袁世凯复辟帝制的时候，还有一个现成的皇帝在紫禁城里待着，那就是清朝的末代皇帝溥仪。虽然袁世凯在晚清几乎一手遮天，在民国初年也是有头有脸的实力派，但是说起“皇帝”，大家首先想到的还是紫禁城里的溥仪。袁世凯当了皇帝以后，反而有很多人不适应：人们干脆称呼袁世凯为“总统皇帝”，以便和溥仪区别开来。袁世凯当初之所以能够成为临时大总统，是因为他一手结束了两千多年的封建帝制，而不是让清帝退位，只是袁世凯并不知道这两者之间的区别。于是等到他完成了洪宪称帝，出来反对他的不只有革命党，还有很多的北洋旧部，袁世凯登基，并不是“顺应民心”，他所选择的恰恰是与民心截然相反的方向。
1916年2月25日，袁世凯下令缓办帝制，并且撤销“帝制大典筹备处”，3月22日终于宣布取消帝制，并废除“洪宪”年号，此后仍以大总统的名义发布命令。在取消帝制以后，袁世凯随即在3月25日以黎元洪、徐世昌、段祺瑞的名义致电蔡锷、唐继尧、梁启超、陆荣廷等，在电文中再三声明“帝制取消，公等目的已达，务望先戢干戈，共图善后”。4月2日，护国军代表蔡锷给黎元洪、徐世昌、段祺瑞回了一封极为缓和的电文：“默察全国形势，人民心理，尚未能为项城曲谅。凛已往之玄黄乍变，虑日后之覆雨翻云，已失之人心难复，既堕之威信难挽。若项城本悲天悯人之怀，为洁身引退之计，国人轸念前劳，感怀大德，馨香崇奉，岂有涯量？”
袁世凯再次请出段祺瑞，两个人的处境已经截然不同。对袁世凯来说，他的偶像地位已经崩塌，加上复辟帝制这么一闹，他的负面形象几乎已经深入人心。而段祺瑞呢？则正处于事业的上升期，国内外的各方势力都对他寄予厚望。更为重要的是，之前都是段祺瑞跟在袁世凯后面亦步亦趋，如今却变成了袁世凯需要段祺瑞来排忧解难，以前是段祺瑞离不开袁世凯，现在却变成了袁世凯离不得段祺瑞。但当年段祺瑞离不开袁世凯的时候，袁世凯也需要段祺瑞，如今袁世凯离不开段祺瑞，但段祺瑞却不一定再需要袁世凯。
4月22日，徐世昌请辞国务卿，袁世凯不得不请时任陆军总长的段祺瑞兼任国务卿，让段祺瑞挑起内阁大任的同时，更想让他凭借在北洋系中的地位来钳制冯国璋。可段祺瑞也不是善类，他刚一上任就向袁世凯提了三个要求：一、废除政事堂，恢复国务院；二、撤销大元帅统率办事处；三、让段祺瑞的得意门生徐树铮出任国务院秘书长。
对段祺瑞的第一条意见，袁世凯在表面上表示完全接受，随即发表申令，说：“依照《约法》第二十一条，制定政府组织法，树责任内阁之先声。”但这到底不过是一张空头支票，此时袁世凯的帝制梦已经破灭，但他并不想轻易丢掉自己的权力，所以他对段祺瑞采取“拖”字诀。段祺瑞此时的态度却非常坚决，声称如果没有实权他就放弃国务卿及陆军总长的职务，袁世凯最害怕的事情就是段祺瑞拍拍屁股走人，这样无异于告诉别人他请段祺瑞出来只是装装样子，万般无奈之下只好在5月8日下令，废除政事堂，恢复国务院。
面对段祺瑞的第二条“撤销大元帅统率办事处”，袁世凯却不想让步，他只在呈文上批了一句“君能每日到部办公乎”。随后，段祺瑞又请求让陆军部接收袁氏父子一手创建的模范团和拱卫军，袁克定自然对这件事极力反对，袁世凯则用当年对付清廷的那套办法，来了个置之不理。就在此时，梁启超给段祺瑞来了一封信，信中写道：“今日之有公，犹辛亥之有项城。清室不让，虽项城不能解辛亥之危；项城不退，虽公不能挽今日之局。”
