1435～1505年，明朝陷入宦官乱政泥潭，由盛转衰。
明朝宦官用事最久，握有的权力极大，在中国宦官史上实属罕见。明朝自永乐朝起，宦官逐渐得势，从此一直到明思宗缢死煤山，200多年间，宦官一直活跃在大明的朝堂之上。
明朝宦官逐渐获得权力始于朱元璋晚期，到了永乐时期，宦官的地位越来越高，逐步开始专权。1435年，明英宗朱祁镇即位，宦官乱政便一发不可开始。他们把持国柄，专权误国，横行无忌，已是愈演愈烈。明英宗朱祁镇9岁登基，太皇太后张氏委托内阁大学士杨荣、杨溥、杨士奇辅政。三老德高望重，大权在握，宦官畏惧，尚不敢张牙舞爪。但随着张氏、杨荣先后去世，杨溥、杨士奇年老势孤，英宗年少无知，荒嬉无度，不理朝政，司礼太监王振便逐渐大权独揽。这是明朝皇权转换到宦官手中的开始。明宪宗成化年间，宦官汪直势焰熏天。到了武宗正德时，宦官刘瑾的专权又超过了王振、汪直，大肆乱政，对明王朝造成严重的祸害。明末，更产生了魏忠贤这个中国历史上罕见的大宦官。宦官把持朝政，勾结朋党，倒行逆施，不仅加剧了社会矛盾，更敲响了大明王朝的丧钟。
明太祖朱元璋建国伊始，规定内官不许习字，只供洒扫驱使。又令宦官不许干预朝政，违者斩，并铸铁牌立于宫门之侧。终洪武一朝，无宦官干预朝政的现象。永乐朝情势为之一变。“靖难之役”时，大批宦官投奔明成祖朱棣，报告朝中虚实，为明成祖朱棣夺取江山立有功绩，明成祖朱棣因此信任宦官，允许太监读书习字，逐渐委以重任，但仍未有专权现象。王振之所以得宠，与其是东宫旧人的身份很有关系，因为“出入起居之际，音声笑貌，日接于耳目，其小善小信，皆足以固结君心”。不仅仅是王振，之后的刘瑾、魏忠贤都是这种情况。
明成祖朱棣晚年下过一道诏令，允许有子嗣的学官在自愿接受阉割手续后，进宫内当差，教宦官、宫女读书识字。王振就是那个时候进宫的。王振在内书堂当了一阵教习后，就被派去侍候东宫太子朱祁镇。
王振为人狡猾，很快就赢得明英宗朱祁镇的欢心。明英宗朱祁镇尊称他为“先生”。张太后对这个“先生”早有警觉。明英宗朱祁镇刚当皇帝时，张太后把他叫到自己身旁，并叫人将王振唤来。她当着朱祁镇的面，正颜厉色地斥责王振：“你侍候皇帝起居，有很多不讲规矩的地方，今天我要赐你一死！”环卫在张太后周围的女官立刻上前，将刀架到伏在地上的王振的脖子上。明英宗朱祁镇赶忙跪到祖母面前为王振说情。张太后这次饶过了王振，但一再叮咛明英宗朱祁镇：“皇帝年纪还小，还不知道这种人对家国的危害。我听皇帝说情，放过王振。此后，不能够让他干预国家大事！”
张太后在世时，王振有所忌惮，张太后一去世，王振专横跋扈、贪赃枉法的劣根性就淋漓尽致地表现出来。明太祖朱元璋为了防止宦官干预朝政，酿成祸乱，曾在皇宫门上挂一块铁牌，上面铸着“内臣不得干预政事”等字，王振却公然叫人将这块铁牌摘掉。
明英宗朱祁镇在皇宫设宴招待百官，按惯例，宦官身份的王振是不能参加的。王振却敢于大发雷霆，说道：“我就像周公辅佐成王一样，为什么不能在宴会上占一个席位！”明英宗朱祁镇听到别人转告这句话，连忙派人补请他。王振从东华门步入宴会场地，百官都得向他行拜见礼。
明英宗朱祁镇对王振信任有加，礼遇甚隆。他在给王振的敕书中说：“朕自在春宫，至登大位，二十几年。尔夙夜在侧，寝食弗违，保护赞辅，克尽乃心，正言忠告，裨益实多。”这封敕书的感情是真挚的，明英宗朱祁镇从小和王振在一起，王振又能替他处理冗杂的政务，使得明英宗朱祁镇对王振不仅信任，而且依赖。可叹的是，后来明英宗朱祁镇失位但又复辟后，对导致一系列灾祸的大太监王振却念念不忘，下诏公祭王公公，招魂厚葬，并把王振从前主持修建的宏伟壮丽的智化寺专门用来祭祀王振，并亲题巨匾，以“精忠”二字对王公公“盖棺论定”。
