成祖虽然对允炆旧臣放宽了，但一想起允炆来，就恨恨不已。后来，又闻知以帝礼相葬的是马皇后之尸，允炆未知下落，让成祖心中怏怏不已。接着，他又听说允炆已剃发为僧遁去，有一个叫溥洽的僧人详知此事。成祖大怒，即命溥洽入狱，严加拷问。
溥洽说，他也是听传言说建文帝入了僧籍，所以并不知建文帝去向。
成祖无奈，把溥洽囚在狱中泄愤，并命给事中胡到处访察允炆下落。可是，允炆杳如黄鹤，久无消息。
后来，有人从贵州得到消息，说是建文帝曾路过贵州，在墙壁上还题诗两首。有人将两诗录来给成祖看，只见其中一首为：
阅罢愣严磬懒敲，笑看黄屋寄团瓢。 南来瘴岭千层回，北望天门万里遥。 款段久忘飞凤辇，袈裟新换衮龙袍。 百官此日知何处？惟有群鸦早晚朝。
成祖推测词意，确系允炆所写，便派人持允炆遗墨去贵州题诗壁上对笔迹。两相对照，笔体绝似，完全可以确认壁上题诗人确系允炆，以此测知，允炆逃向南方。成祖密派使者，到南方诸省大肆查索，但均无下落。
成祖以为国中索遍不见踪迹，可能逃到西洋各国（现在南洋群岛各国）去了，于是决意到西洋各国访其下落，以求剪除。
西洋各国远隔重洋，并不臣服中国。成祖不惜耗费人力、物力，派使者下西洋，名为宣示威德，实是寻踪允炆。
道衍屡谏，成祖不听。道衍气愤，回庆寿寺专务编修《太祖实录》、审撰《永乐大典》，不再上朝。
朱元璋在日，吸取汉末中常侍作乱和唐李辅国专权自恣、搅乱朝政的教训，严禁宦官干预朝政，在宫门外竖一块铁牌，上镌：“内官干预朝政者，杀勿赦”十个大字，以示后世子孙。建文帝嗣位，恪守祖训，对待内臣，仍然严刻。燕王为反允炆，厚礼结纳宦官，宦官多私往燕营，密报朝廷情况，成祖得国，多赖其力。
成祖登位，对中宫封赏甚厚。但是宦官自以为功高，犹嫌赏赐不丰。
成祖虽性残嗜杀，但对曾追随他的人，却不忘其功，非常宽容。太监们不满足，但成祖赏赐已超越常规，不能再加。因无法满足诸太监要求，弄得成祖很为难。
后来，他想出一个办法，让允炆旧将出任贵州、广西、辽东、宁夏诸边疆镇司，命有功的宦官，去监视他们。赐这些太监公侯服饰，职位在诸镇将之上。后来云南、大同、甘肃、宣府、永平、宁波等处，亦各遣太监出使，侦察外情。
帮成祖得国的有功太监，均已派出，只有一个叫郑和的，未委以任，成祖就封他为三保太监，出使西洋各国察寻允炆。
原来，建文出亡后，真欲下西洋隐居，便先在广东珠海永定寺暂住。永定寺住持僧性品北游中原时，与道衍熟稔。建文隐居永定寺后，性品观其君臣言行举止多不像僧人，就常暗中侦察。
一天夜里，性品正巡查僧舍，经过建文居斋窗前，听到屋里建文正在诵词，不由驻足聆听，仔细一听，听出建文诵的是李后主的《虞美人》。
性品想：“出家人四大皆空，怎么吟这伤感词？而且里面的‘雕栏玉砌’，哪里是寺院建筑？词里的‘故国’又是指哪里？”
他正在想，听得屋里另一个声音道：“师弟，今后不要再吟此伤感词了！我们既是避难，就应谨慎，吟这样诗词，容易让人看破行藏。”
又听一个人的声音道：“师弟，人应凭天知命，随遇而安。我们既出家，就是常僧，不要怀念京城的皇宫故国了！”
听至此，性品一怔。他曾闻知建文帝已易僧装逃遁，便想：“听他们吟的词和对话口气，吟词人肯定是建文帝无疑。”又想，“若是建文帝，到处流浪很危险。”于是，就挽留建文帝一行住在寺里。
性品又从《邸抄》知道，道衍做了太子少师，驻庆寿寺编《永乐大典》，就密派徒弟去京城，把留建文一行住在永定寺的事告诉道衍。
