孙传芳是北洋军阀中有名的“变色龙”，历数他崛起的前后，就是一部军阀投机史。其实在孙传芳之前，北洋系不乏朝秦暮楚之辈，他们大多都是些小军阀，在夹缝中求生存，于是不停地在皖系、直系和奉系之间摇摆，但是鲜有坐到孙传芳这个位置上的。另外，孙传芳还是北洋系中的一个“非主流”，北洋系中虽然不免有顶掉老上司取而代之的情况，但大多情况下，由于各种关系错综复杂，所以打仗归打仗，打完了仗坐下来还是和和气气的。孙传芳是铁了心要蔑视北洋系的规矩、打破北洋系的规矩，他孤立了吴佩孚的同时，也孤立了他自己，所以威风的孙大帅也不得不北上乞援。
吴佩孚自丢失汉阳之后，先退孝感，再退广水，三退信阳。退到信阳之后，吴佩孚的本意是在信阳收拾旧部，率军反扑，但可惜的是吴氏身边此时已经无可用之将，唯有一个田维勤担任信阳以南的防务。靳云鹗自汉口一回到河南，就又回到鸡公山上的“颐庐”去了，对吴佩孚之不满已达极点。吴佩孚在北方尚有驻兵可用，但是自郑州以南到信阳武胜关，沿途的直军派系复杂，虽然名义上有三四十万的直军，但实际上吴佩孚能调动的兵力只有十余万，战斗力如何暂且不论，单是粮饷筹措起来就非常麻烦。靳云鹗当时虽然在鸡公山赋闲，但所部却在山下驻扎，凡是通过其防区的杂牌军，一律予以缴械，就连吴佩孚的卫队在经过时也被靳云鹗的亲信黄殿臣缴了械。吴佩孚闻讯大怒，声称要拿办黄殿臣，结果当晚信阳附近就发生兵变，吴氏不得不匆忙乘火车奔郑州而去。
吴佩孚为人强势，招致诸多直系军阀对其不满，等到两湖战败，吴佩孚走投无路，直系亦处于危急存亡之际。于是，直系将领便纷纷敦请曹锟再度出山，调解直系之间的矛盾。曹锟在保定当寓公过得很舒服，不想再出来蹚这汤浑水，但事关直系存亡，加上各路直系将领不断催促，遂乘专车抵达郑州。彼时吴佩孚在直系中的地位一日不如一日，还有当年湘军援鄂时，吴佩孚出兵湖北，却坐视王占元兵败，坐收渔利后占据湖北，并安排亲信萧耀南出任湖北督军。前文说过，相比之皖系，直系素来注重团结，但吴佩孚对王占元“见死不救”，使得许多直系将领对其颇有微词，所以当吴佩孚陷入困境时，直系各将领都不愿伸出援手。
曹锟和亲信夏寿田、张廷谔抵达郑州之后，即下榻于郑州中州饭店，抵达当日即感冒。而此时武昌城正遭遇北伐军围攻，刘玉春苦苦支撑，不断电请吴佩孚派兵驰援，吴佩孚每日都为此事奔走，一直到曹锟抵达郑州两日后，吴氏才抽空在张廷谔的陪同下到中州饭店面谒曹锟。曹锟见到吴佩孚，即痛斥他“居功自傲，不能容物，不能开诚对下，才造成今日直系上下之离心离德”，曹锟语气愤懑，而吴佩孚则低头不敢作答，亏得夏寿田和张廷谔出来劝解，气氛才稍有缓和。
曹锟虽然痛斥吴佩孚，但是仍然努力团结直系，于是又叫来靳云鹗，对其好言相劝。但靳云鹗虽然表面上服从于曹锟，私底下却并不像吴佩孚那样真心尊崇曹氏。靳云鹗在郾城设立司令部后虽然每日都声称要南下，但始终按兵不动，对吴氏阳奉阴违。自家后院里形势动荡，北伐军自南方北伐，奉系的张作霖也天天致电吴佩孚，询问其日后的动向，真实意思却是希望假道河南南下征讨北伐军。但吴佩孚在南口见识过奉军的厉害，自然不想将河南让给奉军，深恐奉军路过时一并将他的地盘给接管了，到时直系的基业便毁于一旦了。
