郑森从蓬州赶到新政镇时，用大炮轰平了大西军的防御工事，驻守新政镇的大西军纷纷逃进了小东山。郑森为了等曾英，就率舰船停泊在新政镇码头。
逃进小东山的大西军残兵见官军舰船停在码头不走了，又见明军水军进山搜索，于是连忙逃到了北部的金鱼山，然后继续逃跑，跑到了50里外的南部县。
驻扎在南部县的大西军得知明军舰船已到了新政镇，为防止明军沿嘉陵江继续北上，于是一边加固城墙，一边派人去保宁府城报信。
驻守在保宁府城的大西军将领就是左军都督马元利，他曾是高迎祥手下的战将，也是张献忠手下的悍将。他不仅是神箭手，也是著名的造弓师。
弓箭是冷兵器时代的主要兵器，它的制作工艺，远比刀、剑、矛等复杂，弓臂、弓弦、角片、弓附、箭杆等都十分讲究。一把好弓箭并不是几天就能做成的，往往要花费一年时间。
马元利造弓，一律选用拓木，这种木材柔韧度、抗弯强度比其它木材要高得多，辅以牛筋、牛角，用鱼胶粘合，再根据四季气候干湿及材质的特点，春天治角，夏天治筋，秋天粘合诸材，冬天定弓体，次年春天再装弓弦。经他造出的弓箭，张弛有力，射出去的箭呈一条微弧，不偏不飘，力道十足。在他加入农民军之前，就在老家被称为“拓弓天王”。
马元利身材不高，是个壮实的汉子，两笔粗壮，他自己使用的特号拓木强弓，一般大力士都很难拉开。普通弓箭的射程通常在50-80米之间，马元利的强弓有效射程就在80米左右（平射），最大射程200米（抛射）。他还训练了一批弓箭手，个个箭法精准，说射左眼绝不会偏射鼻梁，战斗时作为他的“特种兵”使用。
张献忠于八月初九占领成都后，听说马科已进入了川北、川东，甚至占领了绵州（今绵阳），就派艾能奇北上进攻川北。谁知艾能奇在绵州被马科打败了，张献忠就亲率大军北上，打败了马科，马科率主力退守汉中。十月，李定国攻克保宁府，令马元利守保宁。
十一月十六日，张献忠在成都称帝后，封马元利为左军都督。
马元利一听官军的舰船到了新政镇，心想明军水军是怎么闯过重庆的？难道重庆失守了？他把驻守在重庆的刘挺举的祖宗十八代骂了个遍，然后想着该怎么消灭这几艘明军舰船？嘉陵江在保宁府段的江宽大多在1里左右，普通弓箭发射的箭矢根本够不着停在江心的舰船，除了用火炮对付江中的舰船外，余下的手段只有自己的水军。
于是，马元利将驻守在保宁府的100多艘水军舰船全部派了出来。为保险起见，他令驻守南部县的大西军派出2000步军协助水军全歼明军舰船。水军出发后，尽管马元利心想自己的100多艘舰船、2000余步军对付3艘官军的舰船，应该绰绰有余了，但还是下令加固保宁府城动南河溪关、城东北梁山关、城南南津关的城墙，并向3个炮台增派了炮兵。
大西军的水军除了有火铳手、弓箭手、火炮手外，还有火攻手、大刀兵。他们从保宁府城出发后，浩浩荡荡顺水而下，来到南部县，与驻扎在这里的大西军汇合。
水军头目从逃到南部县的大西军士兵那里听说官军的大炮射程远，炮弹爆炸威力猛后，心想自己的火铳、火炮也对付不了官军舰船，唯有采取火攻。于是，大西军水军准备了大量火药、火油后，直朝新政镇冲来。南部县的2千大西军步军也沿江而下。
嘉陵江在新政镇北10里有个90°的拐弯，湾口叫“打渔湾”。拐过打渔湾，嘉陵江的东岸是燕窝山，西岸是度门山（今称达门坎山）。
大西军水军到了新政镇地界，刚拐过打渔湾，就看见前边的码头上真停泊着3艘比他们的舰船大很多的官军舰船。于是，他们在船头点起了火堆，火炮手将子炮填进炮腹，点炮手点起了火把，待靠近敌船后就开炮；弓箭手将缠有棉布的箭头浸泡在油脂中，然后拿起箭头，搭在弓上，只要抵近敌舰船，就点燃箭头，然后发射“火箭”；火攻手在船舱里准备好了火药，一旦弓箭手失利，他们就准备撞击明军舰船，然后点燃火药，与明军舰船同归于尽。在岸边，沿江而下的大西军步军也发现了明军舰船，于是加快了脚步，准备靠近明军舰船后，用佛朗机炮、“火箭”攻击。
