阿古柏自杀——投降派又献割地策
光绪三年（1877年）二月，前线部队已休整三个多月了，士兵们情绪高昂，斗志旺盛，刘锦棠尤其是急性子，等得不耐烦了，几次向左宗棠请求发兵，但那时金运昌率卓胜军刚出关，还没有到达驻地，左宗棠仍按兵不动。直到三月，卓胜军已开到古城至乌鲁木齐一线驻防，原驻该处的湘军得以换防南进，天山冰雪也已化冻、于是左宗棠发出总攻令，命令全军首先攻下南疆门户达坂、吐鲁番、托克逊三角地带，按原定计划分三路并进：刘锦棠率湘军由乌城出发，越岭而南，直攻达坂城；张曜嵩武军先遣孙金彪率五营进驻东西盐池，然后督大军自哈密西进，徐占彪蜀军自巴里坤同日并发。清军总共兵力约50营，共2万余人，从北、东两方面向达—吐—托三角地前进。金顺军留守北疆西部地区，监视伊犁俄军动向。
在大军进发前，左宗棠再次申明纪律，严禁杀掠，对于各族同胞附敌反正者，一律宽待。
刘锦棠、张曜、徐占彪三军于是同时向达—吐—托三角地区进发。他们首先拔除了敌人外围据点，刘锦棠军于三月初三日进抵柴窝营寨，他立即命令余虎恩、董福祥等率马军九营，谭上连、谭和义等率步军四营，乘夜进军，衔枚疾走，务必于黎明前到达达坂城下。
达坂敌人事先引了湖水灌注城外周围的沼泽地，自以为有险可守；又侦察清军攻克乌鲁木齐后，迟迟不前进，已有几个月，因而放松了戒备。刘锦棠的马军于半夜到达了达坂郊外，因为沼泽地注满了水，一片淤泥，深及马腹，兵士们都下马踏过泥水，直逼城下，顷刻将四城团团围住。当天明雾散时，城上的敌人才发现已被包围，惊慌失措，赶紧命令加强防守，枪炮齐鸣，向城下清军猛烈轰击。因为清军的大炮还没有运到，刘锦棠命令将士们围城四周筑壕据守，暂时按兵不动。
当天中午，刘锦棠骑马亲自在城外战壕前巡视，城上子弹如雨而下，他的随从亲兵被枪弹击伤，他的乘马也被击伤；他跳下马，换了一匹骑上，又继续巡视，城内敌人也不敢出击。
两天以后，谭拔萃的后援军到达，运来了几门开花大炮，于是立即赶筑炮台，准备攻城。正当这时，从山后来了数百名敌军增援的骑兵，陶生林和余虎恩从两路分头抄袭，敌军败退，被歼百余人，陶、余二军追赶了几里路，前面又有一大批约千余敌骑，正在向达坂前进，败退的敌骑奔进敌人大队中，大队见势不妙，也赶紧掉头逃走了。
阿古柏在南疆的统治极其不得人心，他采取一套民族压迫、经济剥削、特务监视的极端野蛮、残酷的手段。所有地方和军队的官员都由安集延人担任，他们可以随意抢夺居民的财物，甚至抢夺他们的妻女。没有法律，不讲道理，安集延人肆意横行。当时的中外记载说：“在现今的南疆是很难生活的，无论是人身安全和财产，都没有保障，人人都为明天担心。”（杜勃罗文：《普尔热瓦尔斯基传》）“维吾尔族幼女自八岁以上悉被奸淫，维吾尔族家长死，家产悉被安集延酋长取去。有不缴者，则非刑吊拷，一旦夕间，而人亡家破，流离失所。”（《新疆图志》）不仅在南疆，各族同胞过着非人的生活，当阿古柏势力到达北疆后，也在那里“大杀回汉居民”，剩余的人则强迫迁到南疆。
各族同胞对安集延人无不痛恨万分，听到清军到来，都暗暗欢欣鼓舞，有些人还冒险向清军递送情报。达坂城被清军围困后，也有少数维吾尔族同胞冒险从城中逃出来，向清军报告，城中敌人因为久盼援军不至，已经绝望，准备要逃跑了。
刘锦棠得到这项重要情报后，立即命令各军加强戒备，防止敌人逃走。到了夜间，各营都将火把点起，照耀如同白昼，使敌人无处可以逃遁。各门大炮对准城上炮台和城墙猛烈轰击，敌人炮台接连被打塌，城墙也轰塌多处。忽然一枚炮弹正好击中城中弹药库，一声巨响，如山崩地裂，顷刻浓烟弥漫，一片火起，加上正刮大风，火借风势，迅速蔓延开来，弹药库里的开花子弹不断砰砰爆炸，城中人马伤亡惨重。敌人丧魂失胆，纷纷集结到城东，想从东门逃窜出来，但是官军已在四面牢牢围住，敌人插翅难飞。
