且说玄奘别了石槃坨，继续向茫茫戈壁进发。在后来他的徒弟慧立等人所写的《大慈恩寺三藏法师传》（后文均称为《慈恩传》）中，有这样的描述：
“自是孑然孤游沙漠矣。唯望骨聚马粪等渐进。顷间忽有军众数百队满沙碛间。乍行乍止。皆裘毼驼马之像。及旌旗槊纛之形。易貌移质倏忽千变。遥瞻极着。渐近而微。法师初睹谓为贼众。渐近见灭乃知妖鬼。又闻空中声言。勿怖勿怖。由此稍安。”
这段文字，描述了玄奘初入戈壁时的情景，大意是说：他骑着那匹赤色老马，孑然一身向沙漠深处走去。老马果然识途，哪里有马粪白骨，它就驮着法师往哪里走。前面似乎传来一阵响动，玄奘抬起头，猛然见几里远的前方，滚滚黄尘裹挟着千军万马扑面而来，战马嘶鸣，旌旗飞舞，隐隐约约可闻可见。正当玄奘惊得不知所措之时，黄尘和马队须臾之间又消失得干干净净，一个声音在空中响起，而且越来越远：“不要害怕！不要害怕！”
这里所描写的戈壁上的“千军万马”，现在看来，应该是“海市蜃楼”，不要说是在那个没有科学的年代里，即使是现在，一个有丰富科学知识的人，独自一人处于此情此景，未免也要吓出一身冷汗的，也许你知道那是光线透过不同密度的空气而产生的光学效应，可整日的孤独造成的心理压力，也会令你恐惧不堪，玄奘似乎没有害怕，至少《慈恩传》中没有这么写，相反，他还听到了“勿怖勿怖”的声音，从这一点就可以看出，他西天取经的愿望，是发自灵魂深处的，他会把一切的一切，都变成对自己有利的因素。
约莫走了八十余里，玄奘看到了第一个烽火台，为避免被台上的兵丁发现，玄奘找了个隐蔽的地方躲了起来。天黑后，玄奘牵马向前，来到烽火台附近。
如果不是因为取水，玄奘完全可以绕过烽火台。这戈壁上的五烽，就是建在五个水源地旁，每烽之间有上百里，正好是行路人需要取水的所在，所以尽管没有类似长城这样的屏障，人们也无法绕它过去。
玄奘趁天色黑暗，牵马来到烽下的泉边，先将马饮好，玄奘刚取出皮囊准备盛水，突然一箭飞来，从身旁飞过，差点射中膝盖，没容玄奘作出反应，又一支箭从身体的另一侧飞过，看来烽上的人并没有想射死玄奘，只是吓唬他一下。玄奘这时心里很清楚，自己被烽火台上的兵丁发现了，如果回头跑，就是不被射死，也会渴死在前行的路上。稍加思索，玄奘便大声呼喊：“我是僧人，从京师来的，请不要射我。”随即牵着马向烽火台走去。
台上兵丁打开门，放玄奘进来，管第一烽的校尉名叫王祥，王祥让士兵点起火把，认真打量后说：“他确不是我们河西的僧侣，像是从京师来的。”就问玄奘准备到什么地方去。
玄奘反问道：“校尉没有听凉州人说过有个叫玄奘的僧人准备到婆罗门求法去这件事吗？”
王祥回答：“听说玄奘法师已经向东返回去了，你是何人？为何到此？”
玄奘从马鞍上取出为西行求法上给朝廷的章疏及朝廷颁发的度牒给王祥看，王祥这才相信面前的僧人就是玄奘法师。王祥迟疑了一下说：“西方朝圣路途艰难险阻太多，法师终究是到不了那里的。你虽有度牒，私自出境也是违法，不过我不想加给你任何罪名，我也是佛门弟子，是敦煌人，这样吧，现在我将你送到敦煌。那里有个张皎法师，钦贤尚德，见到您会很高兴的，请你一定去他那里。”