但此时的吴佩孚已经成为奉系的拦路虎，他只顾着提防北伐军出武胜关入豫，却不料奉军发来电报，表示直系孙传芳部向奉系乞援，遂决定渡河向南驰援江西、收复武汉，而奉系所指却是直系的大本营保定、大名。吴佩孚于是派符定一到济南会晤张宗昌，随后又加派参谋长张国溶与刘绍曾及张宗昌部前派至郑州的代表童好古、常之英一同到济南。张宗昌又电请直隶督军褚玉璞到济南洽谈保定、大名事务。
褚玉璞由济南回到保定之后，一面准备援鄂，一面就准备接管保定、大名，直隶保定副司令徐源泉亦由济南赶回相助。保定、大名原本在吴佩孚副帅齐燮元的掌握下，吴佩孚与齐燮元均以为张宗昌与褚玉璞济南会晤，使保定、大名的事态已趋于缓和，哪知道褚玉璞在济南与张宗昌达成密约，褚玉璞一回到保定即率部接管保定、大名，将其掌握在自己手里，光明正大地驱逐吴佩孚的力量。齐燮元自感形势所迫，只好通电保定、大名两道道尹知事和各局所长，将保定、大名让给了褚玉璞。另外，奉系亦开始大肆清除北京城内的吴佩孚力量，吴氏拥立的内阁总理杜锡珪被罢免，改任海军总长，财政总长顾维钧调外交总长代理阁揆，潘复任财政总长，汤尔和任内务总长，奉军第十军军长于珍就任北京卫戍总司令。此时直奉之间其实已经公开分裂，而奉军入豫也只是时间问题。
北伐军将武昌城团团围住，却并没有再动用重炮对武昌城进行轰炸，主要是考虑到城内居民的生命财产安全。因此，北伐军派人进入城中与刘玉春多次商讨，而刘玉春为了缓和北伐军的攻势，表面上愿意坐下来与北伐军代表商谈，私下却和吴佩孚、孙传芳暗通消息，希望他们能派兵增援，如若援兵不能赶到，刘玉春便决定以身殉职。彼时的武昌城内尚有十余万居民，北伐军与城内的杂牌军互通消息，并且赠送物资给他们，杂牌军本身便是临时拼凑的，谁给他们好处便投向谁。杂牌军的人数比刘玉春的部队多，只是战斗力太差，虽然哗变，却始终不能取得优势。但刘玉春部的火力亦被压制，杂牌军随即打开武昌城门，放北伐军主力入城。
武昌城被攻破的时候，刘玉春正在蛇山上指挥所部死守，但北伐军蜂拥而至，杂牌军倒戈，所部的防线很快被突破。民初的很多将领，虽然动辄就要“一死相报”，但真正死在战场上的没有几个，大部分都是发现风向不对就立马逃跑，这也是民初的战争打不了几天的原因之一。但刘玉春确实是做足了赴死的准备，他在所部死的死、降的降之后，随即准备自杀，他身边的旅长眼疾手快，夺下他的枪，和剩余的几个亲兵将他拖到文华书院，保住了他的性命。随后，刘玉春被北伐军所擒，押往第四军司令部。
武昌城破的消息传到江西，蒋介石特意致电第四军司令部，以刘玉春之忠勇而特令优待。刘玉春与湖北督军陈嘉谟囚禁在一起，囚室内烟酒齐备、卧具齐全，刘玉春的部下也都没有上刑具。在武昌城破之后，新闻记者到囚室采访刘玉春和陈嘉谟，陈嘉谟低头不语，而刘玉春却慷慨陈词，表示“军人以服从命令为天职”，他自知战败，羞愧难当，玉帅对他有知遇之恩，他不能不报，所以明知不能守也要苦战到底，如今虽可以报答玉帅之恩，却对不起武昌城内的十万百姓，于是做出以刀割肉的动作，“自知殃民危害地方，一死不足以谢罪，今既被俘，愿受凌迟之刑来赎罪”。
