也许是厌烦了尔虞我诈的政治斗争，也许是讨逆军战斗的过程让段祺瑞开了窍，从此以后段祺瑞满脑子想的都是“武力统一”。要打仗就需要军火，要军火就需要钱，但当时的民国政府最缺的就是钱。压垮袁世凯的最后一根稻草其实就是钱，连年的征战加上天文数字的庚子赔款，国库里要能有充足的银子那才见鬼。加上当时军阀割据，各地的督军征上来的银子几乎都揣进自己的荷包扩充军事了，哪里会答理中央？自家荷包里没有什么钱，那就只好跟外人借，恰在这个时候，日本人西原龟三出现了。
黎元洪不愿意出任总统，冯国璋迟迟不愿北上，总统府就一直空着。段祺瑞本来属意徐世昌，并且准备向亲近他的北洋系将领们发出暗示，哪里知道他的媚眼还没有抛出去，不识趣的北洋系军阀们就纷纷电请代总统冯国璋入京继任大总统，而素来不解风情的倪嗣冲更是在电报中直接我大总统长我大总统短地称呼冯国璋，而把“前大总统”的帽子扣到了黎元洪的头上。其实这也怪不得北洋系的军阀们，对他们来说北洋系在北京占据的权力越大越好，与其把大总统的位置留给别人，不如交给自己人来得放心。
禁不住里里外外众人的撺掇，冯国璋终于决定北上赴任，但是在临行之际，他向段祺瑞提出了两个条件：一是由李纯出任江苏督军，任陈光远为江西督军；二是允许自己带一个师的人马进京。对冯国璋提出的两个条件，段祺瑞欣然允许，当时段芝贵、靳云鹏、傅良佐、曲同丰、卢永祥这些皖系军阀都集中在段祺瑞身边，直隶督军曹锟也没有完全依附到冯国璋一边，加上酣睡在“长江三督”枕畔的安徽督军倪嗣冲，段祺瑞对冯国璋虽然有恃其实无恐，又怎么会在意区区一个师的兵马？
更何况冯国璋带到北京的这一个师战斗力也实在一般，冯国璋在逊清时期担任过禁卫军统领，这支禁卫军是清一色的八旗子弟，据说很多禁卫军士兵直到民国时期还留着辫子，这支部队在逊清时养尊处优，几乎没有打过什么正儿八经的仗。清朝退位后裁撤八旗军，重情义的冯国璋硬是好说歹说保全了这支老爷兵。结果从那以后这帮八旗残兵就算是抱上了冯国璋的大腿，冯国璋到哪儿他们都跟着（当然，别人也不会接收他们）。在北洋将领们看来，这就是一帮好吃懒做天天等冯国璋发养老金的寄生虫。等到后来冯国璋风光不再，从总统的位置上下来，还不得不为这帮老人家筹饷，当然这都是后话了。
确定了谁来当这个总统，接着就是国会问题和对德宣战问题。1917年7月15日，段祺瑞在北京重新组阁，于20日举行讨逆之后的首次国务会议，并且推选梁启超拟电向各省当局征求对于召集临时参议院的意见。当时正值讨逆结束，情形和民国刚成立的时候差不多，已经解散的旧国会当然不该再召集，于是段祺瑞就想出召集临时参议院的方法，临时参议院的议员均由地方当局指派，自然比选举出来的议员要容易控制。通电发出没有多久，各省督军纷纷复电附和，唯有孙中山坚决反对。段祺瑞却完全不理会孙中山的声音，只要北洋系将领没有异议，临时参议院就光明正大地组建起来。
就在国务会议举行的前一天，应两广巡阅使陆荣廷的邀请，孙中山偕章太炎、朱执信、廖仲恺、陈炯明等率海琛舰、应瑞舰自上海出发，经虎门抵达广州，孙中山在广东各界的欢迎会上发表演说，号召护法。21日，海军总长程璧光和第一舰队司令林葆怿响应孙中山的护法号召，以联名通电提出拥护《约法》、恢复国会、惩办祸首三项主张，随后率第一舰队的十艘军舰南下，护法运动自此开始。
