燕王残杀建文旧臣之后，道衍偕世子高炽来南京。道衍听说燕王如此残忍地杀害方孝孺、铁铉、景清诸人，心里很难过。道衍知道夺权斗争是残酷的，死人难免，但他认为战后不该多杀人，更不该太残虐。燕王这样用酷刑，而且灭人九族、十族，实在不应该。道衍想：“燕王如此酷毒，这与殷纣王、安禄山何异？他这样蛇蝎心肠、豺虎性格，只用来对付反对他的少数人吗？！假若对天下苍生亦如此，我辅了这样的暴君为帝，岂不是罪孽？！但是，既然辅他做了皇帝，推翻就不容易了。况且推翻了他，代他做皇帝的又是怎样的人？”
为此，他思忖良久，也想不出好办法。最后，他想：“燕王若能实践他的政治主张，尚不失为一个好皇帝。对待反对势力不能手软，但不应太残忍。我应该规谏于他。他若听，我就留；他不听，我就学范蠡、张良，功成而退。”
道衍这样想着，即去见燕王。他委婉地讽喻燕王不该多杀逞威，更不该让天下人听着心寒。他道：“陛下初登皇位，应树立尧舜之风，争取人心所向。秦始皇未必不是有雄才大略的君主。他统一度量衡，统一货币，统一文字，修万里长城，这些事对百姓都有好处。但是就因为他太残暴，只讲刑杀，所以激起人们的反抗，终于怀玺未暖，二世而斩！”
燕王默然，点头道：“师傅说得对，朕是一时失去理智。但是我也有想法，恐怕不严加镇压允炆余孽，他们会东山再起……”
道衍道：“陛下，你想错了。建文无论是死是逃，他都难以死灰复燃了。陛下不知‘皮之不存，毛将焉附’的话吗？建文当朝，他有百万军队、百员战将，我们尚能打垮他，现在他不在位了，而且陛下实行惠民之政，天下归心，还怕什么？！”
燕王点头道：“寡人知过了！寡人正式登基后即大赦天下，包括允炆的旧臣和罪臣家属。”
道衍道：“陛下这样，将来才能成为一代圣君。臣愿做魏徵，陛下能做唐太宗容臣直谏否？”
燕王道：“朕也有一面镜子了。朕有过，师傅只管谏，朕可敕你丹书铁券。如有过，即骂朕，也不罪你！”
道衍谢过。
道衍帮助燕王把一切准备就绪后，燕王即正式登基，改建文四年为洪武三十五年（1402），以来年为永乐元年（1403）。
燕王大祀天地于南郊，颁即位诏，大赦天下。
从此，燕王称永乐皇帝，历史上称成祖。根据道衍推荐，成祖封侍讲解缙、编修黄淮为文渊阁大学士，命侍读胡广、修撰杨荣、编修杨士奇、检讨金幼孜一同入阁参与机务。接着他又大封功臣，并对战斗中殉难的将士追封、抚恤。
周、齐、代、岷四王恢复原爵，各自归藩。谷王朱穗因开城门有功，被厚加赏赐，改封为长沙王。
对于宁王朱权，当年燕王曾袭夺宁地，并答应“事成后平分天下”。可是，燕王登位后却绝口不提，只把他留在京师。宁王不愿在京中，乃上书乞封苏州，成祖不许。宁王复乞封钱塘，成祖又不许。宁王屡不得请，竟屏去从兵，只与宫中数人前往南昌，因卧病不起，久不还京。
道衍道：“宁王在南昌不归，分明有不满之意，但平心而论，是陛下负宁王。以臣之见，不如把南昌封他，改宁王为南昌王。”
成祖道：“也好吧！”于是改宁王为南昌王。从此，朱权在南昌韬晦，构筑精庐，读书鼓琴，不问外事。
成祖立徐氏为皇后。她是徐达长女，性文静，好读书。靖难兵起时，道衍辅世子高炽据守北平。道衍不在时，一切部署多由徐氏悉心规划。她被立为皇后，便上言道：“南北战争，兵民疲敝，此后宜大加体恤。所有贤才，皆高皇帝所遗，可用即用，不问新旧。”成祖听了，觉得与道衍之谏相同，因而深为嘉纳。成祖三子，皆徐氏所生。后位既定，应立太子。高煦从战有功，不免自负，意图得太子位，便暗中运动淇国公邱福与驸马王宁。二人密见成祖，请立高煦为太子。成祖也以为高煦性格类己，有意立他为储君，独兵部尚书金忠力争不可。
