陈显达决定起兵攻打建康前，先派长史庾弘远、司马徐虎龙送去檄文。萧宝卷当即调兵遣将，令护军将军崔慧景、后军将军胡松、左卫将军左兴盛等沙场老将全力往讨。陈显达已七十高龄，精力不济，身手也不及从前敏捷，虽然在采石大破胡松，但在京都守城兵和左兴盛军的前后夹击下，只能受死。他的儿子以及部将也全部被诛杀。
豫州刺史裴叔业，听说朝廷屡次诛杀大臣，很是惶恐。朝廷也防他谋变，调任他为南兖州刺史。收到诏书后，裴叔业越发不安，不肯起程。他曾在京都担任殿中直阁的侄子裴植，偷跑回寿阳，劝他说：“现在京都人人自危，叔父也应该趁早为自己打算。”裴叔业于是密派亲信马文范去襄阳对萧衍说：“大人也知道现在的局势，陛下随时会对我们下手，所以我想去投靠北魏，说不定到时还能封个河南公。你觉得怎么样？”萧衍让马文范回去传话说：“陛下身边的人哪有什么远见？如果他们怀疑你，你就暂时将家人送到京都做人质，让他们相信你没有异心；如果京都一再相逼，你可以立即率兵直出横江，切断他们的后路，天下事一举可定。如果投靠北魏，只怕他们会派别人取代你，另择河北等处将你安置，那时岂不是得不偿失？”
裴叔业于是将儿子裴芬之送到建康，但裴芬之离开后，裴叔业仍想投靠北魏，并特意致信北魏豫州刺史薛真度。薜真度劝他早点投降，不要多疑。裴叔业左右徘徊，始终没有下定决心，但却与薛真度经常通信。都中人士渐渐有所耳闻，都怀疑他投靠了北魏。裴芬之怕受到猜疑而下狱，忙溜出京城，返回寿阳。裴叔业见儿子回来了，竟让他立即去北魏乞降。魏主元宏当即令彭城王元勰镇守寿阳，另封裴叔业为兰陵郡公，仍任命他为豫州刺史。齐主萧宝卷得到消息后，愤恨不已，当即令平西将军崔慧景率领水军讨伐裴叔业，又任命萧懿为豫州刺史，令他协助崔慧景西讨寿阳。
崔慧景早已图谋不轨。这次出行前，他密令儿子崔觉第二天出京，驰赴军前。身为直阁将军的崔觉听从父亲的命令，第二天单骑赶到广陵，与父亲会合。大军离开广陵十多里，崔慧景立即召集各军将领商议，哭着说：“我深受三代皇帝的恩遇，无以为报，如今幼主昏昧，朝廷浊乱，报恩就在今天。我愿与你们共立大功，共建社稷，你们觉得怎么样？”众人齐声响应。崔慧景当即率军返回广陵，司马崔恭祖立即开城将他们迎入。
在广陵待了两天，崔慧景打算率部众渡江。他先派人去见江夏王萧宝玄，表示愿意拥立他为帝。萧宝玄斩杀来使，一边发兵守城，一边派人通知京城。萧宝卷立即派马军将戚平、外监黄林夫，去协助萧宝玄镇守京口。萧宝卷还以为萧宝玄可靠，不会再生变端，哪知萧宝玄表面上回绝崔慧景，暗地里却和崔慧景勾结。原来萧宝玄与妃子徐氏本来伉俪情深，萧宝卷却因徐孝嗣而逼迫二人分离。萧宝玄一直怀恨在心，借机斩杀来使博取萧宝卷的信任，打算合并台城的将士以增强自己的实力。
戚平、黄林夫二人到了京口，萧宝玄立即与他们密商，试探他们。随后，发现戚平、黄林夫二人不肯合作，萧宝玄当即喝令身边的侍卫取下二人的首级。司马孔矜、典签吕承绪不禁大呼：“王爷造反了！”萧宝玄更是怒不可遏，立即送二人去见阎王了。然后令长史沈佚之、咨议柳澄分别统率部众，等待崔慧景。
崔慧景自广陵东返，顺利抵达京口，萧宝玄立即开城放入他们。一番商议，崔慧景做前驱先行，萧宝玄督率大军后进。建康大震。萧宝卷急忙发兵堵截叛军，没想到崔慧景军势如破竹，杀入建康外城，右卫率左兴盛战死。宫中危急万分，多亏卫尉萧畅力守南掖门，并分兵守住各个城门，多方抵御，众心才稍稍安定。见大军久攻不下，崔慧景的前锋将军崔恭祖献上一计，决定火攻北掖楼。崔慧景却说：“现在大局已定，何必毁坏那些建筑，将来又要修建，多花冤枉钱。”崔恭祖怏怏退出。崔慧景信佛，喜欢与人谈佛，他从乐游苑移居法轮寺后，整天闲坐，对客高谈。崔恭祖见状，禁不住叹道：“现在都什么时候了，哪还有参禅的时间？”
此时，豫州刺史萧懿从采石渡江而来，援救京都，崔恭祖忙到法轮寺，恳请亲自率军迎击。崔慧景傲慢地说：“你留在这里，叫我儿子崔觉去迎战吧。”崔恭祖退出后，回头看着寺门，郁闷地说：“我倒要看看你们父子俩能干成什么大事，萧懿岂是好惹的人？”
萧懿之前奉命西讨，屯驻小岘，他瞅准裴叔业病故，正要乘虚进攻，没想到京都一纸急诏促令他回援。当时萧懿正在吃饭，一得到消息，他就把筷子一扔，站起来召集各军。整备好后，他立即率领将军胡松、李居士等人回朝，一边渡江东行，一边举火示意。台城的人看到烽火，欢呼称庆。