刘玉春的话铿然悲壮，不失燕赵之士的风范，来采访的新闻记者几乎忘了其是反革命的战俘，所刊稿件都提及刘玉春的忠义之气和国士之风让人钦佩。时任国民革命军总司令部主任、兼湖北省政务委员会主任的邓演达，也深为刘玉春的气节折服，特意叮嘱对刘玉春及所部战俘予以优待。但此时如何处置刘玉春，却成为一件大事，其中原因要从“北伐”说起，“北伐”的概念是南方国民革命军提出的，而北洋军阀则以“南征”作为回应。那时秉承“中立”立场的报纸，则多称为南北战争，国民革命军方面宣扬的是“消灭旧军阀”，而北洋军阀方面则宣扬“南军仇杀北人”，将这场战争异化为“南方人打北方人”，极力误导北方的普通民众，将这场战争形容为地域之争。
在武昌城破之后，如何对待刘玉春、陈嘉谟等北洋军战俘便因为对战争的不同眼光而显出差异：对国民革命军来说，刘玉春、陈嘉谟是“反革命”，而且为了“反革命”还险些搭上武昌城十余万人的生命，是非要除掉不可的；而在北方人看来，刘玉春和陈嘉谟都是北方人，他们是为了阻止南方人北上作战才被俘，南方人杀掉了他们，正是因为“仇视北方人”。当时武汉当地的民间团体也强烈要求将陈嘉谟、刘玉春付诸“人民公审”，尤其是刘玉春其人，因其一意孤行负隅顽抗几乎累及武昌城所有民众，应当“速处极刑，没收财产，移赈灾黎，以平民愤”。社会各方争执不下，国民政府也自感此事关系重大，所以一时也不知道该如何处理。
武昌城破，江西的孙传芳终于意识到自己已经是孤立无援，遂准备返回南京，但因为南昌战事日趋紧张，在部下的要求下孙传芳才暂缓启程，同时下令集结兵力死守南昌。孙传芳总算意识到，这不是他所熟悉的北洋军阀时代的战争，不是冲天上打几枪，靠烟土和银元就能够解决的战事。心生怯意的孙传芳不知该如何是好，只知一味死守下去。在南昌城内坚守的是孙传芳部邓如琢的部下张凤岐、岳思寅、唐福山等部的6000余人，另有谢文炳部、陈修爵部在东乡、广信，蒋镇臣部、杨如轩部、杨池生部在进贤，以与南昌守军相呼应。因为孙传芳部控制着南浔铁路主要干线，所以能够做到机动灵活，而北伐军在南昌的攻坚战始终未能奏效，加上各军又无法密切协商，所以决定暂时在鲁涤平的指挥下先从南昌撤退。
在江西激战的同时，孙传芳治辖的浙江也在暗流涌动。浙江人对孙传芳素无好感，北伐军北上，浙江当地的士绅最高兴，因为北伐军的总司令是浙江奉化人，所以浙江人更乐于见到北伐军尽早进入浙江。夏超是浙江省内的实力派人物，他早已经暗通国民革命军，遂被任命为国民革命军第十八军军长，令其所部保安团共八个营，集结于嘉兴，由松江进攻上海，以切断孙传芳军的归路。同时，在浙江士绅褚辅成的斡旋下，驻守南京的浙军第三师师长周凤岐部，以及驻守常州的周凤岐部同时开拔返浙，彼时孙传芳留驻上海的只有嫡系部队三个团，淞沪局势骤然紧张。
但是，夏超和周凤岐并不打算合作，而驻守徐州的浙军陈仪则公开宣称决不移动。这样一来，夏超便陷入内无应援、外无友军的情形之中，加上夏超自己亦徘徊不定，便陷于孤军深入的尴尬境地。浙军方面互相不合作，而孙传芳部的宋梅村旅却行动快速，很快开到嘉兴，进逼夏超所部，夏超自知不敌，乃将省长印信交由省议会保管，抛下部队逃往杭州。夏超的省长之位是孙传芳给的，当时到浙江作战前，孙传芳曾向夏超示意，“宁弃江苏也不愿放弃浙江”，想不到夏超居然会在背后放火，孙传芳于是悬赏十万元通缉夏超。宋梅村的第十三团开入杭州之后即接管省署，将浙江保安队缴械，孙传芳同时任命陈仪为浙江省省长，宋梅村为杭州警备司令，夏超及许宝驹等的家产悉被查抄。随后，宋梅村捕获夏超，并将其秘密处死。
