玄奘自从荆州出来，心情一直很沉重，这不禁令人疑惑。作为一个年青的僧人，他的成就可以说是无以复加了，在他之前之后，没有人在他这个年龄上如此辉煌，无论走到哪里，都是一片喝彩，僧俗两道中不乏崇拜者。那他还有什么可忧虑的呢？
此时，玄奘所思虑的是两件事：
一是佛教本身的宗派问题。到唐初的时候，佛教在中国已经有了许多的宗派，其中比较大的就有三论宗、华严宗、净土宗、天台宗、律宗、禅宗等，每一宗下还有许多的小派，如果把他们列成表系的话，可以说是非常壮观的。宗派多了按说是好事，可内讧频仍，这无疑消耗了自己的能量，也使广大的俗众无所适从。
二是李唐政权对佛教的态度。李渊父子自称是道教祖师李耳的后裔，李耳就是老子，因为同是李姓，可以为自己的门楣涂上神圣的色彩。这样，李唐王朝就自然而然地抬高道教地位，道教徒备受尊崇，而佛教徒则屡受裁抑。当时李渊在位时，曾在一些人的煽动下颁诏质问僧尼：
“弃父母须发，去君臣之章服，利在何门之中，益在何情之外？”
意思是说，父母给的须发你都不要了，君臣间相见时应该穿的衣服你都没有，这样合情合理吗？
之后，他就下令减省诸州寺塔、淘汰寺僧。因为当时政权不稳，再加上许多僧人的激烈反对，这一措施未得到有力的执行。
后来有一个叫傅奕的大臣，给李渊上疏，其中讲了许多佛教对国家的危害，还提出了具体的限佛措施。
虽说李渊当时没有采取傅奕的建议，但从中可以看出李唐王朝初期对佛教的态度是不友好的。
玄奘深深感到一种危机，他在荆州时得到的消息比在蜀中要多，屡次听人讲起这些事，不能不让他忧心忡忡。一是佛教内的宗派纷争，对教义解释的杂乱，一是道教的步步相逼和统治者的暧昧态度，一个内忧，一个外患，当时已经将普度众生为己任的玄奘，不能不为之烦恼。
玄奘自荆州继续沿江东下，按计划游历扬州、吴会等地。扬州也是当时佛教中心之一，吴会为南朝涅槃、三论与成实学派的重要地区。玄奘在蜀中所学大都是瑜伽学派的内容，对于其他的学派，他不但不排斥，反而很有兴趣。
在苏州，有一位六十岁高龄的智琰法师，玄奘专程去拜访了他。智琰字明璨，是隋代佛教成实派的代表人物。他对《涅槃》、《法华》、《维摩》等经典的研究非常深厚。当时智琰是东寺的住持。
玄奘来到东寺挂单，了解到智琰每月都要集会一日，建斋讲观，听讲的信徒有五百多人。玄奘和智琰一见如故，一起研学佛典，讨论佛理，相处甚是融洽，没几天，智琰对这位少年僧人的学问有了深刻印象。他积极地组织了一批能“解穷三藏”的名僧一起与玄奘讨论佛学，似乎想试试这位少年才俊到底有多大的本事。玄奘对此毫无异议，更无惧色，众人执经辩难，玄奘从容应对，还不时妙语连珠，引得众人啧啧称赞。智琰在一旁故作镇静，却是汗不能禁。他发现玄奘确是学问广博，妙辩无极。未等众人辩完走散，他便独自一人回到禅房。闷坐片刻，深感自己难以企及，又想到自己偌大的年纪，怕是一生也难达如此境界了，于是潸然泪下，悲叹自己是“桑榆末光”，而玄奘是“太阳初运晖”，一种老之将至，有心无力的感慨油然而生。从此以后，他对玄奘是“执礼甚恭”。而玄奘对智琰也极尊敬，两人终成忘年之交。
玄奘在智琰处研习佛法几个月，之后他北上相州，相州在今天的河南安阳一带，当时这里的佛事很兴盛。相州有个著名的法藏寺，它是隋朝僧人信行创立的三阶教的大本营。信行是相州人，十七岁在法藏寺出家，博览经论，受具足戒后，开始创立自己独具特色的三阶教理论体系，他认为佛灭后第一个五百年是“正法”时期，第二个五百年是“像法”时期，而现世是“末法”时期。在末法时期，众生所住都是“秽土”，因居秽土，所以众生“根性低劣”，因为根性低劣，修行的方法自然也就不能和“正法”、“像法”时期的众生所用方法一样，这时的“法”也不能再分大小，人也不能再分“圣”和“凡”，要普敬一切法，普敬一切人。
三阶教给人印象最深的不是它的教义，而是他们修行的方式。玄奘到法藏寺后，所见所闻令他瞠目结舌。
