这个世界上，有些人天生就是做头领的，有些人不管如何努力都做不来头领。冯国璋就是这样的人，他在“北洋三杰”中被称为“狗”，在淮军时他听清廷的，在北洋军时他听袁世凯的，当了总统以后要他自己拿主意，他就只能跟长江三督去商量。可是时势不同，长江三督唯冯国璋马首是瞻，更想要的是冯国璋来拿主意，可是冯国璋拿不了主意，他在不该进北京的时候进了北京，在想走的时候走不出北京。和黎元洪一样，冯国璋注定只能做段祺瑞的屏障，做直系军阀历史的影子，他们可以生活在开疆拓土的盛世，却在乱世中始终把握不到生存之道。
冯国璋派财政总长王克敏到蚌埠会晤倪嗣冲，同时在总统府举行紧急会议，认为自己唯有隐退这一条路可走，但是与会的人面面相觑、不置一词，会议最终也没有取得任何结果。1918年3月5日，王克敏致电冯国璋，表示倪嗣冲对总统并无成见，只是希望总统能够起用段祺瑞，罢免李纯。
另外，张作霖自天津也发来电报，表示自己仍然拥护总统，入关的目的也只是铲除主和派，希望能够组织强有力的政府。种种迹象似乎是在表明，主战派并无意要冯国璋下台，他们只是想进行新国会的选举。于是，冯国璋在6日发布命令，指定在当年5月24日进行众议院议员的选举，在6月20日进行参议院议员的选举。而在同日，张怀芝转赴南昌，张敬尧则移驻汀泗桥。
7日，张作霖、曹锟和张怀芝先后来电表示支持总统，张作霖称“拥护中央，维持大局，始终团结，戡平内乱，联络同志，共救危亡”，曹锟则是极力欢迎奉军入关，并邀请张作霖到徐州加入第二路南征军。而张怀芝则称赞奉军入关是“壮我士气，固我后援”，并邀请奉军南下韩庄。虽然如此，但北京城内的情势依然非常严峻，8日，总统府处于紧急戒严的状态，府学胡同的段宅也有重兵把守。同日，张作霖发表庚电，称“挽救时局，只我大总统一人”，但同时声明“择定总理一人，组织完全内阁，总理得人，各方同意，政令自行，切勿轻怀退志”，冯国璋在此时只好装起糊涂，“可速联合各省，商定何人应任总理，予当依众议而行”。
9日，王士珍乔装逃往天津，抵达天津后随即致电冯国璋和段祺瑞，表示自己绝不回京任职。同时，皖系继续向冯国璋要求罢免江苏督军李纯，派卢永祥代理江苏督军。江苏是冯国璋的大后方，他自然不愿意，在此事上表现得尤为强硬，并且密电李纯对皖系予以抵制。段祺瑞见硬的不行，就来软的，建议内调李纯为参谋总长。将李纯调离江苏和撤销督军几乎没有什么区别，冯国璋自然还是不同意。但是来自皖系的压力不断增强，冯国璋虽然不同意给李纯去职，但愿意妥协，同意给李纯“革职留任”的处分，但段祺瑞意在夺取江苏，又怎么会同意冯国璋的意见？
而此时曹锟的部队已经长驱直入，打到了岳州城下。因为在出发前北京政府授权曹锟节制两湖，湖北和湖南这两块肥肉可比直隶要强多了，直隶虽然号称京畿要地，其实就是北京的门户，而湖北和湖南则是南方最为富庶的地区，在这里当土皇帝可远胜过在直隶当看门狗。因此曹锟在湖南是下了血本的，除了吴佩孚的第三师，还有王承斌、阎相文、萧耀南的三个混成旅，这些部队不管是人数、装备和素养都远在张敬尧及所属第二路军的山东第一师施从滨、江苏第六混成旅张宗昌和安武军李传业等部之上。10日，吴佩孚占领羊楼司，开始集中兵力进攻岳州。
