建文帝闻德州大捷，欣慰非常，供献牛酒，领百官一起去祭告太庙。齐泰、黄子澄二人都非常高兴。
建文帝在燕王发出“靖难”檄文时，因畏于燕王声势，明着罢了齐泰、黄子澄的官，暗中却仍把他们留在身边出谋划策。这次德州大捷，燕王败退北平，又要复齐泰、黄子澄官职。李景隆白沟兵败，被召还京师软禁待罪。此时建文帝欣喜，心想：“今后可永弭兵燹，李景隆辈也就免受池鱼之殃了！”他打算让他们官复原职，也不再追究李景隆的丧师辱命之罪。
御史大夫练子宁、宗人府经历宋征、御史叶希贤，均奏李景隆失律丧师，且怀二心，应正罪以谢宗庙。黄子澄也上书请诛李景隆，以谢天下。
建文帝不准。此时是建文三年（1401），建文帝大祈祖坟、圣庙，准备大庆。
燕王乘此时机，又起兵南下。燕王临行，自撰祭文，哭奠阵亡将士道：“孤王起事，已与诸公共指山河、裂土分茅为誓，想不到中道维艰，诸公先亡，成果不能共享。诸公刀枪无畏，矢石不避，为孤王而亡。诸公命亡，孤亦肠断。为慰英灵，只有自强。孤王此时唯以清泪、酒浆奠祭诸公，希诸公英灵不泯，佑孤王成功，孤王必优待诸公亲属，以报诸公恩德。同时给诸公置祠立位，让诸公永世享受供俸。”读罢祭文，燕王脱下战袍，点火烧了，名为给“阴魂御寒”。诸将士及其家属见燕王如此，无不感泣。将士们个个奋激，愿为燕王捐躯效命。
这一切都是道衍的主意。道衍见人心可用，立即请燕王出师南征。
燕军从北平出发，偃旗息鼓，疾驰潜行，只三日便到保定。
燕军破了保定，才有探马报到南京。建文帝吃惊，立即停止了庆贺，命盛庸率诸路军严行堵截。
燕军过了保定后，燕王与诸将商议前方应先攻哪里。
邱福道：“不如先攻定州，攻取定州，方树我军声威。这叫先声夺人，慑敌胆魄。”
道衍摇头道：“德州是伪朝拒我的根据地、盛庸的行辕。我们出师即攻德州，才显我们志壮力强。”
燕王以为道衍的话很对，即移师东指德州。正行之间，忽有探马来报，盛庸已率大兵，进驻夹河。
燕王即要挥师踏敌之营。道衍道：“知己知彼，方能百战百胜，现在敌情未悉，即挥师贸然进攻，岂能胜券在握？”
燕王于是自率三骑，走近盛庸营旁偷看，看见盛庸结阵甚坚，不由想：“幸亏军师阻止，不然贸然攻营，非失败不可。”刚欲拨马回营另定良谋，不意已被盛庸营哨发现。盛庸接报，立派千余将士追赶。
燕王见众多敌骑呼啸追来，并不慌忙，命从者三骑先行，自己张弓搭箭，立马迎敌。见敌骑驰近，燕王连射数箭。他箭无虚发，每发一箭，便有敌兵应弦坠地。南骑见燕王如此箭法，立刻勒缰退却。燕王见追骑退去，才拨马加鞭，纵马回营。
燕王知盛庸营坚，守军警惕性高，不敢驱大军进攻，只率步兵万余冲击南军阵营。南军见燕军来冲阵，便以盾牌做掩蔽，坚守营帐。
燕王早做了准备，攻营战士使的都是长矛，钩住盾牌，互相牵扯，相持不下。道衍见攻营燕军已牵制了南军将士，即令邱福率一军乘隙攻入。
燕将谭渊，见敌阵营中烟尘滚滚，想必被燕军攻得溃乱，急欲上前争功，正要冲入敌阵，恰一员南将迎面扑来，执着长枪截住他厮杀。不数合，南军那将虚晃一枪，拨马就走。谭渊贪功，哪里肯舍，策马追去，不防被那将回马一枪，刺中咽喉。他身子晃了晃，跌落马下。偏将忙来相救，又被敌将拔剑一挥，砍作两段。
这南将叫庄得。南军见庄得如此勇猛，均高声喝彩，因而人人振奋，个个奋勇。
燕军见谭渊和偏将相继被杀，纷纷后退。庄得乘势驱杀，燕军大败。
燕王且战且退，刚退出敌阵，正遇朱能受军师所遣率铁骑前来接应。朱能给燕王带来道衍一封密柬，燕王拆开看了，就令朱能前行，自己率一队燕军岔入河坡小路，绕到南军背后。
