伤害。敌军看官军紧追不舍，就停下来准备抵挡一阵，官军气势正盛，人人勇猛向前冲杀，正如一堵铜墙铁壁，向敌人阵前压去。敌人抵挡不住，心惊胆战，丢弃了胁裹的维吾尔族难胞，纷纷向库车方向逃走。
刘锦棠命军队暂停前进，先安抚难民，分给他们衣物粮食，命部将陶生林护送他们回家乡安居，难胞无不欢天喜地。刘锦棠部队继续追击敌人，一路上又解救了几万名维吾尔族和蒙古族难胞。
当清军追到距库车数十里处时，敌军数千名摆开了阵势，准备接战。刘锦棠下令分兵五路：黄万鹏、崔伟由右进攻；章洪胜、方友升由左进攻；谭拔萃、张俊率步兵为左右接应；罗长祜军居中路；刘锦棠率后军坐镇。两军对阵很久，还没有决出胜负。刘锦棠指挥后军突然冲向前阵，五路军一齐压过去，敌军猝不及防，首领马由布当即被杀死，敌军看到主帅被杀，丧失了斗志，纷纷溃逃。清军连夜追赶四十里，歼灭敌军千余人，于第二天（九月十二日）收复库车城。由库尔勒追敌到库车，行程九百里，只用了六天，救出难胞10余万人。
刘锦棠一面向左宗棠报捷，一面命部队马不停蹄，立即向拜城前进，直指阿克苏重镇。左宗棠得到胜利喜讯后，复信给刘锦棠，要他办好善后工作，在各收复城市设局放赈，督促劝教百姓耕种和放牧。随后要修理道路，添造船只，修设驿站，以便利军民、客商来往。
九月十四日，刘锦棠部队进抵和色尔，距拜城已不远。据守拜城的是维吾尔族领袖阿克奈木厘，当战败敌军来到拜城前时，又施惯技，要强迫维吾尔族同胞和他一起西逃。阿克奈木厘拒绝随敌军逃亡，敌军就将阿克奈木厘杀死，城内维吾尔族官民十分愤怒，立将城门紧闭，抗拒敌军进城。敌军看看攻不下城，官军又从后追来，就急忙将城外村庄抢掠一空，放火焚烧而逃。
清军进抵拜城时，维吾尔族同胞大开城门出迎，人人欢欣鼓舞。刘锦棠听说敌军已胁裹了部分难民西逃，就留下方友升军镇守拜城，亲自领兵连夜急追，务必要将难民救回。那时正值深秋，南疆为大陆性气候，一到夜幕降临，气温骤降，朔风怒号，草原和沼泽地霜凝冰结。刘锦棠率部队乘夜踏冰急追，寒风中人马冻皲，猛追了80多里路，天明后追到木扎提河前的铜厂，正遇上敌军驱赶一大群难民渡河。清军麾师猛进，歼灭敌军无数，残部匆匆渡河逃走。清军救回了2万多名维吾尔族难胞，刘锦棠派士兵护送他们回到拜城。
敌军残部在木扎提河前大败，渡河后急急忙忙向西逃窜。刘锦棠却不容他喘息，大军也陆续渡河，在后穷追。敌军到达铜厂后，还想继续西逃，安集延派往各城的胖色提却还执意要一战，于是双方摆开阵势，清军夏辛酉、张宗本在右，黄万鹏、毕大才在左，刘锦棠率亲军各方策应。敌人欲决死战，枪炮密集，但是挡不过清军的勇猛冲击。夏辛酉首先冲入敌阵，将敌军右路首领斩首，敌人大乱，余将无心恋战，急忙率死党逃走，黄万鹏率军紧追，又歼灭敌人千余名，生擒百余人。一连追了三天三夜，越过140里戈壁，十七日，追到阿克苏城下，城上枪矛林立，彩旗招展，城中10余万维吾尔族同胞大开城门，欢迎刘锦棠军队入城。
刘锦棠决定暂时将安集延匪搁置一下，集中全力追击残敌。他分兵两路，向西直趋乌什。九月十九日，到达胡玛纳克河边，远远望见河西岸残部正在撤退，那时河水已结冰，清军立即踏冰渡河，向敌军猛烈冲击，当即击毙16人，残敌惊骇奔逃，清军紧追不舍。二十三日追到乌什城东，刘锦棠派出一支奇兵，抄袭敌人后路，又歼灭敌军百余人。清军追了90里，第二天到达阿他什伯，已到戈壁边沿，远望前面一片荒漠，于是返军收复乌什城。南疆东四城：喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什，都为清军收复了。从此官军可以就地采粮，免去了大量的长途转运工作，兵肥马壮，军威大振。
刘锦棠将收复东四城的喜讯向左宗棠报捷，左宗棠十分欣喜，命刘锦棠做好善后工作，尤其要妥善安抚难民，对于败逃之敌，决不可放松。西征军的下一个目标，也是最后的一个目标，就是收复西四城，解放全南疆了。
