有句话叫“没文化，真可怕”，说的就是孙传芳，当北伐军进攻吴佩孚的时候，他完全没有意识到这场战争和之前的战争有什么不同。吴佩孚虽然不再如当年第二次直奉战争前那么强大，但也不是动辄就会分崩离析的状态，他之所以能够在两湖战事上一溃千里，就足以说明旧式军阀之间的战争模式已经不能适应当下的形势。但是，孙传芳显然忽略了“知己知彼，百战不殆”这样的古训，没有在北伐军进攻他之前与吴佩孚取得联系，是孙传芳最大的败笔。很多史学家都认为第一次直奉战争之后，吴佩孚因骄傲自大而连遭重创，其实吴氏只是有傲骨并无傲气，真正无傲骨却有傲气的是孙传芳。
1926年9月2日，吴佩孚回到查家墩司令部，随后忙着调兵遣将。他派靳云鹗部、湖北督军兼陆军第二十五师师长陈嘉谟部、直军第八军军长刘玉春部、豫军第三师师长吴俊卿部、第十三混成旅旅长张占鳌部、汉黄镇守使兼水上游击司令杜锡珪部、河南游击司令王献臣部、湘军总司令叶开鑫部以及海军江防舰队的十余艘军舰都驻守在武昌、汉口，湖北暂编第一师师长宋大霈部、湖北暂编第四师师长陈德麟部由湖南退入湖北，湖北暂编第二师师长刘佐龙率部驻守汉阳、蔡甸，直军第十四师师长高汝桐部驻守汉阳、汉口，豫军第二师师长阎日仁部驻守襄河方面，豫军第十师师长任应岐部、武卫军马济部驻守阳逻、黄冈方面，湘鄂边防军司令兼援湘总司令李倬章、援湘副司令董政国率部驻守湘鄂边境，毅军约四个旅驻守在花园、广水。
3日，北伐军在李济深的指挥下进攻赣州，拉开了北伐军与孙传芳的战斗。被孙传芳部江西总司令邓如琢任命为第六路军总指挥的赖世璜秘密投靠北伐军，蒋介石任命其为国民革命军第十四军军长，赖世璜率部倒戈进攻屯兵于粤赣边境的孙传芳部杨如轩、杨池生两军，于当日攻占安远。
4日，赖世璜部又攻取信丰、赣州，收编杨如轩、杨池生残部4000余人，扩编为第十四军，赖世璜出任军长，熊式辉出任党代表，下辖两个师。第十四军一部控制会昌、瑞金一带，对闽南方面进行警戒，而主力则会同谭延闿统率的第二军谭道源师攻打吉安。吉安一战是北伐战争中最惨烈的战斗之一，该役第十四军主力下级军官几乎全部阵亡，而直军亦遭受重创，纷纷出逃，于是，第十四军便很快占据吉安、吉水、永丰、乐安、崇仁、宜黄，北伐军随即控制赣南、赣中地区。
江西战事方起，而湖北的战事则渐入尾声。6日清晨，吴佩孚正与幕僚在查家墩总部商讨前线的战况，忽然数枚炮弹自龟山方向飞来，落在院中的荷花池里。吴佩孚急忙命人去查，方知是负责驻守汉阳、蔡甸的湖北暂编第二师师长刘佐龙部叛变。吴佩孚大为惊慌，急忙率总部各处官佐及一个团的卫队乘车北上，而将守卫武昌的重任交给刘玉春。接着我们就要说说刘玉春，这位在北洋军阀历史上为数不多的悍将之一。
刘玉春这个人在历史上记载的笔墨不多，他是河北人，据说长得高大魁梧，头发灰白，原本是第八师第十五旅旅长。当年寇英杰入豫，刘玉春便率领三个团的人马归入寇英杰麾下，寇英杰与蒋世杰对峙信阳，主攻信阳的便是并非寇氏嫡系的刘玉春。信阳攻坚战，有两个人让吴佩孚印象深刻，一个是负责守的蒋世杰，一个就是负责攻的刘玉春。攻坚战往往都是将生死置之度外的事情，所以寇英杰才会派出并非嫡系的刘玉春，刘玉春不计生死猛攻信阳，颇得玉帅赏识。因此，信阳城破之后，吴佩孚便破格将信阳警备司令刘玉春提拔为第八师师长，继而又升为第八军军长。此后吴佩孚与刘玉春关系日笃，更是引为心腹，吴佩孚北上京畿会晤张作霖，刘玉春带刀在其身边率队护卫，继而吴佩孚南下征战两湖，刘玉春亦不离左右。
