1905年7月30日，孙中山在东京赤坂区桧町黑龙会会所召开中国同盟会筹备会，从此，资产阶级革命浪潮开始席卷中国这片古老的东方土地。在同盟会成立之后，革命党就以各种方式谋求资产阶级革命在中国的实现，刚刚把袁世凯遣回老家的清室贵胄们，又得面对这来势汹汹的革命党。在焦头烂额的情况下，载沣虽然大肆打压汉族官员，但是又不得不任用汉人官员镇压四处流窜的革命党，因此，袁世凯虽然回到了洹上，但是北洋系的将领们依然在仕途上顺风顺水。
在袁世凯隐居洹上以后，汉人组成的军队大多被外派到南方驻扎。一来是因为清室贵胄们大肆排挤汉人，二来则是因为南方革命党活动较为频繁。远离了北京，远离了权力斗争的中心，反而让段祺瑞得到了扩大自己在北洋系中影响力的契机，在驻兵江北的时间里，他一边加紧与袁世凯的联系，一边笼络着其他北洋系将领。1910年，段祺瑞再次将妻弟吴光新送入陆军大学就读，同时徐树铮自日本学成归国，而另外一位皖系的重要人物也来到了段祺瑞的麾下，这个人叫曾毓隽。
曾毓隽原名以烺，字云霈，祖籍福建省长乐县，后迁居闽县（今属福建省福州市）孝义巷，早年就读于福建船政学堂，后被选送出国留学。1898年回国后参加乡试得中举人，曾担任知县。1908年，奉邮传部委派，勘测川汉铁路线。1910年冬，曾毓隽慕名拜访段祺瑞，成了段祺瑞的幕僚，此后被段祺瑞保荐为道员，任邮传部参事。实际上主要还是为段祺瑞出谋划策，只不过谋个闲职，让政府替段祺瑞发放幕僚的薪酬罢了。曾毓隽此后也位列皖系“四大金刚”之一，只是在其他三位的显赫声名下，他似乎有点儿过于低调，但也正是他的这种处世态度，让他成为段祺瑞不可或缺的左膀右臂，而且他的作用和价值，要到八年之后才真正凸显出来。
此时的清王朝已经处在末日余晖之下，革命的风暴随时到来。知觉迟缓的八旗子弟们还在为着眼前利益争执不下，1911年10月10日，武昌起义终于爆发，革命党人于两天后攻克武汉三镇，从此革命之势一发不可收拾。清室贵胄们天天叫嚣“排汉”，可真刀真枪地打起来，他们完全没有了从前的气焰。摄政王载沣不喜欢袁世凯和北洋系，但是要打仗就必须依靠北洋军，没有办法，他只好再度起用罢黜两年多的袁世凯为湖广总督。但袁世凯根本没有理会清廷的旨意，他以“足疾未愈”为借口，推辞了湖广总督的任命。袁世凯不肯就范，载沣只好督促廕昌即刻南下。圣命难违，廕昌只好硬着头皮南下。此时冯国璋的第一镇在前，段祺瑞的第二镇在后，两支部队行到今天的河南信阳和湖北孝感之间就不再向前行动了。段祺瑞按照袁世凯的指示，把自己的部队分布在鸡公山的武胜关一带，将兵车阻塞住道路，让士兵们在原地待命。一直到10月下旬，段祺瑞的部队都没有离开武胜关，而革命的声势却越来越大，迅速在南方蔓延，并且扩展到北方。10月25日，革命军在汉口发动攻势，推进到三道桥，载沣闻讯大惊失色。27日，清廷向袁世凯做出让步，解除廕昌的督帅职务，派袁世凯为钦差大臣，节制冯国璋和段祺瑞，以及水陆各军。
