自孤军北上、虎踞中原之后，吴佩孚俨然成了左右中国局势的人。但纵观吴佩孚的征战史，他的胜利都取决于一个原因：敌方的联盟松散。吴佩孚征战湖南，西南军与湘军貌合神离，直军一路南下，所到之处大多不是自己攻下来的，而是南军让出来的；吴佩孚孤军北上，皖系将领虽然得了段祺瑞的命令，但皖系将领根本不会指挥作战，大多都是持观望态度；与皖系的激战，亦是因为徐树铮得罪的人太多，皖系联盟名存实亡；与张作霖的奉系作战时，外有西方诸国支持，内则皖系、奉系与国民党的联盟尚未成形。吴佩孚之所以能够在当时脱颖而出，实则是应了“时势造英雄”这句老话。
和先前的直皖战争一样，直奉战争开打之前，也是漫长的氛围铺垫期，双方用笔杆子你来我往，搞得阴云密布、雷电交加。1922年4月21日，暗中已经倾向奉系的皖系军阀卢永祥电请曹锟、张作霖到天津会晤，商讨缓解紧张局势和撤退双方军队，这封通电得到田中玉、齐燮元、何丰林、陈光远、张文生等地方军阀的支持。此时孙中山的北伐军又遭遇变故不能出动，而北洋海军总司令蒋拯宣布亲直反奉，张作霖的形势急转直下，他的态度又从强硬转为和缓。但吴佩孚却审时度势，觉得速战对己方有利，于是致电直系众将，吴佩孚、齐燮元、陈光远、田中玉、赵倜、萧耀南、冯玉祥、刘镇华联名通电向奉系宣战。
曹锟在态度转变之后，便积极调动直军开赴前方。王承斌所辖的第二十三师原驻保定附近，张国溶的第二十六师回驻马厂之南，张福来的第二十四师在4月中旬开驻涿州，第十、第十五两个混成旅和第二、第三两个补充团，本来驻在高碑店，由吴佩孚全部调令北上，至琉璃河驻扎。其余如第三师和第十二、第十三、第十四三个混成旅都奉调北上，进驻涿州、良乡、清河等地。冯玉祥的第十一师、胡景翼的暂编十一师、吴新田的第七师、刘镇华的镇嵩军、张之江的第二十二混成旅、张锡元的第一旅、陕西陆军第一、第二混成旅都出潼关，进驻郑州一带。
22日，曹锟致电张作霖，“……尤望张巡阅使迅令入关队伍，仍回关外原防，静听国内耆年硕德政治名流之相与共同讨论。若以武力为统一之后盾，则前此恃武力统一主义者，不乏其人，覆车相寻，可为殷鉴……锟老矣，一介武夫，于国家大计，何敢轻于主张”。要说直系将领，打仗如何暂且不论，文章架势从来不落下风，纵观直系的通电，都是旁征博引、有理有据，吴佩孚确实是肚子里有墨水，而曹锟这边可就要说他的记室文笔不俗了。23日，张作霖复电曹锟，“而吴佩孚平日所谓‘不扫灭奉天，不能横行’之声言，与曹使从前之巧使吴佩孚詈段合肥，而个人则以‘并不知情’四字为隐身符，其策划乃复施于作霖矣”。两相对比，张作霖的这封电文就差得远了，核心内容不外乎是：我说不过你，手底下见真章吧！
25日，吴佩孚、齐燮元、陈光远、萧耀南、田中玉、赵倜、冯玉祥、刘镇华联名通电宣布张作霖的十大罪状，“综其罪孽，擢发难数，穷凶极恶，豺狼不食”。通电发出之后，吴佩孚遂至前线督师。此时直军已调动12万人，在洛阳的是陆军第三师，在琉璃河的是第九师，在陇海东的是第十一师，在洛郑间的有第二十和第二十四两师，第二十三师在涿州、良乡一带，第二十五师在武胜关，第二十六师在德州、保定一带，第五混成旅在郑州、山东一带，第十二、第十三、第十四三个混成旅在保定、涿州等处，第一、二、三、四四个补充团在涿州、良乡等处，共计有八个师、四个混成旅、四个团的兵力。吴佩孚乃以洛阳为根据地，主力集中于郑州，分三路进兵：第一路沿京汉线向保定前进，迎击长辛店奉军，直指京津；第二路侧重陇海线，携手苏军以防安徽马联甲的旧部和浙江卢永祥来袭，另又分出一支沿津浦线北上，联手东路张国溶攻击奉军根据地；第三路是冯玉祥的部队和陕军，集中郑洛一带，坚守之余，接应各方。