8月1日，冯国璋抵达北京，他先行前往东厂胡同会晤前总统黎元洪，随后宣布继任大总统。就职以后，任命张一麐为秘书长，师景云为侍从武官兼军事办公处长，熊炳琦为侍从武官兼参谋长，张宗昌为侍从武官兼副官处长，殷鸿寿为侍从武官兼执法处长，侍从武官长仍为廕昌，总统府指挥使仍为徐邦杰，随后又与北洋巨头王士珍、段祺瑞见面，冯国璋在见面时力陈要互相团结、重振北洋，但当时的“北洋三杰”各怀心事，早已经是形同陌路。王士珍因为是复辟的附从，早已是心灰意懒，而冯国璋和段祺瑞则是各怀心事。
在临时参议院组建完成、总统也到任以后，段祺瑞就着手对德宣战的事务，于4日将宣战案提交国务会议通过。对德宣战案通过之后，段祺瑞便开始和协约国各公使馆进行交涉，中国驻美国公使顾维钧报告说美国方面表示会借2亿银元给中国，资助中国出兵欧洲。但段祺瑞并不准备去欧洲打仗，他的当务之急是解决西南系的军人，因此在得到美国资助的同时，段祺瑞再次示意曹汝霖等亲日派接洽西原龟三，继续就对日借款进行商讨。让段祺瑞出乎意料的是，日方此次提出借款的条件非常宽松，几乎跟友情赠送差不多，而且日本人一改从前傲慢的脾气，笑脸相迎，段祺瑞一时还以为是在做梦。
西原龟三是日本寺内内阁的谋士，他和寺内正毅的关系有点儿类似徐树铮与段祺瑞的关系。在寺内正毅早期担任朝鲜总督期间，曾主政朝鲜银行，结果因为管理不善，使得朝鲜银行陷于困境，多亏了西原龟三的帮助才得以解困，所以寺内正毅对西原龟三非常信赖。寺内上台以后，西原龟三主张改变对华政策，按照他的说法，就是在“宋襄之仁”和“强横蛮干”之间走一条折中的路，扶植中国政府中的亲日势力，通过金融途径为日本谋求更大、更广、更长远的在华利益。
关于西原借款，按照西原龟三自己的统计总共有八项，即交通银行借款两次，一次500万日元，一次2000万日元；有线电信借款2000万日元；吉会铁路借款1000万日元；黑龙江、吉林金矿森林借款3000万日元；满蒙四铁路借款2000万日元；山东济顺、徐高二铁路借款2000万日元；参战借款2000万日元。合计1.45亿日元。根据相关资料记载，当时日元跟中国货币的比价为1日元兑换1银元，也就是1.5日元兑换1两银子。除了西原龟三自己所统计出的这些项目，寺内政府还向中国政府提供了与参战借款有关的军械借款，总计3208万日元。
更为关键的是，与袁世凯执政时向日本借款需要以关乎中国命脉的盐税作为抵押不同，西原借款作为抵押的东西就要“廉价”很多，主要包括电线、森林甚至是北京政府毫无信誉可言的国库券，一直研究中日关系的老报人王芸生认为，西原借款对中国而言，是日本“以投资手段使中国殖民化。然自另一种意义言，亦可谓彼等之卖国。盖以二亿巨资，一无切实之抵押，二无高息回扣，结果强半流为无着落之滥债，无怪寺内、胜田诸人受其国人之攻击也”。
