搞垮冯国璋并不像搞垮黎元洪那么简单，因为冯国璋的背后是实力同样强大的直系军阀，直系军阀中的直隶督军曹锟和长江三督都是北洋系中的实力派。因此，段祺瑞不得不选择联合曹锟，拉拢奉系及其他北洋系军阀合力来倒冯。也就是此际，看起来庞大的皖系军阀其实已经显露出力有不逮的迹象，段祺瑞身后最大的筹码不再是皖系军阀中的实力派，而变成了直系的曹锟和奉系的张作霖。于是，当这两股军阀紧靠在段祺瑞身边的时候，皖系就掌有大权，而当这两个军阀开始自立门户的时候，皖系的城防也就此坍塌。
在天津会议之后，主战派的声势日益高涨，这让冯国璋感到非常头疼。1917年12月15日，冯国璋邀请段祺瑞和王士珍到总统府举行会晤，哪里知道王士珍这个老滑头，对冯国璋和段祺瑞两面敷衍，可这样一来，冯国璋就很为难，因为论口才和手腕他都比不过段祺瑞。段祺瑞断然否决了南北和谈的可能性，表示除了下讨伐令以外，没有别的方法。于是，本来想劝服段祺瑞的冯国璋不仅没有成功，反而被段祺瑞给吓唬住了。
16日，冯国璋发出电令，派曹锟为第一路军总司令，张怀芝为第二路军总司令，急速开赴湖南作战。主战派才不管你是命令还是电令，反正只要老冯点了头，他们就开始要钱，曹锟和张怀芝要求发给南征军军费200万元，其他各省的军阀也纷纷伸手要钱，这一下逼得冯国璋没有办法了。18日，冯国璋只好委派段祺瑞为参战督办，段芝贵为陆军总长，他是希望将权力一分为二，他主内，段祺瑞主外。
段祺瑞接受了冯国璋的任命，随即成立督办公署，以靳云鹏为参谋处处长，张志潭为机要处处长，罗开榜为军备处处长，陈箓为外事处处长，卫兴武为副官处处长，并聘各部总长为参赞，次长为参议。把这个名单浏览一下就能发现，这根本就是一个内阁之外的政府，因为参战督办不隶属于内阁，由参战督办所做的决定就可以直接交给各部处理，反而让段祺瑞直接抓住了军政大权。自段祺瑞的督办公署成立以后，内阁反而成了鸡肋，处于可有可无的地位。其实历来都是如此，在战时这样的特殊时段，国家的资源都会优先供给军队。
冯国璋与陆荣廷都有“勇营”背景，加上对清廷都有相似的感情，而且都不似张勋那么极端，所以直系与桂系来往非常频繁。冯国璋表面上敷衍着主战派，私底下却和陆荣廷勾搭在一起，依然希望能够促成南北和谈。冯国璋密令李纯劝陆荣廷取消两广自主，并率先做出让步，按照陆荣廷的意思任命李静诚为广西省长，随后李静诚向北京政府推荐张德润担任政务厅长，其实就是表态桂系已经在事实上取消独立。桂系不但下了停战令，“联帅”谭浩明更是在答复武汉商会的电报中声明南军绝不侵犯湖北和江西。26日，冯国璋下达了停战布告，28日，陆荣廷也致电西南各省督军声明他对国会问题无意见，却没有理会孙中山。
冯国璋和陆荣廷一唱一和，主战派却并不买账，31日，曹锟、张怀芝、张作霖、倪嗣冲、阎锡山、陈树藩、杨善德、赵倜、孟恩远、鲍贵卿、李厚基、姜桂题、田中玉、蔡成勋、卢永祥、张敬尧联名发电，认为“旧国会两次召集，两经解散，成绩无闻，名誉失坠，万无恢复之理。请我大总统敦促参议院迅将政府提出之选举、组织两法克日议决施行，以为召集新国会之张本”。1918年1月4日，直系军阀发出通电，对主战派的联名通电予以反击，主张解散临时参议院。
