巴黎歌剧院附近的马图林街上有两座幸免于战火的古典风格建筑，那里后来成为战争罪犯及危害国家安全罪嫌疑人中央登记处（CROWCASS）的所在地。西方盟军肃清德国纳粹的机要部门就在53号楼的1层。那里有一个雅致的房间，室内安放着一台大机器，类似汽车发动机和打印机排字装置的混合体。其实它是一台IBM公司生产的穿孔卡片整理计算机，是当时同类产品中最先进、最精密的。美国联邦调查局和一些政府部门及大公司都有这种设备，以提升行政管理的效率。在CROWCASS，它被用来核对疑似纳粹成员的照片、指纹及其他个人信息。
这台机器是美英两国“纳粹清除者”的骄傲和快乐的源泉。利用这台机器，他们能够很快从纳粹党员的名单中锁定战犯的信息，工作效率大大提升。不过由于法国电力供应不稳定，经常停电，这台机器难以维持长期稳定的运转，未免有些美中不足。
即便有了机器的协助，纳粹清除者的工作量还是很大。1945年5月战争结束时，纳粹党有800万党员，占德国人口的10%还要多。一开始，人们（尤其是美国人）强烈要求严惩罪恶滔天的战犯，他们认为这就是占领德国的目的之一。
起初，同盟国远征军最高指挥部（SHAEF）接到的命令很明确：纳粹党成员及其支持者—包括从纳粹那里“获利”的人、在亲纳粹公司工作的人、容克地主阶级里的军国主义分子以及在1933年纳粹掌权后支持他们的人，只能从事最低贱的体力劳动。相比之下，英国人没有那么理想主义，也不太愿意在铲除纳粹这件事上花费太多精力和金钱。不过他们也赞成先开展清除纳粹的行动，再指导德国建立一个真正民主的国家，从而实现复兴。这是德国投降时同盟国就计划好了的事情。
但他们很快就意识到这项任务的艰巨性和复杂性。如果把纳粹党员全部从原工作岗位开除，那么除了采矿业之外，其他行业也将遭受严重打击。数量庞大的纳粹党员遍布德国社会的各个领域。其中很大一部分是中产阶级和专业技术人才：在波恩，112名医生中有102人是纳粹党员；在被炸弹摧毁的科隆，废物及污水处理方面的21名专家中有18人属于该党。在当时作为入职条件之一，绝大多数中学教师也加入了纳粹党。就连柏林爱乐乐团的100名音乐家里都有80个纳粹党员。
盟军面临的新问题是如何找到身家清白又有本事的人。正如接替艾森豪威尔成为新任美国占领区最高军事指挥官的卢修斯·克莱所说：“我们的当务之急是找到与纳粹没有关联且能力非凡的德国人。”因为在当时的特殊环境下，能够在政府任职的非纳粹党人往往具有更强的工作能力。经常跟德国打交道的英国外交部资深官员奥尼尔说：“最初制定的规则太过苛刻，简直愚蠢至极。”
对战后的德国来说，卢修斯·克莱是至关重要的人之一。出生在佐治亚州玛丽埃塔市的他，身材高大，神完气足，并且很讲究仪表。手下的主要顾问墨菲说他是一名“政治型将领，能够敏锐地察觉到华盛顿方面的意图”。从西点军校毕业后，卢修斯·克莱在工程兵部队工作了17年，战争期间并没有取得什么惊天动地的成就。一位助手回忆：“他几乎没有什么实战经验。”然而他却是一名天生的领导者。这种才能在他49岁时加入艾森豪威尔的同盟国远征军最高指挥部时就显现出来了。他从一开始就说，自己真正要做的不是管理一支军队，而是宣传西方的民主理想。他认为食物才是自由的基础：“共产主义国家的人每天能够摄入1500卡路里的热量，而西方人每天只有1000卡路里—这怎么会有能力跟人家一争高低呢？”
卢修斯·克莱对自己的办公条件非常满意，他在法兰克福的办公室之前属于艾森豪威尔。办公室位于一座宏伟建筑中，曾经是德国化工巨头IG法本公司的总部所在地—被纳粹用来毒杀犹太人的齐克隆B正是这家企业生产的。这栋建筑完好无损地矗立在法兰克福市的中心，周围则是被美国轰炸后留下的废墟。艾森豪威尔的秘书凯·萨默斯比在描述这座建筑时说：“它就像一座小型城市。环境非常幽雅……建造时用了大量大理石。里面还有喷泉和室内花园，螺旋形的楼梯非常气派，更不用提那豪华的办公室了。将军的办公室简直能装下好几个网球场。”