就在两军对垒的关键时刻，山西巡抚吴禄贞被杀，当时有消息称袁世凯指使周符麟用两万元收买了吴禄贞部下马步周和几个军官。吴禄贞早年在日本留学，是著名的“士官三杰”之一，与蔡锷齐名，时有“北吴南蔡”之说。袁世凯自知事情重大，因为吴禄贞所统辖的第六镇原本属于段祺瑞统率，所以袁世凯急忙令段祺瑞前往山西善后。事情似乎并不简单，吴禄贞的爱将何燧后来曾有一段话：“1924年国民军占领北京时，有一次我和段祺瑞的长子段宏业谈到马步周，段宏业称赞说：‘马蕙田是英雄，够朋友，他的行动省了不少的事。’”可见袁世凯委派段祺瑞前往善后，或许另有隐情。段祺瑞北上以后，北洋军随即陷入苦战，袁世凯不得已于11月18日又急令段祺瑞南下，兼任第一军总统官，并署湖广总督，官居正二品。11月27日，在袁世凯的授意下，北洋军攻克汉阳，但又再度停滞不前。因为就在此时，自南京传来消息称，如果袁世凯能够反清，则公举袁世凯为中华民国临时大总统。袁世凯听到这个消息以后，立即命令北洋军停止进攻，并且派人前往武昌议和。与此同时，蔡锷、李根源等在云南昆明发动新军起义，靳云鹏在昆明五华山与起义军交战，兵败后化装成轿夫逃到了湖北，找到段祺瑞。段祺瑞并没有过多责怪靳云鹏，而是将他留在麾下，任命他为总参赞官。
就在此时，袁世凯与冯国璋产生了误会，为了震慑冯国璋，袁世凯于12月14日将冯国璋的军权移交给段祺瑞，令其驻师于湖北孝感，全权主持前线和革命军的作战任务，以武力阻击革命军。一个人的命运或许就是如此，冯国璋的大意失荆州，让段祺瑞坐拥北洋系第二把交椅。自此以后，段祺瑞成为北洋系中仅次于袁世凯的第二号人物。他手握重兵，掌控实权，后来逐渐成为北洋系中最具实力的人物，正是在这种情形下，跟随着他的将领们也跟着走上了各自权力的巅峰。
在段祺瑞掌握大权的同时，皖系中的另一个人物也迅速崛起，这就是绰号“倪大炮”的倪嗣冲。倪嗣冲原名毓桂，字丹忱，安徽省阜阳县倪新寨三塔村（今属安徽省阜南县三塔集）人。倪嗣冲生于官宦人家，其曾祖父会曾、祖父杰之都是清朝官吏，其父倪淑是清末举人，曾受聘于袁世凯做家庭教师，后任四川知县和知府，官居四品，晚年成为袁世凯的亲信幕僚。倪嗣冲三辈以上都获赠光禄大夫，曾祖母、祖母和母亲都被封为一品夫人。可以说，倪嗣冲的家族自来就有当官的基因。
少年倪嗣冲曾考中秀才，但却始终没有更进一步考中举人，于是花钱捐了个分部郎中，后迁升为山东陵县（今属山东省德州市）知县，此后又加入淮军，历任记室、佐杂、监司。1895年倪嗣冲到天津小站加入新军，得以与段祺瑞结识。1900年春，倪嗣冲继母徐氏亡故，他在奔丧途中参与镇压义和团，并上书要求严查义和团，当时正出任山东巡抚的袁世凯看到他的上书以后，对其“所言立论甚感为奇”，于是邀请倪嗣冲督办德州九县义和团善后之事。倪嗣冲随即对义和团展开血腥镇压，因此得到袁世凯的赏识，认为他“深器伟才，谓堪大用”，随即保荐他为恩县（今属山东省德州市）知县。袁世凯接任直隶总督后，倪嗣冲也随袁世凯到达直隶，统领京师执法营处，后调到天津参与练兵，先后总理北洋营务行营、发审和执法三处，保升为知府。1907年，徐世昌任东三省总督，袁世凯又将倪嗣冲推荐给徐世昌，徐世昌保举倪嗣冲为过班道员、东三省民政司长，后倪嗣冲又担任奉天提法使、黑龙江布政使兼巡防军翼长，主管军政、垦荒和盐务。袁世凯以足疾隐居后，倪嗣冲因为在捕剿土匪时大肆搜刮财物被弹劾，此后他用重金贿赂清室贵胄，才算得以从轻发落，只是“即行革职，并勒追赃款”“永不叙用”。
