直系的崛起，全系团结，正是因为众志成城才击败了一盘散沙的皖系。而直系的失败，就是因为内部分裂，北伐军和奉系还没有打过来，直系就已经散了。先是因为贿选总统导致曹锟与吴佩孚分裂，随后又是因为权力和信仰导致吴佩孚与王承斌、冯玉祥分裂，再往后又是吴佩孚与孙传芳分裂，吴佩孚又与麾下的靳云鹗、褚玉璞分裂。看起来势头强劲的直系，在北伐战争时已经分裂为吴佩孚、孙传芳、靳云鹗、褚玉璞和冯玉祥四个部分，随着冯玉祥率西北军投降国民政府，直系的吴佩孚、孙传芳、靳云鹗和褚玉璞也都各自为政，加上下面那些各怀鬼胎的小将领，强大的直系已经分崩离析。
冯玉祥在五原誓师之后，即任命鹿钟麟为参谋长，何其巩为秘书长，李兴中为参谋处处长，陈连富为副官处处长，徐庭瑶为军务处处长，宋式颜为军械处处长，过之翰为军需处处长，张吉墉为军法处处长，张允荣为内防处处长，薛笃弼为财政委员会委员长，石敬亭为政治部长，乌斯马诺夫为顾问，并制订向陕西、甘肃出兵的战略计划。但此时的西北军经过连番战败，早已不复当初的风光，所部人马别说是粮饷，连军装都是破烂不堪，据说在五原誓师时，与会官兵大多都是破帽破裤，衣服上也没有什么领章肩章，有的甚至穿的还是直军或者奉军的衣服，远看跟要饭的不差多少。在组军之后，苏联即通过新疆的盛世才处转送一批枪支和弹药给冯玉祥，西北军才重新有了声势。
冯玉祥在五原誓师之后，即就任总司令，西北军其他残部亦纷纷前来投靠，张之江自宁夏来到五原，石友三则从包头赶来。彼时包头虽然属于阎锡山的势力范围，但驻守的部队几乎都是西北军，冯玉祥于是偕同石友三前往包头。代替孙岳出任第三军司令的徐永昌率部由陕西进入山西，在峪道河驻防。岳维峻被俘至山西太原以后，其所部第二军由李虎臣统率，随后在西安和第三军的杨虎城部会合。杨虎城和李虎臣占据西安之后不久，直系军阀刘镇华即受吴佩孚指示率领柴云升、贾济川、梅发魁、王振、武衍周、憨玉珍六个师，以及在陕西的麻振武、何梦庚、缑保杰三个师共约11万人克潼关、占渭南，后以麻振武师配合梅发魁师进攻泾阳、三原、富平等地，切断西安守军与渭北国民军之间的联系，其余师旅围攻西安。此时，井岳秀驻榆林坐观成败，吴新田亦奉吴佩孚命以关中为根据地。
李虎臣和杨虎城被困西安后，渭北各地的西北军曾试图由咸阳渡河夹击刘镇华军，遂向西北城郊的刘镇华军展开猛烈进攻，在激战八昼夜之后，终因寡不敌众而被迫撤回原防。随后李虎臣和杨虎城部设置伏兵，对在西北城角攻城的刘镇华军给予重创，算是稍稍缓解了西安之围。同时，咸阳、三原等地的西北军亦挫败刘镇华军的围攻，渭北局势稍显平稳。吴新田部则因为在关中屡次遭遇当地农民的武装反抗而自顾不暇。到1926年10月，西安城内出现严重的粮荒，城内有数万人被饿死。
与此同时，冯玉祥在包头组军成功，遂指挥西北军各部驰援西安，任命孙良诚为援陕总指挥，方振武为副总指挥，以曹浩森为参谋长，率两万余人由甘肃东进解西安之围。孙良诚部很快击退三原的刘镇华军，随后向咸阳和西安外围发起猛攻。10月中旬，西北军解咸阳之围后，即强渡渭河，向西安西郊的刘镇华军发起攻击，刘镇华遂改变部署，缩短战线，将其所部的渭北部队亦调往西安周围布防。孙良诚部与刘镇华部苦战一个半月，刘汝明此后率部驰援而至，绕到刘镇华所部侧后方，突袭东郊十里铺的刘镇华总司令部，迫使刘镇华军全线溃退。西北军借势进入西安，从而结束了艰苦的“西安保卫战”。