28日，张作霖通电宣战，直奉战争正式爆发。直皖战争从头到尾打了五天，直奉战争倒是要激烈一些，多打了一天。直奉战争主要集中于长辛店、马厂和固安三地，其中最为激烈的要数长辛店。长辛店之战后来被很多史学家描述得非常惨烈，其实说起来却跟过家家似的。前一天奉军隔着老远向直军阵地发射炮弹，炸了一天一夜，也就炸出来一片坑。奉军的炮弹消耗得差不多了，直军在援军赶到之后冲过去就接管了奉军阵地，就这样直接逼近奉军东路指挥部所在地。固安方面的奉军听说西路溃败，军心大乱，随即向天津逃窜。东路奉军则是因为张学良受伤，又听说西路战事失利，也开始溃退。李景林更是率部从良王庄、独流，一直撤到了山海关。最为有趣的是，在战争期间，双方都忙于吹嘘自己，张作霖更是以胜利者自居，每天都发出告捷的通电。而直军亦发布号外，说北京政府已将张作霖免职，且派张锡銮为东三省巡阅使，冯德麟为奉天省督军。北京政府、各地军阀和老百姓都被搞得云里雾里，完全不知道真正的局势，等到北京城外的炮声渐渐缓和，5月5日奉系张作霖下达总退却令，才知道直系打赢了这场仗。
奉系兵败之后，徐世昌的总统也就做到头了。在击退奉系之后，吴佩孚坐镇洛阳，已有“雄踞洛阳，统治四方”的野心。当初皖系当国的时候，段祺瑞和徐树铮一心想着要“武力统一”，结果后来功亏一篑。直奉交战时，曹锟在致张作霖的电文中曾说“若以武力为统一之后盾，则前此恃武力统一主义者，不乏其人，覆车相寻，可为殷鉴”，直皖战争和直奉战争，直系便是以拥护和谈、反对武力的形象出现。等到皖系、奉系尽被驱逐，吴佩孚也开始崇尚“武力统一”。吴佩孚虽是武夫，到底是秀才出身，他以为既然要“统一”，便要师出有名。这倒颇与古人起兵时的想法一致，所谓“得民心者得天下”，俗话说“名不正则言不顺”，只有“师出有名”才能统一天下。
如何才能师出有名呢？吴佩孚首先想到的就是“挟天子以令诸侯”，这一点与皖系的思路亦是殊途同归，但彼时的总统是徐世昌，如果以徐世昌的名义出师，显然是名不正、言不顺。因为徐世昌是安福国会选上台的，安福国会是皖系控制的国会，不管是北方的直系还是西南系都将之视为非法国会，非法国会选举上来的总统自然就是非法总统。当直奉携手入京时，吴佩孚便有意将徐世昌请下台，但碍于张作霖的支持，他始终无法如愿，如今打败了奉系这一大敌，自然徐世昌也就不需要继续在上面了。但赶走徐世昌，谁又该当上总统呢？当时呼声最高的是在张勋复辟后退出政坛的黎元洪。
