袁世凯时期的北洋系，就像是一个独资企业，老袁出钱建厂，下面是他聘请的管理人员和工人。但正应了“不想当老板的员工不是好员工”这句话，在袁世凯一人独大的时候，下面最早有觉悟的一批将领早就开始扎堆琢磨怎么出去自主经营。但是他们中任何一人都不如袁世凯财大气粗，没有独立开厂的资本，于是几个人合计着入股建厂，大家都有股份，股份最多的当董事长。独资企业和合资企业相比，独资企业的老板一出事，下面打工的人就作鸟兽散，而合资企业股东多，即便是首席执行官经营不善，后面也有董事会支撑着，轻易不会出现树一倒猢狲就急忙奔散的情形。
1916年6月6日，袁世凯去世以后，自金匮石室中取出了总统候选人的名单，上面列的人名是：黎元洪、徐世昌、段祺瑞。但是这三个人里面选谁却是个问题，按照《约法》是从里面挑一个，但其实黎元洪和徐世昌都没有实权，北京城里说话算数的只有段祺瑞，北洋系的将领们各怀心事，一致请徐世昌发表意见。徐世昌也知道这个主意不好拿，他把黎元洪推到前面，但还是把最终的决定权交给段祺瑞。黎元洪并非北洋系，所以袁世凯重病的时候，他只是稍事探望，没有敢在袁宅待太久。
从心里说，段祺瑞并不是很待见黎元洪，黎元洪这个人之所以能够起家，是因为辛亥革命时稀里糊涂当了两天革命党的傀儡。这样的人，既非真才，也无实学，更没有带过兵打过仗，论文是半吊子，论武是三脚猫，让段祺瑞拥护黎元洪当总统，他内心里很难接受，但此时形势所迫，又不得不拥护黎元洪。6月7日，黎元洪在东厂胡同私宅举行了总统就职典礼。同一天，陕西都督陈树藩宣布取消独立，并通电全国表示“树藩仅举陕西全境奉还中央，一切悉听中央处分”。陈树藩，字柏森、柏生，是安康（今陕西省安康市）人，早年曾在段祺瑞主持的保定陆军学校就读，辛亥革命时光复西安，此后在陕西击败袁世凯的心腹陆建章，控制陕西。段祺瑞对陈树藩的行动非常满意，认为值得鼓励，于是任命陈树藩为将军府汉武将军，后又委任为陕西督军，而陈树藩也深感段祺瑞的赏识，此后便投靠段祺瑞，成为皖系军阀的一员。
第二天，“二陈汤”中的四川都督陈宦也宣布取消独立，并且致电北京国务院，但是陈宦却没有像陈树藩那样博得段祺瑞的好感。因为陈宦这样做，是受到黎元洪的策士金永炎、哈汉章等人的劝诱，陈宦只道是黎元洪当了大总统，所以为了讨好黎元洪，也没有和护国军方面联系，就通电取消独立。可是陈宦并不知道，黎元洪不过是一个光杆司令，北京城里吐口唾沫是个钉的人是段祺瑞，陈宦这种讨好黎元洪的做法最让段祺瑞不舒服。而且陈宦素来和段祺瑞没有什么交情，倒是和北洋系的另一个大佬冯国璋来往密切，段祺瑞对陈宦的不满就可想而知。所以陈宦宣布四川取消独立以后，段祺瑞并没有指派他为四川将军并督理军务，这样一来陈宦就陷入尴尬的境地，他已取消独立，但北京政府也不给予他任命，一时陷入两难的境地。
段祺瑞把陈宦晾在一边以后，就着手处理北京政府的事情，他首先于6月10日裁撤了陆海军大元帅统率办事处，这个名称冗长啰唆的机构是袁世凯以总统身份抓军权之后设立的，当初段祺瑞与袁世凯关系僵化就缘于此，袁世凯在世时段祺瑞曾多次试图裁撤这个机构都未能如愿，如今黎元洪当上总统，段祺瑞更加不能让这个机构存在下去。