在当时，各地的佛教信徒很多，谁如果能请到像玄奘这样的法师来到自己的故乡，那是一件很荣耀的事，王祥便是这种想法。
听到王祥这样的处理办法，《慈恩传》记载了玄奘回答的一番话：
“奘桑梓洛阳少而慕道。两京知法之匠。吴蜀一艺之僧。无不负笈从之穷其所解对扬谈论。亦忝为时宗欲养己修名。岂劣檀越炖煌耶。然恨佛化经有不周。义有所阙。故无贪性命。不惮艰危。誓往西方。遵求遗法。檀越不相励勉专劝退还。岂谓同厌尘劳共树涅盘之因也。必欲拘留任即刑罚。奘终不东移一步以负先心。”
这可谓是一段慷慨陈词，其大意是说：“玄奘家住东都洛阳，从少年时代起就仰慕佛教。洛阳长安的宗匠，东吴西蜀的高僧，我无一不去拜师求教，穷其所解。如果仅仅是为着谈说佛法、修名立业，岂有不听施主劝告去敦煌之理？然而生平所遗憾的是，佛灭之后我国经论不齐，现有经论释义亦不完整，贫僧之所以不顾惜性命，不惧怕艰难，誓往西方尊求遗法，施主不仅不勉励，反劝退还，恐非助人为善之举。如果想拘留，我甘认刑罚，玄奘绝不东移一步以辜负早年许下的愿望。”细品这段话，里面有进有退，有软有硬，理直气壮，不容辩驳。
听完法师一席话，王祥深受感动，而且有些惭愧之色，他对玄奘说：“弟子有幸遇到法师，怎么能不高兴？今天已经晚了，法师一路辛苦，尽管放心在此休息一夜，待明天我亲自送你上路。”
次日早饭后，王祥让人为玄奘加足水，并送来一些食物，然后亲自带人将玄奘送出十余里地，最后指着前面的路说：“法师从此路走，可直接到达第四烽，那里的校尉心地善良，又是我的宗族，姓王名伯陇，到那里就说是弟子介绍您去的，保你安然无事。”说着说着流出泪来，依依拜别。
玄奘走了一天，夜间来到第四烽，惟恐遭到留难，他打算偷偷取点水再往前赶路。可到水边还未来得及取水，一箭早已飞到跟前，玄奘又像在第一烽那样边报姓名边牵着马向烽火台走去。入得烽来，烽官盘问，玄奘回答“贫僧欲往天竺，路经此地，第一烽王祥校尉告诉我从这里经过，让我在此找王伯陇尉。”烽官听后很高兴说：“我就是王伯陇。”于是攀谈起来，再没有盘问其他，留宿一夜。第二天，王伯陇给了玄奘一个装水的大皮囊，又送给他一些马吃的饲料。王伯陇告诉玄奘：“法师不必经过第五烽了，那人粗疏，为免节外生枝，可从这里去。百里之外有个野马泉，到那里可以加水。”
离开第四烽不久，玄奘进入了长八百余里的莫贺延碛，古地名叫沙河（今敦煌至哈密间的沙漠地带）。
这个莫贺延碛我们至今仍能看到，它千百年来没有发生什么大的变化。如果你在兰新线上坐过火车的话，在甘肃省和新疆的交界处，就要穿过被称为“八百里戈壁”的戈壁滩，这就是当年的莫贺延碛。放眼望去，一望无际的砾石滩在阳光照射下闪闪发光。每当大风掠过，黄沙滚滚，遮天蔽日。整个地区人迹罕至，一派荒凉景象。
那么，这么大的戈壁滩是怎样形成的呢？科技工作者们通过研究得出结论：二百万年以来，特别是几十万年以来，中国西部地势不断上升，干燥气候地区不断扩大。这些地带表面沉积的砂岩、粉砂质泥岩以及砂砾岩等比较疏松的岩体在阳光和风沙的交互作用下，不断被风化剥蚀，变成大量碎屑物质。这些大小混杂的碎屑物质从山上崩解下来，开始在山脚下堆积起来。在洪水的作用下，被冲到较远的山麓地带，形成大面积的洪积平原。每当干燥季节，在大风的作用下，洪积平原上的碎屑物质中的细砂和尘土被吹到天空中，其中尘土被吹到千里外的地区，形成了黄土高原；而那些细砂则被风携带到附近，形成沙漠。粒径比较大的砾石，则被留在原地了，就形成了如今的戈壁滩地貌了。
