直系与皖系的矛盾，其实由来已久，只是曹锟依附于皖系时，长江三督势力薄弱，只能委曲求全。等到冯国璋下台，吴佩孚纵横两湖，曹锟成为直系新的盟主，形势就完全不同了。单从人数上来说，直系处于弱势，但是直系所控制的直隶、江苏、湖北、江西都是富庶的好地方，随着吴佩孚千里走单骑入主中原，兵强马壮的直系控制的都是实打实的好地方。更为关键的是，虽然搞政治直系将领都差一点儿，但是论打仗却要比皖系强一点儿，直皖之战其实更像是段祺瑞和徐树铮的二人转，对抗曹锟、吴佩孚和“长江三督”的合唱，战争不用开始，结果就已经一目了然了。
冯国璋回到河间隐居以后，北京政府实际上就操控在皖系、直系和奉系三大军阀手中，但此时主政的不是没有实权的黎元洪，亦不是老实憨厚的冯国璋，而是手腕迭出的老江湖徐世昌。徐世昌手中没有实权，但他是袁世凯当年创建北洋系时的两大智囊之一，当时唐绍仪主内，徐世昌主外，是个万花筒般的人物。徐世昌靠着安福系上台，但刚一上台便拉拢旧交通系，和段祺瑞的安福系分庭抗礼，在徐世昌上台之后，安福系接连碰上的几颗钉子，都是徐世昌在后面筹划的。
皖系当时仍然没有放弃“武力统一”的计划，因此对南北和谈百般阻挠，1919年8月12日，在安福系的操纵下，北京政府派出安福系魁首王揖唐充当南北和谈的北方代表，立刻遭到西南军人的反对。这也成为曹锟和段祺瑞关系破裂的首要原因，当时奉系的张作霖已经退出关外，北洋系把持关内的两大军阀便是直系和皖系，皖系把持着中央的权力，而直系则左右着京畿军防，以综合实力衡量，皖系还是略胜直系一筹。但直系的曹锟得到“长江三督”的支持，加上南边又有吴佩孚，亦是有恃无恐。
13日，浙江督军杨善德因病去世，14日，北京政府即调升卢永祥署理浙江军务。上海本来在直系范围之内，冯国璋在位时就想收回，如今借着卢永祥署理浙江军务的契机，江苏督军李纯再度提出收回淞沪军区的要求，并联合湖北督军王占元、江西督军陈光远保举第六师师长齐燮元出任淞沪护军使。卢永祥闻讯急电向北京政府密保原属杨善德的第四师第八旅旅长何丰林继任淞沪护军使，并以浙江督军身份仍兼原有的第十师师长，同时把杨善德留下的第四师予以扩充为一师一混成旅，把第四师第八旅旅长何丰林保升淞沪护军使，并兼任混成旅旅长，另保举第四师第七旅旅长陈乐山为第四师师长，让自己的嫡系第十师的一个旅驻守杭州，一个旅驻守上海。
直系诸将闻讯大为光火，遂致电北京政府，认为淞沪护军使所担负责任重大，不该由一个资历尚浅的旅长担任，要求北京政府重新考虑淞沪护军使的人选。而卢永祥的态度也非常强硬，他很快致电北京政府，如果不接受他的建议即卸任浙江督军，继续回去担任淞沪护军使。为了缓和直皖矛盾，北京政府遂采取这种策略，首先特任卢永祥为浙江督军，然后裁撤淞沪护军使，改设淞沪镇守使，以浙军的何丰林出任淞沪镇守使。这是徐世昌想破脑壳才想出来的办法，但这样一来，虽然淞沪镇守使仍然是皖系的人，但护军使不必受督军节制，镇守使则必须受督军节制，上海在江苏境内，何丰林就必须要受李纯的节制，这样一来，等于是将上海交到了李纯的手里。
