安福国会成立初期的日子，是段祺瑞及皖系军阀最辉煌的时期，这一时期整个北洋系几乎都听命于皖系，所以也有史学家称这一时期的北洋政府是皖系“帝国”。此时的皖系军阀们手握大权、重兵，前有北洋骁将们拼杀，后有安福系控制国会，魁首段祺瑞更是成了真正意义上的北洋系盟主。但是对整个北洋系来说，内部派系之间的裂变已经无法阻止，皖系的全盛期是北洋军阀最后的统一时期。随着皖系的全盛期迅速地走向终点，北洋军阀内部的分裂再也无法抑制；甚至也可以说，正是北洋军阀内部的裂变，致使皖系的全盛期转瞬而逝。
北军的张怀芝部于1918年4月底在湘东大败，事情传到长沙，张敬尧急忙派遣第七师补充第二团的兵士代行警察职务，又命令该团团长佟国安兼任警察厅长，又成立全省侦探处，在长沙及周边区县制造白色恐怖。关于这位张大帅在长沙的种种恶行，真是罄竹难书，可张敬尧不要脸真是到了极致，长沙城里鸡飞狗跳，他竟然还厚颜无耻地鼓吹自己的部队如何军纪严明、仁者无敌。
虽然欺负长沙的老百姓有一套，可是打起仗来张敬尧就迷糊了。自他进入湖南，还没有和南军进行过真正的正面接触，甚至连南军官兵的影子还没有见过，张怀芝在湘东大败，张敬尧还没有听到南军的枪声，就忙不迭地向北京政府求援。可张敬尧这个人，虽然坏事做尽，运气却非常好。当时张怀芝战败，吴佩孚一军突前没有援军只好后撤，怎么看南北两军都要在长沙进行主力决战。但是对桂系来说，他们不愿意在湖南损失太多主力，而湘军方面也出了突发事故，湘军将领刘建藩5月1日率部在株洲渡河时失足落水溺死，湘军方面骤失虎将，桂系又将援湘的部队撤离，因此湘军即便知道形势对己方有利，还是不敢贸然出击，在取得胜利之后也只好急速向南撤退。
张怀芝在大败之后，先是从萍乡退往樟树镇，又由樟树镇退到汉口，一路上马不停蹄地撤退，同时又致电北京政府，宣称自己旧疾复发，山东地方突起匪患，所以必须赶回山东处理政务，举荐徐树铮出任第二路司令，率所部奉军接防湘东。正在策划安福国会的徐树铮不愿接任，张怀芝遂举荐张敬尧、陈光远，甚至提出由曹锟兼任。张怀芝原本极力主张南征，如今忽然急于回到山东，原因不外乎有二：一是他经此一败，发现与南军作战并不似想象中那么容易；二是他久离山东老巢，恐怕代理督军的第五师师长张树元生变。当时北洋系的地方军阀多是先代理然后转正，下级当了上级便不再当上级是上级了，从“北洋三杰”到地方督军莫不如此，因此张怀芝才忧心，一旦南征失利，他又丢掉了山东老巢，那就真正成了丧家之犬。张怀芝渴望回山东，真是归心似箭。
但临阵易帅并不容易，加上彼时的皖系中确实也再没有几个能征善战的将领，靳云鹏称病，傅良佐兵败，倪嗣冲也不是善战之将，至于段芝贵、卢永祥、田中玉、吴光新等既难以服众也不是统兵的上佳人选，加上当时国会选举迫在眉睫，徐树铮不能前去，段祺瑞一时也想不出更好的人选。段祺瑞终归是“过来人”，自然明白张怀芝的心思，于是以国务院名义向张怀芝保证“鲁督决不易人”，并且保证会继续向南征第二路军运送枪械和兵员，力劝张怀芝立即由汉口前往江西主持军事。