1449年，北方蒙古族瓦剌首领也先派3000名使者到北京，向明朝进贡一些马匹以后，要明朝给他赏金。王振是明英宗朱祁镇正统朝举足轻重的政治人物。王振接见了瓦剌使者，发现也先谎报人数，就减少了赏金，降低了马价。也先为他儿子向明朝求婚也遭到了王振的拒绝。也先派使者来明朝，本来就是挑衅。这样一来，也先恼羞成怒，亲自率兵进攻明朝的大同。大同守将向朝廷发出告急文书，请求派军支援。
收到边报之后，英宗急忙召集大臣商议对策。权倾朝野的王振提议皇帝御驾亲征，他以为大军一到，便会把对方打个落花流水。另外，王振的家乡距离大同不远，皇帝御驾亲征，他不仅可以跟随皇帝游览一番，还可在家乡百姓面前露脸，光宗耀祖，真可谓一举多得。而兵部尚书邝壄、兵部侍郎于谦、吏部尚书王直等一干大臣认为，敌兵有备而来，朝廷草草招集人马，准备得不十分充分，皇帝不能亲征，因而竭力谏阻。英宗没有自己的主意，只听王振一人的主张，况且，英宗也想自己亲自体味一下祖宗戎马倥偬、横扫四方的感觉。所以，英宗把朝政之事交给弟弟郕王朱祁钰，让于谦留守北京，自己率领王振、邝壄等官员及50万军兵，于七月十六从北京出发，直奔大同。
由于是仓促发兵，军队的纪律十分涣散。而王振一路随意发号施令，本来是这次出征统帅的英国公张辅实际上被架空了。部队行军拖泥带水，没走几天，粮草给养便接济不上了，偏偏又遭遇暴风雨，士兵们又饥又冷，叫苦连天。好不容易赶到大同附近，士气已十分低落。探马回报没有发现瓦剌部的一兵一卒，王振以为敌人迫于明军的威势，已经望风而逃。他正要发令继续追击，探马又来报告：派出的两支先锋部队在大同城边被敌军杀败，全军覆没了，其他各路明军纷纷溃退下来。他又得到消息：也先率领的兵力十分雄厚，而且都是骁勇善战的骑兵。王振感到事态严重，下令退兵回朝。但由于错误指挥，耽搁了退兵时间，殿后的部队被瓦剌军追赶上，被打得大败。
明朝几十万大军在抵抗中退到了土木堡（今河北怀来西南）时，天还没有黑，王振却下令就地宿营。有官员向英宗建议：此地无险可守，不如趁着天色尚明，迅速赶进怀来城里，据城防守。但英宗没有采纳。土木堡属丘陵地形，名字虽称为堡，事实上却没有堡可守。而且这里缺水，士兵们跑了好多天的路，已是又渴又乏，只想找地方休息。
第二天拂晓，瓦剌的追兵便赶来了，他们把明军紧紧地包围起来，并发动了攻击。战斗进行了一夜，明军奋勇拒敌。也先知道这次明军兵将众多，硬拼不会取胜，于是使出了诈退之计，同时派使者到明军帐中假意讲和。英宗和王振信以为真，赶紧命人起草诏书，然后随来使去也先的军营谈判。这时，王振命令军士找水喝，士兵们争先恐后跳越壕堑，整个队伍乱作一团。早就埋伏好的瓦剌军趁势从四面八方冲杀过来。明兵争先逃窜，被杀的和被乱军踩死的不计其数。混战之中，英国公张辅，驸马都尉井源，兵部尚书邝壄，户部尚书王佐，内阁学士曹鼐、张益与侍郎丁铭、王永和等重臣50多人战死。护卫将军樊忠面对惨败，恨透了瞎指挥的王振，说：“我替天下的百姓杀死你这个奸贼。”抡起手中的大锤，捶死了他。英宗在卫兵的保护下乘马突围，左冲右突也出不去。无奈，英宗跳下马来，盘腿而坐，听天由命。瓦剌军冲过来，俘虏了英宗。历史上称这次事件为“土木之变”。
土木堡一战，明军精锐部队毁于一旦，骡马20多万匹以及大量的衣甲器械辎重，都成了也先的战利品。更悲惨的是皇帝也成了敌军的俘虏，大明王朝遭遇了建国以来前所未有的危机。