时至今日，那片戈壁仍然是人迹罕至，“上无飞鸟，下无走兽，复无水草”。在蒙古语中，“戈壁”的意思是“难生草木的土地”，它的地面被砾石所覆盖，没有土壤，植被稀少，自然环境恶劣，人在这里是很难生存的。
在《慈恩传》中，对玄奘过莫贺延碛的情况写了几笔后，作者用“此等危难百千不能备序”一句就结束了，使后人对玄奘在过戈壁沙漠时到底受了多少苦没有一个明确的概念。
现代研究表明，人在戈壁沙漠中，发生中暑、晕厥、眩晕、幻听等症状的几率非常大，在这种环境中存留一天以上者，有百分之四十的人都会发生这些症状。玄奘过莫贺延碛，用了七八天时间，每当他唇干口燥，酷热难耐时，就会记起当年在成都时他帮助过的那个人教给他的《般若心经》，于是默默念诵，每当自己产生幻觉，恶鬼异类常常就会绕人前后，玄奘心中不惧，他也会念起此经，以此驱散虚幻中的恶魔鬼怪。
大约走到第四烽百里之外时，玄奘迷路了。王伯陇所说的野马泉怎么也找不到。又饥又渴的玄奘从马上往下取皮囊，准备喝点水，吃点干粮再向前行走。慌乱中失手，将皮囊不小心滑到马背的一另侧，掉在了地上，待玄奘绕过去时，一皮囊水早已流得无影无踪。万分沮丧的玄奘跨上马调头东归，想回第四烽补充点饮水和干粮，走出十余里，不觉后悔起来：“我早先发过愿，不至天竺终不东归一步，现在为什么要走回头路？不！宁可向西而死，绝不东还而生！”于是，重新调转马头，往西北方向进发。
夜间，路边的枯骨上泛起点点磷火，灿若繁星。白天，暴风不时卷起阵阵沙尘，豆大的沙粒撞在脸上身上，打得浑身生疼。嘴唇裂了，手脸皴了。四夜五天之后，老马一头栽倒下去，几天来滴水未沾的玄奘被摔倒在地，挣扎了几次都站不起来，他干脆半卧半躺在沙地上，口中默念《般若心经》，念着念着，竟睡着了。
在戈壁滩上行进，人每天到底需要多少水呢？在一本《军事训练中的健康维护》的书中有这样的叙述：
“……人体需水量随环境、温度、活动量、膳食类型和人体身材大小等因素而不同。就一个普通身材的人来说，当日平均气温三十二摄氏度时，每天必须喝五升水，最多可喝十升水。白天大部分时间停留在阴凉处不活动的人，一天也要喝五至六升水。在阳光下从事中等强度活动的人，每天大约需要七至八升水。在同样条件下，长时间紧张劳动者则需要九至十升水。如果白天气温在二十七摄氏度时，需要水量为三至七升。受热强而又活动量大的人，需水量每日约十二升或更多。根据我军的经验，在沙漠和戈壁中每人每昼夜平均需水量最低不应少于三升，此量不能超过三天。”
看了这段文字，我们不能不惊讶，玄奘是怎么活过来的！四夜五天的时间，就是不在沙漠戈壁中，如果不喝水，恐怕也到了生命的极限，况且玄奘是在这样恶劣的条件下呢！我们不得不猜想，玄奘之所以如此，一来可能是因为他在身体上有过这方面的准备，二来可能是精神支柱在起作用，如果单从科学的角度，实在是不好做出解释。