南军正全力追杀朱能军，不防燕王率军从后面杀来。南军骤然受攻，顿时大乱。
燕王击破南军阵营，与朱能等会合，齐攻南军。
南将庄得，见燕军转败为胜猛攻南军，一时性起，不顾死活，向前乱闯。南军骁将楚智、张能也随庄得向燕军冲杀。
燕王忌庄得、张能、楚智勇悍，挥军把他们围了，下令放箭乱射。庄得身中数箭，倒地而死。
张能即皂旗张，在燕军箭雨乱射下，犹摇着皂旗，来往冲突，顿时身上也集矢如猬。他至死仍手执大旗，直立不倒，燕军见了不敢近前。
楚智手持双刀，左砍右杀，杀死燕军十几人，眼看就要突围而出，忽然一箭飞来，被射中右肩。箭上有毒，伤口立刻变黑，他痛不可支，倒在地上，被燕军杀了。
燕军大胜，追杀了一阵，天已黑了，怕中埋伏，只得撤军回营。
燕王回到营帐，众将俱来参见、道贺，但燕王不欢，对众将道：“今小创敌军，我军也有伤亡，盛庸的大军不灭，我军难捣南京，此次胜利，并没有削弱盛庸的军力。”
诸将都无计可施，燕王忧愁不解，大家不欢而散。
过了几日，道衍夜里去见燕王，燕王问：“师傅黑夜来见孤王，一定有要事吧？”
道衍道：“大王若想破盛庸军，明天有个机会。”
燕王道：“师傅，快讲！”
道衍道：“道衍今日观天，见东北昏黄，黄云翻卷，明天巳时必刮东北风，我们可以利用这个机会。”
燕王道：“请师傅明白讲，我们好周密准备。”
道衍道：“我军阵营在东，盛庸阵营在西，我们明日约战，列成东北阵式，空位西南留给盛庸军。我军每人备生石灰一包，交战时间选在大风起时。大风一起，我军先扬石灰，眯了敌人的眼睛，等敌军只顾揉眼，失去战斗力时，我们再驱军猛攻，定可一举攻垮盛庸军。”
燕王大喜，第二日与盛庸约战。将士临出战前，每人发石灰一包，揣在怀里备用。双方列成阵式，燕军占东北方位，留了西南方位给盛庸军。盛庸军不知所算，列阵西南与燕军对峙。
双方列成阵式，燕王先找盛庸对话，以拖延时间。约到巳时，见天上黄云翻动，门旗上旗角向西南飘摆，便道：“今日两军要战个强存弱死，真存假亡，开战吧！”
盛庸道：“哪个怕你，发号吧！”
燕王又故意延迟了一会儿，见东北风已大起，才令发炮。只听“轰”的一声巨响，燕军听到信号，立即冲向敌阵，与南军战在一起。这时空中“呜呜”声响，狂风大作，卷起的黄沙如万狼齐吼。燕军乘风撒了袋中的石灰，刹那间烟雾弥漫，天地无光，石灰蔽天。
南军面对风头，立刻被扑面的石灰眯得睁不开眼，强睁开眼睛，又被石灰眯了眼睛。
生石灰见水发热，立刻将眼睛烧得又酸又疼，泪往外涌。他们只顾揉眼，不顾战斗，有的人糊里糊涂做了刀下之鬼，有的揉着眼睛格斗了几下，因为眼睛失明，攻防不力，而被杀伤，不大一会儿，盛庸的军兵就被杀戮大半。
燕王见盛庸阵破，立即驱军攻打盛庸大营。燕军冲入敌营，南军争相逃跑，盛庸制止不住，一座大营，全丢给了燕军。
盛庸军直逃到滹沱河口，燕军仍在追赶。南军害怕，纷纷跳水，溺死者不计其数。只有盛庸的一队亲兵，始终不乱，保护着盛庸仓皇逃去。
盛庸逃走，不敢隐匿，只得将败状据实申报朝廷。
建文帝接了败报，惊惶失措，叹息着道：“朕悔不听翠红之言，早除燕逆，也悔下旨让诸将不杀燕王！”
原来，建文帝接到失败奏报之时，正因翠红自尽而伤感。翠红姓王，是宫妃，十八岁入宫，二十岁得幸，貌比西施，才比宋玉。她早知燕王有异志，劝建文帝及早剪除，以防后患。建文帝不信她言，斥她离间骨肉，降她为宫娥。后来，燕王北平起兵发难，黄子澄为她申冤，建文帝欲复她宫妃之位。可是，翠红不甘做宫妃，自缢而死。建文帝常忆翠红之才识，对她的死叹惜不已，他想：翠红为言燕逆而死，今后应谕诸将不要对燕逆姑息！