革职后的倪嗣冲与袁世凯、段祺瑞保持着密切联系，后来武昌起义爆发，袁世凯再度被起用，袁世凯即密召段祺瑞、倪嗣冲等商议，借机进图安徽。倪嗣冲随后奉命自姜桂题的毅军中抽调数营，以“武卫右军行营左翼翼长”的名义率队进驻河南周口。袁世凯组阁后倪嗣冲官复原职，并帮办河南军务，随后袁世凯将北洋军第三镇的过山炮队一队、马队一队和第六镇的陆地炮队和骑兵队各一队划归倪嗣冲，命他兼安徽布政使，伺机入皖。1911年11月1日，安徽爆发了淮上军起义，倪嗣冲借机占领安徽颍上，随后攻占阜阳，并在城内进行了大屠杀。清廷因为倪嗣冲镇压革命党有功，赐予他头品顶戴、“额尔德穆巴图鲁”勇号，兼安徽清乡督办、办理豫边事宜。倪嗣冲则趁机在阜阳、豫东等地大肆招兵买马，将所部扩充到四十营之多。
倪嗣冲的崛起，一方面增强了皖系的实力，更为重要的是控制了安徽这个皖系真正意义上的大本营，随着军队中皖系将士的增加，皖系力量在北洋系的主导地位也随即得到提升。但是，倪嗣冲本人的性格又决定了他最终的败局，他性格粗鲁、残忍、奢侈，“素有武健严酷之名”，在他统治安徽的十年时间里，他所率领的“安武军”军纪败坏、为祸乡里，并且借兴办皖北水利之名横征暴敛，以骄横跋扈出名。虽然他的军队人多势众，但战斗力却平平，说白了就是空有架势，其实没有什么真本事。
在北洋军不断扩充势力的同时，袁世凯与革命党的谈判也加紧进行，孙中山向袁世凯发出电报，表示只要袁世凯能推翻清朝，他愿以总统一席相让。在和革命党取得了秘密协定之后，袁世凯就着手逼迫清帝退位了，当时摄政王载沣在袁世凯组阁后不久就已经隐退，临朝的是溥仪和隆裕太后。隆裕太后是光绪帝的表姐，也是他的皇后，载沣隐退后由她辅政，不过她可不是慈禧太后，溥仪在《我的前半生》中写道：“我给太后请安时，常看见她在擦眼泪。”美国作家赫德兰在《一个美国人眼中的晚清宫廷》一书中则说隆裕太后“长得一点儿都不好看。她面容和善，常常一副很悲伤的样子”。可见，面对摇摇欲坠的帝国，这个形销骨立的女人除了以泪洗面，并无其他办法。此时的清廷其实已经完全控制在北洋系的手中，清室贵胄们面对破碎的山河手足无措，争权夺利的功夫有的是，但要他们像先辈那样靠骏马和弯刀守卫帝国是不可能了。袁世凯找到了段祺瑞，此时北洋系的军权几乎已经系于段祺瑞一身，段祺瑞业已成为袁世凯后北洋系的第一势力。袁世凯和段祺瑞需要一个唱红脸、一个唱白脸，段祺瑞没有多说话，当着老上级的面表示：“英雄你来做，黑锅我来背。”
1912年1月22日，段祺瑞向内阁、军谘府、陆军部发来了第一封电报：
“昨夜四镇参谋忽电传来谓施统带云：二营目兵鼓噪特甚，求立即调往后方，以免意外。一、三营亦有染等语。今晨陈统制来，求即调开，有刻不容缓之势。询其所以，吞吐不言。瑞见其情急，当准将该标调至李家寨，即派员密访情形。据称：该标目兵已与革命军沟通，约今夜叛去，四镇亦有云云。侧闻共和思想，近来将领颇有勃勃不可遏之势，征之今日事，益信其然。但瑞职责所在，惟有旁引远喻，力为维持，未知能持久否？惟十九标又去，力益单弱，彼若环攻，惟有尽其力之所有，成败利钝未敢料也！”
