在隆裕太后宣布退位的三天之后，南京临时参议院正式选举袁世凯为临时大总统，至此，袁世凯顺利窃取了辛亥革命的胜利果实。但是依据《中华民国临时约法》，改总统制为内阁制，从而大大削减了袁世凯的权力，南京方面力邀袁世凯南下就职。但袁世凯并不愿意离开自己的大本营，于是，段祺瑞在袁世凯的授意下指挥曹锟所率的北洋第三镇发动兵变，从而帮助袁世凯顺利在北京就职。袁世凯就任临时大总统之后，就委任段祺瑞署理陆军部总长，有训练、调遣军队和提拔军官的权力。此时，忠于清廷的王士珍选择退隐，冯国璋任直隶省都督兼民政长，段祺瑞则执掌了军权。
当上陆军总长之后的段祺瑞，更加卖力地为袁世凯卖命，当时革命党人对袁世凯出任临时大总统颇有微词，北洋系不得不面对南方革命党力量的威胁。所以，在这个时期，袁世凯与段祺瑞之间有着共同的利益链条，他们被捆绑在一起，革命党成为他们共同的敌人。正是在袁世凯和黎元洪的授意下，段祺瑞派人于1912年8月16日杀害了武昌起义的元勋张振武，消息传出之后举国震惊，孙中山和黄兴接连致电北京政府。
因为张振武被杀，副总统黎元洪不得不自湖北发来长电，提出由陆军总长段祺瑞在参议院就该案进行答复。8月22日，参议院对段祺瑞提出弹劾，翌日要求他到参议院答辩。段祺瑞登台答辩时，声称按照黎元洪副总统来电，只从质问案所提七个方面予以作答。段祺瑞以军法为由，绕过了国法，认为张振武所犯罪责均在其任职军务部时所为，无一不关军务，所以他是以军法从事。当时的军法会议是在武昌开的，证据齐集，而且判决手续也已经在武昌通过，只不过最后由中央执行而已。
28日，多名参议员提出弹劾国务院总理、陆军总长案，同日，又有多名参议员提议咨请政府查办参谋总长黎元洪。因为此事，参议院的国民党和代表袁世凯的共和党两大派议员大起冲突，参议院议长也无法控制形势。黎元洪在辛亥革命初期曾被革命党抬出来客串了几天湖北都督，此后就借助这个客串得来的名分在湖北巩固势力，在南北和议期间，曾与孙武、刘成禺、张伯烈等组织“民社”，任理事长，鼓动武昌和南京分裂，虽然此后逐渐依附袁世凯，但袁世凯和段祺瑞对他仍然心存芥蒂。在张振武案答辩的过程中，段祺瑞始终咬紧“系根据黎副总统密电执行”，加之在答辩过程中段祺瑞破绽百出，更使得革命党和民众对黎元洪产生怨恨，灰头土脸的黎元洪在湖北再难过得舒坦。
随后，袁世凯颁令段祺瑞为陆军上将，又特予授勋，给予二等嘉禾章。在此期间，革命党人仍然不满袁世凯担任临时大总统，而袁世凯也始终提防着革命党人。于是在1913年3月10日，袁世凯授意段祺瑞与德国捷成洋行签订二亿两借款合同，用于购买军火镇压革命。3月20日，国民党领导人宋教仁遇刺，后不治身亡，国务总理赵秉钧受到牵连，段祺瑞随即以陆军总长代理国务总理。5月5日，就之前与捷成洋行借款，众议院对段祺瑞提出质询，段祺瑞公然带着很多全副武装的士兵出席众议院，面对议员们的质询，他只干脆地留下了八个字：“木已成舟，毋庸再议。”
在以强硬态度面对众议院的质询后，段祺瑞于7月17日卸任代总理，算是完成了“喊杀”的戏码之后回归原位。不久孙中山领导的“二次革命”爆发，只卸任两天的段祺瑞再次回到国务院，指挥北洋军进行镇压。8月下旬，北洋军已经逐渐掌握战争主动，加之新任国务总理熊希龄到任，段祺瑞随即卸任代总理，回到陆军总长的位置上。“二次革命”被镇压之后，12月8日，段祺瑞接受袁世凯的命令，以“磋商要政”为由南下“迎接”副总统黎元洪入京。段祺瑞的这一出戏像极了“关云长单刀赴会”，孱弱的黎元洪在这只猛虎的威慑下毫无还手之力，9日晚黎元洪带着数十人的随行人员在陈宦押解一样的“陪同”下北上，而段祺瑞则留在湖北暂时接替黎元洪湖北都督的职务。