主战派的皖系及其盟友论整体实力，本来是不及握有实权的长江三督，江苏、江西和湖北都是富庶之地，长江三督可以说是兵强马壮，所以主战派虽然人数众多，但论起真材实料就不及长江三督了。但是，随着直隶督军曹锟和奉天督军张作霖的加入，外强的主战派也不再中干，这时候就完全压制住了主和派的长江三督。而且主战派的带头大哥段祺瑞，是个凡事都低调不下来的主，而主和派的领头人冯国璋则是个不善张扬的人，两相对比，主战派在各个方面都占取了优势。
雪上加霜的是，这时候又接连出现了自主军的事情。先是浙军旅长叶焕章、宁台镇守使顾乃斌在宁波宣布自主，推蒋尊簋为自主军总司令；随后湖北第一师师长石星川在荆州宣布自主，湖北第九师师长黎天才在襄阳也宣布自主；不久，河南民军首领王天纵在汝州宣布自主。宁波的独立军率先溃败，浙军第一师师长童保暄派兵隔江开炮，吓得叶焕章和顾乃斌出逃，荆、襄两地的自主军却逐渐稳定下来，并推举黎天才为湖北靖国军总司令、石星川为湖北靖国军第一军军长。荆、襄两地宣布自主，湖北督军王占元一下子成了光杆司令，曹锟和吴光新趁机要求进攻自主军，尴尬的王占元不想同意却没有拒绝的资本。但是不等曹锟和吴光新出兵，自主军内部也出现裂痕，黎天才随即取消自主，孤立的石星川则被曹锟和吴光新部队击败。经过这么一折腾，湖北督军王占元的地盘大半都被主战派夺去。
段祺瑞与黎元洪、冯国璋的矛盾之所以激化，其实都是因为战事。与黎元洪的矛盾激化是因为欧战，一个主战一个主和，结果黎元洪垮台；与冯国璋的矛盾激化是因为南征，一个主战一个主和，冯国璋也陷入被动。黎元洪和冯国璋都是曾用兵一方的军阀，黎元洪的地盘在湖北，冯国璋的地盘在江苏，这两个地方都很富庶，属于吃喝不愁的人间天堂，多少影响到了他们的政治主张，两个人都认为维持现状、偏居一隅比征战更重要。但是，对当时的更多军阀来说，他们并不能占据湖广、江浙一带的富庶之地，而要生存发展就必须要拥有更多的部队和更好的枪械，段祺瑞所提出的“南征”恰好更符合其他地方军阀的诉求：凭什么便宜你们占着那么好的地盘，我们也要来分一杯羹！
这也是皖系与直系出现裂痕的始端，皖系当时掌握的地区，除了上海，其他的地方都没有多少油水，反观直系占据的地盘，直隶、江苏、湖北、江西在当时都富得流油，直系的地盘不多，却掌握了半个中国的命脉。所以，主战派和主和派的矛盾其实就是分赃不均，吃糠就咸菜的也想去湖广尝尝大米饭的滋味，而抱着“武力统一”想法的段祺瑞正是利用了其他军阀的这种思想，组团让大家南下去吃大户。
所以不管从哪个方面来衡量，冯国璋都要尽量避免南北战争的爆发，皖系在联合了曹锟和张作霖以后，声势已经让冯国璋难以压制，冯国璋只好又想出另一个方法，就是把对南方的“全面讨伐”压缩成“局部讨伐”，把主战派对南方讨伐的目标引导向荆、襄一隅之地，这样既可以对陆荣廷有个交代，又能帮助王占元解决眼前的困局。冯国璋想得很好，但是段祺瑞和其他的地方军阀可不愿意丢了西瓜去捡芝麻，在1918年1月13日，徐树铮邀请安徽督军倪嗣冲抵达天津，随即鼓动十六省军阀联名通电，反对“局部讨伐”，主张对南方进行全面战争，同时，针对直系“二当家”李纯，倪嗣冲、张怀芝、张敬尧联名发电要求冯国璋罢免其江苏督军一职。这样一来，事态就变得非常严峻，先是江苏督军李纯致电冯国璋请求辞职，再就是唐继尧、程璧光、伍廷芳、谭浩明、刘显世、莫荣新、李烈钧、程潜、黎天才、陈炯明、石星川、熊克武这12位西南系军人发出联名通电，质问北京政府为何在发布停战布告后又派出两路征南军司令，这样可让冯国璋更加为难。
