万历十一年（1583年）七月二十六日，皇帝诏谕内阁，淑嫔郑氏因孕，晋封德妃，是为九嫔中第一位封妃之人。八月七日，行德妃册封礼，遣定国公徐文璧、成国公朱应桢为正使，大学士申时行、余有丁为副使，持捧节册，册封淑嫔郑氏为德妃。万历在德妃册文中，对郑氏礼赞道：
柔嘉玉质、婉嬺兰仪。九御升华，恪守衾裯之度。双环授龙，弥遵图史之规。宜陟崇班，用彰异渥。
同年十一月二十七日，郑德妃生下皇次女云和公主。万历闻知，大喜，要求取太仓银十万两、光禄寺银五万两庆祝小公主降生。不久，他又为女儿取名为轩姝，取朱家爱女之意，足见喜爱之深。至此，郑氏开始在万历一朝崭露头角，对未来的万历皇帝及大明王朝，产生了极其严重的影响。许多年后，史家黄仁宇在他的《万历十五年》中认为：郑氏一生，之所以能赢得万岁的欢心，并不只是因为她的美貌，更多的是由于她的聪明机警、通晓诗文等他人少有的才华，如果专恃色相，则宠爱绝不可能如此历久不衰。
黄氏之言，自有其理。随着内阁首辅张居正的去世，万历摆脱了翰林学士的羁绊，尤其在他晋封王氏为恭妃并成为父亲之后，慈圣太后不再干预他的生活。经过了养儿育女的人生一关，同大多数青年男子一样，万历皇帝这时才在真正意义上成年了。他已经没有时间和兴趣再跟小宦们胡闹，严酷的政治现实迫使他励精图治，挽帝国于危难，扶大厦之将倾。他命令大学士把本朝祖宗的宝训抄出副本供自己参考，又命令宦官在北京城内收买新出版的各种书籍，包括诗歌、论议、医学、杂剧、话本等供自己，加深对中国文化的进一步了解。而当他读罢极富传奇色彩的，以及富有悲剧意味的杂剧后，不免心中涌起淡淡的哀愁，自己贵为天子，有时却不比一个黎民百姓更为幸福和自由。他在崇拜那些英雄豪杰丈剑走天涯的同时，更渴望张生与崔莺莺那般浪漫的爱情，希望得到一个自由幽会的乐园。
一天夜里，万历住在郑妃宫中，无意间哼了一段《西厢记》唱词：“青山隔送行，疏林不做美，淡烟暮霭相遮蔽。夕阳古道无人语，禾黍秋风听马嘶。我为甚么懒上车儿内，来时甚急，去后何迟？”
万历刚一唱完，身边的郑妃立即唱出了下段：“四围山色中，一鞭残照里。遍人间烦恼填胸臆，量这些大小车儿如何载得起？”
这里需特别提及一点，许多史料曾流传郑妃生于北直隶顺天府大兴一个贫寒之家，本名郑梦境。当朝廷选妃的消息传来时，全县一片惊恐哗然，许多少女为躲避册选连夜出嫁。郑梦境的父亲郑承宪也匆匆把她许给某孝廉为妾，并火速举行成婚之礼。但在迎娶之时，父女相对，悲恸不已，谁知哭声被过路的太监听到。太监们进门察看，只见郑氏生得十分俊俏，立即禀报主事官，郑家乃被强行中断婚礼，郑梦境被带进宫墙之内遴选。凭借如花似玉之身，郑梦境进入九嫔之列，位居第二名，得以侍奉万历。有研究者认为，从郑氏入宫后表现的聪明才智和对《西厢记》了如指掌来看，郑氏并非出自一个贫寒之家，至少属小康人家。若家境极度贫穷困顿，要准确无误地背诵出《西厢记》唱词，几乎是不可能的。
明宣宗行乐图。由此图可推知万历皇帝的宫廷娱乐生活亦不过投壶等单调的技艺
郑妃唱完，脸颊绯红，两眼含满泪水，果有崔莺莺和张生十里长亭诀别之态。万历皇帝大为震惊，想不到在自己身边竟有这样通达诗文、多愁善感的女才子。他激动地上前抓住郑妃的玉手道：“爱妃怎晓得这唱词？”
“这崔莺莺和张生的故事谁不晓得？我很小的时候就听过乡里人传唱，听了多少遍呢。”郑妃从容不迫地答道。