但是从长远角度出发，西原借款为多年后日本在中国的军事行动打下了良好的基础。首先，他们通过西原借款得以巩固和扩张在东北的势力，从东北获得更多的有形以及无形资产；其次，获得济顺、徐高铁路的项目，借此将势力延伸到京汉线和京浦线，同时加强了对山东的控制；再次，相关的军事借款让日本实质上掌控了中国军队的武器提供，中国的军火交易订单几乎全落在了日本人手里。同时因为西原借款，日本得以在东北和山东派驻越来越多的军队，这不仅为日后的五四运动埋下伏笔，也为将来的日本侵华埋下隐患。
在西原借款的计划开始运作之后不久，段祺瑞就迫不及待地开始实施“武力统一”的计划了。自第二次组阁开始，段祺瑞就已经不抱依靠政治手段完成统一的念头，转而靠武力统一中国。要统一中国，他的敌人首先就是西南系军人，包括云南、贵州、四川、广东和广西五省，按照段祺瑞与徐树铮的计划，他们准备由四川进攻云南和贵州，由湖南进攻广东和广西。当时四川的局势比较复杂，北洋系的势力已经渗入，所以段祺瑞就把主要精力放在了湖南。湖南距离北洋系的占领区比较近，尤其是距离段祺瑞的皖系势力范围较近，加上湘军的实力不强，经过研究段祺瑞决定由湖北和江西两路夹攻湖南。
段祺瑞本意是派自己的妻弟吴光新为湖南督军，但是吴光新当时正谋求向四川发展，段祺瑞只好转调淞沪护军使、第十师师长卢永祥为湖南督军。卢永祥原名卢振河，字子嘉，是山东济阳（今属山东省济南市）人，幼年时家贫，后进入山海关随营武备学堂，投军后又考入天津武备学堂，毕业后被袁世凯聘为新军军官，在天津小站练兵时与段祺瑞、王士珍等成为密友，在袁世凯去世后投靠段祺瑞成为皖系的一员。此时，在北京的湖南籍名士熊希龄、范源濂等，以及湖南人都喊出“湘人治湘”的口号，段祺瑞根据这个情况，决定选择傅良佐前往湖南督军。
傅良佐，字清节，祖籍江西，出生于湖南省吉首市乾州镇，后在长沙考入梁启超、熊希龄创办的时务学堂，学堂停办后考入天津武备学堂，毕业后赴日本留学，在日本陆军士官学校第三期学习，归国之后加入北洋军。傅良佐曾出任察哈尔副都统兼多伦蓟榆镇守使，还出任过陆军高等军事裁判处长，亦是皖系“四大金刚”之一。于是，段祺瑞仍然命谭延闿出任湖南省长，而以傅良佐任督军，但不带兵入湘。但是对湖南人来说，傅良佐虽然生于湖南，但素来跟随段祺瑞在北方，算不得湘人，更何况就在段祺瑞和傅良佐发誓“不带北兵入湘”的时候，驻守保定的皖系军阀范国璋已经带着他的第二十师进入湖南。
从段祺瑞的角度来看，西原借款不管怎么说都算是一笔好买卖，但是买卖虽好，交易起来却不容易。因为在1913年，中国与英、法、德、日、俄五国银行团协定，不能单独向五国中的一国进行政治借款，更不能向五国银行团以外的国家借款，如今德国算是撇出去了，但是其他四国还在，因此段祺瑞要向日本政府借款，还是得费点儿时间。不过协定是死的，人是活的，想出个主意来也不费什么力气。1917年8月10日，日本藏相胜田和中国亲日派的陆宗舆组成了中日合办的中华汇业银行，陆宗舆出任经理，而向中国投资就是这个银行的基本业务。