13日，段祺瑞又任命徐树铮为国务院秘书长，袁世凯在世时未能同意段祺瑞的两件事，段祺瑞终于在他死后迅速完成。同日，广东都督龙济光电达中央，称广东已于本月9日取消独立，而段祺瑞给龙济光的评价也非常高，说他“具有世界眼光，急谋统一，热诚爱国，深堪嘉慰”。19日，段祺瑞又下令裁撤京畿军政执法处，这是袁世凯仿效古代所设立的特务机构，也最为各方所痛恨。
黎元洪这个人，原本是个各方都不讨好的人：北洋系的人看来，他没有什么功勋，实在不值得拥戴；国民党人看来，黎元洪多次叛变革命，是个势利的伪君子。但是，黎元洪身上也有优点，而且在此时显得尤为重要，他在做人方面占了优势，谁也不得罪，夹在中间做个老好人，加上他又是副总统，顺理成章就继任总统。黎元洪就职以后，又如同辛亥革命时被选为鄂军大都督一样，不论大小事情均没有决定权，能做的事情也就是在公文上签字盖章，完全成了段祺瑞的政治傀儡。
但是让黎元洪当上总统以后，麻烦的事情还没有结束，《约法》的问题仍然没有得到妥善解决。因为当时有两个《约法》，一个是公布于民国元年（1912年）的旧《约法》，一个是制定于民国三年（1914年）的新《约法》。在6月10日，西南军务院抚军长唐继尧曾通电提出四大条件，分别是恢复旧《约法》、解散旧政府、惩办帝制祸首、议决善后军事问题。西南军务院的通电发出以后，上海的唐绍仪、梁启超、伍廷芳等联名通电呼应，而国会议员谷钟秀、孙洪伊等在上海登报召集议员自行集会拥护新《约法》，新旧《约法》之争迅速在全国蔓延开。
6月22日，段祺瑞通电各省，在这封电文里，段祺瑞直言“半月以来，举国上下所龂龂致辩争者，《约法》而已”，但随后就开始陈述更改新《约法》的弊端，“……今日命令复之，明日命令废之，将等法律为何物？且甲氏命令复之，乙氏又何不可命令废之？可施之于约法者，又何不可施之于宪法？如是则元首每有更代，法律随为转移，人民将何所遵循乎？”这封电文洋洋洒洒有将近一千字，既没有什么拿得出手的理由，也没有什么义正词严的借口，通篇就是絮絮叨叨地表示现在修改《约法》很突然、民众不接受之类，根本就说服不了任何人。
很快，唐绍仪、梁启超、伍廷芳等就致电驳复：“……夫我总统正位，而国内外共仰为合法者，无他焉，以三年《约法》之不成为法也。又如我公今所长之机关为国务院，国务院者，元年《约法》上之机关，三年《约法》所未尝有也。三年《约法》若为法，元年《约法》定非法，公所长之院何由成立？今发布院令而中外共许为合法者，无他焉，以三年《约法》之不成法也。揆诸法理如彼，征诸事实如此，则三年《约法》之非法，确成铁案。”
虽然段祺瑞上过几天私塾、徐树铮也曾是天才儿童，但是和真正的读书人打起笔墨官司，他们的功力还是差点儿，唐绍仪、梁启超、伍廷芳等人的这封电文，不过两三百字，但是有理有据，完全把段祺瑞那封冗长的狡辩之词给驳倒了。段祺瑞一看再辩下去也讨不到什么好处，干脆就闭目塞听，哪怕外间吵得不可开交，他也不予理会，依旧照着新《约法》过日子。可是段祺瑞把问题看得太简单了，此时的《约法》之争已不单是几派势力之间的口水战了。6月25日，上海海军宣布独立，驻沪海军总司令李鼎新、第一舰队司令林葆怿、练习舰队司令曾兆麟发表联合宣言，“誓为一劳永逸之图，勿贻姑息养奸之祸，庶几海内一家，相接以诚，相守以法，共循正轨而臻治安矣”，表示因拥护旧《约法》而宣告独立。