相比之下，英占区总部的条件就逊色太多了—他们就在巴特恩豪森那些单调乏味的兵营里办公。1946年夏天，前空军司令兼皇家空军元帅肖尔托·道格拉斯男爵接替蒙哥马利成为英占区管理委员会的负责人。爵士非常喜欢德国音乐—“二战”以前他还在巴赫合唱团里有过一席之地。上任之初，他就对外宣称自己的使命是“尽快让德国人恢复正常的生活”。英占区管理委员会作为英国政府的一个部门，全面负责德国境内英国占领区的民政工作。然而人们每每提到它，都认为它的工作搞得一塌糊涂。该部门在汉堡、柏林和汉诺威都设有分支机构，工作人员总数一度达到2.5万之多，分布在德国各地。其总部设在伦敦，由兰开斯特公爵郡大臣约翰·海因德领导。此人曾经做过铁路工人和工会委员，因此人们将他的办公室戏称为“海因德总部”。据他本人说，自己之所以被选中是因为通过函授方式学过德语。但这种说法显然太谦虚了，周围很多人都对他怀有崇拜之情。艾德礼称赞海因德聪明能干—他很少这样肯定别人。维克多·戈兰茨说：“他是英国公共生活中最有人情味的人了。”
盟军最初打算揽下肃清纳粹分子的全部工作。要求美占区和英占区内所有未到退休年龄的成年人（约1300万）填写调查登记表，并提交给占领区的行政部门。如果人们不这么做，就不能获得配给卡，也找不到任何工作。有些人因此进了监狱。登记表的最上面用粗体字写着这样一条警告：“提供虚假信息者将被追究法律责任。”
美国人“一刀切”地要求所有人都填写登记表，结果搞出了许多闹剧。被关在集中营里好多年的人需要填写，知名的反纳粹人士也要填写—比如著名的儿童读物《埃米尔和侦探们》的作者艾里希，他因为反对纳粹而导致作品遭到封杀。即便如此，他也得填那张登记表。这实在太荒谬了。同样，让纳粹头子赫尔曼·戈林的妻子艾米填写这个表格也毫无意义。那时，赫尔曼正在纽伦堡等候审判，艾米也被关在施特劳宾的一处监狱里。结果，她也得在一名美国狱警的监督下填写调查登记表。
其中一个问题是：“你是否有亲朋好友在第三帝国担任要职？”“是的，我的丈夫。”我写道。“他担任什么职务？”“他不是在党卫军，而是在冲锋队。他是帝国元帅、盖世太保首领、德国空军司令……”我试着回忆丈夫的其他头衔，但最后还是叹了口气。“你叹什么气？”美国人问。“我不记得他所有的头衔了。”“那就直接写赫尔曼·戈林吧。他的信息我们已经掌握得足够多了。”
他们是为了保住工作才加入纳粹党，还是为了贪图眼前利益而成为“跟风者”？占领军希望通过这些调查表去确认每一个德国人对第三帝国的忠诚度。其中一个重要的衡量标准是纳粹党员的党龄。1933年之前就加入的人会被“罪加一等”。但这本身并不合理。虽然通过这些调查能够获取一定信息，但是也会掩盖某些真相。因为很多应该为受到迫害的犹太人和奴工负责的人本身却并不是纳粹党员。因此，在德国被占领的头9个月，有11.5万人被拘留，37万名纳粹党员失去了工作。
填写完毕的登记表被送到巴黎的CROWCASS，在那里，所有信息都会被录入IBM计算机。曾经因为在短时间内就录入了4万份表格，系统一度陷入瘫痪。到1946年3月，需要处理的登记信息已有700万条之多，其中有一半人被确认为纳粹分子。要想把收到的登记表全部录入进去，要花两年多的时间。盟军根本无法应付。
4月1日，同盟国远征军最高指挥部颁布了一项全新的“去纳粹主义和军国主义法案”，该法案是由美国律师负责起草的：“为了保证建立一个能与世界各国和平相处的民主德国，必须让军国主义的支持者、谋求私利和违反人道主义的罪人远离政治、经济和文化生活，他们还要为自己的罪行付出代价。”新的去纳粹化法庭随之建立。这是一个由盟军组建，德国法学家和官员负责运作的审判组织。英国占领区首席法律顾问拉斯伯恩对此进行了解释：“德国人的烂摊子应该由他们自己去收拾。这才能让他们吸取教训。” 虽说去纳粹化法庭让同盟国得以从繁重的审判工作中抽身，但其伸张正义的价值也就不存在了。
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去纳粹化工作进行了一年以后，在德国出现了一个流传甚广的笑话。一个人走进警察局自首。“我是纳粹。”他说。警官责怪他：“几个月以前你为什么不来自首呢？现在都什么时候了！”“哦，几个月前我还不是纳粹呢。”
