方孝孺的离间计失败了，只好让建文帝下诏催盛庸进军伐燕。
此时建文帝又从南方招募了十几万军队，统交盛庸调拨。盛庸手下又有了几十万大军，兵力尚可与燕军匹敌。只是因燕军烧了沛县军需船后，扼制了漕运之路，故不敢进军。为此，盛庸焦虑异常。
后来，盛庸想出了一个调回燕王大军之计，于是，传檄给大同守将房昭，令他引兵入紫荆关，占据易州（今河北易县）西水寨，窥视北平；又派人到真定，令平安从真定出兵，攻打北平。
燕王这时正在大名，得到情报之后，他按军师道衍之计，派朱能前去截击平安，自己则亲率大军去打房昭。
房昭被燕军围在易州，多日不能突围，于是派人向真定乞援。道衍算定真定南军必去援助房昭，便在齐眉山下设伏。
真定援军走到齐眉山下，忽听金鼓大作，两旁冲出无数燕军。真定军大惊，立刻乱逃乱窜，被燕军斩杀无数。
房昭知援军被歼，自度势穷援绝，难以固守，只得弃寨突围。燕军截杀了一阵，房昭逃往大同。
平安这一路军，走到半路，也中了朱能的埋伏，退回真定。
燕王得了许多辎重，回到北平。
建文帝屡闻败讯，无计可施。忽然想起太祖临崩，曾有遗嘱委托梅殷，要他力扶幼主。他只得有病乱投医了，即召梅殷入朝商议军事。
梅殷是汝南侯梅思祖之子，通经史，善骑射，娶了朱元璋之女宁国公主为妻，素得朱元璋宠爱。朱元璋弥留之际，梅殷也在身侧，太祖嘱咐他道：“诸王强盛，太孙稚弱，烦你尽心辅佐，诸王如有犯上作乱，应为朕出师讨罪。”梅殷顿首受命。
梅殷奉诏入朝。建文帝提起太祖遗言，说明燕王反意，要他领兵遏阻燕军。梅殷道：“国难当前，我愿为国捐躯，抗拒逆贼！”
于是，建文帝命他出镇淮安，募集淮安兵驻守淮上，防扼燕军。
宁国公主是燕王姐，她知燕王叛变朝廷，致书责燕王，说他不该违背太祖遗训，忘记君臣大义。
燕王看了宁国公主的信，付之一笑。
建文帝令梅殷镇守淮上，心里稍安。他早听说很多太监不法之事，忙中偷闲想整治一下吏治。
明朝自朱元璋始，常命太监出使外省。外官想结交这些宠宦，多有奉承，因此这些太监钦差，格外骄横，所到之处，恣肆侵暴百姓，致怨言四起。建文帝对这些太监钦差很恼恨，只是因形势严峻，只得将太监种种不法之事放在心里，无暇整治。此时，他晓谕臣民，任何人均可上奏朝廷，揭露宦官种种不法。他又给地方官下旨，将太监钦差在外省收受贿赂、侵凌百姓之事奏报；严令各级官吏对犯法太监依法惩治。
太监们对建文帝怨愤。有一个叫崔果的太监惧罪，逃出宫外，直奔北平去见燕王。
崔果对燕王报告道：“京城之军已全部调出，以拒大王千岁，现在京城空虚，大王千岁应赶快派兵攻打。”又说，“我等渴盼大军解救我等倒悬之苦。”接着，又献攻城之计，并告他们的接应办法。
燕王大喜，欲出兵直取南京，便和道衍商量。
道衍道：“崔果的攻城之计，未必可取；靠那些宦官接应，未必可靠。但是，乘京城空虚，直攻南京却是上计。大王既想赶建文下台，这样频年用兵，何时得了？早该直趋南京，临江一决。”
燕王道：“南京并不难攻，但占了南京，也仍有朝廷四镇之兵攻打我们，恐难站稳脚跟。”
道衍道：“大王若取代了建文，号召天下，则名正言顺。那时大王再展宏图，治天下以惠万民，自然四海归心。到那时，虽存伪朝四镇之兵，也不足畏，我们集全国之兵力，以顺伐逆，还有谁敢抗拒我们而自取覆灭呢？！”
