虽然在袁世凯生前，段祺瑞和袁世凯曾经闹得不太愉快，但段祺瑞素来是以袁世凯的继承者自命，以此在北洋系中得到拥护。袁世凯执政时，西南系军人一直是他的心头大患，只是经过洪宪复辟之后，他对北洋系失去了实际控制权，镇压西南系统一中国就成了他未竟的事情。作为袁世凯的后继，段祺瑞自然也视西南系军人为肉中刺，恨不能拔之而后快，所以在逐渐落实西原借款的同时，他迫不及待地命令傅良佐南下督湘。但是段祺瑞偏偏忘了一件很重要的事情，打仗固然需要钱，但杰出的军事指挥人才也是必不可少的，而他的身边什么都不缺，偏偏就是缺少真正能打仗的人。
1917年9月1日，广州的“非常国会”选举孙中山为海陆军大元帅，翌日，选举陆荣廷和唐继尧为元帅，同在9月1日，回茶陵（今属湖南省株洲市）原籍省亲的谭延闿，忽然通电辞去湖南省长职务，然后化装离开湖南。2日，群龙无首的湘军将领发表联名通电，表示不再反对傅良佐出任湖南督军，但是希望北军不要进入长沙，同时，陆荣廷也致电冯国璋，希望北军不要开进长沙。此时湘军将领们已经算是服软了，但段祺瑞不予理会，傅良佐还是在9日带着北军一营进入长沙，进城当日禁止各机关团体鸣放鞭炮迎接，借此显示自己督军湖南是为了保护地方安全而不是炫耀权势。但湖南人对此并不领情，在他们看来，这位新督军一口北方话，做的也是北洋的官，跟他们没有多少关系。
10日，在广州的孙中山宣誓就职海陆军大元帅，“非常国会”同日通过军政府总部总长名单，伍廷芳为外交总长，唐绍仪为财政总长，张开儒为陆军总长，程璧光为海军总长，孙洪伊为内政总长，胡汉民为交通总长，李烈钧出任军政府参谋总长，章太炎则出任大元帅府秘书长。单就权力分派来说，可以说是做到了尽量均衡革命党人和西南系军人的势力，但是陆荣廷和唐继尧并不想要这样一个元首制的政府，他们想要的是护国战争时期军务院那样的合议制政府，此时手里只有海军支持的孙中山再次犯了理想主义错误，根本没有分析眼前的情况便想当然地排定座次，所以陆荣廷和唐继尧均不愿意就任元帅，而伍廷芳、唐绍仪、程璧光和李烈钧等稳健派人士也赞成合议制，不肯就职，于是孙中山就任命了一批革命党的激进分子代理工作。这样一来，等于是给自己架空了权力，一帮人在厨房里敲着锅碗瓢盆挺热闹，但是等到烧火做饭的时候根本就无粮下锅。
等到后来护法运动失败，提起这次惨痛的经历，革命党人总是痛斥地方军阀是何等不要脸，而对自己的天真想法却很少谈及。其实，这是革命党从诞生之初就有的先天缺陷，在革命之初，革命党人都是单打独斗，很少能够唤起社会大众的呼应，因此很多后来被形容得惊天动地的壮举，其实在当时根本就没有几个人知道，辛亥革命前发起的十次起义，有一半以上就跟地方黑社会群殴的级别差不多。其实辛亥革命更多的是来自底层的呼应，和清室贵胄们的作茧自缚，所以最后才会演变成军阀混战。这也就是为什么辛亥革命过去好多年了，遗老遗少反而越来越多的原因，因为“革命”这样的概念对很多人来说，无非就是打几场仗、杀几个人，如果这就是革命，那还不如回到大清朝去。