在后世，我们在电影《朱元璋》中看到明军的舰船从侧舷开炮后，将敌方的甲板炸成粉末，敌方士兵的尸体也随着爆炸飞到空中，其实这是导演对电影的戏剧化加工。真实的情况是，明军在引进西方大炮前，内河水军的舰炮只有150斤左右，炮身很短，长度只有40厘米，口径倒是有11厘米，称为“碗口炮”。这种炮由于炮身短，口径大，射击精度并不高，射程也只有100米左右，而且还不能发射开花弹。后来引进了佛朗机炮、红夷大炮，但红夷大炮太重，一门炮至少要1吨重，还不够灵活，在内河水军舰船上很少使用，因此内河水军装备的大多是佛朗机炮。佛朗机炮的优点是射速快、散热快、可连续射击，但缺点是由于炮腹与子炮之间缝隙公差大，容易泄气，射程也只有300米左右。
张献忠的水军装备的就是这种佛朗机炮，他们本想先用佛朗机炮攻击，再用“火箭”攻击，如攻击还是无效的话，就使用最后手段——撞击、爆破。
郑森率舰船停泊在新城镇码头后，在燕窝山、度门山设有哨兵，他们早就发现了大西军的水军、步军，于是“石柱号”、“垫江号”、“丰都号”离开码头，来到江心，也做好了迎战准备。“丰都号”负责向两岸开炮，“石柱号”、“垫江号”负责摧毁大西军水军。
待大西军水军距新政镇只有8里时，“石柱号”、“丰都号”向江中的大西军舰船开炮了，一下子击沉了几艘敌船。
大西军水军见明军舰炮果真能隔这么远就开炮，于是操浆手奋力划桨，加快速度，冒着炮火向下游冲去，舰船上的火炮手、弓箭手、火攻手已各就各位，随时准备向明军舰船发起攻击。
岸边的大西军步军也加快速度朝前奔跑着，突然，“丰都号”的大炮响了，炮弹落地后，一下子炸死了十几个大西军士兵。余下的大西军愣了一下，然后继续冒着炮火向前跑着。
这时，曾英率部赶到了新政镇，他见情况危急，就下令炮兵架炮，向江中、江岸的大西军开炮，其他士兵上前拦住江东岸的大西军步军。
在明军强大火力的反击下，来进攻新政镇的大西军水军在被击沉了50多艘舰船后，其它舰船全部举手投降。江东岸的大西军步军被打死了500多人后，余部也全部投降。江西岸的大西军步军只有200多人逃进了度门山，他们又被从山上下来的明军哨兵攻击后，如同惊弓之鸟，逃往西部的山林。
根据俘虏交代，南部县现在只有5百多大西军，对于郑森、曾英来说，几乎成了空城，于是郑森、曾英决定立即进攻南部县。
曾英在新城镇留下200名士兵驻守后，部分士兵乘坐缴获的舰船逆流而上，其余士兵沿江两岸而上。
郑森将俘获的舰船拖在了船后，起航向上游驶去。被俘的大西军水军见不需要他们划桨就能轻松上行，这下他们彻底服了，从这天起他们知道张献忠终究成不了气候，于是死心塌地跟着明军了。
南部县在西汉时期属充国县，东汉时分充国县地置“南充国县”，治所就在南隆镇。南朝宋元嘉八年（431年）改“南充国县”为“南国县”，梁天监二年（503年）改“南国县”为“南部县”，县治还在南隆镇。南宋年间，为抵抗蒙元，县治曾迁至跨鳌山。进入明代后，知县汪允铭才把县治迁回南隆镇。成化二年（1466年），知县蒋矩建木栅栏城墙。弘治年间知县陈伯龄始筑土城。嘉靖二十二年（1543年）知县童福重修了土城墙，并在四门建了城楼，将原来的东南西北四门改名为“迎旭”、“临江”、“神武”、“拱宸”。万历年间，知县饶一中改砌石城，城周441丈、高2丈，南城墙增开“跨套门”，西城墙增开“状元门”，北城墙增开“灵云门”。进入崇祯年后，南部县也经常遭到摇黄军的袭扰，不过由于县城靠近保宁府城，因此城池没有遭到严重破坏。大西军来到顺庆府、保宁府后，马科率大顺军主力退出了顺庆府、保宁府，驻南部县的大西军很快修复了稍有受损的城池。
留在南部县的5百多大西军还不知道他们的水军、步军已被明军歼灭，更不知道明军已从水、陆两路而来。当曾英的部队包围了县城后，起先还想负隅顽抗，但遭到了来自明军的一阵炮击后，活着的大西军只得投降。
郑森、曾英在南部县留下200名士兵后，继续沿江而上，准备进攻阆中城。