人们对调查登记表和去纳粹化法庭嗤之以鼻。那些反对希特勒政权的德国知名人士担心“纳粹主义死灰复燃”。 当年4月，同盟国远征军最高指挥部委托盖洛普民意测验中心进行了一项调查，发现49%的德国人认为“纳粹主义本身是好的，只是实施的方式不对”。他们指责纳粹的主要理由是战败给德国人带来了灾难。超过三分之二的人不愿为那些打着纳粹旗号犯下的罪过承担责任。新成立的基督教民主联盟的核心人物、德国最受尊敬和拥戴的政治家之一康拉德·阿登纳，在去纳粹化法庭成立几周后就公开反对在这方面有进一步的行动。他认为无须兴师动众、耗费时间专门搞那些去纳粹化的活动，时间一长，纳粹思想自然就会弱化和消失。他说：“人们主观上都不想承担那么沉重的责任。不去过分强调历史罪责，会更容易让德国人卸下枷锁、承认过错。”而让德国人直视纳粹的罪行、强迫他们观看集中营主题的电影，以及让孩子们了解祖国在战争中犯下的恐怖罪行，不仅不会促使他们悔悟，反而还可能引发一系列民族主义的不良反应。
阿登纳是为了解决国家实际问题而奋斗的政治家，他思考的那些问题同样也困扰着一些哲学家。其中一位就是卡尔·雅斯贝尔斯，他是研究克尔凯郭尔和存在主义的专家，其想法与阿登纳不谋而合。雅斯贝尔斯的妻子格特鲁德正是犹太人。在纳粹统治时期，她被迫躲藏起来，雅斯贝尔斯也不能继续在海德堡大学任教，其著作被禁止出版。多亏他名声在外，否则一定会被送进集中营。
1946年，雅斯贝尔斯出版了极具影响力的《德国的罪行问题》，这本小书在同胞中引发了强烈共鸣。书籍出版后，他还进行了一系列相关演讲。在接下来的二三十年里，每当人们谴责德国人没能像盟军希望的那样为自己的民族感到内疚，反而“集体失忆”的时候，都会提到这本书。
雅斯贝尔斯在书中传递出了这样一种思想：德国人并不邪恶，也不应该自怨自艾。“对纳粹统治时期数百万德国人的心理和行为进行简单的总结和概括必然是不合理的，其结论肯定也不客观。不能把他们简单地用黑色和白色进行区分，因为更多的人是介于两者之间的灰色。”但盟军占领德国也没什么错，他说：“他们的存在提醒我们不要变得傲慢，并让我们学会谦虚。”不过他觉得德国人还有更迫在眉睫的、值得担忧的事情：
人们不想再听要为过去悔悟的劝告，也不关心历史的评判。他们只想不再痛苦……所有德国人都有责任正视德国的过错以及它造成的后果。可是，将德国变成监狱的是纳粹，这是他们的罪过。但在外人看来，所有的德国人都不能摆脱干系。可是那个时候的德国人还能怎么样呢？他们有别的选择吗？
战争过去一年之后，他在海德堡的一次演讲中更加深入地阐述了这个观点：
有成千上万反抗纳粹的德国人自杀或被杀。他们中的大多数并不为人知。我们虽然幸存下来，也不过是苟且偷生。当我们的犹太朋友被带走时，我们没有走上街头抗议，也没有悲痛呐喊，因为这样做的话我们一样会遭到迫害。我们选择了软弱地活下去，就算我们死了也不能改变什么。可如今，活着反而成了我们的罪过。
雅斯贝尔斯的学生中最有名的是汉娜·艾伦特，她认为德国的去纳粹化法庭是脱离了哲学规律的审判工具。身为犹太人，阿伦特在20世纪30年代以及战争中的大部分时间都流亡于美国，曾写过《极权主义的起源》一书。她强烈反对“集体犯罪”这一概念：“归根结底，如果所有人都有罪，那么就不会有人得到公正的判决。”
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渐渐地，调查登记表的内容变得越来越琐碎，也越来越官僚主义。到1946年初，表格的内容已经塞满了12页纸，共包含133个问题。其中一些问题压根就与纳粹无关—比如你的健康状况如何，盟军的轰炸是否影响了你的睡眠质量之类。还有一个很特别的问题，虽然与纳粹有关，却让人讨厌至极—你在1932年的大选中到底投票给了谁？还有一些问题是人们难以给出确切答案的，比如战前银行账户的详细信息等。这样的调查登记表让德国人十分崩溃。“这简直就是在逼着记性不好的人做伪证！”露丝·安德列斯-弗雷德里希在日记中哀叹道。
还有一个被很多人视为“陷阱”的问题，偏偏美国人觉得可以通过它判断德国人的态度—那就是问受访者是否曾经希望德国赢得战争。这简直可笑至极，对德国人来说根本无法简单地用“是”或“不是”来回答。可想而知，1945年5月以后，德国人承认自己曾希望祖国赢得战争必然是“大逆不道”的。但在1939年或1940年呢？