与大部分只懂得蝇营狗苟的直系将领不同，刘玉春颇有“燕赵慷慨悲歌之士”的气魄，因此更为吴佩孚欣赏。而刘玉春自感得吴佩孚的知遇之恩，大小战役必身先士卒，因此虽然刘玉春跟随吴佩孚时日并不长，却是直系将领中对吴氏最为忠心之人，时人称其为吴氏的赵子龙。汀泗桥一战，刘玉春所部的身后并无督战队，但誓死拼杀，到最后其所部的三个团长均战死，39个连长只剩下5个，士兵也伤亡过半。因此当吴佩孚率部北去，刘玉春便自愿担当固守武汉的责任，并以赴死之心面对来势汹汹的北伐军。但似这般忠肝义胆的伟男子，武汉战罢之后便隐退军界，可想而知，蒋介石之用人统军实有其弊，可以容得下一个徒有其名的唐生智，却容不下一个豪气干云的刘玉春。
武汉是京汉线和粤汉线的交会处，华中水陆交通的枢纽。长江和汉水在此交汇，鄱阳湖和洞庭湖相傍左右，加上北通中原，南连潇湘，西达巴蜀，东接吴越，自古以来就是兵家必争之地。正因为此地险要，所以北伐军才必须要攻克，直军才必须要坚守：北伐军攻克武汉，北可以图中原，虎视京畿，同时还可以使东南的孙传芳陷入夹击之中，另外，武汉是辛亥革命的发源地，夺取武汉对北伐军意义重大；而对直军来说，一旦武汉被攻破，北方的门户打开，自袁世凯后南北对峙的局面便会改写，北伐军会就此掌握战争的主动权。
吴佩孚等北上之后，刘玉春便据守武昌，他先是击退刘佐龙所部，借助蛇山优势阻挡北伐军。此时，直军大部分部队都已经撤离，所剩的几乎只有刘玉春的残部，但是刘玉春所带的哀兵战斗力比其他拼凑起来的乌合之众要强得多。加上此时北伐军的主要阵地从两湖转移到江西，对武昌的进攻也不如之前猛烈，刘玉春得以喘一口气在武昌城内布防。到1926年的整整9月间，北伐军虽然重兵围困武昌，却始终难以取得突破性的进展，而武昌城内水陆资源发达，刘玉春亦不必担心物资问题，所以双方就此陷入僵持的局面。
两湖的战事陷入僵局，北伐军的重头戏已经转入江西，在击溃吴佩孚之后，便开始专心对付孙传芳。在江西方面，朱培德指挥的北伐军右翼进展顺利，所部第六军程潜部接连攻克萍乡、宜春、高安，随即向南昌前进。南昌是江西省的省府所在地，唐代诗人王勃在其名篇《滕王阁序》中所提及的“豫章故郡，洪都新府”说的就是南昌，此地自古便有“襟三江而带五湖”之称，为江南名城，其对于孙传芳部的意义，尤甚武昌之于吴佩孚部。但是让程潜始料不及的是，北伐军竟然一举夺下南昌，不仅让程潜有些始料不及，也让孙传芳大为震惊。孙传芳急忙从南浔线及樟树两方面积极增兵反攻，而程潜部则是孤军深入，一时又得不到援助，兵力上与孙传芳部相差太多，终因寡不敌众而退出南昌，此即北伐军与孙传芳一战南昌。