年轻的万历皇帝由惊转喜。多少个岁月的求索挣扎，今日终于找到了一个知音。有道是人生得一知己足矣。自此以后，万历经常来郑妃宫中，向这个女人倾诉自己的惆怅和政治抱负。郑妃凭着机智和聪敏，觉察到身边这位皇帝虽然贵为天子，权倾四海，但实质上既柔且弱，精神空虚孤独，没有人给予同情和理解。即使他的亲生母亲慈圣皇太后，也常常把他看成一部传宗接代、光宗耀祖的机器，而忽视了他毕竟是一个有血有肉、既能冲动又会伤感思怀的人。基于这种了解和理解，此时的郑妃已透彻地看清了作为一个异性伴侣所能起到的作用，可以说，郑妃是在最适当的时机走进了万历的生活之中。既然机会已经到来，就应紧紧抓住，发挥最大的能动性，以自己的青春热情，去填补皇帝精神上的寂寞，从而达到自己预期的目的。
皇都积胜图（局部，明·佚名绘）描绘了明代中期北京城以及郊外情景。此为瓮城至大明门一段画面：瓮城内外，棋盘街上，商贾云集，货品齐全，人来人往，气氛热烈。图后有万历三十七年翁正春长跋一则
郑妃很快理解了命运为她所做的安排，在一入宫门深似海的紫禁城，几乎所有的妃嫔都对皇帝俯首帖耳，百依百顺，心灵深处却保持着距离和警惕，郑妃却反其道而行之，在皇帝面前表现得天真烂漫、无所顾忌。她敢于以伴侣的身份挑逗和讽刺皇帝，跟皇帝说话时不再低首弯腰，一副奴才相，反而把皇帝当作玩伴，尽情玩闹，兴起时甚至抱住皇帝，摸他的脑袋等部位……这种“大不敬”的行为，除她之外，无人敢如此。当然，装傻充愣的憨闹是有限度的，更多的时候，郑妃则安静地站着或坐着，深情地望着对方的眼睛，默默聆听皇帝的倾诉，并替他排忧解愁。在名分上，她属于姬妾，但在精神上，他们却是一对相互关爱、心心相通的伴侣，而万历也从她的眼神和话语中，感到了精神交流的力量。正是郑妃这一不同寻常的表现，万历才把她引为知己而倍加宠爱，并在晋升的通道上一路攀升。
万历十二年（1584年），集三千宠爱于一身的郑妃第二次怀孕。八月七日，万历皇帝遣定国公徐文璧、大学士申时行为正使，恭顺侯吴继爵、彰武伯杨炳、大学士许国为副使，各持捧节册，进封郑氏为贵妃。同年十二月二十九日，郑贵妃生下皇次子朱常溆，可惜不幸当日夭折。万历十三年（1585年）正月十九日，皇帝追封次子朱常溆为邠哀王，遣成国公朱应桢、大学士申时行持捧节册行礼，后安葬金山。
据万历朝户科给事中姜应麟的后人于《先太常公传略》载，郑贵妃身怀皇帝次子时，宠冠后宫已三年矣，万历皇帝与之戏逐，而伤身，致皇次子早夭。郑贵妃因而怨怼于皇帝，万历怜惜贵妃，便与其私下盟誓，“若再有生子，必立为东宫”。后皇三子出生，皇帝果然特加优待。
万历十四年（1586年）正月初五，毫不气馁的郑贵妃再接再厉，生下皇三子朱常洵，大喜过望的万历皇帝命取太仓银十五万两，用以庆祝皇三子出生。
按照史家黄仁宇先生的说法：多少年后，首辅申时行辞职家居，回忆起他在担任首辅的八年中，曾经看到万历皇帝有过精神焕发、励精图治的雄心壮志。尤其是在万历十三年（1585年）张居正一案落实后，郑贵妃生下儿子朱常洵之前的几个月，皇帝对首辅申时行提出的治国要求，总是大加支持，并热心参与各种典礼。在形式化的帝国制度中，表面的支持即实质的参与，它足以策励群臣百姓勤俭笃实，挽帝国于危难。皇帝的这番作为与他和郑贵妃邂逅相爱有无关联，申时行没有提及，但从明代史料中，可以见到这样一个特殊的事例。
万历十二年（1584年）入冬以后，京都出现干旱，尤其是到了春夏之交的季节，干旱越发严重，以致河流干涸、麦禾枯焦。在各地官员向天求雨而无结果之后，皇帝决定亲自到天坛向“天父”求援，以向普天之下宣示他关心子民苦难的诚意。