道衍回书，让性品留住建文一行，并嘱其为建文一行保密。此次他知道成祖派三保太监下西洋，亦知郑和从苏州刘家港出发，所经路线是浙闽两粤以至占城。他想：“郑和所经路线正过珠海，他们此行目的又是访察建文，建文仍在永定寺，岂不危险？！”于是，道衍给性品修书一封，密派使者飞速送至永定寺，让性品找一僻静寺院隐藏建文一行。
性品接到道衍信后，去见建文帝道：“师傅，请明告可是建文帝？”
建文一惊，掩饰道：“此事关系重大，师傅慎勿妄说！”
性品道：“陛下不要隐瞒，你是建文帝，贫僧早知，不过未说破而已。”说着把道衍的信给建文看了。
建文茫然。
性品道：“贫僧早将陛下隐居敝寺之事密报了道衍。成祖已派三保太监郑和下西洋去寻查陛下，敝寺正是他们所经之处。贫僧受道衍之托，欲把陛下一行引到隐僻寺院隐居。因事急，陛下若信得住贫僧，请讲实话，贫僧安排陛下一行于隐僻去处；若信不住贫僧，就请自便。”
建文想：“这老僧若有害己之意，在给道衍送信的时候，早就告密请赏了。”于是哭道：“落难人正是逊位的建文，请老方丈庇护。”
性品道：“今皇派三保太监郑和，乘大船六十二艘，载兵三万七千余人经此下西洋。名为出使西洋各国，实为查访陛下踪迹，若不是道衍早来通知，陛下不做躲避，真是危险得很。”
建文道：“但是到处严查我们，我们到哪里去？”
性品道：“云南十万大山中，有一个永嘉寺，那里的住持是老衲师弟。永嘉寺在群山谷中荒凉之地，外人踪迹罕至。陛下若在那里埋名韬晦，今皇就是梳查致密，也不易找到陛下一行。”
建文道：“我们的安全就全靠老方丈了！”
性品道：“阿弥陀佛！老衲受道衍所托，合当掩护陛下。陛下仁厚，吉人天相，定能避过危险。趁郑和等未至，你们快随老衲走吧！”
建文不知道衍为什么要保护他，但不便多问，跟着性品悄悄出了永定寺，直奔云南永嘉寺。他们日藏夜行，越荒山走小路，行了无数日到了云南永嘉寺，从此就隐居下来，脱离红尘，学佛修行了。
郑和等一路寻查建文踪迹，直到占城，一点蛛丝马迹也没查到。郑和暗想：“查不到建文下落，恐怕空耗人力、财力，虚此一行了。与其空归，何不招谕蛮方，令他入贡？！皇帝好大喜功，定然高兴。”于是和副使王景和商议，决意遍历西洋诸邦。他们自占城出发，越洋南下。不久，便在南海诸岛招谕各小国纳贡而回。此次出使西洋，虽未查访到建文踪迹，但成祖仍然大喜。
后来，成祖又派郑和六下西洋，但终查不到建文踪迹。成祖以为允炆定是窜伏瘴气肆虐之地，病死沟壑，也就不再查找了。
这期间，道衍对成祖很失望，不愿再为他谋策。成祖几次召见，道衍都婉言推却。
道衍无意政治，只致力于佛术研究。编纂《永乐大典》，涉及对儒学理学的评价，道衍殚思竭虑，潜心研究。解缙在编《永乐大典》中，有“民为贵，社稷次之，君为轻”的话，被成祖所忌谪降为广西参议。
道衍不满，据理与成祖争辩。
成祖道：“历朝尊儒，立三纲，讲五常，君为天，君王在上，高于一切，不允持异端邪说！”
道衍道：“儒家也有民贵君轻的思想，陛下为何反对这些话呢？”
成祖道：“人言‘十羊九牧，其令难行’。正因此，上天降一人治国。要想一人而治，必须加强皇权。皇帝至尊，独治天下，良臣辅之。如有轻君思想，岂不鼓励反逆？！”
道衍道：“尊君者，必须尊之于心。君有德，臣民尊之于心。君无德，臣民尊之以形。尊之形者，叛之于心。因此《管子·形势》说：‘上下不和，虽安必危。’君不行仁政，只强调人尊之，人们畏惧，不敢不尊。但尊之者是形，心早已叛，一遇机会，哗然而叛，如殷周牧野之战，纣王无道，殷兵多在作战中反戈，因此纣王败。武王亦反君，但孟子谓武王‘非叛君，伐无道也’。可见，君位固不固，能不能传之万世，不在乎尊君，而在于仁民。”