本来想“大事化小，小事化了”的冯国璋，反而给推到了里外不是人的境地，他去找王士珍，王士珍不仅没有了主意，反而来找冯国璋请辞。身在北京的冯国璋这才发现自己是掉进了一个泥沼里，要么下讨伐令，要么就离开总统府。14日，办公处回电给主战派，表示“各军先行，战令随发”，意思就是你们先打仗，打赢了自然就下讨伐令。但是主战派并不买账，他们坚持不下令而先开战是“师出无名”，要求“先下令而后开战”，在这个问题上争执不下。但就在当天，曹锟和吴光新对荆、襄出兵，在湖南的谭浩明坐视不管，并且制止湘军往援，在22日，吴光新便轻松攻下荆州。
23日，眼前荆、襄屏障不再，而湘军和国民党对南军止步不前的反对情绪日益高涨，桂系担心湘军与国民党连接到一起，所以只好进攻岳州。24日，南军进攻岳州的消息传到北京，冯国璋惊讶不已，急忙赶到东四牌楼五条胡同拜访老谋深算的徐世昌，徐世昌随即请来段祺瑞，冯国璋此时的态度忽然大变，当着徐世昌和段祺瑞的面痛骂南军，并且表示要亲自出征。徐世昌和段祺瑞都没有见过冯国璋发这么大的火，都有些摸不着头脑，也不知道该怎么回应冯国璋。
回到总统府以后，冯国璋立即命令拱卫军司令刘询在第十五师中挑选精兵作为南行卫队，召见王士珍命他坐镇北京，同时发表通电宣称将亲自出征。25日，曹锟部攻入襄阳，冯国璋则在总统府召见陆军总长段芝贵、步军统领李长泰、京师警察总监吴炳湘等，要求他们协助总理王士珍维持一切。冯国璋于26日乘专车离开由北京抵达天津，与曹锟在曹家花园通宵密谈，而当日南军与北军在岳州交战，守岳州的北军是王金镜、李奎元、王汝贤、范国璋的部队，都是直系部队，他们无心恋战，放火焚烧岳州后主动撤出。27日，南军进入岳州，扑灭了空城中的大火。而冯国璋的专车已自天津抵达济南，又经济南抵达徐州，随后经蚌埠转赴南京，但是专车开到蚌埠的时候却开不动了。
列车刚刚开到蚌埠，忽然就被部队给团团围住，接着安徽督军倪嗣冲带兵进入车内，明着说是来接站，但暗地里却是挟持住了冯国璋。冯国璋在徐世昌宅内突然发火，让段祺瑞有点儿蒙，但是等冯国璋乘车南下，段祺瑞就觉察到不对劲了。冯国璋宣称亲自出征，却挑选了精兵护卫，还携带子弹二百余箱、辎重数十车，而且本该是由京汉线到湖北，不应该选择津浦线，显然，冯国璋的目的地是他的老巢南京。若让冯国璋回到南京，无疑就是纵虎归山，种种疑惑自然让段祺瑞不敢大意，急令安徽督军倪嗣冲半路拦截。倪嗣冲是有名的“莽将军”，什么事儿都干得出来，冯国璋虽然带着一个旅的精兵，但到底寡不敌众，在重兵之下也不敢以卵击石。1918年1月29日，冯国璋只好在蚌埠掉头北归。