不久，浙军第四师、第十师官兵又联名致电北京政府，要求收回裁撤淞沪护军使的命令。同时，何丰林亦致电李纯，“解铃系铃，全在吾师”，原来，何丰林和吴淞警备司令荣道一都是李纯的学生，荣道一随后亦致电李纯，“同人等群相诘责，无词应对，私心惴测，亦难索解，非中央欺吾师，即吾师欺学生”，帮着何丰林说话。李纯只好复电二人，表示“中央命令如果由兄指使，兄无颜见弟，无颜见人”。其时北京政府仍然是安福系当权，直系的曹锟尚且难以做主，更何况是“长江三督”。但经过上海一事，反而让“长江三督”更加认清了形势，积极与曹锟、吴佩孚联络，更加巩固了新的直系政权。
有了“长江三督”作为盟友，直系与皖系之间的冲撞就更为频繁，23日，吴佩孚致电王揖唐，直言反对其出任和谈代表，“在天下本未有斯人不出之希望，而足下竟有舍我其谁之仔肩，足下自命不凡，不计个人安福，欲谋天下安福，其如天下之不谅何”。31日，吴佩孚致电龚心湛，“天下耳目非一手所能掩，全国心理非一人所能惑，双方和议非一偏所能夺”。9月4日吴佩孚再次发电，声援各地学生运动，“伏思君主时代，人民尚有叩阍之举，而共和黑暗，竟使下情不能上达”，同时致电责问龚心湛，选举总统花费了巨额党费，而“军饷之积欠累累，党费之接济源源”。吴佩孚这封电文有理有据、掷地有声，迅速得到各界人士声援，龚心湛被逼得要求辞职，曹锟一边向龚心湛赔礼道歉，一边催促政府尽快发放欠饷。这边电文你来我往做口舌之争，那边的王揖唐不受西南系欢迎，到了上海连南方代表的影子都见不到，只能在上海做起了挂职寓公。
面对直系的接连斥责，龚心湛内阁到底无法再维持下去，于是，徐世昌便请出与直系、皖系、奉系都有关系的靳云鹏组阁。靳云鹏是皖系“四大天王”之首、直系曹锟的结拜兄弟、奉系张作霖的儿女亲家，是哪里都吃得开的人物，徐世昌请出靳云鹏组阁，主要是想缓和日益紧张的直皖矛盾。同时，徐世昌不时致电在河间休养的冯国璋，希望这位昔日的直系领袖能够北上。
偏偏在这时出了一件事，事情还要从冯国璋的禁卫军说起。清帝逊位时为了安抚禁卫军，以防出现哗变，经过冯国璋的奔走，禁卫军的军饷比正规军多，正规军每个师每年只有130万元，而禁卫军虽辖有一个师一个旅却有200万元。1913年，冯国璋督军江苏，禁卫军扩编为第十五师和第十六师，军饷每年增加到360万元。1917年，冯国璋北上，将第十六师留驻南京，将第十五师改编为总统拱卫军北上移驻京城。1918年10月冯国璋下台，总统府军事处被裁撤，第十五师、第十六师改归陆军部直接管辖，禁卫军粮饷局依然保存。但在1919年6月，陆军部忽然撤去粮饷局，第十五师和第十六师一时便没有了军饷，于是纷纷致电老上级冯国璋寻求帮忙。
在禁卫军里，还有很多清廷遗留下来的八旗子弟，清帝逊位以后他们因为战斗力平平也很少得到其他军阀的重视，自然成了不受欢迎的鸡肋。当年清帝逊位时，冯国璋曾承诺负责他们的粮饷，如今被停了饷，自然就要找冯国璋。冯国璋获悉之后，遂赶到天津，冯国璋到了天津以后，便了解到了北京的局势，知道直皖之间关系紧张，想到当初他与徐树铮的过节，害怕徐树铮像对待陆建章一样对待他，所以逡巡不敢入京。就这样干耗了几个月，老爷兵们实在揭不开锅了，冯国璋才于9月23日胆战心惊地入京。
