经这么一闹，北方的舆论更加倒向袁世凯不能南下，北洋系的将领们也积极反对袁世凯南下，连外国驻华外交团都表示不赞成。清帝刚刚退位，北方的局势明显还没有安稳，就这样仓促让袁世凯南下，很容易让北方陷入混乱。南京的代表团在北京受了惊吓，蔡元培急忙发了电报回去说明详情。而革命党内部也分裂成了要求袁世凯南下和主张建都北京两派，马君武还险些因为这个事和支持建都北京的宋教仁打起来。南京方面吵来吵去也没有结果，于是也就同意让袁世凯在北京就职了。
冯国璋和袁世凯之间有了嫌隙，但袁世凯还是得用冯国璋，比起看不明白的王士珍、性格张扬的段祺瑞，冯国璋到底更踏实些。袁世凯赶走了得到革命党人支持的直隶督军王芝祥，让冯国璋坐上了直隶督军的位置，保护着北洋系的大后方。冯国璋出任直隶督军，高兴的是北洋军，恼怒的是革命党，因为在辛亥年的时候，打革命党打得最狠的就是冯国璋，所以他一上任，省议会里的革命党就屡屡给他难堪。话说一次冯国璋做施政报告，脱口而出一句粗话，结果被议员拽住质问他是否蔑视议会，冯国璋愣在那里半天没有反应过劲来，后来还是议长出面替冯国璋解了围。
但是任谁也想不到，这个在辛亥年杀革命党杀得眼红的北洋军阀，在众目睽睽之下被议员羞辱得无地自容以后，居然主动向那个质问他的议员道歉，说他从前对官兵们说话惯了，没有经过议会的场面，真是丢人现眼。冯国璋对革命党恭敬，对那些鼓吹复辟的遗老遗少也不开罪，1913年4月，复辟头目溥伟的代表温肃谒见冯国璋，冯氏在会晤时表示“早有复辟之意，只是时机未到”，不过从后来看冯国璋的这些话，多像是敷衍，可惜说者无心听者有意，害得“辫帅”张勋北上复辟丢了徐州的地盘，早早退出北洋政坛。
宋教仁曾经帮助过袁世凯，因为他赞成建都北京，让袁世凯留在了他的大本营；但是在内阁竞选的时候，宋教仁却成为袁世凯的心头大患。宋教仁主张通过在国会、内阁方面提升地位来限制总统的权力，这个主张得到了同盟会会员的支持，从而促成了国民党的组成。由于宋教仁的积极努力，国民党在这次大选中毫无悬念地胜出：在众议院的596个议席里，国民党夺得了269个；在参议院的274个议席里，国民党夺得了123个，成为当时的第一大党。宋教仁改组国民党威胁到袁世凯的权力，袁氏乃密令国务总理赵秉钧找人杀死宋教仁，却因此引起了“二次革命”。
7月17日，冯国璋抵达北京，参加袁世凯召开的军事会议，商议与南军作战事宜。自新军成立，真正在前线经历过战斗的只有冯国璋和段祺瑞，因此，冯氏再次被委以重任。23日，冯国璋被任命为江淮宣抚使兼第二军军长，沿津浦线南下镇压南军，于25日携参谋长师景云抵达滕县驻节。此后，冯国璋指挥所部长驱直入，连克徐州、蚌埠、浦口、滁州、南昌等地，兵临南京城下。8月22日，冯国璋命令各军对神策门、佛国寺、太平门、仪凤门、狮子山一带发起进攻，后指挥北洋军渡江猛扑下关，于9月1日11时攻破太平门，进城后屠杀革命军。
