建文帝闻镇江失守，非常焦虑，只得召方孝孺商议。
方孝孺道：“现在将帅临阵退却，军心低落，应速斩李景隆，以励军心！”
建文帝不忍道：“景隆忠于朝廷，虽丧师惨败，朕何忍诛之？！”
可是，朝廷大臣听了方孝孺的话，也以为李景隆误国。李景隆上殿，他们各举象笏，没前没后地乱击，把李景隆打得头破血流。
建文帝喝道：“住手！朕未下旨，尔等反了吗？！”众臣这才停手。建文帝又道：“李景隆，你看国家至此，有何法挽救？”
李景隆俯伏丹墀，战战兢兢，叩首不已，到最后才道：“以罪臣看，只有议和。”
建文帝听了，连声叹息，良久方道：“唉，为今之计，只有如此。朕派你与兵部尚书茹瑺，再到燕营议和。”
李景隆与茹瑺领旨，离了朝廷往燕营议和。
此时，燕营已扎在京畿。李景隆与茹瑺到燕营大帐，见了燕王伏地叩头道：“臣李景隆、茹瑺叩见大王千岁！”
燕王冷笑道：“公等来此何干？”
李景隆连连叩头道：“奉主上命，特来乞和。千岁准和罢兵，愿割地南北分治。”
燕王不待李景隆说完，即道：“我从前未有越轨举动，却遭无端加罪，削为庶人。公等身为大臣，未闻替我解释求情，现在反来做说客吗？我现在要土地何用？况且，现在割地何名？皇考明明已给我燕藩，却由奸臣拨弄，下诏削夺去了，不然何有今日？！必须交出奸臣，我才罢兵。天日在上，决不食言！”
李景隆、茹瑺见燕王恨恨之意难消，不敢复言，叩头退出，回京复旨。
建文帝闻燕王不准和，更加忧急。他知道燕王志在神器，即使杀了齐泰、黄子澄，也不见得息兵。于是，他又让李景隆去试探燕王态度，就说罪人齐泰、黄子澄已经贬谪流放，但都在逃，等拿住后即交给燕王处治。
李景隆面有难色，建文帝即诏在京的安王朱楹偕李景隆同去。
燕王听说朱楹来了，便开营门迎接入内。安王朱楹和李景隆将建文帝的话对燕王讲了。
燕王道：“楹弟以为皇上的话，是真是假？”
朱楹心知燕王不可骗，又不能讲实话为难道：“四兄明鉴，你的看法错不了，不必问弟了。”
燕王道：“我此来，只欲得奸臣，全无他意。”说罢，便设酒宴款待。
宴罢，朱楹离开燕营后，觉得不好向允炆交代，只好不辞而别，回他的藩地去了。李景隆不敢跑，硬着头皮回报建文帝。
听了李景隆的讲述，诸臣才知议和无望，有的道：“常言‘千金之子，坐不垂堂’，燕贼逼京，京城危险，天子龙体应效唐玄宗、宋康王，暂离京城，以避燕贼锋芒。”有的道：“皇上到了一个安全地方，也好调兵遣将！”
方孝孺独排众议，奏道：“京城国之根本，岂能轻弃？！城里尚有精兵二十万，城高池深，粮食充足，足以固守。只要拆除城外民居，伐尽城外树木，驱民运木入城，令燕军无可依据，这样坚壁清野，燕逆将不战自走！”
建文帝依计而行，令民拆屋伐木。时方盛暑，居民不愿拆迁，南军就纵火焚屋，大火连日不息。不日便将城外房屋拆光、烧光，将树木伐净。
方孝孺又奏道：“可令诸王守城，使燕逆投鼠忌器，不敢强攻。这样，城内就安全了。”
建文帝依方孝孺之奏，就命在京的谷王、伊王等诸王率兵民分段防守。
齐泰、黄子澄欲出京到南方募兵，建文帝怕他们走了，万一燕王向他追讨，无法搪塞，因此犹豫未决。但是，齐泰、黄子澄未待建文帝批准，便自去了。齐泰奔广州，黄子澄奔苏州。
建文帝知道齐泰、黄子澄私自出京，叹息道：“祸因他们而起，如今事如此，他们竟弃朕远遁了！”说着，懊丧不已。
正叹息，忽有黄门官报：“燕军已到城下了！”
建文帝一惊，焦急万分，急召方孝孺问计。方孝孺道：“臣亦无法，只有坚守待援，万一不济，只有为社稷而死。”