段祺瑞显然已经意识到北军进入湖南必然会遭遇多方阻挠，让傅良佐进入湖南的其中一个原因就是在处理矛盾上傅良佐更熟稔一些。千算万算，段祺瑞就是没有算到，这位脑子活泛的督军一进了长沙就开始犯糊涂，他上任后下了两道糊涂命令：一是将湘军第一师第二旅旅长林修梅撤职，改派邹序彬接任；二是撤销刘建藩的零陵镇守使职务，派陈蘧章为零陵镇守使。等于是在立足未稳之际，就急着将湘军将领替换成北军的将领，瞬时就将湘军将领逼到了绝地。
果不其然，林修梅不久在衡阳宣布自主，刘建藩同时在零陵宣布自主。但是傅良佐对此并没有太多惊恐，因为林修梅只有一个旅的兵力，而刘建藩也只有几个营兵力的地方守备队，其他的湘军将领也并没有加入，傅良佐反而窃喜，这样一来就让他师出有名。开始傅良佐并不打算用北军，他派第一师代理师长李右文统率第一旅到衡阳，企图招抚林修梅的第二旅，哪知道偷鸡不成蚀把米，李右文的部队反而让林修梅给招抚了。
既然“湘人攻击湘人”的策略不能实现，傅良佐只好动用北军，段祺瑞主张以强硬态度解决湖南问题，而冯国璋与西南系的陆荣廷来往密切，主张以温和的手段解决湖南问题，段祺瑞和冯国璋两人的矛盾也在此时慢慢浮现出来。湖南局势已经异常紧张，在京的湖南籍士绅随即联名向冯国璋请愿，要求政府不要在湖南用兵，冯国璋直接表示此事与他无关，让他们去找内阁，等于是明白地告诉别人，出兵湖南跟他冯国璋没有关系，是段祺瑞干的。林修梅和刘建藩在湖南宣布自主以后，内阁决定下达讨伐令，冯国璋却不肯在讨伐令上盖章。没有总统盖章，段祺瑞依然命令北军开进湖南，直到战事开始，北京政府依然没有发出讨伐令，有人形容当时的形势是：“段内阁对外（指欧战）宣而不战，对内战而不宣。”
虽然对冯国璋没有在讨伐法令上盖章感到不满，但冯国璋到底不是黎元洪，更何况段祺瑞这次是在湖南动刀枪。冯国璋的直系军阀当时主要控制的就是湖北、江西和江苏三省地盘，而这三个地方偏偏又因为地形分散而不够集中，尤其是江苏，更是在皖系势力的包围之下，和直系领导人冯国璋的命运多少有些相似。但是段祺瑞进攻湖南，是从直系的地盘上过去的，段祺瑞对冯国璋纵有千百个不满，终归还是要取得冯国璋的支持。
讨伐令下不来，仗还是得打。傅良佐任命第八师师长王汝贤为湖南军总司令，第二十八师师长范国璋为副总司令，同时命令第八师和第二十师正面进攻衡山，湘军第二师第四旅为右翼进攻宝庆，从安徽调来的安武军进攻攸县，彻底撕破了“不带兵入湘”的承诺，大张旗鼓地开始了南北战争。被段祺瑞拉拢的湘军第二师第四旅旅长朱泽黄急于立功，率领所部湘军进攻宝庆，在攻占宝庆之后，北京政府随即任命朱泽黄为长宝镇守使，晋升陆军中将。11日，北军第八师第十五旅王汝勤部攻取未设防的衡山，算是给段祺瑞吃了一颗定心丸。
由于接连遭遇大败，湘军第一师的官兵急忙前往衡山请出辛亥元老赵恒惕，赵恒惕随即前往衡阳与林修梅、刘建藩商讨军事，随即在衡山西南五十里的萱洲河和刘建藩部夹湘水设防。不久，王汝贤和范国璋率部来袭，自此和湘军陷入拉锯战。原来，在湖南的北军多半都是凑出来的部队，并不是皖系的正牌嫡系部队，打起仗来若是顺利还好，稍有磕绊这些士兵便不会舍命应战。统率部队的将领只会纸上谈兵，用钱堆出来的部队人数倒是骇人，但没有经过严格训练、军纪涣散，在湖南到处为非作歹，王汝贤和范国璋光是忙这些琐碎事都顾不过来，哪里还能突破湘军的防线。