玄奘昏沉沉地仰卧在沙地上，奄奄一息，耳边仿佛响起观音菩萨的声音：“玄奘啊，你可要挺住呀！”
玄奘想睁开眼，可是就连这点睁眼的力气都没有了。他的喉头抽搐着，嘴无声地翕动着，默默地念着观音菩萨的名号。他在心中对菩萨说：“玄奘此行，不求财利，不求名誉，只为无上正法而来。救苦救难的菩萨啊，助弟子脱开苦厄吧！”
玄奘无声地喃喃着，心中生腾着力量。他微微睁开眼睛，希望能见到菩萨。夜空深处，仿佛无数颗眼睛在鼓励着他，夜幕笼罩的沙漠里，堆堆白骨燃着磷光，似乎要为他驱走恐怖……
但是那沙漠中充溢着的热浪让他难受，他又昏厥了。
在第五天的晚上，一阵凉风将玄奘吹醒，这凉风，减轻了玄奘的痛苦，他清醒了，可动弹不得，不一会儿就又睡过去了。睡梦中，玄奘梦见一位高大的尊神，挥着方天大戟对他说：“玄奘，为什么不赶快走？不要再躺下去了，快离开这里！”
玄奘心头一振，苏醒过来。拉了拉身边的老马，老马也醒来，还站了起来。玄奘骑上马，慢慢前行，大概走了有十来里路程，这匹曾经往返伊吾国十五次之多的老马，也许是由于它具有特殊的嗅觉，忽然改变了方向，拼了命似的，撒蹄狂奔起来，无论玄奘如何驱使它都不听。就这样走了几里，突然一片碧油油的草地，和一汪甘澄清澈的池水，出现在他的眼前。他高兴极了，这是幻影吗？他揉了揉眼睛。不，不是幻影，是真真切切的现实！那匹马儿欢快地嘶鸣着，分明是在向他报喜。玄奘把马留在草地上，自己跑向水池边，他真想一跃扑进水池中喝个痛快，可他没有这样做，这是什么原因呢？
在佛教的教义中，不杀生是列在首位的，怎么才算不杀生呢？并不是杀害像人、畜等大的生命算是杀生，就是小的蛐虫、飞蛾等也算杀生，于是就有“扫地恐伤蝼蚁命，爱惜飞蛾纱置灯”的说法。这还不够，在佛经中，讲到当年释迦牟尼的弟子阿难端来一钵水给佛祖喝的时候，留下一句话：“佛观一钵水，八万四千虫，若不持此咒，若食众生肉。”意思是说，就算是一碗水，里面也有无数的众生，出家人是不能直接饮用生水的。自显微镜发明之后，这个道理就很容易理解了，当时的人对生命有这样细微的观察和理解真是难能可贵。唐代的僧人，无论是喝水还是做饭，所用的水都要进行过滤，僧人都随身携带过滤用的罗网，那是一种极密的、用丝织品做成的网。僧人出寺，如果距离寺院二十里之外，就必须带上此网，以防口喝而食生水，食生水就等于犯了大戒。
见到绿洲和水池的玄奘当然是精神振奋了，他取来滤水的网，滤过后痛饮起来。饮完水，玄奘整顿衣裳，敛容静立，然后望空便拜，他相信，这片水草是菩萨点化成的，他望空拜了又拜，那老马也吃得差不多了，站在他的不远处，静静地看着他。
等天色快亮时，玄奘才吃了些东西，人和马在这块绿地上盘桓了一天，就已经把体力恢复得差不多了。然后玄奘从容地用皮囊装上水，又取了些马吃的草带上，趁着天色尚早不是很热，玄奘重新策马西行了。两天之后，终于走出流沙抵达伊吾（今新疆）。玄奘来到伊吾后，发现这里只有一座寺院，称为大觉寺，玄奘拉马进到寺中，见一僧人向玄奘迎面走来，没有说半句话，抱住玄奘大哭起来，玄奘见这人，也痛哭不止，这人是谁呢？