清查阉党的案子持续了整整一年，朱由检终于将几个手握重权的阉党分子扳倒，顺便烧了他们的“经典”——《三朝要典》。这看似成就显著，但行百里者半九十，斗争远未结束。无数官职不大、匿于角落的阉党人员仍充斥着朝堂，他们未必有翻云覆雨的本事，却有蚁穴溃堤之潜质。
崇祯二年的正月，朱由检召集了内阁的韩爌、钱龙锡和李标，还有吏部尚书王永光等人，开了一个会，要求他们确定逆党名单。朱由检生怕这帮人糊弄，亲自指示了工作原则和操作方式，要求按照不同的罪行，将罪名定为不同等级，从首恶魏忠贤和乳母客氏，到给魏忠贤办事及修生祠的人，甚至是赞美过魏忠贤的人，都要统统揪出、无枉无徇。他还特别强调此事要保密，大家做事要亲力亲为，不许假手于人。
这些内阁大臣得了指示，言辞凿凿要全力以赴，却不过是嘴上说说，混官场又不是打仗，何必拼命。他们草草了事，列了四五十个劣迹明显之人就罢手，免得四处树敌、引火烧身。朱由检看了并不满意，下令接着查，加大力度查，绝不能给任何阉党分子以任何漏网的可能。
对朱由检来说，清查阉党就是打仗，而且是一线。
再次查办的大臣们显然不懂或者装作不懂皇帝的意思，二次上报的名单仍仅有几十人。朱由检感到被严重地糊弄了，非常生气，严厉指责他们“不称职”，要求加上内臣（宦官）一并清算。
大臣们实在不愿蹚这浑水，都忙说自己是外臣，哪里知道宫内的事情。朱由检毫不留情，直接指出：“岂皆不知，特畏任怨耳！”用现在的话来说就是：“怎么不知道，只是怕担责任怕树敌罢了！”
为了敲打敲打这些大臣，朱由检让人摆出几个大包裹，打开一看，里面装满了谄媚魏忠贤的奏疏（又称“红本”）。原来什么人干过什么事，皇帝心里早就有数。
大臣们心里顿时慌了，又不想蹚这趟浑水，就要罢工。
内阁大臣们表示自己只管票拟，管不了查案。吏部尚书王永光本身就不干净，绝不会揽这催命活，声称自己只知道考试不知道刑法，实在难堪重任。
这帮大臣百无一用，朱由检无可奈何，只得找刑部尚书乔允升来办案。
新名单又拟了两次，终于和朱由检心中的名单大致对上了。三月十九日，钦定逆案结果最终公布，其中，罪犯分为了七类，即首逆（魏忠贤和客氏）、首逆同谋、结交近侍、结交近侍次等、逆孽军犯、结交近侍又次等、谄附拥戴，共二百一十人，再加上祠颂和漏网的，总共有三百一十一人。
涉案人数从最初的四五十人一下拓展到了三百余人，阁臣等人给出了他们最终的建议，“能宽则宽”。或许是人数太多，朱由检同意了阁臣等人的建议，一些只是参与建生祠的人，比如张凤翼、袁崇焕等，悉数从轻发落，其余一些人也有不少得了宽限，就不一一列举了。
朱由检从钦定逆案之初的再三要求除恶务尽，到最后不得不点到为止，可见阉党在朝中的势力之大。如今就算彻查出这三百余人，也不能完全根除阉党问题了，阉党这棵树的根须早已占据了朝堂每一寸土壤。因此，崇祯朝十七年时间里，不断有阉党分子企图翻案，明的暗的，防不胜防，有如附骨之蛆。至南明弘光朝廷，阉党逆案彻底翻案，崇祯帝朱由检所做的一切，不过是让大明王朝在末路上做最后的挣扎罢了。
当初，魏忠贤为了紧握大权，以残酷手段镇压与其政见不同的大臣，还将其悉数归为“东林邪党”。所谓“东林党”，并非什么有组织有纲领的党派，仅仅是一个政治派系，因起源于东林书院而得名，主要政治观点包括：阻止宦官干政，开放言路，反对派遣矿监、税吏无度敛财，等等。
只不过，在魏忠贤眼里，你是否是东林书院出来的学生不重要，只要你不归附他，你就是“东林党”。凡是上了他《东林点将录》的，一个都别想跑，全都要倒霉。
曾经，督察院左副都御史杨涟，为了对抗魏忠贤专权，列举其二十四大罪，包括欺君灭法、专权乱政、大干祖制、残害后宫、贪污腐败、欺压百姓等等，条条属实，足以置魏忠贤死地。
这是魏忠贤生平第一次感到害怕，他慌了，白天坐立不安，夜里辗转反侧。无助之际，一双带着草木清香的手将他拉出了恐惧的深渊，没错，是朱由校。朱由校向魏忠贤展示了比天地还大的胸怀，包容他的一切罪恶；向杨涟展示了比针尖还小的气度，指责他肆意诋毁。
惊魂甫定的魏忠贤恐惧化为愤怒，第一时间清算东林君子，他掘地三尺，调查君子们的背景，希望找出罪名。无奈君子们清正廉洁，一身正气，查无可查。
没有罪名就编造罪名，欲加之罪，何患无辞！魏忠贤派出许显纯，对东林汪文言严刑拷打，逼迫他诬陷杨涟行贿。