30日，张敬尧通电揭发主和派与南军勾结并阻挠南征的事。张敬尧，字勋臣，是安徽霍邱（今属安徽省六安市）人，毕业于保定军官学校，他虽然生于安徽却原本属于直系，是江苏督军李纯的门生故吏，后来为了前途转而投身皖系。在通电中，张敬尧以曾为直系将领的身份对李纯和王占元大加污蔑，指出长江三督奉有冯国璋的密电，要和南军求和，南军进攻岳州便是因为李纯辞职，而且就在岳州失守前夕，他本来已经准备驰援，但是由于王占元发电阻止，他不愿孤军深入所以作罢。张敬尧的通电发出之后，倪嗣冲、曹锟、张怀芝也发电附和攻击李纯。而此时的冯国璋已经沦落为主战派的政治俘虏，于是被迫发布讨伐令，任命曹锟和张怀芝进兵，派曹锟兼任两湖宣抚使，张敬尧为援岳前敌总司令。
此时的北京政府已经完全在主战派的控制之下，2月上旬，曹锟南下在孝感设立南征大本营，又在汉口正式成立第一路军总司令部，同时任命吴佩孚署理第三师师长，将第三师由鄂北开赴鄂南，随后在蒲圻、嘉鱼一带集结。几乎就在同时，张敬尧统率第七师由徐州经郑州南下。但是2月14日，冯玉祥忽然在武穴发布通电宣布自主，随后，陆建章在鄂皖边境和霍山、六安一带组织安徽讨逆军，发布讨伐倪嗣冲的檄文，顿时打乱了主战派的安排。安徽督军倪嗣冲匆忙调兵自卫，同时致电北京要求罢免李纯，讨伐冯玉祥。15日，殷鸿寿被北京政府任命为前敌总执法官，授予一把七狮军刀，对临阵退缩的官兵拥有“先斩后奏”的权力，殷鸿寿随即率四十名刽子手南下汉口。同日，张敬尧抵达汉口，发出通电，口口声声宣称“对于杀敌致果，甘之如饴”。
曹锟的部下吴佩孚在最前面冲锋陷阵，而第二路军的总司令张怀芝却迟迟不动身。第二路军的施从滨部通过浦口，于18日搭船抵达九江，但此时他们的总司令张怀芝还慢慢悠悠地在路上晃荡。张怀芝，字子志，是山东东阿县（今属山东省聊城市）人，原本是个破落户，后来投军。张怀芝不想离开山东的原因有二：如果说曹锟南下是因为北京政府答应让他节制两湖，而张怀芝南下却无利可图；再者让他离开大本营，则要把山东督军的位置交给第五师师长张树元，他放心不下。21日，北京政府任命他为湘赣检阅使，他仍然不太满意，直到27日实在无法推脱才不得不南下汉口。25日，北京政府下令免去冯玉祥旅长职务，交由曹锟查办，以董世禄代理该旅旅长。可就在当天，忽然从秦皇岛传来消息，奉天军署参谋长杨宇霆忽然带兵抵达秦皇岛，把日本政府运来的27000多支步枪劫走，消息传到北京，冯国璋大为震惊。26日，冯国璋邀段祺瑞在总统府召开紧急会议讨论如何应对奉军入关。奉军突然入关，自然与段祺瑞脱不开干系，因为就在不久之前，段祺瑞的心腹徐树铮忽然出现在了奉天。会后，段祺瑞致电张作霖请“原物交还”，运来北京。张作霖随即复电表示他其实准备南征，劫夺这批枪支乃是为了补充军火，不得不“先斩后奏”。
张作霖入关，首先震慑住的是“两冯”，即冯国璋与冯玉祥。奉军入关，张作霖首先提出“罢免李纯”“拥护元首”，俨然就是逼宫，要冯国璋罢免李纯的职务。其次，张作霖还表示要讨伐冯玉祥，冯玉祥本意是宣布自主，然后出奇兵进攻安徽，因为安徽督军倪嗣冲也是一个会吹牛甚于会打仗的人，此举并不会花费多少力气。但此时奉军入关，冯玉祥与倪嗣冲变成了鹬蚌相争，难免不会让张作霖渔翁得利，因此冯玉祥不得不在形势面前低头。缓过神来的倪嗣冲随即电请北京政府致电曹锟，要求曹锟派兵夹击冯玉祥部，但曹锟却按兵不动，倪嗣冲也就不敢单独行动。