建文帝听了方孝孺之言，更加惶急。正在无可奈何时，御史魏晃踉跄趋入，奏道：“左都督徐增寿密谋欲为燕逆内应。”
建文帝一怔，但又想：“徐增寿是中山王徐达之子，魏国公徐辉祖之弟，父兄皆大明忠臣，他不可能叛朕附逆呀！”这样想着，便犹豫不决。此时，又有一大臣入内奏报徐增寿欲反。
建文帝这才信了，大怒道：“想不到徐增寿是无父无君之人，快拿来见朕！”
虎贲将军领命，带一队羽林军到左都督府，捉了徐增寿带到殿上。
建文帝指着徐增寿道：“先皇待你徐家不薄。朕也不曾薄待你，委以左都督重任，想不到你竟无父无君，响应燕逆，甘当乱臣贼子，你可知耻知罪吗？！”
徐增寿冷笑道：“哼！你朱家有天下，是谁的功劳？是我父亲和那些开国功臣。你祖父竟将那么多开国功臣全杀了，连他们的老幼都无辜而死。我父亲是他同乡、同学、朋友和亲家，也被逼死了，还说待我家不薄？！”
徐增寿为什么欲为内应？原来这是道衍临回北平时，留给燕王之计。道衍让燕王写信给徐辉祖、徐增寿兄弟，激他们反对软弱的建文帝。徐辉祖谨慎，怕丢了魏国公之爵位，未敢行动。徐增寿年轻好激动，又与姐夫燕王感情素厚，知燕王有反建文帝之志，于是想做燕王内应，推翻建文帝。
徐增寿说罢，建文帝怒不可遏，抽出佩剑，把徐增寿砍死在殿堂上。
建文帝怒尚未息，忽然翰林院编修程济跑入殿中，大叫道：“不好了，不好了！燕军已入城了！”
建文帝杀了徐增寿，意志坚定了些。他不信燕军会来得这么快，自语道：“为什么他们来得这么快？莫非真有内应吗？”
程济道：“京中诸王和李景隆等，开了金川门迎接燕王，所以京城被陷。”
建文帝愤然流泪道：“罢！罢！罢！朕并未薄待这些王公，为什么他们竟如此负心？朕真无话可说！”
程济道：“万岁，不要惆怅，我朝不乏忠臣。御史连楹，假装叩拜燕王马前，欲刺燕王，不幸独力难成，已被杀死。”
建文帝道：“有此忠臣，悔不重用。朕已知过，不如从孝孺殉了社稷吧！”说罢，就要抽剑自刎。少监王钺在侧，忙跪地奏道：“万岁不可！臣有话说……”
建文帝问道：“你有什么话？请讲！”
王钺道：“从前高皇遐升之时，曾留有一箧，付与掌宫太监，并嘱咐他道：‘子孙若有大难，可开箧一视，自有方法’……”
程济插口道：“箧在何处？”
王钺道：“藏在奉先殿左侧。”
程济道：“大难已到，快取先帝遗箧一看。”
建文帝立即命王钺带人去取箧。王钺带了四个太监出殿。
顷刻，王钺领着太监抬了一个大红箧进殿。
这箧是木质的，四周全用铁皮包着。锁心灌了生铁，锁不能开。大家着急。建文帝以为箧内定有可以退敌的良方，命王钺取来大铁锥将箧敲开。
谁知铁箧被大铁锤敲开后，却使建文帝大失所望。箧里既没有退敌的锦囊妙计，也没有可以制敌之良器。里面只有三套僧衣、三张度牒。三张度牒上的名字，一叫“应文”，一叫“应能”，一叫“应贤”。除此，并有剃刀一把、白银十锭及朱书一纸，纸上写着：应文从鬼门出，余人从水关御沟出，薄暮可会集神乐观西房。
建文帝见了这些物件，心中明白了，叹息道：“命该如此，我还有何话可说！”不过，他想必须对后宫有个交代，就让众臣稍待，自己直入后宫。
建文帝仁柔，后宫诸妃均对他表示情深，连宫女听说大势如此，也都愿从他而死。
建文帝劝她们道：“我不死，众卿也不要死。我们也许不是永诀，望众卿保重！”说到最后，竟变成了哭声。
建文帝一哭，诸妃再也控制不住，个个泪水潸潸，襟袖皆湿。建文帝正与众妃泪眼相对、难割难舍之时，忽然一个老道士飞身越过宫墙进来。
人到命危，自然胆大。建文帝问：“你是谁？越墙进宫，想干什么？！”