金忠是道衍推荐的，在军中参谋军务，功绩卓著，因此被封为兵部尚书。他援引古今废长立幼诸祸端，侃侃直陈，毫不隐讳。
成祖也很信任金忠。金忠反对立高煦为太子，不免令他左右为难。
此时，北平已改成顺天府。高炽随道衍进京问候父皇完毕，立即回了顺天府。成祖三子中，只有高煦随侍成祖。他与京城党羽大肆活动，常与解缙提及此事，解缙答应为他美言。
道衍以为高煦暴戾、残忍，不如高炽仁厚，于是悄悄去见徐皇后，征求她对立太子的看法。徐皇后也愿意立高炽为太子，让道衍去见解缙，要他向成祖进言。解缙到底听了道衍之言。
成祖也为皇储未立而忧虑，一日，为立储君事宜，问及解缙。
解缙应声道：“皇长子仁孝性成，天下归心，请陛下勿疑！”
成祖不答。
解缙又顿首道：“皇长子且不必论，陛下也不顾及好皇孙吗？”
解缙这么一说，成祖果然动心。原来成祖已有长孙，名叫瞻基，是成祖取的名。瞻基是高炽之妃张氏所生。分娩前夕，成祖曾梦见太祖授以大玉，镌有“传之子孙，永世其昌”八个大字，成祖以为是瑞兆，很是高兴。弥月之时，成祖令抱出此儿注视，见其英气满面，以为此儿正符梦兆，所以特别钟爱。及成祖得国，瞻基年十岁，他嗜书好文，智识杰出。成祖试其才，誉不绝口。成祖爱瞻基，近臣皆知。解缙不愧为明初才士，他这样一说，成祖果为所动，但未下决心。隔了数日，成祖拿出一张《虎彪图》，命廷臣应制作诗。
解缙见图，援笔立就，呈上成祖。
成祖看解缙之诗，乃是一首五绝。其诗道：
虎为百兽尊，谁敢触其怒？ 唯有父子情，一步一回顾。
成祖看毕，不禁感叹，又问及黄淮、尹昌隆等人，大家均主张立长。成祖于是决定立长子高炽为皇太子，封高煦为汉王、高燧为赵王。
这样高煦应去云南，高燧应去北平。高燧本与太子留守北平，奉命后没什么异议。独高煦怏怏不乐，常对人道：“我有何罪？乃徙我至万里以外？”于是，滞留不行。
高炽立为太子，与道衍奉命入京。成祖见了高炽，不过淡淡地问了数声，道衍在一旁坐下。成祖常言，道衍师傅当为靖难得国第一功臣。只是道衍不愿被封官，成祖无奈，只让他做太子少师，并命复其原姓原名，辅教高炽。
道衍无事，禀明成祖到长洲去探望亲旧。道衍功成还乡，无限荣耀，乡亲都欢迎他。姚家门楣生光，热闹非常，独姐姐宁馨家没人来，幼时好友王宾也不来看他。
夜里，乡亲散尽，道衍在灯下对若凤和姚继唏嘘道：“我几十年未归，亲人已无。我最亲者，只有姐姐宁馨，最近者只有好友王宾。可是姐姐和王宾都不来看我，真令我惘然难解！”
若凤劝慰道：“弟弟莫过意，他们不来，也许不知，或适出门在外。明天你亲往探问姐姐，也就是了。”
道衍道：“数十年，我思念姐姐不止，今日回家，就为来看姐姐，岂能不见姐姐。我明日一定亲往一趟！”
第二日，道衍亲至姐姐家，姐姐闭门不见。道衍不知何故，哭着求见。宁馨派人出来，对道衍道：“我的兄弟做了和尚，我没有太子少师的兄弟。”
道衍没法，只得又回姚家。隔夜，道衍换了僧装，又去见姐姐。
宁馨仍不见他，经家人力劝，才出庭哭着对道衍道：“你既做了和尚，就应该清净绝俗，为什么又保燕王？”
道衍辩道：“姐姐，你知道，弟做了和尚，乃势所逼，并非心愿。惠利万民才是我的志向啊！”
宁馨道：“实现志向亦可，为什么保暴君大开杀戒，害死那么多好人？你罪孽深重，尚不自知，今日居然还俗，来访亲戚，以为人们羡你贵显？我是穷人，不配做你姐姐，你去吧，休来缠我！”
道衍不敢与辩，知道辩也没用，当即汗流满面，踉跄退出。他惘然若失，去访故友王宾。
