万历皇帝梓宫的左侧，放置着他的原配孝端皇后王氏的棺椁，其大小形状和右侧孝靖皇后的棺椁相同，保存较好。尽管椁的外侧出现裂缝，但无塌陷。从已脱漆的木质看，亦为香楠木制成。
椁的盖部放置着两个形体不同的青花梅瓶，白地青花，周绘龙纹，色彩与质地犹如宫廷中摆置的梅瓶一样光艳夺目。两个梅瓶的底款分别是“大明万历年制”和“大明嘉靖年制”。由此推断，这是孝端皇后生前宫中的陈列品。
这种形式的梅瓶，在1951年北京西郊董四墓村明代贵妃墓的发掘中也有出土。明朝的妃嫔，除极少数受皇帝的宠爱被埋在十三陵内，多数都埋在此处。梅瓶作为殉葬品，可能是当时宫廷丧葬的习俗。
发掘人员撬开木椁，一口木棺露了出来。棺外有椁，意在以椁护棺，从而更有效地保护尸体。从国内外出土的帝王陵墓来看，棺椁质料不同，层数也有较大差异。在埃及图坦卡蒙法老陵墓的发掘中，就曾发现有石椁和用两层黄金制作的棺。而中国晚期朝代的帝王，则大多采用两层木质棺椁的形式。这从定陵和清东陵帝后的墓葬中可得到证实。
在孝端棺木的两侧，放置着四块玉料。这种玉料在帝后三人的棺椁外侧已发现二十七块，到清理结束发现，唯独孝端的梓宫内又增放四块。玉料大小形态不一，大部分都有文字。有的用墨笔直接写在玉料上，有的贴着有墨笔字的纸，也有的两者兼备。写在纸条上的文字大都工整清晰，写在玉料上的笔锋粗糙，字体粗大，且不清楚，少数还有编号，都是记录玉料的名称、重量：
玉料十三斤
菜玉一块重十三斤
六十八玉料十五斤
六十八
菜玉料一块重十五斤十二两
七十二号
浆水玉料一块重十
浆水玉料一块重十一斤
二斤八两
浆水玉料一块重二斤八两
…………
根据文字记录，最小的一块一斤十两，最大的一块四十八斤。有一块写明十三斤，发掘人员试称则是十六斤半，不知是当初的失误，还是明代度量衡与今天的差异，或者玉料本身发生了变化。其中一块玉料似有一条锯过的缺口，大概是当初用绳索之类的东西捆勒而成。在另一块玉料上，还特别标明“验收人”三字。
孝端皇后随葬器物箱中出土的玉佩
中国历代帝王的殉葬品中，大多放有玉料，即所谓的“金井玉葬”。“金井”是为了接地气，保证灵魂长生不灭，“玉葬”则是为了保证尸体不腐烂变质。据《汉书·杨王孙传》称“口含玉石，欲化不得，郁为枯腊”。
玉料殉葬自战国时期开始有了新的变化。在河南洛阳的考古发掘中，曾清理过一批战国时期的墓葬，发现有些死者的面部有一组像人脸形的石片，身上也有石片，脚下还有两件兽形石片。这些石片上都有穿孔，可能是为了编缀在一起以便覆盖在死者的面部和身上，这就是后来出土的玉衣的雏形。
到西汉时期，帝王对玉料护体更深信不疑。他们不再满足于用玉料殉葬，而是把玉片制成衣服，套在尸体之上，一同入葬，以期尸体永世长存。这种观念在东汉时期达到了极致。河北满城汉墓出土的刘胜、窦绾夫妇的金缕玉衣，为此提供了证据，同时也打破了《汉书》记载的“口含玉石，欲化不得，郁为枯腊”的神话。尽管刘胜和窦绾除身穿金缕玉衣外，还在胸部和背部放置了许多玉璧，且口有玉含，鼻有玉塞，两眼有玉石掩盖，两耳有玉填，结果，1968年发掘人员清理他们的墓葬时，却见玉衣尚存，而其中的尸骨朽烂得仅剩几枚残齿和一些骨渣。