那道士道：“贫道袁珙，是燕王军中的副军师。”
建文帝道：“朕听说你们军师算无遗策，莫非派你加害于朕！？”
袁珙道：“非也，军师已回北平，不在军中。军师临行对袁珙有密嘱，要袁珙来劝陛下不要轻生，不要恋位，并让我给你指条脱险道路。”
建文帝惑然看着袁珙问：“你们为什么要救朕？”
袁珙道：“恻隐之心而已，别无他意。我们与你无仇，夺你天下是为天下苍生安定，非为杀你。不要延误了，你快走！”
建文帝这才不再迟疑，对袁珙道：“朕把命交给你，你日暮后在神乐观西房等朕。若真想救朕，就指一脱险之路；想捉朕去邀功，亦任凭你。”
袁珙道：“袁珙一定在神乐观候着陛下。”说罢，飞身上房而去。
建文帝出后宫，来到大殿。群臣正等得着急，见建文帝出来，均围过来。
建文帝道：“朕诸事毕，给朕改装吧？”
程济即取剃刀为建文帝剃了发。户部大臣杨应能，因名字与度牒同，愿与建文帝同走，也剃了发。监察御史叶希贤道：“臣名希贤，宜把应贤的度牒给我，让我也随皇上出家。”于是也把发剃了。
三人脱了衣，摘了冠，换上僧装，藏好度牒。建文帝回望着宫殿，两眼清泪盈睫，举头沉思良久，轻声道：“不意这样好的宫殿，竟丧在我手——焚化了吧！”
内廷侍卫举火焚宫，宫内一片惨叫之声。建文帝大哭一场，便欲动身。他身边五六个大臣伏地大哭，齐声道：“臣等无能，致君受辱，臣等愿与圣上在一起！”
建文帝很感动，流泪道：“尔等如此忠于允炆，允炆甚感激。只是人多不便出走，尔等各自求生去吧！”
御史曾风韶牵住建文帝衣襟道：“臣愿一死，报陛下之恩！”建文帝怕群臣依恋，延误时间，也不及回答曾风韶，就转身走了。
鬼门在太平门内，是内城一个矮洞，外通水道，仅容一人出入。建文帝伛偻先出，随去之人也陆续出门。门外正有小舟等着——大概是朱元璋早有安排。舟中有一穿道袍老人叩头口呼万岁，催促上舟。
建文帝问他姓名，他答道：“臣名王升，乃是神乐观住持。”又道，“太祖皇帝有密诏，让神乐观日夜备舟候此。”
建文帝惊叹太祖皇帝有如此妙算，不禁唏嘘不已。王升又催促建文帝与随去之人登舟。舟随风驶，大约一个时辰，便到了神乐观。王升把建文帝等引入观中。袁珙早已经来了。等了一会儿，杨应能、叶希贤等人也来了。
杨应能、叶希贤等人是从御沟来的，见了建文帝跪呼道：“万岁，臣等护驾来迟！”
建文帝含泪道：“我已为僧，此后应以师弟相称，不必行君臣之礼了！”
他们哭着答应道：“是。”
兵部侍郎廖平道：“大家随万岁出走，本是一片诚心，但随行之人至多不过五人。剩下的都远远跟着，有事即去援助，不知好不好？”
建文帝点头称是。
袁珙道：“我知城内布防情况，可引你们走出险地。”
建文帝点头。大家休息计议了一会儿，就随袁珙离了神乐观，向南去了。
诸王及李景隆打开金川门，迎入燕王。燕王率大军直奔皇宫。魏国公徐辉祖抵抗了一阵，率兵走了。燕军长驱入宫，未遇阻拦。
文武百官，多数迎谒燕王马前。燕王接见百官毕，立即骑马去监中看望周、齐二王。兄弟三人见面相对涕泣，伤感了一阵，随即并辔出了监门。
燕王召集百官议事。兵部尚书茹瑺先至燕王御前谢罪，并说：“请大王登基！”
燕王不理，问道：“少主何在？”
茹瑺道：“皇宫着火，臣想少主必定晏驾了。”
燕王佯装蹙额道：“我无端被难，不得已起兵自救，意欲效法周公，名垂后世。不意少主不谅，轻生捐躯。我已得罪天地祖宗，哪敢复登大宝？请另选才德兼备的亲王继承皇考大业吧！”