建文帝对着败报，毫无办法，只得召齐泰、黄子澄密议。
齐泰道：“自燕逆起兵，我各路军先后损失百余万。欲剪燕逆，兵源不足，请陛下降旨募兵，以备伐燕。”
建文帝道：“卿言甚善，朕即降诏。”
黄子澄道：“燕逆起兵，虽‘项庄舞剑，意在沛公’，却声言‘除奸’，臣等为绝他口实，请贬外地。”
建文帝道：“燕逆‘醉翁之意不在酒’，朕流贬二卿，燕逆照样不收兵，朕正依靠二卿，怎忍外放？”
黄子澄道：“陛下圣明。陛下若知臣等不奸，可明放暗留，以瞒燕逆，免他有出兵借口。陛下这样做了，就可派人与燕逆议和，看他的反应。他若罢兵，陛下再找机会除他。”
建文帝点头。第二日，建文帝便以离间皇亲罪，谪齐泰、黄子澄于远州（今四川茂县），但暗中仍让他们藏在宫内，又派钦差让燕王罢兵。燕王接见了钦差后，与道衍商量如何答复。
道衍道：“听宫廷密报言，有个叫翠红的宫妃，曾劝建文早剪除大王，以绝后患。建文不听，反斥责翠红，并把她降为宫娥，翠红因之自尽。建文因翠红之死伤悼不已，悔不早除大王。可见，他贬齐、黄二奸都是假的，并不是真不疑大王了。”
燕王道：“那么，孤王该如何回复允炆？”
道衍道：“大王可将他一军。请他收了盛庸、吴杰、平安等各路军兵，以观建文态度。”
燕王道：“好。”第二日，燕王照道衍之言，对钦差讲了。
钦差回京将燕王的要求奏知建文帝。建文帝委决不下，就召问方孝孺。
方孝孺是建文帝侍讲学士。孝孺幼时机敏，博闻强记。他有才学，藐视空谈，常以“明王道、治太平”为己任。高皇帝重其才，封汉中教授。蜀献王闻其贤，聘为世子师，尊以殊礼。建文帝不忘遵太祖嘱，国家大政方针常常咨询于他。建文帝好读书，每有疑，即召他讲解。临朝奏事，臣僚面议的情况，都由他在御案前批答，燕王起兵后，诏书檄文皆出自他手。
建文帝召来方孝孺，把燕王的罢兵条件对他讲了。方孝孺道：“现在天将有淫雨，燕军千里驰骋，势必不战自疲。今宜令辽东诸将，入山海关攻永平；真定诸将，渡卢沟桥讨北平。这样，燕逆必回救北平。那时我们领大军蹑后，就不难擒住燕逆了。”
建文帝道：“方卿分析甚是。朕即下旨诏告辽东、真定两路，依卿言行动。”
方孝孺道：“请陛下佯与燕逆下书，拖延时日，等我们想出完善之策，大军调集齐了，便可一举剪灭他，一鼓荡平北平了。”
建文帝大喜，即派大理寺少卿薛岩为钦差，持诏赦燕王罪，让他罢兵回燕藩。
没等薛岩进见燕王。南军吴杰、平安在藁城正与燕军相遇，展开激战。
吴杰、平安各率本部夹击燕军，燕军死亡甚众。燕王的大旗被箭矢射得七孔八洞，旗手也被射死，燕王被卫士护在中间，才没中箭。
燕王无法退敌，正在着急，忽然大风骤起，飞沙走石，摧枝折树。双方都无法再战，南军只得退走。
燕王见南军尚未扎营，在大风中无处可依，于是抓住战机，挥兵冲杀。南兵阵乱，立刻大溃，几个将官也被燕军擒去。
吴杰、平安只得仓皇逃往真定。至真定查点人数，计损兵数万人，其中一万多南军成了燕军俘虏。
燕王吸取谭渊坑降卒之教训，优待战俘：愿留者从军，不愿留者回家。
燕军藁城大捷，士气更加旺盛，正在此时，薛岩持诏入燕营。燕王听罢诏书，出帐与道衍低语了一番。燕王回来，怒对薛岩道：“你临行时，皇上还有何言？”
薛岩答道：“皇上还说，殿下如早晨解甲，朝廷晚上即可班师。”
燕王冷笑道：“此话恐连三岁小儿也不能诳，还要前来诳我吗？”
薛岩吓得索索战栗，不敢说话。
