魏忠贤的死不是结束，而是开始。他的势力依旧存在，就像横腰砍断的大树，表面不剩什么，其树根早已遍布朝堂的角角落落。若不把这些盘根错节统统挖出，彻底清算，日后必然枯木逢春，老树发芽，后患无穷。
房屋的清洁只需拿起拖把和抹布，忙活一下午，最多流点汗，朝堂的清洗可就艰难多了，流血又流泪那是常事儿。
都说官场水很深，阉党就不这么认为，因为他们就是水。大明朝上上下下，文武官员从内阁辅臣到边境小吏，但凡有个一官半职的，大多投了阉党阵营，人数之多，连魏忠贤自己都数不过来。皇帝现在要查阉党，大半人都得进去。官员们深谙法不责众之道，仗着人数众多，以为只要统一保持安静，就算是皇帝，也是没法动的。
朱由检看了看一言不发的监察官员，他们弹劾完崔呈秀又弹劾魏忠贤，群情激愤，结果魏忠贤一死，全变成哑巴了，可见身上烂账不会少。法不责众是不存在的，崇祯皇帝的朝堂不需要这样两面三刀的反水阉党，你们不是不愿意干吗？那就换人！一道考选令下达，新的御史立马有了。
很快，魏忠贤拉帮结派成立的小山头被挖出，其门下有“五虎”“五彪”“十狗”“十孩儿”“四十孙”。同时，五虎之首崔呈秀，拜其门下者亦不计其数，整个朝堂被搞得有如江湖帮派一般。既然是全面清算，那就不仅要干掉魏忠贤和客氏，这些“猫猫狗狗”“孝子贤孙”的玩意儿，有一个是一个也都要拉出来示众。
崔呈秀作为魏忠贤在外廷的代表，再次成为众矢之的。他曾坐拥少傅兼太子太傅、兵部尚书兼督察院左都御史等衔，帮助阉党同时掌握军事与监察两个部门，军政两不误，彻底杜绝“闲杂势力”干扰，全面把握朝廷命脉。这个德不配位的卑鄙小人，业务能力几乎为零，靠着溜须拍马就得到了别人一辈子都得不到的官位和荣誉，如果你是明朝的一名官员，你生不生气？愤不愤怒？
接下来，就是大快人心的痛打落水狗环节，以前被咬过的官员纷纷开启了复仇之路，再度深挖崔呈秀的罪行，包括借口铸钱把古物钟鼎熔化，假传先帝圣旨任命自己为兵部尚书兼左都御史，还有数不清的党同伐异、以权谋私、收受贿赂等行径。这些折子堆积如山，再也不泛泛而谈，每一行字都充满了细节，人物、时间、地点应有尽有。朱由检顺水推舟，当即批示：崔呈秀削籍为民、会勘定夺。
会勘定夺四个字一出，表明审判大会召开在即，崔呈秀基本上完了。
罢官在乡的崔呈秀一听此事，瞬间感受到了什么叫“时日无多”。带着对未来的恐惧和对过去的留恋，崔呈秀将这些年搜罗来的珍贵酒器一一排出，置于桌上，斟满美酒，与妻妾痛饮，饮一杯就摔烂一个，颇有“末路英雄”之氛围。然而，他不是英雄，再多再美的酒器也喝不成垓下的项羽，未来也不会有人给他写《夏日绝句》，他只会被钉在历史的耻辱柱上。
酒喝完了，崔呈秀拿着空荡荡的酒瓶，望着一地狼藉，愣在那里，就在刚才，这些残渣碎片还是价值连城的珍宝啊！就在前些日子，自己还是一呼百应的兵部尚书啊！为何眨眼的工夫，就这样了？倏地，一行老泪落下，手中酒瓶滑落，崔呈秀转身步了魏忠贤的后尘。
酒罢，器尽，人亡。
崔呈秀畏罪自杀，朱由检决定立刻籍没崔家的家产，想来是能大赚一笔的。谁知崔呈秀早留了一手，事先就已经把大部分金银地产秘密转移，查抄所得不过是九牛一毛。但就算是这样，也查出了房屋二十六所四千余间，田地三百余顷。
魏忠贤和崔呈秀悉数自尽，余下的乳母客氏不日也死在了浣衣局。待三人的定案文书拟好，朱由检于崇祯元年的正月二十六日颁布圣旨，将魏忠贤戮尸凌迟、崔呈秀斩首。
自上而下的清算火焰继续蔓延，魏忠贤的亲信太监们开始被清算，要么被斩首要么被发配。阉党的小山头从“五虎”开始，剥洋葱一样被剥至了“四十孙”，清查逆案的网越铺越大。
有必要介绍下的是顾秉谦，这位礼部尚书真本事没有，每天尽琢磨怎么结交权贵，在溜须拍马方面他是专业的。如何让魏忠贤看重自己？顾大人决定攀亲戚，联姻什么的太远了，他要亲自上，他要认魏忠贤当爹。可是一照镜子，顾大人发现自己比魏忠贤还老，硬件上实在有点吃力。