就在北伐军先后与吴佩孚部、孙传芳部激战之际，冯玉祥也已抵达内蒙古的五原县，与在这里待命的西北军会和。当初冯玉祥发动北京事变，改组为国民军，冯玉祥担任国民军司令兼第一军军长，胡景翼担任第二军军长，孙岳为第三军军长。胡景翼曾是同盟会会员，早年在陕西陈树藩麾下，后投向吴佩孚。孙岳则是冯玉祥的老相识，早年和冯氏一起参加过滦州起义，后来加入直系担任曹锟卫队的旅长。在郭松龄兵败之后，残部投降冯玉祥后由西北军将领魏益三接管，编为第四军；后方振武率部脱离山东督军张宗昌投入西北军，编为第五军。在西北军的五军中，以冯玉祥的第一军实力最强，下辖五个师和两个混成旅、两个炮兵旅，师长分别是张之江、宋哲元、鹿钟麟、刘郁芬和郑金声，石敬亭、石友三则分别担任混成旅旅长，所部有15万之众。
在与直奉联军的交战中，率先被打散的是胡景翼的第二军、孙岳的第三军，这两支部队平素就缺少训练，在改编之后又盲目扩军，所以不堪一击，胡景翼死后接任第二军军长职务的岳维峻甚至被阎锡山抓到山西，沦为了阶下囚。而第四军的魏益三则加入了直系，还被吴佩孚任命为讨贼联军第四军副总司令。实力最强的第一军亦损失惨重，韩复榘和石友三投靠晋军将领商震，15万人也只剩下了3万余人。到冯玉祥回到五原召集西北军所部将士时，只剩下第一军的张之江部、鹿钟麟部、宋哲元部、郑金声部，以及第二军的李虎臣部、邓宝珊部，第三军的杨虎城部、庞炳勋部，方振武的第五军。
9月17日上午10时，冯玉祥在五原举行了誓师大会，会场就设立在五原县政府西侧的广场上，是一个由士兵在前一日临时搭建的土台。参加誓师大会的官兵一万余人列队于土台东西南三面，国民党中央执行委员会委员于右任、中国共产党党员刘志坚、苏联顾问乌斯马诺夫、绥远省民政厅厅长邓鉴山等出席誓师大会。另外，五原县县长刘必达、临河设治局局长萧振瀛、地方士绅王英亦应邀参会，冯玉祥身着普通士兵的服装登台，慷慨陈词，痛斥北洋军阀，并宣布拥护孙中山先生的“三民主义”，响应国民革命军北伐。冯玉祥话音刚落，到会的西北军官兵群情激奋，高呼“打倒列强、铲除军阀”。
随后，国民党代表于右任将一面北伐军的旗帜交给冯玉祥，冯玉祥高高举起军旗，广场上则高唱起北伐军军歌，西北军自此日正式加入国民革命军。会后，西北军即发出《五原誓师通电宣言》，冯玉祥在宣言中称“玉祥本是一个武人，半生戎马，未完学问。唯不自量，力图救国，无奈才识短浅，对于革命的方法不得要领。所以飘然下野，去国远游。及至走到苏联，看见世界革命起来万丈高潮……于是我明白了救国的要诀……”誓师之后，即组织国民军联军，根据广东国民政府的要求，在李大钊等共产党人的建议下，制订“固甘援陕，联晋图豫”的战略计划，向陕西、甘肃方向出兵。
北伐军与孙传芳一战南昌兵败撤退，加上两湖战场刘玉春固守一隅，主要战事已经告一段落，北伐军遂认为此时最要紧的当数南昌的局势。孙传芳的援赣大军集结于九江，似有向西经由湖北境内向北伐军侧背面袭扰的企图，北伐军只好抽调第七军李宗仁部集结于大冶、阳新，准备进攻九江。这样一来，本来兵力就不多的北伐军更为分散，而孙传芳部则占据人数上的优势。