鉴于湖南局势严峻，广东督军陈炳焜急邀护法军政府的海军总长程璧光到南宁和陆荣廷会商出兵援湘的事，经过商讨最终推广西督军谭浩明为两广护国军总司令，广西出兵四十五营，广东出兵三十五营，共组成五个军，陆裕光为第一军司令，林俊廷为第二军司令，韦荣昌为第三军司令，马济为第四军司令，林虎为第五军司令。而陆荣廷在会后则继续返回原籍武鸣养病，同时和冯国璋暗中联系。
20日，谭浩明通电就任两广护国军总司令，西南系军阀正式对以段祺瑞为首的皖系军阀宣战。不过，此时的段祺瑞已经有了西原借款撑腰，即便是征湘、平粤、伐桂、讨滇四大战役同时开始也有恃无恐，因此拟派卢永祥为湘粤方面总司令，以驻防山东的第五师师长张树元继任淞沪护军使；抽调倪嗣冲的安武军二十营及张敬尧部第七师开到湖南；另一方面唆使琼州的龙济光反攻广东，收买潮汕镇守使莫乘宇、惠州督办张六骥做内应；并令福建督军李厚基派兵经海道在广东沿海登陆，调奉军、陕军入川协助吴光新、刘存厚攻击滇军。
另一边，直系的长江三督江苏督军李纯、湖北督军王占元和江西督军陈光远也紧急举行会晤，要求停止湖南战事、撤回傅良佐、改组内阁、整顿倪嗣冲部，这等于是直系与皖系正式地针锋相对。直系所提出的前三个条件，完全是在呼应桂系，而最后一个条件则是出于自我考虑，倪嗣冲是皖系的主将，也是皖系中真正的实力派，更是段祺瑞放在长江三督头顶上的一把刀，在张勋复辟失败之后，倪嗣冲趁机收服了江苏北部徐州、海州一带的张勋旧部，更是增强了自己的实力。因此长江三督要求整顿倪嗣冲部。如今桂系和直系串通一气，皖系也就拉拢了奉系的张作霖，21日张作霖致电北京政府，催促其立即出兵讨伐两广。
不过，直系长江三督的激烈态度，让段祺瑞意识到事态日趋严重，只好把皖系大将卢永祥留在上海，以防备江苏、湖北和江西可能出现的意外状况，并且暂缓进攻西南的计划。因为长江三督的态度，使得皖系中一部分激进势力抬头，他们认为长江三督可能是得到了冯国璋的授意，而冯国璋则与陆荣廷来往密切，因此需要发动一次政变让冯国璋下台。于是从10月下旬开始，北京城里谣言四起，传说北京军人密谋发动“兵谏”软禁总统，冯国璋吓得惊慌失措，急忙在22日同意段祺瑞提出的褫夺刘建藩和林修梅的官职及勋章，并且予以通缉。27日，“兵谏”谣言愈演愈烈，冯国璋勉强下令罢免广东督军陈炳焜，派李耀汉兼署广东督军，莫擎宇会办广东军务，李福林接任广惠镇守使。
1917年11月初，关于北京军人可能发动政变软禁总统的谣言满天飞，长江三督受此影响也不再大张旗鼓地发布通电。7日，万般无奈的冯国璋不得不将段祺瑞拟好的通电发出。当时外间的传言之盛，可能也不全是空穴来风，据说当时皖系内部就有“政变倒冯”和“合法驱冯”两种不同的意见。倪嗣冲和张作霖主张“政变倒冯”，就是先宣布独立，随后在天津设立临时政府，推徐世昌为大元帅代行总统职权，然后再转头进兵北京，逼迫冯国璋下台。而段祺瑞的幕僚则提议“合法驱冯”，就是迅速成立临时参议院为代立法机关，修改《国会组织法》与两院议员选举法，根据这些新法召集新的国会改选总统。