14日，对德宣战案以总统命令正式公布，于是中国政府就向五国银行团提出申请，要借1亿银元的善后款。当时德国已经退出，其实就剩下四个国家，英、法、俄都在忙着打欧战，哪有那么多钱借给中国政府，可是中国已经加入欧战，尤其是协约国的英、法不能不表示表示吧？但是英、法两国公使面面相觑，欧战正打到如火如荼的时候，他们也应付不了中国政府的狮子大开口。于是，日本公使装模作样地说，既然如此为难，就由我们日方先垫付吧！英、法、俄三国一听都很高兴，表示这笔借款就由日本银行团先拨款，等战后他们再拨还。
段祺瑞忙着借款和向湖南派兵的时候，谭延闿致电陆荣廷，将湖南的形势告诉他，陆荣廷急忙致电冯国璋，希望冯国璋能够遵守先前与陆荣廷商定的在三年之内不更动西南五省军民长官的承诺，并且主张将湖南划为南北两军之间的缓冲地带，维持湖南的现状。但是冯国璋与段祺瑞早已私下立过君子之约，便不好回复陆荣廷。冯国璋把陆荣廷的电报交给段祺瑞，让段祺瑞作答，段祺瑞则以国务院名义回了一个“官腔”十足的电报，表示自己派傅良佐督军湖南是“为军事计，为湘省计，为祖安（谭延闿的号）计，皆以专办民事为宜”，并且是“良非得已”，毫无一点儿私心。
在看过段祺瑞的电报以后，陆荣廷明白已经没有什么商量的余地，于是致电湘军各将领做好武力抵抗的准备，同时表示会派兵驰援。谭延闿接到陆荣廷的电报之后，火速召开秘密军事会议商议抵抗北军，同时致电各省派兵“援湘”。云南督军唐继尧随即也向谭延闿发出电报，建议派遣驻粤滇军日夜兼程开赴湖南，陆荣廷表示同意，同时致电西南各省，“北方疑忌西南之心已昭然若揭，唇亡齿寒，急应力图应付”。
事情已经箭在弦上，但西南系的援军却碰到了问题。唐继尧所指的“驻粤滇军”原本是护国战争时期开到两广准备北伐的部队，袁世凯死后因为云南政府无力承担这支部队的费用，就命令他们驻防在广东北江，唐继尧提出让这支部队北上时，正迎合了广东督军陈炳焜的想法，但是等谭延闿迫切要求滇军出发的时候，陈炳焜却不肯发给滇军所需的军费和军火，而驻粤滇军又不想去打头阵当炮灰，因此事情就耽搁下来。
西南系的援军磨磨蹭蹭的，而段祺瑞的北军则是朝发夕至，湘军内部自然因此而出现裂痕。在谭延闿召开的军事会议上，湘军第二师师长陈复初，第二师第四旅旅长朱泽黄，第一师第一旅旅长李右文对抵抗北军都态度冷淡，加上陈复初此时已经被段祺瑞拉拢，谭延闿所控制的湘军其实不到半数。谭延闿知道这时自己根本无力抵抗北军，只好派零陵镇守使望云亭到北京欢迎新督军早日到任。但是在望云亭启程之后，谭延闿随即派驱逐汤芗铭时由黄兴介绍回湖南的刘建藩代理零陵镇守使。
刘建藩字昆涛，湖南醴陵（今属湖南省株洲市）人，日本士官学校毕业。谭延闿同时开始拍卖大批公产，用以扩充军费，并提出其中一部分馈赠文武官兵，又调第一师第二旅旅长林修梅部接防衡山，表示长沙不设防，实际则是让湘军退守湘南以等待西南过来的援军。
8月25日，孙中山在广州召开“非常国会”，商议与北京政府交战的事宜，西南系军阀参与到护法运动中。段祺瑞随即催促日方尽快完成借款。26日，新任湖南督军傅良佐动身南下，他绕道津浦路，先到南京会晤李纯，随后乘轮船到武汉会晤王占元，才在岳州暂时停了下来，出于对湘军的防备，他命令抵湘的北军向淮阴以北推进，又调驻马厂的第八师王汝贤部开进岳州。
28日，前总统黎元洪安然离开北京，回到天津的私邸过起了寓公的日子，但段祺瑞仍然不放心，密令曹锟派人监视黎元洪。