经过直奉战争，北方地区多数已经掌握在直系手中，奉系掌握着东北，皖系掌握着上海、浙江，接着就是西南系和国民党。吴佩孚要统一中国，最大的敌人莫过于奉系与国民党，因此他必须借机分化两派。要安抚南方政府，直系就需要恢复法统，而要恢复法统就必须恢复旧约法和旧总统。黎元洪不似徐世昌，他没有强硬的背景，没有军队支持，完完全全是一个傀儡，扶植黎元洪上台，完全符合直系的需要。1922年5月10日，吴佩孚自天津抵达保定，开会讨论未来政局。但在开会时，直系内部却出现了不同的声音。曹锐等曹锟的亲信认为，此时直系基础已经稳固，应该扶持“自己人”曹锟就任总统，驱逐徐世昌。但吴佩孚则坚持“恢复法统”，待全国统一，再利用国会选举曹锟为正式的大总统。曹锐等本来不支持吴佩孚的观点，但吴氏的想法得到了“长江三督”的支持，遂只好同意。
16日，曹锟、吴佩孚、田中玉、陈光远、李厚基、齐燮元、冯玉祥、刘镇华、萧耀南、陆洪涛联名请王士珍出山，组织内阁。27日，吴佩孚密电徐世昌，主张恢复旧国会，等于是逼宫迫使徐世昌下台。同日，江苏督军齐燮元亦致电徐世昌，“伏思我大总统为民为国，敝屐尊荣，本其素志，倦勤有待，屡闻德音，虚已待贤，匪伊朝夕。若能俯从民意之请愿，仍本救国之初心，慷慨宣言，功成身退，既昭德让，复示大公，进退维公，无善于此”。徐世昌很快复电直系诸将，表示“一有合宜办法，便即束身而退，决无希恋”。徐世昌的话虽然说得明白，但他并没有做好“束身而退”的准备，一边去找王士珍出面组阁，一边按照曹锟、吴佩孚的意思任命董康兼署财政总长，高恩洪署理交通总长，派彭寿莘为第十五师师长，改任张锡元为察哈尔都统，摆出一副甘当傀儡的姿态。
但是直系诸将此时已经不愿再迁就这位大总统。6月1日，旧国会议员以吴景濂和王家襄为首，共有203人联名发表宣言，通电指责徐世昌为非法总统，“至徐世昌窃位数年，祸国殃民，障碍统一，不忠共和，黩货营私，种种罪恶，举国痛心，更无俟同人等一一列举也”。2日，徐世昌正在设宴款待回国不久的顾维钧，吴佩孚的驻京代表钱少卿不停地打电话到总统府，追问徐世昌何时离京。徐世昌知道自己已经不能继续赖在总统的位置上了，他改变了总统府的风水，却最终没有能够避免中途下台的命运。于是散席后回到总统府，徐世昌即宣布辞职，“查大总统选举法第五条内载‘大总统因故不能执行职务时，以副总统代理之’。又载‘副总统同时缺位时，由国务院摄行其职务’，各等语，本大总统现在因病，宣告辞职，依法应由国务院摄行职务”，将总统印信交由国务院之后，于当日即乘专车抵天津。徐世昌甫一离京，国务院就发表院令，“本日徐大总统宣告辞职，由国务院依法摄行职务，所有各官署公务，均仍照常进行”。
徐世昌离开总统府的当日，直系各军阀就开始为欢迎黎元洪复出制造气氛。1922年6月2日，湖北督军萧耀南发电，宣称“继续统绪，舍黄陂（即黎元洪）莫属”，随后，吴佩孚亦发出通电，“我黎大总统遭非常之变，延垂绝之统，以公意为进退，法所当然”，齐燮元等十五省督军也发出联名通电，“南北之争，实以法律问题为争持之焦点，法统既定，一切葛藤从此立解”。3日，旧国会议长吴景濂、王家襄，曹锟的参谋长熊炳琦和吴佩孚的参谋长李倬章，以及北京国务院的代表高恩洪等，纷纷亲抵天津黎元洪的私邸，迎接黎元洪复任大总统。