燕王大喜道：“孤王能得师傅，是天赐我成功。孤王有今天，师傅功劳第一。孤王若取天下，必重封师傅！”
道衍道：“道衍没室没家，要封赏有何用？道衍保大王，是望大王能利天下苍生啊！道衍不要大王封赏，只要大王将来赐惠天下万民。”
燕王道：“师傅心中无私，所忧在百姓，很让孤王感动。孤王若登大位，绝不敢忘天下苍生！”
道衍道：“战争之事，受各种因素制约，情况瞬息万变。今攻京城胜败难料，为了使大王退有所据，臣愿与大世子留在北平，以便把北平经营好。将来一旦占了南京，北平便可作为兵强民富之区向全国展示。万一攻南京不下，我们也可以北平为根据地，与朝廷分庭抗礼，隔江而治。”
燕王道：“师傅思虑缜密，有师傅经营北平，孤王出军，无后顾之忧了。而且，师傅这么大年纪，孤王也不忍让你再随军忍受风霜之苦了。”
道衍道：“军情复杂，望大王多留心，臣把可能出现的各种情况的处理方法陈于大王，望大王参考。”接着，就详细讲了遇到什么敌人、什么情况、什么地形以及要怎样处理，等等。
燕王道：“孤王谨记，师傅放心。”
道衍道：“臣有一事相求，请大王允诺。”
燕王道：“师傅请讲。自师傅随孤王奔波至今，师傅之言，孤王无不从，何需用‘求’字？”
道衍道：“道衍这是恐怕大王为难，不肯答应。”
燕王道：“师傅尽管讲就是，无论什么事，孤王无不答应。”
道衍道：“我们所谓奸臣者，乃是明之忠臣，希大王明了旌忠斥奸之意。得国之日，对忠于建文之臣，勿多加屠戮。”
燕王没说话，许久才道：“师傅对忠臣的理解太宽了吧，我谓忠臣，忠我之臣也。如师傅、张玉等是，忠允炆之人，孤何能旌？若旌此类人，岂不是奖励反我？！”
道衍道：“大王，臣对忠臣之理解并不宽。其实忠奸的分界，不在以谁为界，也不在成败，而在其行是为民还是为己，是善还是恶，是非还是是。所以越以伍子胥为忠臣，元以文天祥为忠臣。如方孝孺等，虽保建文，实忠臣也，希大王护之。”
燕王想了想，点头道：“遵师傅之言就是了！”
于是，燕王誓师，率四十万大军择日出发。燕军一路驰突，势如破竹，所向无阻，连陷东平、济阳诸州县。
建文帝闻警，非常惊慌，命魏国公徐辉祖驰援山东。
辉祖星夜前行，听说都督何福大获全胜，平安也在北阪胜了燕军，心下大慰，便急驱军至齐眉山，与何福合阻燕军。
此时，燕军也至齐眉山，两军激战，自午至酉，不分胜负。
燕军骁将李斌正率众冲击南军，忽被流矢射中马首，马倒被杀。此时，徐辉祖驱一股亲兵冲上来，突入燕军阵中，无人敢挡。
原来，徐家本武术世家，其亲兵精武术。这股亲兵，刀剑翻飞，威力很猛，燕军气丧，随即退散。
徐辉祖驱兵追杀，燕军大败，退走数十里，方敢停住安营。这一仗，燕将死了李斌、王真、陈文三人，损兵数千。
燕军众将请燕王回师休整，伺机再动。燕王道：“兵事贵气，有进无退。稍稍失败，何至于退兵？！公等只看目前，何识大计！”说罢又道，“诸位欲渡河北归者，请站在左边；不愿北归者，站在右边！”
众将闻言，迟疑了一会儿，开始移动位置，结果多数站到左边。
燕王怒道：“尔等既不愿南行，任从自便！”
朱能见了，调停道：“诸位没听说过汉高祖遗事吗？汉高祖十战九败，垓下一战，终有天下，今我军尚胜多败少，如何便生退心？”
诸将尴尬无言。燕王见将士情绪低沉，几夜衣不解甲、夜不安寝。
燕军厌战的消息传出后，南军诸将非常高兴。京中大臣听到这消息，都以为燕王难违众意，必然遁回北平。众臣还说京师不可无良将镇守，应召魏国公回京。
