康熙五十六年十月，康熙启程返回京城，并致祭天坛，因康熙染病体虚无力，难以行礼，便遣大臣恭代。
十一月，康熙帝因腿膝疼痛，又稍受风寒以致咳嗽声哑，决定赴汤泉调理数日，同时宁寿宫传出消息，皇太后病重，
这位皇太后是顺治帝的第二位皇后。科尔沁贝勒绰尔济之女，孝庄文皇后的侄孙女，清世祖废后的堂侄女，努尔哈赤之子饶余郡王阿巴泰的外孙女。顺治十年（1653年）八月，顺治降元后为静妃，次年五月，她被聘为妃，六月立为皇后。十五年（1658年）正月，顺治以侍奉太后疾不勤，诏停其宫中笺表。
也就是说，皇后则因未精勤侍奉皇太后，顺治帝认为皇后有违孝道，下诸王大臣议论废后事宜。
皇后因此病倒。皇贵妃董鄂氏“五昼夜目不交睫”的照顾，直到皇后痊愈。
最后也因为董鄂妃的强烈反对，顺治想要再废一次皇后的事，最终不了了之。
玄烨继位后，尊这位嫡母为仁宪皇太后，居慈仁宫。
康熙生母早死，康熙幼年时期，多受这位嫡母精心照料，母子感情甚笃。
康熙五十二年，皇太后的亲妹淑惠太妃（淑惠妃）七十余岁亡故；这时候仁宪太后已年纪老迈发苍齿摇，心中不乐，对康熙语曰：“牙齿动摇，其已脱落者，则痛止，其未脱落者，痛难忍”
康熙宽慰她说
康熙：" 太后圣寿已逾七旬，孙及曾孙殆及百余，且太后之孙，皆已须发将白而牙齿将落矣，何况祖母享如此高年。我朝先辈，常言老人牙齿脱落，于子孙有益，此正太后慈闱福泽绵长之嘉兆也。"
太后闻言欢喜倍常，笑曰：“皇帝此语，凡我老妪辈，皆当闻之而生欢喜也！”
由此可见康熙和这位皇太后虽然不是亲母子，但是感情却是非常深厚的。
也就是在这期间，，康熙于乾清宫东暖阁召诸皇子满汉文武大臣，谕曰
康熙：" 今春始患头晕，渐觉消瘦。近因皇太后违和。心神忧倅，头晕频发，有朕平日所欲言者，今特召尔等面谕。"
康熙在这篇上谕里对平生做了自我总结；
帝王之治，必以敬天法祖为本。合天下之心以为心，公四海之利以为利，制治於未乱，保邦於未危，夙夜兢兢，所以图久远也。朕八龄践祚，在位五十馀年，今年近七旬矣。当二十年时，不敢逆计至三十。三十年时，不敢逆计至四十。赖宗社之灵，今已五十七年矣，非凉德所能致也。齿登耆寿，子孙众多。天下和乐，四海乂安。虽未敢谓家给人足，俗易风移，而欲使民安物阜之心，始终如一。〈歹占〉竭思虑，耗敝精力，殆非劳苦二字所能尽也。古帝王享年不永，书生每致讥评。不知天下事烦，不胜其劳虑也。人臣可仕则仕，可止则止，年老致仕而归，犹得抱子弄孙，优游自適。帝王仔肩无可旁委，舜殁苍梧，禹殂会稽，不遑宁处，终鲜止息。洪范五福，终於考终命，以寿考之难得也。易遯六爻，不及君主，人君无退藏之地也。岂当与臣民较安逸哉！朕自幼读书，寻求治理。年力胜时，挽强决拾。削平三藩，绥辑漠北，悉由一心运筹，未尝妄杀一人。府库帑金，非出师赈饥，未敢妄费。巡狩行宫，不施采缋。少时即知声色之当戒，佞倖之宜远，幸得粗致谧安。今春颇苦头晕，形渐羸瘦。