以玉衣作为葬服，从西汉一直延续到东汉末年，到三国后期，魏文帝曹丕认为，此乃“愚俗作为”而下令禁止使用。从考古发掘的情况看，也确未发现魏晋以后的玉衣，由此推断，这种习俗可能从魏以后真的被废除了。
魏晋以后的帝王陵寝中，虽然也有玉料、玉器出土，但从规模和质量来看，不再考究，只是一种象征而已。定陵玄宫出土的三十一块玉料中，只有浆水玉、菜玉两种。浆水玉略带浅青色，表面稍有些润泽，菜玉像枯萎的白菜叶，浅黄中伴有浅绿。据《格古要论》的评述，两种均为玉中下品，很可能来自新疆、甘肃等地。
但从随葬木箱中清理出的玉制容器来看，却是别具一番风采。这些碗、盆、壶、耳杯、爵等器物，质料细腻润泽，琢工精致，不少器物上都配有金制附件，镶有宝石、珠玉，显得光彩照人。细心的观光者如果注意一下摆在定陵博物馆橱窗里的那只玉碗，就不难窥见这批玉器纯美的质地和精湛的艺术造型，即使站在镶有玻璃的橱窗外，也能在碗的一面透视到另一面。其通体之细薄，造型之优美，光彩之夺目，如果不具备先进的技艺、奇特的构思和熟练的操作能力，是断然达不到如此辉煌灿烂的程度的。
把殉葬的玉料和容器进行比较与研究，不难看出明代对玉葬的观念，已不在保护尸体，而仅仅是一种形式了。孝端皇后的棺木很快被撬开，里面露出一床绣有莲花和九龙纹的织锦被及殉葬的衣服、金器、漆盒等物。发掘人员小心翼翼地一件件取出，皇后的尸体出现了。
只见她上身穿一件绣龙袄，下着绣龙裙和黄缎裤，静静地躺着。绣龙袄袖筒肥大，通体用黄线缂丝制成，绣有蝙蝠、寿字和令人恐怖的“卍”符号。两袖之上，由于织品的宽幅不够，出现了接头的痕迹，但接上的用料寿字倒写，蝙蝠也是头向下，别的衣服也常有字迹倒过来的现象。这显然不是一种失误，而隐含有一种“福到来”和“寿到来”的寓意。这是一种建立在方块字加丰富想象力基础上的独特文化，大概只有中国人才可能有这种文字游戏和思维方式。三个世纪后，在中国城乡到处出现了姓名倒写的“打倒×××”的木牌，大概就是这种文化传统的延续。
孝端皇后棺内出土的织金罗立领女衣纹样
孝端皇后的肌肉已经腐烂，但骨架完好。她头西足东，左臂下垂，手放腰部，右臂直伸；下肢交叠，左脚在上，右脚在下。裤管扎在袜子内，脚腕外用细带勒住，下穿一双软底黄缎鞋；依然像在皇宫一样，端庄文雅，向南侧卧。
孝端皇后棺内出土的金八棱形盒（开启）
孝端皇后棺内出土的黄琉璃香瓶
孝端皇后尸体着衣情况
万历一朝，在张居正死后三十余年的漫长岁月中，朝廷逐步走向混乱和衰亡，皇帝昏庸，廷臣无道，相互钩心斗角，厮杀得不可开交。这时只有两个人清醒着，一个是首辅申时行，另一个就是孝端皇后王氏。
中国历朝的制度，按理应当说是不能听任党争发展的。尤其在万历一朝这种混乱的局势下，只有使全部文官按照“经书”的教导，以忠厚之道待人接物，约束自己的私心，尊重别人的利益，大事化小，小事化无，朝廷才能上下一心，同舟共济。要是官员们口颂经典中的词句，称自己为君子，别人为小人，在道德的掩盖下夺利争权，这就是把原则整个颠倒了。这种做法无疑会导致文官集团的涣散，进而导致帝国无法治理。这不必等到1620年，万历的棺椁抬到大峪山下葬的时候才明白，早在1587年，申时行就曾鹤立鸡群地站在帝国的最高处，得出“自古国家未有如此而能长治久安者”的结论。在大明帝国江河日下的危急时刻，申时行竭尽全力，以种种方法缝补皇帝与臣僚、臣僚与臣僚之间的裂痕。可惜，这种调和折中的苦心，在帝国制度强大的惯性面前显得捉襟见肘，最后以失败告终。
