就在朝廷上下都在为孝惠章皇后的离世而哀悼的时候，西北局势再度生变。
前文说过，康熙五十五年十月，准噶尔大汗策妄阿拉布坦以护送拉藏汗之子噶尔丹丹衷夫妇回藏省亲为名，派大策零敦多布等率6000兵，向西藏进发。他们昼伏夜行，于第二年年七月到达西藏北部的纳克产（今西藏奇林错东南，加林错东北）地区，顺利通过腾格里海天险，直趋达木（今西藏当雄）。防守达木的藏军与准噶尔兵发生激烈战斗。
而拉藏汗正准备亲自往达木迎接亲人，却得知达木已成为战场，便仓猝调集军队，在达木一带阻击敌人。
双方于达木相持两个月后，藏兵抵挡不住，于十月八日退至拉萨。十月三十日深夜，大策零敦多布围攻拉萨，第二天，攻入城内，杀死拉藏汗，拘押达赖喇嘛，抢掠各庙宇，将贵重物品运回伊犁。策妄阿拉布坦授意大策零敦多布，在西藏组成以达克咱（即达改哇·拉嘉热丹）为第巴的亲准噶尔政权。
而在这之前拉藏汗已经派人到京城，请求朝廷派遣援军，可是京城距离西藏山高路远，等到康熙接到拉藏汗于拉萨城即将被攻破时写的奏疏的时候，已经是康熙五十七年初了。
不久，又得到确切消息，拉藏汗已被杀害，西藏陷入准噶尔之手。西北情势危急。
康熙五十七年二月十三日，康熙帝命侍卫色楞领兵2400人，由青海进讨西藏。
五月十三日，色楞率兵前进到青藏交界之穆鲁乌苏（今青海通天河），西安将军额伦特上奏康熙，拉藏汗被陷身亡，二子被杀，达赖、班禅均被拘。额伦特献‘’诱敌深入”之计，并准备亲自出马引诱准噶尔军。
但是对这个诱敌深入、以逸待劳的作战方案，色楞未肯接受。他求胜心切，骄傲轻敌，率兵径入西藏。额伦特奉命率兵策应，于六月十八日也越过穆鲁乌苏，由七岔河抄小路追赶色楞所部。
入藏后，色楞部接连小胜准噶尔，于是步步深入藏地，于七月二十日到达喀喇乌苏（今西藏那曲），在河北岸安营，暂停进军等待额伦特所部。
而额伦特率军出库库赛尔岭。七月，至齐诺郭勒，策凌敦多布遣趁夜晚劫营，额伦特早有准备击退了准噶尔军。
次日准噶尔军又来进攻，额伦特亲自督兵缘山接战，准噶尔军大败溃逃，清军乘胜追击十馀里，多所斩获。
消息传到京城，康熙大喜对额伦特的骁勇善战大为赞赏。
随后。策凌敦多布遣兵潜出喀喇乌苏，额伦特率所部在八月初抵达喀喇乌苏，与色楞大军会师，色楞与额伦特率军快速渡过喇乌苏河后，占领狼腊岭，据险御敌。然后挺进达木。
这时候大策零敦多布已在喀喇乌苏布阵，聚集准噶尔兵和藏兵共数万人，一半防守河南岸，一半绕至清军侧后，截断了清军的饷道。清军被数万敌军团团围困，，额伦特督兵与敌军交战，两军相持一月之久，清军多次突围未成，到九月中下旬，弹尽粮绝，全军覆没。额伦特阵亡，色楞等5人被俘遇难。
此战过后，准噶尔更加嚣张，东进到喀木地区，窥伺巴塘、里塘，阴谋进犯川滇。