真正让段祺瑞和袁世凯的关系决裂的是国务院秘书长的任命问题。在段祺瑞心目中，他的首席智囊徐树铮是这个位置的不二人选，但袁世凯素来不喜欢徐树铮，段祺瑞也不想因为这件事跟袁世凯闹僵，于是转而委托王士珍去请求袁世凯。王士珍是个黄老派，他当然知道袁世凯有多厌烦徐树铮，但是又不好拒绝段祺瑞，只好拖延下去。段祺瑞看王士珍没有动静，只好又去找张国淦帮忙。张国淦，字乾若、仲嘉，号石公，湖北蒲圻（今湖北省赤壁市）人，武昌起义前在北京担任内阁统计局副局长，后以“参议”身份随北洋要员唐绍仪参加南北议和，从而得到了袁世凯的青睐。
张国淦是个老好人，尤其擅长在北洋系各派之间周旋，到处和稀泥。但他在北洋系中的地位自然无法和王士珍相比，也就不能像王士珍那样糊弄段祺瑞，明知道袁世凯对徐树铮非常厌烦，还得硬着头皮去碰碰运气。
张国淦找到袁世凯吞吞吐吐地说出了段祺瑞的意思，袁世凯果然脸色一沉，恨声说：“真是笑话，军人总理，军人秘书长，这里是东洋刀，那里也是东洋刀。”最后也只同意让徐树铮继续担任军事次长。张国淦把袁世凯的话告诉段祺瑞以后，哪知道段祺瑞的脸色比袁世凯还要难看，段祺瑞拍着桌子大骂：“怎么，到了今天，还是一点儿都不肯放手吗？”到这个时候，袁世凯和段祺瑞已经是水火不相容，兔子逼急了都会咬人，更何况是一头猛虎呢？
袁世凯对段祺瑞的态度再明显不过，段祺瑞对袁世凯来说，就是来解围的“救火队员”，两人之间罅隙早生，袁世凯并没有想要长期留这只猛虎在自己身旁。清朝末年，武昌起义爆发以后，清廷明知道请袁世凯出山有“饮鸩止渴”之险，仍然不得不铤而走险。袁世凯在全国民众的反对声中坚持复辟帝制，结果北洋旧部纷纷离他而去，他才不得不起用段祺瑞来渡过难关，但他又怎么会不知道段祺瑞这味猛药，既有药到病除的奇效，也可能要了他的命呢？但此时处于危急关头，也只能兵行险招。段祺瑞虽然在势头上盖过了袁世凯，但到底不欲背上迫害恩师的罪名，一边仍然让袁世凯指定的王式通担任秘书长，一边任用徐树铮为帮办秘书，也就是副秘书长。
段祺瑞受命于危难之际，在北洋系中的地位又扶摇直上，于是在组阁之初就想大展身手，而要收拾残局就必先整顿财政。但是段祺瑞不懂财政，于是他只好去请教民国初年的财政巨头梁士诒。梁士诒是袁世凯的心腹，鼓吹复辟帝制的急先锋，也是交通系领袖。梁士诒将当时的财政内幕全盘托出，当时最大的两家金融机构中国银行和交通银行流行市面的钞票有七千余万元，而库存却只有两千余万元，放出的商贷有两千余万元，历年贷给政府的有四千万元，目前如果要维持政府的各项支出，而又无法借到内债或是外债，就只有增发钞票这一个办法，但是增发钞票可能带来通货膨胀，从而发生挤兑，局面将混乱不堪。段祺瑞权衡再三，最终也只有冒险尝试，在5月12日通令停兑，调整出一定时间后再整理兑现。