甘肃早在陕西之前即被西北军占据，其实甘肃的守军非常复杂，有的是奉军，有的是直军。冯玉祥当时派驻甘肃的是刘郁芬，刘郁芬率所部驻守兰州，下辖两个旅，分别是孙良诚部、张维玺部。吴佩孚委任张兆钾为甘肃督军驻守陇东，又任命孔繁锦为甘肃省省长驻守陇南，命二人所部联手进攻兰州。但兰州附近的阵地非常坚固，加之孙良诚部又骁勇善战，随即将来袭的张兆钾部、孔繁锦部击退，随后又担任援陕总指挥挥师入陕，由兰州到西安长驱直入，解了西安之围。
在解除西安之围后，冯玉祥即率部攻取潼关。潼关始建于东汉建安元年（196年），位于山西省渭南市潼关县东北，因水而得名，《水经注》上记载：“河在关内南流潼激关山，因谓之潼关。”所以又称为冲关。潼关地处黄河渡口，处在山西、陕西和河南三省要冲，自汉以来就是东入中原以及西出关中、西域的必经之地及关防要隘，有“畿内首险”、“四镇咽喉”和“百二重关”的美誉，是兵家必争之地。加之潼关南有秦岭倚为屏障，北有黄河天堑，东有高耸的年头原，中又有禁沟、厚望沟、满洛川等沟壑横断东西，故有“关门扼九州，飞鸟不能逾”的险峻。冯玉祥部在华阴庙大破刘镇华部，刘镇华所辖的镇嵩军损失惨重，加上刘镇华的旧部马振武部倒戈后亦自渭北渡河进攻镇嵩军，使得刘镇华军溃退。冯玉祥部攻破潼关，握住了关中大门的锁钥，刘镇华部则一路东退到陕州。
孙传芳在江西屡战不利，这时候身边已经没有什么盟友了，他只好电促福建督军周荫人，请其出兵进攻粤东，以牵制革命军。周荫人身处福建，自然知道如果孙传芳失守，他自己的地盘早晚难保，于是命令张毅、刘俊、李宝珩、孙云峰、李凤翔等部分别向饶平、大埔、峰市、蕉岭前进，周荫人则由龙岩进驻永定督师。同时，周荫人又暗中送银元和枪械给东江一带陈炯明的残部，支持其在北伐军后方滋扰。北伐军第一军军长何应钦率三个师的兵力戍守潮州、梅州，以随时防备周荫人部。
周荫人部刚一向粤东移动，北伐军即得到消息。何应钦却认为自己的辖区区域很大但兵力单薄，如果一味采取守势，反而会处处受制。周荫人虽然在督理福建，但其实他所率的嫡系部队都是北方人，对福建、广东的地形并不熟悉，也不擅长山地作战。加上周荫人在福建竭力搜刮，收编的部队也对他阳奉阴违，所率各部之间也存在隔阂，因此，何应钦认为只要攻破周荫人的嫡系第三军，其所部兵马自然就会溃退。
何应钦遂以中央军校潮州分校教育长王绳祖为潮州卫戍司令，并令率全校学生400余人协同代理潮州、梅州警备司令何辑五担任潮汕后防，以阻击陈炯明残部的袭扰。对周荫人深恶痛绝的福建团体则组织闽省参谋团，推举宋渊源为临时主任，领导各路军民及联络海军在福建响应。何应钦由汕头赴高坡指挥作战，所部自三河坝、左弼，以第三师奇袭永定，俘虏城内周荫人司令部人员及驻守的官兵，猝不及防的周荫人率卫队十余人匆忙撤出城去。同时，何应钦部第十四师肃清芦坝的周荫人部，何应钦乃率部经峰市迂回到松口，占领峰市。随后渡河分三面围攻松口，何应钦于当晚进驻松口。