就在1913年的秋天，在北方忽然出现了一支神秘武装：白朗军。白朗军神出鬼没，在河南一带面对北洋军的围追堵截如入无人之境，河南都督张镇芳因此被撤职。于是，袁世凯急忙调另一位皖系将领段芝贵署理湖北都督，召段祺瑞回京并兼河南都督，调集河南、湖北以及安徽等地的军队镇压白朗军。1914年4月3日，袁世凯召段祺瑞进京重新担任陆军总长，让田文烈出任河南都督。这段时间应当算是袁世凯与段祺瑞的“蜜月期”，袁世凯在紫禁城里唱红脸，段祺瑞则四处奔走唱白脸，两个人一柔一刚、一内一外、一唱一和，中国政坛几乎成了袁世凯与段祺瑞纵横捭阖的舞台。而段祺瑞已成为了北洋系的实际领导人，想做皇帝的袁世凯自然明白段祺瑞对自己的威胁，至此两人的“蜜月期”也就到头了。
权力对于政客和军人来说，就如同是农夫手里的锄头、樵夫手里的斧头，没有了权力的政客和军人甚至还不如农夫或樵夫。袁世凯是靠北洋军起家、靠北洋军升迁、靠北洋军抵达政治巅峰的，但如今，北洋军却不再听任他的摆布，纵然身居临时大总统这样至高的职位，心里到底不是滋味。袁世凯的身份说到底，依然是一个军人，枪杆子和米袋子是关键，没有真金白银，学着读书人讲宪法有什么用？他的天下是打出来的，不是靠说出来的，没有了枪没有了炮就是当上总统、当上皇帝，也终归会被人赶下来。于是，这位北洋系现任的“精神偶像”不想再待在神坛上，他要重新掌握军权，因为此时他的目标已经不仅是大总统，而是千秋万代。
1914年5月8日，袁世凯设立了“陆海军大元帅统率办事处”并以此为政府最高军事指挥机关，将陆军部的权力也收归己有，这样一来，陆军总长实际上就只是办事处的一个小办事员而已，名头依然响当当，但是已经没有实权。对于段祺瑞来说，这是无法接受的，他已经不再是十年前跟在袁世凯屁股后面的拎包小弟，也不再是“北洋三杰”中的“虎”，而是北洋系新的带头大哥。对以前的段祺瑞来说，袁世凯所代表的是北洋系的利益，他为袁世凯出力就是为北洋系出力，曾几何时，袁世凯个人对段祺瑞的影响力早已经散去。
而袁世凯也没有意识到，此时的北洋系已经不是当初的模样，皖系力量在这个时候已经成为北洋系中的主要力量，换言之，就是皖系力量在主导着北洋系的发展。袁世凯与段祺瑞的分裂，已经不再是个人之间矛盾的激化，而成为袁世凯这个精神偶像与整个北洋系矛盾的激化。在权力被架空之后，段祺瑞经常借故缺席会议，更将公务交由陆军次长徐树铮处理。段祺瑞对袁世凯的不满，也逐渐衍化为北洋系将领对袁世凯的不满，但此时的袁世凯已经做起了皇帝梦，他的首席幕僚杨度甚至写出《君宪救国论》，鼓吹“君主立宪”来扶持袁世凯登上帝位。
对于北洋系的将领们来说，他们不怎么喜欢革命党人，但是对“君主立宪”也绝不感冒。就这些军人来说，他们其实对所谓的宪法、革命并没有太深入的了解，他们自小接受的都是私塾教育，后来加入新军才接触了点儿皮毛，能够逐渐壮大，靠的不过就是烟土、银元和时常的打打杀杀。所以很多军阀功成名就以后，就开始把传统礼教那套东西搬出来，弘扬传统道德，希望靠这个拉拢住自己的下属，防止以下犯上的情况发生。
总而言之，彼时很多人可能并不知道要把这个世界革命成什么样子，但是却知道因为什么而革命。对于段祺瑞来说，他受过私塾教育，所以对袁世凯忠心耿耿，但同时，他也留过洋，受到西方进化论逻辑的影响，此时的他纵然还不完全清楚中国需要怎样的政体，但至少知道现在绝对不需要怎样的政体，总统专权的政体要不得，倒退回封建帝制那更是万万要不得。但此时段祺瑞虽然不满，还没有直接冲撞袁世凯，于是就做起了寓公。这个时候，徐树铮开始真正走到了前台，对于日后的中国政治来说，这个人所做的事情将会举足轻重。
在皖系内部，徐树铮有个绰号，叫“小扇子”。古时候很多官员身边都会有师爷，师爷其实就是智囊和军师，这种人并无官职，往往都是拿着一把纸扇站在边上，而徐树铮在段祺瑞身边所担当的就是此类角色。此时的段祺瑞身边，外有倪嗣冲、靳云鹏等手握重兵的将领，内有徐树铮、曾毓隽这样的军师，而在这些人中，以徐树铮与段祺瑞的关系最为亲密。徐树铮是秀才出身，但是却对“武力治国”有着浓厚的兴趣，尤其是留日期间受到日本尚武思潮的影响，使他“武力统一”的思想更为根深蒂固。但对于徐树铮来说，当下最重要的事情不是这些，什么陆军部的职权根本不重要，当时整个北洋系最紧要的事情是树立新的精神偶像。