去纳粹化法庭受到嘲笑和质疑是必然的。因为他们的主要工作就是判定某些纳粹分子其实品行良好，然后给他们贴上“良民”的标签—以此告诉公众，这些人“比白色还要白，所有的棕色（纳粹）污点都被洗掉了”。这种事情是无法避免的。因为打从一开始，他们就找不到从未向纳粹屈服过的法官或律师来担此重任。当时德国90%的律师都是纳粹党员。拿汉堡这个城市来说，战争结束时，这里的法官要么是纳粹党员，要么是其附属组织的成员。所以这个问题根本无法解决。这样一来，就要由纳粹出身的法官来审判纳粹的罪行。而被告中也不乏一些法学家，他们犯的错就是在希特勒上台后，将犹太教徒和基督教徒发生性关系这种事情判为“有罪”。在美国占领区，没有一个法官在战后真正被撤职。
大多数警察也曾是纳粹党员，他们本不应该插手这些案件，但现实却恰恰相反。当时，英国占领军给社会民主党领导人库尔特·舒马赫安排了一个五人警卫队，并向他保证已经清除了警察队伍里的纳粹分子。但1946年5月15日那天舒马赫愤怒地给英国官员发了一封信，称自己在无意中听到警卫员在聊天，他们中居然有四个都进过党卫军。而且他还惊讶地得知英国刚刚任命了臭名昭著的党卫军中尉阿道夫·舒茨为英占区的警察头头。但盟军管理委员会也向英国外交部提交了一份报告，报告中称：“很明显，如果要将警察队伍彻底去纳粹化，那么德国就没有警察了。根据德国目前的实际情况来看，当务之急是要拥有一支可靠的警察队伍。想实现这个目标，就得先让警察们获得某种程度上的安全感，毕竟我们还是需要他们充当政府的工具。”在这个过程中，许多高级别官员都保住了职位，其中就有莱茵兰-普法尔茨州的警察局长威廉·豪塞尔，他在白俄罗斯担任党卫军军官的时候，可没少干肮脏事儿。
没有一家德国机构能被彻底“清洗”，所有的地方都是灰色地带。超过四分之三的大学教授都曾是纳粹党员，有些人起初的确因此失去了工作，但很快又恢复了职位。汉斯·普鲁斯博士是德国顶级学府埃尔朗根-纽伦堡大学的神学系主任，作为一名狂热的纳粹分子，他在20世纪30年代组织烧毁了大学图书馆中收藏的犹太人和马克思主义者的著作。1945年夏天，普鲁斯被解雇，但第二年他又重返大学讲台。据统计，德国约有三分之二的老师曾是纳粹党员，在那些优质中学里，这个比例还要更高。“二战”结束后三四个月的时间里，数千人因为纳粹党员的身份被解雇。然而到了1946年，已经有90%的人恢复了工作。英国诗人史蒂芬·斯宾德当时还在政府部门工作，他知道实情。那一年他正好被派往英国占领区考察教育情况。在访问汉堡的一所学校时，他问学生们都在学什么课程。“拉丁文和生物学。”孩子们回答。“没有别的了吗？”他问。“是的，没有其他的了，先生。因为教历史、地理、英语和数学的老师都被解雇了。”
许多神职人员—不论教派，也曾是纳粹党员。在众多德国公务员被解雇以后，符腾堡的路德宗主教特奥菲尔·沃姆在布道时说：“对大多数被解雇的人而言，他们本已承受了太多苦难，他们也是受害者……很多人入党都是出于从众心理，他们本身并不认同这个政权。”谈及这些的时候，沃姆很有可能联想到了亲身经历。他于1933年加入纳粹党，当时他就表示这么做是“诚心诚意地想要复兴教派”。后来他加入反对希特勒的阵营，最终被赶出了自己的主教辖区。美国占领区的宗教事务部向卢修斯·克莱报告，美占区里一共有351名神职人员，只有3人被解雇。1946年夏天，绰号“棕色康纳德”的弗赖堡的天主教大主教康纳德·格路博给追随者们写信，将希特勒的崛起归咎于“世俗主义”，成功地为自己在过去十几年中狂热支持纳粹的行为开脱。
去纳粹化法庭一开始的量刑就不重，后来更是从宽从轻，只有10%的案件进行过公开审理。在数十万起案件中，法庭只根据书面陈述就对被告进行审判，罚过款后这些被告人便可以被“重新归类”到罪责较轻的类别中。有许多臭名昭著的纳粹分子在缴纳了50德国马克的罚款后就自由了。然而这个额度只不过相当于战前三个星期的平均工资而已，战后连一包香烟都买不起。这些起不到任何惩戒作用的处罚令整个制度蒙羞。在1946年4月20日—12月20日这段时间里，去纳粹化法庭审理的41,782起案件中，只有116起被判定为值得提起诉讼的重大罪行。一名驻海德堡的美国官员向克莱将军报告，如果这些事情由美国出面处理，那么超过80%的被告会遭到更严厉的处罚。