茹瑺又顿首道：“大王应天顺人，何谓得罪？我等百官均愿大王继统，请大王勿负众望！”他未说完，一班大臣都俯伏在前，黑压压跪满一地，齐声道：“天下系太祖的天下，殿下系太祖的嫡嗣，论德论功，均应登大宝。”
燕王欲答应就位，但想到道衍的嘱咐，又推却道：“孤王只欲起兵诛奸臣，倘就大位，天下人岂不误以为孤王觊觎神器？尔等不是陷孤王于不义吗？！”说罢，固辞不已。
群臣知道燕王是在假推却，仍然跪地不起。
燕王道：“明日再议吧！”
第二日，群臣写了劝进表，又找了父老百人，跪地劝进。燕王命扶起百姓，动身入城。编修杨荣迎谒道：“殿下今日是先谒陵呢，还是先即位呢？”
燕王想了想道：“因奸臣所阻，皇考驾崩之时，孤王未得送葬，请引孤王至皇陵！”于是，众人陪同去谒皇陵。
燕王谒陵毕，暗想：“道衍军师说，不践起兵檄文，就是不到火候。草草即位，会人心不服，皇位不稳。即位不急，须等到火候。”于是，一面令诸将严密守城，一面悬赏通缉齐泰、黄子澄、方孝孺等人。
入城以来，燕王遵道衍嘱咐，安抚军民，抚慰王公大臣。
过了几天，捷报传来：南方各路皆平；徐辉祖、梅殷等均不再抵抗；齐泰、黄子澄等皆获。文武百官又称贺劝进。燕王觉得火候到了，便召集诸王公大臣道：“自孤王进京，诸王及群臣合词劝进。怎奈固辞不获，只得勉循众志。希诸王、大臣与我协力同心共济社稷，以福万民。”
诸王及百官唯唯听命，并扶燕王即皇帝位。
燕王即位，下令清宫三日。他心中怨恨允炆，将诸宫人、女官多半杀死。
燕王召见曾得罪允炆的宫人及太监，询问允炆尸体在哪里？因烧死多人，肢体残缺，面目全非，宫人、太监谁也不能证明哪个是建文帝。有个宫人指着马皇后宫中的一具尸体道：“奴婢似见焚宫前，建文曾在这里，这具残骸一定是他。”
燕王命人从灰烬中把残骸拨出。那尸体满身焦烂，四肢残缺，辨不出是男是女，只觉得惨不忍睹。燕王也装作凄然道：“痴儿，痴儿！为什么这样呢？”
此时，翰林侍读王景在侧，燕王问他建文帝如何埋葬，王景道：“皇上在位而亡，当以天子礼葬之，才合制。”
燕王不愿，但想起道衍的话，便点头允诺。
于是，以天子礼葬了这具残骸。埋葬毕，忽有一人满身缟素，在皇宫前伏地大哭建文帝，声震宫阙。
燕王在宫中听见，大怒，即令武士擒进。燕王一看，认得是方孝孺，不由态度转和道：“方孝孺，你好大胆量，朕正要拿你，你却自己前来送死。”
只因道衍临别时，曾嘱咐燕王定鼎之后不要嗜杀，否则恐伤人和。他特别嘱咐道：“方孝孺乃华夏人望，品格方正，如有抗忤，亦不要降罪。”因此，燕王本来盛怒，欲对敢哭允炆之人不问即诛。可他见是方孝孺，就只轻描淡写地说了几句威胁话，迫其转变。
可是，方孝孺却昂首大声道：“纲常大乱，斯文扫地。活着还有什么意思？！”
燕王道：“你愿死，可是朕偏要让你活着！”燕王知道方孝孺一时不能转变，便吩咐武士先押方孝孺入狱。
第二日，燕王命方孝孺门徒廖镛、廖铭入狱劝方孝孺归顺。
方孝孺怒斥道：“你们跟我数年，难道尚不知大义吗？！”
廖镛等被骂回，燕王仍不生气。
不几日，燕王欲写即位诏书颁布天下，廷臣一致举荐方孝孺。燕王召方孝孺。
方孝孺仍身穿缟素到大殿，大哭建文帝不已。
可是，燕王不怪，走下龙椅劝慰道：“允炆已死，先生不要自寻苦痛。朕也很哀痛。朕进京来，原来只是欲效周公辅成王。”
方孝孺诘责道：“成王安在？！”
燕王道：“他自焚死了。”
方孝孺道：“何不立‘成王’子？！”
燕王道：“国家安定，须靠能治国的成年人，立个孩子，对国家不利。”
方孝孺道：“何不立‘成王’弟？”
燕王语塞，红了脸，许久才道：“立谁为君，此朕家事，先生不必管。”