12日，倪嗣冲北上天津，同时致电邀请张作霖到天津共同商议拥护段祺瑞组阁、罢免李纯等事，同日，奉军在距离天津五十里的军粮城设立关内奉军总司令部，张作霖自兼总司令，徐树铮以副司令名义代行总司令职权。名义上是奉军设立了司令部，其实却是借兵给了徐树铮，徐树铮是段祺瑞的左右手，冯国璋当然知道这意味着什么，张作霖等于是借了一把刀给皖系，而皖系就将这把刀横在了冯国璋的脖颈上。冯国璋自是不愿意段祺瑞出来组阁，因为这样一来，等于内阁完全在段祺瑞操控之下，但是眼前的情形已经由不得他。14日，冯国璋只好亲自到府学胡同段祺瑞私邸，敦请段祺瑞再度出来组阁，但是段祺瑞拒绝了冯国璋的邀请，他把冯国璋推向了悬崖峭壁。
18日，吴佩孚率部进入岳州，不过更有趣的是，跟在吴佩孚屁股后面的北军援岳总司令张敬尧，根本没有打什么仗，嚷嚷得却很欢实，号称“一星期下岳州，旬日之内可攻克长沙”。同日，北京政府采纳曹锟的建议，给予冯玉祥“革职留任”的处分，免去陆军中将的职务，暂准留任旅长，并且交由曹锟节制。其实皖系的本意是要将冯玉祥旅派往黑龙江驻防，这个意见是皖系将领张怀芝提出的，一来让冯玉祥走得远点儿，二来制衡奉系的张作霖。但是冯玉祥不肯去戍边，张作霖也不欢迎冯玉祥，这样一来，反而让曹锟捡了便宜，更增强了曹锟的实力。
在北军攻取岳州之后，冯国璋仍然对自己的和谈主张不死心，表示“北军对南的军事行动以岳州为止”。但此时的北军怎么可能把到嘴的肥肉再吐出来？冯国璋的通电还没有发出，督军们就在1918年3月19日发出联名电报，这一次的联名通电中甚至出现了长江三督的名字，他们要求段祺瑞再次组阁，并且声称“全国安危，同人离合，均系我公一身”。接到这份电报之后，冯国璋只好又跑到段宅去，发誓要与段祺瑞同生死、共患难，并且给予内阁更高的权限，这才算是说动了段祺瑞。
几乎就在湖南战事最紧要的关头，想要浑水摸鱼的龙济光准备在桂系身后放一把火，他率部悄悄从琼州海峡偷袭雷州半岛，西南系的后院立刻响起了枪声。桂系急忙致电滇系，愿意共同消灭龙济光军，并且推选李烈钧为讨伐军总指挥，西路交由桂军负责，东海沿岸地区则交由滇军负责。李烈钧随即誓师出发，就在张敬尧占领平江的当日，滇军攻克了阳江。
张敬尧虽然没有和南军打几场仗，但是并不是说他没有杀过人，实际上他杀了不少。南军于17日退出平江，张敬尧随即做出进攻平江的架势，这一次他可不想再让人说他不费一枪一弹就进入平江，但是南军已经撤退了，总不能对着天上放空枪，于是张敬尧就说去往平江大道附近的乡下人其实都是南军便衣队。于是，张敬尧的部队就开始对这些“便衣队”展开屠杀，同时四处横行，奸淫掳掠无所不为。妇女们不得不躲到荒郊野外的山洞里，适逢大雨，饥寒交迫的妇女们在山洞里奄奄一息，而不堪受辱选择自杀的妇女更是数不过来。22日部队开进平江以后，张敬尧更是宣布“三天不封刀”，纵容自己的士兵到处劫掠，纵然在三天后发布了安民告示，但是奸淫掳掠的事情依然层出不穷。