为了护卫南昌，孙传芳不断从江苏、浙江、江西三个省大量调集援军，编成了五个方面军和一个总预备队：以邓如琢部编成第一方面军，下辖唐福山、张凤岐、蒋镇臣、谢文炳、杨如轩、杨池生、陈修爵、刘宝题等部，担任樟树以南至吉安地区之作战；以郑俊彦为基干编成第二方面军，下辖李彦青、彭德铨、李良臣、杨赓和、梁鸿恩等部担任南浔线南段乐化、南昌地区之作战；以卢香亭所部为基干编成第三方面军，下辖谢鸿勋、杨震东、刘士林、崔锦溎、李俊义等部，担任南浔线中段德安、涂家埠、武宁地区之作战；以周荫人所部编成第四方面军，在闽粤边境及赣南方面与北伐军对峙；以陈调元所部编成第五方面军，下辖王普、刘凤图、毕化东等部，在赣北瑞昌及鄂东武穴、富池口、石炭窑一带活动；以周凤岐部为总预备队下辖斯烈、陈光组两旅，驻守九江、湖口地区策应。
最为有趣的是，孙传芳看起来从容调度，将各部任务分派得非常有序，他自己却把指挥部设在了九江口外的江新轮上。这一招想必大家都不陌生，只是交通工具从火车变成了轮船，至于意图却是换汤不换药，都是为了“进可攻，退可守”，当然，用“守”还不如直接用“溜之大吉”来得明白。这个战术的始作俑者是天津武备学堂的总办荫昌，他正是靠着这招在战火纷飞的清末民初到处溜达，无论输得多惨都能够全身而退。后来很多北洋系的将领都学会了这一招，总会把指挥部设在火车上，战事一旦稍有不利就可以乘车开溜，即便是一身傲骨的吴佩孚，后来也开始用起了这一招。
孙传芳把指挥部设在轮船上，虽然明面上指挥若定，但心里却留足了开溜的后路。将领尚且如此，又怎么能指望自己手下的官兵舍生忘死地去拼命呢？这也算是北洋系的一个“光荣传统”，在尚未得势之际，北洋系的将领们大多都如古代的名将一样，希望将指挥部设在前沿阵地，以起到“身先士卒”的作用。但是，等到他们大权在握，便开始贪生怕死，甚至比之前他们讥笑过的贪生怕死之辈更甚。其中的原因很难用一句话两句话说明白，因为从骨子里来看，这些北洋系将领也并不尽是贪生怕死的，比如吴佩孚，算得上是一条铮铮铁汉，之所以会出现这种情况，大抵还是旧式的士大夫思想在作祟。
《诸葛亮兵法》中说：“先之以身，后之以人，则士无不勇矣。”就是说将领能身先士卒，士兵才能勇往直前，刘玉春将生死置之度外，亲率部众守卫武昌，所以上下齐心，而孙传芳自己尚且贪生怕死，其所部直军官兵自然也就不会全力出战。24日，北伐军熊式辉率领的第十四军先攻克泰和，随后二次攻取吉安。26日，李宗仁则率领夏威、胡宗铎两路部队进攻瑞昌。27日，熊式辉部攻占吉水，其他各军协同前进。29日，北伐军鲁涤平部进驻峡江，而李宗仁部则进攻德安，遂截断南浔线，并于30日攻克箬溪。
10月2日，气势如虹的北伐军再下新淦城，并与孙传芳部直军主力在南昌方面的万寿宫地区展开激战。3日，北伐军攻克德安，对南昌形成包围之势。孙传芳急忙下令缩短防线，各军退守南昌，并以重兵扼守牛行车站，加固工事。自6日起，北伐军与孙传芳部在南昌展开拉锯战，孙传芳部挟人势之盛，对北伐军大举反攻，随后收复德安、永修，北伐军二战南昌失利。
北伐军在江西一时难有进展，而在湖北，武昌城内的刘玉春依然在负隅顽抗，双方多次攻守交战，北伐军却始终无法攻入武昌。其时武昌城内，刘玉春指挥的守城部队只有万余人，而其中真正能够卖力的只有他直属的第八师，官兵也只有2000余人，剩下的杂牌军大多都已经投降北伐军，留在武昌城内的也都派不上什么用场。但刘玉春治军严格，立志要与武昌城共存亡，所部官兵追随他誓死抵抗。