欣闻冯国璋再次入京，段祺瑞于26日设宴为冯国璋接风洗尘。这是冯国璋与段祺瑞自“府院之争”之后的首度会面，二人再次把酒言欢，自有说不尽的心里话。自小站练兵至今日，两个人都已经鬓发斑白，那些旧日恩仇不过是流水往事，两个老兄弟就此一笑泯恩仇。段祺瑞与冯国璋的这次会面，确实让一度紧张的直皖关系趋于平稳，冯国璋亦帮助老爷兵们催到了粮饷，一切似乎都在向徐世昌所期望的方向发展。12月28日，冯国璋病逝于帽儿胡同私邸，享年六十二岁，临终之际口授张一麐遗电，以不能目睹国家统一为最大憾事。
冯国璋去世之后，30日，段祺瑞亲来吊唁，扶着冯氏的灵柩大哭不止，《冯国璋年谱》上说“哭之甚哀”，显然是其痛在心。1920年1月12日，段祺瑞再次到冯国璋私邸吊唁，“大哭不止”，并且亲撰挽联：
兵学砥砺最相知，忆当拔剑狂歌，每兴誓澄清揽辔；
国事纠纷犹未已，方冀同舟共济，何遽伤分道扬镳。
值冯国璋病逝，其中祭文、挽联无数，而以段祺瑞的挽联最为情挚。
随着冯国璋去世，直皖之间的矛盾便再无调和的可能，而其导火索则是两个人，一个是徐树铮，一个是吴佩孚。早在段祺瑞和冯国璋同时下台之际，徐世昌就把徐树铮调到了西北去戍边，一来想把他调得远些不要在北京掀起风雨，再者也是想借此削弱皖系的力量。哪里知道徐树铮到西北以后，经营得非常出色，出兵蒙古更是名扬中外，竟然成了“西北王”，皖系力量反而借此增强。直系反对皖系，却不反对段祺瑞及皖系诸将，只是反对徐树铮，所以喊出“清君侧”的口号，借此分化皖系。
17日，曹锟将吴佩孚发来的一封电报转给北京政府，在这封电报里，吴佩孚表示“于役湘省，两载于兹，迭请撤防，未承允准”，说如今直军的将士久戍湖南、思乡情切，加上积欠军饷情况严重，所以坚决要求撤防北归，末了吴佩孚更是沉痛地写下“北望叩首，涕泣哀恳”八个字。曹锟看到吴佩孚的电报，仍嫌过于平淡，在电文末尾又加上“战死者既作泉下之游魂，生存者又作异乡之饿殍”。
其实吴佩孚一生戎马，辉煌的起点并非进京讨逆和激战湖南，而是这一次由衡阳北上。吴佩孚北上之际，直皖局势已经紧张，难免一战，段祺瑞于是命令沿途的皖系张敬尧等部务必封锁堵截。吴佩孚虽与驻守河南的督军赵倜私下订约，但衡阳距离河南山水之遥，曹锟都不禁为吴佩孚捏一把汗。秀才掌兵的吴佩孚却泰然自若，率部突破皖系的重重包围，先移驻武汉，继而从容抵达河南，颇有关云长千里走单骑的气魄。名将之风，纵观彼时北洋上下，难有一人可以与之共论。
吴佩孚屯兵中原，北方局势顿时风云莫测。1920年6月10日，驻守独流镇（今属天津市）的奉军四营亦经过天津悄悄开赴廊坊，同日，曹锟派兵监控德州兵工厂，并以德州为直军右翼的前哨阵地。15日，吴佩孚偕同所部的三个混成旅旅长王承斌、阎相文、萧耀南抵达保定，同时，“长江三督”和奉军的代表亦抵达，共同参加由曹锟召开的军事会议。16日，曹锟致电北京政府，请求解除自己的四省经略使职务。17日，局势愈加严峻，“西北王”徐树铮不得不经由库伦回到北京。至此，直皖两边的主将均已到齐，战争已经到了箭在弦上的时刻，随时都会爆发。