阆中县的历史极为悠久，春秋战国时期秦灭巴后，就设置了阆中县，县治就在阆中城。此后，阆中县名、县治基本没变过。唐代设阆州，州治也在阆中城。南宋景炎元年（1276年），升阆州为保宁府，府名来自于《逸周书·尝麦》中的“保宁尔国，克戒尔服”，意为“保有并使之安宁”。此后，保宁府治一直在阆中城。
阆中城位于由嘉陵江河曲形成的长约10里、宽约5里的阆中半岛，在明代以前其城墙还是土城墙。明洪武四年（1371年），千总滕贵扩建旧城，城周九里，高二丈五尺，内外砌石条，开有4门，东为“富春门”，南为“锦屏门”，西为“澄清门”、北为“威德门”，四门均有瓮城。成化年间保宁卫指挥使田仪筑城楼。弘治年间，知府张仪重建城墙，又开凿宽二丈五尺、深一丈五尺的护城河。
沿嘉陵江左岸行军的明军很快来到了河溪关。
拱卫阆中城的原有四大关隘，分别是南津关、河溪关、锯山关、滴水关，崇祯十年又修筑了土地关、梁山关，这样拱卫阆中城的关隘就有了六个。
南津关就在阆中城南的锦屏山下，与阆中城隔江相望，它枕山面江，雄伟的城墙、高耸的城楼上设有炮台，与江北城墙上的炮台共同拱卫着阆中城。成化年间，在南津关与阆中城建了浮桥，沟通了两岸的联系，使南津镇与阆中城成为一体。
河溪关位于阆中城东南20里嘉陵江左岸支流构溪河（也称枸溪河）的河口，河口南岸有个高30米左右的小山，距嘉陵江约460米，山顶比较平坦，历朝历代都在此建有炮台，称为“河溪关”，以守护河溪渡口。
锯山关在阆中城北5里的盘龙山、锯山（今尖子山）山谷间的垭口。
滴水关在阆中城西北8里，嘉陵江东岸的沙溪场（今滕王阁公园）。
崇祯十年（1637年）李自成率农民军自汉中、宁羌州（今宁强县）进入川北，直下龙安府、潼川府，引起保宁府震动，保宁府知府梁应龙、阆中县知县成友紧急在城北二十五里的瓦口隘修筑了“土地关”，在城东北十里的梁山修筑了“梁山关”。
在后世，阆中有护城七大关，即南津关、河溪关、锯山关、滴水关、土地关、梁山关、五吉关，其中的五吉关是清嘉庆年间建造的。
明军到了河溪关后，为了防止阆中城内的大西军得到消息后逃跑，没用大炮炮击河溪关，而是由曾英的部下用燧发枪拿下了河溪关。燧发枪的枪声在170分贝左右，通常可传出5里远，但河溪关四周都是山岭，因此20里外的阆中城几乎听不见枪声。
拿下河溪关后，嘉陵江左岸的明军渡过了构溪河，再前行14里，就是阆水河（今称东河）河口。
阆水河也是嘉陵江的左岸支流，它发源于米仓山南坡。它有二个源头，二个源头在双河场（今旺苍县双汇镇）汇流后成为阆水河干流，干流全长约264公里，自双河场以下可通航5-8吨的船舶。河口东2里的嘉陵江北岸就是“梁山关”，梁山关东5里就是阆中半岛。
在嘉陵江右岸，曾英率明军翻越严家山、对门山、灰包山、寨子山，来到了阆中城对岸的锦屏山。
驻锦屏山的大西军发现明军来攻后，一边迎战，一边燃起了烽烟。顿时，锦屏山响起了隆隆的炮声、剧烈的枪声。
马元利得知明军在进攻锦屏山后，心想这股敌人是哪来的？是明军残军还是大顺军残军？要是锦屏山落入敌军之手，他们就能利用浮桥进攻阆中城，于是忙下令城内1千名大西军增援南津关，城内的其他大西军也做好了迎战准备。
集合起来的大西军刚走出南门“锦屏门”，马元利又得到急报，城东北的“梁山关”也燃起了烽烟。
马元利忙来到东门“富春门”城楼，果然看见城东北冒起了一股黑烟。他又心想，进攻梁山关的敌人又是谁？要是梁山关失守，敌人就能很快抵达阆中城。城内还有4千大西军，于是他又派出1千大西军去增援“梁山关”。
增援梁山关的大西军还没集结完毕，就听见城东北传来了隆隆的炮声。
驻“梁山关”的大西军首先发现的是从嘉陵江下游来的明军舰船，于是点起的烽烟。