处死夏超以后，孙传芳已经感觉到东南局势复杂，加上南昌朝夕难保，南京岌岌可危，他也开始陷入矛盾之中。而此时东南地区的乡绅开始为和平奔走，江苏的张一麐和浙江的褚辅成是其中的代表人物，东南和平运动会派出张一麐和孙传芳的总代表蒋方震在汉口举行和谈。但孙传芳此时却在主和与主战之间摇摆不定，1926年10月下旬，有传北伐军总司令蒋介石在前线督战时负伤，伤势恶化，孙传芳于是发出否认主和的通电，“既已战矣，和复何为？且未和于未战之先，未和于相持之时而和于敌军溃败之后，自计亦过甚矣”。
北伐军便先行集中火力对付江西督军邓如琢，邓如琢部在赣州、樟树一带被北伐军击溃，邓如琢遂于樟树弃守时通电宣布下野，其残部由前敌总指挥蒋镇臣接收，但是士气低落，根本再难有什么声势。在击溃邓如琢部之后，北伐军遂集中全力进攻南浔铁路的孙传芳军主力。南浔铁路于1908年动工，其间几度停工，到1916年5月才竣工通车，全长共135千米，共设九江、沙河、黄老门、马回岭、德安、永修、涂家埠、新祺周、乐化、南昌十站。制订完计划之后，北伐军又自武昌将第四军调至江西作战，随即兵分三路对孙传芳部发起大反攻。
1926年10月28日，蒋介石在高安行营下达对南浔铁路的总攻击令，“……孙传芳尤为军阀现时重心，党国前途之障碍。故我军此次总攻击，务将孙贼势力迅速扑灭，使军阀余孽不至蔓延，即帝国主义者亦必震慑而不敢发，则时局方可成功。凡我革命军人，须知我不杀贼，贼必杀我，宁为玉碎，毋为瓦全，能抱最后之牺牲，方能博得最后之胜利，若纵寇长乱，功败垂成，不独贻羞天下，死且无葬身之地矣”，北伐军遂于当日对江西发动总攻，所有兵力向南浔铁路集中。
当时孙传芳的援赣部队35000余人几乎全部集结在南浔铁路上，自九江到马回岭一带为孙传芳部的总预备队，自德安、永修到涂家埠为孙传芳部第三方面军主力及第六方面军一部，自乐化至牛行则是孙传芳部的第二方面军主力。另外，孙传芳布置其所部第五方面军在瑞昌、阳新、武穴、田家镇方面负责策应南浔铁路方面的战事，在抚州、进贤、东乡方面的孙传芳部蒋镇臣、杨池生、杨如轩、谢文炳、陈修爵等部虽然战败，但仍然掌握有13000余人。所以，北伐军右翼第十四军在第二军的配合下，先攻占抚州，切断了孙传芳部进入福建的通道，随后从东南向南昌推进。左翼第七军则攻占德安，新入赣的第四军在独立第二师和第七军的配合下攻占马回岭，第四军、第七军主力随后又在德安以南的九仙岭击败孙传芳部的两个师，从而截断南浔铁路，进攻永修。
南浔铁路被截断之后，孙传芳部的机动性大受影响，江西的战事便急转直下。孙传芳治军，素来就是以机动性著称，但孙氏的机动性主要是两方面，一方面是快，一方面是巧，都是打敌人一个防不胜防，对方一慌乱主将就会逃跑，群龙无首，自然不攻自破。其实孙传芳成名，主要是入浙江和驱逐奉系这两场仗，进入浙江钻的是卢永祥和齐燮元苏浙战争的空子，驱逐奉系则是因为杨宇霆和张宗昌忌惮背后的冯玉祥，再者孙传芳打仗靠的就是出其不意，进攻的时候还好说，防守的时候就不灵了。所以固守南昌，孙传芳依赖的就是南浔铁路，一旦南浔铁路被截断，他也就黔驴技穷了。