说到树立精神偶像这件事，其实自民国以来，每个地方的军阀都在做。因为封建传统思想被革命革掉了，以前靠孔夫子语录和“君权天授”就能糊弄了事的洗脑工作，现在就变得异乎寻常的重要。回顾历史就知道，每到乱世，思想工作往往都很难开展，因为秩序混乱，只要手上有人就能称王称霸。军阀混战时期更是如此，只要能搞到几支烂枪、聚拢几个人，能拉起队伍，就能称霸一方。倪嗣冲给清室贵胄们折腾得成了光杆司令，然后拿着袁世凯的口谕跑去安徽，转眼就成了军阀里的暴发户。徐树铮是读书人，自然知道思想工作对于军事工作的意义，北洋系之所以强大，就是因为有袁世凯这个偶像，如果袁世凯衰败了，北洋系群龙无首，很可能就会给革命党制造机会。
好在这个时候段祺瑞的对手是正在自掘坟墓的袁世凯，而袁世凯的长子袁克定也是个有名无实的储君，段祺瑞要做的事情非常简单，就是选择与袁世凯相反的路：支持共和。虽然当时袁世凯仍然极力拉拢段祺瑞，但是段祺瑞与袁世凯之间的矛盾几乎已尽人皆知。段祺瑞是纯正的北洋系出身，所以北洋系的人信赖他；段祺瑞支持共和，所以革命党对他的印象也不错；再加上段祺瑞有着留学德国的背景，外国人也对这位军人出身的政治家颇有好感。这样一来，袁世凯越忙活称帝就越是江河日下，段祺瑞越反对称帝就越是冉冉升起，此消彼长的形势让段祺瑞在北洋系中的影响力迅速超过了袁世凯。
而徐树铮为段祺瑞所塑造的，并不仅仅是他个人的影响力，而是围绕在他身边一帮人的影响力。此时与段祺瑞交好的人中，靳云鹏督领山东军务，段芝贵是湖北都督，吴光新也在陆军中担任师长，除此以外，段祺瑞多年担任军校总办，他的学生早已经遍布北洋系。和当年以袁世凯为核心建立的北洋系类似，徐树铮所塑造出的，就是以段祺瑞为核心的一个团体，随着这个团体的不断扩大，段祺瑞在北洋系中的影响力也就越来越大。虽然此时的陆军部在指挥军事上已经没有实权，但仍然可以对军队起到一定作用，徐树铮开始紧锣密鼓地加强段祺瑞这方力量的渗透和扩张。在急需一个偶像人物出现以稳定人心的时候，段祺瑞出现得恰到好处，这个北洋嫡系、陆军总长也是一造共和的首功之臣，因此迅速得到了北洋系将领们的认可。这个时候担心无法震慑士兵们的将领，就把功臣段祺瑞以偶像的方式搬了出来，恨不得将所有的光环都套在段祺瑞的身上，这样一来，求功名的人知道段祺瑞位高权重，在北洋系中说一不二，“跟着他有肉吃”，而那些满腔热血的仁人志士，则推崇段祺瑞共和元勋的名堂，加上段祺瑞对袁世凯称帝极端不满，更得到了他们的信赖。
毕竟袁世凯已经是年过半百的人，袁世凯少年时代也曾经是舞枪弄棒的练家子，但是当上北洋大臣以后，开始沿袭封建士大夫那些倚老卖老的习惯。尤其是在五十岁以后，凡是有客人他需要见的时候，都要人搀扶着。有的人说老袁这是在倚老卖老，可有的人也不免怀疑是老袁身子骨确实不太好了，但不管他的身体如何，他们都必须要选择一个继任者跟随，如今摆在他们眼前的选择对象，只剩下了两个人：北洋系首脑段祺瑞，袁世凯的长子袁克定。袁克定，字云台，是袁世凯的原配于氏所生，因为骑马时不慎摔断了腿，人们都称他为“袁大瘸子”。辛亥革命爆发后，他曾受父亲之托拉拢汪精卫，在袁世凯复辟帝制的时候他更是一马当先。作为袁世凯的长子，袁克定一直把自己当储君看待，对下属素来傲慢无礼，据说清朝结束以后，冯国璋和段祺瑞见袁世凯时行跪拜礼，袁世凯都要急忙将二人扶起，但这位袁大公子却坦然接受。在袁世凯复辟帝制时，他四处鼓吹，还派人每天伪造《顺天日报》送呈袁世凯，在上面只收录赞成帝制的文章忽悠他老子。更为重要的是，这位袁大公子在北洋系中毫无影响力，论资历、论能力都排不上号，加上性格傲慢，北洋系的将领们对他都颇有微词，反而在无形之中帮了段祺瑞一把。