当时中国的海军共分为三个舰队，而驻守在上海的第一舰队可以说是海军的主力，上海海军的独立不仅仅威胁到了沿海各省的北洋系势力，如果海军运送护国军北上，那可能对北京政府带来灭顶之灾。慌了神的段祺瑞哪里还敢再抱着新《约法》不放？急忙请出林长民、张国淦第一时间安抚海军，同时于6月29日由黎元洪正式申令，表明政府将会遵循民国元年公布的旧《约法》，同时废国务卿名义，恢复国务院总理，并裁撤掉参议院和平政院所属的肃政厅。至此，争议不断的法统问题才算是暂时平息。
就是在上海海军宣布独立的6月25日，四川也发生了一件大事，原四川督军陈宦被重庆镇守使周骏击败，逃亡成都成了逃亡将军。在陈宦宣布独立的时候，袁世凯就急忙提升川军第一师长兼重庆镇守使周骏督理四川军务，周骏随即率军进驻成都，驱逐陈宦。在袁世凯死后，段祺瑞授意当时还依附于他的北洋军驻川统帅曹锟暗中支持周骏。周骏在曹锟的支持下接连攻克永川、隆昌、内江，并派旅长王陵基率兵进抵资中，从而切断成都与叙府之间的联系，同时高呼“川人不打川人”的口号，以博取护国军方面川籍将领刘存厚、熊克武等的同情。周骏兵临成都城下，陈宦急忙向蔡锷告急，但此时蔡锷的喉结核症非常严重，只好电请唐继尧补充兵员和武器，又抽调刘云峰的一个梯团由叙州开赴自流井，然后向内江和资中出击。但一切为时已晚，6月25日，周骏兵临城下，陈宦只能让出成都。
但是，周骏也没有在成都待多久，仅仅过了四天，护国军刘存厚就打进成都，北京政府只好任命蔡锷为四川督军兼省长以节制护国军，把周骏召回北京候用。在《约法》之争告一段落之后，段祺瑞必须着手对付南方的护国军了，虽然袁世凯病逝在陈树藩、陈宦、汤芗铭等宣布独立的时候，但谁心里都清楚，真正让袁世凯殚精竭虑、劳虑成病的是南方的护国军。对于北洋系来说，他们也不能允许护国军不断扩张势力，段祺瑞此时召集自己的幕僚，不得不煞费苦心地商议如何瓦解护国军。
6月30日，段祺瑞率先进行了政府改组，这也算是以实际行动告诉外界人士，北京政府承认并且确实已经在按照旧《约法》工作。改组完成后以唐绍仪为外交总长，许世英为内务总长，陈锦涛为财政总长，程璧光为海军总长，张耀曾为司法总长，孙洪伊为教育总长，张国淦为农商总长，汪大燮为交通总长，段祺瑞自兼陆军总长。唐绍仪未到任以前陈锦涛暂兼外交总长，张耀曾未到任前，以张国淦兼司法总长。
而这个时候，黎元洪想要笼络护国军以牵制段祺瑞，于是致电护国军名将蔡锷的老师梁启超，先用“泰山北斗，景仰为劳”拍了一通马屁，又“欲以本府秘书长相屈，既无嫌乎夺情，且可资乎论道”。但梁启超是聪明人，随即婉言谢绝。但黎元洪与梁启超两人的通电往来，毕竟没有逃过段祺瑞的视线，他不得不加快解决护国军这件最棘手的事。
