因萧懿荡平叛军有功，萧宝卷将他留在京都，封他为尚书令。又封他的弟弟萧畅为卫尉，职掌器乐。萧懿的二弟雍州刺史萧衍，立即派亲吏虞安福入都劝萧懿说：“你虽然一举平贼，立下大功，但同时也引起了嗣主的疑忌。政治清明的时候，功高位尊的人都难以自保，更何况是现在的乱世呢？现在你要么趁势攻入皇宫，逼嗣主让位；要么托词抵抗胡虏，继续镇守豫州。千万不能放弃兵权，一旦你失权，单单享受高官厚禄，将来一定会后悔！”萧懿摇头不答，长史徐曜甫也从旁苦劝，但他仍旧不听。茹法珍、王咺之等人忌惮萧懿的威权，偷偷对萧宝卷说：“萧懿恐怕会造反，臣担心陛下危在旦夕！”萧宝卷矍然起座，当即令茹法珍等人设法除掉萧懿。
徐曜甫得知消息，慌忙在江边备好船只，劝萧懿去襄阳。萧懿却慷慨激昂地说：“人生自古谁无死，你见过叛逃的尚书令吗？”萧懿有九个弟弟，除萧衍、萧畅外，还有萧敷、萧融、萧宏、萧伟、萧秀、萧憺、萧恢。萧伟与萧憺已在襄阳。萧敷、萧融等人还在京都，都准备逃匿。茹法珍等人怕萧懿叛变，趁他在尚书省，派人给他送去毒药。萧懿毫不畏惧，只是对着使者叹道：“我弟弟在雍州，我很为朝廷担心啊！”说完，服毒自尽。此时，萧懿的弟弟、侄子都已逃离京城，只有萧融被捕处死。萧宝卷又派直后将军郑植去刺杀萧衍。
郑植的弟弟郑绍叔，曾是萧衍的宁蛮长史，茹法珍让郑植先连络郑绍叔，再去行刺萧衍，以确保万无一失。两兄弟见面后，十分欢愉，郑植将朝廷的意思告诉了弟弟。郑绍叔随即又转告萧衍。萧衍特地带着酒肉，去郑绍叔家为郑植接风。饮到半酣，萧衍笑着对郑植说：“朝廷特意派你来杀我，所以今天我也特意带着人头来见你。可你为什么不趁早取走我的性命呢？”郑植也大笑说：“明天再说吧！今天我们先喝酒。”等到酒阑席散，萧衍又请郑植遍阅城隍府库以及士马、器械、舟舰。看完后，郑植回家对弟弟说：“雍州的实力确实不容小觑，看来朝廷还不好攻取。”郑绍叔回答说：“大哥回去后，不妨对陛下据实以告，他如果想要攻取雍州，弟弟愿率众人全力赴战，一决雌雄。”郑植住了两天，当即告辞回京。
郑植离开京城的时候，萧懿还没死，所以与萧衍等人见面时，郑植也没提及萧懿的事。噩耗传来后，萧衍向东痛哭许久。到了夜间，他便召来参军张弘策、吕僧珍、长史王茂、别驾刘庆远、功曹吉士瞻等人密商。第二天早上，萧衍召集僚属说：“眼下天子昏庸残暴，朝廷小人当道，我想与你们一同起事，废昏立明，共扶社稷！”众人齐声应命。当下，全军备战，整装待发。
萧衍正要出兵，忽然传来消息说，朝廷派辅国将军刘山阳，会合荆州长史萧颖冑，想一道袭取襄阳。萧衍立即派参军王天虎驰赴江陵，放出消息说，朝廷派刘山阳攻袭荆州、雍州两地。同时又致信萧颖冑两兄弟，约他们一同起义，一起杀入建康。萧颖冑两兄弟是南康王萧宝融的僚属，收到书信后，二人都十分犹豫。
刘山阳在巴陵逗留十多天，徘徊不进。一天，王天虎奉萧衍之命给萧颖冑送去用兵计策。萧颖冑忙召来参军席阐文、咨议柳忱密商。参军席阐文说：“眼下雍州的实力非常雄厚，京城肯定不是萧衍的对手。就算我们侥幸打败雍州，朝廷也只会疑忌，不见得会容纳我们，所以我们不如诱杀刘山阳，与雍州一同起事，共图霸业！”柳忱接口说：“现在朝廷已是非常狂悖，京师权贵没有一个不小心翼翼。还好我们镇守京外，暂时能保全自己。但现在朝廷派刘山阳前来，一看就是想借我们的实力来谋取雍州，这分明是卞庄刺虎的计谋。难道您还没听说尚书令萧懿的事吗？他率数千精兵大破崔氏十万大军，保全京都，没想到最后竟然被诛杀了！况且雍州刺史萧衍雄略盖世，不是刘山阳所能抵挡的。如果刘山阳战败，朝廷肯定会归罪我们，说我们没有竭力相助，到时进退两难，还不如就依阐文的计策呢！”萧颖达听完二人的建议，也说道：“他们说得是，大哥不可不依啊！”萧颖冑考虑了一会儿，问道：“席参军劝我诱杀刘山阳，可我该如何诱杀呢？”席阐文当即回答说：“刘山阳迟疑不进，分明是怀疑我们，我们只好斩下王天虎的首级来换取他的信任。等他欣然前来，我们就好趁机下手。”萧颖冑犹疑不绝：“杀掉王天虎，萧衍岂不会怀疑我们？”席阐文朗声道：“这也不难，可以先通知他，说是形势所逼，我想他应该会体谅我们的。”