停兑的命令抵达上海以后，上海中国银行经理宋汉章立即邀约股东开会商讨应对方案，决定拒绝停兑，这也使得上海商场保持稳定，此后各省的中国银行也多有效仿。停兑风潮出现，对于袁世凯政府影响甚大，可以说是雪上加霜，多数人都认为政府财政出现亏空是袁世凯复辟帝制所致，是梁士诒怕交通银行周转不灵才出此下策，另外还有人传言袁世凯准备逃走，于是先期将中国银行和交通银行的现款偷运到了国外。但不管怎么说，银行停兑导致袁世凯政府的信用完全破产，袁世凯之前所有的功勋在这短短几年消耗殆尽。
自蔡锷护国军起兵，袁世凯就事必躬亲，集中权力，但处境却愈发艰难，独立电文和劝退电文不断发来，他的门生故吏都公开谴责他。袁世凯素来养尊处优，当上总统后更是很少运动，另外因为他妻妾众多房事频繁，经常进食大补大热的药品，使得他的健康状况一日不如一日。5月9日，陕西陈树藩宣布独立，5月22日，陈宦发出“与袁个人断绝关系”的电文，接连遭受打击的袁世凯心力交瘁，终于在5月27日病倒，其家人急忙找来中医刘竺笙、萧龙友会诊，但并没有什么效果。5月29日，袁世凯发表了《宣布帝制案始末》，在这篇文章里，他将复辟帝制的责任推诿给了各省公民，极力将自己塑造成一个维持共和、容易受蒙蔽的老实人，最后还威胁说要把各省区军民长官要求变更国体和先后推戴、请早登大位的文电公布。可就在同一天，他的宠臣湖南靖武将军汤芗铭宣布湖南独立。
世人常说“众叛亲离”，袁世凯身处的正是这样的境地，他的故交唐绍仪、徐世昌离他而去，门生段祺瑞、冯国璋都反对他，连陈宦、汤芗铭这样的亲信也背叛他，他已经无路可走。时人谈及袁世凯的死，有“病起六君子，命送二陈汤”之说，“六君子”是指“洪宪六君子”严复、杨度、孙毓筠、刘师培、李燮和、胡瑛，“二陈汤”则是指陈树藩、陈宦、汤芗铭，同时，“六君子”和“二陈汤”也都是中药名，可以说是一语双关。
6月2日，袁世凯终于撑不下去了，他叫来张一麐，让他打电话给一个人，一个他在生命的尽头最想见的人：徐世昌。
袁世凯终于等来了徐世昌，他伸出颤抖的双手：“菊人，来得好，来得好，我已是不中用了。”
看到袁世凯这样的景况，徐世昌也不禁老泪纵横：“总统不必焦心，好好养几天就会好的。”
袁世凯摇了摇头。好了，该见的人见到了，四十年的老朋友，在人生最后的阶段，为自己流下了眼泪，他释怀了，至少在人生最后的阶段，还有一个真心为他流泪的朋友，一个几乎与他交恶但终于谅解他的朋友，他知足了。
1916年6月6日清晨3时，袁世凯终于撒手人寰，一代枭雄，黯然谢幕。
袁世凯虽然是在6月6日的清早去世，但其实在6月5日就已经不省人事。袁世凯弥留之际，段祺瑞、王士珍、张镇芳、徐世昌和袁克定陪侍左右，其中尤以段祺瑞和袁克定二人的心思最为复杂，毫无疑问，袁世凯的接班人将在这两个人之间选出。徐世昌看到袁世凯气息奄奄，于是轻声向他询问还有什么交代，袁世凯当时已经很难说清楚话，只是念出了“约法”两个字，可民国的《约法》有新有旧。
旧的《约法》规定总统不能行使职权的时候，由副总统继任总统，这是护国军方面坚持的，但这个《约法》已经被袁世凯废止；新《约法》是袁世凯自己制定的，关于继任总统问题，规定由现任总统提名三个人，写在名单上藏进金匮石室，等现任总统去世以后取出。就在人们感到困惑的时候，袁克定抢着补充一句“金匮石室”，袁世凯点了点头，已经说不出来什么。