冯国璋在23日准署国务总理王士珍辞职（其实王士珍之前早跑掉了，只是剩个虚名挂在那里），特任段祺瑞为国务总理。24日，委任张志潭为国务院秘书长，25日又将参陆办公处迁回国务院，并任命靳云鹏为参陆办公处主任。段祺瑞第三次组阁，复出后的第一件事就是通令各省，将北军称为“国军”，将南军称为“敌军”，摆足了武力统一的架势。而徐树铮到北京祝贺新内阁的时候，也公开表示“不打到广州决不罢兵”。当时段祺瑞设想的作战计划是：湖南战场仍然以直系军队为主，等到湘东平定之后，抽调张怀芝进攻广东，同时命令江西的部队向南推进，福建的部队向潮汕推进，在广东境内与龙济光部会合；四川战场则以奉系军队为主，兵分两路，一路由鄂西向四川东部推进，一路由陕南向四川北部推进，随后和陕军以及刘存厚部会合。
段祺瑞想得固然是好，但其时刘存厚在四川已经是举步维艰，而龙济光在广东也是节节败退。然而此时的段祺瑞以及皖系均达到巅峰状态，整个北洋系几乎都聚拢在周围，冯国璋和长江三督也不得不低头臣服，之前对皖系态度激烈的李纯竭力拉拢徐树铮，而江西督军陈光远更是公开支持段祺瑞的作战计划。在段祺瑞三度组阁的过程中，徐树铮厥功至伟，所以再回到北京以后，人事权和军事权全部落在了徐树铮的手里，同时新国会的选举也由他包办，而这个新的国会就是标志皖系力量抵达最高峰的安福国会。徐树铮掌权之后仍旧嚣张跋扈，靳云鹏当了参陆办公处主任，徐树铮就和靳云鹏作对，靳云鹏只好请假不办公将权力交给徐树铮。国务院秘书长张志潭本来也是徐树铮推荐的，但是徐树铮随后也对张志潭不满，张志潭只好辞职。徐树铮大权在握，同时也渐渐让皖系走向分化。
26日，吴佩孚攻克长沙，随后继续追击南军，而将长沙又交给了跟在他屁股后面的张敬尧。张敬尧虽然一直闻着直系军队扬起的尘土味前进，在岳州被攻克之后才到九江督师，但一路上尽是捡不完的便宜。到了长沙，他那支掳掠成性的部队在这里为非作歹，搞得整座长沙城都苦不堪言，外国记者发电形容“此辈剿匪不足而剿民则有余”，同日，北京政府任命张敬尧为湖南督军兼署省长。28日，以蓝建枢特任海军总司令。29日，任命陆徵祥复任外交总长，钱能训为内务总长，段芝贵为陆军总长，刘冠雄为海军总长，傅增湘为教育总长，朱深为司法总长，田文烈为农商总长，曹汝霖为交通总长兼署财政总长，吴鼎昌为财政次长。
此时，徐树铮看到直隶拱卫北京的重要性，便想取代曹锟成为直隶督军，他采用的办法是调虎离山，升曹锟为两湖巡阅使兼湖北督军，调原湖北督军王占元为江苏督军，而原江苏督军李纯就地免职。这样既调开了曹锟，又解决了李纯，还打击了直系。
曹锟虽然帮着皖系，但是也不想开罪直系，再者湖北和湖南的局势都不明朗，徐树铮急着把曹锟调出直隶，无疑是釜底抽薪，曹锟虽然有“傻子”之名，但不是真傻。1918年4月4日，曹锟向北京政府发出通电，请辞两湖巡阅使的同时要去信阳的鸡公山养疴，“养疴”这个词大家应该都不陌生，是的，当年袁世凯就用过这一招。就在曹锟发出通电的同时，曹锟的部下吴佩孚也致电北京政府，表示部队作战疲乏要求回到直隶休整。