郑森率舰船拐过嘉陵江的赵家湾，就进入了宽近2里，长约15里的嘉陵江直线江段，他站在甲板上，在望远镜里也看见了前方的“梁山关”。郑森看到关上燃起烽烟后，下令加快速度。舰船向前航行了5里后，他下令向“梁山关”开炮。
“梁山关”遭到十几发炮弹的炮击后，城楼倒塌了，关上的大炮也被摧毁了，关上的大西军死伤了一半，余下的大西军已失去了士气，纷纷逃离了关城。
郑森率舰船到梁山关后，派水兵登陆占领关城。此时，沿嘉陵江左岸行军的明军步军已到了阆水河河口，“垫江号”、“丰都号”进入阆水河后，将步军分批渡过阆水河。而“石柱号”拐过江湾，炮击从锯山关过来增援“梁山关”的大西军。
这股大西军从北门“威德门”离开阆中城，刚刚经过锯山关来到垭口外就遭到了炮击。他们一边躲避着炮火，一边继续向“梁山关”方向跑着，跑了一段路后，遇到了从“梁山关”逃回来的溃兵，他们才知道关城已失守，于是又掉头向回跑，等跑回锯山关时，发现锯山关也被炸塌了，于是不顾关城上伤员的哭叫，一路跑回了阆中城。
他们回到城里后，得知城南的“南津关”已失守，因为增援南津关的大西军有500多人也逃回了城内。现在南津关已没有了枪炮声，敌人不仅占领了对岸的南津关、渡口、浮桥口，还占领了城西对岸的炮台山、任家山，在山上架起大炮后，开始轰击西城墙、滴水关，并封锁了城西嘉陵江边的码头（今鱼翅码头）。
马元利见到从梁山关逃回来的溃兵后，才知道是明军来进攻阆中城了。他明白了，派出去的水军被明军舰船灭了，南部县城也失守了。一旦明军占领了城北的锯山关、滴水关，自己就被困在了城内。
正如马元利猜测的一样，渡过阆水河的明军迅速进入了盘龙山、锯山间的山谷，占领了锯山关，在穿越了山谷后，又北上进攻滴水关。
驻守在滴水关的大西军在被对岸的敌人摧毁了炮台后，本还在想着你们摧毁了炮台也没用，只要你们过不了江，你们就没办法占领关城。谁知从关城南冒出了几百名明军，他们不仅有“火铳”，也有像对岸一样厉害的大炮，于是不得不投降。
明军占领盘龙山制高点后，与占领锦屏山、炮台山、任家山的明军一起开始炮击阆中城。“石柱号”、“垫江号”、“丰都号”也来到阆中城城东江段，用舰炮炮击阆中城，并掩护锦屏山的明军通过浮桥，来到了南城墙下。
郑森用喇叭大声喊道：“城内的大西军弟兄们听着，我是大明朝四川巡抚秦良玉秦大人手下的郑森。你们现在已被包围，你们要活命的话，唯一的出路就是打开城门向我们投降。”
马元利听后，心想秦良玉是我们大西军手下的败将，她什么时候升为四川巡抚了，她手下的“白杆军”怎么有了这么先进的舰船、火器？这个郑森是从哪里冒出来的，以前好像就没听说过。我要是向这种无名小辈投降的话，传出去会被人笑掉大牙的，于是下令继续抵抗。
郑森、曾英见城内的大西军不想投降，就下令攻城。
当数千明军从被炸塌的城门、城墙冲进城内后，与大西军展开了巷战。巷战中，城内的大西军在明军的手掷弹、燧发枪、刺刀、火铳、弓箭、大刀、长矛面前一点也没占到便宜，半个时辰后，城内大西军全部被歼。
郑森、曾英来到府衙，马元利正坐在椅子上，四周被十几个明军围着。
马元利问道：“你们谁是郑森？”
郑森说道：“我就是郑森”，然后指着曾英，告诉马元利：“他叫曾英。”
马元利对曾英说道：“我们占领涪州后，曾追杀过你。没想到你却追到这里来了。”
曾英说道：“你没想到的多着呢。我们不仅收复了宜宾、泸州、富顺、合江、江津、重庆，还收复了整个顺庆府。”
“我们大顺皇帝会带领我们大西军重新占领这些地方的。”
郑森听后，问道：“你认为在我们的大炮面前，你们还有翻盘的机会吗？告诉你，朝廷已开始全面实施土改，给无地、少地的农民分配土地。即使张献忠能逃出生天，今后农民都有饭吃了，他们还会跟着张献忠走吗？”
马元利听后，沉默了一会儿，问道：“能给我一根上吊的绳子吗？”
郑森说道：“对不起，你连自尽的资格都没有，你必须接受朝廷的审判。”
曾英对边上的士兵说道：“把他押下去。”
马元利成了明军俘虏的第一个大西军高级将领，后来被判死刑。