段祺瑞认定时值大破南军、统一西南的大好时机，而曹锟和张怀芝停滞不前让他大为光火，急忙派徐树铮南下主持对南军事。徐树铮当时在北京和汉口两处不停奔波，既忙着策划国会选举，这边的两位统帅也不听调度，他只好依靠奉军继续南征，于是停止援川的计划，将奉军急调湖南，并且在汉口设立奉军前敌总指挥部。9日，派奉军第二十七师师长孙烈臣、第二十八师师长汲金纯、第二十九师师长吴俊升到长沙，并布置奉军入湘作战的计划。
在广州失利后逃到北京的龙济光，在北军南征的局势进展得较为顺利时，开始大肆鼓吹征粤。龙济光本来是广东督军，给李烈钧打得丢盔卸甲，如今只剩下了自己一个光杆司令，逃到北京以后眼见自己已经没有利用价值，自然是心有不甘，于是希望能够得到重整旗鼓的机会，再杀回广东。其时段祺瑞早就已经安排福建督军李厚基联合浙军进攻潮梅，但却遭到粤军陈炯明部的反击。17日，陈炯明率部占领武平和永定县芦下坝，后于20日占领上杭县峰市镇，李厚基作战不利只好节节败退。
李厚基作战不利，湖南战场又悄无声息，段祺瑞自然非常焦急，徐树铮遂于24日再次由北京赶到汉口督战。但此时曹锟与张怀芝都对湖南失去了兴趣，希望尽早回到自己的老巢，加上徐树铮不断到汉口来指手画脚，使得他们心生不快，对徐树铮的作战计划都不予配合。另外，徐树铮任意调动奉军，将奉军调到湖南战场的最前沿，也让张作霖非常反感。张作霖急忙电召孙烈臣、汲金纯和吴俊升回奉天，同时借口边防吃紧调回已经开到湘东的奉军。
在南军与北军抗衡的同时，在“非常国会”的内部，西南系军阀与国民党之间的矛盾也终于凸显出来。1918年5月4日，“非常国会”通过军政府组织大纲修正案，决定军政府改行总裁合议制，并选举唐绍仪、唐继尧、陆荣廷、伍廷芳、孙中山、林葆怿、岑春煊为军政府政务总裁，其实就是把原本属于孙中山的权力夺回到地方军阀手中，随后便逼迫孙中山辞去大元帅职务，随即离粤抵沪。孙中山离去以后，岑春煊出任政务会议主席总裁，军政府的领导权则再次落入以桂系和滇系为首的西南系实力派手中。
北军方面，曹锟和张怀芝按兵不动，张作霖又借故调兵回奉天，徐树铮只好改去拉拢吴佩孚。曹锟虽然是直系的当家人，但只是在汉口坐着嚷嚷，在前面冲锋陷阵的其实是吴佩孚。1918年5月26日，徐树铮由汉口抵达长沙，随后于27日从长沙抵达衡阳。徐树铮抵达衡阳之后，吴佩孚亲自设宴款待徐树铮，饭后在吴佩孚所住院落的大金鱼缸边密谈，徐树铮应允吴佩孚，只要吴佩孚继续南征，就向吴佩孚补助巨额军费，并且任命吴佩孚为孚威将军。据说此次商谈二人十分投机，徐树铮临别之际还作了一首《衡州谣》赠予吴佩孚，诗中有“马前瞻拜识公貌，恂恂乃作儒者服”句，深投吴佩孚之所好。
到此时，湖南战场的厌战气氛到达高潮，因为长期的拉锯战，使得地方军阀都不想过多消耗自身的实力，希图南北和谈，尽快从旷日持久的战争中抽身出去。29日，一再请求回直隶养病的曹锟没有得到段祺瑞的同意，忽然离开汉口，带着第一路司令部回到直隶。30日，第二路军司令张怀芝也擅自率领亲信回到山东。这个时候从前线还传来消息，说这两位司令在离开之前，与地方督军王占元、赵倜、陈光远、李纯交换了意见，打算联名通电，藉“民生凋敝，不堪再战”为由，命令前方部队“停战待命”。消息传到北京，段祺瑞大为震惊，急忙致电前线诸将，费尽口舌才压住了求和的通电。