建文帝听众臣所议，召徐辉祖回南京。
辉祖一退，何福势孤。燕王得知辉祖回京的消息后，喜道：“允炆调回徐辉祖，分明是舍弃何福之军了！天予不取，是一种罪过，我们要乘机灭掉它！”
燕王想起道衍临别嘱咐，便派朱荣、刘江等将，率轻骑截了南军粮道，毁了何福水源。
何福军中无粮、无水，支持不住，只得移营灵璧。
燕王断定何福必然移营，便在中途设伏奇袭，杀何福军数千。燕王又探知灵璧缺粮，必有南军送粮，于是又设伏劫粮。
平安运粮赴灵璧何福营，率马步兵六万为卫，令粮车居中，陆续进发。将到灵璧，突然一声炮响，两侧均有燕军冲出，夹击南军。
平安慌忙下令抵敌，自己舞刀纵马，砍杀燕军。但燕军人多，前仆后继，战了半日，未能退敌。平安便命弓箭手放箭，一阵箭雨射倒燕军百余名，燕军始稍退。平安方欲驱粮车前进，忽见燕王督军亲至，来势很猛，一时不及拦阻，被燕军横冲入阵，把运粮军截为两股。
平安大急。正危难之时，幸亏何福闻知平安到来，前来接应，才使粮车未被劫去。
平安、何福合击燕军，酣战多时，燕王突然率兵退出。
平安、何福以为燕军退了，不用再防范，便慢慢押着粮车前往灵璧。行约数里，天色微昏，暮霭四合，野景苍茫。前面丛林参差，浓密错杂，辨不清枝干，只是黑压压的一片。见到这情形，平安一怔，对何福道：“这里隐伏危险，军队应小心行路，谨防敌人突袭！”
何福道：“平将军，你太多心了！燕军的伏军已经退了，怎会还有埋伏？”
平安道：“燕军有道衍出谋，行动诡诈，神出鬼没，此处情况险恶，还是小心些为好。”
何福道：“平将军说得对。常言‘小心不多余’，我们就去传令，小心行军。”
可是，还没容下令，突然一声炮响，震得南军将士心虚胆悸。
随着这声炮响，林间钲鼓齐鸣，喊杀连天，千军万马冲杀而出。
南军猝不及防，立刻被冲得七零八落。此时南军被炮声、呐喊声、钲鼓声，吓得东藏西躲。他们不知林中还有多少人马，谁也无心恋战，竟乱窜乱逃起来。
平安、何福都是勇将，他们遇险不惊，放马冲入燕军，舞动大刀，寻敌格杀。一时间燕军逢者即伤，挡者即亡，他们所到之处，燕军纷纷后退。
平安、何福正在扬威，突然驰来一名年轻燕将。这燕将骁勇无比，带着一队燕军，挡住平安、何福。这年轻燕将不是别人，正是燕王二世子高煦。高煦率兵截住平安、何福，其他燕军追杀溃散的南军去了。
平安、何福奋勇抵挡高煦。此时，燕王又率燕军杀来。平安、何福见难保粮车，自知恋战无益，便带着残军夺路逃了。
平安、何福逃到灵璧。他们的粮车尽失，还伤亡万余人、战马三千多匹。南军个个唏嘘，颓丧极了，只得在灵璧闭寨坚守。
当夜无事。第二日，南军众将商议行止。平安道：“灵璧营中，粮草已尽，大军不能复留，我们必须移军别处。”
何福道：“移军是势所必然，可是我们到哪里去呢？”
大家都不知该到哪里去好，只是哀叹。最后还是平安道：“既然大家都认为该移军，我倒有个去处，大家商量可不可去？”
一将领道：“平将军请讲！”
平安道：“汝南侯梅殷，现屯四十万大军于淮上。我们到淮河两岸筹粮，也可以和梅军有照应。”
何福道：“到淮河两岸筹粮，一可扼制燕军，二可与梅军呼应，这样甚好。只是燕军在窥伺我们。我们营盘分散，若不一齐移营，必被敌人发现；若被敌人发现，我们必被截杀。”