第二天，段祺瑞再次致电内阁，电报的内容与22日所发的电报内容颇为相似：
“恭读上月初九日懿旨，政体付诸公决，以现在人民趋向，何待再卜，不禁沸泣久之。迩来各将领不时来言，人民进步非共和不可；且兵无饷补，饷械俱匮，战守无具，败亡不免，稍一迟回，东、皖、豫亦无完土，即皇室尊荣，势必因之而减，瓜分惨祸，将在意料之中。我辈死不足惜，将何以对皇室？何以对天下？已与各路将领熟商，始则责以大义，令其镇静，而竟剌剌不休，退有后言。昨闻恭王、泽公阻挠共和，多愤愤不平，要求代奏，各路将领亦来联衔，压制则立即暴动，敷衍亦必全溃，十九标昨几叛去，业经电陈，是动机已兆，不敢再为迟延，拟即联衔，陈请代奏。”
这两封电报言辞恳切，但核心内容只有一个，就是当兵的和老百姓都要求共和，这仗没法打了。1月26日，经过内阁貌似焦急的商讨，以徐世昌、袁世凯、冯国璋、王士珍的名义发出了一封回电：
“忠君爱国，天下大义：服从用命，军人大道；道义不存，秩序必乱，不为南军所俘，便为乱军所胁，利害昭著，万勿误歧。我辈同泽有年，敢不忠告。务望剀切劝解，切勿轻举妄动。联奏一层，尤不可发，亦不能代递，务望转请诸将领三思。涕泣奉复。昌、凯、璋、珍。”
清廷内阁发出的这封电报，与其说是安抚段祺瑞，不如说是一颗信号弹，因为在这封回电发出不久，真正要求清廷让国的催命符就来了。几乎就在这封电报发出的当天，由段祺瑞领衔，清军将领联名致电清内阁、军谘府、陆军部并各王公大臣，要求清廷“明降谕旨，宣示中外，立定共和政体”，这封电文是由段祺瑞手下第一幕僚徐树铮撰写的，电文充斥着拥护共和的语句，“以期妥奠群生，速复地方秩序，然后振刷民气，力图自强，中国前途，实维幸甚”。
这封电文一出，清室贵胄们早给吓得魂飞魄散，纷纷收拾细软携带家眷逃往天津、青岛、大连租界，向洋人寻求庇护，实在跑不掉的就去求袁世凯。于是当1月27日隆裕太后召集御前会议的时候，王公亲贵们到的只有寥寥几人，袁世凯更是称病不再上朝。见清廷迟迟不做决定，段祺瑞又联合王占元等九人发出了逼退的第二封电文，这一次的措辞更为激烈，并且以率军北上相恐吓：“……三年以来，皇族之败坏大局，罪难发数，事至今日，乃并皇太后皇上欲求一安富尊荣之典，四万万人欲求一生活之路而不见允，祖宗有知，能不痛乎……瑞等不忍宇内有败类也，岂敢坐视乘舆之危而不救？谨率全军将士入京，与王公痛陈利害，祖宗神明，实式鉴之。”
该说的话说到了，那就得来点儿真实行动了。2月10日，段祺瑞将司令部从湖北孝感迁到了河北保定，这一次他不是在开玩笑，而是要实实在在地逼宫了。11日，见隆裕太后迟迟不做决定，心存侥幸的王公亲贵们依然不愿就范，段祺瑞带兵进入北京，实实在在地将武力逼宫的戏码唱到了紫禁城下。隆裕太后面对着北洋军的枪炮，意识到清王朝已经走到了穷途末路，于是在退位诏书上加盖御宝。在1912年2月12日，隆裕太后率同宣统帝退位，并颁布了退位诏书。从努尔哈赤在塞北的猎猎风里撑起大旗，到多尔衮挥兵入关定鼎中原，再到隆裕太后带着幼小的宣统帝退出乾清宫，296年的清王朝从此化作云烟。该去的总会过去，该到来的必定会到来！