于谦是钱塘（今浙江杭州）人，生于明太祖洪武三十一年（1398年）。于谦是永乐十九年（1421年）的进士。明宣宗宣德元年（1426年），明宣宗朱瞻基亲征朱高煦。朱高煦慑于中央政权的威势，出城请罪投降。于谦当时任御史，随同明宣宗朱瞻基出征。于谦声音洪亮，言辞流畅，思维敏锐，颇受明宣宗朱瞻基的赏识。朱高煦投降那天，明宣宗朱瞻基叫于谦致词声讨朱高煦的罪行。于谦讲得义正词严，气势逼人。跪伏在地的朱高煦听得汗流浃背，战栗不已；随从百官、三军将士听了，个个神情振奋。明宣宗朱瞻基从此认定于谦是一个可以担当大任的难得人才。
于谦在山西、河南等地任过巡抚，为老百姓做了很多好事。中央政府里的杨士奇、杨荣、杨溥（史称“三杨”）等大臣对于谦的工作十分支持。于谦向朝廷建议的事情，都能得到及时的处理。于谦进京办事，从来不向当朝的权贵送礼物、通关节。于谦居官廉洁自守，不向百姓妄取一物。于谦从河南巡抚任上回京时，写过一首诗来表明自己的心迹：“清风两袖朝天去，免得闾阎话短长。”
“土木堡之变”后，于谦更成了挽救危亡局面的众望所归的关键人物。明代宗朱祁钰摄政时，有一次，群臣集会议事。有人倡议严厉追究王振党羽的责任。王振的死党马顺跳出来对倡议者加以斥责。给事中王告按捺不住自己的义愤，冲上前去，揪住马顺的头发，痛斥道：“你好大的胆子，一贯仗着王振的势力作威作福，到今天还敢这样嚣张！”其他议事官员也就势拥过来，七手八脚，将马顺当场打死。当时，现场秩序混乱，明代宗朱祁钰不知所措，站起来想避进宫里去。于谦排开众人，拉住明代宗朱祁钰，告诉他说：“不能走！要因势利导，把局面稳住！”明代宗朱祁钰才镇静下来，大声向群臣宣谕道：“马顺罪有应得，本该处死。大家要镇静下来。今天的事情就不再追究了。”现场秩序这才恢复过来。此时，于谦身上穿的官袍早已在混乱中被拉裂了口子。会议散后，吏部尚书王直紧紧拉着于谦的手，赞叹不已：“国家在危难时候，正要依靠您这样处变不惊的人才。”
明英宗朱祁镇被俘、也先直逼北京的消息传到北京后，人心惶惶。皇帝被敌人抓去当了人质，这个国家还怎么能维持下去呢！北京城里的朝廷官员，展开了激烈的争论。有的人说：“天命已去，只有迁都到南方，才能躲过灾难！”有的说：“文皇（指朱棣）把都城迁到这里，这是子孙世代不能变动的大计，决不能再把都城迁回南方！”
兵部侍郎于谦的意见最为斩钉截铁。他说：“谁主张南迁，就应该斩谁！京师是天下的根本，一动则大势去矣！大家难道不记得宋朝南渡的教训了吗？当务之急是迅速召集各路勤王兵马，下定决心，死守京城！”于谦的意见得到大多数官员的赞同，也得到孙太后的首肯。
孙太后亲自出面，召百官定计。孙太后表示：“皇帝（明英宗朱祁镇）率六军亲征时，已下令郕王在京监临百官。政务不能久旷，现在宣布，郕王正式代理皇帝之任，朝臣皆向郕王受命。”
在孙太后的主持下，还实行了两项重大举措：一是立朱祁镇的长子朱见深为皇太子。二是任命朱祁镇的弟弟朱祁钰总领百官，主持国家大事。此后不久，为了彻底断绝也先利用明英宗朱祁镇要挟明朝军民的念头，大臣们又向孙太后建议，立朱祁钰为帝。朱祁钰表示推辞时，于谦正色劝道：“我们都是诚心诚意地担忧国家的命运，绝没有什么个人考虑，也绝不是为什么个人打算。”明英宗朱祁镇也从也先营中秘密托人捎话，要朱祁钰继承帝位，以维持皇统。在这种情况下，朱祁钰终于同意即帝位，并举朱祁镇为太上皇帝，史称朱祁钰为明代宗。
经过这一番政治上的整顿，明朝的大局才稳定下来。以于谦为中流砥柱的明朝军民，团结一心，决心抗击瓦剌军的入侵，保卫大明国的江山社稷。在于谦的力争下，明代宗朱祁钰下定决心保卫北京，并把守城的重任交到于谦身上。