尽管孝端王氏从来没有真正得到过万历皇帝的爱，但她能够清醒地认识到自己的地位和处境，以一个中国女性特有的驯服与忍耐力，做着自己应该做的一切。她在道德与人性二者的夹缝中，找到了一条适合于自己生存的道路，并以她的殷勤、守制，给万历的母亲和臣僚留下了良好的印象。足以体现她清醒的事例，是对“国本之争”的处理。在长达数十年道德与政治的旋涡中，她既不倾向臣僚，也不指责万历，只是以她的聪明与机智，站在二者之外，洞若观火，使争斗双方都对她无可奈何。即使后来万历皇帝在争斗失利之后，想对她施以打击，废掉她的皇后地位，却由于她在处理诸多问题上完美无瑕，而不得不打消这个念头。
她一生无子，而又得不到皇帝的爱，作为最有权力享受一切的皇后来说，这无疑是个悲剧。但她面对现实把痛苦埋在心里，清醒地认识到在这场悲剧中自己要扮演的角色，并义无反顾地演下去，才没有像王恭妃、郑贵妃，以及其他宫女妃嫔那样更加悲惨。或许这也算作一种不幸之中的万幸吧。
她安详地躺在万历皇帝身边，头枕一个长方形锦制枕头，残存的发绺上插满了镶有宝石的金簪，冷眼观望着世间的一切。她那交叠的双腿，给人的印象依然是超尘脱俗、看破阴阳两个世界的非凡女性。
她头上的装饰显然比孝靖皇后的昂贵与华丽，几乎每一根金钗玉簪上，都镶有祖母绿和猫睛石。猫睛石在万历一朝曾是宝石中最珍贵的品种，据说它产于南洋一带，物以稀为贵，堪称无价之宝。史书中曾有这样一段记载：江南一位少妇，头带一支镶有猫睛石的簪子，虽然猫睛石并不太大，但被一位商人发现后，用极为昂贵的代价仍未到手。于是，狡猾的商人设法结识了她的丈夫，且终日以酒席相待。如此两年，最后商人才透露了他的心愿，猫睛石方到手中。这个故事不免具有野史性质，但由此可见猫睛石的稀有。
孝端棺内出土的镶珠宝金簪
孝端皇后棺内出土的镶宝镏金银簪、玉龙戏珠金簪、镶宝镏金银簪
出自随葬器物箱中的孝端皇后的六龙三凤冠
孝端皇后的六龙三凤冠（局部）
在孝端皇后尸骨的下面，铺有一床缀着整整一百枚金钱的褥子，金钱上铸有“消灾延寿”的字样。褥子两侧，放置了大量的金钱元宝。元宝两面都刻有文字，刻文内填朱。其文字为：
金钱拓本及摹本
上：九成色金十两
底：万历四十六年户部进到宛平县铺户徐光禄等买完
上：九成色金十两
底：万历四十六年户部进到大兴县铺户严洪等买完
从元宝的刻字看，都是九成色金十两锭，且均为万历四十六年（1618年）宛平与大兴二县所进，铺户也只有徐光禄和严洪两家。这就更加证实了史料中关于除“金取于滇”之外，京师的专设铺户也必须为宫廷重价购买的记载。
孝端皇后棺内出土的金锭
孝端棺中的金银元宝为孝靖所没有，有些史学家认为是万历对孝靖的薄葬造成二者的差异。这个说法难免有些偏颇。因为孝靖葬时仅为皇贵妃，而孝端葬时则为皇后，按照当时的等级制度，自然不会等同。