燕军众将哗然大笑，纷纷要燕王杀了薛岩。
燕王道：“历来两国相争不斩来使，何况他是奉诏来此呢！尔等休要胡来！”
道衍进来对燕王道：“可让薛使者看看我军各营。”
于是燕王派将领着薛岩，观看燕军各营。
薛岩见燕军营内严整，营帐相接百余里，矛戟森森，旗帜飘飘，不禁吓得汗流浃背，心中忐忑。
燕王留薛岩数日，薛岩欲将所闻所见上奏朝廷，便向燕王乞求回京。
燕王答应，对薛岩道：“替我传语皇上，我父即皇上之祖父，皇上父系我之兄长，我立藩北平，富贵已极，还有何望？且与皇上没仇恨，只因权奸谗构，削藩治罪，我才不得已发兵南来，今幸蒙诏罢兵，不胜感激。但奸臣尚在，大军未还，我军心存惶惑，未敢退散。望皇上立诛权奸，遣散各军，我愿率先皇诸子归罪阙下，恭候皇上处治。”
薛岩唯唯听命。燕王命军校送他出境。
道衍道：“大王之言，只能骗建文，却不能骗过方孝孺。建文若用方孝孺之计，必仍派将攻我。我们应按既定之策行事。”
燕王道：“这个方孝孺也该入奸臣之列。”
道衍道：“臣以为方孝孺与齐泰、黄子澄不同。方孝孺是我朝奇才，大王须敬之。将来大王成功，也宜善抚，万不可列为奸臣，妄加刑戮。”
燕王点头。
薛岩到京，方孝孺先与薛岩见面，详问薛岩使燕见闻。薛岩据实述告，方孝孺嘿然冷笑。
建文帝召见薛岩。薛岩详述了入燕所见及燕王之言，又道：“臣看燕军确实强大，不易破灭。”
建文帝对孝孺道：“果如这样，是我们削藩错了。齐、黄二人，误朕太甚了！”
孝孺道：“陛下使薛岩宣谕燕逆，薛岩反为燕逆做说客，真是怪事！薛岩之言如何可信？！”
建文帝犹豫不决，对如何答复燕王的要求拿不定主意。
吴杰、平安虽然失败，但并不服输。他们正各自招集溃散将士，断燕军的粮道。
断北平的粮道是逼垮燕王的最好办法。因为粮道一断，燕军军心必然动摇。
燕王得知消息深感忧虑，便听道衍之计，具表一封派将军武胜到京城见允炆。
信的大意是：朝廷已许罢兵，但吴杰、平安诸将却拥兵未撤，并去绝燕粮道，显然有违诏旨，要求朝廷从严惩办。
建文帝看了此信，颇有罢兵之意，便将燕王的信给方孝孺看，并道：“燕王是高祖亲子，是朕亲叔父，若逼他过甚，如何对得住宗庙神灵？”
孝孺大声道：“陛下正是为宗庙社稷才讨他，怎么是对不起宗庙神灵？陛下真的罢兵，兵罢很难复聚。若他长驱犯阙，如何对付？臣劝陛下勿被所欺，速诛武胜，与燕逆决绝，那时士气一振，自必得胜。”
建文帝听孝孺之言，绑了武胜，囚进狱中。
燕王得知允炆听方孝孺言，囚了武胜，非常气愤，对道衍道：“这方孝孺，坏我大事，可恶至极！”
道衍道：“跖犬吠尧，各为其主，大王勿怒。大王欲起事，必须褒忠臣孝子，励君子勇士。望大王不仅此时不怪方孝孺，将来也不要加罪于他……”
燕王仍恨恨道：“可是孤王实在压不住怒恨！”
道衍道：“大王发动靖难以来，双方死伤不下百万人，争的是政权。如以这些人之生命争得政权后，仅因泄个人怨恨而杀人，那就是一个暴君，连臣也觉心寒。”
燕王无语，许久，才问道：“南军欲断我们粮道，掐断我们的供应，岂不是要扼死我们？！”
道衍道：“我已想好以其人之道还治其人之身的办法，用围魏救赵之计，使吴杰、平安自撤！”
燕王道：“师傅欲断他们粮道？”
道衍道：“对，如毁了他们的粮草，平安、吴杰两支孤军自会退去。”
燕王点头，即派李远率轻骑六千余人，去毁济宁、谷亭的南军粮草。
李远受道衍之计，令六千将士均改换南军服装，飞速驰往目的地。
南军以为李远所部均是自家军队，未予防范。李远部寻了机会，偷偷点火，燃了济宁一处粮草。