一些德国政客还要千方百计地破坏这些法庭。在巴伐利亚州，首席行政长官安东·普费弗虽然是著名的反纳粹人士，但他认为整个法庭审判体系不过是“胜利者的正义”，因此从一开始就想要推翻它。他表示，在纳粹党的诞生地巴伐利亚州，只有3万名纳粹党员，其中犯下严重罪行的人屈指可数，大多数都是无罪的。在第一波反纳粹浪潮中，巴伐利亚州有数百名公务员和其他官员被美国人解雇。上有政策下有对策，普费弗对其中75%的人进行了重新“分类”，有的官复原职，有的换了个岗位重新开展工作。
基于这种情况，德国黑市上开始出现“良民证”的交易。许多臭名昭著的纳粹分子从反纳粹者那里购买信件，好让“没有污点”的工人阶级来证明自己的“清白”。还有纳粹分子付钱给幸存的犹太人，让其证明自己曾为犹太人提供藏身之处或帮助他们免于遭到迫害。再有就是贿赂法官来帮自己洗脱罪名。美国获取的一份情报显示，这种事情在巴伐利亚州屡见不鲜：“纳粹分子会花钱购买能够证明自己参加过反纳粹活动的材料……截获的信件表明，德国基督教社会联盟（CSU）给很多纳粹分子行过这样的方便。”
多数德国人都很讨厌那些搞去纳粹化工作的人，盟国想要找到合适的专业技术人员变得越发困难。一位美国官员从纽伦堡附近的施泰纳克发回报告，称当地的法庭是美国占领区中最无用的一个：
检察官是一个目不识丁的农民。实际上是一名年轻的法律系学生在负责法庭的具体事务。因为检察官和厅长都没有能力提出指控或下达裁决，所以这些都得由这个年轻人独自完成。结果他发现自己正处在一个尴尬的境地—他要先做起诉书，然后再下达推翻那份起诉书的判决书。这搞得他几乎要精神分裂了。
去纳粹化法庭的工作人员还经常受到威胁。在海德堡附近的施韦青根，当地的法庭庭长就收到过一封恐吓信，信中警告他为这样的机构工作是“严重的犯罪”—“日后你一定会遭到报应的。你应该为家人好好考虑一下。”马尔堡的庭长因此辞职，他说自己“感到害怕”。
在英美两国的占领区，因纳粹身份被解雇的公务员中有83%在3年内恢复了工作。当时英国占领区的官员兼学者诺尔·安南说：“大批狂热的纳粹分子认为他们目前应该低调行事，等风头过去就能重回政坛。”
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1933年到1944年底担任罗斯福政府国务卿的科德尔·赫尔一直对“战争罪审判”持反对意见。离任之前他还说：“应该把希特勒、东条英机以及他们的帮凶直接送上断头台。等到第二天的太阳升起，这些人便会成为历史。”丘吉尔也反对公审，他认为这些罪恶滔天的战犯应该被直接处决，无须兴师动众地搞审判。他说：“最好是把他们排成一列，然后开枪扫射他们。”英国外交部负责人卡多根爵士也在一份材料中指出，无须审判海因里希·希姆莱这样的纳粹头子，因为“他们的罪行已经严重到超出法律规定的范围了”。然而在战争的最后几个月，丘吉尔改变了主意。因为杜鲁门、艾德礼—特别是斯大林，都希望进行大规模的公审。
在多数德国人以及全世界关注东欧变革的数百万人看来，由于苏联法官的存在，1945年11月在纽伦堡进行的战争罪审判工作被搞得一团糟。斯大林原本想要告诉世界，苏联可以与西方盟国一样对战犯进行司法裁决，偏偏事与愿违，苏联法官的加入被西方视为对“胜利者正义”的粗暴诠释。乔治·凯南认为，纽伦堡国际军事法庭最开始审判的24名被告都是纳粹高层，虽然该轮审判持续到1946年下半年才宣告结束，但取得的成果并不理想。因为审判传达出来的唯一信息就是，这些人的所作所为在纳粹当政时期是正当的，在“改朝换代”之后，这些行为才成了不可原谅的死罪。
在那个时代，除了美国，其他国家都没有“人权法”；也没有国际法或者能够承担这项审判工作的国际法庭。法律中顶多有一些语意模糊的、关于种族灭绝或“反人类罪”的概念。在那种情况下，纽伦堡的法官们只好编写新的法律，也因此开创了国际人权法律体系的先河。不过这些法律最初都是由美国、英国、苏联和法国的法官负责起草，用来“绞死”德国领导人的。