经过短时间的激战，敌军被击毙二千余人，其余的纷纷投降，南疆门户第一座要寨达坂城被攻克了，俘虏一千三百人，缴获炮械千余件，马八百匹，还俘获了几百名伪官员，包括大通哈（即大总管）爱伊德尔呼里和胖色提（营官）六名；清军仅伤亡一百余人。刘锦棠命将敌俘解赴肃州大营，对被胁从附敌的南疆维吾尔族和其他各族同胞千余名，一律释放，发给衣服粮食，各遣送回原籍。
达坂城的攻克，是左宗棠预料的数大恶战中的第一仗，也是一次闪电式的攻坚战，是“缓进急战”战略的又一次成功的体现。湘军在达坂的胜利，使南疆敌人大为震动。刘锦棠认为不能让敌人有喘息的机会，休整几天后，于三月十一日连夜发兵，次日，全军抵达白杨河。刘锦棠命罗长祜、谭拔萃分率三千余人进攻吐鲁番，与张曜、徐占彪二军会师；自己率领七千兵马直捣托克逊。
当刘锦棠军到达距托克逊不远的小草湖时，托城中的维吾尔族同胞久受安集延人的压迫，冒险逃出城来，向清军报信说：“安集延敌人听到达坂失守，恐慌已极，准备逃窜；正在各处村庄烧杀掳掠，希望官军速进，解救当地老百姓。”
刘锦棠认为事不宜迟，即命黄万鹏率马队向托克逊先行进发，自己亲率大军分路接应。托城敌军没有料到官军来得这样快，仓促应战，从四面包围黄万鹏军。黄万鹏军纵横冲击，刘锦棠接应的大军及时赶到，分从几路驰入，将敌围冲散，杀散无数。敌军主帅海古拉下令纵火烧城，自己先弃城而逃，残余的敌军也纷纷溃逃。刘锦棠命谭上连等率军追击败寇，自己率大军进入托克逊城，安抚了当地维吾尔族和从吐鲁番、哈密裹胁来的各族同胞共二万余人。
当湘军进攻达坂城时，徐占彪和孙金彪两军也进展神速。他们渡过风沙莽莽的戈壁，三月初八日攻破七克腾木，第二天，乘胜攻占了吐鲁番东南的辟展，敌人望风而逃，官军追斩了安夷首领才米邪斯；十二日，分路克复了鲁克沁、连木沁台和胜金台各城；十三日，两军会合，由哈拉和卓城直捣吐鲁番。吐城敌人看到清军突然来到，城中敌军倾城而出，与城外守卡敌军和从达坂、托克逊逃来的敌军会合，在距城十余里许与清军遭遇，准备迎战。
不料刘锦棠派来的罗长祜、谭拔萃三千湘军突然从北路攻来，宛如飞将军从天而至，敌人猝不及防，惊骇万分，军心已乱，在三军夹击之下，大败弃城而逃。三军合势又追击数十里，于是清军进入吐城，缴获安集延所储存的大量军粮火药。
吐鲁番还有一座汉城，是由马人得据守，马人得看到大势已去，只得率领全城军民万余人出城迎降，吐鲁番全境平定，南疆门户达—托—吐三角地全部收复。
南疆门户之战是一次关键性的战役，西征军收复吐鲁番、托克逊、达坂三城，是一次重大胜利，这次胜利，用兵神速，也是古今中外所未有。从三月初一日刘锦棠军从乌鲁木齐出发，到三月十三日官军克复托克逊和吐鲁番，一共只花了12天。左宗棠对这次战役很满意，说：“实西域用兵以来未有之事。”这次战役歼灭敌军二万余人，约占阿古柏总兵力的二分之一，阿古柏匪军受到了一次毁灭性的打击。
左宗棠于是派道员雷声远到吐鲁番，安抚被胁裹的各族同胞；又命张曜、刘锦棠二军将巴里坤存粮运来吐城，转输托克逊，以备进军南疆之用，留徐占彪和孙金彪两军驻守吐鲁番。金运昌军进抵古城，左宗棠奏请任他署乌鲁木齐提督。一切安排已定，只等军粮运到，计划到秋天就大举南下。