方孝孺还要诘责，燕王示意内侍把纸笔递给方孝孺，婉言道：“先生一代儒宗，今日朕即位颁诏，烦先生起草，幸勿再辞！”
方孝孺掷笔于地，且哭且骂道：“要杀便杀，诏不可草！”
方孝孺当着文武百官如此顶忤燕王，燕王脸面无存，不由怒道：“顽固儒生，即使你不怕死，也不顾九族吗？！”
方孝孺厉声道：“你便灭我十族，我诏也不能草！”说至此，俯身拾笔在纸上大书“燕贼篡位”四字，掷于燕王道：“这便是你的即位草诏！”
燕王见了，气得脸色立变，扶案而起，怒视着方孝孺道：“你敢呼朕为贼吗？好……”立刻对近侍道，“用刀撬开他的口！”
近侍领命，用刀撬开方孝孺之口，刀创到耳，缟素之衣被血染红。燕王仍恨恨道：“先把他收监，让他亲见十族惨死！”此时，燕王已失去理智，全忘了道衍的话。他下诏逮捕方孝孺十族（九族加朋友、门生），计八百七十三人，一律杀死。杀了这些人后，燕王又命将方孝孺牵出至聚宝门外，处以极刑。
燕王杀了方孝孺十族，气犹未泄，适齐泰、黄子澄先后被解来。燕王让带到殿上，亲自审讯。二人俱言削藩是为国家和宗社着想，抗辩不屈。燕王大怒，同时处以磔刑。
兵部尚书铁铉，也被捕入京，带至殿上。他毅然背向燕王而立，燕王强令他扭头一顾，铁铉终不扭头。
燕王恨恨道：“你倔强，看我有法治你。”于是，命近侍将他耳鼻割下，叫人炒熟端来，塞入铁铉口中，问道：“肉味可好吃？”
铁铉大声道：“忠臣孝子肉，怎么不好吃？！”
燕王益怒，下令就在殿上将他处以磔刑。铁铉至死骂不绝口，燕王愤甚，又命将碎尸投入油锅中炸为焦炭。
户部侍郎卓敬，右副都御史练子宁，礼部尚书阵迪，刑部尚书昭暴、侯泰，大理寺少卿胡国，苏州知府姚善，御史茅大芳等，都被罗织罪名，陆续被捕。他们不屈，都惨死于酷刑。同时，还祸及九族。
先后死难的建文忠臣有百多人。
东湖樵夫，姓氏不传，每日负柴入市，口不二价，惊闻建文自焚，竟伏地大哭，弃柴投湖而死。
左佥都御史景清，素有名望，燕王令他留任。他欣然受命，也随百官奉承燕王。别人讥笑他言行不一，他也不在意。两月过后。他以为燕王对他不再提防，想刺燕王。
一日，燕王临朝，突见景清长衣而入，有些起疑。朝散后，景清忽奋跃上前，持匕首行刺。燕王即命左右将他拿下。
燕王怒斥道：“你好大胆！”
景清慨然道：“欲为故主报仇，可惜不能成事！”
燕王大怒，道：“你敢行刺朕，看我剥你的皮！”立即命令刽子手，在金殿上剥了景清的皮。景清将口中之血喷出，直溅燕王御衣，至死骂不绝口。
燕王怒甚，将其躯体肢解，悬皮于长安门，后又诛灭其九族。
自是建文旧臣，除归附燕王者外，死的死、逃的逃。魏国公徐辉祖，与燕王为郎舅亲戚，燕王不忍加诛，亲自召问。
辉祖垂泪，一言不发。燕王就命法司审治，迫他引罪自供。辉祖仍一言不发，只索笔写了“父为开国功臣，子孙免死”数字。
燕王看了大怒，但想到他是元勋后裔、国舅至亲，不好加刑，便削爵勒令归家。
燕王处理了徐辉祖，又想到驸马梅殷还驻兵在淮上，便迫令他的夫人宁国公主咬破手指，写信让其归来。梅殷得书大哭，问使者建文帝下落。
使者道：“有人说建文帝已自焚，也有的说他已逃走！”
梅殷喟然叹道：“君如不死，我就不死等待少主回来。”这才与使者一起回到京城。
燕王闻梅殷到，下殿迎接道：“驸马劳苦了！”
梅殷道：“劳而无功，徒自汗颜。”
燕王默然，心中很是不乐，暗道：“这样不识时务，等我慢慢设法处置你。”但是此时不便加罪，便令其归宅与宁国公主团聚。
燕王始终怀恨允炆，于是下诏凡建文帝所留政令条格，一概废止。