平安道：“这好办。只要我们定一暗号，统一行动，即使敌人发现我们移营，我们也已到了路上。敌人若追，在路上战斗，那就难知谁胜谁负了……”
大家都同意平安说的办法。于是，规定了暗号，准备行动。
不想，这暗号被燕军的暗探探去了。这次燕军南征，虽然军师道衍没随行，可是行军作战的一切事项，仍依他临别嘱咐行事。
这次在灵璧，城外双伏劫粮车，就是燕王根据道衍的临别嘱咐想出的妙计。道衍反复说知己知彼，方能百战百胜。这次道衍又嘱咐道：“每次准备作战，都要充分了解敌情，最好是往敌营中派暗探……”
燕王信服道衍，把他的话牢记在心，临战就参照。此次就是通过暗探送来的情报，得知平安、何福两军移营暗号。
燕王军知道了南军的移营暗号，是放三声炮，然后一齐移营，于是就在移营途中设伏。
南军听到三声炮响，各营迅速收拾营帐，装载物资，向淮上开拔，却乖乖地全进入了燕军的埋伏圈。南军因为全无戒备，燕军出击时，虽勉强抵挡了一阵，也无济于事，最后大部被歼。
这次战役，南军损失惨重，兵卒约损失三分之二。副总兵陈晖、侍郎陈性善等三十余名将官或战死或被擒，连著名骁将平安也因马蹶，摔在地上，被燕军擒住。只有何福一人，率残兵逃去。
败报传入南京，建文帝闻之大惊，叹道：“我朝精锐，悉数伤亡，我们从此要一蹶不振了！”
黄子澄闻报，大哭道：“大势去了！我辈万死也不足赎误国罪名。”他和齐泰商量后向建文帝上书，请调辽东兵十万，至济南与铁铉会合，截击燕军归路。
建文帝闻奏，同意他们的奏折，飞调总兵杨文赶赴济南。杨文奉调，率十万大军，浩浩荡荡直奔济南。不意走到半路，被燕将宋贵截杀。辽兵溃散，杨文被擒。
燕军经过这几次大捷，军威大震，便长驱而下，攻打泗州（今江苏泗洪）。
泗州守将周初望风而降。
燕王入城，下榜安民，看望城中父老。
城中父老十分感动，燕王遍赐酒肉，亲加慰劳。父老皆喜，拜谢而去。
燕王正欲渡过淮河，探骑来报：盛庸领马步兵数万、战船数千，正在淮河南岸严阵以待。燕王想到道衍的话，不敢贸然渡河，就固寨养兵，以待良机。
燕王等了几日，心中着急，忽想了一个主意。他立即写了一信，遣使到淮安见驸马汝南侯梅殷。信中说要进香淮南，恳求他让道。
梅殷知道这是燕王假途灭虢之计，对来使道：“皇考有训，禁止进香。不遵先命，便是不孝。他不忠不孝，还进什么香呢？”
使者把梅殷的话回报燕王，燕王大怒，复致书梅殷道：“本藩出兵到此，实为扫清君侧。天命所归，何人敢阻！不早醒悟，后悔莫及！”
梅殷得书，非常愤怒，竟将来使耳鼻割去，然后对来使道：“暂留你口，归报燕王得知，君臣大义，他不知晓吗！？”
使者回报燕王，燕王见梅殷削使者耳鼻，这是对他的羞辱，十分震怒。但他想起道衍的嘱咐，没有发作，而是移军凤阳，从凤阳渡河。
凤阳知府徐安，听说燕王兵到淮河，命令拆淮河浮桥，匿所有船只，断绝水陆交通。
燕王见不能渡河，只得扎营驻下。这天夜里，燕王睡不着觉，反复思考，终于想出了一条好计。
第二天夜里，燕王自引军士来到盛庸营对岸，命令军士点燃火把，张旗鸣鼓，推木筏下水，故作渡河之状。
南军见了，以为燕军要抢渡，赶忙整备兵械，登船设防，只待燕军渡河时于中流袭击。哪知燕军鼓噪多时，并没有一筏渡河。南军看出燕王只是虚张声势，便各自还营暂息。
南军刚回到营房，还没睡觉，忽然营外杀声骤起，接着是很多燕军杀来。燕军大吼：“燕军从天而降！”吓得南军魂不附体。