周荫人部兵败如山倒，其所部第二军李凤翔部曹万顺旅、杜起云旅在蕉岭起义，宣布投降国民革命军。何应钦遂收编该部为国民革命军第十七军，以曹万顺为军长兼第一师师长，杜起云为第二师师长，命一部留驻岩前，主力进驻中都，另有一部挺进上杭。蒋介石任命何应钦为国民革命军东路总指挥，何应钦遂率部接连攻克上杭、汀州、漳州、南靖、同安、福州，周荫人残部被李生春收容，随后投降国民革命军，被何应钦归入第十七军。至此，直系在福建的力量被完全肃清，剩余不多的周荫人残部暂时退入浙江，向温州、台州一带逃窜。
就在周荫人部被打得大败之际，北伐军亦对南昌发起猛攻。孙传芳乘船离开九江驶往武穴，仅留残部在南昌牛行车站及瀛上一带的郑俊彦残部凭工事负隅顽抗，还有蒋镇臣、唐福山、张凤岐、岳思寅等残部固守南昌城和郊区。北伐军士气如虹，而孙传芳部则士气低落，白崇禧率军将苏军及唐福山两残部在滁槎附近完全缴械，又在马口圩附近俘虏李彦青、王良田手下官兵15000余人，并缴械枪弹无数。北伐军右纵队则将南昌城外蒋镇臣部6000余人缴械，南昌城内守军唐福山、张凤岐、岳思寅部及苏军共3000人竖白旗投降。1926年11月6日，南浔铁路的孙传芳部主力被北伐军全部击溃，7日，北伐军终于占领南昌城，9日，蒋介石进驻南昌，分兵规复瑞昌、九江、湖口和武穴。
孙传芳乘坐轮船先赴武穴，催促陈调元进攻武汉，以解除九江之危，但是陈调元却按兵不动。万般无奈的孙传芳只好返回九江，停驻在对岸的小池口，此时九江城已经被北伐军攻破。孙传芳急忙又驶往湖口，结果到湖口时，卢香亭部已经战败，直军溃不成军。此时的孙传芳长叹一声，已知江西无法再固守，于是命令决川号舰长陈至宾开足马力逃回南京。逃回南京之后，孙传芳急忙调令各部人马，重新整编为15个师，并且积极布防，以拦阻北伐军继续进攻江苏、浙江和安徽，但此时陈调元似乎已经倒向北伐军，浙江处于腹背受敌的形势，孙传芳感到靠自己一人之力有所不逮。
北伐军来势汹汹，孙传芳自感如果要挽回颓势，必须谋求北洋系的联手。孙传芳当年驱逐奉系，张作霖一直都对他心存芥蒂，所以他觉得选择吴佩孚作为盟友更为可靠。还有一个问题就是，两湖战事吃紧之际，吴佩孚曾经请他出兵相助，结果孙传芳自作聪明按兵不动，导致吴佩孚两湖战败，逃往河南。不过，此一时彼一时，吴佩孚和孙传芳都被北伐军所败，算是难兄难弟。尽管如此，孙传芳仍然觉得只靠他与吴氏之力，尚不足以抵抗北伐军，于是又致电在天津的段祺瑞，希望皖系能够加入进来，形成直皖联盟对抗北伐军。
历史进行到这里的时候有些悲情，就如同几头年迈垂死的野兽，被一些矫健年轻的猎人追到穷途末路，准备聚在一起做生命里最后的反击。这时是两个时代的交替之际，新兴的革命力量对抗日暮途穷的旧军阀，但北洋军阀这一次的谈判无疑让很多北洋系人伤透了心，北伐军已经近在咫尺，炮弹已经落在了他们的院子里，张作霖忙着摩拳擦掌吞并中原，皖系却在为早已烂透的旧日矛盾睚眦必报，一身傲骨的吴佩孚不愿再向奉系低头，孙传芳这个直系军阀最后的血脉只能选择低着头北上向北洋嫡系原本最看不起的“胡子”兵俯首称臣，这就是北洋系的末日，让人唏嘘不已。