如果说段祺瑞是靠手中的权势组成了皖系的力量，那么冯国璋则是凭借战争来完成直系军阀的成长。段祺瑞善于玩弄政治手段，所以他需要人手，皖系军阀的形成是段氏主动促成的。而冯国璋则不同，他甚至有些不擅长玩弄政治（直系军阀大多是善战不善政，李纯、曹锟、吴佩孚在这方面都有缺陷），所以他并没有主动去拉拢别人促成派系，至于愿意跟在他身边的将领，是因为他在北洋系中算是“知兵”的将领，跟着他能以军功得到晋升的机会。在乱世，没有什么比打仗升官更容易的事情了。
更重要的是，在武夫当国的时代，资本就是部队和地盘，这些东西怎么得到？就是打仗，打跑了别人，就能占有他的部队和地盘，让别人弱小，自己就能变得强大。冯国璋本来是不大愿意拉帮结派的，但有人就愿意跟着他。当时他身边最著名的几位将领是李纯、王占元、陈光远、蔡成勋，其中李纯、王占元和陈光远都是跟随冯国璋多年，冯国璋辛亥年镇压革命与革命军鏖战湖北的时候，这三个人就跟在冯国璋的屁股后面。正因为直系是依赖于这种关系构成的，所以相比皖系的外强中干，直系首先就更为团结，其次因为多年的征战生涯，直系的实战能力也比整天只知道纸上谈兵的皖系要出色。
更为关键的是，经过“二次革命”，直系军阀基本上控制了湖南、江西、江苏一带，而这些省份最为富庶，使得直系军阀既有了枪杆子，又满了粮袋子，占着南北要冲的地盘，掐住了中国政坛的命脉。在攻入南京之后，张勋的部队因为不加约束而到处奸淫掳掠，冯国璋所部除了初进城时“剿杀”革命军，此后便被约束不再有过激行为。所以，日后张勋虽然督军徐州，却并未得到当地军民的支持，等到他北上复辟被困京城，徐州很快就后院起火，而“长江三督”却保持着长期稳定的地位。
关于袁世凯为什么会派冯国璋去江苏，坊间有多种流言，其实概括起来不外乎三点：一、前面已经讲过，江苏是南北要冲，同样是长江下游的锁钥，南京与北京遥遥相对，南可节制南方诸系军阀，北可以驰援京畿，如此重要的地方，袁世凯当然要选择既忠心又能干的人。二、鉴于江苏的位置如此重要，但江苏督军张勋却不能算是纯正的北洋系将领，彼处人员复杂，袁世凯自然不放心，所以必然会指派北洋系将领去管束，加上李纯、王占元、陈光远都是冯国璋的老下属，让冯国璋去节制亦是上佳人选。三、冯国璋忠于袁世凯，袁氏却未必真正信任冯国璋，段祺瑞和冯国璋相比，自然是冯国璋老实持重，但冯氏在辛亥年的那次上书隆裕太后无疑在袁世凯的心里留下了阴影。
“二次革命”胜利之后，袁世凯解散了国民党，于1913年12月16日任命冯国璋为江苏督军，而将原江苏督军张勋改任命为安徽督军兼长江巡阅使，19日，冯国璋率禁卫军南下，镇守江苏。在冯国璋督军江苏前后，他的老下属李纯和王占元也成了他的邻居。李纯是江西督军，王占元是湖北督军，三个人所掌握的地盘将安徽的张勋夹在中间，并与南方各系军阀直面相对，成为北洋系阵地的前沿。
李纯，字秀山，直隶天津（今天津市）人。其祖父李明、其父李荣平均为鱼贩，李纯幼年时被其父过继给大伯李荣庆，此后跟随大伯在北塘跟着亲属谭清远开杂货铺为生。1889年，谭清远为生计所迫投到聂士成的军中，先后担任领官、管带，李纯随后也投军，担任哨官。1891年，谭清远把李纯保送入天津武备学堂第二期，李纯后因精于德国操法而留堂任靠班（即班长），协助教练军操。1895年，李纯投入袁世凯的新军，在冯国璋手下担任提调，从此鞍前马后地追随冯氏。