彼时护国军势力发展最快的当数云南、四川和广东，云南是护国军的老巢，蔡锷、唐继尧等经营多年，树大根深，难以根除。蔡锷虽然任四川督军兼省长但并没有完全掌控四川，北洋系的曹锟当时驻军在四川，刘存厚与北京政府也是眉来眼去，所以四川的形势更为乐观。而当时最混乱的要数广东，广东督军龙济光在袁世凯逝世前也宣布独立，不过他的独立是被迫的，因为他的邻居广西都督陆荣廷宣布独立了，而护国军的李烈钧又到了家门口，他只能选择独立以自保。
于是北京政府委任龙济光兼任广东巡按使，指使他阻击护国军。在得到北洋政府的支持以后，龙济光随即让驻扎在龙州的嫡系部队以坚壁清野的方式对抗李烈钧部，甚至在城楼上炮击滇军，并密电请求段祺瑞调派北洋军分三路入广东增援。但让龙济光想不到的是，护国军截获了这份电报，代理抚军长随即通电揭晓，李烈钧随即攻克韶州，又击败了龙济光派来的援军。同时，桂军将领莫荣新由西路攻入三水，龙济光被迫困守广州。龙济光再三邀援，段祺瑞急忙电令江西督军李纯开赴赣南，福建督军李厚基开赴闽南，萨镇冰率领海军开赴广州。但是，李纯和李厚基都对广东不怎么感兴趣，对段祺瑞的命令也是阳奉阴违，所以龙济光左等右等，就是没有等到北京政府的援兵。
龙济光困守孤城，其实已经丢掉了对广东全境的掌控。来硬的不行，段祺瑞只好来软的。7月6日，段祺瑞对各省军政长官的名称进行了修改，在官制未定以前，各省督理军务长官改称督军，民政长官改称省长。令张作霖为奉天督军，孟恩远为吉林督军，张怀芝为山东督军，赵倜为河南督军，阎锡山为山西督军，冯国璋为江苏督军，张勋为安徽督军，李纯为江西督军，李厚基为福建督军，吕公望为浙江督军，王占元为湖北督军，陈宦为湖南督军，陈树藩为陕西督军，蔡锷为四川督军，陆荣廷为广东督军，陈炳焜为广西督军，唐继尧为云南督军，刘显世为贵州督军。令朱家宝为直隶省长，郭宗熙为吉林省长，毕桂芳为黑龙江省长，田文烈为河南省长，沈铭昌为山西省长，齐耀琳为江苏省长，倪嗣冲为安徽省长，戚扬为江西省长，范守佑为湖北省长，张广建为甘肃省长，杨增新为新疆省长，朱庆澜为广东省长，罗佩金为广西省长，任可澄为云南省长，戴戡为贵州省长，胡瑞霖署福建省长，孙发绪署山东省长，张作霖兼署奉天省长，吕公望兼署浙江省长，陈宦兼署湖南省长，陈树藩兼署陕西省长，蔡锷兼署四川省长。令朱家宝兼署直隶督军，毕桂芳兼署黑龙江督军，张广建兼署甘肃督军，杨增新兼署新疆督军。令湖南督军陈宦迅速赴任，未到任前以陆荣廷暂署，广东督军陆荣廷未到任前以龙济光暂署。另授李烈钧勋二位，陆军中将加上将衔。
借着这次修改各省军政长官的名称，段祺瑞想要逐渐瓦解掉广东省内的护国军力量。段祺瑞把李烈钧调到北京，是调虎离山之计。而调陆荣廷为广东督军，又暂署理湖南督军，这是缓兵之计，将桂军调入广东，但桂军与粤军并不像李烈钧对龙济光那么激烈，而将陆荣廷暂时调往湖南，可以延缓他进入广东，虽然龙济光名为两广矿物督办，但暂时却可以继续拥有广东督军的实权。这个任命一下达，就遭到了以唐绍仪、梁启超、王宠惠为首的各党各派代表的反对，纷纷致电要求罢免龙济光，但段祺瑞借口“粤事真相不明”，加派汤芗铭为广东查办使，并派萨镇冰出任粤闽巡阅使向李烈钧等施压。