“土木堡之变”，英宗所率50万京师劲旅皆没，北京只剩下不到10万老弱病卒。明代宗宋祁钰召大臣议事，兵部尚书于谦泣言：“瓦剌贼人无道，必将长驱深入侵掠，宜早为之备。先前京中各营精锐，基本皆随太上皇出征，京中军资器械，十不存一。当急之计，应召集民夫义勇，更替治河漕运官军，让他们一起前往神机营报到，操练听用。工部方面，也要马上日夜赶工，督造防守器械。京师九门，应遣都督孙镗、卫颖等人亲率士兵出城守护，列营操练，以振军威。文臣方面，应派给事中官员等人分头出巡，以免疏漏。同时，还应把城外居民皆迁入城内，以防遭瓦剌劫掠。”
于谦还救出因坐不救乘舆（英宗皇帝）之罪的宣府守将杨洪和万全守将石亨出诏狱，命杨洪回守宣府，石亨统管京营兵马。明代宗朱祁钰对于谦言听计从，分派兵部要官守卫居庸关、紫荆关等重要关口。派出数位文臣巡抚各地，抚安军民，招募兵马。由此，北京城内外又有近30万可用的人马。
也先修整部队后，在明英宗正统十四年十一月以送明英宗朱祁镇回京为名，与可汗脱脱不花合兵，入寇紫荆关，北京戒严。
此次入侵，也先仍旧是三道分出。他自己率主力由中路进发。首先，一行人到达大同，也先首先派被俘的明朝太监喜宁和指挥岳谦往城下叫门，说是瓦剌部队送明朝皇帝回家。
守将郭登明白无误告知城下的也先：我大明已有新君，不要再用明英宗朱祁镇要挟我们。
也先知道明军防备甚严，得不到便宜，便不攻而去，向紫荆关杀来。由于寡不敌众，紫荆关被也先部队攻破，明军指挥韩清等人战死。消息传来，“朝野汹汹，人无固志”。
于谦命诸将皆背门而阵，紧紧关闭各个城门。于谦本人身穿甲胄，在德胜门外建指挥中心，以示自己也有必死之心。同时，于谦下死命令：临阵将领不顾士兵率先后退者，杀主将；军士不听指挥先退者，后队斩前队。于谦四处入营流泪激劝，以忠义鼓励三军。“人人感奋，勇气百倍”。大敌当前，明廷内部终于总体上一致对外，抱成一团。
尚宝司丞夏瑫又陈说四策：第一，瓦剌军多骑兵，擅长野战，不擅攻城，开始时应坚壁高垒，以沮其气；第二，如果敌军深入，应派敢死队夜袭敌营，并在纵深地带埋伏兵马，以逸待劳，纵出杀掉追击的敌人；第三，瓦剌举国而来，退无所御，应命令防边士兵内外夹攻，敌人会因担心退路被截而惊溃；第四，明军本身依城为营，应保证退有所归，把军队分为三队，如果前队战退，严命中队斩前队退兵以儆效尤，不斩退兵者，与退兵者同罪，后队突前斩之，此举在于使士兵生畏怯之心，反正都是死，不如死敌。如此种种，明代宗朱祁钰皆“诏趋行之”。
明军共22万人，绕城列阵，旗甲鲜明，严威赫赫。瓦剌军胆怯，不敢轻犯。也先派出小股部队骑兵来骚扰。于谦在空屋中设伏，派出骑兵诱敌。双方交手，明军佯装不支，扭转马头往回跑。也先来了精神，麾万余铁骑追击。埋伏于空屋中的明军突出，箭弩齐发，瓦剌军死伤数千人，大败而走。也先郁闷至极，知道北京城不是想象中那样容易攻克的。也先遂趁夜移营，准备不声不响地撤围。
于谦从派出间谍的嘴里得知明英宗朱祁镇已被也先转移走，不在德胜门外。于是，于镇马上令石亨等人高燃火把，以巨炮猛轰城门外悄悄卷帐拔寨的瓦剌军，一时间血肉模糊、鬼哭狼嚎，万余瓦剌军人变成肉块。
正是在于谦的指挥下，“傲如石亨，怯如孙镗，懦如王通，无不斩将搴旗，缘城血战，追奔逐北，所向披靡”。史称于谦“当军马倥偬，变在俄顷，（于）谦目视指屈，口具章奏，悉和机宜。僚吏受戒，相顾骇服。号令明审，虽勋臣宿将小不中律，即请旨切责。片纸行万里外，靡不惕息。其才略开敏，精神周至，一时无与比。至性过人，忧国忘身”。
国难当头，于谦主战不主和，使得也先奇货可居的愿望没有实现，维护了明朝的利益。于谦针对群臣各持议和的局面，力拂众议，表示“社稷为重，君为轻”，派人持书申诫边将，不要擅自与瓦剌讲和，不要擅自接受瓦剌人送来的信，甚至明英宗朱祁镇本人的亲笔信也不能收。如此，也为于谦本人日后的悲剧埋下了伏笔。