桂系本来依靠直系打压皖系，虽然接连召开护法会议什么的，但从来没有把孙中山和国民党放在眼里，等到冯国璋被迫发出调陆荣廷上京、派龙济光接任两广巡阅使和让李耀汉回到广西的命令以后，才意识到靠直系是不能压制住皖系的，于是只好转过头来又和国民党牵线搭桥。10日，陆荣廷亲自到梧州主持军事会议。孙中山的代表胡汉民，护法军政府代表外交次长王正廷、海军总长程璧光、广东省长李耀汉都受邀参加。这次会议比之前的南宁会议要扩大很多，也是真正意义上的国民党、桂系、广东地方军人的联席会议。会议主要商讨的内容包括：共抗北军要精诚合作，消除内部隔阂，国民党出兵福建牵制北军等。
终于可以发表意见的国民党，趁机提出桂系的广东督军陈炳焜不得人心和攫夺省长亲军等问题，陆荣廷当即接受，随即提出调陈炳焜为讨龙济光军总司令，转由程璧光担任广东督军，将陈炳焜的省长亲军二十营交由陈炯明指挥，并使其进攻福建，但需要受程璧光节制。程璧光是国民党中的温和派，桂系遂推选他为广东督军并节制陈炯明，而国民党此时也力促陆荣廷到广州来主持军事。但陆荣廷表示自己年老多病，因此派广惠镇守使莫荣新在他养病期间代理军务。
就在北京和西南形势发生变化的同时，湖南的形势也发生了变化。王汝贤、范国璋与湘军已经对峙四十多天，始终不能决出胜负。但是湘军无疑更为着急，因为此时已到年底，严冬将至，而湘军将面临“弹药将竭”的局面，到时候很难支撑下去。于是，刘建藩部的黄钺主动要求率领敢死队百余人抄袭到北军后方进行偷袭，但此去袭击的湘军士兵完全是去以命相搏的，虽然最后全军覆没，却给北军士兵的心灵造成极大的震慑。之前就曾讲到，当时入湘的北军很多都是临时拼凑出来的，不仅在技战术上和正规部队差得很远，心理素质也不够过硬，这些士兵平日打家劫舍、杀人放火倒是在行，真的面对血淋淋的战场就有些头昏脑涨了。他们怎么也想不到对方会用性命来换取胜利，虽然北军赢得了惨烈的一战，但北军的士兵们在精神上却已经认输。
于是，湘军把握机会大举反攻，哪知道双方刚刚交手，北军便已溃散，湘军因此虏获大批的军械弹药，暂时摆脱了困境。而北军仅仅在长衡公路的茶园铺交战一次，就迅速溃退到长沙。傅良佐接到王汝贤和范国璋的电报，随即在长沙下达特别戒严令，断绝市内交通，而他则偕同代理省长周肇祥偷偷爬上军舰，逃往长江下游的靖港。王汝贤和范国璋发出通电之后，退兵到长沙，到长沙以后也不再退，随即发出布告，声称“不愿从事内争，主张和平解决南北纠纷”。随后，长沙各界迅速组成了“湖南暂时维持军民两政办公处”，前不久还是攻占湖南的急先锋的王汝贤和范国璋大摇大摆地出任正、副主任。
王汝贤和范国璋在长沙当起和平使者，可苦了在北京的段祺瑞，他本来就受到直系的反对，此时湖南形势又生突变，不久，江苏督军李纯又来电建议总理不兼陆军总长、解散临时参议院、派唐绍仪为北方议和总代表、迅速召开南北和议，更是逼得段祺瑞走投无路。16日，段祺瑞被迫提出辞呈，同时发出“正密”铣电痛陈北洋系团结之必要，以及自己辞职的各种苦衷，随后，段祺瑞的心腹徐树铮另外发出一封密电给皖系各军阀，希望他们能复电继续拥护段祺瑞。17日，忽然有无数湘军出现在长沙城内，吓得王汝贤和范国璋也急忙弃城而去。18日，段祺瑞发电惩办傅良佐、周肇祥，并勒令王汝贤“严申约束，激励将士，驱除在湘逆军，以赎前愆”，哪知道此时的长沙城内已经没有北军了。