1903年，李纯出任京畿常备军骑兵营管带，5月出任北洋新建陆军第一镇骑兵营管带，因为在河间会操中表现出色，升任第一镇第二协第三标统带，驻军北苑。1907年7月，经铁良保举升为副将，调任北洋陆军第六镇第十一协统领，兼第六镇随营学堂监督，驻军保定。辛亥革命时，李纯被编入荫昌的第一军，袁世凯出山后再次回到老上级冯国璋的麾下，率部攻取辛集、蔡甸、汉阳，以军功升任第六镇统制。民国成立以后，与段祺瑞等人通电斥责清廷王公阻挠共和，帮助袁世凯出任临时大总统，后改任中央陆军第六师师长，驻河南信阳，兼豫南剿匪总司令。“二次革命”爆发以后，李纯署理九江镇守使，任第一军左司令，先后攻取沙河镇、新港、湖口、瑞昌、德安、吴城、建昌等地，从而署理江西督军并兼民政长，占据江西。在直系军阀早期，李纯是除冯国璋以外的第二把手，其对冯国璋可谓是忠心耿耿。
王占元则是冯国璋、李纯之外，直系军阀早期的第三号人物，他生于1861年，自幼家境贫寒，靠种地为生。王占元原名德贤，字子春，号洪元，山东馆陶（今属河北）人，在家中排行第七。王占元的父亲去世得早，他自幼与母亲相依为命，母亲饿死以后，他流落到邯郸当店员，十八岁时投入淮军刘铭传部，后被保送天津武备学堂第一期学习，毕业后又投入宋庆的毅军。1894年7月中日甲午战争爆发以后，随军参加了鸭绿江战役。1895年，王占元加入袁世凯的新军，被委任为新军工程营队官、第二营后队领官，此后履任新建陆军左翼步兵第七营管带、北洋陆军第一镇第一协步兵第一标统带、陆军第二镇第三协第五标统带、陆军第二镇步兵第三协统领等职。辛亥革命爆发以后，追随冯国璋与革命军激战武昌，于27日在冯国璋指挥下攻占刘家庙，后又与李纯合力攻陷汉阳，以军功晋升为陆军第二镇统制，封陆军副都统衔，正二品。民国成立后，于1912年2月5日同段祺瑞、何丰林、李纯、鲍贵卿等九名将领通电，斥责清廷权贵阻挠共和，号称欲率兵入京，与之“剖陈利害”。袁世凯继任临时大总统之后，王占元出任中央陆军第二师师长，驻守保定，兼保定留守军司令，9月19日被授予陆军中将。“二次革命”爆发以后，王占元又被任命为第一军右司令，率部攻占湖口，从而逐渐掌握湖北。
冯国璋之于袁世凯实在是一条不能放心的狗——把他放远一些，便无法揣摩他心思；把他放近一些，又怕他咬到自身。可见看门狗固然不好当，养狗的人亦需要费不少心思，思来想去，袁世凯便准备在冯国璋身边安插一个细作。“二次革命”结束之后，冯国璋的原配夫人吴氏去世，冯氏正准备续弦，袁世凯听说之后，就把自家的家庭教师周道如介绍给了冯国璋。周道如是天津女师附属女子高小的教师，据说亦是袁家二公子袁克文的启蒙老师，当时年近40岁仍然没有成家，袁世凯对其印象甚好，于是介绍给了冯国璋。1914年1月，袁世凯专门派三姨太送周道如南下。冯国璋在南京以隆重的礼仪迎接这位新夫人，鸣炮二十响，并请其下榻交涉署，后又由交涉署迁到督府西花园。19日婚礼当天，冯国璋身着上将礼服迎亲，花车由碑亭巷绕花牌楼入督府，沿途有军警警戒，江苏省省长韩国钧代表袁世凯担任证婚人，婚礼场面好不气派。