于是萧颖冑一面派使者通报萧衍，一面将王天虎召入内室，伤感地对王天虎说：“王参军与辅国将军刘山阳相识，非常抱歉，今天只有借你的脑袋一用了。”王天虎惊骇至极，刚要开口说话，萧颖达从背后就是一刀，将他劈死。没过多久，王天虎的首级就传到了刘山阳手里。刘山阳得到王天虎的首级，又听说荆州即将发兵讨伐雍州，当即高兴地带着十几名随从去与萧颖冑见面。萧颖冑早已布置好埋伏，刘山阳入城后，一声暗号，伏兵齐出。此时，就算刘山阳有三头六臂，也只有毙命的分了。刘山阳的副将李元履听说主帅被杀，忙带着众人前来请降。
萧颖冑怕司马夏侯详不肯一同起事，连忙找柳忱商议。柳忱回答说：“这件事也容易办。前几天，夏侯详的儿子向你女儿求婚，大人还没有答应，为大局着想，你就不要再心疼女儿了。”萧颖冑依议而行，果然夏侯详当即答应起事。十三岁的南康王萧宝融，当即被迎立为皇帝，由萧颖冑为他准备即位事宜。萧颖冑随即令萧衍督管前锋各军事，自己督管行留各军事，并加封夏侯详为征虏将军，派宁朔将军王法度出驻巴陵。然后又派人将刘山阳的首级送到雍州，约期第二年二月，进兵建康。
萧衍派王天虎送书信时，曾对张弘策说：“兵法中以攻心为上策，天虎去荆州送书信，每人都有一封，唯独南康王的部下有两封书信，而且这两封是专门送给萧颖冑两兄弟的。外人肯定会觉得这两兄弟有什么见不得人的隐情，他们也无法为自己辩解，所以只能归附我。两份空函足以平定一州了。”等到萧颖冑想以王天虎的首级换取刘山阳的首级，并派人去征求萧衍的意见时，萧衍也是没有答复，暗示默许。刘山阳的首级送来后，萧衍听说要等来年才发兵，顿时大怒道：“行军打仗全靠一股锐气，现在已是箭在弦上，哪有往后延期的道理？”当下要求立即出兵。
南康王萧宝融只得发放檄文，准备攻打建康。当时宁朔将军王法度逗留不进，萧宝融将他罢职，改派冠军将军杨公则进军巴陵，直逼湘州，又令辅国将军邓元起出兵夏口。刚巧夏侯详的儿子骁骑将军夏侯亶，从建康逃到江陵，萧颖冑让他对外声称，说自己是奉宣德太后之命前来迎南康王即位的。年末，萧宝融打算在新年即位，随即将太后的假诏颁示四方。
萧衍部署完毕，正打算起程，竟陵太守曹景宗劝他将萧宝融迎到襄阳，让萧宝融在襄阳即位，然后再出军。萧衍置之不理。长史王茂对张弘策说：“现在南康王在别人手中，如果他们挟天子令诸侯，我们就会受制于人，这怎么能行呢？”张弘策如实转告萧衍，萧衍笑着说：“如果战败，我们就同归于尽；如果成功，我军威震四海，那时他们敢不听我的话吗？我又不是庸碌之辈，怎么肯受他们控制？”随即率大军起程。上庸太守韦睿，华山太守康绚，梁南、秦二州刺史柳惔相继起兵响应。
萧衍在沔南设立新野郡，安置刚刚归附的兵民，令他们静候调遣。京都已经听到消息，萧宝卷连忙下诏征讨荆、雍二州，接着调兵遣将忙个不停。不料，冠军将军杨公则进逼湘州，湘州行事张宝积出城迎降。杨公则随即进入长沙城，张榜安民。湘州平定。
第二年是永光三年，南康王萧宝融自称相国，任命萧颖冑为左长史，号为镇军将军，萧衍为征东将军，杨公则为湘州刺史。
大军行进到竟陵，萧衍令长史王茂、太守曹景宗率军做前锋，中兵参军张法安留守竟陵城。将领们都恳请萧衍让大部队围攻郢城，小部队袭击西阳武昌。萧衍摇头说：“前竟陵太守房僧寄现在固守鲁山，与郢城互为掎角，我如果率大军进攻郢城，房僧寄肯定来断我的后路。所以我想派王茂、曹景宗先率军渡江，与荆州军会合，然后一同进逼郢城。我亲自率兵围攻鲁山，打通沔汉，令郢城、竟陵提供粮饷，江陵、湘中提供士兵。那时兵多粮足，还怕攻不下这二城吗？二城一破，就胜券在握了！”随即令王茂等人率军渡江。
郢州刺史张冲闭城自守，王茂与曹景宗进驻石桥浦。荆州将领邓元起、王世兴、田安之率数千人前来会合王茂、曹景宗。湘州刺史杨公则也率部众来到夏口。萧颖冑令荆州诸军都受杨公则的调度，另任命参军刘坦为长沙太守。刘坦先前在湘州任职，深得民心，这次回到长沙，他动员百姓运粮接济荆、雍军，百姓全都积极响应。萧衍屯兵汉口城阻住鲁山军，并令水军将领张惠绍游弋江中，断绝郢、鲁二城的往来。逼得郢州刺史张冲愤懑成疾，没过多久，便病逝了。临死前，张冲将郢城托付给儿子张孜以及骁骑将军薛元嗣、征虏长史程茂。
这边两军正相持，那边南康王萧宝融已在萧颖冑等人的劝说下，在江陵即位，改元中兴。随即册立王妃王氏为皇后；授任萧颖冑为尚书令，萧衍为左仆射，夏侯详为中领军；封晋安王萧宝义为司空，陵王萧宝源为车骑将军，建安王萧宝夤为徐州刺史；又任命将军萧伟为雍州刺史，下诏废黜萧宝卷为涪陵王20。然后大赦天下，梅虫儿、茹法珍等人除外，同时派御史中丞宗夬到夏口慰劳萧衍。