只见寺中僧人，全都从事苦役苦行。他们每天只吃一餐，还不在庙中吃饭，而到外面去讨饭。修头陀苦行，这个头陀行可不好修，就是在路上不管碰到什么人，不管是男女老幼，都要跪下磕头。玄奘来时，信行已经圆寂，只见到了信行的弟子灵琛。这个灵琛和尚苦修的功夫不亚于他的师父，只见他面色黝黑，弯腰驼背，浑身上下皮包骨头，衣衫褴缕。见玄奘来到，还硬撑着要行头陀行，被玄奘一把扶住。再看他身后的那些徒弟们，形容枯槁，面容憔悴，骨瘦如柴。玄奘对他们这种苦行做法虽不赞成，但对他们苦行利他的精神却颇为同情。
后来玄奘回到长安才知道，这三阶教发展却是很快，他们劝人行十六种“无尽藏”行，也就是劝人布施，凡是加入无尽藏的，每天至少要舍“一分钱或一合粟”。这一理论的提倡，使得三阶教的经济实力大增，在很短的时间内，他们在长安就建立了许多新的寺院。他们对财物的大量占有，引起了统治者的不满，之后不久，就被封杀了。
玄奘到相州来，还有一件重要的事，就是师从慧休法师学习《杂心论》。《杂心论》又称《杂阿毗昙心论》。慧休法师是遍读诸经的佛学大师。他的住寺在相州南街的慈润寺。玄奘在这里学习了几个月，对小乘毗昙学进行了深入研究，这对他后来开创法相宗是十分有益的。
说到这里，我们得提一提大乘和小乘的问题了。这大乘和小乘和玄奘所学佛法关系重大，玄奘所学基本上都是大乘佛教内容，但他对小乘佛教内容也很精通，后来到印度后，在辩经问难中，大小乘都精通的玄奘取得了得天独厚的优势。
在吴承恩的《西游记》中，也提到过大乘和小乘两个教派的问题。在描写唐太宗举办“水陆大会”超度众鬼时，各地高僧和京师官民云集长安化生寺，听坛主唐僧讲演诸品妙经。这时化为癞和尚的南海观世音菩萨近前来，拍着宝台厉声高叫道：“那和尚，你只会谈‘小乘教法’，可会谈‘大乘教法’么？”玄奘闻言，心中大喜，翻身跳下台来，对菩萨起手道：“老师父，弟子失瞻，多罪。见前的盖众僧人，都讲的是‘小乘教法’，却不知‘大乘教法’如何。”菩萨道：“你这小乘教法，度不得亡者超升，只可浑俗和光而已；我有大乘佛法三藏，能超亡者升天，能度难人脱苦，能修无量寿身，能作无来无去。”正因为这“大乘佛法”，才引出了唐僧的西天取经。
而事实上，玄奘当时最精通的应该是大乘佛教的内容。菩萨所谓小乘佛教“度不得亡者超升”，大乘佛教“能超亡者升天，能度难人脱苦”等说法，基本上反映了小乘佛教和大乘佛教两大派系的不同特征。佛教所谓“乘”，意为乘载物，如车、船等运载工具，也引申为运载或道路。按大乘佛教说法，“小乘”佛教的车子载重量小，路子窄，只能运载少数人超脱苦海到达涅般槃彼岸，所以叫“小乘”；“大乘”佛教的车子载重量大，路子宽，能载无量众生，从苦海的此岸到达解脱的彼岸，所以叫“大乘”。佛门的“普度众生”、“人人皆可成佛”等观点就是出自大乘佛教。
从公元一世纪起，大乘佛教在印度本土兴起。原因是日益增多的佛教徒不愿受上座部（即小乘佛教）的严格戒律约束，而上座部也不允许外道思想污染佛陀教义，这样，多数僧众就流向大众部（即大乘佛教）。大众部戒律相对宽松，也易容纳新奇思想和外道异说，于是大乘佛教趁机兴起。一部部大乘经典相继出世，如《般若经》、《法华经》、《华严经》、《无量寿经》等都是很重要的大乘经；同时也涌现了一些大乘法师，如龙树、无著、世亲等。龙树及其弟子提婆开创了大乘佛教的中观学派，无著、世亲兄弟则开创了大乘佛教的瑜伽行派。瑜伽行派又称唯识学派，玄奘从印度取经回国后，大量翻译的就是此派的著作，并据其学说创立法相宗。
玄奘在相州跟从慧休学完《杂心论》后，又北上到了赵州。挂单在赵州的观音院（今柏林禅寺），拜道深法师为师，研习《成实论》。《成实论》大概成书于二世纪中叶，是印度佛教小乘中最后的经典之一，也是从小乘过渡到大乘空宗的一部重要著作。《成实论》包括了佛教许多基本哲学范畴，是佛教徒初学的佛教手册。此论经鸠摩罗什译成中文后，在南朝齐、梁、陈间，逐渐形成成实学派，隋时，由于天台宗（天台智者大师智立，又称法华学）兴起，成实学派渐入衰落。而道深是隋唐之际成实学派的大师。
玄奘随道深共学习了十个月，这十个月中，他足不出寺，白天向道深讨教，晚上就挑灯读书。十个月下来，便对《成实论》完全理解了。
一日，早课完毕，道深法师将玄奘叫到自己的禅房，坐下许久没有说话，玄奘看出来，老人家似乎有什么要说，又不好启齿。