王宾亦闭门不纳，但在内高声道：“和尚错了，和尚错了！”
道衍道：“王兄，请你指示，我错在哪里？”
王宾道：“参禅自思，错处自知！你去吧，我没你这个朋友！”
道衍伤心极了。他知道，他的行为，无法让世人理解。有些人，只羡他的荣华，不管他的行为，只有亲近之人，才鄙视他之行，不羡他之荣。可是，他的志向，他的心，连姐姐和朋友都不能知。
他离了王家门，欲回姚家，走在半路他想：“人们不理解，我回家有何用？！”这样想着，便没回姚家，而是直奔京城去了。
回京后，他心灰意冷，着僧衣，住在庆寿寺，非召不入朝。成祖劝他蓄发，他不受命。赐府宅及宫人，他也都不受。从此，不喜参与成祖政事。
成祖虽然接受了道衍劝谏，但心里仍对忠于允炆的旧臣耿耿于怀。此时，建文旧臣已尽，盛庸势穷投降，仍留镇淮安。当时为招降纳叛，笼络人心，成祖封他为历城侯。李景隆因迎降有功，加封太子太师，所有军国重事，皆令计议。又封前北平按察使陈瑛为副都御史，署都察院事。
陈瑛，滁州人，建文初受职北平，密受燕王贿赂，私与通谋，后为佥事汤宗所劾，谪配广西。此时他得成祖宠至京，小人得志，骄狂无比，且生性残忍，遇案事多牵连无辜。京都监狱，囚犯壅塞，彻夜号冤。有时用酷刑，陪审之人皆掩泣，陈瑛独谈笑自若，并常对同列道：“此等人若不处治，皇上何必靖难？”
未几，他又受成祖密诏，诬劾盛庸心怀异谋，于是，先将盛庸削爵，又欲派陈瑛逮捕审理。
盛庸想：“我哪里有罪，这分明是成祖忌我。我若被陈瑛那厮审理，焉能申辩？！不如一死了之。”于是自杀。
朱元璋开国功臣耿炳文有子名浚，娶了懿文太子长女。建文帝授耿浚为驸马都尉。燕王入京，耿浚称疾不出，也被处死。
耿炳文自真定败归，郁郁家居。陈瑛又与他有旧隙，便捕风捉影，说炳文衣服、器皿有龙凤饰，心怀不轨。陈瑛将本奏到成祖前，正中成祖的下怀。成祖正猜忌耿炳文，便立即派锦衣卫去抄耿炳文的家，并捕耿炳文入狱。耿炳文年将七十，自思汗马功劳徒成流水，况且面对的是仇家酷吏，何堪再去对簿，索性服毒死了。
李景隆做了一年来的太子太师，也被陈瑛联合周王劾他谋逆。成祖遂将他夺职禁锢私第，所有产业全部归官。这还是成祖想起道衍的话，才没杀他。
自此，陈瑛势焰愈盛，迎合成祖愈甚。一日，他忽想到驸马梅殷与成祖不协，遂又上了一道表章，劾奏梅殷蓄养亡命之徒，与女秀才刘氏勾结，用邪法诅咒成祖。成祖即命户部尚书裁减驸马仪仗人数，又命锦衣卫执梅殷家人充戍辽东。
永乐三年（1405）冬，成祖召梅殷入朝。都督谭深奉成祖命，与指挥赵曦迎接梅殷，三人并辔至草桥下，梅殷被挤入水中淹死。谭、赵二人返报成祖，只说梅殷投水自尽，成祖故意不问。
都督许成，详知谭、赵二人谋杀梅殷的底细，便原原本本上奏成祖。
成祖怕惹众怒，不敢包庇，只得将谭、赵二人逮捕，命法司讯实惩办。宁国公主闻着凶信，竟趋入殿中，牵着成祖衣大哭，硬要成祖赔他驸马。成祖不便发作，只得耐着性子好言劝慰。公主只是哭闹不息，还是徐皇后出来调停，才劝得公主回宫。
徐皇后奏道：“梅驸马惨死，宁国公主悲痛难抑，不杀谭深、赵曦，宁国公主一定不依，请皇上立诛谭深、赵曦，封梅驸马二子为官，算作偿命的办法。”
成祖不得不从，即封梅殷二子为都督及都指挥，并下旨将谭深、赵曦正法。
梅殷之死因，徐皇后已从谭深、赵曦口中审知。她想：“主上这样毒狠、嗜杀，岂是为君之道？！但是，主上刚愎自用，没有哪个大臣能够劝谏。若劝主上，非道衍不可。”于是，徐皇后装作降香，去庆寿寺见道衍。
道衍接入徐皇后，行跪拜礼。
徐皇后赶快扶起道：“少师请起！少师这么大年纪，不必拘君臣礼。”