成祖道：“鼓励轻君思想，就是反君，违反太祖遗训。”
道衍道：“著书立说，以遗后世，其说应能经得起后世哲人评论。太祖遗训，只能训大明诸皇，不能训异朝之君。臣等所编之《永乐大典》，既称经典，必须是万古不变之真理，是华夏之至论。”
成祖道：“但是，国不能无君，君为国本，必须重之。《永乐大典》中必须以尊君为原则，不能宣扬轻君之调。”
道衍道：“无民则无国，无民则无君，应是民为国本。因此，臣只能宣扬重民。臣以为既称‘大典’，就不能编入谬论，遭万世之讥。”
成祖怒道：“君贵为天子，拥有天下。不贵不尊，做天子何用？”
道衍道：“陛下当初与臣谈话，言靖难是为天下万民。难道现在得了天下，就忘掉以利民为本了吗？”
成祖道：“利民为本，朕未忘，但朕为天子，天下均是朕的，只能有朕才能利民。”
道衍道：“臣以为，天下非一人之天下，天下乃天下人之天下。陛下不能以一己治天下，而应以天下人治天下，这才是有道之主。臣想只有有道之主，才能得民心。”
成祖道：“少师，你就是以这样的理论辅教太子、太孙吗？”
道衍凛然道：“正是。为了教太子、太孙，臣已把这理论写成了书，叫作“道余录”。古语说‘得人者昌，失人者亡’，臣愿大明昌盛，才这样教太子，特别是太孙。”
成祖见道衍意坚，只好叹了口气道：“那么，你在《太祖实录》中也这样写了？那岂不是有贬太祖？”
道衍道：“既是实录，就应该秉笔直书。臣以为只有实书，才能还太祖本色。只书其好不书其坏，岂不是神？”
成祖本来对朱元璋也不满意，所以未表异议。
道衍又道：“古有‘应为尊者讳’的说法，因此臣直书其事，但是却委婉了许多。”
成祖喜道：“这就好。唉，你还是我初见时的道衍师傅。也许是我变了。我决心再变过来，再做青年时的燕王，树远大目标，勤政爱民。”
道衍也喜道：“陛下能如此，可喜可贺。希望陛下贯彻始终，做一代明主。”
成祖道：“朕一定努力加勉。看来朕令少师主持修《太祖实录》是找对人了，让少师主持编《永乐大典》教太子、太孙也选对了人。”
道衍道：“陛下不要夸臣，只求陛下不忘初衷就好。”
成祖道：“现在我真心悔悟。一定克勤克俭，温仁安民。目下有一难处，欲求少师替朕排解。”
道衍道：“什么事？请讲！”
成祖道：“南夷交阯叛变，朕想出兵讨伐，只是军中少一军师策划。如少师南征，编辑《永乐大典》之事就得中止。”
道衍道：“陛下对臣说此何意？”
成祖道：“想请少师为朕谋之。”
道衍不语。成祖又道：“少师忘了当初之言吗？少师曾说，你要保朕得国并要保朕安民，永远不弃朕！”
道衍迟疑道：“可是……”
成祖道：“朕知道你对朕杀允炆遗孽有意见。朕愿意改过，少师难道还不能原谅吗？”
道衍道：“请问陛下，南征北讨，穷兵黩武，是为了炫耀武功呢，还是为了安定边疆，让边民安居乐业？”
成祖道：“朕诸事不敢瞒少师。当初朕是为了宣示国威，现在朕是忧边关不靖、民不安生啊！”
道衍想了想道：“陛下如此动机，臣愿意为陛下分忧。但是，请恕臣已年迈，不能再去参赞军机。臣举荐一人可代臣为军师，让臣专心编辑《永乐大典》和辅教太子、太孙。”
成祖道：“不知少师要举荐何人？”
道衍道：“就是助陛下破镇江的刘祥玉。”
成祖道：“此人虽非泛泛之辈，但是能担军师大任吗？”
道衍道：“陛下不信任刘祥玉，还是不信任臣？”
成祖道：“少师勿为意，朕岂能不信任少师？只是刘祥玉初出茅庐……”
道衍道：“诸葛武侯临终，荐姜维代他统军抗魏，未减锐气。臣所荐之刘祥玉，乃蜀之姜维也。”