这在全球法学界引发了众怒，许多人表示强烈抗议，认为这种审判机制非常危险。美国首席大法官哈兰·斯通对此也深感震惊，并将其称为“纽伦堡高级死刑派对”。他说，他不在乎美国首席检察官罗伯特·杰克逊和英国首席检察官哈特利·肖克罗斯会如何处置纳粹分子，因为那些人都该死。但是，如果把这种审判机制放到“符合普通法的程序标准或自然正义”的正常法院去施行，那就其心可诛。后来他被任命为国际军事法庭的美国代表，但他拒绝了这份工作，并表示自己“不想以任何方式祝福国际军事法庭或美国最高法院”。
一位参加过庭审的律师后来说，在盟国领导人看来，审判不仅关乎正义和法律，也关乎对德国人的思想教育。德国广播电台每天都会播出庭审的相关内容，学校和电影院也会放映这类影片。只是效果并不明显。同盟国远征军最高指挥部在庭审的第一周进行了一项民意调查，发现还有不到10%的德国人认为，把戈林、里宾特洛甫以及跟希特勒有过密切交往的人放到这种法庭进行审判是不公平的。到1946年夏，纽伦堡审判已进行了6个月，持有这种看法的人的比例已经增至40%。
不过杜鲁门和艾德礼都认为，这么做的目的不仅是要处决几十名罪恶滔天的战犯，还有一项重要的使命就是收集纳粹实施暴行的证据—谋杀犹太人、虐待奴工、侮辱斯拉夫人—并将其记录在案，好让包括德国人在内的所有人都能够了解历史、牢记历史。
英国人认为在1945年秋纽伦堡审判开始之前，他们对某些案件的审理已经出现漏洞。那时他们对被告提出的指控不是反人类罪，而是谋杀罪—显然这是很难搜集到证据的。英国的辩护律师认为被告只是“服从上级命令”而已。这样的辩护理由成功让30名被告中的14人洗脱了罪名，5人被判短期监禁，只有11人被绞死。艾德礼对此非常愤怒，他认为这样审理案件会让盟军看起来很愚蠢。1945年底，他向内阁抱怨，在发起有效起诉上面，检察官们“缺乏动力和钻研精神”。
1946年初，为了减少案件的审理量，英国首席检察官哈特利·肖克罗斯提出了一个“加速战争罪审判计划”：“数以万计的德国人要为数百万人的死亡负责。我们可以设定一个最低指标，即至少起诉英占区内10%的被告，大概有2000人。那么在1946年4月30日之前我们就能办完500件案子。”艾德礼接受了这个提议，但并不完全认可：“这肯定会导致大量罪犯逍遥法外。”他的担心并不是多余的，改变审理方式后，到截止日期那天，被审判的德国人只占到肖克罗斯预期目标的三分之二。
抓捕和惩罚所有战犯是一项艰巨的任务—即便只抓“大鱼”而放过“小鱼”。原因之一是缺乏专业的法律人士，原因之二是当时德国和欧洲大部分地区的社会都处在动荡之中，难民和流离失所者高达数百万人，导致审理工作困难重重。即便如此，还有检察官仍对自己所做的工作感到满意。这也没什么值得批评的地方，相较于追捕纳粹分子，养活人民和重建国家当然更重要。在这种情况下，有人能够逃脱法律的制裁并不奇怪。造成这种结果的原因并不是相关人员的工作没做到位，而是政治上有意为之。
数千名纳粹出身的科学家、工程师、实业家、间谍和银行家本应该被判入狱，结果却逍遥法外，原因是同盟国觉得他们还有用。这使得去纳粹化行动彻底烂尾，也深深影响了德国地方法庭在其他类型案件审理上的态度—如果盟军的法官和法庭都可以在审理涉纳粹案件时敷衍了事，那么德国人为什么还要严厉地对待那些罪行更轻的同胞呢？德国人反复追问盟军官员这个问题，但他们从未得到令人信服的答案。
美国陆军在去纳粹化行动期间还办了一件能够迅速提升自身科技水平的事情—他们逮捕了大约400名科学家和专业技术人员。那些被认为有用的人，不管他们的政治信仰或人权记录如何，都会被带出德国。紧接着这些第三帝国的顶尖技术人才就会像战利品一样被英美两国瓜分。他们这么做还有另一个目的，就是防止这些科学家及其科技成果落入苏联人之手。
苏联也把一些德国科学家强行留在苏联或占领区多年，不过他们得到的往往只是二流人才。最知名的科学家都去了美国，他们通过为美国设计火箭、卫星和导弹而获得了很好的生活条件。这些人中有的是著名的党卫军成员，比如沃纳·冯·布劳恩、瓦尔特·多恩贝格尔和库尔特·德布斯。德布斯后来还成为美国宇航局肯尼迪航天中心的第一任主任。