这难不倒专业人士，顾大人灵机一动，带着自己的儿子去拜见魏忠贤，往地上一跪，响头一磕，端起笑脸道：“请您认我儿当孙子吧。”魏忠贤从未听过如此“清新脱俗”的马屁，立马对这白胡子儿子宠爱有加，一举助他当上了内阁首辅。
大权在握的顾秉谦很快还获得了书写历史的机会——总裁撰写《三朝要典》。《三朝要典》主要记载万历、泰昌、天启年间有关“梃击、红丸、移宫”三大案的内容，然其撰写并不是为了记录历史，而是为了“编写”历史，给予魏忠贤专权正当性。
魏公公也是知道的，自己这些年来干的事必将遗臭万年，以前或许他还信奉什么“不能流芳亦当遗臭”，可等到成为了九千九百岁，他确定自己会在史书上留名后，开始不满足了：既然已经会留名，为什么不留好名？他拒绝受到万世唾弃，他要被敬仰，要受到跪拜，要为人们称颂。为此，他建生祠、编历史，充分地在时间和空间跨度中抢夺更多权力——话语权。生祠遍地的同时，《三朝要典》也诞生了。在这本书中，杨涟等东林君子被描述成欺君卖国之徒，罪大恶极，而他们——以魏忠贤为首的阉党，不，卫士——勇敢地和黑恶势力作斗争，打倒了恶徒，维护了正义。
恶心的顾秉谦甚至代替天启皇帝朱由校撰写了“御制序”，这样一来，这部书便是得到了皇帝的肯定，一般人万不敢再多言语。
消灭一个人，最好的方法是消灭他的人身，但消灭一个群体，就必须消灭他们的“文化”。铲除阉党不光是揪出他们的人，更要推翻《三朝要典》，为被冤枉的仁人志士平反昭雪。
崇祯元年三月，一个叫别如纶的人首先上疏，认为《三朝要典》出自阉党之手，满篇尽是歪曲历史之言，与皇上荡除奸佞的圣意有悖，必须重新审定。然而，当着“御制序”的面，别如纶说《三朝要典》与圣意有悖，显然是将当今皇帝置于同先帝矛盾的境地，这是万万不可的。为此，朱由检并未采纳他的意见，并在最后问了一句：有何矛盾？
这句话看似是反问句，其实是疑问句，朱由检在等一个回答。
一个月后，翰林院侍读倪元璐上了一道奏疏。这位仁兄就老辣多了，他文采斐然，头脑聪明，回答了别如纶未能答出的问题。他是这样说的：“臣观梃击、红丸、移宫三案，哄于清流；而《三朝要典》，成于逆竖，其议不可不兼行，而其书不可不速毁。”明确表明《三朝要典》是逆竖所为，是魏忠贤的私书，和正史沾不上一点儿关系，如今逆竖当除，其书自然也要销毁。
朱由检十分欣赏倪元璐这份奏疏，准备开干。不出意外地，此事受到了阻碍。当时朝中仍有大量阉党存在，他们不希望这件事推动下去，特别是内阁的来宗道。来辅臣使出“拖延”绝技，票拟了一个“事关重大，让礼部和史馆再讨论讨论”的谕旨，准备将其束之高阁。
朱由检最烦有人给他使绊子，谁阻碍他搞定阉党，那他就让谁滚蛋，他直接在后面接了“听朕独断行”几个字，强行推动此事。
断人前路如杀人父母，眼看《三朝要典》要被销毁，阉党分子一个个如丧考妣。据说翰林院侍讲孙之獬曾在内阁争吵，当场撒泼耍赖，号啕大哭，声动皇城，一点脸都不要。等稍微恢复理智，孙之獬依旧没有捡起地上的脸，他决定再找皇帝撒泼，发誓将无耻贯彻到底。
人不要脸则无敌，孙之獬举起了“御制序”的大旗，说皇上与先帝本是手足，怎么能如此痛下狠手、有悖祖考。“有悖祖考”是个大帽子，面对这事儿，皇帝的手也要抖三抖，毕竟封建王朝建立在此基础之上。
但朱由检并不吃这套，他坚定要根除阉党，神挡杀神、佛挡杀佛，敌人愈强他愈勇，一个小小的孙之獬居然如此嚣张，那更说明了根除阉党的手段还不够硬。
孙之獬的努力使得销毁《三朝要典》的进程加速了，销毁谕旨于五月初十颁布，同时声明今后不得以此书的论调决定是非臧否和人才进退。
此番拨乱反正来势汹汹，没有丝毫拖泥带水，显示了崇祯帝朱由检推行新政的决心——对阉党彻底清查，绝无姑息！