于谦为人太过正直，所以才触怒了后来阴谋陷害他的徐有贞、石亨这两个小人，非要置其死地不可。对徐有贞来讲，当初他首议南逃迁都，于谦带头叱责，已经让他对于谦恨之入骨。后来，于谦为人善良，徐有贞求于谦在明代宗朱祁钰面前说好话给自己升官，于谦果真一口答应。但是，明代宗朱祁钰坚持不答应升迁徐有贞。为此，徐有贞“以小人之心，度君子之腹”。至于石亨，北京保卫战之前，他从大同战场逃归，本来被夺职，正是于谦保荐，他才得重新启用，且一战成功。于谦不允许其子入京陛见皇帝，并斥责石亨不以公行事。这样一来，石亨大恨，与于谦结下了梁子。
明代宗景泰八年（1457年），景泰帝朱祁钰重病期间，五清侯石亨、徐有贞、宦官曹吉祥等人密谋帮助明英宗朱祁镇复辟。事有凑巧，当时北边传来了瓦剌骚扰边境的战报。于是，石亨借机以保护京城安全为名调兵进城。直奔南宫。石亨派人撞开了宫门，请明英宗朱祁镇登辇，众人的士气空前高涨，簇拥着明英宗直奔大内。守门的军卒本想阻拦，这时，明英宗朱祁镇站了出来，守门的兵卒傻了眼。众人兵不血刃进入了皇宫，朝皇帝举行朝会的奉天殿而来，并将明英宗朱祁镇扶上了宝座。这时已是天色微亮，众朝臣已经等在午门外准备朝见，听到钟鼓齐鸣，便按序走入奉天殿。不料，竟然发现宝座上的皇帝已经不是明代宗朱祁钰了，而是明英宗。正在众人犹豫之际，徐有贞站出来大喊“太上皇复辟了”。众朝臣见此，只好跪倒三呼万岁，明英宗朱祁镇就这样又重新取得了皇位。
明英宗朱祁镇复辟后，改元天顺，以谋逆罪冤杀了北京保卫战的功臣于谦。当徐有贞、石亨去抄家时，竟然发现于谦家里“家无余资”，令明英宗朱祁镇也大惊失色。多年以后，一次石亨的亲信陈汝言获罪被抄家，明英宗朱祁镇亲自监督，竟然发现陈汝言家私万贯，大为震怒，说：于谦掌管兵部多年，家无余资，而陈汝言只做了一年，居然能敛到这么多？据说于谦临刑的时候，日月无光，京城百姓，包括一部分曹吉祥的亲信都痛哭不已，甚至为于谦安葬。可见这公道自在人心，是杀戮所不能灭绝的，而明英宗朱祁镇冤杀于谦则无疑是把自己和杀害岳飞的宋高宗赵构以及后来杀害袁崇焕的崇祯皇帝朱由检划归为一类。
于谦诗文亦佳，《石灰吟》被认为是他人生的写照：
千锤万击出深山，烈火焚烧若等闲。
粉骨碎身全不怕，要留清白在人间。
于谦与王文被判极刑时，王文不停申辩自己无罪，于谦坦然，笑着说：“此必石亨等人主意，争辩又有何用！”怡然受刑。于谦的死刑处决方式极其残酷，先被剁去手脚，再被处死，几乎介于腰斩和凌迟之间。后世之所以很少有人知道于谦死状，是因为明英宗朱祁镇的儿子明孝宗朱见深替老子修实录时，为掩遮父过，让人删除了处死于谦的有关记述。当时，有兵将感于于谦的忠义，收取其遗骸殓之。一年后，于谦的尸身才得以归葬杭州。
东厂和西厂“为明代独有之弊政”。与东厂一样，西厂也是一个特务组织，始立于明宪宗成化十三年（1477年）。设立的地点就在西城灵济宫前面的一家灰厂内。明宪宗朱见深为什么要在东厂之外再设立西厂呢？据说是明宪宗朱见深觉得要知道外面的事情，单有一个东厂远远不够。
事情还得从明宪宗成化十二年（1476年）说起。这一年的七月，京师捕获“妖人”。有人说“妖人”名叫“李子龙”，借助宫内太监鲍石、郑忠的帮助进入内府，登万岁山观望，图谋不轨。
总之，“妖人”抓住后，皇帝朱见深派太监汪直在灰厂审讯此事，随后就干脆在灰厂新立了一个特务机关即西厂，由汪直提督厂事。汪直是很有点特务才能的，据说他能够化装成平民百姓往来于京城之间，“布衣小帽，时乘驴或骡，往来京城内外，人皆不之疑”。京城内外，大政小事、方言巷语，汪直都能一一向皇帝汇报。西厂正式成立后，汪直借用锦衣卫中的力量，在全国范围内展开了他的特务网络，据说“自诸王府、边镇及南北河道，所在校尉罗列”。西厂的特务人数，在当时比东厂要多出一倍。东厂的太监尚铭，也不得不俯首听命于汪直。