成祖道：“但是，前次立功镇江，朕欲留他，他为何推却？”
道衍道：“此刘祥玉的确是怀才不售，孤芳自赏。他现时已为臣之养子，改名姚继了。臣要他去从军，他不敢违臣。”
成祖道：“如此朕就无忧了！”
道衍道：“但是，以臣之见，陛下南征，只是治标，不是治本。”
成祖讶然，问：“少师此话怎讲？”
道衍道：“我们所患者是北方。汉、宋诸朝均是北患成祸，为何？就因为京城离北边太远，鞭长莫及。加之北方异族剽悍好战，因之叛乱。所以用兵于南，只是治标。”
成祖道：“欲治其本如何？”
道衍道：“臣早有考虑，欲治本有一法，就是迁都。把京都迁到北平，再修葺长城。这样可以震慑北夷，令北夷思畏。另外，凭关塞之险，也足以御北夷之侵。”
成祖道：“朕也早有迁都之意，只愁缺人规划。”
道衍道：“臣不才，愿在元宫旧址之上画宫掖草图，陛下可令工部照图建筑。”
成祖喜道：“朕得少师，胜似李世民得魏徵、徐二人矣！少师真是朕之肱股，当年卧龙、凤雏辅刘备不过如此！”
道衍道：“但可惜卧龙、凤雏也未能挽蜀国之衰！蜀国之衰，失自荆州，刘备不听劝谏，致彝陵惨败。”
成祖道：“少师不必再讽喻朕，朕纳少师之谏就是了！”
道衍喜成祖知悔，立即赴长洲去找姚继。来到姚家一看，不由一惊，只见院中搭着灵棚，摆着棺木，正在办丧事。道衍急趋前去看，见棺材的灵条上写着：刘府范太君讳若凤之灵位。道衍见了若凤的棺材，不禁泪水潸然。刘家乃外地人，寄住在姚家，没有亲戚，故灵堂冷落。有人报至后堂，若凤儿媳刘夫人与少夫人邹氏泪眼孝服出见，跪伏在灵前痛哭，凄惨至极。
姚继没出来见道衍，道衍已觉得诧异，见二妇人哭得悲伤，更觉有异。道衍劝住刘夫人婆媳哭，问姚继何在。道衍这一问，刘夫人婆媳又哭了，哭得更凄惨。过了许久，刘夫人才抽咽着道：“继儿……他……被捕去……关在……狱中……性命……难保了……”
道衍吃了一惊，急道：“刘夫人勿哭，快说原因，为什么？”
刘夫人哭得哀痛，哪里抑制得住。
道衍急道：“夫人勿哭，快说原因，如不是重罪，也许有办法救！”
刘夫人这才强压悲痛，拭泪道：“继儿知礼，又是在此隐居，怎敢犯罪？他是被监察御史陈瑛诬陷的……”
道衍听了，吃了一惊。陈瑛有炙手可热之权势，道衍知道。他曾诬陷过建文旧臣盛庸、李景隆、何福等多人，这些人都被他逼死或拷掠致死。他想：“姚继落在他手，真是不幸！”又问：“继儿怎么被他诬陷？他的罪名是什么？”
刘夫人道：“听说陈瑛为在皇上面前邀功取宠，到处访查建文帝旧臣，凡是得罪过皇上的人或他们的家属，他都罗织罪名，加以迫害。我父亲刘基，曾因立皇太孙之事向太祖进言，太孙得立。皇上恼我父，密使胡惟庸将我父害死。”
道衍从前支持过燕王争夺君位，虽然他没出谋害死刘基。但此时也很过意不去，不禁叹息了一声。
刘夫人悲痛，没注意道衍表情，继续道：“继儿愤外祖无罪遭害，立意不科考求官。不知此事怎么让陈瑛那走狗嗅知，派人到长洲把继儿逮进监狱，说皇上有示：天下才士，必须为朝廷效用。怀才不仕者，即以不满朝廷论处。陈瑛还诬陷继儿诽谤朝廷，继儿不招认，就动刑迫招……”
邹少夫人道：“我祖母心疼孙儿，找陈瑛去求情。陈瑛竟将祖母推倒门外。可怜祖母摔得卧地不起，抬回家后，竟含恨而去了……”
道衍恨恨道：“如此恶毒暴虐之徒，实在可恨！奸臣不除，仁君也要变残，明君也要变昏。”他强压怒火，安慰刘夫人婆媳道：“你们莫急，我与长洲知府有旧，求他想办法搭救，管保无事。”
道衍到了长洲知府衙门，见了知府叶成，直言为皇上征召南征军师，叫他加意保护姚继，并嘱咐他，此事不能让陈瑛知道。知府叶成答应了。