道衍站起道：“道衍既为朝臣，君臣之礼焉能废？”
徐皇后道：“没有少师，就没有今天。少师功高盖世，就不必拘礼了！快请坐，快请坐！”
道衍不坐，道：“皇后面前臣怎敢坐？”
徐皇后道：“皇上尚且赐少师坐，在本宫前，怎不该坐？少师若不坐，就都立了讲话。”
道衍素敬皇后，只得坐了。
二人落座后，徐皇后道：“本宫闻，少师久未入朝，只潜心佛经吗？”
道衍道：“现在太平，臣聊以佛经消遣，便也偷闲隐世了。”
徐皇后道：“何谓太平？少师若真为佛子，太平祸乱，心中皆无，那就罢了。可惜，以本宫见，少师不是佛子，学佛只是为了避世，应该看到太平背后的不太平。少师此时，心意消沉，只是……”
道衍道：“皇后娘娘误解臣了。臣这不是穿了僧衣在念佛吗？”
徐皇后道：“少师，本宫不是佛子，但也知道，穿了僧衣，并不一定就是佛。”
道衍道：“皇后所见甚是。但是，臣此时确是离却红尘，一心向佛了。”
徐皇后道：“少师既辅太子，就是红尘未了。请少师不要再瞒本宫。本宫实是有要事求少师。”
道衍道：“皇后千岁请讲。”
徐皇后道：“皇上方入京城，大杀罪臣，杀戮太重、太残，天怒人怨，自少师讽谏，皇上似有悔悟，稍收敛些。近几个月少师隐居寺中学佛，皇上故态复萌，几个建文忠臣，又相继遭害。本宫忧皇上杀戮不已，将无遗类，故来求少师，再去劝谏皇上。”
道衍道：“此时不比夺权时，夺权时皇上用得着臣，肯听臣谏。现在权已到手，皇上可恣意使威，不再听臣话了。”
徐皇后道：“少师辅皇上这些年，皇上的脾性你该知道，尽管他刚愎性残，可是恩怨分明，绝不忘旧。皇上尊你为少师，把你当作镜子，你的话，他不能不听。”
道衍道：“其实，临入京，臣已劝其戒杀，建文旧臣，只要忠者，亦应褒扬。”
徐皇后道：“可是皇上一离开你，就把你的话全忘了……”
道衍道：“第二次臣又进谏。皇上已答应止杀，可是仍杀了这些忠臣。”
徐皇后道：“所以，只要皇上离开少师，就性残嗜杀，可见少师可使皇上性格迁善，本宫就是因此来求少师。”
道衍道：“皇后娘娘言重了，臣何身位，敢受皇后一个‘求’字！”
徐皇后道：“本宫来求少师，犹怕‘求’之不动。为了忠臣义士得以保日，为了皇上不失去民心，为了社稷稳固、百姓安定，如果少师不答应本宫，本宫情愿跪请……”
道衍被感动了。徐皇后是成祖皇后，却想保建文忠臣。其身在皇宫，却想着天下百姓，如今特从宫中出来求他，他怎能不答应呢？！于是，道衍道：“臣何敢让娘娘千岁跪请，我答应就是了。娘娘千岁有为天下百姓之仁心，道衍何曾没有？如没有这个心，道衍就不再入红尘了。不过，我曾两次谏皇上，这次怎么再提起此事呢？！”
道衍道：“阿弥陀佛！什么机会？请娘娘千岁快讲。”
徐皇后道：“建文帝曾编《太祖实录》，可是半途而废了。皇上要重修《太祖实录》，拟请少师主编。那时少师可直陈对忠奸的看法，并评论太祖大屠功臣的得失。”
徐皇后请求道衍劝谏成祖
徐皇后道：“少师若愿谏皇上，倒有一个好机会。”
道衍急道：“皇后娘娘，请你向皇上替臣辞却此任，劝谏皇上命他人主编，臣实在不愿意担任此职。”
徐皇后道：“为什么？”
道衍道：“千岁博通古今，一定知道实录并不是实写。这样的虚录，臣不愿编它。”
徐皇后道：“少师所虑亦是。不过本宫窃观皇上之意，编《太祖实录》，不妨实录；倘编皇上实录，可实写不得……”
道衍答道：“娘娘千岁英明。”
徐皇后道：“不过，皇上就是皇上，与一般臣民不同。我们只要看他利不利天下百姓，其余的，就不要苛求了，特别是妻对夫、臣对君。”