因此，西厂气焰非常嚣张，成立的当年就连兴大狱，逮捕了郎中武清、乐章、太医院院判蒋宗武、行人张廷纲、浙江布政使刘福、左通政方贤。明代各省的左、右布政使是从二品，品秩相当高。然而西厂却可以不经皇帝同意就擅自抄捕。
这种情形让当时的大学士商辂、兵部尚书项忠忍无可忍。商辂向明宪宗朱见深建议，撤销西厂，主要的理由就是擅抄没三品以上京官。其疏还有这么几句话，可以让我们想见当时西厂对正常的政治秩序的破坏：“自直用事，士大夫不安其职，商贾不安于途，庶民不安于业。”孟森曾说东厂、西厂这样的特务机关只是凌蔑贵显有力之家，尚未至得罪百姓。可是，《明史》中就提及汪直的西厂对于民间打架斗殴、鸡狗之类的小事，也处以极重的刑罚。
看来，商辂所说的“庶民不安于业”并非夸张。当然，皇帝朱见深有自己的看法。明宪宗朱见深接到商辂的奏疏，说：“用一个宦官，哪里就至于这样呀？”但终于拗不过商辂的坚持，加上兵部尚书项忠也上疏请求撤销西厂。因此，明宪宗成化十三年（1477年）五月，西厂撤销，汪直回御马监办事。
但是，同年六月，商辂和项忠就先后被罢免，西厂又恢复了。这一恢复，就一直到明宪宗成化十八年（1482年）汪直失宠以后撤销为止。总共计来，西厂在成化朝的历史上存在了五年多。
成化朝的西厂，一方面是扩大了明代特务的职能与侦察范围，侦察的地点不限于都城、地方，而遍及南北边腹各地，这是此前的东厂所没有的；另一方面，明宪宗朱见深之设西厂，无疑加强了皇帝对于特务组织的偏爱心理。后来的武宗，也就是宪宗的孙子，就效仿他祖父的做法，非但重建西厂，又增设了内行厂。特务组织的存在，使原本属于厮役之流的旗尉得以肆意凌辱大臣，也算是明代的创举了。
明宪宗成化二十三年（1487年）九月初六，皇太子朱祐樘即位，是为明孝宗。次年，明孝宗朱祐樘改元为弘治。明孝宗朱祐樘颁布大赦天下的诏书，同时斥逐了佞幸李孜省、太监梁芳和外戚万喜等人。不到一个月，明孝宗朱祐樘有旨汰传奉官，于是罢黜右通政任杰、侍郎蒯钢、指挥佥事王荣等2000余人，又罢遣禅师、真人及西番法王、国师等1000多人。
李孜省本是布政司吏员，待选京职时贪赃事发，藏匿不归。李孜省得知明宪宗朱见深好方术，于是学道家五雷法，结交太监梁芳等人，以符箓求进，得到明宪宗朱见深宠幸，竟然官至礼部右侍郎，并掌通政使司之事。李孜省以扶鸾等手段迷惑明宪宗朱见深，日益作威福，搢绅进退，多出其口。加之执政大臣万安等人从而附丽，势焰更炽。
太监梁芳是个贪黩谀佞之辈，因谄事万贵妃为靠山，又与李孜省等勾结，共为奸利。梁芳取中旨授官，不由吏部，前后多达数千人，称为“传奉官”，一时诸杂流加侍郎、通政、太常、太仆、尚宝者，不可悉数。士论虽以此为耻，梁芳等人却将其作为把持朝政的基础。
万喜与万通、万达均万贵妃之兄弟，倚仗万贵妃的权势，又与太监梁芳、妖人李孜省勾结一气，大学士万安又附为同宗，沆瀣一气，朝臣为之侧目。
李孜省、梁芳、万喜等人的斥黜，使朝廷官员们为之一振，他们遂将这一愿望寄托在新皇帝身上。明孝宗朱祐樘登基之初，六科给事中及十三道监察御史立即交章弹劾李孜省及其党羽邓常恩、赵玉芝交结太监梁芳、外戚万喜等诸不法之事，并且建议追究万贵妃之罪。但明孝宗朱祐樘是个生性宽和的人，这也许与他少年经历坎坷有一定关系。明孝宗朱祐樘以“宅忧”为由，只将梁芳谪为少监，万喜降为指挥使，李孜省及其党羽邓常恩、赵玉芝等谪戍陕西边地，而诫勿言万贵妃之事。