偏就在此时，19日，奉系军阀张作霖忽然以调停人身份抵京。22日，张作霖偕同李纯的代表江苏督署参谋长何恩溥、陈光远的代表江西督署参谋长李竟成和北方各督代表多人赴保定。抵京之后，皖系的徐树铮和曾毓隽来拜访他都闭门谢客，转而跑到保定去和直系的各路大佬商量解决时局的方案。23日，张作霖带着直奉的条件回到北京，条条都是要制衡安福系，包括免去安福系魁首王揖唐和幕后主脑徐树铮的职务。但这个条件必然不会被皖系接受，别的也就罢了，当时徐树铮经营西北，统率的部队自然就是皖系的嫡系部队，如果解除了他西北筹边使和西北边防军总司令的职务，等于是解除了皖系的嫡系武装。
所以张作霖入京，其实并不是为了调停时局，而是直皖两系的摊牌，彼此一翻出底牌的时候，也就表明了大战不可避免。7月1日，保定发表了直军将士告边防军、西北边防军将士书，表示“我边防军暨西北同袍果有能先我着鞭，驱除徐树铮，解散安福系，以顺人心，而慰民望者，则既可建拥护元首之大勋，更可全维持合肥之令名”。8日，段祺瑞由团河回到北京，决议惩办曹锟、吴佩孚，并胁迫徐世昌在惩办曹锟、吴佩孚的命令上盖章。
惩办曹锟、吴佩孚的命令传到保定以后，直军将士一意主战，曹锟遂于9日上午亲自到天津行誓师礼，并派吴佩孚为前敌总司令。吴佩孚对众慷慨陈词，宣称会亲率三军攻入北京，所部定名为讨贼军，将大本营设于天津，司令部设于高碑店。随后，吴佩孚发出通电，“事变至此，惟有忍涕挥戈，以与卖国贼盗相周旋，但令悃悃血诚，为我四万万父老昆弟所洞鉴”，同时，直军全体将士亦发出致边防军、西北军、陆军第九师第十三师第十五师忠告书，“燕赵古城多慷慨悲歌之士，见义勇为，当不乏人”，曹锟亦随后发出声讨安福系的通电，“此次义举，纯为救国，良以安福系数年以来，假借段、徐把持政权，阴行卖国，横挑内乱，种种罪恶，罄竹难书”。
10日，曹锟致电北京公使团，请其遏制日本相助安福系。14日，在美国、英国、法国不断施加压力之下，日本被迫表示决不会支持段祺瑞。同日，段祺瑞获悉张作霖入关，惊骇不已。曹锟则再次发出两封通电，一封是通电各省说明开战原因在安福系，“边防军称兵近畿，扰害商民，近仍进行不已”；另一封则通电各报馆，“兹谨正式通告各友邦及本国父老昆弟，自今日始，实行围困奸党根据地，必将凶残除尽，奠固邦本”。而湖北督军王占元亦在此时借宴请为名，将皖系将领吴光新诳至督署，宴席散后即将吴光新软禁，随后驱散吴光新所部。
前面铺垫了这么多，所有紧张的戏码似乎都铺垫齐了，这似乎就要上演一场旷古绝今、惊天动地的厮杀，但其实，也不过只有五天时间，如果是真正兵戎相见，也就是三天时间。直军兵分两路，吴佩孚为前敌总司令兼西路总指挥；蓟榆镇守使兼第四混成旅旅长曹锳为东路总指挥；第一混成旅旅长王承斌驻郑州为后路总指挥。因为双方主力都集中于西路，因此西路成为主要战场，彼时直军占据高碑店，皖军则占据涿州、固安。
开战之初，直军节节败退，直军只得退守北仓。但吴佩孚退出高碑店后，率领一部直军绕出左翼在涿州、高碑店之间的松林店，轻骑突袭皖军前敌总指挥部，生擒皖军司令曲同丰，这场直皖之战就算是打完了。17日，吴佩孚向曹锟发出捷电，翌日，皖军主将曲同丰被押往保定，在曹锟的迎宾馆“光园”正式行献刀典礼，正式受降。前面紧张刺激，可到战场上却只剩寥寥几笔，实在是因为皖军将领外强中干，曲同丰被俘，在车上打麻将的段芝贵望风而逃，剩下徐树铮独木难支，这场喊杀声四起的所谓战争，就这么鸣锣收场了。