道衍回南京见成祖，对成祖抱怨道：“臣一片忠心对陛下，想不到陛下竟戏弄臣。”
成祖惊诧道：“朕对少师敬如师尊，何时戏弄过少师？！”
道衍道：“陛下既下诏让陈瑛逮捕并杀了刘祥玉，为何还让臣去征他，这不是戏弄臣是什么？！”
成祖更惊诧，急问：“少师请说清楚，朕何时给陈瑛下诏逮捕刘祥玉？又何曾下过杀刘祥玉的诏书？”
道衍道：“请陛下不要再骗臣，长洲知府叶成说得明明白白，说陈瑛口称奉诏捉钦犯，审实就地正法。长洲知府已经……”
成祖着急追问道：“怎样了？长洲知府将刘祥玉怎么样了？”
道衍只“唉”了一声，不再说话。
成祖见道衍的情态，以为定是陈瑛把刘祥玉杀了，不由大怒道：“大胆陈瑛竟敢假传朕旨，随便逮人杀人，真是可恶！”于是传旨，“帛诏锦衣卫，速拿陈瑛进京受审！”
道衍道：“陛下，还应带长洲知府进京做证！”
成祖道：“就依少师，带长洲知府叶成进京！”
锦衣卫王总监领旨去了，可是只带来了长洲知府，那陈瑛不知又到何处制造冤案去了。
原来，道衍刚离长洲回京复旨，陈瑛即去催问叶成：“姚继案审得怎样？”叶成回答：“姚继已招诽谤过皇上。”并把一张供词给陈瑛看了。陈瑛即给长洲知府叶成下令，让他悄悄杀了姚继。长洲知府叶成便买了一名待决死囚杀了。陈瑛不知其伪，以为叶成杀了姚继。他在这里无事，又访得河北有一建文旧臣仍做成祖的官，于是又到河北去制造冤案。
见了成祖，叶成道：“陈瑛传旨让臣逮捕姚继，也就是刘祥玉。臣不敢抗旨，就把刘祥玉逮捕下狱。陈瑛对臣说：‘不惜用重刑，必须使其招认欲加之罪！’臣只得奉旨行事……”
成祖大怒，道：“陈瑛这厮胆大妄为，真是该死！”
道衍道：“臣听说他审理的盛庸、李景隆、何福等案，也均是构陷而成。”
这些事成祖心里明白。但道衍既把账算在陈瑛头上，正好顺水推舟，道：“陈瑛妄为，制造了许多冤狱，今日事不许外泄，等朕下密旨，捉住陈瑛重治！”
道衍道：“陛下英明。”
成祖立刻发了密旨，令燕赵诸地严查陈瑛。
道衍见成祖下决心惩办陈瑛，便问道：“陛下还想征姚继吗？”
成祖颓然道：“可惜良才已逝啊！”
于是，道衍对叶成使了眼色，叶成跪下道：“请陛下恕臣欺君之罪……”
成祖惑然道：“卿有何欺君？莫非诬陷过姚继？！”
叶成道：“不。臣知姚继无罪，不忍加刑，就私放了他，以一个待决死囚代了他。”
成祖正愁南征没有军师，听说姚继未死，惊喜道：“卿做得好！朕不但不怪你欺君，还要加封你为江苏布政司使。”
叶成没料到因此升赏，非常高兴，并把范若凤冤死之事，奏知成祖。成祖为笼络姚继，立即下旨赐若凤为二品诰命夫人，并以隆礼安葬。
道衍又到长洲，主持葬了若凤，然后对姚继道：“皇上欲南征靖边，缺乏一个军师，我知汝才，向皇上荐了你。”
姚继道：“父亲，孩儿虽未出家，但是已看尽世间尔虞我诈，不愿出去保君王了。”
道衍道：“继儿，你错了。常言‘学得文武艺，用于帝王家’，因为中国有史以来，君国就是一体的，把文武才献给帝王，就是献给国家百姓。你苦读寒窗数十年，不能建功立业，这样怀才而没，不觉得可惜吗？”
姚继道：“‘凤翱翔于千仞兮，非梧不栖。’孩儿非不愿建功立业，只是未逢明主啊！”
道衍道：“傻孩子，掀开史书，有几个明主啊？况且历史又非秉笔直书。因此居高而观之，秦皇汉武、唐宗宋祖均有缺点，够不上‘明主’二字。当今皇上非无缺失，但他不淫侈昏乱，心里想着国家和百姓。从这一点看，他仍不失为一个能治国的好皇帝。”
姚继非常尊重道衍，听道衍如此说，便不再坚持隐居待时之说，而愿捐弃前嫌，去做成祖的军师了。
道衍便带了姚继回朝交旨。