吐鲁番和托克逊被清军攻占后，南疆门户洞开。阿古柏的精锐部队又已损折大半，他感到十分恐慌。维吾尔族同胞对阿古柏的残暴统治早就深恶痛绝，他们听到清军即将来到，互相转告，准备配合官军随时起义。阿古柏看到日益孤立，自知大势已去，前途渺茫，日夜忧伤哭泣；四月十七日凌晨，他在库尔勒服毒自尽。
阿古柏的次子海古拉（哈克胡里）听到父亲死讯，赶紧从喀喇沙尔赶来，将资财军械都交给守城士兵，叫他们坚守库尔勒，自己运送阿古柏尸体往西逃走。他逃经库车、阿克苏，将到达目的地喀什噶尔时，在克孜勒苏河桥上遇到长兄伯克胡里，伯克胡里趁海古拉不备，将他杀死，自己率部占据了喀什噶尔。喀什有满汉两城，他派他的党羽占守满城，命清朝叛将守备汉人何步云守汉城，又派兵去征讨占据阿克苏、自立为汗的叛将阿克木汗。阿克木汗被打败，逃入俄罗斯。原来投靠阿古柏的南疆上层分子看到清军逼近，阿古柏又已自杀，形势不妙，纷纷向清军投诚，敌占各城的维吾尔族同胞日夜盼望官军到来，准备起义配合。伯克胡里已经陷入十分孤立的绝境。
形势对西征军非常有利，全军已做好准备，军粮运到，就一鼓作气，削平南路。明明是胜利指日可待，偏偏朝中又有一批患了“恐外症”的人出来反对进兵南疆。首先发难的是库伦大臣志崇，他上奏说：“西事今昔不同，英、俄两大国表面上不与我争，暗地里却帮助阿古柏入侵之敌，实深可虑。宜于天山南北安置兵勇，招徕农商，为深根固本之计。然后与两大国从长计议，划定疆界，庶不至与接为构，进退维谷。”
他的意思很明显，他害怕强大的英、俄，如果进攻南疆，英、俄就会参与战事，中国将陷于进退不得的困境。只有放弃战争，偃旗息鼓，与英、俄两国讲和。所谓“划定疆界”，实际上就是割让南疆和伊犁，以求取和平。这是一套缺乏民族自信心的、彻底的投降绥靖主义思想。与从前李鸿章提出的意见如出一辙。
朝廷中也有些人附和志崇的意见，说是西征军事耗费过大，现在乌鲁木齐和吐鲁番既已收复，已有屯兵之处，不必再前进了。应当广封各地盘踞的回酋，令他们作为中国的藩属，以节省中国的兵力。这也就是投降派意见的重现。
左宗棠再次据理驳斥了投降派，他写信给总理衙门和刘典说：“此时正有机可乘，能一举收复失地，为何要行此划地缩守之策？如此怎能巩固边疆，对强邻示以不可轻侮？将来追咎贻误大局之人，老臣不能任也。即使时论一致赞同妥协，我也坚持要作战到底。”
清朝廷再次同意了左宗棠的意见，下诏说：“关外军情顺利，吐鲁番等处收复后，南八城门户洞开，自当乘胜底定回疆，歼除丑类，以竟全功。惟计贵出于万全，事必要诸可久。”
清廷仍然信任左宗棠，询问他南八城的情况，并嘱他对伊犁失地：“前此未遑兼顾，此次如能通盘筹划，一气呵成，于大局方为有裨。”最后说：“该大臣亲总师干，自以灭此朝食为念。而如何讲取，如何布置，谅早胸有成竹，为朝廷纾西顾之忧。其即统筹全局，直抒所见，密速奏闻，以慰廑念。”
左宗棠于是上奏，报告了阿古柏自杀的情况，还提出了对西北形势的看法，他说：“自古以来，中国边患，西北比东南严重，因为东南以大海为界，形格势禁，敌人难以攻入；西北则广漠无垠，专靠兵力强弱。兵少难以抵挡敌人，兵多又耗费资财；言防，又无险可守；言战，又无舟楫转运之便。”但是他认为新疆十分重要，接着说了一段对中国国防意义深远的话：
是故重新疆者，所以保蒙古；保蒙古者，所以卫京师。西北臂指相连，形势完整，自无隙可乘。若新疆不固，则蒙古不安，非特陕、甘、山西各边时虞侵轶，防不胜防，即直北关山亦将无晏眠之日。
最后，他提出：“为新疆划久安长治之策”，必须“设行省，改郡县”。
这是一项重大的、意义深远的策略。当时南疆和伊犁地区还没有收复，设行省的建议被搁置了下来，但是清廷采纳了他的坚持收复全疆、保蒙古、卫京师的意见。