许显纯此人十分变态，他的出现使得诏狱成为名副其实的人间地狱——用刑没有限度，只有想不到没有做不到。在许显纯这里，板子和夹棍都是小儿科，他喜欢刷子和铁钉。刷子，不是普通的毛刷，是铁制的钢刷，蘸点盐水，直接对着人的皮肉刷，一刷子刷下去，连皮带肉，能薅下二两。铁钉，也不是普通的铁钉，是大号的铁钉，用法和普通铁钉一样，只不过它不往墙上钉，专往人身上钉。
汪文言遭到了极其惨烈的逼供，遍体鳞伤，哪怕此刻放出去，也命不久矣。但他没有屈服，临死之前仰天长笑：“这世上哪来贪赃枉法的杨涟（安有贪赃杨大洪乎）？”
他以性命诠释了什么是“义”，壮哉！
魏忠贤气疯了，汪文言简直是滚刀肉，但是没关系，我要你杨涟三更死，谁敢留你到五更！凭什么，就凭皇帝会支持我！魏忠贤撕破最后一丝伪装，直接传圣旨逮捕了杨涟和左光斗等人，押入诏狱清算。
杨涟被捕时，当地百姓哭号相送，对着官差大声喊冤，杨涟却说：“（我的罪名）无需辩驳！”
杨涟和魏忠贤是一对反义词，杨涟做事刚正不阿，他相信公道自在人心，也相信身正不怕影子歪，他并非心中有光，因为他本就是光。现在，这束光即将照进这世间最黑暗的地方，也将淹没于那黑暗中。但是，借着这束光，当时以及后世的人都将看见人性的极致丑恶与善良，他会刺破黑暗、撕开邪恶，也会证明正义长存。
不出意外地，杨涟在狱中遭到了比汪文言更加残酷的审讯。每五天他就会被提审一次，遭受严刑拷打。他下颌脱臼，牙齿掉落，浑身上下被钢刷刷到没有一丝好皮，鲜血洇满地面。
有些人活着是为了欲望，比如魏忠贤；有些人活着是为了大义，比如杨涟。杨涟不怕死，一个不怕死的人是不会被打败的。
魏忠贤再次感到害怕，以他的脑壳，无法理解世上竟有如此“冥顽不灵”之人。他下令加刑，他要让杨涟彻底死掉，你人都死了，还能赢我吗？
许显纯继续充分发挥他的变态，用铜锤砸断杨涟的肋骨，再用装满土的布袋压其胸口，可杨涟都没有死。
在这千古奇冤中，有那么一刻，杨涟也发出了天问，他在给儿子的信中写道：“人生梦幻，忠义千秋不朽，难道世道只是混浊的？”但他不后悔，不屈服，紧跟着又写：“读书做官，做得些好事，也不枉生一场。”
但行好事，莫问前程。
天启五年七月二十四日，夜，许显纯将一枚铁钉钉入杨涟的头骨，杨涟最终没有扛过去死了。
死前，杨涟留下一封血书，结尾写道：“大笑还大笑，一刀砍东风，于我何有哉！”
在这场善恶对决中，恶以压倒性的优势战胜了善。魏忠贤很得意，以同样的方式杀害了更多的君子。对他来说，最硬的骨头都敲碎了，从此世间再无敌手。
可他错了，黑夜再长，也有尽时，就算把所有人都关到黑屋里，也总有人会点亮烛火。太阳不在时，烛火便就是光明，若是打翻他们手中的烛火，他们就会把自己燃烧给你看，不为别的，只因燃烧就可以创造光，他们不是倒在黎明前的黑暗中，他们是在黎明前就带来光的人！
崇祯元年，破晓了，魏忠贤彻底倒台，遭迫害致死者的遗孤们开始上疏伸冤。
首先上疏的是原福建道监察御史周宗建的两个儿子，他们将父亲在狱中的遭遇写下：“昨日伤残剩骨，复遭惨讯奇凶……酷暑蒸腐，肢体残落。”死时“身填牢户，尸供蝇蛆……一丝不挂，身首零落”。朱由检还收到了一封杨涟生前写给朱由校的绝笔信，结尾如下：“但愿国家强固，圣德刚明，海内长享太平之福。涟即身无完肉，尸供蛆蚁，原所甘心。”是的，直到最后，杨涟心中所想仍是“天下太平”。
朱由检当即批准了所有抚恤和豁免。一下子，遗孤们被压抑的冤屈和愤恨统统爆发出来，他们甚至开始写血书，怨愤之情从血字中奔涌而出，不论是白天还是晚上，皆触目惊心，以至于皇帝不得不明确阻止。
崇祯二年九月，朱由检下达了为死难诸君子赠官衔、谥号的御旨。杨涟赠右都御史，谥号忠烈；魏大中赠太常寺卿，谥号忠节；等等。所有谥号都有一个“忠”字，表彰并肯定他们为大明王朝鞠躬尽瘁、死而后已的精神。
同时，还有人提出应该将因反对魏忠贤而丢官的人重新任用，并附上了一张含有九十个人的名单。经批示，这些官员开始被逐步起用、官复原职。
为了防止吏治进一步腐败，朱由检发出一系列谕旨，要求：撤回各处镇守的监军太监，暂停苏松等处织造，褒赠恤荫被害的大臣，禁止私自净身入宫。只可惜，再高明的医生也治不了晚期的癌症，面对深入骨髓的制度性腐败，这些新政措施也只是杯水车薪而已。
当然，无论如何，崇祯帝朱由检在面对满朝阉党时的冷静，决定根除阉党时的勇气以及与阉党斗争时的智慧，都证明了他是一个合格的政治家。钦定逆案也算得上是澄清吏治、荡除妖氛的大手笔，必将为历代史书所肯定。