这一年的十月，以刚直敢谏闻名的资深大臣王恕被召为吏部尚书。王恕的直言在明宪宗朱见深朝是著名的，其“先后应诏陈言者二十一，建白者三十九”，皆力阻权幸，因此民谣说：“两京十二部，独有一王恕。”结果不仅贵近侧目，明宪宗朱见深也颇厌苦之，先是将王恕遣往南京任兵部尚书，后来索性借南京兵部侍郎马显乞罢之机，附批令王恕致仕，乃至朝野大骇。这次王恕被重新起用，并入主吏部，使朝廷政策及用人方针发生了根本变化。
明孝宗朱祐樘即位，“始用廷臣荐，召入为吏部尚书。”这其中起到微妙作用的却是一名有影响的资深太监怀恩。怀恩在明宪宗朱见深朝掌司礼监，当时汪直掌西厂，梁芳、韦兴等用事，怀恩地位在他们之前，性格忠耿无所挠，宦官们对其敬惮有加。为保护直言官员，怀恩不惜与宪宗朱见深争执。怀恩素闻王恕的直言，经常叹道：“天下忠义，斯人而已。”明宪宗朱见深晚年，因万贵妃谗言，曾想改立太子，怀恩力争，被斥居凤阳。太子朱祐樘即位后，将其召回宫中，仍掌司礼监。于是，怀恩力劝起用王恕，斥逐大学士万安。
起初明孝宗朱祐樘的精力主要放在了整顿吏治方面：罢免了以外戚万安为首的“纸糊三阁老”；将成化朝通过贿赂、溜须拍马发迹的官员一律撤换；斥逐佞幸之臣，礼部侍郎李孜省、僧人继晓等，或杀或贬，逐出京师；而一些获罪较轻的官员，或贬官放逐，或流放边地，或孝陵司香。人们很快便不得不对这位年轻皇帝刮目相看了。斥佞用贤的弘治初政，给成化后期混乱的朝廷打了一针兴奋剂，朝廷官员们感到那失去的秩序仿佛重又来临了。
明孝宗朱祐樘的治国方略核心即在任用大臣。大量起用正直贤能之士，重新启用了一些在成化朝由于直言被贬的官吏，其中著名的有王恕、马文升等人，以及徐溥、刘健、谢迁、李东阳等贤臣，并为前朝功臣于谦建旌功祠，使得无论是朝中还是宫中都为之一新。弘治一朝，名臣辈出。内阁的大学士、六部的尚书，都是贤明有能的道德君子。刘健、谢迁、邱濬三位大学士，六卿之长吏部尚书王恕，都是著名的学者与能臣。成化年间有一句谚语：“纸糊三阁老，泥塑六尚书。”那意思很明白，大学士万安、刘吉、王翊以及六部尚书，都不过是一些无能之辈。反观弘治朝的阁、部大臣，则是人才济济。
明宪宗成化二十三年（1487年）十月，明孝宗朱祐樘即位才一个月，就罢免了品格不好的万安，选用徐溥入阁；十一月，又录用刘健入阁；明宪宗弘治四年（1491年），邱濬入阁；弘治八年（1495），邱濬死后任用谢迁、李东阳为阁臣；明宪宗弘治十四年（1501年）九月，秦濬入阁。
徐溥是当时的南直隶宜兴人，明孝宗弘治五年（1492年）后任首辅大学士。徐溥的辅政风格，讲究“安静、守成法”，与明孝宗朱祐樘的性格有契合处。而且，徐溥与同僚谢迁、李东阳等人之间，不存在权力斗争，相互间配合得很好。
明朝的皇帝大都是粗暴的，从明太祖朱元璋起就动不动鞭挞大臣，但终明孝宗朱祐樘一世，未鞭打过一个大臣。明孝宗朱祐樘对深孚众望的大臣刘健、谢迁格外器重，总是称“先生”而不喊名字。每次下朝，明孝宗朱祐樘都要临轩而送，看到两位大臣走后才肯回宫。明孝宗朱祐樘生活也十分俭朴，每餐不过两菜一汤。由于幼年营养不良，明孝宗朱祐樘很早就脱发，乃至谢顶。节俭之余，明孝宗朱祐樘对大臣的生活却格外关心。明朝的官员大都是薄俸，大学士一年的俸禄不过几百两银子。明孝宗朱祐樘多次召对大臣刘健、谢迁，临走时总是从袖口里拿出两锭银子，温勉有加，告知这是私下从大内取出给两位补贴家用的。大臣们无不为之动容。