当官军南下时，和阗地方领袖伯克呢牙斯准备起义响应，他率领地方部队去攻打叶尔羌，叶尔羌的大通哈抵挡不住，派人向退守喀什噶尔的伯克胡里报告。伯克胡里命阿里达什留守喀什噶尔，自己率领五千骑兵来援叶尔羌，大败呢牙斯，攻占了和阗。那时张曜军已经由喀喇沙尔进驻库车，呢牙斯逃到张曜军中投降。伯克胡里得意扬扬，立即向主子英、俄帝国主义报捷，自己也准备从英吉沙尔返回喀什噶尔。
这时原来投降安集延的清将何步云和英韶看看风头不对，就乘机在所据守的喀什噶尔汉城反正。伯克胡里正在英吉沙尔，准备回喀什噶尔，听到库车失守，清将何步云又反正，就下令将英吉沙尔所有汉人，不论男女老幼，一律杀死。
何步云守住了一座孤单的喀城，挡不住阿里达什、伯克胡里的进攻，先后派遣汉民和维民潜出喀城，向湘军告急。刘锦棠正在阿克苏集结军队，原计划先攻取叶尔羌，然后再大军西指，收复敌军的最后据点喀什噶尔。听到喀城兵民反正的消息，认为机不可失，立即改变计划，决定先攻喀城。他令提督余虎恩、总兵桂锡桢率马步2000余人，由阿克苏取道巴尔楚克、玛纳巴什，从东面进攻喀城；提督黄万鹏、总兵张俊率马步2000余人，由乌什取道布鲁特边界，由北面绕攻。自己屯兵巴尔楚和玛纳巴什、扼守和阗至叶尔羌要冲，以为声援。
攻取喀什噶尔是西征军最后一次重大的战役，左宗棠将当时的军事形势奏陈朝廷，其中有一段概括、生动的描述：
自肃州、嘉峪关以抵吐鲁番，自托克逊以抵库车，皆防军也。自库车至阿克苏、巴尔楚克，为且防且战之军。自巴尔楚克、玛纳巴什以抵喀什噶尔、英吉沙尔，则为主战之军。常山率然势成，首尾相应，数千里一气卷舒，将士心目中皆有全局洞贯之象。
他充满了信心，在西征军周密布置之下，残敌已成瓮中之鳖。
十一月十三日，黄万鹏军抵达喀城北麻古木，余虎恩军抵城东牌素特，相距60里。被残敌胁裹而来的维吾尔族百姓听到大军已到城下，纷纷逃出城外，残敌下令，对溃逃者格杀勿论，但是人心已散，溃逃的人太多，虽然滥杀了不少人，但还是制止不住。残敌眼看大势已去，保住自己性命要紧，于是各打各的算盘，决定先逃一步。
1 9世纪中后期的清朝官兵
当天夜里，余虎恩率领肖元亨、戴宏胜二将由城东大道攻进，城中守敌已无心恋战，放火烧城，顷刻熊熊烈火，光如白昼。余虎恩步兵来到城下，与敌骑大战，将首领王元林刺杀坠马，敌人群龙无首，慌忙退却，清军骑兵合势围攻，将敌军全部歼灭。城西北数千敌骑赶来援救，正遇黄万鹏军从北面赶到，喀城的何步云也出击助势，官军士气大盛。城内敌人打开西门，狂奔而出，与城外敌人合流，向西逃窜。喀什噶尔遂为清军克复。
喀城是西陲重镇，平日边境商贸往来兴盛，还住有英国、印度、阿拉伯各国侨民。南疆各族人民和外国侨民都没有料到清军来得这么快，攻势这么神速。有些人还绘声绘色，说西征军会飞，是从天上飞过来的。刘锦棠因此得了个“飞将军”的雅号。
官军克复喀城后，刘锦棠料到其余各城敌军已群龙无首，内部分化，丧失斗志，应趁其不备迅速袭击，于是不等张曜部队来到，立即率军从玛纳巴什直捣叶尔羌和英吉沙尔。敌兵闻讯领袖伯克胡里已败走俄罗斯，都纷纷弃城逃散。叶、英二城相继克复。刘锦棠又派遣董福祥部于二十九日收复和阗。新疆南八城全部收复。
沦陷13年之久、面积达160万平方公里的新疆，除了西北部伊犁地区外，已全部回归祖国的怀抱了。当时舆论认为，这样大的战绩，“乃周秦汉唐所未有”。这样大的战役，从光绪二年六月初一到九月二十一日，收复新疆北路，不到四个月；从光绪三年三月初一日到十三日，收复南疆门户吐鲁番，还不到半个月；从七月十七日到十一月二十九日，收复新疆南路，也只用四个半月。在中国几千年的历史上，从敌人手中收复这么大一块沦丧10余年的沃土，用兵又如此神速，实在是前所未有。
左宗棠对这次战役也十分满意，他给孝勋、孝同的信说：
南疆底定，以事功论，原周秦汉唐所创见。盖此次师行顺迅，扫荡周万数千里，克名城百数十计，为时则未满两载也。
他认为决机制胜全在“缓进急战”的正确策略，还有是执行了正确的民族政策，因而受到各族人民的拥护：“贼以其暴，我以其仁；贼以其诈，我以其诚。不以多杀为功，而以妄杀为戒。故回部安而贼党摧，中国服而外夷畏耳。”当然，收复新疆是正义的事业，是全国人心所向，得到汉、回、维、蒙全国各族人民的支持，这是迅速取得胜利的最基本的原因。