在孙传芳分别致电段祺瑞和吴佩孚之后，其实双方对于孙氏发起的这次南京会议就不太感冒：段祺瑞自徐树铮被杀、北京事变之后，就已经对政事不太感兴趣，整日在天津打两圈麻将、几杆台球，或者是找人手谈几局。对这件事最来劲的人是靳云鹏，他依然梦想着能够再入北京组阁，所以偕吴光新南下；身在河南的吴佩孚自知已经是穷途末路，显然对孙传芳的这次南京会议不抱什么希望，于是也只不过派熊炳琦南下走个过场。因此，在1926年的冬日里，当直皖两大巨头的代表再次坐到一个桌子上，已经不单单是貌合神离了。
在这三个人里，孙传芳关心的是怎样合兵一处阻击北伐军，靳云鹏关心的则是无兵无权的皖系如何在同盟中争取到更大的利益，熊炳琦则只是来喝杯茶看看东南的局势。但是三个人中最有危机感的就是靳云鹏，因为皖系已经垮台，各地军阀中也没有掌权的皖系将领，他最为忐忑和紧张，所以刚一落座，便率先积极为皖系争取利益，因此大肆吹捧段祺瑞，并且攻击当初将段祺瑞逼出北京城的吴佩孚。熊炳琦本来就是打酱油的，哪知道刚到这里就先挨了靳云鹏一顿臭骂，自然心里不爽，以皖系如今的光景早已是光杆司令，还如此大言不惭自然让他愤懑，于是反唇相讥。
于是，正事还一句话没有说，皖系的靳云鹏和直系的熊炳琦就拍着桌子吵了起来，孙传芳本意是要联合段祺瑞、吴佩孚抵抗北伐军，这时候反而当起了和事佬两边劝架。这一架吵完以后，熊炳琦本来就只是被吴佩孚派过来走走过场，因此也就不再瞎耽误工夫，带着自己的随从招呼也不打就回到了河南。熊炳琦一走，就只剩下孙传芳和皖系的靳云鹏、吴光新，皖系的态度不好说，至少孙传芳就先泄了气。吴佩孚这边一作罢，纵然靳云鹏满腔热血，孙传芳也无意再跟皖系继续谈下去了。
没有了吴佩孚相助，剩下一个只有吉祥物价值的段祺瑞对孙传芳毫无用处，因此他一边派亲信杨文恺北上天津会晤张作霖，表示孙传芳一切都愿意听从张作霖来安排。这一边，熊炳琦离开以后，他对靳云鹏也不再上心。靳云鹏本意是促成直奉联手，既然段祺瑞已经无意政坛，就由他作为皖系的代表走到幕前，假段氏之名四处活动，再加上有与奉系关系匪浅的吴光新在旁协助，必能够再次得到入京组阁、左右时局的机会。
11月19日，孙传芳的参谋长刘宗纪通知铁路局要北上迎接老母亲，而就在火车抵达天津之后，自火车中走出的却并非刘宗纪，而是孙传芳以及他的两名幕僚和两名副官。孙传芳秘密抵达天津之后，即驱车走访吴光新和张宗昌，由二人陪同着面谒张作霖。孙传芳与奉系之间有一段恩怨，孙氏能够坐上五省联帅的位置，即是驱逐杨宇霆、姜登选、张宗昌以后占据江苏、安徽，从而成为直系继吴佩孚之后的第二巨头。孙传芳见到张作霖以后，再三表示愿听从张作霖安排，并将江苏交给卢香亭、浙江交给陈仪、安徽交给陈调元，只要张作霖派奉军南下阻击北伐军，孙传芳表示自己愿意引咎。
张作霖、张宗昌和孙传芳随即在天津召开会议，决定公推张作霖为联军总司令，以吴佩孚、孙传芳为副总司令，拟以张宗昌、张学良、韩麟春、褚玉璞率兵南下，其中张宗昌率先回山东将所部集中于韩庄，与褚玉璞率先南下，渤海舰队、东北舰队当同时出动，将封锁海上以断绝北伐军的外援，另外派察哈尔部队向绥远、包头进击冯玉祥，声明待消灭冯玉祥后，奉军即撤回，不留驻绥远，另由山西阎军负责协助刘镇华抵抗冯军。最后，张作霖表示京汉线方面需要吴佩孚做出明确表态，如果吴佩孚确有能力则请其出师，否则奉军愿意代劳。