曹锟和吴佩孚用的这些伎俩，是继承了北洋系的光荣传统，因为袁世凯和段祺瑞都是以养病威胁政府的高手，他们算是没有白跟着这两位北洋大佬混。而且曹锟手里确实有足够的本钱来威胁段祺瑞，因为此时的皖系军阀都跟在吴佩孚后面磨磨蹭蹭前进，真正在前面冲锋陷阵的是吴佩孚，曹锟这个时候如果宣布撤退，那段祺瑞占两湖、攻四川、扫平西南的“三步走”战略就会付诸东流。徐树铮急忙南下，亲自到汉口向曹锟道歉，但同时又调本来前往四川的奉军转往湖南战场监视直系部队。
曹锟觉得两湖距离大本营太远，“金窝银窝不如自己的狗窝”，不如回到自己的老巢去。于是在占领长沙以后，曹锟的部队就借口粮饷和枪械不足，进兵日益缓慢。7日，安徽督军倪嗣冲抵达北京，极力主张以临时参议院代行国会选举权，即日进行总统选举，正式驱逐冯国璋。但此时主战派内部矛盾逐渐显露出来，段祺瑞哪里有心思重选总统，决定“南巡”汉口召开军事会议，消除直皖两系的矛盾。
内阁对段祺瑞的“南巡”却议论纷纷，因为前不久大总统冯国璋刚刚“亲征”，搞得北京城里人心惶惶，如今总理又要“南巡”，只会令刚刚平稳的局势再起波澜。但12日，南军占领电白，龙济光部节节溃败，段祺瑞不顾内阁反对毅然“南巡”，20日乘专车由京汉路南下，21日经郑州时得河南督军赵倜随行，22日抵达汉口，为了方便会晤曹锟，由大智门车站改为循礼门，直抵刘园的曹锟司令部。让段祺瑞尴尬的是，他原本意在汉口召开一次大的军事会议，但是长江三督中的李纯和陈光远不敢赴会，张怀芝和张敬尧借口“军情紧急”不予赴会，搞得所谓的督军会议只剩他和曹锟面面相觑。段祺瑞随后又接连致电张怀芝，张怀芝才不得不于24日赶到汉口。至此，段祺瑞主持的军事会议终于请到曹锟、张怀芝、王占元和周倜四个督军，段祺瑞的心腹徐树铮及江苏、江西、湖南、安徽、山西、陕西、奉天等省的督军代表参加。
就是在这次督军会议上，原本是主战派领袖的曹锟忽然转变了态度，站到了直系一边，他先是和王占元一起请求恢复陈光远的官职，随后又要求撤销对王汝贤、范国璋的处分，对冯玉祥不予追究。这样，当冯国璋在北京城里声势日微，逐渐成为一个空头总统的时候，曹锟却手腕迭出，逐渐成为直系的首领。段祺瑞此行本就意在安抚直系，所以对曹锟的请求都表示同意。
就在汉口军事会议召开的同时，随着护法运动的失败，桂系开始将大部分部队撤回广东，推行不抵抗政策，谭浩明也离开衡阳到永州。在桂军撤退之后，孤立无援的湘军也不得不撤退，程潜于23日离开衡阳，直系军队在第二天进驻衡阳。
25日，北军张怀芝部占领醴陵、攸县，但此时北军过于轻敌，急于对南军进行追击。结果撤退不及的桂军和湘军只好采取反攻，而张怀芝部对敌人的大举反攻猝不及防，在黄土岭被打得大败，溃败的北军退往株洲、易家湾，更是将怒火发泄在老百姓身上，沿途烧杀抢掠。在汉口的军事会议结束以后，26日，段祺瑞在九江会晤陈光远，在恢复陈光远职位的同时命令他出兵广东，陈光远随即派赣南镇守使吴鸿昌进攻南雄。同时，段祺瑞又任命福建督军李厚基为援粤军总司令，并调浙江第一师师长童保暄为副司令，李厚基在厦门设立司令部。同时，曹锟、张怀芝、倪嗣冲联名致电北京政府，要求迅速召集新国会。27日，李烈钧部攻克龙济光部的根据地廉江，段祺瑞急忙赶到南京会晤李纯，李纯随即派第十九师师长杨春普率部开赴江西，同时段祺瑞也极力缓和李纯、倪嗣冲、卢永祥之间的矛盾，到晚间则由津浦路北归，于28日回到北京。