就在一片敦促黎元洪重掌总统的声音里，浙江督军卢永祥发来一封不合时宜的电文。卢永祥这封电文可以说是直戳黎元洪的最痛处，“项城身故，黄陂辞职，河间代任期满，系在国会解散复辟乱平之后，故新旧递嬗，匕鬯不惊……大总统选举法规定任期五年，河间代理期满，即是黄陂法定任期终了，在法律上成为公民，早已无任可复”，奉劝黎元洪“临崖勒马，犹有坦途，倘陷深渊，驷追曷及”。逼得黎元洪只好违心发出一封电文，表示自己并无意再入京担任总统，“前车已覆，来日大难，大位之推，如临冰谷”。卢永祥的电文，很快得到皖系和西南系的支持，而黎元洪的身边也分裂为两派，一派是哈汉章、饶汉祥、金永炎等，认为机会难得，应该尽快复任，一派则是陈宦等，认为此时上台，至多不过是直系的傀儡。
6日，黎元洪在天津私邸召开谈话会，旧国会参众两院的议长，曹锟、吴佩孚方面的重要军人代表，以及各省团体代表多人到场。寒暄之后，黎元洪即拿出一张电稿请到场诸人传阅，表示只要他们同意电稿上所列诸事，他即复职，如果不允则另请高明。黎元洪这篇著名的电稿，洋洋洒洒三千言，其实说的就是废督裁兵，由饶汉祥主笔，写得颇为饶舌，以致电稿发表后，胡適曾在《努力周报》上撰文抨击，“有话何不老实说，何必绕大弯子，何必做滥调文章，何必糟蹋许多电报生与读者，饶汉祥可以歇歇了”。曹锟、吴佩孚遂联名通电，表示“废督裁兵，锟、孚愿为首倡”，随后，江西督军陈光远、陕西督军刘镇华、山西督军阎锡山、湖北督军萧耀南、四川督军刘湘、山东督军田中玉、安徽督军张文生、江苏督军齐燮元、海军林葆怿、杜锡珪、萨镇冰等均纷纷通电赞成。
11日，在王家襄、吴景濂以及直系各省代表的陪同下，黎元洪乘坐专车自天津赴北京。当年张勋复辟闹剧后黎元洪逃出北京，举国痛骂，狼狈不堪，如今再回北京，各界人士纷纷赶到车站迎接，与前时真是天壤之别。黎元洪抵京之后，即任命伍廷芳为国务总理。伍廷芳是旧国会解散前的最后一任总理，眼下在南方颇得孙中山器重，黎元洪此举意在向南方示好。但直系对伍廷芳素无好感，黎元洪只好收回成命，改为颜惠庆署理国务总理。颜惠庆署理国务总理后即组建内阁，以谭延闿署理内务总长、吴佩孚署理陆军总长、李鼎新担任海军总长、张国淦署理农商总长、王宠惠署理司法总长、黄炎培署理教育总长、董康担任财政总长、高恩洪署理交通总长，颜惠庆自己则署理外交总长。而后，黎元洪又任命吴佩孚属意的李烈钧出任参谋总长。
黎元洪复任总统之后，首要事情便是极力平衡南北之间的关系，所以他和颜惠庆等人均致电迎接伍廷芳北上组阁。黎元洪还取消了对孙中山的通缉令，于15日下令全国各地一律停战，并电邀孙中山、张謇、王士珍、靳云鹏、熊希龄、陈炯明、唐绍仪、李烈钧、岑春煊、谭延闿等到北京筹商统一问题。但黎元洪毕竟是直系捧出来的总统，他自己忙着与西南系、国民党联络，却并未去试探对方是否认可他。就在停战令下达当日，谭延闿致电颜惠庆表示不会就任内务总长，16日，黄炎培亦致电颜惠庆拒绝出任教育总长，就连黎元洪属意的伍廷芳也不买账，于20日发出通电，认为黎元洪复职毫无根据，不敢苟同，李烈钧更是通电痛斥黎元洪和旧国会是直系的傀儡。
南北统一的问题让黎元洪碰了一鼻子灰，废督裁军更是毫无进展。本来，话好说，事难做，你让我表态我就表态，反正表态又不消耗炮弹和军饷，但是真要让我裁军，那可是不行的。一提到裁军，“愿为首倡”的曹锟和吴佩孚就不作声了，谁都知道，一旦裁军就等于是把自己往砧板上放。这事本来就是黎元洪的一厢情愿罢了。