这支燕军不是从天而降，而是朱能、邱福受了燕王密计，带着骁勇将士数百人，西行二十里，从上游乘了渔船，偷渡淮水，绕至南军营前，奋勇杀入的。
盛庸也被惊起，慌忙出帐上马，准备格杀，不意燕军乱发火箭，他的马被惊，把他掀在地上，致他跌伤了手足，几乎不能动弹。亏得手下亲兵把他扶起，搀扶着他到了河岸，他登了一条快船逃了。
常言“蛇无头不行，兵无主自乱”，盛庸一逃，立刻全营大溃。
朱能、邱福一面在南军营中驰突扫荡，一面夺了南军船只，送到北岸。
燕王得船，率军飞渡过河，上岸与朱能、邱福军夹击南军。
燕王尽得盛庸战船，连夜即攻陷扬州。
这一役燕王又大获全胜，杀死南军都指挥崇刚、巡按御史王彬，得了南军全部战船。
第二日，燕王在扬州庆功。燕王满面春风，举酒对众将道：“诸爱卿，你们说此次大捷，谁的功劳最大？”
诸将立即答道：“自然是大王千岁，千岁运筹帷幄之中，奋战沙场之上，其功哪个能比！”
燕王却摇头道：“不对，不对。孤王是让你们论诸卿之功劳。诸卿为孤王效力，孤王何能自己论功呢？”
诸将想了想，有人又道：“论诸将的功劳，自然是朱、邱两位将军了。若没两位将军偷袭敌营，夺敌之船，我们哪有此次大捷！”
燕王道：“朱能、邱福两位将军，固然功不可没，但是并非他们所谋。他们之功劳，究竟逊于设谋者。”
燕王的话，把大家都说得惑然不解。计是燕王谋，燕王又不要功，那么功劳最大者是谁呢？
燕王的话，只有副军师袁珙明白。他对燕王道：“大王，功劳最大者要算道衍大师了！”
燕王这才点头道：“袁爱卿说得对。张良能‘运筹帷幄之中，决胜千里之外’，军师也正是如此。盛庸拥兵备船拒我渡河的情况，军师早料到了，并授我破敌之法。因此，破敌之计虽是我出，实是军师所教。”
诸将这才豁然开朗，但还是有人道：“军师虽预谋在先，但执行全靠大王，没有大王的英才，此计还是不能成功。”
燕王好大喜功，听了当然高兴，对诸将道：“当然。战之求胜，需要谋勇兼备。孤王今日言此，也就是要诸卿今后作战，要谋而后勇。”
诸将点头称是。
宴罢，燕王率军水陆并进，至高资港。燕军齐集高资港（今江苏镇江丹徒区西）内，舟船满江，旗帜蔽日，鼓声震天，好不威风！
高资已近南京，京都震恐。建文帝忙遣御史大夫练子宁、侍郎黄观、修撰王叔英等，分道征兵勤王。
然而，各镇守将各怀惧意，观望不前，有的竟讨好燕王，有意归顺。
建文帝非常忧急，无奈之中，只得密召方孝孺、齐泰、黄子澄商量对策。
齐泰、黄子澄也无计可施。
方孝孺道：“今日事急，不如先答应燕王割地议和，暂行缓兵之计。等到各处募集了兵马，再决胜负。”
建文帝流泪道：“可是，何人可使？”
孝孺道：“不如遣庆城郡主。”
建文帝想了想道：“好。”于是求吕太后下旨，遣庆城郡主前往燕营。
庆城郡主是燕王从姐。庆城郡主至燕营后，燕王见了先哭了，接着庆城郡主也哭。哭罢，燕王方问道：“周、齐二王何在？”
庆城郡主答道：“周王已召还京师，齐王仍在狱中。”
燕王叹息不止，自语道：“皇父薨，我弟兄何以这样不幸？”
庆城郡主道：“皇上也很后悔，已下免罪诏书愿意赐地封赏，向皇弟谢罪。请皇弟罢兵吧！”