萧懿军抵达南岸后过了许久，崔觉才领着军队赶来迎战。两边刚接仗，崔觉便领着残众夺路而逃。逃回京都，崔恭祖正在抄掠东宫，得到几名有姿色的女子。崔觉不禁垂涎，竟把崔恭祖拦住，将那几名女子据为己有。崔恭祖本已十分怨恨崔慧景，又被崔觉这么一激，怒火中烧，竟与骁将刘灵运一起向台军投降。崔慧景的部众见崔觉战败而回，而崔恭祖又率亲兵离开，料知大势不妙，纷纷逃散。崔慧景也觉得站不住脚，忙带着心腹，打算渡江北去。当时余众还不知情，驻守台城的萧畅趁势麾兵杀出，击毙数百人，众人纷纷逃散。
崔慧景带着亲兵逃亡，途中又被萧懿的巡兵追杀一阵，最后只剩他一人。来到江边，崔慧景想要渡江，渔人见他形迹可疑，便趁机打听，得知他就是叛军首领，渔民一拥而上，乐得杀他邀赏。崔慧景的儿子崔觉尽管做了道人，依旧难逃一死。崔恭祖虽然投顺，但朝廷仍将他处斩，萧宝玄在京中躲了好几天，后因搜查越来越严密，再没人敢收留他，逼得他只好出来自首。萧宝卷将他召入后堂，四面用幛帐将他围裹住，然后令几十名亲信鸣鼓进攻，同时派人传话说：“前几天，你就是这样围攻我的，今天我也让你享受一下这美妙的滋味！”一番折腾后，萧宝卷又将萧宝玄拉出来，赐他毒药，让他去见阎王了。
在搜捕余党的过程中，将领搜到一本小册子，上面记着许多叛党的姓名。萧宝卷看都不看，便令侍卫烧了它，同时感慨地说：“连萧宝玄都作乱，我再去责怪他人，有什么意思？”随即颁诏大赦，令所有的叛众余孽悔过自新。这确实是萧宝卷即位以后，绝无仅有的美政！偏偏一群奸诈的小人不按诏书办事，只要遇到家道殷实的人，他们便诬陷是贼党，将他满门抄斩，缴获钱财全部充入私囊。有人对中书舍人王咺之说：“皇帝没有信用，惹得民议沸腾。”王咺之说：“肯定还会有诏书下来，阻止这种暴行的。”果然，不久诏书又下来了，但那群小人横行如故。萧宝卷整天只知道嬉戏游乐，无心过问，放任小人为所欲为。
由于权贵已被消灭干净，萧宝卷更加恣意妄为，经常出宫游玩。每次要经过某条道路时，他总是先派人赶走道路两旁的居民，如果有人冒犯，格杀勿论。因此，自万春门到郊外，周围数百里，都是空家尽室。一天，萧宝卷去沈公城游玩，刚巧有一位产妇临盆，一时无法离开，他便令人剖腹验胎，看看婴儿是男还是女。又有一次，萧宝卷去定林寺游玩，一位老僧因病无法行动，躲在草垛里。萧宝卷瞧见后，便令随行的侍卫拉弓放箭。顿时，百箭齐发，将老僧射成为一个刺猬。萧宝卷自己又对着老僧射了数箭，见每箭都贯穿老僧的脑袋，他还自夸绝技。
萧宝卷还是太子时，纳褚渊的侄女褚氏为太子妃，即位后册立她为皇后。姬妾黄氏为他生下一个儿子，起名叫萧诵，册立为太子，黄氏得以封为淑媛。褚氏姿貌平庸，萧宝卷不怎么喜欢她，黄淑媛稍有姿色，可惜死得早。茹法珍、梅虫儿等人格外效劳，为萧宝卷挑选了几十名美女，充入后宫。其中的翘楚，要算余、吴二姬，萧宝卷封余氏为妃，吴氏为淑媛。后来又得了一个潘家女，是王敬则的营妓，流落京都。这名女子乃天生尤物，妖冶绝伦。体态风流，如春后梨云冉冉；腰肢柔媚，似风前柳带纤纤。一双眼秋水低横，两道眉春山长画，肤成白雪，异样鲜妍，发似乌云，倍增光泽。更有一种销魂妙处，便是裙下双钩，不盈一握。
萧宝卷得到此女，觉得是天女下凡，见所未见。没过几天，便册立她为贵妃，为她挑选各式各样的珍宝，千方百计讨她欢心。潘氏自知受宠，也不让萧宝卷失望，能怎么挥霍就怎么挥霍。每当萧宝卷出宫游玩，她必定穷极华装，一同出游。萧宝卷又总是让她乘车先行，自己骑骏马在后护卫。有时潘贵妃口渴，他竟亲自为贵妃打水。
潘贵妃的父亲潘宝庆，被接到京都居住。萧宝卷称他为阿丈，就是当着茹法珍的面，萧宝卷也不改口，并称梅虫儿为阿兄。营兵俞灵韵善于骑马，萧宝卷向他学习骑马时，也称他为阿兄。众人一同玩乐，又一起到潘宝庆家吃饭，并由潘贵妃亲自下厨。饭菜做好后，茹法珍、梅虫儿等人依次列席，不分男女，不分尊卑，恣意欢谑。还有宦官王宝孙，只有十一二岁，生得眉清目秀，酷似女子，萧宝卷非常宠爱他，就是潘贵妃也对他另眼相看。王宝孙娇小玲珑，常坐在潘妃的膝上，一同饮酒。夜深人静，众人兴尽回宫，王宝孙便留在御榻旁陪寝。久而久之，王宝孙恃宠生骄，渐渐干政，甚至还更改诏书，控制大臣。连梅虫儿、王咺之等人也对他怀有惧意。有时骑马入殿，冒犯天子，萧宝卷都不以为意，仍是对他备加宠爱。