其实这位周夫人却是袁世凯安插在冯国璋身边的监视器，据说直到袁世凯去世前夕，这位周夫人都会将冯国璋的一举一动报告给北京。袁世凯去世一年后，周夫人还瞒着冯国璋去给袁氏扫墓。根据历史经验，凡是开国皇帝一般都有极重的疑心，赵匡胤杯酒释兵权、朱元璋的“胡惟庸案”和“蓝玉案”都是屠戮功臣的典范，曹操那点儿疑心病放到历史上根本就不算什么。袁世凯的疑心愈重，说明他想谋取的东西就愈多，以前是大总统，如今就变成了皇帝。其实袁世凯要做皇帝，确实也不仅仅是他一个人的心思，当时鼓吹洪宪最狠命的是袁世凯身边的两个人——袁克和杨度。
袁克定是袁世凯的长子，在北洋军中素来以“储君”自居，但是大总统是靠选举选出来的，不能由老子传给儿子，不如皇帝来得稳当，所以他急不可耐地希望他老子能够当皇上。而杨度则是以“帝师”和国士自居，自袁世凯垂钓洹上时就一直跟在袁氏的鞍前马后任劳任怨，在鼓吹帝制复辟的“洪宪六君子”中坐头把交椅，是不折不扣的复辟派。不过，他们二人的出发点到底不同，袁克定是纯粹私心，想着让老袁家千秋万代，杨度的心态在当时则是一种主流心态。虽说清朝已经覆灭，但封建的皇权思想并未根除，加上国民党的底层普及工作不扎实，遗老遗少不在少数。从历史资料上不难发现，当时还有不少人确实是迷信皇权统治的，杨度选择的正好符合了一部分人的诉求。也不能说所有拥护帝制的文章就全部都是袁克定和杨度派人撰写的，当时社会上拥护帝制的大有人在，只不过有的人拥护袁世凯，有的人则是拥护逊位皇帝溥仪。
关于冯国璋和“太子”袁克定之间的关系，有一个故事。说是在袁世凯称帝之前，北洋军内部就恢复了跪拜礼，就是见袁世凯的时候要三跪九叩。段祺瑞对此非常反感，冯国璋就劝他忍一忍，反正跪拜和脱帽鞠躬也差不多。于是段祺瑞和冯国璋见袁世凯时便行跪拜礼，结果倒搞得袁世凯不好意思，慌忙站起来弓着腰请二人起来。袁世凯对自己手下的两员大将还有所忌惮，袁克定却不然，北洋军人行罢跪拜礼，袁世凯便招呼自己的儿子们过来还礼，唯有袁克定傲然伫立，俨然以储君自居。以至于老实巴交的冯国璋对这位大少爷也颇多微词。
故事归故事，但袁克定确实也是葬送袁氏江山的罪魁祸首之一。很多史学家认为，袁世凯自宋教仁案开始几乎尽是昏招，与他前半生形成了鲜明的对比。其实，宋教仁案之后的袁世凯之所以屡出昏招，一来是得力助手赵秉钧淡出，二来就是这位袁大少爷上位。袁克定有著名的四大昏招：一、以储君自居，古代的太子想监国，都得有点儿资本才行，靠血统就想子承父业是不行的，明朝开国皇帝朱元璋的孙子朱允炆不就是给他叔叔朱棣干掉了。二、组建拱卫军，急于拥有自己的部队。三、编制《顺天日报》蒙蔽袁世凯。四、在没有得到北洋军将领的支持下鼓吹帝制复辟。
冯国璋是个旧式军人，忠君思想浓厚，他在内心里或许并不完全赞成帝制复辟，但他尊重自己的恩师兼老上级袁世凯。作为一个旧式军人，对冯来说帝制与共和并没有什么明显分别，正如他自己所说，皇帝和终身制总统只是称谓不同罢了。冯国璋并不担心袁世凯当上皇帝，他担心的是，这个当上开国皇帝的袁世凯，是准备学唐太宗李世民让跟随他的臣子“鞠躬尽瘁，死而后已”，还是准备学朱元璋来个“鸟尽弓藏，兔死狗烹”。