燕王道：“皇考分给之地，尚不能保，何望割地？而且我率兵来此，无非欲谒祖陵，朝见天子。谏复先皇制，请求赦诸王，使奸臣不得蒙蔽圣聪。倘如是，我即解甲归藩，仍守臣礼。”顿了顿，燕王又道，“但是，这是那些奸臣出的缓兵之计。今日议和，明日聚齐人马再战，白让姐姐奔波往返。因此我若答应罢兵，就是坠奸臣计中。我非愚人，不用来骗我！”
庆城郡主见燕王这样回绝她，不便再说什么，就起身告辞。
燕王送庆城郡主至营外，又对庆城郡主道：“姐姐回去，为我谢皇上，我与皇上至亲相爱，并无歹意。只请皇上从此悔悟，休信奸谋。”
庆城郡主道：“皇弟本应如此。皇上真的已悔悟，不会再听外人言了。”
燕王又道：“还请姐姐转告诸弟妹，我几乎不免于难，多亏宗庙神灵保佑，我才能到此地步！我定能让他们免罪，相见当不远了！”
庆城郡主回到京城，将燕王的话对建文帝述说了。建文帝知燕王并无和意，便向方孝孺问计。
方孝孺道：“长江天堑，可挡百万兵，陛下不必害怕！”
方孝孺的话还没说完，一个锦衣卫进来奏报，说苏州知府姚善、宁波知府王进、徽州知府陈彦回、乐平知县张彦方、永清典史周缙，各率兵前来勤王。
建文帝这才稍稍放心，便一一召见，温言慰勉，令各出屯城外，又命兵部侍郎陈植前往江上督师。
这时燕王进军瓜州，命中官陈狗儿偕都指挥华聚，领前哨兵出浦子口。
盛庸、徐辉祖已回京师，驻兵近郊。听说陈狗儿、华聚来侵浦子口（今江苏南京浦口区），徐辉祖道：“燕军一路猖狂，必须败他，以挫其锐气。”
盛庸道：“公言甚是。盛庸愿为前部，摧毁其军。”
徐辉祖道：“吾以大军为后盾，务求必胜！”
盛庸的伤已痊愈，即提刀上马，领本部军马迎击燕军。遇陈狗儿，两军激战。盛庸奋勇向前，气压敌军，陈狗儿渐渐不敌。恰华聚赶至上来助陈狗儿，双方这才战平。
这时，徐辉祖催大军至。徐辉祖的亲兵队，个个会武术，直冲上去，锐不可当，一下子把燕军冲溃。南兵见胜，气势高涨，呐喊连天，吓得燕军胆寒，四处逃散。
这一战，燕军损失三万多人。燕王闻报，知南军元气尚未大伤，盛庸、徐辉祖又会用兵，怕耗兵糜饷，想议和北还。
这时，次子高煦引兵来到，带来了道衍书信。道衍劝燕王不要回军。信中道：“此时建文朝正如危重病人，千万不能给其养息机会。”信中又道，“高煦勇敢可用，可留下随军立功。”
燕王大喜，手抚高煦背道：“愿你建功立业，让诸将佩服。”
高煦听了燕王的话，眉飞色舞，请求出击盛庸军。
燕王答应，命高煦率带来的精兵五万人迎战。高煦勇猛，他所带新兵，经过道衍训练，个个也机智勇敢。
盛庸军抵挡不住燕军的锋锐，一战便退回营中。
正在这时，兵部侍郎陈植到营，他慷慨陈词，激励将士。但此时军心已动摇，将士暗想：“天命归燕。燕军势盛，就是我们拼死，也抵抗不了……”
陈植见他的话激不起士气，便忿忿回到驻地。这时他部下都督陈瑄，竟私受燕王书信，领舟船去降燕王。陈植麾下另一个姓金的都督也欲反叛，被陈植察觉，责了八十军棍。姓金的都督一气之下杀死陈植，率众降燕。
燕王问明底细，具棺盛殓陈植，并遣人送灵柩回他家乡安葬。
南军见燕王如此仁义，都不由暗暗佩服燕王。
接着，燕王誓师竞渡。江中舳舻衔接，旌旗蔽空，喊声震天，钲鼓声远达百里，南军皆心悸色变。
盛庸急令众军抵御，谁知，未曾交战，已先披靡。
燕军前哨登岸，只有健卒数百，就把盛庸军冲乱。盛庸未能招集乱军，燕军第二批数百健卒又登岸冲杀，南军更惧，霎时溃散。不久，燕王随大军渡江，引军追杀南军数十里。盛庸单人独骑落荒而逃。
燕军乘胜攻下瓜州，直逼镇江。