段祺瑞虽然压住了督军们的联电，但却无法阻止厌战情绪的蔓延。随后，直系军前线将士联名通电，直陈湖南“水患滔天，瘟疫流行，兵疲将惫，不堪再战”，同时，前线直系军的五位旅长也联名致电北京政府请假。身在前线的直系军队和皖系军队厌战，其他地方督军恐怕段祺瑞会抽调自己的部队替换曹锟、张怀芝部到前线去，随即也加入了主和派的阵营，甚至连极端主战的倪嗣冲也不愿意让他的安武军去湖南战场与桂系和湘军交战，请求北京政府允许他的部队调回休整。
到此时此刻，段祺瑞也知道再打下去也不太可能，只好改进攻为招抚，派赵春霆为湘南镇守使，兼湖南招抚清理局局长，组织人力分别去招抚南军。愿意接受招抚的均改编为“国军”，官兵仍然保留原职，凡是不愿意入伍的，由政府出资遣散。段祺瑞哪里甘心就此放弃“武力统一”，不过是改变手腕，采取温和的方式分化湘军而已。为了表示自己并不反感主和，自组阁后从未涉足过总统府的段祺瑞，于31日亲自拜访冯国璋，并且一改往日的态度，对冯国璋礼遇有加，除报告中日交涉已告一段落外，还表示今后仍然会随时报告阁中事宜。而就在同日，粤军陈炯明部占领长汀，段祺瑞计划的闽粤战争相当于流产。
6月1日，徐树铮匆忙赶回北京，随即钻进府学胡同，当面告诉段祺瑞自己南下联络吴佩孚之事，并直陈自己是准备拉拢吴佩孚、撇开曹锟。段祺瑞对徐树铮的计划非常满意，随即直接与吴佩孚通电话以示亲近。但在翌日，粤军又攻占汀州各属，李厚基致电北京政府求援，段祺瑞急忙拟定第五期作战计划，准备继续在湖南推行招抚政策，而将主战场直接搬到西南系的后院广东去。3日，北京政府火速任命吴佩孚为孚威将军，此时曹锟虽然回到直隶，但直系的军权几乎都在吴佩孚手里，段祺瑞给吴佩孚一个将军的头衔，其实就是给了他一把“尚方宝剑”，此时吴佩孚如果抛弃曹锟自认直隶督军或司令也可以说得通。但段祺瑞的一纸任命书下去，吴佩孚却并没有像徐树铮所说的那样继续进兵，反而在15日与湘军首领谭延闿、赵恒惕等私下签订了停战协定。
吴佩孚忽然出尔反尔，让徐树铮傻了眼。其实吴佩孚之所以转变态度，有外在和内在两个原因。外在原因是部队厌战情绪愈演愈烈，加上久战造成疲惫，短时间内无法向南方深入，吴佩孚在湖南一战中厥功至伟，督军之职却被皖系的张敬尧夺去，而此时国内反内战、反亲日的声音日益高涨，加之西南系的军政府首席总裁岑春煊力主求和，不欲再战。内在原因则是吴佩孚与徐树铮会晤一事被曹锟得知，曹锟为此怒火中烧，吴佩孚是文人出身，不欲背上“卖主”的恶名，所以主动亲近曹锟，并继续贯彻曹锟主和的思路。其实不管是什么原因，段祺瑞、徐树铮有着不可推卸的责任，军阀割据，彼此制衡，其间形势是何等错综复杂，而徐树铮所用的伎俩，实在太过粗暴简单，曹锟纵然无实权，但经营直系多年，树大根深，吴佩孚虽然借湖南一战名扬天下，但不足以撼动曹锟在直系中的地位。吴佩孚何等机敏人物，怎么可能不审时度势？