南军守粮将士见粮草失火，非常惊恐，都慌忙救火，一片忙乱。此时，李远又率部悄悄退出火场，去谷亭粮囤边纵火。不大工夫，谷亭的粮草也全部着火。两处粮草被烧，大火熊熊，火光冲天。南军慌忙逃命，眼睁睁看着数十万担粮草被毁于一旦。
李远见计划成功，率部大杀一阵方回。
与李远烧粮草的同时，道衍又派邱福、薛禄带兵攻打济州（今山东济宁）。
邱福、薛禄受军师之命，各带兵七千，从南北两面同时发起攻击。
济州守将并无准备，又不能南北兼顾。邱福先从南面攻破。守将见南面城破，急调兵去堵截燕兵，造成北面空虚，薛禄得以攻入北门。守将见城不能守，带残兵弃城逃了。
邱福与薛禄入城后，合兵一处，依道衍命令，又偷袭沛县。一举占了沛县之后，即去烧南军停泊在运河中的粮船。燕军杀败南军护粮兵，将南军粮船数千艘，以及一切军资、器械全部烧毁。运河上一片火海，河水沸腾，鱼鳖尽死。
因为道衍早做了防范，吴杰、平安未能掐断燕军粮道。
南军几处粮草军需被烧，建文帝得报，非常震惊，颓然道：“这将如何是好？难道天将绝我？！”
方孝孺道：“陛下勿忧，臣有一下策，可使燕逆自败。”
建文帝道：“方卿快讲！”
方孝孺道：“陛下知道安禄山父子与史思明父子故事吗？我们何不效法？听说燕王大世子高炽仁柔，燕王说他不随己，因之不喜欢他。陛下若潜派使者遗书高炽，封他为燕王，永远驻燕。这样，他父子必相忌生隙，互相残杀，自取失败。”
建文帝知道安禄山、史思明均被其子弑死的故事，不禁称方孝孺的离间计甚好。于是建文帝即令孝孺草书，令锦衣卫张安持书至北平。
燕王世子朱高炽知道父亲不喜欢他，曾多次请教于道衍。道衍总是微笑道：“事事谨慎。”
这一日，高炽正在书房看书，宫人向他报告，朝廷派密使要见他。他想了想道：“你去回他，就说我有病，不能见他，让他去见父王。”
宫人走后，一会儿又回来，道：“那人说，朝廷有要事，要对大世子讲，并有密诏一封，交给大世子亲启。”
高炽想：“不知皇上派使前来为了何事。若有阴谋，我何不报告父王，借此讨父王喜欢！”于是，让宫人把张安带进内室。
张安叩见大世子朱高炽，取出密诏交给他。
高炽问：“皇上下密诏给我何事？”
张安道：“小的给王爷千岁贺喜，万岁封大世子为燕王了！”
高炽想：“父亲是燕王，皇上又下密诏封我为燕王，这分明是离间之计。”于是，他立即下令将张安拿下，准备连同未启封的建文帝密诏，一并送到燕王面前。
原来燕王三个世子果有邀宠之争。燕王内府总管黄俨一向谄事三世子高燧，与高炽不甚相合，他风闻张安来意，即遣人飞马报燕王。
燕王接报，对高炽大生疑心。当时高煦随征，便问高煦道：“以你之见，朝廷遣使密见你大哥为何？”
高煦本性狠戾，又常想袭王位，哪里还顾手足情谊？！于是阴险地道：“父王还用问吗？皇上与燕有事，该派使节来见父王，今派密使去见大哥，显然是有阴谋。”
燕王点头，即要遣人到北平抓高炽。道衍道：“大王，此事应慎重处理。朝廷派密使见大世子，肯定是有阴谋。但大世子为人恭谨，不会与朝廷有联系。臣敢保大世子忠于大王！”
燕王道：“军师岂不知我家父子故事？此事不能不防。还是先囚了大世子，防止内变为妥。”燕王正要派人去北平囚高炽，忽然军校来报，说大世子派人押送朝廷钦差和皇上密诏来见大王千岁！
燕王急令将来人带上。
高炽派来的人押了张安，呈上密诏。
燕王见密诏尚未启封，心中先喜。待他拆开看了密诏，不禁惊喜道：“险些冤枉我儿……”遂命将张安拘禁，并立即复书给高炽，对他大加慰勉。