“师父，您有什么训示请尽管道来。”玄奘先开了口。
“玄奘法师，千成不能这样讲，你岁数虽幼，但学识并不在我之下，我今有一事相求，万望法师不要推辞。”
“师父有话尽管道来，玄奘尽力而为就是。”
“你来我寺中已近一载，这里的情形你早已知晓，我年近老朽，可这寺中僧众，竟无一人能承我衣钵。徒儿不少，可能如法师这样精进者，未见一人。我担心，这偌大观音院，怕是于我圆寂后香火渐歇。我意欲求法师屈尊住持此寺，万望不要推辞。”
听了这话，玄奘心中无比激动，一来是他感激道深法师的一片真情，二来是自己已学通诸法，另有打算，怎么会把脚步停留在这样一个小小的寺院呢？
思量片刻，他把自己还想到别处游学，并将佛法光大的想法如实告诉了道深，道深听后，叹了口气，对玄奘道：“实我早知你意，只是我不甘心而已。”
秋风吹拂着北方的田野，赵州桥头的晨光中，玄奘和智深法师，一老一少执手而别，别离时智深法师老泪纵横，玄奘也泪湿袈裟。
之后，玄奘直奔长安而来。
在长安众寺当中，有座大觉寺，寺内住持道岳法师远近闻名。他精通《俱舍论》。《俱舍论》为《阿毗达磨俱舍论》的略称。它是世亲根据《大毗婆沙论》参以小乘经量部的教义，对于小乘有宗的《婆沙》教义有所修订而作。“俱舍”义为包藏，是说它包藏了根本阿毗达磨的要义。它是一部总结小乘各种学说向大乘有宗过渡的重要论著，详尽地描述了佛家的时空观念等重要思想。真谛把它译成中文二十二卷。道岳本人著有《俱舍论疏》二十二卷，成为唐初研究俱舍论的大家。
玄奘到长安后，就到大觉寺挂单。他拜道岳为师，学习《俱舍论》，别人三遍五遍都学不懂，他一遍就能领会要旨，经他看过的经论，他均能烂熟于心。长安还有法常、僧辩两位大德，他们“解究二乘，行穷三学”，被誉为“上京法匠”，徒侣众多，中外闻名。玄奘又分别向他们学《摄大成论》和《俱舍论》，深得其精髓。法常和僧辩极为叹赏，他们对玄奘说：“你可称得上是我佛门千里驹了，佛学的振兴看来要由你去完成了。”玄奘还向大德玄会学习《涅槃经》，仅一遍，就深得其旨。玄会对他说：“人们赞誉你是佛门千里驹，此言不虚。你可要努力呀！不要辜负了大家对你的期望。”
玄奘所学，虽然囊括《涅槃》、《成实论》、《摄论》、《俱舍论》等诸多佛学经典，但他更加感兴趣的却是《摄论》和瑜伽行学派的思想。玄奘以前，翻译这一典籍的，主要是南北朝时期的真谛。然而，真谛的翻译，不仅数量少，而且质量差，几部经读毕，玄奘感到其中许多地方的翻译很不合适。
这时有一个天竺的僧人来到长安，名叫波颇。来到长安后，玄奘几次去向他请教，释疑解难之余，波颇还向玄奘介绍自己曾经就学过的那烂陀寺，对于这个寺，玄奘极感兴趣。
因该寺院南面花园中有一池，传说池中有龙那烂陀而得名。如来生前宣扬菩萨道时，国王为其建此寺院，由于鳏寡孤独者常常从这里获得施舍，所以人们又称其为施无厌寺。最初，由五百商人用十亿金钱买下附近的庵没罗园施舍给佛祖如来在此说法三个月，多数商人最终都得到正果。如来涅槃后，当地国王铄迦罗阿迭多敬恋佛祖，在这里建造伽蓝（寺庙）。其后，三世国王恒他揭多、四世国王婆罗阿迭多、五世国王伐阇罗以及中印度王六帝相承，各加营造，使之成为全印度规模最大的佛教寺院，僧徒主客常有万人，同时兼学大乘十八部以及《吠陀》、因明、声明、医方、术数。全寺能解经、论二十部者千余人、三十部者五百余人、五十部者九人。那烂陀寺持戒严谨，建寺七百余载“未有一人讥过者。国王钦重，舍百余邑充其供养，邑二百户，日进税米、酥乳数百石。”目前住持戒贤法师精通三藏，三十岁时即代表护法大师破除异道，当时的国王专门建造寺庙酬谢他。接替护法大师主持那烂陀寺以来，佛法上兼收并蓄，提倡博采众长，不主张专讲一宗一派。寺内每日开讲筵百余所，“学徒修习，无弃寸阴。德众所居，自然严肃。”波颇所讲的这一切，无不令玄奘心驰神往，他发下宏愿：今生今世，一定要去朝圣那烂陀！
于是，玄奘开始了他西游的准备工作，正当他全身心地筹划时，一纸诏书来到他面前，面对朝廷的诏书，他呆呆地发愣，到底这诏书上写的是什么呢？