如果把这些人比作商品，那么他们肯定价值连城。美国国务院的一份报告中毫无忌惮地写道：“他们未来在科学上的成就将会超过他们在战争中犯下的罪行。”甚至像阿瑟·鲁道夫这种当时还不太有名的人也得到了保护。他从1931年就加入了纳粹党，是个资深党员。他后来被称为“土星系列运载火箭之父”，正是“土星5号”把美国宇航员送上了月球。他曾引以为豪的一件事就是当实验室外还挂着57具奴工的尸体时，他仍然能够若无其事地搞研究。一开始负责审讯他的工作人员曾给出这样的警告：“他是百分之百的纳粹分子，一个十分危险的家伙，应该被关进监狱。”
美国最大的收获之一是得到了赫伯特·瓦格纳教授和他手里的“宝贝”，他是个管理者，而不是研究人员。他被安排躲在巴伐利亚州阿尔卑斯山的一个地下掩体里，在那里，他向美国的专家们展示了其他任何西方国家都没有的最先进、最复杂的电子设备、通信设备和摄影设备的设计图。美英两国从德国获得的技术成果为他们带来了可观的商业财富。美国经济学家估计，其价值绝不亚于苏联在占领区内搞到的财物。
大多数商业巨头都没有受到惩罚—即便是那些确实该为纳粹暴行负责的人。阿尔弗雷德·克虏伯是德国钢铁工程集团的负责人，该集团曾为纳粹生产了大量军火。数千名犹太人和奴工被迫为他工作，劳累致死者不计其数。结果他只为此坐了4年牢。冯·施尼茨勒是IG法本公司的管理者之一，他的公司在波兰大肆掠夺资源，生产的毒气更是杀害了数百万人。跟克虏伯一样，他也使用了大批奴工。他是在家中被捕的，当时他穿着心爱的苏格兰花呢套装和英格兰粗革皮鞋，和美丽的妻子莉莉一起坐在客厅里小憩，壁炉上方还挂着一幅巨大的雷诺阿作品。他像接待客人一样平静地给美国士兵们倒了白兰地（不过对方并没有领情），还说道：“很高兴这场让人不愉快的战争终于结束了。”在审判中，冯·施尼茨勒承认IG法本公司“对希特勒的行为负有主要责任”。让人觉得不可思议的是，他居然幸运地免于绞刑，在监狱里待了两年后，他又重返德国工业界并担任要职。
还有一些纳粹分子在相当短的时间里就恢复了名誉，仿佛他们过去的所作所为从未发生过一样。1946年，康拉德·阿登纳的私人办公室开始由汉斯·马莉亚·格朗克管理。此人在1933年以一个青年精英律师的身份起草了《纽伦堡种族法》，这成了纳粹迫害犹太人的法律依据。希特勒的内政部长威廉·弗里克曾在副元首鲁道夫·赫斯的面前称赞格朗克，认为他“绝对是我们部门最有才华和能力的官员之一”。格朗克从一开始就知道犹太人要被驱逐到德国东部，也知道纳粹要在集中营里谋杀他们。他在纳粹的种族灭绝计划中扮演了关键角色，但却从未被起诉，也没被贴上重犯的标签。阿登纳在担任科隆市长时，就对格朗克委以重任；后来联邦德国成立，阿登纳成为首任总理，仍然重用了他。
阿登纳的另一位私人助理赫伯特·布兰肯霍恩曾经当过外交官，美国参战前，他是德国驻美国大使馆的一等秘书。接替科德尔·赫尔成为美国国务卿的爱德华· 斯泰提涅斯，曾写信给同盟国远征军最高指挥部的政治顾问罗伯特·墨菲，提醒他：“种族主义是布兰肯霍恩最喜欢的话题之一。他是一名狂热的纳粹分子，也是党卫军成员。他不值得信任。”阿登纳成为联邦德国总理后，布兰肯霍恩摇身一变成了他的首席外交事务顾问。阿登纳身边还有一位名叫阿尔弗莱德·哈特曼的财务助理，此人曾在19世纪30年代末与格朗克在内政部共事，负责监督没收犹太人财产的工作。“二战”期间，他还管理过德国最大的铝厂，那里80%的工人都是奴工。1946年，德国难民管理部门的领导是鲁道夫·森泰科，他曾是一名党卫军高级军官，在战争期间负责推动“雅利安化”和安置移民。
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正如瓦尔特·乌布利希所说，苏联人试图让苏占区“看起来民主”。但习惯是很难改变的，而且他们也没有完全控制该地。当他们试图秘密夺取政权时，显得笨手笨脚，面具也掉了下来。
斯大林喜欢用“萨拉米香肠战术”令他的新领地苏维埃化，其中一个典型策略就是先在每个国家建立“反法西斯战线”或“进步联盟”，然后再慢慢推行共产主义。苏联鼓励民主党派与共产党合并，这样他们就可以在自由选举中获得更多支持。其真实目的是为共产党赢得吞并其他党派的机会，最终掌握国家大权。这种策略在苏联占领区确实取得了不错的效果，民主党派被迫“联合”，但这也导致德国人更加憎恶苏联。