行围塞外，水土较佳，体气稍健，每日骑射，亦不疲乏。复以皇太后违和，头晕复作，步履艰难。倘一时不讳，不得悉朕衷曲。死者人之常理，要当於明爽之时，举平生心事一为吐露，方为快耳。昔人每云帝王当举大纲，不必兼综细务。朕不谓然，一事不谨，即贻四海之忧；一念不谨，即贻百年之患。朕从来莅事无论钜细，莫不慎之又慎。惟年既衰暮，祗惧五十七年忧勤惕励之心，隳於末路耳。立储大事，岂不在念。但天下大权，当统於一，神器至重，为天下得人至难，是以朕垂老而惓惓不息也。大小臣工能体朕心，则朕考终之事毕矣。兹特召诸子诸卿士详切言之。
在这篇上谕的最后康熙明言
康熙：" 此谕已备十年，若有遗诏，无非此言。"
此时的康熙已经是六十五岁的老人了。因为皇太后的病，康熙帝日就羸瘦，足痛加剧，艰于步履。不久，康熙帝足背浮肿，周身沉重，中心烦躁，不能成寐，稍寝即醒，醒时头晕，至五鼓始寝半刻。
十二月初四，皇太后病势渐增，康熙此时也已经病了七十多天了，双脚浮肿得几乎走不动。他就用手帕缠裹双脚，乘软舆来到宁寿宫，跪在嫡母榻前，双手捧着嫡母的手说道
康熙：" 皇额娘，儿臣在这儿呢。"
此时，皇太后身体极弱，已经不能说话了，她只是一手握着皇儿康熙帝的手，久久望着他，嫡母眼神里充满了生命最后一刻，对于康熙帝无限的眷恋与感激之情。
康熙五十六年十二月初六日，皇太后病逝，走完了七十七年的人生之路。从十二月初四日太后去世的前两天，直至康熙五十七年正月初三的一个月里，康熙帝都住在苍震门内，未回寝宫。十二月十五日，他亲自赴宁寿宫奠酒致祭。往事历历，物在人去，康熙帝悲不自胜，还未开始读祭文，已痛哭失声，祭文读毕，仍抽泣不止。
太后去世之后，康熙号恸欲绝，坚行割辫之礼（割辫原仅用于帝丧）以尽哀思，不亚于当然孝庄太皇太后死的时候。
仁宪皇太后崩逝后，大臣们开始拟定谥号的时候，后面没有加上顺治的谥号，遭到了康熙帝的强烈指责，大臣们第二次上谥，又未带有生前的徽号，再次上谥，最终经雍正帝和乾隆帝加谥，全谥为：孝惠仁宪端懿慈淑恭安纯德顺天翼圣章皇后。
这时候有大臣迎合康熙的意思，上奏说康熙生母孝康皇后升祔以久不宜迁动，而欲以孝惠皇后、孝康后神主一并尊祔于太庙。
结果大学士王掞曰：“陛下圣孝格天，曩时太皇太后祔庙，不以跻孝端上，今肯以孝康跻孝惠上乎？”
这句话的意思是陛下是个大孝子，当年太皇太后祔庙的时候，都没有把排位，排在嫡皇后孝端之上，现在又岂能让生母的排位，在嫡母之上？
后来那位大臣果然遭到康熙训斥，康熙下旨令改正，以嫡母神主加于生母之上。
孝惠皇后葬于世祖顺治孝陵之东，曰孝东陵，世祖、孝康皇后、孝献皇后同葬于孝陵，
然而康熙帝仅上顺治的谥号“章”字于生母、嫡母，并称章皇后，同祔太庙，皇后，
与之相对应的是，孝献皇后则仅能于孝陵祭祀，在康熙年间不知是否因顾虑昭圣太皇太后（孝庄文皇后）、仁宪皇太后（孝惠章皇后）的缘故，康熙于孝献皇后（董鄂妃）生辰祭日均未派遣使节祭陵。