6月6日早晨，袁世凯在昏迷中去世，家人围着哀哭，只有袁克定一心牵挂着金匮石室中的总统候选名单。因为袁世凯在嘉禾金简上列出三个总统候选人的时候，袁克定就在旁边，当时袁世凯写的是黎元洪、徐世昌、袁克定，等于说老袁一死，他这个小袁就要承袭父位。可是等到袁世凯去世，众人打开金匮石屋的时候，袁克定却傻了，因为嘉禾金简上并没有他的名字，上面的排列顺序是：黎元洪、徐世昌、段祺瑞。毫无疑问，就是在去世之前，袁世凯瞒着自己的儿子改动了这份名单，他把自己儿子的名字划去，改成了之前最让他厌烦的段祺瑞。
袁世凯为什么会这样做呢？其实这正是袁世凯的高明之处，后人看到此处，也不得不佩服袁世凯的心机。袁世凯在生前自然知道袁克定对大位的渴望，而他也一直将袁克定作为未来的储君培养，甚至刻意为袁克定培养嫡系的模范团和拱卫军。但是到袁世凯死生俄顷之际，他心里非常明白，自己已经是众叛亲离，那些早已翻脸不认人的门生故吏又怎么会扶持他的儿子？帝梦的覆灭已经告诉他，袁氏一族“家天下”的夙愿不过是黄粱一梦，他尚且不能左右自己亲手创建的北洋军，遑论本来就不受北洋系待见的袁克定！于是，他在死前及时修改了名单，也是给自己的儿子留了一条退路。
6月7日，袁世凯遗体大殓，北京城内国务院通令全国均下半旗志哀，学校停课一天，全国人民停止娱乐一天，文武官停止宴会27天。但是就在同一天，西南各省却高悬旗帜，到处欢欣鼓舞，云南、贵州更是燃放鞭炮庆祝，与哀乐弥漫的北京城相反，全国其他地方的民众则是皆大欢喜、奔走相告，这不能不说是莫大的讽刺。
6月28日，袁世凯的灵柩由居仁堂移出，从前门外车站上车，径赴彰德。同时，袁世凯的家人也从居仁堂搬出，他们的家当装满了好几口大箱子，由拱卫军士兵押解到彰德。
在为袁世凯筹备葬礼的几日内，在袁世凯生前与他几乎水火不相容的老部下段祺瑞显得毕恭毕敬，大小事务几乎都由段祺瑞张罗安排。段祺瑞神色黯淡，对于袁世凯的去世伤心得难以平复。对袁克定来说，当然看不惯段祺瑞的这种惺惺作态，自他成为“太子”的那一天起，他最反感的就是段祺瑞，时常在袁世凯面前诉说段祺瑞的不是。他本以为自己胜券在握，会继承父亲的地位，不承想到底输给了段祺瑞。但是就段祺瑞本人来说，他的伤心不能说都是虚情假意，之前就说过，段祺瑞归根结底是一个旧式军人，他与袁世凯的关系既是上下级关系，也是师生关系，兼有父子之情，因此当袁世凯去世时，他内心终究会有难以抑制的悲伤和难过。
但是袁世凯的死，说到底都在一定程度上成就了段祺瑞。段祺瑞的羽翼已经丰满，甚至早已经超过了袁世凯，如今袁世凯一死，整个北洋政府的实权就已经完全落在了段祺瑞的手里，段祺瑞在送别老上级的灵柩后，接着就要来开创属于他的时代。袁世凯死去时，身后的北洋系已经四分五裂，他的嫡系早已经叛他而去。而段祺瑞的崛起，却并不是他一个人，因为早在小站练兵时期，以段祺瑞为中心的军人团体就已经逐渐成形，所以袁世凯去世之后，崛起的其实并不是段祺瑞个人，而是他所代表的一个军人集团。