一开始，乌布利希坚信共产党会在自由选举中有出色的表现，还把这种想法报告给了斯大林。谁都不知道他的这种自信到底从何而来。身边一些敢说真话的人告诉他，德国共产党在本国人眼里与苏联政党并无二致，是拿不到什么选票的，结果很可能是自取其辱。但他却不以为意。乌布利希厌恶社会民主党—私下称他们为“社会法西斯”，并将左派分裂和希特勒崛起的责任归咎到他们身上。不过他也明白，目前他们还有利用价值。原本他以为社会民主党会欣然同意与共产党合并，但很快就意识到自己想得太简单了。
德国西部的社会民主党领导人库尔特·舒马赫是一个狂热的反共分子，而德国东部的社会民主党领袖奥托·格罗提渥相对更左派一些，但是他起初也反对两党合并。面对乌布利希提出的要创建一个新的联合政党的建议，格罗提渥直接表示社会民主党与马克思主义诞生于同一时代，是一个拥有悠久且光辉历史的政党，它有“独立的权利”。在1945年底的一次演讲中，他向社会民主党的忠实支持者列举了10条不应合并的理由。他说：“我们的党员对共产党兄弟的极度不信任已经难以避免。”他口中的“兄弟”实际指的是共产党的领导人。艾里希·格尼夫克是社会民主党的二把手，他回忆了1946年初两党高级官员进行会谈时的情景：“乌布利希没有正眼看我们任何人，冷酷的目光只是从每个人身上一扫而过。他的笑脸就像戴了面具一样，人们根本无法从他的眼睛里寻找到一丝真诚的笑意。我们难以压抑烦躁的情绪，为了尽快结束这场让人坐立难安的谈判，只好同意了他的观点。”
1946年3月，格罗提渥改变了主意，急于促成两党合并，与几周前强烈反对的态度形成了鲜明对比。不过他暗示是由于自己的安全受到了威胁。他私下告诉一名英占区的官员，自己被苏联人用刺刀胁迫过，因此承受着巨大的压力。他还表示，德国东部有数千名社会民主党成员遭到了恐吓，并被告知“社会民主党的基层已经瓦解”，所以再继续跟苏联对抗就没什么意义了。
当年4月，两党在柏林市中心的海军上将剧院召开了令人瞩目的会议，并在会上通过了党派合并的提案。不过社会民主党的党员们并没有心平气和地接受这个事实。当格罗提渥站起来表示支持统一时，他的发言被“傀儡”“走狗”和“我们不会任人宰割”的抗议声淹没了。社会民主党出身的柏林市议员安德里亚斯·费舍尔在日记中记录了当时混乱的状态：“抗议情绪越来越高涨，人们显得异常激动和愤怒。讲话者的声音被党员们的抗议声所掩盖—‘叛徒……欺诈……下台’。有人高唱‘前进，兄弟们，向着光明和自由’，其他人不由自主地跟着唱起来。这是13年来，我们第一次奋起反抗，捍卫尊严。每个人的脸庞都因骄傲和兴奋而闪闪发亮。”然而第二天，德国共产党的报纸《新德国》却对社会主义统一党的成立进行了高度赞扬：“在这个团结的政党里……分裂主义是没有容身之地的。”也许就像安德里亚斯·费舍尔所说的那样：“它确实不是一党专政的国家，只是没有其他政党的生存空间而已。”
在西柏林，社会民主党打算针对两党合并问题进行无记名投票，但实际控制该地区的苏联人却不同意。在普伦茨劳贝格和弗雷德里希斯海因这两个工人阶级的聚集区，社会民主党无视禁令开设了投票站。结果不少工作人员遭到了苏联士兵的殴打，不仅投票站被关了，就连投票箱都被拿走了。据统计，德国西部32,547名社会民主党成员中，有29,610人反对合并，投赞成票的只有2937人。然而这并不能阻止统一党的成立。虽然这是自1933年以来德国进行的第一次自由选举，但没有几个德国人对此抱有幻想。在5个月后的柏林市政选举中，社会民主党与统一党分开竞选。最终社会民主党获得了43%的选票，赢得了130个席位中的63个。新成立的统一党在选举中惨遭滑铁卢，最终只赢得了19%的选票和26个席位。现在看来，这是1989年柏林墙倒塌、苏联解体前德国东部进行的最后一次自由选举。
斯大林觉得不应该忽略德国的原纳粹党成员，因为“他们有800万，还没算上家人和朋友。这个数字非常庞大”。他一度想要让纳粹们转投“国家民主党”，然后再从法兰克福或古拉格释放一些前纳粹头目，让他们来领导这个新组织。乌布利希和其他德国共产党高层对此感到震惊，完全不想参与这个计划，便向斯大林谎称“那些人都被处决了”。斯大林皱了皱眉头，表示遗憾。