道衍想了想道：“娘娘千岁说的是，臣知道该怎样修《太祖实录》了。”
徐皇后道：“本宫还有一事求少师。”
道衍道：“什么事？请娘娘千岁讲！”
徐皇后道：“关于辅教太子之事……”
道衍道：“道衍无能，实不愿多管。辅教太子的乃是你们呀！”
徐皇后道：“少师，你错了，这不只是我家家事，而是关系天下苍生的大事。高炽、高煦、高燧三子均本宫所生，对他三人性格，本宫了若指掌。高炽虽孝顺仁厚，但将来要为仁君，必得辅教。”
道衍点头道：“对。”
徐皇后又道：“所以，本宫求你离开庆寿寺，真正做太子少师。为了皇上听少师之谏，也应讨皇上喜欢……”
道衍愕然道：“娘娘千岁，难道让道衍做谄媚之徒！？”
徐皇后道：“皇上好大喜功，少师不妨效吕不韦编《吕览》，召集文士，编一部《永乐大典》！”
道衍喜道：“著书立说，有益后世，这倒是好事。可是皇上未必愿意。”
徐皇后道：“本宫可代少师奏明这件事。希望少师编这本书时，让太子高炽也参加。这样可以让太子增长才智见识，也可在少师身边受到辅教。”
道衍道：“即使皇上不听臣言，臣也愿尽力。皇后娘娘懿德风范，臣一向敬重。请效唐长孙皇后，多做讽谏，与臣双管齐下。”
徐皇后道：“本宫才德都不能与长孙皇后比，但早暗效之。”
道衍道：“有娘娘千岁如此，国之幸、民之福。臣不才，愿替皇后娘娘作歌劝化皇上，以尽绵薄。”
徐皇后道：“皇上有少师辅弼，才是皇上之幸、万民之福。”
徐皇后降完香，离庆寿寺回宫。
不几日，道衍作《内训》二十篇，献给徐皇后。徐皇后将《内训》写了，遍赐诸宫妃。自己也搜女宪、女诫及古人嘉言懿行，做《女箴》颁行天下。
书成，徐皇后召诸命妇入宫，赐冠服、金珠，每人赠《女箴》一本，并婉谕道：“妇人事夫，不止照顾他饮食衣服，还须随时规谏。朋友的言语，有从有违；妻子的言语，多婉顺，可以纠正丈夫过失。我旦夕侍上，多以民生为念，汝等也宜勉力奉行。”赐宴毕，遣诸命妇归，独留陈瑛妻李夫人，具体嘱咐。
自是道衍受命重修《太祖实录》，又上书编《永乐大典》，请让太子高炽佐助，并请成祖从全国名士中选编修。
成祖大喜，一切允准。道衍选当时名士解缙、黄淮、杨士奇等人任编修。
徐皇后亲示懿德给后宫嫔妃，并常督嫔妃读诵《内训》。
无奈成祖自恃英明天纵，刚愎不听规劝，后来仍唆使陈瑛构陷何福，使何福自杀。陈瑛妻李氏受徐皇后训诲，回府后立劝陈瑛悔罪改行，陈瑛不听。李夫人知陈瑛又逼死何福，非常气愤，竟悬梁自尽了。
此事传入后宫，徐皇后惋惜不已，见不能谏止成祖残性，心中懊恼，竟因忧致疾，医治无效，恹恹而死了。
成祖虽未听徐皇后谏，但知其贤，徐皇后殁时，甚是伤悼。
徐皇后有妹名妙锦，端静有识。成祖闻她贤，欲聘为继后。妙锦鄙成祖性残、嗜杀，誓不入宫。内使女官络绎至徐府宣示上意，妙锦固拒，闭门不纳。女官直入闺中，坚请妙锦出见。妙锦不得已，乃开门道：“我无妇容，不足备选。乞代奏皇上，另择贤媛。”女官执劝再三，妙锦坚不答应。女官只得回朝复命。妙锦乘女官还宫复命，自己削发为尼了。
自是，成祖稍悔，令将《内训》刻印成书，命宫女背诵。
时朝鲜国贡美女数人，内有权氏最为娇艳。她肌肤莹洁，态度娉婷，又善吹箫，莺簧难以比美。成祖甚喜欢，收为嫔妃，复晋封为贤妃。权氏甚贤，也会背《内训》，对成祖多规劝。
还有一个叫王孀姝的女官，才艺无双，成祖欲召幸，命她与权妃同辇。王氏跪奏道：“妾是寡妇，不敢相从，请陛下收回成命！”成祖喜她节烈，赏赐金银，许令归家。王孀姝临辞宫，切谏成祖忍性戒杀。
成祖外有道衍谏，内有诸宫妃劝，残性稍移，疏远陈瑛，不再加害建文旧臣。