1918年6月7日，正当南北局势纠结不清时，北京的政局倏时变得波谲云诡。一直在天津当寓公的徐世昌，突然回到北京，并且在抵京后大力倡导冯、段合作，呼吁在北洋系内去除所谓皖系、直系的界限，主张平息内争。
徐世昌看起来是以和事佬的姿态出现，但其实不是表面上这么简单，梁士诒回忆，徐世昌在回到北京后曾与他私下表示“过去黎时代，府院是明争，我尚能调解，如今是暗斗，我无能为力，实在心有余而力不足”，明知不可为而为之显然不是徐世昌一贯的做事原则，那么他再次出现在北京，足以说明北京政局将出现剧变。
同时，皖系再次筹划召开军事会议。在开会之初，段祺瑞就率先声明，他不准备做总统或是副总统，而举荐徐世昌出任下届总统，如果冯国璋愿出任副总统，他也不会反对，否则，他则愿意与冯国璋同时下野。
各地督军在天津开会，显然并没有邀请冯国璋出席，于是冯国璋暗中授意陆承武请其父陆建章到天津，笼络曹锟重新回到直系，并与李纯等人合作，在督军团的会议上支持冯国璋而反对段祺瑞。
陆建章亦是天津武备学堂出身，参加过小站练兵，后出任军政执法处处长，其间杀人如麻，有“屠夫”之称，每每欲杀某人便请此人吃饭，饭后送客时则安排手下自背后开枪打死对方，人们因此将他请客时派发的红柬称为“阎王票子”。此后陆建章曾出任陕西督军，与北洋各军阀均有往来，冯玉祥的主和就与他有关，因此冯国璋一直将他视为举足轻重的人物。
13日，陆建章由上海抵达天津。14日，徐树铮写信请陆建章到驻津奉军司令部会晤，陆建章自恃为北洋系的老辈，便如约而至。徐树铮果然对陆建章毕恭毕敬，请他到花园密室中谈话，当陆建章走到花园里时，就听得一声枪响，卫士自身后将他打死。
在杀掉陆建章之后，徐树铮拟了一封电报给北京政府解释此事，其中谈及杀陆的原因，颇值得思量，在此复录于下：
“迭据本军各将领先后面陈：屡有自称陆将军名建章者，诡秘勾结，出言煽惑等情。历经树铮剀切指示，勿为所动。昨前两日，该员又复面访本军驻津司令部各处人员，肆意簧鼓，摇惑军心。经各员即向树铮陈明一切，树铮独以为或系不肖党徒，蓄意勾煽之所为，陆将军未必谬妄至此。讵该员又函致树铮，谓树铮曾有电话约到彼寓握谈。查其函中所指时限，树铮尚未出京，深堪诧异。今午姑复函请其来晤。坐甫定，满口大骂，皆破坏大局之言。树铮婉转劝告，并晓以国家危难，务敦同袍气谊，不可自操同室之戈。彼则云我已抱定宗旨，国家存亡，在所不顾，非联合军队，推倒现在内阁，不足消胸中之气。树铮即又厉声正告，以彼在军资格，正应为国出力，何故倒行逆施如此？从不为国家计，宁不为自身子孙计乎？彼见树铮变颜相戒，又言：‘若然，即请台端听信鄙计，联合军队，拥段推冯，鄙人当为力效奔走。鄙人不敏，现在鲁皖陕豫境内，尚有部众两万余人，即令受公节制如何？’云云。树铮窃念该员勾煽军队，联结土匪，扰害鲁皖陕豫诸省秩序，久有所闻，今竟公然大言，颠倒播弄，宁倾覆国家而不悟，殊属军中蟊贼，不早清除，必贻后戚。当令就地枪决，冀为国家去一害群之马，免滋隐患。除将该员尸身验明棺殓，妥予掩埋，听候该家属领葬外，谨此陈报，请予褫夺该员军职，用昭法典。伏候鉴核施行。”