广岛爆炸发生后，日本参谋本部急忙召来仁科等核专家研究对策，希望仁科能提出有效的预防措施。仁科也没有什么好办法，他只好说：“你们把出现在日本上空的每一架飞机击落就可以了。”
日本参谋本部只能把这项最有效的建议当成一种梦想。拿什么击落每一架出现在日本上空的飞机呢？在中国大陆，中国军队已经发起了大反攻，日本陆军只能躲在碉堡或据点中。在太平洋战场，绝大多数岛屿失守，麦克阿瑟的部队正在逼近日本本土。除了“神风”特攻队能对美军造成一些威胁外，此时的日本法西斯已经没有能力组织有效的抵抗了。美军飞机进出日本本土就像在自家后花园散步一样。
此时，不管是东京还是其他城市，都被炸得千疮百孔。对于飞临上空的飞机，谁又能保证它没有携带原子弹呢？如果装有原子弹，广岛的悲剧必定还会重演。然而，为了维护所谓“皇军的荣耀”，参谋本部要求这些了解真相的科学家保持沉默，报纸也被禁止刊登关于原子弹的消息。
对此，那些关注民众命运的科学家忧心忡忡。一位参加“仁方案”的日本核物理专家后来曾痛苦地回忆：“那个时候，我们一直受着良心的责备。在周围的所有人当中，只有我们知道即使是单独一架飞机，即使它只装有一颗炸弹，也会造成一场空前的大灾难。每当敌军的飞机飞来而民众又无动于衷时，我们真想对这些若无其事的人们呼喊：‘快跑到防空洞里去！这可能不是普通的飞机，它可能会投下特殊的炸弹！’然而，参谋本部要求我们甚至对自己的家属也要严守秘密。我们只能沉默。由于我们不能事先告诉我们的民众，我们的内心感到万分懊恼和羞愧。我感到是我们这些科学家背叛了他们，也背叛了自己的良心。”
8月7日1时（华盛顿时间6日11时），白宫通知各报社，杜鲁门总统要发表一个重要公报。这个通知没有引起记者们的特别关注，因为公报太多了，许多貌似重要的公报大都没多大意义。当总统新闻秘书宣读公报后，记者们才知道这次新闻发布会的重要性。他们纷纷争抢放在门口的印好的公报，快速把这个消息通知各自的报社。公报内容摘要如下：
16小时前，一架美国轰炸机在日本的重要军事基地广岛投掷了一颗炸弹。这颗炸弹的威力相当于2万吨TNT。日本卑鄙地偷袭了珍珠港，挑起了太平洋战争，现已遭到数倍报复……
为了拯救日本人民于水火之中，我们于7月26日在波茨坦向日本政府发出了无条件投降的最后通牒，但是遭到日本政府的断然拒绝。如果日本政府仍然拒绝无条件投降，坚持将罪恶的战争进行下去，那么前所未有的毁灭性原子激流将如暴雨般落在日本人头上。
此时，杜鲁门刚参加完波茨坦会议乘船归国，正坐在“奥古斯塔号”重型巡洋舰后餐厅用餐。秘书送来1份电报，电报上写着：“成功向广岛投放巨型炸弹。”杜鲁门长出一口气，抓住秘书的手说：“这是有史以来最伟大的一天！”不久，1名军官送来了轰炸广岛的详细电文，并告诉杜鲁门，格罗夫斯已经在华盛顿发布了一项声明。
杜鲁门抑制不住内心的激动，用叉子敲打着面前的玻璃杯，示意大家听他讲话。他告诉就餐人员，这颗巨型炸弹就是原子弹。他兴奋地说：“这是一次辉煌的胜利，我们赢了。”他跟大家说：“所有声明中，原子弹的声明最令我高兴。”
与此同时，东京的同盟社无线监听站急忙把美军核袭广岛的消息上报，陆军省决定派日本最权威的核专家仁科前往广岛调查真相。首相铃木贯太郎得知原子弹的消息时，怎么也不相信一颗炸弹竟然有这么大的威力。当他接到仁科的报告后，震惊得说不出话来。
美军曼哈顿工程区司令格罗夫斯往洛斯阿拉莫斯打电话，告诉“曼哈顿工程”实验室主任、核物理学家奥本海默轰炸成功的消息。奥本海默听后松了一口气，向秘书安妮·威尔逊口述了一份广播稿，宣布了这个成功的消息。威尔逊后来回忆：“听到这个消息，整个洛斯阿拉莫斯沸腾了，仿佛战争已经结束，我们取得了最终的胜利。”
沸腾的气氛平静后，奥本海默在礼堂召开了一次会议。平时开会，他来得很准时，而这次却特意来得很迟，而且从礼堂后面昂首阔步进入会场。当他进入后，礼堂响起了一片欢呼声、跺脚声，还有震耳欲聋的掌声。他双手举过头顶向大家致意，和大家共同庆祝这个来之不易的胜利。
7日上午（华盛顿时间夜晚），奥本海默在礼堂举行了庆祝舞会，然而会场突然出现了一种冷淡的气氛。许多人只是在闲聊，或是在沉默地喝酒。广岛破坏的情况已经传了过来，许多人的内心渐渐变得不安起来。
7日下午，日本2个调查团飞往广岛，调查广岛爆炸的真相。1个调查团由核专家仁科博士率领，由核物理专家组成；另1个调查团由防卫厅第二署署长正藏有末率领，以军事人员为主。
仁科代表团乘坐的飞机在半途出现了故障，不得不返回修理。当晚，仁科坐在理科研究所的办公室里，心情十分沉重。他留下了一封信：“杜鲁门的声明如果是真的，我想作为仁科工程的负责人，我应该剖腹自杀。关于自杀的时间，从广岛返回后再确定。的确，美国和英国的研究人员赢得了一次伟大胜利，他们走在了我们前面……他们的性格比我们优秀。”