大臣之间的和睦相处，自然能够形成一种与皇权相制衡的“文官”权力。从明孝宗弘治八年（1495年）起，已经做了八年好皇帝的明孝宗朱祐樘，据说“视朝渐晏”，就是上朝上得晚了一些。这在儒臣们看来，是皇帝走向堕落的初步。明孝宗弘治十年（1497年）二月，徐溥等人向皇帝上疏，要求皇帝远离诱使皇帝斋醮的宦官李广，而将更多的精力放在处理朝政和接触儒臣上。与绝大部分明代皇帝不同，明孝宗朱祐樘能够非常谦虚地接受大臣们的意见，就在明孝宗弘治十年（1497年）的三月于文华殿召见了内阁大学士徐溥、刘健、李东阳、谢迁，集聚一堂共商政事。议事完后，皇帝赐诸位大臣吃茶，然后散去。召见大臣，面议国事，在当时被称为“盛事”。终弘治一朝，从《明史·孝宗本纪》中的记载看，除这一次首开先例外，大概先后还有过四次。像这样召见阁臣面商国家大事，其对于大臣们的激励作用是可以想见的。所以，一方面，可以看出弘治一朝君臣关系之和睦；另一方面，也可以看成是明孝宗朱祐樘对于儒臣的信任。
内阁大学士之外，弘治一朝的六部大臣，也都是正人君子。例如，吏部尚书王恕在弘治一朝的政治中就发挥了非常重要的作用。王恕，字宗贯，号石渠，陕西三原人。王恕在成化朝的时候就因平大藤峡瑶民起义、安抚荆襄流民而名满天下了。前文已经说过，王恕因为敢于直言，得罪了汪直，一直只能在南京做官。但是，王恕在南京尚书任上仍然是敢于言事。所以，明孝宗朱祐樘一即位，就听从群臣的推荐，召王恕为吏部尚书。在不设宰相的明代，吏部尚书是诸卿之长，掌管对官员的考察与任命，权势颇重，高于其他各部。王恕在吏部所荐用的都是正人君子。据说，王恕曾带着他的第七个儿子王承裕到京城。王承裕每天为父亲接待来访的朝臣名士，和他们交谈，然后将自己的观察原原本本地告诉父亲。继王恕之后任吏部尚书的大臣中，马文升也声名甚盛。李东阳后来有诗，称赞明孝宗朱祐樘之善待人臣，其中有一句说：“近臣常造膝，元老不呼名。”说明明孝宗朱祐樘对待大臣总像是对待家人一般亲切。
在信任大臣之外，明孝宗朱祐樘又要求加强对臣工们的考察，这便涉及到一个完善考察制度的问题。孟森曾说：“明之一代立法创制，皆在太祖之世。至孝宗朝，始有修明之举。”意思是说，明代的制度基本上是在明太祖朱元璋统治的时候就已经建立，后来的皇帝中能够提出较贤明的政治制度的，也就是明孝宗朱祐樘。
在明代的皇帝中，明孝宗朱祐樘最为仁慈。明孝宗朱祐樘对于救荒的工作非常重视，要求各级官府都要设立常平仓，以应付灾荒。
在内政上最主要的措施是大力兴修水利，发展农业，繁荣经济。明孝宗弘治二年（1489年）五月，开封黄河决口，明孝宗朱祐樘命户部左侍郎白昂领5万人修治。明孝宗弘治五年（1492年），苏松河道淤塞，泛滥成灾。明孝宗朱祐樘命工部侍郎徐贯主持治理，历时三年方告完成。从此，苏松消除了水患，再度成为鱼米之乡。
在刑罚方面，明孝宗朱祐樘要求慎重施刑。在明孝宗朱祐樘的这种要求下，一些素以残酷闻名的特务机构如锦衣卫都变得仁慈起来。据历史记载，于谦的女婿朱骥是当时的锦衣卫使，在审理大案时，十分谨慎，从不轻易定人死罪。明孝宗朱祐樘所任用的执法官吏比较贤明、公正，一扫明宪宗朱见深时代特务横行的恶劣风气。
明孝宗朱祐樘对自己的要求也比较严格，尽管由于幼年坎坷的生活使他一直身弱多病，但他却勤于政事，不仅早朝每天必到，而且重开了午朝和经筵侍讲，每天请有学问的大臣向自己讲解“圣贤经旨，帝王大道”，向群臣咨询治国之方，使得大臣有更多的机会协助他办理政务，也使他有更多的时间处理政事，从而避免受到宫中妃嫔、宦官的不良影响。明孝宗朱祐樘还开辟了文华殿议政，其作用是在早朝与午朝之余的时间，与内阁共同切磋治国之道，商议政事。
明孝宗朱祐樘的勤政终于得到了回报。他在位期间，吏治清明、社会安定，是明代历史上少有的经济繁荣、人民安居乐业的和平时期，被史家称为“弘治中兴”。