按先朝规定，万历三天前便开始斋戒，并在宫中奉先殿默告祖宗，给上天写一封十分虔诚的求援信，署上“臣朱翊钧”，先一日送到南郊坛庙。
天坛圜丘坛
五月十六日，旭日东升，光华万里。万历皇帝穿戴整齐，由皇极门开始步行，百官则在大明门列队以待。京城百姓多年来第一次看到这样庄严而朴素的仪式。皇帝一个人健步走在前边，后边跟随的是首辅申时行和六部大臣等，而文武官员各两千人则列成单行，两两相对，浩浩荡荡，伴随皇帝一起向天坛进发。皇帝、文武百官和宦官一律身着蓝色布装，只是领部和下缘以黑布镶边，平日的金银玉带全被牛角带所代替。以前“肃静”“回避”等仪仗、警示牌，由于皇帝的圣谕而被取消，子民们聚集到街旁，为能一睹天颜而感到幸运。相貌端正、脸圆短须、身材略胖的年轻天子，以虔诚的姿态，迈着稳健的步伐向前行进，目睹者无不为之动容。
而此时，最激动的恐怕要数皇帝本人了。遥想当年，首辅张居正阻止了他的书法练习，令其感到不快；母亲不让他出游嬉玩，令他感到委屈；宦官冯保的监督与挟持，令他愤怒……今天，他已从张居正死后的怅惘和茫然中解脱出来，爱他所爱，恨他所恨，放开胆子，由着性子，去干一个皇帝应该干的事业了。他感到惬意、骄傲与自豪，同时生发出一种“临泰山而小天下”的博大情怀。从前的胡闹与冲动，与今天伟大的壮举比起来，显得多么可笑和幼稚，而昔日的惆怅与悲凉，又是多么微不足道。天地如此广阔，世界如此博大，面对这广天阔地，作为一个帝国的最高统治者，应该干一番辉煌而壮烈的事业！
天坛的圜丘是万历的祖父世宗，即嘉靖皇帝于嘉靖九年（1530年）修建的。在这座与天地沟通的建筑物的同心圆最下二层石阶上，万历皇帝跪下来，点燃香火，朝天叩头四次。文武百官则列队站在西墙之外，随着赞礼官在昭亨门的传赞，百官也跪拜如仪。
这一天，万历皇帝的情绪异常高涨。当仪式结束，宦官们把御轿抬到他面前时，他却坚持同百官步行回宫。而这时恰好烈日当空，光焰似火，致使那些第一次受此劳苦的大臣感到困苦不堪。到大明门后，队伍刚解散，就有一位兵部主事迫不及待地从袖子里抽出折扇，使劲挥动。虽然此时礼仪已经结束，但如此不能忍耐仍属失仪，值班御史报告上去，其结果是这位倒霉的主事被罚俸半年。
申时行侍奉皇帝到皇极门，然后叩头退下。临行时他向万历致以慰问，万历答称：“先生劳苦。”这时候首辅固然既饥且渴，极度疲惫，相形之下，常年居于宫中的皇帝则更为劳累，他还要到奉先殿去向列祖列宗祭拜，而后还要参见慈圣太后。
万历步行祈雨，是迷信的驱使，还是出于维系人心，恐怕连皇帝本人也难以解释清楚。但有一点是可以肯定的，当一个人处于困境之时，就不会放弃任何足以取得突围的可能性，哪怕这个可能性极为渺茫，也要把它当作精神上的支柱与寄托。年轻的万历皇帝躬亲求雨，不论是出于何种动机，这种虔诚的态度和奋进精神，向世人昭示了天命所在。他对一切尚未绝望，治国安邦的理想尚在，而且充满希望。就天下苍生的角度观之，年轻的皇帝亲赴天坛祈雨，是作为天子克尽厥职的最高表现，也是他对臣僚所做的爱民训示，这个合而为一的行动，即可安慰人心，稳住大局。
在万历祈雨不到一个月的六月二十五日，一场甘霖突降人间。最初是雨中带雹，旋即转为骤雨，雨势一直延续到第二天方才停歇。万历当仁不让地接受了百官朝贺。他由衷地感到骄傲与自豪，天下苍生也为之庆幸和欣慰。只是，好景不长，随着郑贵妃儿子朱常洵的出生，“国本之争”拉开了序幕，皇帝的这种作为再也见不到了。